A lo largo del siglo XXI, la ciencia evolucionó hasta el punto de permitir a los humanos con habilidades especiales desarrollar el arte de la magia. En 2095, Tatsuya Shiba y su hermana Miyuki se matriculan en la Escuela Secundaria Afiliada de la Universidad de Magia Privada, pero sus diferentes grados durante las pruebas de examen los ponen en caminos divergentes. Así, mientras que Miyuki se empareja con los estudiantes con habilidades mágicas elevadas o de Curso 1 (etiquetados como "Blooms"), Tatsuya es asignado para estudiar con los menos capacitados o de Curso 2 (etiquetados como" Weeds ").

Las habilidades y el ingenio de Tatsuya atraen la atención de Mayumi Saegusa, presidenta del Consejo Estudiantil y de Mari Watanabe, líder del Comité de Moral Pública, que le invita a trabajar para ella. Pero el vicepresidente Hanzo Gyoubushoujo Hattori se opone a la inclusión de un Weed entre sus filas y lo desafía a un duelo, a fin de demostrar la diferencia de poder que les separa.

Una vez que se dio cuenta de cómo fue derrotado por Tatsuya, Hanzo reconoce su valía y lo acepta como parte del Consejo Estudiantil. Ahora, como miembro oficial del Comité de moral pública, Tatsuya debe trabajar arduamente para imponer el orden en la escuela, especialmente contra aquellos que se niegan a cumplir con su autoridad solo porque es un Weed.

Tatsuya es contactado por Sayaka Mibu, otra Weed como él, que quiere su cooperación en un plan para poner fin a la discriminación entre Blooms y Weeds en la escuela. Pero él se abstiene de dar una respuesta inmediata, sospechando que está siendo manipulada por alguien más con segundas intenciones.

Al final, Tatsuya rechaza la oferta de Sayaka y un grupo de Weeds se infiltran en la sala de transmisión, creando una conmoción en la escuela. Mayumi decide discutir las demandas de los estudiantes por sí misma, pero justo cuando llegan a un compromiso, la escuela es atacada por terroristas.

Tatsuya y sus amigos ayudan a derrotar a los terroristas y los ponen bajo custodia. Después de conocer las razones de Sayaka para cooperar con ellos, Tatsuya, buscando que la policía no intervenga y castigue a su compañera, decide vese las caras con los componentes de Blanche y organiza un ataque, acompañado por algunos compañeros de la escuela de magos.

Tatsuya y sus amigos asaltan el escondite de Blanche, destruyendo la rama japonesa del violento grupo antimagia. Todo parece volver a la normalidad de la vida cotidiana (si se puede decir algo así en una escuela de magia) Pero en otro lugar, otro prodigioso mago se prepara para enfrentarse a nuestros protagonistas.

El evento deportivo entre las preparatorias conocido como la "Competencia de las Nueve Escuelas" está cerca, y Tatsuya, en reconocimiento a sus superiores habilidades de magia, es nombrado a participar en el equipo de ingeniería, sobre las objeciones de un número de alumnos del curso 1. Después de la escuela, Tatsuya sorprende a su hermana cuando ella se presenta, con una herramienta mágica que desarrolló, la cual le permite a una persona volar, una hazaña que nadie nunca ha alcanzado antes.

Nuestros protagonistas parten hacia el lugar donde se desarrollará "La Competición de Las Nueve Escuelas", a los pies del Monte Fuji, pero en el camino se produce un accidente de tránsito que no parece ser nada accidental.

Al llegar a su hotel, Tatsuya y Miyuki se sorprenden al encontrar a Erika y Mizuki presentes. El evento se abre con un banquete en el que los estudiantes de las nueve escuelas participantes se mezclan, sin saber que enemigos desconocidos están amenazando el evento.

Comienza la competición y Tatsuya pone en práctica sus habilidades de afinación para ayudar al rendimiento de sus amigos, a la vez que se mantiene a la espera de nuevos disturbios.

Mari, una de las compañeras de Tatsuya está involucrada en un accidente grave durante la competición, pero Tatsuya sospecha que, de accidente, nada.

El "No Head Dragon", un sindicato clandestino está ansioso por interferir en la competición, para proteger sus beneficios en las apuestas y la First High School es su principal objetivo. Mientras tanto, a las estudiantes bajo el cuidado de Tatsuya les está yendo mejor de lo esperado en sus eventos, atrayendo la atención de sus principales rivales en la victoria final: la Third High School.

La Competición de las Nueve Escuelas parece transcurrir sin más incidentes, pero un repentino aumento en el número de accidentes lleva a Tatsuya a tomar una decisión e involucrarse como participante directo en el Monolith Code de novatos.

Tatsuya, junto a Leonhard Saijo y Mikihiko Yoshida, continúa su participación en el Monolith Code, mientras vigila la interferencia de "No Head Dragon". Ahora la final está a un paso y tendrá enfrente a los dos estudiantes más dotados de la Third High School, Masaki "Crimson Prince" Ichijō y Shinkurō "Cardinal George"

Los equipos de Tatsuya y Masaki se enfrentan en la final. A pesar de saber que las habilidades defensivas de Masaki superan las suyas y la competición se realiza en un campo de hierba, donde sus habilidades de emboscada le darían ventaja, Tatsuya lo enfrenta de forma directa, para deleite del público... aunque nuestro protagonista se guarda un par de ases bajo las mangas.

Desesperados por los acontecimientos recientes, los miembros de "No Head Dragon" comienza a interferir directamente con la competencia, arriesgando las vidas de jugadores y público por igual... Pero su error más grande llega cuando ponen en riesgo la vida de Miyuki

Tatsuya ataca una reunión de los miembros del "No Head Dragon", masacrando a todos los asistentes uno por uno, enterándose del nombre del jefe de la organización: Richard Sun Por su parte, Jyumonji gana la competición senior del "Monolith Code" de forma aplastante Pero la victoria de Tatsuya sobre Masaki (el probable futuro jefe de los "Diez Clanes Maestros") puede tener repercusiones, ya que empaña el poder de la organización, por lo que Jyumonji (miembro de ese grupo, como futuro líder de su clan familiar) le hace a Tatsuya una petición muy directa y especial...

Después de sus hazañas en el Concurso de Escuelas Nueve, Tatsuya se exploró a participar en otro evento importante, la "tesis de la competencia mágica" y su equipo ha sólo once días que quedan para producir el material aplicable antes de la fecha límite.

En la recogida del material necesario para la tesis, Tatsuya y sus amigos comienzan su propia investigación de los que le están acechando y estaba tratando de su compañía de cuatro hojas le + piratear..

El equipo de competición Tesis Mágico cumple continuó el éxito en el desarrollo de su proyecto, aunque Erika, Mikihiko, y Leo detener a un estudiante que huye, Chiaki Hirakawa, que se revela estar trabajando como espía contra el primer equipo de alta.

El intento de Lu Gonghu para eliminar Chiaki es frustrado por Watanabe y Naotsugu Chiba. visitas Zhou Chiaki y parece que proyectan una alteración de la memoria mágica para que ella se olvidará de su relación con ella. Saegusa, Watanabe, y Tatsuya van al centro de detención y obtener una confesión de Sekimoto en su intención (y intento sin éxito) para robar los datos del proyecto de tesis mágica y localizar la reliquia.

Chen Xiangshan apela a Zhou ayuda liberando Lu Gonghu. Bajo la condición de que las promesas de Chen para evitar Chinatown durante su operación, Lu Gonghu se rompe a cabo. visitas Ichihara Chioda y sus manipula a aferrarse a sus sentimientos de amargura para Tatsuya, en la creencia de que sus capacidades serán importantes para la primera de alta futuro.

Las fuerzas de defensa conjuntos convencionales se acoplan a los equipos de agredir, pero están empantanados por la lentitud con la evacuación de los estudiantes, pero descubren que el ataque está siendo lanzado desde una nave no identificada disfrazada anclado en el puerto. asaltantes armados asalto la sala principal, pero son fácilmente contrarrestado por Tatsuya después de que él inspira a los demás estudiantes a luchar.

El Príncipe Carmesí mata brutalmente a los terroristas, mientras que sus aliados preparan un autobús por encima del suelo para su escape. Mientras tanto, continúa la evacuación subterránea a través de los túneles a pesar de la resistencia, el Sr. Tsuzura impide un colapsadas causas de techo por máquinas de guerra de Gran Alianza de Asia.

El episodio comienza con Tatsuya y otros compañeros en el aire haciendo desaparecer un enemigo Batallón Mecanizado. Algunos soldados enemigos lo reconocen como Mahesvara , un demonio de hace 3 años que aparece de venganza cuando su hermana y su madre resultó gravemente herido. Mientras tanto, Jummonji conduce a los magos de la Asociación Mágica Branch charasmatically, dando como resultado el enemigo en retirada.

Dos meses después del incidente de Halloween Quemado, Tatsuya y sus amigos celebran una fiesta de despedida para Shizuku, que estudiará en el extranjero en Estados Unidos. Con el inicio del nuevo semestre, un estudiante de intercambio de Estados Unidos llega a la First High School

Se produjo una serie de extraños asesinatos en los que se descubrió que a las víctimas se les extraía parte de la sangre de sus cuerpos. Debido a los métodos utilizados por el asesino, se los llamó "incidentes de vampiros", y también ocurrieron incidentes similares en Estados Unidos. Mientras estos asesinatos avivan los temores del público, Leo es víctima de un vampiro.

El vampiro que atacó a Leo era un demonio llamado "parásito". Las familias Saegusa y Jumonji deciden unir fuerzas para resolver este caso. Mikihiko y Erika buscan al parásito para vengarse y se enfrentan a un misterioso mago enmascarado.

Resulta que el mago enmascarado que se involucró en una pelea de espadas con Erika era Lina. Con su identidad destruida, Lina usa el hechizo Parade para atacar a Tatsuya. Tatsuya intenta desactivar el hechizo Parade desmantelándolo, pero falla.

Un parásito es un cuerpo de información que se generó a partir de la dimensión espiritual. ¿Cómo podría aparecer una entidad de otra dimensión en el mundo físico? Un visitante malvado de origen desconocido se infiltra en First High School.

El día de San Valentín es un día para regalar chocolate a la persona que amas y confesar tus sentimientos. Esta tradición es una fuente de alegría y dolor para muchos, incluso en una institución distinguida como Magic High School. ¿Qué pasará este año en San Valentín?

Balance ordena a Lina que capture al lanzador que estaba detrás del Halloween Quemado. Balance le da a Lina un dispositivo hecho a medida llamado "el Brionac" que convierte la magia de Clase Estratégica en un rayo de plasma de alta energía.

La familia Yotsuba interviene para eliminar todas las amenazas a Tatsuya por parte de las fuerzas militares de la USNA. Después de interrogar a Pixie sobre los parásitos restantes, Tatsuya se dirige al cementerio de Aoyama con Miyuki y Honoka para atraerlos.

Gracias a los poderes psíquicos de Pixie, Tatsuya y sus amigos finalmente pueden capturar los parásitos. Ellos abandonan la escena después de que Erika y su equipo llegan para transportar a los parásitos, pero una tercera facción disfrazada de policía aparece ante ellos y se interpone en su camino.

Según las instrucciones de Raymond, uno de los Siete Sabios, Tatsuya y sus amigos se dirigen al área de entrenamiento al aire libre detrás de la Primera Preparatoria la noche del 19 de febrero. Tal como dijo Raymond, detectan la presencia de todos los parásitos activos y Lina reunidos en la escena. A este paso, el enfrentamiento con Lina, que está empeñada en completar su misión como Sirius, será inevitable. Con emociones complejas en juego, comienza la batalla final con los parásitos.

Aproximadamente un mes después del incidente del parásito, Tatsuya y sus amigos se despidieron de mala gana de Mayumi, Mari, Katsuto y los otros estudiantes del último año en la ceremonia de graduación número 29 en la Primera Preparatoria. También llega el momento de despedir a otro amigo que vino de América.

Tatsuya y Miyuki, quienes fueron invitados a una fiesta para conmemorar la finalización del primer Hyper Building Offshore Tower de Japón, son presentados a una niña llamada Minami Sakurai por Hayama. En ese momento el mago radical del frente de la nueva raza apunta a la fiesta.

El New Breed Front anuncia que van a hacer explotar la Torre Offshore en una hora. No se sabe si podrían detonar la bomba antes. Para frustrar los planes del New Breed Front, Tatsuya y Miyuki se llevan a Minami con ellos y se dirigen al centro de control en el primer piso subterráneo.