Rex se escapa de Providencia con Bobo. Cuando la Banda observaba a Rex todo el tiempo. Rex conoce a Noah, se hicieron amigos rápidamente. BioLobo fuerza a Rex, Bobo y Noah a entrar en un portal que los lleva a Abysus (Abismo) cuando conoce a Van Kleiss por primera vez el cual le cuenta sobre el Evento Nanite.

Rex es enviado en una misión en Manhattan, donde un hombre llamado Peter Meechum convertido en EVO tiene control sobre sus nanos y está convirtiendo a los humanos infectados en "zombies".

Rex y Bobo se escapan de Providencia para ir a Cabo Luna en México. Durante un partido de voleibol, Rex cae al suelo cayendo su cabeza frente los talones de una adolescente llamada Circe la cual estaba ahí para atraer a un EVO y derrotarlo , que en un principio no quería tener nada que ver con él.

Rex y Noah son encerrados en el Zoo de la Providencia. Pero descubre que fue Caballero Blanco quien contrató a Noah para vigilar de Rex así poniendo en duda su amistad.

Habiendo huido de Providencia, Rex se viaja por el desierto cuando se encuentra con un equipo de construcción bajo el ataque de unas ratas EVO.

Rex es llevado a una remota base de la Providencia en el Ártico con nombre en código "paraíso" para que sean extraídos sus nanites en exceso y almacenados después de que absorbe a muchos. El comandante de la base Weaver está molesto por la visita no programada, y su personal no cooperan. Rex se da cuenta de que la base ha descubierto la manera de reactivar los nanites después de extraerlos.

Los agentes de Providencia tratar de detener Van Kleiss cuando llega a la ciudad de Nueva York y tiene inmunidad diplomática sin saber que está planeando.

Rex se despierta en un internado espeluznante, lleno de maniquíes y muñecos de peluche, pero sin gente. Él está atrapado en una Dimensión de Breach donde está situado en una ciudad abandonada.

Rex, Seis, Holiday y Bobo se dirigen a la base de Amazonas para ir en busca de un científico llamado Gabriel Rylander, y Rex aprende algo de su pasado olvidado sin embargo Van Kleiss también va en la misma situación.

Un equipo de soldados de Providence al mando del capitán Calan, llevando una barra de datos importantes, son atacados de forma inesperada y aterrizan en el Bug Jar donde hay millones de EVO bajo la orden de un líder llamado NoFace (SinCara).

Noah convence a Rex para ser su pareja con dos chicas Annie y Claire Boman para ir al baile, pero un conejo de EVO exige la venganza contra Rex y no se detendrán ante nada para derrotarlo.

Mientras que en Hong Kong con el agente Seis, Rex descubre que era miembro de una vieja pandilla en su pasado. Ahí se da cara contra el líder del criminal Quarry (La Roca).

Rex recibe una llamada de Circe, que indica que hay un problema en Abysus. El equipo acude a Abysus y se verá obligado a resucitar a su enemigo es Van Kleiss que fue asesinado por Gabriel en la base de Amazonas para poder detener la amenaza que rodea en todo Abysus y en el castillo. Después de que Van Kleiss fue resucitado, Rex le hace curar volviendo humano temporalmente pero no significa que no ha sido derrotado definitivamente antes de huir con la ayude de Breach su última palabra es "Mi inteligencia".

Durante un trabajo de rutina en un barrio pequeño, un EVO de pulgas que Rex estaba en el medio de curado se destruye por Hunter Cain. Hunter afirma que la Providencia ha estado mintiendo a la opinión pública durante años y que los EVO no son causados por nanites de ninguna manera.

La Dra. Holiday y varios científicos de Providencia están a bordo de una estación de satélite trabajando en una forma modificada para desactivar nanites regulares. Sin embargo, esto resulta ser un problema cuando ZAG-RS toma el control.

Rex se enfrenta a un grupo de langostas mutantes que se alimentan de metal, dejando una estela de destrucción tras de sí. Sin embargo, derrotarlos no es una tarea fácil. En el proceso de encontrar una manera de acabar. Rex accidentalmente despierta las langostas mutantes que luego lo hunden en un lago en el que casi se muere, de no ser por el nanite Omega.

Rex decide asistir al entrenamiento Básico en un intento de vencer a Noah. Ahí conoce a la cadete Kenwyn Jones que la razón por la que entró al entrenamiento en Providencia es porque esta salvo a su familia, al llegar Rex hace enojar a la cadete Jones quien intenta sabotear le prueba de Rex. Luego se deciden trabajar juntos para poder superar la gran prueba.

Un poderoso virus ha puesto todo al mundo en un sueño profundo. Mientras los EVO son inmunes, Bobo Haha parece como si se ve afectado, Rex y Caballero Blanco son los únicos que puede salvar el día trabajando en equipo pero provocando una discusión al saber que Blanco es el único humano sin nanites en el mundo.

Se celebra el cumpleaños de Rex y Seis (más exactamente el aniversario de la primera vez que se unió a la Providencia) y Seis tiene flashbacks sobre cómo Rex se unió a la Providencia. En el pasado ahí Seis encuentra un robot gigante que hace destrozar el pueblo y encuentra a Rex de pequeño que fue rescatado por los escombros.

Un gran convoy de la Providencia al mando de Seis es el transporte de un caso de nanites inestables a través de un desierto. Rex, Bobo, y Noah se le asignó la tarea humillante de transporte de papel higiénico de la fuerza en un camión destartalado, mientras que en realidad están llevando los nanites.

Rex y Noah están a bordo de la Fortaleza y regresar a la sede Providencia cuando empieza a tener ataques por sorpresa contra las principales bases de la Providencia en todo el mundo. Van Kleiss está llegando a destruir la base Providencia para tener el control y le quita sus nanites a Rex. Rex obtiene una nueva habilidad (Blast Caster) pero después de acabar el ataque y de derrotar recupera sus poderes y Van Kleiss huye pero al parecer que la guerra no ha terminado todavía y tiene algunos cabos sueltos por atar.

Mientras que la Providencia se está reconstruyendo desde el ataque, Rex y Bobo viven con Noah, mientras que Seis es un "ninja vagabundo" en su jet salto. Rex recibe una llamada que la Providencia está tratando de transportar a un núcleo de poder, cuando un EVO va en el suelto, y convenientemente, se encuentra cerca del núcleo de poder.

Después de que un E.V.O. ataca ha un barco de investigación, Rex y Seis tiene una misión para recuperar el núcleo del reactor en barras de la nave. Si no es rescatado, las barras destruirían las zonas circundantes.

Aunque la lucha contra un EVO, Rex y Bobo oír hablar de un partido en el medio de un desierto. Más tarde, White Knight les asigna una misión en un evento bajo tierra en el desierto de Sonora, con el entretenimiento proporcionados por EVOS.

Van Kleiss trata de reclutar al vengativo EVO, NoFace en el Bug Jar con la Banda y Circe. Rex tiene una pequeña confrontación con Circe sobre que debe abandonar a la Manada y tomar su decisión.

Después de detener a otro EVO Conejo, Rex empieza a sospechar que algo anda mal con Bobo cuando comienza a actuar agradable e incluso ayudar un poco en la Providencia. Sin embargo, cuando Rex trata de convencer a Seis y Holiday, le dicen que no debe preocuparse por ello.

En su camino a casa de la diversión y con una hamburguesa, Rex es emboscado por cuatro personas para reunirlo en una isla, que son las personas más peligrosas del mundo.

Mientras combatía a una estrella de mar como el EVO, Rex empieza a tener momentos de trance durante la lucha, con la construcción de máquinas extrañas de su cuerpo cada vez. Aparece el hermano de Rex, Cesar. Explicando su pasado, revela que sus padres murieron en la explosión durante el Eventos Nanite y había estado en una pequeña nave sin saber donde estaba durante cinco años después de su encuentro, viaja a Abysus donde ve por primera vez a los EVOS cuando Van Kleiss se entera que ha regresado su "viejo amigo".

White Knight asume que la organización Puño Verde están vendiendo EVOS para Van Kleiss. Rex y Bobo acuden a América del Sur donde conoce a una mujer llamado Valentina que es la líder de Puño Verde trata de salvar a un supuesto EVO, que en realidad es un Chupacabras.

Rex organiza una cita doble con Noah para ver una película de terror con Annie y Claire. Los cuatro visitan a una mansión embrujada y abandonada que todo fue diseñado por Cesar para hacerlas asustar a las chicas, pero algo raro sucede con un fantasma EVO real.

Rex se entera de que dos exagentes de Providencia, Rombauer y Lansky están cazando EVOs pequeños en Coney Island.

Noah convence a Rex para inscribirse en su escuela secundaria para competir en un torneo de Ping Pong para hacerle ganar contra los gemelos Michael-Gabriel y su padre el entrenador de la escuela rival.

Rex y Van Kleiss deben unirse para detener a ZAG-RS en un desierto de arena. Durante la pequeña discusión que hace advertir a Rex que no debe confiar en Cesar, su objetivo es derrotar al robot Zag-RS que está oculto entre la arena. Se revela que ZAG-RS es el invento de Cesar poniendo la voz de su madre fallecida a ZAG-RS, Violeta.

Rex y César viajan a un local del pueblo de México para visitar a su abuela adoptiva, pero ella está ocultando algo. Hunter Cain regresa para poder preparar el gran asalto en el pueblo dando cara contra Abuela.

Breach va a Hong Kong como su objetivo principal tiene una importante misión para liberar a Quarry (La Roca) con otro trabajo de secuestrar a Circe por haber traicionado a la Manada para tener una pequeña charla con Van Kleiss pero en realidad la envió a la pequeña dimensión de bolsillo como un "juguete".

El Dr. Brandon Moses desarrolla una cura para EVOs incurables y la Dra. Holiday se interesa por completo con el objetivo de curar a su hermana Beverly, pero las cosas no salen nada bien. Seis, Rex, y el Caballero Blanco sospechan algo que puede ser un posible fraude.

Una periodista Diane Farrah de la Ultimate Exposure se le da un pase libre de todo a Providencia.

Si bien casi todo el personal de Providencia se han ido para poder trasladar el equipo de laboratorio de Gabriel Rylander, Noah convence a Rex para hacer una fiesta.

Cesar hace un esfuerzo para restaurar los recuerdos de Rex pero accidentalmente Seis destroza la máquina provocando su perdida de memoria por 6 años. Ahora, habiendo vuelto a su anterior, Rex tiene que ayudar a encontrar el camino a Seis de vuelta de mercenarios sin corazón al mentor que ha llegado a conocer.

(Parte 1): Breach obtiene una nueva habilidad de crear portales del tiempo equipando una tecnología diseñado por Van Kleiss pero sin embargo Rex trata de traer a Breach a su lado bueno, durante una pequeña batalla Breach crea un portal muy grande y traiciona a la Mnada enviando a Van Kleiss a un destino y tiempo desconocido. Rex se cruza en el portal abrazando a Breach y desaparece, acaba parando en un desierto. Al regresar a Providencia se da cuenta de que se había ausentado seis meses y Cesar le lleva a Rex al despacho donde conoce a una mujer misteriosa llamado Black Knight (Caballero Negro) que es la nueva líder de Providencia pero los paraderos de agente Seis, la Dra. Holiday, Caballero Blanco y Bobo Haha son actualmente desconocidos dejando con un cliffhanger.

(Parte 2): Siguiendo en el final de la temporada anterior, Rex se queda frente a la oficina de Caballero Negro (Rex cree que es una dimensión de Breach) después de que Caballero Blanco fue en contra de las órdenes de sus superiores, durante la misión Rex ve que los guardias usan una máquina de control mental creado por Cesar para capturar a los EVOs y le ponen un collar. Luego de huir de Providencia se encuentra con dos tipos que en realidad son la Dra. Holiday y el agente Seis que crean un nuevo grupo llamado "Providence Defect Group".

Rex tiene una afición en las carreras de motos subterráneo y se verá obligado a participar en una carrera de motos contra el líder llamado Valve.

Parte 1: Es un episodio crossover entre Ben 10: Supremacía Alienígena y Generador Rex. Ben Tennyson accidentalmente viaja a la dimensión de Rex cuando pelea lo que cree que es un extraterrestre. Después de peleas entre Rex y Ben, los dos finalmente trabajan juntos para detener la verdadera amenaza, un villano llamado Alpha creado por Cesar.

Parte 2: Es un episodio crossover entre Ben 10: Supremacía Alienígena y Generador Rex. Ben Tennyson accidentalmente viaja a la dimensión de Rex cuando pelea lo que cree que es un extraterrestre. Después de peleas entre Rex y Ben, los dos finalmente trabajan juntos para detener la verdadera amenaza, un villano llamado Alpha creado por Cesar.

Noah obtiene un trabajo en el estudio de televisión donde se graba el programa favorito de Rex. Después que el uniforme de Noah se mancha, él hace un montón de peticiones extrañas, como que persigue a un tamaño de desplazamiento mangosta, con todo el mundo que se reúne pensando que es Noah.

La pandilla viaja a Egipto donde Caballero Negro cuenta con equipos para investigar la tumba del secreto de la Esfinge donde una momia se cobra vida por los viejos nanites que menciona que le dio su "padre"; Caballero Negro obtiene algo importante y decide destruir la tumba con algún motivo desconocido, Caballero Negro mirando en un jeroglífico donde esta el dibujo de Van Kleiss revelando su paradero lo que indica que está en el Antiguo Egipto.

Después de perder sus gafas durante una pelea con una enorme planta de EVO, Rex cree que sus gafas son únicas y trata de recuperarlas. Pero tiene alguna dificultad en esa misión y Caballero Negro le salva la vida a la Dra. Holiday pidiendo una tregua para trabajar juntos. Su misión es evitar que un EVO convierta a la gente en EVOs al escupir una especie de polen que los hace transformar a la gente y hacérselo en 36 horas.

Rex planea una broma a Noah y le pide ayuda a Bobo.

White Knight ayuda para infiltrarse en Nueva Providencia con el fin de descubrir la verdadera intención de Caballero Negro y Cesar tienen con el Consortium, que es apoderar el mundo y convertirse en dioses conocido como "El Código de Dios", Rex encuentra a Cesar en su laboratorio con una persona que trata de "revivir" cuyo ser Gabriel Rylader, ahí obtiene el primer Meta-Nanite. Y Rex piensa declarar guerra contra Caballero Negro.

Rex y Noah ven a un chico EVO cautivo por los guardias de Providencia llamado Feakins Fitzy que tiene la capacidad de interferir de alguna manera con los poderes de Rex. Varios guardias de Providencia los persiguen sin descanso y Caballero Negro observa sus movimientos.

Circe está cubriendo a la vieja pandilla cuando los guardias están capturando EVOS poniéndoles collares pero sus amigos se sacrifican para salvarla y pide ayuda a Rex, con la esperanza de vencer a Caballero Negro y a Providencia por un nanite Maestro. Sin embargo, él se encontró con Biowulf que es el nuevo líder poco después de llegar junto con las fuerzas lideradas por Caballero Negro y sus peones negros. Circe le da un beso a Rex por primera vez y es capturada por el Peón Negro a cambio de salvara a Rex con el segundo Meta-Nanite.

En Hong Kong, China, Rex se entera de que Quarry ha regresado y está utilizando un mando a distancia robado de los agentes de Providencia, convirtiendo a sus viejos amigos Skywdd, Tuck, y Cricket, en contra de él una vez más como un gran ejército pero descubre que los que controlaban a los EVOs fueron los chicos de los videojuegos; en la pequeña batalla contra Quarry acaba quedando en pedazos por Rex. (Nota: Rex no mencionó a Circe que fue capturada en Abysus cuando él estaba cubriendo para ayudarle a escapar).

Van Kleiss se encuentra atrapado en Egipto tratando de volver a su época actual pero sin embargo despierta tan pronto de la máquina de la hibernación que acaba capturado por los romanos quienes lo forzan a luchar contra los gladiadores. Luego Rex encuentra la máquina donde esta Van Kleiss pero con el estado de shock y ve un portal de oro que resulta ser Breach por el anti-tiempo pero ella huye nuevamente sin decir la respuesta de seguir siendo amigos. Van Kleiss es arrestado en Providencia cuando se reúne con Caballero Negro que había estado por un largo tiempo fuera.

Rex salva a Circe de Providencia, pero ella está actuando muy extraño sin saber como logró escapar de Providencia cuando fue capturada en Abysus. Rex y los demás pronto descubren que Circe en realidad es un EVO que cambian de forma llamado John Scarecrow, que se ha infiltrado en la planta por órdenes de Caballero Negro para tratar de obtener información sobre el meta-nanite. Mientras que en Providencia Cesar se reencuentra con uno de los científicos del Evento Nanite, que es Peter Meechum pero no le agrada trabajar junto con Van Kleiss después de que le hizo convertirse en EVO para proteger a su hija Sarah; la verdadera Circe aún sigue siendo prisionera en la cárcel.

Rex descubre que ha heredado una granja en Argentina por lo que Noah, Claire, y Annie acuden juntos para visitarla.

El gato de la selva EVO regresa para ayudar a Rex y a Seis, quien quiere vengarse de Van Kleiss por haberlo petrificado en el Amazonas para infiltrarse en la base del Consortium con intención de obtener el tercer Meta-Nanite, pero sin embargo Caballero Negro mata a un miembro del Consortium sustituyéndose en su lugar.

Hunter Caín, Gatlocke, NoFace y Valve se fugan de la cárcel para formar un equipo para acabar a Rex. Sin embargo en realidad fue una gran distracción cuando Caballero Negro obtiene el cuarto Meta-Nanite.

Caballero Negro ataca al Equipo del Defecto de Providencia y robar los Meta-Nanites que faltaban para completar el plan del Consortium, ahí se cuenta el origen de que llegó a Providence cuando Caballero Blanco es despedido y contando historia de los científicos originales y de los padres de Rex. Fitzy Feakins reaparece para poder interferir los poderes de Rex y llevarlo de vuelta a la base del Consortium, ahí se reúne nuevamente con los científicos; Rex se siente traicionado por Cesar y empieza ha odiarlo. El Caballero Negro y el Consortium obtiene poderes preparando la gran batalla contra Rex y Providencia. Rex es vencido pero todavía no termina.

Caballero Negro ataca al Equipo del Defecto de Providencia y robar los Meta-Nanites que faltaban para completar el plan del Consortium, ahí se cuenta el origen de que llegó a Providence cuando Caballero Blanco es despedido y contando historia de los científicos originales y de los padres de Rex. Fitzy Feakins reaparece para poder interferir los poderes de Rex y llevarlo de vuelta a la base del Consortium, ahí se reúne nuevamente con los científicos; Rex se siente traicionado por Cesar y empieza ha odiarlo. El Caballero Negro y el Consortium obtiene poderes preparando la gran batalla contra Rex y Providencia. Rex es vencido pero todavía no termina.