Tras 13 años de ausencia, el 19 de agosto de 1561, desde la cubierta de un espléndido galeón y acompañada de un nutrido séquito como corresponde a una reina viuda de Francia, una atribulada joven de 19 años divisa tierra. Es María Estuardo, reina de Escocia. Educada desde su tierna infancia en la corte más exquisita de Europa, llega a su país, un pobre y pequeño reino dividido por las luchas religiosas y los constantes levantamientos entre los levantiscos clanes de la nobleza escocesa, sabiamente incentivados por la inteligente reina Isabel I, cabeza de la Iglesia de Inglaterra, a quien el Papado ha declarado una guerra sin cuartel, en la que también se verá implicado Felipe II de España, el monarca más poderoso de la cristianlad.

Dentro de la realeza, el matrimonio siempre es una razón de estado y en la limitada oferta matrimonial disponible en esos momentos, las dos reinas estarán muy solicitadas. María, católica, joven y bella; e Isabel, protestante, menos joven pero también de gran belleza. Felipe ya ha elegido a María como esposa para su hijo, el enfermizo y conflictivo príncipe Carlos, opción que no satisface a Isabel, que se dedicará a estorbar los planes matrimoniales de María al tiempo que le envía su propuesta personal: sir Robert Dudley, su favorito. María demora su respuesta y agasaja a Dudley, pero al mismo tiempo negocia su propia opción.

A los pocos meses de su boda, María se da cuenta del tremendo error que ha cometido al casarse con Lord Darnley, pero ya está embarazada y no puede deshacer el matrimonio. María depositará su confianza en David Rizzio, espía al servicio del papado, lo que provoca los celos de Darnley y la ira de la nobleza protestante, que se aprovechará del despechado marido para tramar el asesinato del favorito de la reina. El papado abrirá una investigación. Entretanto María se enamora del conde Bothwell, quien acude al rescate de la reina. Pero el conde tiene sus propios planes con respecto a Darnley. Mientras, Felipe II tiene que hacer frente a la revuelta protestante en los Países Bajos y al problema sucesorio, a causa de su hijo Carlos, cada día más enajenado.