В центре истории увлекающийся наукой юноша со сверхчеловеческим мозгом, Сэнку, и его близкий друг, Тайдзю, который гордится своей физической силой. Тайдзю решается рассказать о своих истинных чувствах Юдзурихе, которую он любил с самого детства.друг происходит что-то невероятное, и все люди на свете мгновенно превращаются в камень...!!! Затем действие переносится на 3700 лет вперед. В каменном мире, где цивилизации исчезли, Сэнку и Тайдзу выходят из состояния окаменения, воссоединяются и решают построить цивилизацию с нуля!

Перед лицом непосредственной опасности со стороны диких животных Сенку и Тайдзю вынуждены возродить Цукасу Шишио - "самого сильного примата старшей школы". Несмотря на то, что Цукаса обладает огромными боевыми способностями и обеспечивает им обильную пищу в качестве охотника, их новый союзник придерживается противоположных взглядов на восстановление человечества.

Сенку не доверяет мотивации Шишио, поэтому он попытается скрыть свои планы от нового и непредвиденного врага ради своего плана по возрождению цивилизации.

У Сенку возникает идея создать порох, чтобы уравновесить чашу весов и получить шанс победить Шишио. Производство пороха приводит к пожару. Вскоре после этого Сенку и остальные обнаруживают на горизонте дымовые сигналы. Несчастный случай? Вряд ли. Очевидно, в каменном мире есть и другие люди...

Шишио намерен покончить с жизнью Сенку, если тот в тот же момент не пообещает отказаться от своей идеи восстановить цивилизацию в том виде, в каком она была до инцидента.

Тайдзю и Юдзуриха разгадывают секрет Сенку и оживляют его. Но теперь, когда он вернулся, им нужно разобраться с Цукасой.

Кохаку проводит Сенку в свою деревню, но его придется убедить, прежде чем его впустят. Тем временем он заводит дружбу с единомышленником, подающим надежды "колдуном".

Сестра Кохаку, деревенская жрица Рури, тяжело больна. Сенку, Хром и Кохаку начинают работу над антибиотаками, чтобы спасти ее жизнь.

Сенку открывает ларек с раменом в надежде заручиться поддержкой своего царства науки, но некоторые люди слишком принципиальны, чтобы принять такую взятку. Менталист Асагири Ген не из их числа.

Сенку и его царство науки успешно испытывают первую лампочку со времен коллапса. Тем временем Асагири Ген, шпион из империи Цукаса, убит неизвестным злоумышленником.

Развитие стекольного производства, важный этап для производства препаратов сульфата и для химии в целом, оказывается неожиданно полезным для Суйки.

Чтобы сделать антибиотики, Сенку и его королевство должны добыть серную кислоту из фонтана, где она содержится. Команда отправляется на поиски, но нет никакой гарантии, что они вернутся живыми.

Все, что нужно для изготовления антибиотиков, - это спирт. Лучший способ получить его - выиграть Великий поединок, который Сенку и его королевство также должны будут сделать, чтобы держать Магму подальше от Рури и дать ей лекарство.

После серии трюков, проведенных Магмой, чтобы дойти до финального матча, Хром показывает свой собственный трюк! С небольшой помощью от Гена, Хром, возможно, сможет провернуть этот трюк!

После маловероятной победы Сенку, быстрого брака и еще более скоропалительного развода, царство науки возвращается к работе, чтобы наконец-то закончить лекарство Рури!

Рури раскрывает происхождение названия деревни, а Сенку узнает о судьбе своего отца!

История Бякуи и астронавтов продолжается, а связь Сенку с деревней Исигами и "Сотней сказок" наконец-то раскрывается.

Армия Цукасы наступает! Кинро пытается удержать мост против смертоносного копьеносца Хёги и его ударных войск, но Сенку и жители деревни готовы со смертоносным новым научным оружием!

Хёга обезоружен, но царство науки по-прежнему в опасности - деревня Исигами охвачена пламенем! И Цукаса скоро узнает, что Сенку все еще жив... Как жители деревни будут бороться с грядущим вторжением?

Начинается работа по созданию компонентов для мобильного телефона Сенку, но вращение золотой проволоки оказывается довольно сложной задачей! К счастью, Хром и Касеки "изобретают" водяное колесо и радикально улучшают процесс!

С завершением строительства водяного колеса Хрома и Касэки деревня Исигами вступает в эпоху электричества! Но сможет ли Сенку с имеющимися в его распоряжении примитивными материалами создать нить, которая выдержит сильное нагревание при работе вакуумной трубки?

Сенку, Хром и Магма отправляются в пещеру в поисках Вольфрама, но там происходит подозрительный несчастный случай, в результате которого Сенку и Хром оказываются на дне ямы! Что задумал Магма?!

Сенку и остальные жители деревни приступают к работе по изготовлению компонентов для мобильного телефона. Это тяжелая работа, но все в восторге!

После успешного испытания нового мобильного телефона Сенку узнает загадочную историю о пчеле по имени Спикер, которая может воспроизводить голоса мертвых.

Сенку продолжает попытки продвинуть Каменный мир, на этот раз он готовит "космическую еду", которая на самом деле является лапшой. После того как Сенку заканчивает свой проект, Гэн прозревает и придумывает план, как уничтожить армию Цукасы без насилия.

Пока Сенку отвлекает Гена и остальных, Хомура понимает, что что-то не так.

Тайдзю и Юдзуриха на грани слез, услышав голос Сенку, и Сенку сообщает им о своем плане выиграть войну без кровопролития

Хром и Магма борются с Укё, а Сенку занят созданием изобретения - новой надежды.

Последние штрихи к автомобилю сделаны, и он используется для транспортировки научных материалов на укрепленный склон скалы, расположенный недалеко от империи Цукаса. Там автомобиль переоборудуют в танк, но, не зная об этом, спасательная группа готовится к отражению любой автомобильной атаки.

Хром должен использовать все свои научные знания, чтобы сбежать из тюрьмы и спасти Сенку и других людей.

Сенку решает использовать Паровую гориллу, чтобы захватить Чудо-пещеру. Используя запись Лилиан, Сенку завоевывает доверие большего числа людей Цукасы. Укё рассказывает, что видел секретную миссию Юдзурихи по сборке фрагментов статуй, разрушенных Цукасой.

Финальная битва за чудо-пещеру начинается, когда Сенку и Королевство науки проводят лобовую атаку на пещеру.

Сенку требует от Цукасы перемирия в обмен на оживление его сестры Мирай, о которой Цукаса узнает, что она жива, но новая проблема появляется, когда Хёга показывает свою истинную сущность.

Сенку требует от Цукасы перемирия в обмен на оживление его сестры Мирай, о которой Цукаса узнает, что она жива, но появляется новая проблема, когда Хёга показывает свою истинную сущность.

Королевство науки одерживает победу, но для Сенку это еще не конец. Сенку должен использовать все свои знания, чтобы вылечить тяжелораненого Цукасу.

Сэнку вместе с Рюсуем продолжают осматривать окрестности с воздушного шара. Нефти пока не видать, зато найдена ещё одна незаменимая вещь для предстоящего путешествия — пшеница.

Королевству Науки потребуются продовольствия, которых хватит на путешествие на другой конец света. Но Сэнку, не будучи профессионалом, сжигает весь хлеб, который пытается испечь.

Сэнку берет с собой команду для поиска нефтяных месторождений Сагара. Тем временем Суйка и Франсуа отправляются на охоту за трюфелями.

Сигнал азбуки Морзе с надписью «ПОЧЕМУ» слишком сильно насыщает эфир, чтобы Укё мог определить направление, поэтому Королевство науки работает над тем, чтобы визуализировать сигнал.

Попытки Касеки построить научное судно «Персей» зашли в тупик, когда он понял, что невозможно собрать все детали на практике.

Экипаж «Персея» направляется на остров сокровищ, место рождения «Сотни сказок», где они надеются найти сундук с сокровищами, оставленный экипажем «Союза».

«Персей» прибывает на остров сокровищ. Разведывательный отряд, состоящий из Сэнку, Союза, Кохаку и Гена, отправился на поиски платины и установления контакта с островитянами. Позже Укё обнаруживает что-то на морском дне и отправляет Гинро на расследование.

Амариллис объясняет, как она избежала окаменения и как пришла к решению проникнуть во внутренний дворец.

Суйка и Гинро работают вместе, чтобы спасти передвижную лабораторию от «Персея». Воссоединившись с Сэнку и остальными, группа работает над предметами, чтобы помочь Кохаку в процессе выбора.

Амариллис, Гинро и Кохаку выбраны, чтобы присоединиться к внутреннему дворцу. Научной группе понадобится способ тайно общаться с ними и, в конечном итоге, способ общения с научной командой.

Кохаку нашел сокровище, оставленное Бьякуей и остальными, но оно замуровано в бетон. Сэнку должен разработать план, как незаметно добраться до содержимого внутри, чтобы не насторожить охрану.

Кохаку вынужден разрушить статую Рюсуи, чтобы доказать, что она не шпионка.

Команда воскрешает Касеки для работы над дроном. Тем временем Гинро вызывают к Мастеру.

Еще часть Королевства Науки возвращается из окаменения, но Моз обнаруживает их в пещере.

Моз и Королевство Науки образуют хрупкий временный союз против Ибары. Как долго это продлится — это вопрос, которым они пока не могут себе позволить заниматься.

Королевство Науки атакует и пытается осуществить свой план по краже устройства окаменения. Моз убеждает Кирисаме использовать устройство, но инстинкты Рюсуи подсказывают ему, что в ситуации что-то не так.

Члены Королевства Науки начинают атаку на островитян на борту «Персея», но Моз не сильно отстает, а Сэнку и остальные вынуждены отступить внутрь корабля. Ибара загоняет их в угол, но Сэнку раскрывает свою карту Джокера.

Йо и Королевство Науки захватывают устройство окаменения, но Ибара не сдается без боя.

К большому шоку и разочарованию Ибары, Сэнку разработал план и сумел избежать окаменения. Теперь они вступают в битву лицом к лицу за контроль над устройством Медузы.

Сэнку одерживает победу. Затем он работает над оживлением остальных и ремонтом их устройств связи, но пока они разговаривают с Рури, они сталкиваются с сильными помехами в сигнале.

На Луну! По крайней мере, таков план. Сэнку и Королевству Науки необходимо разработать способ отправиться на Луну и разобраться с Почему-Человеком. Первый шаг — объединиться с жителями Острова сокровищ и заручиться их помощью в создании новых ремесел.

Для полёта на Луну придётся разбудить весь мир, построить новые города и направить все усилия человечества на борьбу с таинственным врагом. Но первым делом нужно вернуть самого сильного бойца — Цукасу Сисио.

Путь из Японии до Америки по морю неблизкий, но его можно немножко укоротить! Вот только какой ценой? Рюсуй с Сэнку спорят, готовы ли они её заплатить!

Сэнку удалось выиграть спор. Команда научного корабля отправляется к Америке наикратчайшим путём!

Ребята достигли Нового Света! И прибыли они в знаковое место…

Засада! Пулемёт! Противник опасен! А за его спиной наверняка стоит учёный…

Нынешнее противостояние совсем не такое, как все прежние! Справится ли Сэнку?

Зено уверился в своей победе после успешного авианалёта. Он знает, что Сэнку и его команда не сбежит…

Неужели Сэнку знает, кто такой Зено? Где они могли познакомиться?

У Луны важная миссия… Она должна указать Стэнли, кто есть лидер врагов. Но справится ли она?

Очень многое зависело от решения Луны. И пока она колебалась… Стэнли сделал свой ход.

Стэнли безжалостен! Неужели у Сэнку нет шансов?..

Воздушный налёт! Но теперь ребятам есть, чем ответить врагу…

В тот момент, когда Стэнли захватил «Персея», в лабораторию ворвались друзья Сэнку!