Защитники Мира отражают нападение группы киборгов (похожих на рядовых солдат армии Шао Кана), возглавляемой Сектором и Сайрексом. Ситуация для Защитников складывалась весьма плохо, пока не вмешался Саб-Зиро и не помог Защитникам оттеснить нападавших обратно во Внешний Мир. Саб-Зиро пытается предупредить бойцов о грядущем вторжении Скорпиона, но Соня Блейд напоминает ему, что он предал свой клан.

Серия продолжается там, где закончился первый эпизод. Команда Защитников выясняет, что атака началась через древнюю усыпальницу в Тибетских горах. Наполненный силой тьмы, Скорпион, оживший мертвец, которого не приняли в мир павших воинов из-за его бесчестья, выбрался из мира падших душ и путешествует по всем мирам, собирая армию оживших мертвецов. Защитники следуют за Скорпионом во Внешний Мир, опасаясь атаки Шао Кана. Китана ведёт их в гробницу, в которой похоронены самые жестокие воины Внешнего Мира, такие как Шан Цзун. Скорпион планируется воскресить Шан Цзун, но его преследует Саб-Зиро, которые пытается помешать ему.

Новый опасный враг в виде смертельно опасных рептилий, возглавляемых Комодаем (ранее упоминавшийся как просто «Рептилия»). Во время схватки Комодай повредил кислотой бионические имплантаты Джакса, из-за чего тот потерял важный микрочип, без которого имплантаты не могут нормально функционировать. В результате этого Джакс потерял уверенность в себе, а Соня возвращается на место битвы, чтобы найти пропавший чип, но её похищает Комодай. В это время на Землю вторгаются четырёхрукие Шоканы во главе с Шивой, и остальные Защитники Земли вынуждены сражаться с ними, в то время как Джакс ищет пропавшую Соню. В ходе спасения Джаксу приходится полагаться не как обычно на свои имплантаты, а думать головой, что и помогает ему победить Комодая. И хотя Джакс говорит, что усвоил урок не полагаться исключительно на силу имплантатов, но все же надевает их обратно, объясняя это дополнительным преимуществом в бою.

Странный всплеск энергии в Новой Гвинее приводит к встрече Воинов Земли с Рэйном, бывшим возлюбленным Китаны, который как она считала был мертв уже довольно длительное время. Встреча Китаны и Рэйна вызывает ревность у Лю Кана. Рэйн сообщает им, что Шао Кан ищет могущественный жезл, скрытый в священном храме. Воины Земли готовятся к битве пока не стало поздно, но Рэйн их обманывает и похищает Китану. Лю Кан находит Рэйна в его замке, но после освобождения Китаны она сама решает защитить свою честь в битве с Рэйном. В ходе битвы начинает рушиться замок, в результате чего Рэйн убегает, а Лю Кан и Китана с помощью Рэйдена переносятся в безопасное место.

Саб-Зиро встречается со своим давним другом Смоуком, неожиданно вернувшимся после своего исчезновения много лет назад. Саб-Зиро и Смоук были лучшими друзьями до того, как Ониро, Великий мастер клана Лин Куэй, отдал приказ о превращении ниндзя в киборгов. Саб-Зиро спасаясь, сбежал из клана, а Смоук был пойман и превращен в киборга. Теперь Саб-Зиро пытается выяснить, сохранил ли его старый друг свою человеческую душу или стал лишь машиной для убийства. Смоук получает приказ уничтожить Саб-Зиро и почти его выполняет, но неожиданно вспоминает про свою человеческую душу и вновь объединяется с Саб-Зиро против Ониро. Вместе они одолевают Ониро и тот сбегает. Но Смоук говорит Саб-Зиро, что они больше не могут быть друзьями, поскольку Саб-Зиро стал врагом Лин Куэй, но при этом Смоук гордится их прежней дружбой и не хочет воевать против Саб-Зиро, после чего исчезает.

Кано начал создавать множество ложных порталов, заставляя Воинов Земли метаться туда-сюда. В результате, они начали считать, что Ночной Волк начал ошибаться. Но Ночной Волк находит доказательства, что это дело рук банды «Черные Драконы», которую как раз и возглавляет Кано. Джакс рассказывает историю о том, как Кано убил напарника Сони и чуть не убил её саму. Рэйден советует не полагаться столь сильно на технику, и при помощи магической силы выясняет где находятся Черные Драконы. Выясняется, что их новое убежище находится под одной из египетских пирамид. Когда туда прибывают Воины Земли, они вступают в схватку со стражей и одолевают их. Во время битвы Кано, ранее проигравший бой Соне, вновь терпит поражение. Кано радостно говорит им, что пирамида начинена взрывчаткой, но Воины Земли успевают выбраться из пирамиды прямо перед взрывом.

В битве против Шоканов Соня отказалась подчиниться приказу. В результате, Страйкер был серьёзно ранен. Он решает временно отстранить Соню от участия в группе, поскольку по его мнению она неспособна работать в команде с остальными. Обнаружив очередную атаку Страйкер приказывает Ночному Волку сражаться с воинами Шивы, вынудив его покинуть базу. Защищать базу остаются сам Страйкер, Соня и волчица Кива. Во время нападения Шоканов на базу Соня действует согласно приказам Страйкера, в результате чего им удается отразить нападение. После победы Страйкер говорит о том, что Соня выучила урок и может вновь вернуться ко своим обязанностям.

Кван Чи (указанный в оригинальном заголовке серии) захватил рубин Тетзурри — волшебный кристал, способный пробудить все самое худшее в человеческой душе. С его помощью колдун, представ в облике беглеца из Внешнего Мира, околдовал Воинов Земли, из-за чего они стали враждебны друг другу. В результате, Земля лишилась всякой защиты, и может быть легко захвачена Кван Чи, если бы не Ночной Волк, избежавший влияния рубина. Воины Земли летят на Затерру, чтобы уничтожить кристалл, но влияние кристалла мешает им выступить одной командой и они дерутся друг с другом. Но в бою они смогли преодолеть черноту в своих душах и помочь Ночному Волку уничтожить кристалл, а затем и прогнать Кван Чи.

Шао Кан воскрешает Шан Цзуна и дает ему сферу, способную контролировать силы природы (огонь, ветер, воду и землю). Шан Цзун благодаря своей огромной злобе — наиболее подходящий человек для управления сферой, поскольку чем злее хозяин сферы, тем сильнее разрушительная сила самой сферы. Шан Цзун создаёт глобальные природные катастрофы и ослабляет Рэйдена. Воины Земли попадают в ловушку Шан Цзуна и помочь им может лишь Бог грома. Таким образом, на Рэйдена ложится ответственность за судьбу всего мира. Но к счастью, даже сильно ослабленный Рэйден оказывается сильнее зла, усиленного сферой. Победив Шан Цзуна, Рэйден отправил его самого обратно к Шао Кану, а сферу — в один из миров, где её больше не смогут найти.

Эпизод начинается с битвы Китаны и предводительницы амазонок по имени Зара после смерти наставника Китаны Рамата. Действие происходит в мире Илкан. Прибывшая стража по приказу Китаны арестовывает Зару. Несмотря на то, что битва была прервана, Китана всегда знала, что однажды она продолжится. Много лет назад враги принцессы смогли вернуться и Зара нашла один из двух мечей Илкана. Когда сила двух мечей будет объединена, то они смогут открывать порталы в другие миры. Джакс, Соня и Китана переходят через один из обнаруженных порталов, но портал после них блокируется и не пропускает остальных Воинов Земли. Чтобы получить второй меч, Зара берет Джакса в заложники.

Соня и Саб-Зиро ищут логово Черных Драконов, но на них нападают в заброшенном театре. Соня получает ранения в бою, но её спасет Кабал — бывший член банды Черных Драконов. Несколько лет назад он был одним из лучших воинов банды, но Шао Кан узнал о пророчестве, которое гласило, что Кабалу суждено переродиться Избранным и стать на сторону добра, и приказал своим воинам убить Кабала. Кабал лишь чудом выжил в схватке с подосланными убийцами, но его лицо осталось страшно изуродованным, и он был вынужден носить респиратор чтобы скрывать лицо. Кано и его сообщники открыли портал, чтобы вывести армию Зла в другие миры. С помощью Кабала Воины Земли смогли помешать планам Кано и уничтожить портал. Воины Земли предлагают Кабалу присоединиться к ним, но он предпочитает продолжить свой крестовый поход против Черных Драконов в одиночку. Соня сильно потрясена историей Кабала и расстроена его уходом.

Джакс устал от бесконечных битв и решает уйти из команды, поселившись в уединенной хижине, доставшейся ему в наследство от деда. Там он знакомится с девушкой по имени Руби, которая на самом деле является тайным агентом Шао Кана. Она пытается выведать у него место расположения базы Воинов Земли. В результате внезапной атаки Джакса схватывают ниндзя Эрмака и заточают в пещере под замком Шао Кана, где готовятся для него пытки. Его друзья, тайно подсматривавшие за ним, узнают о похищении и идут ему на выручку, но попадают в ловушку Шао Кана и атакованы превосходящими силами. Когда их поражение становится очевидным, Руби решает помочь им и выводит через тайный выход. Джакс понимает, что мирная жизнь невозможна, пока Земля находится под угрозой вторжения из другого мира, и возвращается в группу.

В заключительной серии всего сериала Защитники Земли готовятся к решающей битве с силами Шао Кана. Битва назначена на пятитысячелетнюю годовщину гибели Джеррода, короля Эдении и отца Китаны. Они с большой тревогой готовятся к грядущей битве, осознавая свою малочисленность, но у Лю Кана свои причины для уныния: в случае победы Китана станет правительницей Эдении.