Говард Силк, проработавший почти три десятка лет в отделе передачи данных, изо всех сил пытается занять более высокую должность в другом отделе, однако его старания оказываются тщетными. Но долго печалиться по этому поводу Силку не приходится — уже на следующий день его жизнь кардинальным образом меняется, открывая мужчине неизведанные ранее тайны Обратной стороны. Это альтернативный нашему мир, вход в который тщательной оберегает его организация. Самого Силка вынуждены посвятить в происходящее из-за серии убийств, невероятным образом связанных с Говардом и его лежащей в коме супругой.

Узнав о задании бывшей супруги, Говард заручается поддержкой влиятельного знакомого и вновь отправляется на другую сторону. Там главной задачей мужчины и его местной команды становится поиск Болдуин, настоящее имя которой выводит Силка на ее двойника. Тем временем раненная девушка получает новое задание, выполнение которого обеспечило бы ей безопасность. Однако хватит ли у нее сил и решимости, чтобы совершить столь серьезный шаг? Эмили между тем оказывается в непростой ситуации, узнав, что кто-то пытается ее подставить.

Арест Болдуин заставляет дипломатов срочно начать переговоры о возвращении девушки на ее сторону. Узнавший о провале задания Питер Куэйл всеми силами пытается оттянуть неизбежное и выпытать у убийцы информацию о ее нанимателе. Тем временем попытки Эмили выведать, кто именно старается ее подставить, приносят неожиданный результат, толкающий женщину на решительные действия. Говард же раскрывает бывшей супруге детали своей тайной операции, не подозревая, к каким последствиям это приведет. Также мужчина принимает непростое решение, которое не вызывает понимания у Силка из другой реальности.

Попав на другую сторону, Говард узнает о существовании супруги и дочери двойника. Постепенно он раскрывает природу отношений внутри распавшейся в этой реальности семьи. Тем не менее разговор с уличившей его в обмане Эмили заставляет мужчину по-иному взглянуть на происходящее и толкает на несвойственные ему поступки. Тем временем альтернативный Силк встречается с уже давно обосновавшимся в этом мире старым знакомым, который делится с ним информацией о кроте в организации и о причастности Поупа к недавнему происшествию.

Стараясь жить тихой и незаметной жизнью своего двойника, Силк тем не менее вскоре раскрывает обман супруги. В это время Эмили иного мира объединяется с якобы бывшим мужем, чтобы найти ответственного за произошедшее с ней. Говард же знакомится с Поупом, а также совершает еще одну попытку сблизиться с дочерью и узнать подробности ее нынешней жизни. Между тем Куэйл и Олдрич встречаются со старым другом последнего, который не только подтверждает их подозрения, но и рассказывает о секретной агентурной Сети, созданной специально для работы на другой стороне.

Узнав, что Эмили затеяла что-то с бывшим мужем, Иэн добирается до последнего, чтобы раскрыть их тайный сговор. Другому Говарду поступает звонок с дурными вестями от жены старого знакомого, что заставляет внепланово встретиться со своим высокопоставленным коллегой. Силами Силка круг подозреваемых в шпионаже сужается, но если информация, полученная Олдричем, указывает на одного человека, то Куэйлу открывается совсем другая правда. Болдуин же пытается выбить себе еще один шанс на завершение работы, а также заводит новую подругу.

После гибели родителей маленькую Клэр забрали в специальную школу для подготовки идеальных шпионов, готовых в нужный момент заменить своих двойников из другого мира. Девочке пришлось не только справляться с наносимыми ей травмами для сохранения идентичности с двойником, но и навсегда забыть о симпатиях к приобретенным в школе друзьям. Спустя много лет уже взрослую Клэр наконец вызывают на другую сторону, но осуществить подмену оказывается не так просто. Между тем Куэйл, несмотря на предупреждение Силка, все же решает вывести супругу на чистую воду.

Несмотря на спешное уничтожение основных улик, команда Шоу раскрывает значение обнаруженного особняка, а также получает информацию о шпионах, недавно проникших на ту сторону. Тем временем в другом мире Эмили приходит в сознание, Болдуин выполняет свою работу, а Куэйл узнает, что стал главным подозреваемым в шпионаже. Понимая, что, сдав крота, он подпишет себе приговор, отчаявшийся мужчина делает единственное возможное в сложившейся ситуации — пытается отвести от себя подозрения.

Узнав, что Олдрич начал на него охоту, Силк наведывается к Куэйлу, чтобы узнать, в чем дело. Попытка Шоу схватить Поупа не приводит ни к чему хорошему, тогда как задержание Каспара дает агентам долгожданную зацепку. Между тем Болдуин ждет неожиданная встреча, Питер находит радикальный способ выйти из сложившейся ситуации, Говард принимает рискованное решение, а на границу между мирами совершается нападение.

Придя в себя, Куэйл узнает о происшествии в конторе и сразу после выписки отправляется на работу, где на встрече с администрацией ему оказывается отведено особое место. Тем временем со смертью последнего террориста Фанчер принимает серьезное решение, полностью меняющее ситуацию в обоих мирах. Говард пытается заручиться поддержкой Поупа для возвращения на свою сторону, в то время как другой Силк вынужден вернуться к жизни своего двойника ради защиты Эмили. Клэр же делает все, чтобы вернуть расположение мужа, а Болдуин получает возможность начать новую жизнь.

Говард Альфа прячется в облике Говарда Прайма. Его не должны заметить ни у него дома, ни в офисе. Куэйл и Клэр пытаются приспособиться к своим новым договоренностям. Новый герой – бывший агент ФБР – помогает Куэйлу найти шпиона.

Запертого в другой реальности Говарда испытывают на верность. Эмили из этой реальности получает повышение. После рейда на школу Индиго в Постдаме Мира помогает Альдусу справиться с эмоциями.

Болдуин огорчен видеть Грету, выходящую из бара с другим спутником. Клэр встречается с Ламбертом в парке, и несмотря на ее попытки его игнорировать, Ламберт доносит до нее новые задачи. У себя дома Ламберт обнаруживает своего двойника из другого измерения.

Говард Обратной стороны, Куэйл и Клэр должны объединиться против общего врага. Эмили Обратной стороны начинает расследование в отношении другой себя. Янек узнает кое-что о прошлом Говарда из нашей реальности.

Новое открытие вносит раздор в отношения Говарда Обратной стороны и Куэла из нашей реальности. Жизнь в Эхо останавливается. Клэр находит способ связаться со своим прошлым.

В 1987 году Янэк знакомится с человеком, очевидно, являющимся американским шпионом, который просит его оказать услугу ради светлого будущего его семьи. При ее выполнении в лаборатории, где работает Янэк, происходит нечто странное. В настоящем на Обратной стороне Янэк общается с другой Мирой.

Блокировка имеет свои последствия и приводит к распространению подозрений по всему офису. Говард нашего измерения и Эмили из другого находят подсказки об истории Управления. Клэр подвергает сомнениям своих соратников. Управляющие Обратной стороны отправляют посла в наше измерение.

Говард из другой реальности и Эмили из нашей вместе расследуют планы «Индиго». Клэр и Куэйл размышляют об общем будущем. Говард этой стороны должен встретиться лицом к лицу с правдой о жене. Болдуин дополняет свою коллекцию вещей еще одной памятной фотографией и отказывается от предложения Спенсера устранить неугодного человека.

Управление принимает историческое решение, которое способно изменить все. Эмили из нашего измерения отправляет предупреждение на ту сторону. Питер Куэйл, Клэр и Ная расследуют последнюю ячейку «Индиго». Говарду удается достучаться до одного старого знакомого.

Длительные приключения подходят к концу. Угроза распространения вируса, исходящая от Миры, заставляет объединиться неожиданных союзников. Героям придется забыть свои разногласия и взглянуть на ситуацию по-новому. Будут ли Говард и Эмили вместе в дальнейшем?