Активисты-мутанты из подполья пытаются помочь девушке с генетическими особенностями сбежать из лап правосудия, в ходе чего одна из лидеров, Лорна Дэйн, оказывается схвачена. Тем временем сын прокурора Рида Стракера Энди стараниями издевающихся над ним одноклассников открывает в себе невиданную силу, несущую разрушительные последствия. В попытках спасти младшего брата Лорен Стракер прилюдно использует собственные возможности, после чего всему семейству приходится убегать от жаждущей арестовать подростков Службы стражей. Рид же решает разыграть имеющийся у него козырь, чтобы отправить детей в единственное безопасное для них место.

За год до происходящих событий члены семьи Стракер становятся свидетелями неприятного инцидента, связанного с малолетним мутантом. Наши дни. Арестовав Рида, агент Службы стражей безуспешно пытается надавить на прокурора, а тот, в свою очередь, предлагает ему сделку. Между тем в убежище Лорен с остальными мутантами пытаются справиться с побочными эффектами от перегрузки нервной системы Блинк. Маркос с Кейт рискуют свободой, чтобы достать необходимые девушке лекарства. Тем временем Лорна сталкивается с тюремной реальностью, а Энди учится применять свою силу во благо.

Уже при первой встрече между Лорной и Маркосом вспыхивает чувство. Теперь, когда Полярис осознала свою участь, девушке предлагают пойти на сделку, в то время как Рид в процессе выполнения его части договора ставит под сомнение верность своего выбора. Между тем Кейт в надежде вызволить мужа законными методами тайно обращается к брату, однако из-за небольшого нюанса члены ее семьи оказываются в опасности. Чтобы спасти женщину и отправившихся за ней Маркоса с Буревестником, Соня испытывает на Кларис свои способности. Тёрнер же получает неожиданный звонок, а Кейт добывает крупицу информации о судьбе супруга.

Два года назад пытаясь спасти мутантов из центра переселения, группа Джона и Маркоса теряет часть своих товарищей в перестрелке. В настоящем ради получения информации о маршруте перевозки Полярис и Рида между тюрьмами Маркосу приходится вернуться к оставленной в прошлом жизни и заключить сделку со старой знакомой. Между тем дети Стракеров учатся работать сообща, Блинк пытается разобраться в новых воспоминаниях, а Джон раскрывает неприятную правду о лучшем друге, считавшимся погибшим. Рид же пытается завладеть доверием Лорны, но сделать это оказывается непросто.

Четыре года назад Джейс Тернер с семьей оказались неподалеку от митинга за права мутантов, который окончился трагедией для многих, включая самого Джейса. Наши дни. Появление Рида в штабе становится неприятным сюрпризом для некоторых мутантов, особенно для бармена, которого бывший прокурор совсем недавно чуть не подставил. Тем временем Маркосу с Полярис удается пленить агента Тернера и с помощью способностей Сони выяснить у него подробности относительно судьбы их бывшего друга, перешедшего на сторону Службы стражей. Прерывание ментального допроса отражается на памяти агента не лучшим образом. Тем временем остальное семейство Стракеров показывает себя полезными для сообщества, а Блинк раскрывает причину ложных воспоминаний.

В полном беженцев убежище Лорен заводит нового друга с весьма полезным даром, Кейт подвергает критике уроки Полярис, а Энди использует возможность помочь отцу и Джону в миссии по добыванию секретной информации, касающейся мутантов, которые работают на стражей. Между тем Кларис после откровенного разговора с Буревестником принимает непростое решение, Тёрнер восстанавливается в должности, а Маркоса ждет неприятный звонок от старой знакомой.

Три года назад Полярис с Буревестником нашли Маркоса и предложили ему присоединиться к тайной организации мутантов. Вынужденно вернувшийся к делам картеля Маркос не подозревает, что Лорен скоро раскроет правду. Тем временем Джон отправляется на поиски Кларис, Стракеры узнают о темном прошлом приятеля дочери, а Тёрнер становится частью тайной программы по уничтожению мутантов.

Надеясь узнать больше о таинственной компании и экспериментах над мутантами, Буревестник с Ридом отправляются на поиски отца Стракера, с которым мужчина не общался уже много лет. Встреча с ним открывает мужчине много нового как о своей жизни, так и о возможном будущем его детей. Во время эвакуации новых беженцев члены подполья вычисляют шпионку. Пленив ее, Кейт и остальные узнают, где именно будущие перебежчики подвергаются перепрограммированию и начинают свою работу в качестве помощников Стражей.

После того, как Рид рассказывает Кейт о наследственности и о темном прошлом его предков, супруги решают раскрыть детям правду, надеясь, что те осознанно выберут путь ненасилия. Между тем стараниями Эсме мутанты начинают усиленную подготовку к нападению на лабораторию, однако отсутствие достаточного количества информации вкупе с бескомпромиссной решимостью новенькой не приводят ни к чему хорошему.

Поняв, что мутанты пока не способны разработать новый план, Эсме советует Стракерам обратиться за помощью к агенту Тёрнеру. Воззвав к его человечности, они должны постараться уговорить мужчину перевести Лорен и Энди в тюрьму. В это же время Маркосу, Лорне и остальным девушка преподносит совсем другую историю, провоцируя их на организованное нападение на Стражей. Между тем плененная четверка попадает в руки доктора Кэмпбелла, который находит способ заставить брата с сестрой содействовать ему в эксперименте.

Не успевают друзья попрощаться с Соней, как тройняшки появляются в штабе с очередным предложением, разделившим мутантов на два лагеря — согласных с планом девушек и не доверяющих их замыслу. В свете происходящих событий Стракеры решают покинуть Штаты, однако уже на первом перевалочном пункте попадают в новые неприятности. Между тем доктор Кэмпбелл склоняет Тёрнера к сотрудничеству, демонстрируя ему на практике свое новое изобретение, основанное на недавних опытах над Лорен и Энди. Эсме с сестрами находят подход к некоторым членам подполья, а также совершают якобы бескорыстный поступок, который заставляет мутантов принять их предложение.

Целью Эсме и сестер становится возглавляемая Кэмбеллом конференция, где уже который год собираются ярые противники мутантов. В ходе подготовки к нападению Кларис приходится раскрыть Джону и остальным детали своего криминального прошлого. Энди, обуреваемый мыслями о подвластной ему силе, все больше отдаляется от семьи. Однако у старших Стракеров не находится времени, чтобы заметить перемены в сыне — узнав, что стражи скоро доберутся до матери Рида, те отправляются спасать женщину. Между тем, казалось бы, тщательно спланированная операция по захвату неприятеля из-за неудачного стечения обстоятельств неожиданно срывается.

Раздосадованные провалом, Эсме с сестрами окончательно переманивают Лорну на свою сторону. Та не только ставит точку в текущей миссии, но и присоединяется к их команде, планируя создать новый мир для мутантов. Тем временем стражам удается отыскать подполье, что вынуждает Лорен с братом вновь прибегнуть к использованию общей силы ради спасения товарищей. Чудом избежав преследования, мутанты пытаются понять, что делать дальше. Вскоре многим из них выпадает возможность найти свое предназначение, а также сделать выбор между ненасилием и открытым противостоянием.

Мутант по имени Рива собирает внеплановое заседание Внутреннего Круга, в ходе которого применяет проверенный способ добиться желаемого. Спустя 6 месяцев супруги Стракер продолжают помогать мутантам, параллельно разыскивая следы Эдди, однако в отличие от целеустремленно ищущей сына Кейт, Рид больше занят собственными проблемами, а Лорен и вовсе пугает мысль о встрече с братом. Тем временем Лорна переживает за успешность приближающихся родов и просит Эдди об услуге. Маркос же находит возможность узнать об организации, к которой примкнула любимая, в то время как в их собственном подполье появляется потерявшая сестру девушка.

3 года назад. Уволенный из морской пехоты, Джон как может пытается справиться с пожирающей его изнутри болью, когда мужчину находит защитник по правам мутантов Эванджилин, которая помогает ему примириться с реальностью. В настоящем Буревестник предлагает союзникам обратиться к его старой знакомой за помощью в расшифровке информации с карты, в то время как у Кейт и Рида возникают трения на почве поисков сына. Между тем Рива отправляет сестер Фрост избавиться от всех свидетелей недавнего инцидента, а также обращает внимание на странное поведение Энди. Тёрнер же решает поставить точку в своем расследовании, а Лорна сталкивается с непредвиденными трудностями.

Обследовав младенца, врач делает вывод, что лучшим лечением для малышки будет встреча с отцом — способность последнего сможет решить проблему быстрей любого лекарства. Однако появившийся в штабе Маркус не только исцеляет дочь, но и пытается раскрыть Лорне глаза на правду, которую от нее скрывают. Тем временем проявившиеся силы Рида едва не стоят жизни его дочери, а также их с Лорной свободы. Джон и Кларисс между тем начинают поиски таинственного канализационного мутанта, который в обмен на интересующую их информацию просит Блинк об ответной услуге.

16 лет назад. Несмотря на предостережение врача, Кейт решает рискнуть своим здоровьем и жизнью, чтобы выносить и родить сына. В настоящем Маркос с помощниками захватывают брата Кабеля Графа, и он, манипулируемый Стракерами, находит в сети информацию о следующем шаге Ривы — нападении на психиатрическую клинику, в которой уже долгое время содержатся мутанты всех мастей. Отправившись спасать участвующего в операции Энди, Лорен не сомневается, что убедит его вернуться, но оправдаются ли ее надежды?

12 лет назад Джейс уже проявлял свое отношение к мутантам. В клинике Кейтлин и Джонни ухаживают за беглецами. Атака Чистильщиков не проходит бесследно. Энди сближается с опасной мутанткой.

Джейс обнаруживает базу подпольных мутантов, и для них настают тяжелые времена. Лорен и Кейтлин узнают больше о прошлом Ребекки. Между Лорной и Эсмой возникает неприязнь.

Рива строит планы по защите неких важных артефактов. В подполье все надеются, что медицинская помощь позволит сохранить контроль над силами Рида. Джейс выходит на публичную персону, которая поддерживает Очистителей. Буревестник наконец-то получает возможность высказать Кларисе все, что о ней думает.

Детство Лорны было полно протеста и обиды на отца. Из-за возрастающей опасности взрослая Лорна решает спрятать дочь. Ребекка помогает Джонни и Кларис в их расследовании.

Энди пытается проявить милосердие к Ребекке, но ситуация выходит из-под контроля. Своими действиями по отношению к мутантам Джон ставит под угрозу их с Кларис отношения. Маркос и Джонни узнают много нового об ошейниках для мутантов, но им нужно оставаться бдительными. У Лорен есть еще одна тайна.

Вспомнив об обещании Маркоса, Лорны и Джонни всегда помогать друг другу, Джейс просит «Сопротивление» и «Внутренний круг» о помощи. Энди воссоединяется с семьей. Внезапно обстоятельства заставляют Джейса по-новому взглянуть на друзей. Дети Стракеров тренируют свои способности.

В 1985 году, после смерти сестры, Андреас фон Стракер пускается во все тяжкие. Рива набирает новичков в свою банду, но Лорне не нравится ее выбор людей. Лорен видит сон, который дает подсказку к раскрытию ее способностей. Чистильщики нападают на убежище.

14 лет назад маленькая Кларис перенесла серьезную потерю. В настоящем, под угрозой разоблачения Сопротивления, она примыкает к другой организации мутантов. Кейтлин и Лорен пытаются связаться с внешним миром и узнать побольше про Чистильщиков и Риву. Фросты делают судьбоносное открытие.

Во флешбэке Эрг переживает тяжелый разрыв с обычной женщиной. В настоящем девушку-морлока Глоу ранят, и Кларис со своими новыми способностями призывает ей на помощь Кейтлин, после чего им приходится претерпеть атаку Чистильщиков. Фросты используют Энди, чтобы добраться до Лорен, но ее связь с отцом оказывается сильнее.

Оказывается, что Рива имеет большую власть над Бенедиктом Райаном, что позволяет ей отправить его на опасное задание в канализацию. В битве погибает несколько чистильщиков, а Кларис и Маркос пытаются эвакуировать людей из подземелья. Рива узнает о смерти Макса и разыскивает виновного. Лорен и Рид решают встретиться с правдой лицом к лицу.

Еще недавно Кларис думала, что не заслуживает лучшей жизни из-за своих прошлых ошибок. Сейчас есть человек, кому не безразлична ее жизнь. Силы Рида внезапно активизируются, но с трагическими последствиями. Рива готовит свой план по зачистке канализации и нападению на правительство, а мутанты готовятся противостоять этому ценой жизни.

Разворачивается финальная битва между Сопротивлением, Чистильщиками и Внутренним кругом. Друзья делают все возможное, чтобы спасти Лорен и Энди. Рид, сильно изменившийся за последнее время, решает покончить с Ривой раз и навсегда. После битвы все оплакивают свои потери, а Лорна, Маркус и Рассвет наконец-то вместе. Но им не придется долго тосковать — кое-кто решил вернуться.