Москва, середина XVI века. Для укрепления государства и своей власти царь создает опричное войско. Опричникам дано право казнить и миловать без суда именем государя Московского. Всеми, от мала до велика, безраздельно владеет страх. Царь доверяет лишь нескольким людям. Один из них — его преданный слуга Малюта Скуратов. Борис Годунов приходит к Малюте Скуратову, и он его берет к себе грошеносцем, вместо Митьки. Борис знакомится с Федором Романовым и Василием Шуйским, а чуть позже он впервые встречает Марию. Иван Грозный вызывает к себе Малюту, сообщает, что из Торжка пришел донос — на воеводу Бецкого. Малюта утверждает, что воевода тихо себя вел, но царь все равно говорит, что надо ехать. Скуратов едет в Торжок со своими людьми, среди них и Годунов.

После гибели Малюты Скуратова у Ивана Грозного осталось два верных человека Богдан Бельский и Борис Годунов. Царская знать всячески отказывается признавать Бориса Годунова, но Иван Грозный встает на защиту своего шурина. Царь не видит в своем сыне Федоре будущего царя и боится, что после смерти трон у его сына сразу же отберут. По завещанию Ивана Грозного Федор становится царем, Шуйский — воеводой, а окольничим назначает Бориса Годунова.

Годунова мучают ночные кошмары. К Борису идут люди с жалобами, они доверяют ему и видят в нем справедливого судью. К канцлеру Щелкалову является английский посол, Иван Грозный при своей жизни обещал жениться на английской королеве, но обещание он не успел сдержать, а у нынешнего правителя уже есть жена и выполнить обещание никак не получится. Годунов узнает, что казна пуста. Стрельцы, не получающие жалование, устраивают настоящий бунт. К стрельцам выходит Борис с признанием своей вины и просит отсрочку, обещая выплатить деньги. Слову Годунова вся Москва верит, и бунтовщики поверили.

Мария Скуратова предлагает мужу наказать Шуйских, но Годунов этого делать не собирается, хочет еще и подарками одарить их. Устраивает им охоту. Все шепчутся, что Годунов хочет на место царя сесть. Не дворяне будут рады такому правителю! Царица в раздумьях — принимать ли ей постриг. Царь отдает послу письмо для английской королевы, и требует незамедлительно отправиться на Родину и вручить письмо прямо в руки. Посла просят поехать через Ригу, и навестить там вдовствующую королеву Марию Ливонскую. Она родственница царю и имеет право на престол. Вместе с послом отправляется князь Василий Шуйский. Василий сообщает о том, что Великий Государь, ее брат просит вернуться на Родину.

Годунов пытается выяснить, кто же ворует из казны. Он просит Федора Романова съездить на север и разобраться с этим. Мария с дочкой приезжают в Москву. Царь рад видеть сестру и просит Бориса позаботиться о ней. Романов прибывает в Холмогоры и представляется как московский купец Михайло Золотов. Там он застает ссору Строганова с воеводой Семеном Матвеевичем. Романов ведет беседу с воеводой, просит у него несколько кораблей. После разговора с Семеном, Федор становится свидетелем наказания должников и спасает от плетей одну девушку.

Годунов сообщает царю о том, митрополит уговаривает Марию принять добровольный постриг. План Мстиславского рушится. Вспоминают про Дмитрия — законного наследника, сына царя Иоанна, который живет в Угличе. В Москву приезжает патриарх Константинопольский. Иеремия давно мечтал увидеть царя русского. Годунов решает задобрить патриарха подарком, приносит в дар Евангелие. Борис уговаривает Иеремию принять патриарший престол на русских землях, ведь Москва как третий Рим. Царица уговаривает Иеремию возглавить патриарший престол, и не уезжать в Константинополь. У царевича Дмитрия случаются частые приступы.

Царь Федор, предчувствуя скорую кончину, переживает за престол. Ирина до сих пор не родила наследника. Федор хочет изменить завещание и просит Годунова привезти ему Дмитрия, так как в нем течет кровь царского рода. Годунов сомневается, что Дмитрия признают, ведь он незаконнорожденный. Годунов с Марией Скуратовой едут в Углич, но дворяне не отпускают царевича Дмитрия с Годуновым. Борис возвращается в Москву без Дмитрия, перед отъездом дает наказ Михайло.

Мстиславский пишет челобитную царю — жалуется на Годунова. План Бориса сработал — басурманы ушли и Федор Романов остался жив. Война окончена, хан пошел на мировую. Шуйский на лобном месте собирается рассказать всю правду о смерти Дмитрия. Перед всем народом московским, Шуйский сообщает, что Дмитрий зарезался не нарочно, а во время падучей болезни. Годунову же признается, что знает, кто на самом деле убил ребенка... Ирина Годунова к радости Федора наконец беременна, но долгожданная и единственная дочь Федора Иоанновича, не прожив и двух лет, умирает. А со смертью царя, не оставившего после себя наследников, в 1598-м году заканчивается московская линия династии Рюриковичей. Перед страной стоит вопрос: кому быть на Московском престоле?

В Москве продолжается голод. Годунов приказывает раздавать бесплатно на площадях хлеб и зерно народу. Фёдор Романов объезжает купеческие дворы в поисках спрятанного зерна. Софья и Ксения гадают. Ксении привиделся жених. На жениха Софьи, Нечая, поступает донос, его арестовывают. Отец сообщает Ксении, что к ней едет датский принц. На Фёдора Романова пишут доносы, Годунов отказывается их читать. Скоморохи на площади делают представление о том, что царевич Дмитрий жив. Народ их слушает. Гришка Отрепьев пишет канон, посвященный преподобной Ксении-страннице...

Нечай и Софья тайно венчаются, Ксения и Илейка — свидетели. Датский принц умирает. Борис Годунов отправляет Илейку за новым женихом для дочери. В Москве продолжается голод. Гришка Отрепьев попадает к полякам, говорит, что он выживший царевич Димитрий. Вместе они начинают собирать войско для похода на Москву. Нечай присягает Гришке Отрепьеву. Под покровительством поляков Гришка Отрепьев объявляет себя законным наследником — царевичем Димитрием. Отрепьев и Марина Мнишек заключают договор...

Отрепьев узнаёт о смерти Годунова. После смерти отца Фёдор Годунов принимает управление государством. Ксения и Софья помогают Илейке выбраться из темницы. Софья признаётся Ксении, что носит ребенка Нечая. Голицын предлагает Фёдору Годунову бежать из города, спасать мать и сестру, тот отказывается. Нечай поднимает народ на бунт против Годуновых. Начинается погром. Голицын преподносит Отрепьеву дары в знак признания. Отрепьев назначает Голицына московским воеводой и приказывает убрать Годуновых из Кремля. Федор Мстиславский от имени Отрепьева отправляет Годуновых под стражу. Голицын убивает Марию и Фёдора Годуновых, Ксению отправляют в темницу. Отрепьев под ликование народа въезжает в Москву...

Нечай под руководством Шуйского, Мстиславского и Голицына поднимает народный бунт, Отрепьева убивают. Царём становится Василий Шуйский. При поддержке поляков на Русь приходит Лжедмитрий II. Начинается осада Троице-Сергиева монастыря. Здесь встречаются Ксения и Нечай. Фёдор Романов руководит осадой Ростова Великого, где он сдаётся в плен, желая спасти защитников Ростова. Ксения хочет принять монашеский постриг. Ксения участвует в обороне Троице-Сергиева монастыря. Лжедмитрий II предлагает Фёдору Романову патриарший престол. Фёдор соглашается, но на своих условиях...

Фёдор Годунов призывает Ксению идти к Гермогену в Москву и поднимать народ против иноземных захватчиков. Нечай сообщает о том, что поляки готовят подкоп под Троице-Сергиев монастырь. Фёдор Романов предлагает Гермогену призвать сына польского короля Сигизмунда на русский престол, дабы выиграть время. Фёдор Романов отправляется к королю Сигизмунду. Ксения получает благословение на то, чтобы идти Москву и поднимать народ на борьбу с польско-шведскими захватчиками. Поляки начинают штурм Троице-Сергиева монастыря. Илейка решает идти к ним на встречу по потайному лазу. Находясь в плену у поляков Федор Романов узнаёт о том, что Василия Шуйского свергли с престола...