Maurice está cansado de seguir las órdenes de Julien y de vivir con él. Un día Maurice se pierde a causa de un flash que lo ciega y los pingüinos deciden ir a buscarlo, cuando lo encuentran se dan cuenta que Maurice está contento de estar lejos de Julien y no quiere regresar, así que los pingüinos lo convencen de volver. Mientras tanto, Julien piensa que está dentro de la cámara e intenta sacarlo de ahí. Al final Maurice regresa con el Rey Julien y éste cree haberlo sacado de la cámara.

Los pingüinos, hartos de la forma de actuar del Rey Julien, deciden partir en un cohete a la Luna. Sin embargo, sólo logran llegar al techo de un edificio al lado de zoológico, donde encuentran un gato de extraño pelaje. Mientras que Julien aprovecha que no están para tratar de robarles la televisión.

Después de que en una noche Marlene grita asustada, porque según ella hay un monstruo que la asusta, Skipper y sus secuaces investigan y descubren que en las alcantarillas hay un cocodrilo que se asusta con los ronquidos de Marlene.

En el zoológico están vendiendo muñecos de Mort, así que Julien se harta de tanto verlos y decide deshacerse de ellos sin percatarse de que el verdadero Mort iba ahí, por lo que los pingüinos van a rescatarlo a la fábrica, al final salvan a Mort pero Cabo se queda en la fábrica.

El rey Julien avisa que su día se aproxima, y advierte a Maurice que si no le hace una fiesta inolvidable, le dará una paliza. Así que Maurice soborna a Marlene, a los pingüinos y a los monos con caramelos para que hagan todo lo que el Rey Julien diga. Al final Julien descubre los caramelos (que están adentro de una piñata) y los comparte con todos.

Marlene (la nutria) encuentra un huevo, así que lo entrega a los pingüinos para que se hagan cargo de él, mientras Julien trata de robarles el huevo. Después, el huevo está en peligro por culpa de Julien, por lo que los pingüinos van a salvarlo, y al último sale el patito del huevo y es entregado a su madre.

Julien siempre pone su música a todo volumen, obligando a Maurice y a Mort bailar toda la noche, así que Skipper se harta y decide quitar las baterías del reproductor de Julien, por lo que entre los dos se las quitan, hasta que por accidente caen en la jaula del canguro Joy, éste enojado los espera para darles una paliza, así que Julien y Skipper tienen que aliarse temporalmente para escapar de ahí.

Los pingüinos juegan a un juego donde quien capture la bandera verde toma todo, así que Julien observa y se incluye para jugar pero Skipper se niega, hasta que Julien convence a los pingüinos de dejarlo jugar, apostando todo lo que tiene. Por desgracia son derrotados una y otra vez por Julien, Maurice y Mort, al punto de que Julien se lleva todo lo que tienen los pingüinos. Tras saber el truco de los lémures, Skipper apuesta con Julien todo o nada, por lo tanto los pingüinos hacen un plan efectivo para derrotar a Julien. Los pingüinos ganan y al final Julien y Maurice se quedan sin nada.

Mort se queda obsesionado con los pies de Julien, así que éste le prohíbe tocarlos más o si no se retira de su "reino", termina retirándose, por lo que pide ayuda a Marlene (la nutria) y ella a su vez le pide ayuda a los pingüinos, asimismo Skipper le pone un entrenamiento duro, ya que al fin se quitó esa obsesión, Julien está en peligro y la única forma de salvarlo es agarrando sus pies, Mort lo salva y Julien quita la regla de no tocar los pies del rey.

Los pingüinos se dan cuenta que los están vigilando con una cámara. Marlene les dice que las cámaras son para que la gente los vea en Internet y así puedan votar por su animal favorito, así que los pingüinos para que no los siguieran vigilando deciden no moverse. Alice les lanza comida a los pingüinos y Cabo en un intento de comer un pez se resbala y cae. La gente comenzó a llamarlo "resbalín". A Cabo comenzó a gustarle "la vida de Resbalín" porque le daban comida solo por resbalarse. Los otros pingüinos van a rescatarlo. Mientras, Julien intenta tener éxito en la web usando la ayuda de Marlene. Hace un acto donde participan Maurice, Marlene y Mort. Mort sale lanzado por el aire y cae encima del escenario de "Resbalin". La cámara se voltea hacia Alice que está bailando. Cabo volvió con los pingüinos y Julien nunca tuvo éxito en la web.

Marlene le dice a Skipper que es "Divertilunes". Todos creen que Skipper no es divertido así que Skipper intenta probarlo. Skipper vota la corona del rey Julien a las alcantarillas de casualidad. Skipper va en busca de la corona con Kowalski, Rico y Cabo. Mientras, Marleen intenta conseguirle al rey Julien una nueva corona. Los pingüinos se encuentran con unas ratas que les dicen que si Skipper solo vence al rey se lleva la corona. Luego aparece el rey que era una rata de laboratorio con quien Skipper pelea. Casi pierde si Kowalski no hubiera dicho "divertilunes". Recordó su "maniobra divertida: el "tirabuzón". Cayó encima del rey rata y consiguió la corona. Cuando Julien se enteró que había estado en las alcantarillas le pidió a Maurice su corona de remplazo.

Skipper y los pingüinos están entrenando sus instinto, y Marlene interrumpe diciendo que va a visitar a los nuevos vecinos. Por desgracia, succionan a Mort, y van a su rescate. Al final, resultaron ser camaleones y Kowalski aprendió a seguir su instinto.

Después de que Julien se volviera loco, los pingüinos dicen a Maurice que debe hacerse cargo del reino en lo que Julien se cura, así que enloquece por culpa de unos lichis (la fruta que volvió loco al rey Julien) y tomó el poder de todo, al final Julien vuelve y Maurice se queda avergonzado.

Alice colocó en el zoológico un guía "robótico". Los pingüinos quieren destruirlo con dinamita pero Rico se la traga por accidente y la trata de regurgitar pero Alice piensa que está vomitando así que le da medicina antivomitiva. Sólo Mort (el más chico) podrá sacar la dinamita antes de que explote dentro de Rico.

Julien reta a los pingüinos a una carrera de coches a la medianoche, por lo que Julien roba el automóvil de Alice (la cuidadora). Al final, los pingüinos pierden por culpa de los monos y Julien estampa el coche de Alice.

Los animales tenían éxito en obtener su comida favorita de palomitas de maíz de los visitantes del zoológico hasta que Alice cacha a un niño lanzando palomitas de maíz a Marlene. Alice a continuación, le grita al niño y coloca carteles que decían "No alimente a los animales" alrededor del zoológico, impidiendo a los animales obtenerlos. Los animales se reúnen para determinar cómo conseguir las palomitas de maíz por su cuenta, pero los pingüinos y los lémures no quieren trabajar juntos. Los pingüinos entonces asaltan fácilmente el almacén de zoológico, los lémures que vienen detrás, lo que resulta dos bolsas de palomitas de maíz entre ellos. Pero cuando vuelven a la tienda del zoológico, se dan cuenta de que han reventado las palomitas de maíz, y Julien cree que "los huevos de palomitas" tiene que ser incubados desde su trasero. Cuando Alice encuentra un rastro de palomitas que conduce al hábitat de los pingüinos, Cabo ayuda a Skipper a ocultar la bolsa en el incinerador, y éstos pronto revientan, llenando y reventándose en el hábitat de los pingüinos. Skipper y Cabo aterrizan en el hábitat de Marlene quien los felicita por su trabajo. Julien piensa que los dioses de las palomitas le han regalado como una recompensa por ayudar a incubar los huevos ". Al final, tumbado sobre un montón palomitas de maíz con los otros pingüinos, Skipper declara que está "hasta el pico de tanta palomita".

Alice la cuidadora de animales está repartiendo a las personas comida para pingüinos, pero éstos se percatan de que no es pescado sino galletas de soya, así que deciden robarlo de un camión repartidor. Julien no quiere el olor a pescado, así que frustra el plan de los pingüinos. Al final ni Julien ni los pingüinos se quedan con el pescado.

Es invierno y los pingüinos tradicionalmente juegan hockey, hasta que llegan las ratas (y la rata con la que peleó Skipper en "Los tontos de la Corona") y los derrotan quedándose con su "hielo". Julien los ve jugar y decide jugar también pero de porrista junto con Maurice y Mort, luego juegan los pingüinos por la revancha para recuperar su "hielo" y la rata mayor hace trampa lastimando a Cabo, Kowalski y Skipper. Al último, las ratas tocan los pies reales (los del rey Julien) lo que hace que se enfurezca Julien y derrote a la rata mayor.

El doctor del zoológico está vacunando a los pingüinos, pero Skipper por cobardía, se rehúsa a ser vacunado así que los otros pingüinos lo obligan y al final se vacuna.

Los monos querían que el rey Julien no los hiciera bailar samba todos los días así que engañó a Julien con un eclipse para que sea más amable, pero su amablididad molestaba a los demás, así que los pingüinos intentaron con un rayo pero la tormenta hizo que Julien vuelva a la normalidad y los monos tuvieron que bailar samba.

Mort se vuelve alto y fuerte como resultado de un experimento de Kowalski. Julien al enterarse de su tamaño enorme le saca provecho pero al final, Mort vuelve a la normalidad y Cabo es el que se queda alto y fuerte.

Kowalski crea un aparato del que no sabía que era capaz, y Marlene irrumpe en su experimento diciendo que tendrá una nueva compañera, pero ella no sabía que era una morsa, y le empieza a irritar y decide que la va a mandar a algún lugar, pero se da cuenta de que a donde iba era muy malo y la salva con el aparato de Kowalski, pero al final la morsa se queda con su experimento.

La galleta de la suerte le pronostica a Rico un final "aplastante". Rico se acobarda por el presagio de su galleta de la fortuna. Así, Rico va a ver el Rey Julien, quien puede romper la mala fortuna.

'Un robot con forma de lémur es enviado al zoológico para aprender de la conducta del Rey Julien.

Rico y Roger, el cocodrilo, cambian de cerebro, para que Rico se enfrente a la criatura a quien le teme Roger. Por desgracia, la violencia calmada de Rico amenaza a todos en la ciudad. Nota: En el episodio fue la primera aparición de Roger.

A Cabo le toca la vigilancia nocturna y se lleva una caja de dulces desobedeciendo las órdenes de Skipper. En la guardia, Cabo ve una orca inflable flotando en el cielo y Cabo cree que es de verdad y le avisa a todos pero nadie le cree hasta que lo ven y los pingüinos intentan detenerla.

Marlene se aburre de estar en el zoológico así que va con Skiper, los pingüinos y los lémures para hacer un plan de escape para comer helado granizado, pero Marlene se vuelve salvaje porque vivió toda su vida en cautiverio y se enamora del Rey Julien a tal punto, que lo secuestra y los Pingüinos harán todo lo posible por salvarlo.

El gato del episodio «El Lanzamiento», vuelve pero como fugitivo de un hombre negro policía, que no se detendrá hasta atraparlo y Skipper y los pingüinos lo intentan salvar.

Una mona llega al zoo y Phill se enamora, pero por tener miedo (y por ser mudo) no puede decirle, entonces Mason, Marlene y el escuadrón de Skipper lo ayudan hasta que al final Phil le dice todo (en señas) y ella lo entiende y salen juntos.

Una ola polar ha caído en el zoológico y todos se congelan y Alice con un científico vigilan a los pingüinos, los que tienen como misión volver a entibiar los cubiles del zoológico.

A una niña se le pierde su muñeca en el zoológico y los pingüinos le ponen la ropa de la muñeca a la novia de Rico. Cabo le dice que algún día le llegará su recompensa entonces el policía los persigue hasta que al fin Rico recupera a su novia.

Un mapache robaba a los del zoológico para dárselos a los menos necesitados. Los pingüinos descubren que es un ladrón y Cabo lo obliga a que les de a los menos necesitados lo que les prometió.

Darla la babuino le quita la marcha a Julien por tirarle una mofeta a su hábitat y los pingüinos tratarán de devolvérsela.

Ocurre un apagón en Nueva York y entonces el Rey Julien pone la ¨ Ley de la selva¨ y luego todo se vuelve un caos, entonces Skipper, Cabo, Kowalski y Rico (junto con Marlyn y Maurice) detendrán el caos, al final todos los animales intentan vengarse de Julien y entonces Skipper dijo unas palabras por lo que nadie se vengó.

Skipper, tras romperse una aleta, engaña a los otros pingüinos diciéndoles que es de doble articulación solo para que no lo lleven al médico. El plan cae cuando Alice ve su aleta y lo lleva a cuidado de animales, el doctor le pone una anestesia en crema a Skipper, cuando se va el doctor Skipper trata de escapar así que usa una venda para lanzarla, escalar por ella y escapar, pero, con la anestesia que tenía sólo logra atinarle al televisor. Los otros pingüinos en busca de Skipper forman una clase de escalera. Como no alcanzan a ver debido a que solo eran tres , escuchan una novela de enfermedades que estaba en la tele que encendió Skipper y la novela decía que la infección había llegado hasta el cerebro. Al escuchar esto Kowalski, Rico y Cabo piensan que Skipper está muerto y tristes regresan a su hábitat. Después Skipper logra escapar pero para cuando llega a su hábitat trae talco, vendas, y la anestesia que el doctor le puso, con todo esto Skipper parecía una especie de zombie así que esto hace creer a los demás que es un zombie, al final los pingüinos tratan de deshacerse de Skipper porque todavía pensaban que era un zombie pero al intentar cazarlo los cuatro caen de un edificio y terminan con sus aletas rotas.

Un enjambre de avispones ponen un nido en pleno zoológico con el único propósito de picar a los niños cuando vayan de visita. Cada vez que los pingüinos tratan de quitar el nido, los avispones los picaban. Un día mientras tratan de descubrir la forma para que no los piquen, Mort va al hábitat de los pingüinos por un mango pero Mort cae de cabeza muy fuertemente pero no le duele, así que Kowalski llega a la conclusión de que la estupidez de Mort provoca que no sienta dolor alguno, así que inventa una máquina que los vuelve estúpidos. Al final su plan funciona y logran largar a los avispones, pero por otro lado Julien piensa que en el nido de los avispones había miel y manda a Mort buscarla.

Una pelea surge entre Maurice y Julien solo porque al estar jugando con el colchón inflable rompen por error su trono. Pronto Julien se da cuenta que no puede vivir sin Mort ni Maurice.

Una rana llamada Barry llega al zoo, ella pretende que todos hagan lo que ella dice o sino los contagia de una enfermedad terrible, cuando enferma a Rico, Skipper y Kowalski. Private la derrota con un traje metalizado y al final salen siendo amigos.

Mason se muda con los pingüinos después de pelearse con Phill ya que es muy desordenado, pero pronto la obsesión con la limpieza de Mason provoca que el mismo haga desastres en el hábitat de los pingüinos para poder limpiarlos.

Alice le cuenta a un niño visitante que el zoológico tiene 3 pingüinos machos y una hembra. Para confirmar el supuesto error de Alice, Kowalski crea una máquina que verifica por ADN quién es la chica del grupo... y aparece Skipper como la chica del grupo, lo que hace que cambie todo.

El elefante del zoológico quiere salirse y le pide ayuda a los pingüinos, los cuales logran que salgan. Luego descubren que él quiere ir donde un niño con un Cazoo, pero con el tiempo ya era grande y estaba en una oficina, así que van al edificio para detenerlo, pero lo único que el elefante quería era regresarle su Cazoo.

Kowalski crea un aparato para buscar la pareja ideal de Marlene, pero cuando van donde el aparato los guía encuentran a una ardilla, quienes deciden llevarla. El rey Julien se enoja y trata de impedir que funcione, pero al final Marlene ya no quiere estar con la ardilla. Al final, se deduce que Kowalski estuvo a dos metros de dar con la pareja de Marlene.

El zoo va a cerrar por falta de visitantes, porque todos ven un programa sobre animales tontos. Los pingüinos se enteran por un papel que los animales van a ser trasladados a otros países y hábitats diferentes. Entonces todos hacen equipo para hacer televisión con los animales del zoo para que los visitantes. Al final crean un satélite para ver TV, pero el satélite artificial explota por causa de Julien y todos los televisores del mundo pierden señal, así que todos terminan viniendo al zoo.

Unos patos les avisan a los pingüinos de que en su estanque hay un gran pez. Los pingüinos van a ver al gran pez. Kowalski les explica de que ese pez es la mojarra "Cabeza de Serpiente", así que Skipper les dice que vayan a investigar pero los demás tienen miedo de la mojarra, Skipper les dice que comen peces no al reves. Pero ellos siguen con miedo, entonces Kowalski da la idea de armar un submarino e ir a ver. Los pingüinos van con el submarino peron en una de esa el gran pez se come a Skipper, los otros tratan de encontrar a la mojarra para encontrar a Skipper. Al final encuentran a Skipper en la boca del pez.

Kowalski crea un monstruo tipo de gelatina, que se hace gigante por comer frutas. Al final Kowalskise vuelve loco porque nadie apreciaba a Cuajito, pero luego Kowalski encoge, pero no destruye a Cuajito y termina con una risa malvada.

Skipper se enamora de un halcon hembra que se llama Kitka. Los 2 enamorados salen, pero esa misma noche a capturan al Rey Julien y todos culpan a Kitka pero en realidad era otro halcon macho. Al final Skipper y Kitka casi se besan, pero Julien les interrumpe.

Un fotógrafo va a tomar fotos a los animales del zoológico para escoger al más adorable y poner su foto en el folleto del zoológico, obviamente el fotógrafo siempre escoge a Cabo pero eso cambia cuando descubre a Mort así que lo empieza a fotografiar. Cabo se pone bastante celoso, Bada y Bing lo escuchan y sacan a Mort del camino para que el fotógrafo regrese con Cabo, después Cabo escucha que Mort desapareció misteriosamente y Cabo piensa que los gorilas lo habían matado y empieza a ver un fantasma, pero resulta que los gorilas solo lo tenían coloreado y comiendo paletas para que el fotógrafo fuera solo para cabo, al final el fotógrafo toma las fotos de Mort y las pone en el folleto pero Julien está celoso y pone a Mort a pegar fotos suyas en los folletos.

La némesis en forma de delfín de los pingüinos, el Dr. Blow, ha vuelto para vengarse. Después de que el Dr. Blow tome al Rey Julien como rehén, Skipper y la banda deben darse prisa para rescatar a su molesto vecino y detener al malvado Dr. Blow e impedir que destruya el planeta.

Mientras los pingüinos cavaban túneles de escape, se topan con un viejo búnker, donde encuentran al agente especial Buck Rockgut quien pide ayuda de los pingüinos para encontrar a la ardilla roja, pero Cabo se da cuenta que él estaba loco, así que hizo un plan con los animales y con Fred para librarse de él.

Kowalski crea una máquina del tiempo que puede destruir el universo, por eso un Kowalski del futuro llega para decirle a Cabo que no permita que la máquina sea terminada. En ese momento aparece otro Kowalski que advierte a Skipper que el verdadero Kowalski no debe destruir la máquina. Se encuentran los tres Kowalskis, y al momento aparece un agujero negro en la pared. Rico se enoja y arroja la máquina del tiempo por el portal, haciéndolo desaparecer.

Roger está cansado de su hogar en el drenaje, así que pide ayuda de los pingüinos para mudarse a otro lugar. El lago, el museo, hasta lo usan como gárgola, pero nada funcionaba. Intentaron esconderlo en un lugar que parecía ser inhabitable, pero era un lugar de actuación. Se llamó a «control de animales», y llevaron a Roger al zoológico, su nuevo hogar.

Es hora de la fundación del zoológico infantil, pues las palomas no estaban de acuerdo con ello, así que una le quería arrojar "mora azul" al comisionado de parques antes de la fundación. Los pingüinos tenían que impedir eso, así que Kowalski le colocó al aéreo-soda de Skipper, un turbo de efervescencia, lo usado para impedir el ataque de la paloma.

Una oveja llamada Randy es fastidiada por un niño en el zoológico. Los pingüinos intentan inmunizarla, protegerla y trasladarla a una granja italiana, pero nada funcionaba, así que se cansó y utilizó las clases defensivas de Rico contra ese niño, aunque ella se quedó en el zoológico.

Huevín necesita ayuda de los pingüinos para ser como ellos, pero le dicen que para ser soldado, tendría que tener una tarjeta que solo se le daba al mejor. Huevín fue hábitat tras hábitat, golpeando animales para ser el rey. Kowalski descifra que Huevín es una mezcla de los cuatro pingüinos, que es mejor que cada uno de ellos. Cuando vence a todos los animales, incluyendo a los pingüinos, se dirige al rey Julien. Cuando los pingüinos dijeron que Huevín sería un excelente pingüino, Julien no se rindió y se puso a bailar, Huevín se cansó mareado y cayó derrotado. El segundo rey del zoológico, se burló de los pingüinos, como siempre lo hace Julien.

La leyenda cuenta que hace 100 años, una ardilla ocultó una llave en la cápsula del tiempo del zoo. Ahora las ratas encuentran la llave, y los pingüinos las siguen, para recuperar a Marlene, la cual secuestraron las ratas. Eso hasta que cada uno mira a través de los ojos de la llave, y ve su orgullo. Se pelearon por la llave y decidieron quedársela. Cuando Julien se miró a través de los ojos de la ardilla, vio que él ya tenía todo lo que quiere y él es el único que puede destruir el tesoro, él es de "puro corazón". El tesoro es destruido por Julien, la ardilla decrépita desaparece, y el misterio se resuelve.

El zoológico quiere exponer fotos de sus animales en toda Nueva York, pero cuando fotografían a los lémures, los pingüinos aparecen detrás de esa foto, todos armados, ¡las personas sabrán todo! Ahora esa evidencia tendrá que borrarse. Lo intentan desde la computadora de Jim (el fotógrafo), pero fallan. Intentan borrarlo en más sitios, pero fallan, hasta intentan detener el reparto de imágenes, pero fallan. Piensan rendirse y abandonarlo todo, pero en el momento de mostrar la foto, se dieron cuenta que la arruinaron con pintura. Se salvaron.

Marlene muestra una clase de planta a los pingüinos, y dice que sienta bien frotársela por el cuerpo. Ahora, como todos se estaban rascando de una manera extraña y habían visto a niños jugando "piojos", los animales creían tener piojos. Marlene iba de hábitat en hábitat, contagiando a los animales, hasta que llegó al de los pingüinos, y vio que Skipper había encerrado a todos los que se rascaban, y los puso en "Cuarentena". Todos contagiados, Julien los encerró a todos en la tienda de regalos, solo los pingüinos y Marlene, quedaron fuera. Cuando Alice recorría el zoo, vio que los pingüinos y Marlene, los llevó a cuidados intensivos, para bañarlos en un líquido que les quitó la comezón. En ese momento, todo se aclaró: la planta que tenía Marlene al principio era hierba venenosa, no había piojos, o sea, "caso cerrado".

Un armadillo llamado "Armadillo Kid" llega al zoológico diciendo que busca al antiguo campeón de mini-golf, Sr. Smoking. Cabo da un paso al frente diciendo que él era Sr. Smoking pero dice que ya nunca volverá a jugar por un pequeño inconveniente de su pasado, pero más tarde él es obligado a jugar cuando "Armadillo Kid" amenaza con volar todo el zoológico. Pero Cabo, al oír esto, se propuso a vencer a Kid, y a salvar el zoológico. En el último hoyo, Kid hace trampa, pero Cabo no se rinde y logra un Berdy, el cual planto la victoria ante Kid.

Cabo se cansa de ser el más débil del equipo y le pide a Skipper que lo convierta en un verdadero soldado, digno de hacer cosas que no podía hacer. Duermen a Cabo y lo despiertan en la ciudad, y para convertirse en soldado, tendrá que descubrir la historia del autobús fantasma y lidiar con los lémures por el camino. Cuando los lémures estaban pescando de una alcantarilla, un autobús pasó y los capturó. Cabo entró al autobús con Julien para hallar la forma de desatar a Maurice y a Mort, y fue con el conductor, y resultó ser una vieja, con voz totalmente escalofriante. Así que Cabo uso su tarjeta de conductor para desatar a los lémures. La tarjeta fue llevada al cuartel, y fue su pasaporte de débil a un verdadero soldado.

Cucarachas llegan al hábitat de los pingüinos pidiendo ayuda para librarse de un exterminador, cuando llegan al lugar donde las cucarachas vivían se quedaron a esperar a dicho exterminador. Después de varias horas, ya cuando estaban a punto de irse, llega el exterminador que resulta ser el Oficial X, al cual despidieron de control de animales por culpa de los pingüinos. Cuando el Oficial X ve a los pingüinos los atrapa, pero Cabo alcanza a escapar, así que Cabo tiene que vencer su miedo a las cucarachas para salvar a sus amigos. Al final Cabo se cubre de cucarachas para hacer un traje de camuflaje y poder llegar hacia los otros pingüinos y salvarlos. Cuando los salva las cucarachas se suben y cubren al Oficial X y éste sale corriendo.

En una excursión un niño llamado Ronald descubre a los pingüinos mientras intentan conseguir un pretzel del carro de golosinas. Ronald dibujó todo lo que vio en su cuaderno y ahora los pingüinos deben conseguir ese cuaderno. Mientras tanto Julien forma un equipo que es una imitación del trabajo de los pingüinos, solo para conseguir su rascador de Madagascar que estaba en una exhibición del museo a donde los pingüinos debían ir para conseguir el libro de Ronald.

Unas hiperactivas tejones llamadas Becky y Stacy llegan al zoológico como parte de una exposición y Marlene intenta hacer que Cabo pierda su fobia hacia los tejones llevándolo a su hábitat.

Rico y Julien forman una amistad y se divierten mucho haciendo explotar cosas a montones, pero los demás pingüinos los quieren separar pero no lo logran, tiempo más tarde Rico se vuelve loco y empieza a destruir todo porque Julien lo dejó sacar todo su lado explosivo.

Kowalski inventa un casco que sirve para convertir los pensamientos en acciones al cual nombra "El casco". Al poco rato Julien los ve y quiere una "Corona" (como él la llama) como esa, así que durante la noche roba el casco y todo se sale de control.

Leonard, el Koala del zoológico, le teme a los pingüinos pero cuando estos por accidente lo sacan volando hacia el otro lado de la ciudad, los pingüinos deberán buscar a Leonard y ayudarlo a volver a casa.

Una boa llamada Savio llega del zoológico de Hoboken, pero cuando éste llega los mamíferos pequeños comienzan a desaparecer: primero Mort, después Marlene y por último Maurice. Los pingüinos llegan a la conclusión de que Savio salía por la noche y se comía a todos pero querían hacer una última prueba así que Skipper, Kowalski y Rico disfrazan a Cabo de mono y Savio se lo comió ya que él comía mamíferos pequeños. Después de que se come a Cabo, los pingüinos junto con Julien van al reptilario y descubren que Savio pasaba su cola por el ducto de ventilación e ingresaba el código de seguridad para poder escapar de la vitrina donde estaba y salir para alimentarse. Savio escapa e intenta comerse a Julien pero Skipper, Kowalski y Rico lo salvan. Después Savio termina comiéndose a Julien, y los pingüinos tienen que escapar de Savio así que recorren todo el zoológico tratando de perderlo de vista. Se les ocurre ir al hábitat de Burt (Elefante) y cuando Savio entra al hábitat de Burt, éste lo golpea y hace que escupa a Julien, Maurice, Mort, Marlene y Cabo, al final Alice lo manda de vuelta a Hoboken.

En el zoológico, hay una fuente de deseos, y Cabo descubre que esa fuente es de magia verdadera. Cada uno pidió una cosa, pero cuando el rey Julien pidió un deseo, les dijo a todos los animales que la magia de la fuente era real. Un círculo de animales de zoológico, alrededor de la fuente, pidiendo deseos, hasta que Skipper les dijo que no exageren con sus deseos, pues Burt había deseado estar en París. Hasta que Alice vio a Cabo, y lo persiguió a la fuente. No lo alcanzó, pero pidió un deseo a la fuente, "descubrir de una vez por todas, qué traman los pingüinos", hasta que algo explota en el cuartel, gracias a Kowalski y su pistola de plasma. Llama a todos los de control de animales, los atrapan y se los llevan. Pero Cabo le pide una moneda a Rico, y pide un último deseo, "que nada de esto hubiera pasado". Retroceden en el tiempo hasta el momento cuando estaban en la oficina de Alice, y el único que recordará todo eso es Cabo.

Julien escucha sobre el día de los inocentes y empieza a hacer bromas a todos los animales del zoológico, para eso los pingüinos ya se habían desesperado así que deciden hacerle una broma a Julien que ni él se esperaba.

Rico tras ver un comercial en la tele de las nuevas muñecas que contiene un chip de voz quiere que hagan que su muñeca hable, pero esto se hace imposible ya que esa muñeca es la más querida y cada vez que están a punto de tomar una gran multitud de gente llega y se lleva todas. Cuando van a la fábrica Cabo encuentra un montón de "Luna-cornios" el cual es el protagonista de un programa animado-educativo Cabo los adora y se lleva uno. En su hábitat cuando todos están a punto de dormir Skipper descubre que Cabo tomó un Luna-Cornio ya que éste brillaba en la oscuridad, pero cuando Cabo abraza el Luna-Cornio y habla y Kowalski decide hacer un trasplante de chip de voz.

Un viejo enemigo de Skipper, Hans el frailecillo, viene a visitarlo para pedirle disculpas por lo ocurrido en el pasado y ofrecer su amistad.

Skipper ordena a Kowalski que ya no invente más cosas así que Kowalski a escondidas inventa un rayo de invisibilidad. Tenía todo planeado excepto por una cosa... Julien. Él cree que Kowalski estaba haciendo de mimo (cuando por error Fred invisibiliza el rayo), pero se equivoca y envía el rayo hacia la ciudad causando desorden, hasta él mismo se invisibilizó. Luego Kowalski pide ayuda de Cabo, pero Skipper empieza a sospechar... del doctor Espiráculo. Mientras Julien se divertía molestando a los otros animales del zoológico. Los pingüinos usan un autobús para detener a la máquina, luego Kowalsky la arregla para que todas las cosas volvieran a ser visibles, aunque Skipper seguía creyendo que fue obra de Espiráculo.

En la base de los pingüinos están exponiendo proyectos, y uno de ellos fue el detector de problemas de Kowalski, cuando Cabo se enfada con Kowalski y arroja un pescado el cual causa un desorden en el zoo, que envía a un bebe a la ciudad de Nueva York. Ahora los pingüinos tendrán que traerlo de vuelta. Tuvieron que cambiar 3 pañales (1 tres veces), perdieron al bebe varias veces, y lo enviaron a una demolición de un edificio, pero Cabo no se rendía para salvar a ese bebe. Así que lo siguieron por todo el edificio, hasta que lo salvaron en un coche volador, y lo enviaron de regreso con su padre.

Los pingüinos hacen una prueba de conducción en el zoológico, cuando es el turno de Rico este se obsesiona y conduce todo el día sin parar hasta que Skipper le ordena que pare, en el estacionamiento Rico se encuentra con Kowalski quien le muestra sus nuevos inventos. En la noche Rico quería volver a manejar así que desobedece a Skipper y saca el auto, pero Rico lo estrella, así que lo debe reparar antes de que los demás despierten. Por error Rico confunde una pieza y mete uno de los inventos de Kowalski el cual hace que el carro cobre vida y quiera eliminar a Rico por lo que le hizo.

Kowalski necesita el chip de un videojuego que Mort encuentra en las cosas perdidas del zoológico para completar su nuevo invento que lee las mentes de los demás así que Kowalski lo roba, Mort cree que su juego se había ido y como lo quería mucho este entristece bastante. Kowalski se siente tan culpable que se lo piensa regresar per este junto con su invento explota así que junto a Julien y los otros pingüinos deben buscar un nuevo videojuego para dárselo a Mort.

Tras romperse una tubería en el hábitat de los pingüinos debido a un accidente, Alice llama a un sujeto llamado "Gus" para repararla así que los pingüinos deben hacer todo para que no descubra su base secreta de operaciones o lo peor, que active un aparato oculto bajo la tierra que puede acabar con media ciudad.

Al intentar escapar de la policía, 2 ladrones lanzan al zoológico un collar de diamantes que habían robado y este cae en el hábitat de Julien. Cuando los ladrones pierden de vista a la policía, descubren que el collar cayó en el zoológico y tratarán de recuperarlo a toda costa.

Tras un incidente Skipper sufre un cambio de personalidad y empieza a actuar como reportero cuando los pingüinos intentan encontrar los planos para prepararse para "el Grande".

Después de espiar a los animales en una operación de pingüinos, Cabo ingiere accidentalmente suero de la verdad y empieza a revelar los secretos de todos.

El zoológico cierra por víspera de Navidad, así que los animales planean su propia celebración de Navidad, la Niñodad, pero no todo sale como lo esperado. Nota: En el comercial de Nickelodeon U.S.A. este episodio se dio a conocer como: "Operation: Decoration" siendo que el título original es "The All Nighter Before Christmas."

Los animales del zoológico están planeando una fiesta para el Rey Julien pero tanto Julien como los pingüinos no saben nada de la fiesta, y Julien cree que Maurice está enfadado y planea librarse de él.

Los pingüinos deben ir al museo a recuperar unos planos de Kowalski que podrían destruir el mundo ya que una crítica de arte lo confundió con un cuadro que Burt había pintado.

Cabo empieza a lastimarse a sí mismo y a sabotear misiones a propósito para ser llevado a cuidado animal y ver a su amada enfermera llamada Shauna, pero pronto los otros pingüinos se empiezan a preguntar si es normal tanta mala suerte de Cabo, y descubren lo que sucede. Al final, Cabo tiene que dejar a Shauna y volver con los pingüinos.

Cuando Alice toma unas vacaciones, el Oficial X empieza a trabajar como cuidador del zoológico, y los pingüinos tienen que deshacerse de él ya que no les deja en paz.

Al probar un experimento que lo haría más inteligente, Kowalski termina siendo más estúpido que el lodo. Ahora Skipper, Cabo y Rico deben encontrar una cura para Kowalski antes de que los lastime o de que Kowalski se lastime a el mismo.

Un nuevo lémur llamado Clemson llega al zoológico. Julien disfruta darle ordenes, Maurice disfruta su tiempo libre y Mort sospecha de que Clemson está en algo malo

Cabo encuentra unos viejos cómics y pronto, él, Kowalski y Rico empezaran a actuar como superhéroes.

Cabo empieza a recitar a Sheakspeare.

Mort va en cubierto como una rata de drenaje para averiguar que planean las ratas, pero éstas al ver una "marca de nacimiento" creen que es su nuevo Rey.

Gracias a un accidente, causado por los pingüinos, Leonard es obligado a quedarse en el hábitat de Joey.

Debido a que Skipper y Julien pelean mucho, Mason propone que cambien roles por 1 día.

Los pingüinos descubren que a Maurice solo le quedan 24 horas de vida, así que hacen un acuerdo con los demás animales para hacer de su último día el mejor de todos.

Skipper, Kowalski y Rico descubren que la ternura de Cabo sirve como un arma y empiezan a usarla para su beneficio, pero pronto Cabo se hartará de eso.

Cuando los pingüinos se hartan de la ruidosas e interminables fiestas de Julien, ellos hacen que los lémures sean transferidos al zoológico infantil y que Roger sea transferido en el viejo hábitat de los lémures. ¿Soportaran más a Roger que a los lémures?

Savio escapa del Zoológico de Hoboken para vengarse de los pingüinos, los lemures, Marlene y "Burt".

Cuando Skipper es accidentalmente convertido en bebé gracias a uno de los inventos de Kowalski, Julien tiene que cuidarlo mientras los otros van en búsqueda del rayo que convirtió a Skipper en bebé debido a que este cayó en el drenaje.

Los Pingüinos escuchan sobre una vieja embarcación hundida que contenía toneladas de pescado. Cuando la encuentran, todo marcha bien, hasta que Skipper, Kowalski y Cabo comen el pescado, ahora Rico debe cuidar que sus compañeros no coman pescado por 24 horas.

El excéntrico tío de Cabo visita a los pingüinos pero no da una buena impresión ante ellos, aunque después de que se van este le cuenta a Cabo que es un espía y está en busca de la Ardilla Roja.

Cuando los pingüinos salen de vacaciones, quedan varados en Nueva Jersey y son llevados al temido y por primera vez visto Zoológico de Hoboken, donde encuentran a algunos de sus archienemigos reunidos.

Skipper llega a Shangai en una misión a la que él va solo pero eso lo lleva a la trampa del Dr. Espiráculo, sin sus hombres, quienes están en el zoológico, el no tiene ayuda y su memoria es borrada con el "Jacker de Mente" de Espiráculo. El detestable plan de Espiráculo usa la memoria de Skipper para localizar a Kowalski, Rico y Cabo, dispararles con su "Diabolizador" y convertirlos en malvados monstruos para que destruyan su propia base secreta.

Los gemelos Ibargüengoitia adoptan a Julien y a Skipper y los llevan a su lujoso hogar, pero pronto, los gemelos harán que Julien y Skipper peleen entre si por adornos.

Kowalski inventa unos nanorobots a quienes programa para proteger a los pingüinos y para arreglar problemas, pero...¿Qué pasa cuando los robots se toman la orden de "proteger" muy en serio?

Los pingüinos escuchan a un niño decir que se debe hacer por lo menos 1 buena acción por día, así que ellos empezaran a hacer buenas acciones pero.... no todo saldrá como lo planearon, sin embargo, al final conseguirán hacer una buena acción repartiendo pizzas.

Mort quiere unos "quesitos" y Cabo mete una moneda, pero a Mort se le queda la cola enganchada dentro de la máquina y quedan atrapados en la máquina expendedora. Cabo busca una forma de sacarlos a él y a Mort, mientras que Julien, Maurice y los otros pingüinos los buscan sin saber que Mort y Cabo se encuentran en la máquina.

Kowalski inventa un reloj que detiene el tiempo pero este cae en las manos más peligrosas en las que pudo haber caído... las de Julien el cual lo rompe dejándolos a él y a Kowalski en un mundo congelado en cuanto a tiempo.

Cazando a la ardilla roja, el agente especial Buck Rockgut contacta a los pingüinos pera advertirles que el cerebro de uno de ellos fue lavado por la malévola ardilla y la batalla por ver quien es el espía comienza.

Los animales del zoológico acusan a Julien de haber causado que una ancianita llamada Gladys, quien siempre lleva comida a los animales ignorando las órdenes de Alice, de que se resbalará y se accidentara, pero sólo una animal del zoológico cree que Julien es inocente y es...¿Skipper?

El sueño de Kowalski de que su invento esté en la expo de invenciones "INVEXPO" tiene que esperar debido a que tiene que guardar reposo gracias a sus piernas rotas. Skipper y los demás irán en su lugar con la promesa de que le llevaran un informe completo. Mientras tanto, Kowalski se empieza a volver loco encerrado en el cuidado animal y empieza a alucinar que un peligroso calamar espacial está invadiendo el zoológico. ¿Podrá ser eso más que una fiebre con alucinaciones del ave enjaulada?

Un caracol llamado Dale acusa a Cabo de haberlo aplastado y cada vez esas aplastadas se vuelven más frecuentes, incluso cuando Cabo se quería disculpar, Dale terminaba siendo aplastado pero lo que Dale y Cabo no saben es que el pingüino que comenzó todo eso no fue Cabo, sino otro.

Cuando los pingüinos descubren una bomba apestosa en forma de inodoro que era una trampa para Espiráculo hace varios años, Julien decreta que será su nuevo trono, pero cuando Julien se sienta en este, el inodoro lo encadena y no se puede liberar. Ahora los pingüinos deben llevar la bomba a las afueras de Nueva York antes de que explote y también liberar a Julien

Cabo salva a una foca leopardo y la lleva al cuartel, como Skipper, Kowalski y Rico no la quieren porque piensan que se los comera, la intentan regresar a su casa con el Sistema de evacuación, justo un segundo antes del lanzamiento Cabo salta, se va con ella y van hasta el hogar de la foca, a la Antartida. Invitada especial: Ciara Bravo

Los pingüinos se enteran de que las noches son más calladas de lo común y eso se debe a que Julien y los otros lémures salían a mitad de la noche para juguetear, los pingüinos felices porque ya no harán más ruido de noche les muestran a lo lémures un túnel secreto para ir y regresar sin ningún problema..pero cuando Julien invita a todos los amimales de zoológico, al intentar regresar Burt se queda atorado en la entrada del túnel, ahora los pingüinos tendrán que llevar a todo el zoológico a tiempo antes que abran el zoológico.

Los pingüinos accidentalmente traen de vuelta a la vida a un pájaro Dodo llamado "Dude", Dude al no tener enemigos a su alrededor toma un comportamiento rebelde y cada vez que este se hace daño inmediatamente se extingue, los pingüinos clonan más y pasa lo mismo pero cuando deciden ya no clonar más, el invento de Kowalski para traer a la vida a animales en extinción se descompone y empieza a hacer más y más dodos.... ¿los pingüinos podrán detener a todos de extinguirse?

Kowalski hace un invento que hace que las personas se enamoren de lo primero que ven pero cuando este le dispara a Cabo él se vuelve malo y empieza a atacar a Kowalski por ser lo primero que vio después de que el rayo le disparó pero cuando Kowalski trata de resolver su error termina haciendo que todo Manhattan lo odie

Skipper se entera de que Kowalski no se deshizo de Cuajito cuando se lo ordenó y cuando Skipper se trata de deshacer de este a base de golpes, Cuajito se multiplica con cada golpe lo cual causa que el zoológico se llene de Cuajitos

Lemmy regresa de Marte tan solo para traer con él un calamar del espacio que planea conquistar la tierra, ahora los pingüinos y los lémures tienen que luchar contra él antes de que se adueñe de la Tierra.

Marlene organiza una noche de juegos en el zoológico pero Skipper no está muy seguro de que funcione, mientras tanto se han acabado los bocadillos y Kowalski, Maurice y Mort van a buscar más en una tienda, pero cuando activan una alarma silenciosa, la policía llega y los tiene atrapados en la tienda, ahora el zoológico tendrá que unirse para salvarlos.

Por un accidente el Rey Julien es lanzado del zoológico después de rebotar en su cama de aire y aterriza en un autobús, después de bajar una mujer llamada Gladys quien piensa que es un gato, se lo lleva a su casa.Mientras Los Pingüinos y Mort y Maurice planean su rescate, Julien se encuentra con Zoe, un hurón que vive en la casa de Gladys para recibir comida gratis y no volver a las calles.Aunque no tiene interés en él, Julien intentara de ganarse su afecto.

Clemnson regresa de hoboken con pruebas de que julien no nació en madagascar por lo tanto no puede ser rey mort y maurice van con los pingüinos para explicar el asunto murice les dice que si julien gana una carrera de obstáculos voleria a ser rey. kowaslki sugiere cambiar cerebros con julien pero debido al nuevo telescopio de los pingüinos clemnson ve quien esta en el cuerpo de julien entonces cambia los eventos para el facaso de cabo, kowaslki y Skiper después en la coronación engañan a clemnson usando lo maquina cambia cerebros para cambiar los cuerpos de julien y clemnson después julien (en el cuperpo de clemnson) le da la corona falsa a clemnson (En el cuerpo de julien) después antes de cambiar cerebros julien les dice a los gorilas que aplasto sus banas al final los gorilas persiguen a clemnson

Cuando Marlene se mancha su pelaje después de un accidente con cloro, los pingüinos creen que Marlene es una rara especie en peligro de extinción cuyo nombre es Arlene y Skipper e Julien se pelean por ella.

Despues de derrotar a Hans en un laboratorio de armas a Skipper le cae un líquido que hace que su cuerpo se expanda como un globo cuando se altera mucho, entonces Skipper no podrá luchar más.

Cuando intentan conseguir alimento para los Camaleones, Los Pingüinos le piden prestado a Julien el pulgar de Maurice, el acepta pero cuando este pasa mucho tiempo con los Pingüinos se pone celoso.

Kowalski inventa el Pesca Churro : una máquina que combinan los pescados y los churros asta que descubren que los desechos terminan siendo burbujas azules que cambian el clima y podrían destruir el mundo, entonces estos tienen que dejar de utilizar la máquina y destruir la Gran Burbuja Azul Pero Skipper es adicto a los Pesca Churros.

Cuando el comisionado de Nueva York pierde su peluquín los pingüinos tratarán de devolvérselo antes de una reunión que él tiene con el alcalde.

Una avestruz llamada Shelly se enamora de Rico después de que la salvara pero cuando ella se entera de que ya tiene una chica (Señorita Perky) ella se quiere deshacer de ella.

Despues de uno de los ataques de hanz, los pingüinos salvan a una zarigueya que los empieza a mimar como sus hijos y a ablandarlos, además de que cada vez que tratan de desobedecerla o echarla agoniza, aunque solo finge.

Marlene quiere ir a ver a su guitarrista Español Favorito pero no puede ir ya que si sale del zoológico se hace salvaje pero Kowalski inventa una máquina que la divide en sus dos lados por lo que hace miedosa a Marlene.

Skipper decide premiar a Cabo por su valiente esfuerzo en las misiones y lo llevan a ver "Lunacornios sobre Hielo" junto con otros dos fans de los lunacornios, ¡Bing y Roy!

El Armadillo Kid regresa para pedir ayuda a los pingüinos porque un par de topos quieren robar su caparazón.

Un perro callejero llamado Elmer confunde a Mort con un juguete y se lo lleva. Skipper, Kowalski y Rico piden ayuda a Max para recuperar a Mort, mientras Cabo se queda con Maurice y Julien y se asegura de que ambos se lleven bien.

Después de ver una película de artes marciales con los pingüinos, Leonard empieza a caminar dormido actuando como samurai.

Skipper ofrece una recompensa a aquel de su equipo que pueda conseguirle un arenque ahumado de la pescadería, lugar donde resulta que el Oficial X tiene su nuevo empleo.

Los pingüinos necesitan la "adorabilidad" de Cabo para escapar de Alice e ir a ver a su estrella favorita en el cine, pero cuando Cabo empieza a cambiar plumaje sus poderes se invierten haciéndolo un horrible desastre.

Fred busca consejo financiero del Rey Julien cuando se tropieza con un árbol de roble cargado de bellotas, pero la Ardilla Roja tiene sus propios planes para el botín.

Cuando un cachorro de fosa es transferido al Zoológico de Central Park, el Rey Julien trata paranoicamente de demostrarle a los demás que el pequeño fosa es malvado, pero nadie lo cree.

Una gallina con habilidades psíquicas se muda al zoológico y Kowalski trata de probar que es un fraude.

Cabo se encarga de ser la niñera de Huevín y sus hermanos, mientras que el resto del equipo van a un rally de camiones monstruo, pero luego termina teniendo que proteger a los patitos de las fuerzas combinadas de los avispones y las ratas de alcantarilla.

Skipper debe demostrar que aún puede ser un líder cuando se da cuenta que su fuerza empieza a decaer, mientras Kowalski queda a cargo del equipo como el "Comandante Kowalski".

Cuando Cabo se entera de que el Winky de Mantequilla dejará de ser fabricado, organiza a una redada en la fábrica y Skipper está tan impresionado de su determinación que le permite comandar la misión.

Tras haberse comido las preciadas bananas africanas de Bada y Bing, Julien y Marlene huyen del zoológico.

Skipper decide ir al consulado danés para limpiar sus antecedentes criminales de una vez por todas.

Rico está emocionado por una nueva línea de accesorios para su muñeca Perky, pero tras provocar un desastre, debe llenar un frasco de canicas para tener permiso de conseguirlos.

Cuando Chuck Charles es reemplazado por un nuevo reportero, consigue un empleo en el zoológico y comienza a sospechar de los pingüinos, por lo que intentan hacer que recupere su viejo empleo.

Una falla en el detector de enemigos de Kowalski provoca que Skipper vea a sus compañeros como enemigos y a sus archienemigos como amigos.

Los pingüinos deciden salvar a los gemelos Vesubio de la venganza de los animales del zoológico.

Cabo accidentalmente libera al "Destructor de Mundos" de su prisión, un espíritu maligno que poseciona el juguete lunacornio de Cabo.

La NASA quiere enviar a uno de los simios, Mason o Phil, en una misión espacial a la luna. Cabo decide hacerse pasar por simio para ir a la luna, pero la misión resulta ser un viaje sólo de ida, por lo que los pingüinos intentan traerlo de vuelta.

Los pingüinos se preparan para comenzar sus actividades de otoño, cuando son azotados por una feroz tormenta de nieve. Skipper y Marlene quedan atrapados en la tienda con el Oficial X, mientras que Kowalski y Cabo se refugian en el arbol de Fred.

Rico conoce a cuatro castores que ayudan a los pingüinos con un túnel en peligro de colapsar, pero un romance con las tejones interfiere con el trabajo.

Un ornitorrinco llamado Parker, junto con Doris la delfín, aparecen para pedir a los pingüinos ayuda, aunque el sujeto al que deben ayudar resulta ser el Dr. Blowhole.