Нагатэ, всю жизнь проживший в изоляции, вынужден приспосабливаться к жизни в многовековой космической колонии, одновременно обучаясь на пилота-кадета для борьбы с древней угрозой.

Нагатэ преследуют воспоминания о его первом боевом опыте против Гауны. Позже он знакомится с элитными пилотами Сидонии.

Исследуя Сидонию, Нагатэ наживает себе врага в лице Кунато, защищая при этом друга. Гауна атакуют, заставляя пилотов начать боевые действия.

После катастрофы на борту Сидонии Нагатэ и его команда получают приказ достать ценное оружие. Впоследствии он нарушает приказ, чтобы спасти друга.

У Нагатэ и Сидзуки, дрейфующих в космосе, постепенно заканчиваются припасы, и они ожидают спасения от улетающей Сидонии, которая находится слишком далеко, чтобы прислать помощь.

Нагатэ и его отряд получают квалификацию пилотов и вскоре отправляются в бой, когда враг возвращается; Кунато изучает историю Нагатэ.

Враг оказывается еще крупнее и смертоноснее, чем считалось ранее, в результате чего три отряда вступают в смертельную схватку.

Нагатэ винят в поражении, и он испытывает чувство вины из-за потери; раскрываются ранние годы Сидонии.

Гауна находят ужасающий способ деморализовать и перебить атакующие войска. Нагатэ возвращается в Сидонию с трофеем, который может помочь в этом сражении.

Пацифисты подвергают себя опасности, покидая относительно безопасную Сидонию, в то время как враг появляется больше и свирепее, чем раньше.

Большая ударная группа сталкивается с вражеским подразделением, которое застает их врасплох; Нагатэ делает все возможное, чтобы защитить своих друзей.

Нагатэ вступает в одиночный бой с сердцем врага, в то время как ударная группа терпит неудачу в атаке на Гауна.

Пилот Нагатэ Таникадзэ прославился своими действиями в недавней битве, но Нагатэ больше волнует исчезновение оболочки Хосидзиро.

Нагатэ и его команда ведут тяжелую борьбу с Гауна 549, в которой им помогает появление нового вида Гауна, называющего себя Цумуги Сирауи.

Расправившись с оппозицией, Кобаяси берет курс на девятую планету в соседней системе Лем. Теперь тотальная война кажется неизбежной.

Появляется новая угроза в виде Гауна 550, которая выбросила бесчисленное множество ядер меньших Гауна на траекторию перехвата Сидонии.

Несмотря на то, что Цумуги сыграла важную роль в победе, она серьезно пострадала, защищая Сидонию. Идзана, также получившая тяжелое ранение, принимает смелое решение.

Выселенный из общежития, Нагатэ просит Идзану приютить его на одну ночь; у Цумуги происходит эмоциональный кризис, вызванный опасной ситуацией.

Тест нового оружия на Сидонии проходит успешно, но экипаж обнаруживает, что не может его отключить; Юхата отправляет пилотов гардов расследовать возникшее нарушение.

Пилоты и Цумуги устраняют повреждения Сидонии после инцидента с гравитационной пушкой; Цумуги расстроена из-за того, что стала причиной небольшого происшествия.

Идзана узнает, что ее «свидание» с Нагатэ было подстроено, и в гневе возвращается домой. Вскоре после этого ее вызывают в команду, которая отправится на разведку Девятой планеты.

Команда разведчиков подвергается атаке со стороны Гауна; Идзане и командиру отряда удаётся спастись, войдя в атмосферу Девятой планеты.

Идзану и командира разведывательного отряда преследует огромный гуманоид Гауна. Тем временем Цумуги сражается с Бэнисудзумэ.

Нагатэ спасает Цумуги, но его одолевает Бэнисудзумэ. Ситуация становится критической, когда рой Гауна обрушиваются на выживших.