Прошло десять лет после событий "Острова сокровищ" и Джим Хокинс возвращается домой из Оксфордского университета. Долговязый Джон Сильвер навещает Джима, ведь он не забыл о карте Флинта, ибо знает, что бриллианты старого пирата все еще на острове.

Джим Хокинс был назначен на плантацию Сквайра Трелоуни на Ямайке, поэтому он и его слуга Бен Ганн отправились на борт "Сарацина". Среди арестантов на корабле - Джон Сильвер, который вскоре добирается до судовой кухни.

Пережив мятеж на "Сарацине", Хокинс, Сильвер, Ганн и друге оказываются на таинственном острове Санта-Анна.

Прибыв, наконец, на Ямайку, Джим Хокинс вскоре находит, что бухгалтерия на плантации Трелоуни не в порядке. Он сдружился с молодым рабом по имени Эбед, но делается врагом управляющего плантацией Джошуа Хэллоуза.

Джон предлагает помочь Джиму разоблачить коррупцию на плантации в обмен на карту Флинта. Но когда Хэллоуз узнает о алмазах, оставшихся на острове сокровищ, он ищет карту сам.

Сильвер приводит Джима и его друга Ван дер Брекена к пиратскому укрытию, известному как Вороное гнездо. Там Джон планирует собрать новый экипаж для поездки на Остров сокровищ.

Прибыв в Мексику, Джим Хауинс покидает Ван дер Брекена и бывшего раба Эбеда. Но Кончита из Вороного Гнезда следует за Джимом, когда он продолжает путешествие самостоятельно.

Хокинс, Ван дер Брекен, Эбед и Сильвер оказываются пленёнными в Мексике, но помощь приходит от старого знакомого.

Джим вернулся в тюрьму по обвинению в убийстве, в то время как Джон планирует свой побег вместе с золотом, хранящимся в тюрьме.

Хокинс и Сильвер наконец-то возвращаются на Остров сокровищ вместе со своими новыми соотечественниками. Но Джошуа Хэллоуз уже там...