Царь Алексей Михайлович только что схоронил родителей - Михаила Фёдоровича и Евдокию. Алексей уверен, что трон ему дан не просто так, и его задача - построить царство, где каждый будет жить по совести. Царь впервые встречается с митрополитом Никоном, который рассказывает Алексею, как по-настоящему живёт Россия...

Царь возмущается, что церковные службы до сих пор ведутся "на старый лад". Он называет службы вертепом и хочет позвать новых попов, которые будут достойно вести церковь. Боярин Борис Морозов, воспитатель царя с его детства, намерен женить Алексея...

Царь Алексей женится на Марии Милославской. Тем временем в его окружении начинают шептаться, что "новые люди" постепенно вытесняют старое боярство. В народе начинаются волнения, которые перетекают в "соляной бунт". Борис Морозов приказывает поджечь Москву, дабы угомонить мятежников...

Патриарх Иерусалимский благословляет Никона, который замыслил в России воздвигнуть "третий Рим", однако вместе с этим выражает недовольство, что русское православие отличается от православия "более старого". Священник Аввакум, выступающий против отступления от старых церковных правил, подвергается избиениям за свои взгляды.

По приказу царя Никон едет на Соловки, чтобы там забрать мощи святого митрополита Филиппа. Вскоре приходит известие о кончине прежнего патриарха - Иосифа. Все ожидают, что новым патриархом станет Никон, но он отказывается...

Первые шаги Никона в патриаршем сане. Многие открыто выражают недовольство переменами в церкви - креститься теперь надо не двумя, а тремя пальцами. Протопоп Аввакум впервые осмеливается выступить против новых правил...

Аввакум пишет царю челобитную о деяниях Никона. Протопоп считает, что патриарх ведёт себя неправильно. Аввакума заковывают в цепи, и лишь чудом он спасается от более сурового наказания - его ссылают в далёкий Тобольск...

Царь Алексей идёт войной на Польшу для возвращения исконно русских земель. А разногласия между Никоном и его противниками всё усиливаются...

Аввакум застаёт парочку простых мирян за блудом прямо в церкви. Совратитель наказывается плетьми, и, ведомый жаждой мести, жалуется на Аввакума, что он, якобы, называет патриарха Никона антихристом, а царя - пособником антихриста. Тем временем сам Никон предлагает Алексею воевать со Швецией...

Россия ведёт войну со Швецией, но не очень успешно. Царь Алексей пытается понять, почему русские воины терпят поражение и как исправить положение. Протопоп Аввакум скитается по сибирским глухим лесам, где претерпевает множество лишений и несчастий...

Поляки требуют от царя Алексея покрытия их убытков из-за войны. Сам Алексей гневается на Никона, утверждая, что "раньше у нас было две головы и одно желание, а сейчас у нас два желания". Видя царский гнев, Никон слагает с себя сан патриарха...

Никон запирается в Новом Иерусалиме, при этом, не желая никому уступать своих патриарших прав. Царь задумывает созвать собор с участием восточных патриархов, чтобы окончательно низвергнуть Никона, который мешает главной идее Алексея - созданию вселенского православного царства во главе с Москвой.

В Москве проходит свадьба царя с Натальей Нарышкиной. За неповиновение Алексей хочет погубить своевольную боярыню Морозову, которая не принимает нового церковного уклада. А по всей стране лютуют царские прислужники, под угрозой повешения заставляющие креститься тремя пальцами тех, кто привык это делать двумя.

Царь озабочен вопросом престолонаследия - не все его дети здоровы, хотя новая царица готовиться родить наследника. Боярыня Морозова находится при смерти - её пытают голодом...

Царь Алексей Михайлович умирает, но перед смертью он назначает наследника - сына Фёдора. Перед своей кончиной Алексей просит прощения у Никона, но тот не желает прощать царя. Протопоп Аввакум надеется, что новый царь, Фёдор III, повернётся к прежней вере...

Никона высылают под ещё более строгое заточение. Раскольники устраивают бунт в церкви - врываются туда во время службы с криками "Будь проклят, царь-отступник!" Аввакума вместе с его товарищами сжигают.