La llegada del Merlí Bergeron, nuevo profesor de filosofía, al Instituto Àngel Guimerà, provoca reacciones adversas. Mientras se pone a los alumnos en el bolsillo, al profesorado le molesta su manera de ser y de relacionarse con la plantilla. En casa, Merlí intenta recuperar la relación con Bruno, su hijo adolescente.

Toni, el director del instituto, advierte a Merlí que se tiene que ceñir a las normas del centro, pero Merlí va a lo suyo y propone a los alumnos saltarse las reglas del certamen literario. Merlí y Eugeni se pelean por encargarse de Ivan, un chico que sufre agorafobia. Bruno explica un secreto a Tània.

La madre de Gerard felicita a Merlí por cómo hace las clases y por haber animado su hijo. Llega una nueva alumna: Mònica. Bruno cree que suspende exámenes por culpa de la presencia de Merlí al instituto, y le amenaza con irse a vivir con su madre. Qué hará Merlí para retenerlo?

Bruno y Pol estudian juntos el examen de catalán, pero este encuentro acaba mal. Eugeni se encuentra con dos exámenes sospechosos. Calduch intentará ayudar a Merlí para resolver sus problemas al instituto.

El padre de Joan cree que Merlí adoctrina a su hijo. Tània tiene un problema con Berta y eso afecta a su relación con Bruno. Gina se queja a Merlí por haber suspendido a Gerard. Merlí obliga a Ivan a salir a la calla.

Berta monta el número en clase. Mònica invita a Gerard a su casa para preparar un trabajo de la escuela. Gina descubre que Merlí ha estado saliendo con Laia.

En casa de Pol las cosas no van nada bien a ningún nivel. Gerard encuentra pruebas que dan a entender que su madre tiene un amante. Joan se rebela contra sus padres.

Entre los alumnos circula un vídeo íntimo de Mònica. En el museo, Marc ve a Merlí y a Gina besándose. Iván se entera de que su madre tiene un novio.

Los alumnos montan una gran fiesta para Pol en casa de Mònica. Joan, totalmente borracho, hace una confesión, y dos amigos sucumben a la atracción que sienten entre sí.

En la familia de Joan surge un conflicto de gran dimensión. Pol se distancia de Bruno. Gerard se niega a aceptar la relación de su madre con Merlí.

Eugeni se lleva una desagradable sorpresa. Pol se debe encargar de ayudar a Iván. Merlí descubre el talento oculto de Berta. Un nuevo alumno causa una gran impresión.

Joan se niega a participar en la campaña de recogida de alimentos organizada por sus padres. Los chicos de clase, incluido Bruno, se burlan de Oliver y le hacen el vacío.

Los planes de suspender las clases de Merlí provocan una protesta. Joan se declara a Mònica. Bruno se sincera con Oliver. Iván da un gran paso para superar su situación.

Con el nuevo curso llega una nueva y provocadora estudiante. Pol deja las clases por presiones familiares y Merlí discute con el padre del joven para que vuelva.

Merlí y Coralina, la nueva jefa de estudios, no empiezan con buen pie. Marc intenta echarle una mano a su hermano menor, que no se porta bien y saca malas notas.

Joan le pide a Merlí que le aconseje con su novia, pero será Merlí quien aprenda algo. La tensión entre Oliver y su madre alcanza un punto crítico.

Merlí le cuenta a su madre una mentira de la que debería avergonzarse. Entre Gerard y Oksana saltan chispas. Pol le dice a Bruno que se sientre atraído por su nueva jefa.

Millán le confía un secreto a Glòria. Tània sale en defensa de Berta durante la clase de Coralina, pero se acobarda a la hora de confesarle a Marc lo que siente por él.

Pau recibe un castigo por tirarle un boli a una profesora amargada. Mientras tanto, entre Tània y Marc la cosa parece avanzar y Pol y Míriam tienen una bronca de espanto.

Cuando Coralina intenta deshacerse de una profesora transgénero, los alumnos organizan una protesta. Marc le pide a la abuela de Bruno algunos consejos profesionales.

Mònica se harta de los celos de Joan. Gerard descubre lo que Oksana se dedica a hacer cada tarde. Oliver comparte con Merlí un recuerdo traumático.

Gerard hace de canguro durante una tarde. Tània le confiesa a Marc lo que siente por él. Millán toma una decisión sobre su futuro.

Coralina intenta que Ivan dude de su madre e insta a Bruno a que se vaya a vivir a Roma. Joan trata de convencer a Mònica para que cambie de parecer.

La madre de Gerard obliga a su hijo a ser consciente de lo que conlleva salir con Oksana. Pol se disculpa con Ivan. Marc y Pau visitan a su madre en el trabajo.

Joan ya no quiere ser un "buen chico" y decide probar cosas nuevas. Oliver les anuncia algo a sus padres. Bruno se despide de las personas a las que más quiere.

Pol descubre que su hermano guarda un secreto. Los alumnos se cuelan en el insti de noche y montan una fiesta de Navidad salvaje. A Coralina, el karma le pasa factura.

Un profesor y una profesora nuevos llegan al instituto. El interés que ella muestra por Merlí levanta las sospechas de Gina. Joan le ayuda a Pol a conseguir un trabajo.

Merlí se da cuenta de que ya no es el profesor más popular. Tània intenta que un compañero de clase se fije en ella. Joan sorprende a sus padres con su actitud.

De camino al instituto, Tània, Berta e Ivan presencian un incidente impactante. Oliver cambia de opinión sobre Merlí después de un debate en clase sobre la fe.

El turbio negocio del padre de Marc da lugar a una situación inquietante. El portátil de Gerard desaparece de su taquilla y sus compañeros son sospechosos del robo.

Merlí hace un comentario sobre la maternidad de Oksana que no sienta bien. Una discusión en clase sobre el perdón lleva a Pol a enmendar un asunto del pasado.

Gerard empieza a mostrar síntomas extraños. Joan recibe malas noticias en casa. Un asunto marca un antes y un después en la amistad entre Pol y Tània.

Merlí pone un examen con poco tiempo de antelación y Silvana llama a los alumnos a la desobediencia. Merlí intenta convencer a Gina de que Gerard tiene problemas serios.

Tània oye a Pol hablando mal de ella y decide cobrarse la revancha. Merlí sale a divertirse una noche con el padre de Joan. Ivan se sincera con Berta.

Eugeni se entera de que alguien le quiere pisar el puesto como director para el año que viene. Óscar le echa el ojo a alguien del insti. Tània tiene un encuentro íntimo.

Merlí le aconseja a Joan cómo pasar con su padre sus últimos días de vida e intenta demostrarle a Gina que ha cambiado. El padre de Marc cumple una promesa.

Merlí anima a Pol a profundizar en un trabajo de clase y reflexionar sobre sus sentimientos hacia Tània. Un desdichado Ivan recoge los frutos de una buena acción.

Pol y Tània se sienten incómodos durante un encuentro sorpresa. Se acerca la acampada y entre Merlí y Silvana la tensión va en aumento.

Durante la excursión, entre dos de los acompañantes surge algo, Gerard y Mònica se dejan de tira y afloja, y Tània, Pol y Bruno estrechan su amistad.

Los alumnos sorprenden a Merlí con un homenaje al final del curso. Siete años después, una reunión desvela el rumbo que ha tomado la vida de cada uno.