Главная героиня Лира проводит детство в колледже в Оксфорде, где её единственные друзья — деймон Пантелеймон и мальчик-слуга. Семья девочки состоит только из дяди, полярного исследователя, и когда мужчина отправляется в очередную экспедицию, директор школы находит другого опекуна. Что сулят Лире переезд в Лондон и знакомство с очаровательной женщиной?

Новая жизнь Лиры в Лондоне начинается с розысков дорогого друга Роджера, который пропал незадолго до переезда, и девочка рассчитывает на помощь мисс Колтер. В это время цыгане продолжают искать другого исчезнувшего ребёнка, предположительно похищенного таинственным обществом, которое называется Жертвенным Советом.

Цыгане спасают Лиру и Пана от похитителей и прячут у себя, пока миссис Колтер разыскивает девочку в колледже, где узнаёт её секрет и решает отправить за беглянкой необычных шпионов. Бореал пересекает границу миров и встречается со своим информантом, который рассказывает ему тайну Груммана. Ма Коста раскрывает Лире историю происхождения девочки.

Лира и цыгане отправляются на Север по следам похищенных гобблерами детей. Пока Фардер Корам пытается связаться со знакомой ведьмой, в городе появляется искатель приключений на воздушном шаре, а Лира решает привлечь к экспедиции потерявшего свою броню боевого медведя. В это время миссис Колтер ведёт свою игру против Магистериума, а лорд Бореал продолжает расследование.

Лира, цыгане, Йорек и Скорсби продвигаются вглубь Севера, когда компас начинает вести главную героиню в сторону от их главной цели. Что обнаружит девочка в заброшенной рыбацкой деревне? Ночью на лагерь цыган нападают, и Лира оказывается в незнакомом и жутком месте. В другой реальности лорд Бореал навещает семью человека, который может стать разгадкой связи миров.

Лира оказывается в Болвангаре — лаборатории, куда люди миссис Колтер привозят похищенных детей и ставят над ними эксперименты. Здесь девочка встречает старого друга, и вместе они узнают жуткую правду об этом учреждении. Смогут ли герои спастись вместе с другими детьми и придёт ли помощь? Кроме того, в стенах лаборатории Лиру ожидает ещё одно потрясение.

Лира, чудом выжившая после нападения на воздушный шар, оказывается во дворце Йофура и решает обмануть короля медведей, чтобы дать Йореку шанс отвоевать законное место на троне. В это время миссис Колтер, потерпевшая неудачу с лабораторией, терпит унижения от Магистериума, но находит способ остаться при делах. Какие ещё встречи ждут героев в заснеженной пустыне?

Лира и Роджер наконец-то чувствуют себя в безопасности: они спасли детей, принесли компас лорду Азриэлю и могут возвращаться в Оксфорд. Но стоит ли доверять человеку, так сильно преданному своей идее, как отец девочки? В это время к убежищу учёного приближаются войска Магистериума, а в параллельном мире Уилл понимает, что никогда не сможет вернуться домой.

Пройдя сквозь окно вслед за лордом Азриэлом, Лира оказывается в другом мире, посреди тропических джунглей. Скитаясь по зарослям, девочка и Пан выходят к берегу моря, над которым жмётся к отвесной скале таинственный заброшенный город. Сможет ли девушка найти обитателей этого мира? Безопасно ли это место для дитя пророчества?

Узнав побольше о мирах друг друга и городе, в котором они оказались сейчас, Лира и Уилл решают отправиться на поиск ответов в Оксфорд в родной реальности мальчика. Пока Лира и Пан с помощью компаса пытаются узнать побольше о Пыли и людях, которые её изучают, Уилл навещает маму - и героя ждёт неприятное открытие о своей семье.

Лира в очередной раз обращается за советом к альтиометру, но не может в полной мере доверять устройству и игнорирует его указания, что приводит к опасным последствиям и для неё, и для Уилла. Экспедиция Ли Скорсби в поисках Груммана приводит к встрече с неожиданным сторонником, а ведьмы продолжают войну с Магистериумом.

Становится известно о еще одном важном артефакте, который может изменить судьбу всех миров, если попадет не в те руки. Ли Скорсби отправляется вглубь тайги, но найдет ли он там ту помощь, на которую рассчитывает? Лира и Уилл обнаруживают проход в Башню Ангелов, Мэри делает успехи в своем исследовании, а миссис Колтер совершает открытие.

После атаки ведьм на летучий флот в Магистериуме начинается новый виток политических интриг. Удастся ли отцу Грейвсу удержать свои позиции? В это время миссис Колтер знакомится с другим Оксфордом, а Мэри получает от компьютера странные указания. Когда Лира и Уилл проникают в дом Бореала, героев ждет неприятное открытие.

Лира и Уилл находят союзников, которые могут помочь им в поисках отца Уилла. Магистериум узнает нечто шокирующее, и миссис Коултер встречает грозного врага.

Поскольку все пути сходятся на Читтагазце, Ли твердо намерен выполнить свой квест любой ценой. Ответ на вопрос миссис Коултер получен, и Уилл принимает отцовскую мантию.

В плену у миссис Колтер спящая Лира оказывается в таинственном месте с кем-то знакомым — Роджером. Уилл продолжает поиски Лиры, встречая по пути неожиданных союзников.

Уилл пытается спасти Лиру от ее матери и Магистериума, но это дорого обходится ему лично. Планы Азриэля меняются, когда в его республику врываются неожиданные ангельские гости.

Лира и Уилл обращаются за помощью к Йореку, чтобы починить Чудесный нож, прежде чем прийти к соглашению вместе отправиться в Страну мертвых. Миссис Колтер предстает перед судом в республике Азриэля.

Пока Лира и Уилл направляются в Страну Мертвых, миссис Колтер пытается помешать Макфейлу. Мэри воодушевлена неожиданным появлением очень необычного существа.

В мире мулефа Мэри делает душераздирающее открытие. Лира и Уилл путешествуют по Стране Мертвых в поисках Роджера.

Пока бездна Метатрона разрывает миры, засасывая Пыль в свои глубины, Лира и Уилл пытаются вывести призраков из Страны Мертвых.

По мере приближения Облачной горы миссис Колтер, Азриэль и его совет обсуждают свою боевую стратегию. В Стране мертвых Лира и Уилл обдумывают свой следующий шаг.

Лира и Уилл воссоединяются с Мэри и слышат историю, которая меняет все. Теперь они должны решить, чем они готовы пожертвовать, если хотят спасти миры.