Детектив Джим Гордон приезжает в Готэм, и первым же его делом становится расследование убийства двух самых влиятельных людей в городе: Томаса и Марты Уэйнов. Джим обещает их сыну Брюсу во что бы то ни стало найти и наказать убийцу. Вскоре Джим убеждается, что весь Готэм просто погряз в произволе и беззаконии, и убийство Уэйнов — лишь верхушка айсберга.

На улицах Готэма орудует группа неизвестных похитителей. Жертвами преступников становятся подростки-беспризорники, живущие в подворотнях города. Детективы Харви Буллок и Джеймс Гордон узнают от Фиш Муни, что подростков похищают для некоего загадочного заказчика. Но зачем ему нужны дети, никто не знает. В ходе расследования Джеймс знакомится с Селиной Кайл, которая знает кое-что интересное об убийстве Уэйнов. Тем временем Освальд («Пингвин») строит планы о своем возвращении, а Фальконе дает Фиш Муни понять, кто в Готэме хозяин.

Когда жертвой нового злодея по кличке Человек-Воздушный шар оказался коррумпированный чиновник Рональд Дэнзер, полиция не спешила на поиски преступника. Но как только под удар попал известный дурной славой детектив Билл Крэнстон, капитан полицейского участка распорядился сосредоточить все силы на поимке Человека-Воздушного шара. Директор фабрики метеозондов, узнавший в орудиях убийства собственный продукт, поспешил сообщить Буллоку и Гордону о том, что украл их никто иной как Карл Смайкерс. Но Гордон сомневается, что Смайкерс и есть тот, кого они ищут. А в это время Освальд пытается всеми силами вновь вернуться в игру и устраивается на работу к главному конкуренту Фальконе – дону Марони.

Освальд заявляется домой к Джиму и обещает стать его тайным агентом в мире мафии. Пингвин предупреждает Джима о том, что два могущественных преступных синдиката Готэма – семьи Фальконе и Марони – борются за проект переустройства Аркхема, и вскоре появятся первые жертвы этой политической борьбы. И правда, в участке Джим узнает, что ночью был убит советник Дженкинс. Почерк киллера очень примечательный – он устраняет своих жертв с помощью необычного оружия, стальной иглы. Убийства случаются одно за другим, и Харви с Джимом начинают опасаться, что под угрозу может попасть даже сам мэр Готэма.

В Готэме появляется новый смертельный наркотик, получивший название «Гадюка». Он дарит необычайную силу и чувство эйфории, но лишь на несколько часов. В городе начинаются беспорядки, принявшие «Гадюку» люди крушат всё, что попадается им под руку. Буллок и Гордон узнают, что некий человек с изувеченным ухом раздает «Гадюку» на улицах совершенно бесплатно. Тем временем Брюс изучает бумаги «Уэйн Энтерпрайзис» и приходит к выводу, что проект Аркхема попал в руки Марони и Фальконе благодаря компании его семьи. Брюс отправляется в «Уэйн Энтерпрайз», надеясь поговорить с советом директоров. А Фиш Муни занимается подготовкой к атаке: готовит свое «секретное оружие», Лайзу, к наступлению, а также заводит себе новых союзников.

Десять лет назад, еще на заре своей карьеры, Харви Буллок работал над странным делом: тогда в Готэме объявился кровавый маньяк, именующий себя Духом Козла Отпущения. Преступник похищал первенцев богатейших семей Готэма и жестоко расправлялся с ними. И вот, спустя всё это время, в городе объявляется подражатель. Стиль его убийств пугающе похож на почерк Духа Козла Отпущения, вплоть до мельчайших деталей, и Харви не может поверить в то, что эти преступления совершали разные люди, не знакомые друг с другом. С помощью своего напарника Джеймса Гордона и любителя загадок Нигмы детектив Буллок раскрывает тайну Духа Козла Отпущения.

Узнав, что Освальд жив, детективы Монтойя и Аллен снимают с Джима все обвинения. К несчастью, о «воскрешении» Пингвина узнает также и преступный синдикат Фальконе. Услышав эти новости, Фиш Муни отправляет своих головорезов в квартиру к Джиму и Барбаре. С Освальдом же расправиться оказывается совсем не просто, ведь он теперь находится под защитой дона Марони. Понимая это, Фиш лично отправляется к дону для переговоров, ставя перед ним ультиматум: либо Пингвина отдают ей на расправу, либо семья Фальконе объявляет войну Марони. Удастся ли Пингвину и Джиму Гордону пережить эту войну, перехитрить Фиш и остаться в живых?

Гордон и Буллок занимаются расследованием убийства Коулмэна Лоусона, и след приводит их к финансисту Ричарду Сионису. Оказывается, что тот устраивает в Сионис Инвестментс очень необычный отбор для соискателей, желающих работать в его компании, буквально не на жизнь, а на смерть. А в это время Освальд пытается помириться с Фиш, но получает жесткий отказ. Оскорбленный Пингвин готовит план мести. Брюс возвращается в школу и сталкивается с некоторыми трудностями в общении со сверстниками.

Барбара неожиданно покидает Джима, оставив ему лишь прощальную записку. Но у детектива Гордона нет времени горевать, ему нужно спрятать где-то своего главного свидетеля по делу, Селину Кайл. Джим отвозит девочку в самое безопасное место в Готэме – поместье Уэйнов. Поначалу Альфреду совсем не нравится эта идея, но вскоре он замечает, что Брюс будто оживает благодаря Селине. А в это время кто-то похищает заключенного Йена Харгроува, гениального подрывника. Джим знакомится с Харви Дентом, советником окружного прокурора. Дент подозревает, что к убийству Уэйнов может быть причастен Дик Лавкрафт, и предлагает припугнуть его с помощью свидетеля.

Кто-то отправляет головорезов в поместье Уэйнов, чтобы избавиться от Селины. Благодаря отваге Альфреда, который в одиночку пытается остановить киллеров, Селине и Брюсу удается сбежать и скрыться в Готэме. Беспокоясь за Альфреда, Брюс хочет связаться со своим дворецким, но Кошка останавливает его, считая, что сейчас им лучше залечь на дно. Джим подозревает, что наемники были посланы Диком Лавкрафтом, который именно в этот момент внезапно исчез из города. Джим, Харви и Альфред совместными усилиями ищут пропавших детей по всему Готэму.

Бывший детектив Гордон старается приспособиться к новым условиям и обнаруживает, что в Аркхеме для него не меньше работы, чем в участке. Кто-то в лечебнице применяет электротерапию для того, чтобы «поджаривать» мозг психически больных пациентов. Джим берется за расследование этого дела, несмотря на явное недовольство директора Аркхема, но ему нужна поддержка хотя бы одного сотрудника, и он находит ее в лице доктора Лесли Томпкинс.

Джим обязуется поймать Грубера и Дэнзинга в обмен на восстановление в должности детектива. Комиссар дает Гордону и Буллоку сутки на поиск сбежавших пациентов психушки. Тем временем Фиш переходит в атаку. Она устраивает фальшивое похищение Лайзы и требует от Фальконе передать ей всю власть над мафией Готэма в обмен на безопасность его новой пассии. Пингвин изо всех сил спешит к дону Фальконе, чтобы рассказать ему всю правду о заговоре Фиш, но на пути ему попадаются всеобразные препятствия.

Освальд вовсю празднует свою победу. Фиш попадает в руки к «профессионалу», который собирается зверски с ней расправиться. Она уверена, что больше ей не на кого надеяться, но в самый ответственный момент появляется Бутч Гилзин и спасает ее. Джим и Харви расследуют очередное убийство и случайно нападают на след целой сети наркоторговли. А в это время Брюс с Альфредом ищут по всему Готэму Селину.

Фиш Муни сообщает Марони о том, что Освальд все это время работал на Фальконе. Узнав эту новость, Марони берет Пингвина с собой «на прогулку», чтобы проверить слова Фиш. А в Готэме появляется новый маньяк, целями которого становятся люди с фобиями. Харви принимает это дело очень близко к сердцу после того, как встречает Скотти Мулленс.

Гордон и Буллок идут по следам Джеральда Крейна, спятившего учителя биологии, который мечтает навсегда избавить человечество от страха с помощью особой «вакцины». Крейн собирается использовать в качестве подопытного не только себя, но и своего сына Джонатана. Тем временем Фиш Муни оказывается на самом дне, и теперь ей предстоит снова отвоевать себе власть клыками и когтями. А Фальконе и Марони дискутируют по поводу дальнейшей судьбы Пингвина.

Джим и Лесли устраивают себе романтический вечер и отправляются в цирк. Прямо во время представления между артистами случается потасовка. Таким образом, свидание детектива Гордона и доктора Томпкинс плавно перетекает в расследование, в ходе которого они узнают о закулисных интригах, а также находят труп на территории цирка. Тем временем Брюс призывает совет директоров «Уэйн Энтерпрайз» к ответу.

Банки Готэма начинает осаждать банда Красного Колпака, которая вскоре становится местной легендой. Дело в том, что во время каждого ограбления преступники отдают часть «выручки» простым людям, создавая таким образом суматоху, чтобы скрыться с места преступления. Тем временем в особняк Уэйнов приезжает гость, благодаря которому Брюс узнает много нового об Альфреде. А Фиш Муни предъявляет свои требования управляющему.

Фиш знакомится с основателем клиники и получает от него предложение, от которого невозможно отказаться. Джим узнает, что Фласса освобождают благодаря вмешательству комиссара Лоуба, который обладает практически неограниченной властью благодаря ценной информации. Джим и Харви Дент пытаются найти слабое место Лоуба и обращаются за помощью к Пингвину.

Джим берется за расследование заброшенного его коллегами дела о пропавшей девушке и вскоре узнает, почему все остальные детективы в участке не хотят заниматься этим случаем. В это время Брюс отправляется на поиски Реджи, в чем ему помогает Селина. А Фиш организует побег из клиники Кукольника.

Буллок и Гордон по-прежнему занимаются расследованием дела о маньяке по кличке Огр, а он, в свою очередь, подбирается к новой жертве, которая небезразлична Джиму. Тем временем Брюс и Селина объединяют усилия, чтобы вывести на чистую воду Бандерсло, а Нигма встает на защиту мисс Крингл.

Джим узнает, кто стал следующей жертвой Огра. Харви находит свидетеля, который отправляет его на поиски Огра в закрытый клуб под названием «Фоксглав». Брюса ждет откровенный разговор с Бандерсло в «Уэйн Энтерпрайз». Между тем Барбара подпадает под пагубное влияние Джейсона, а Освальд готовит покушение на Марони.

Доктор Томпкинс помогает Барбаре пережить посттравматический шок. Освальд успешно разжигает войну между кланами Фальконе и Марони, преследуя свои цели. Но внезапно словно из ниоткуда на шахматной доске появляется новая фигура, которая мешает планам Освальда. А Брюс намерен во что бы то ни стало раскрыть секрет своего покойного отца.

Комиссар Лоуб намерен окончательно выжить Джима из участка, и ему это удается. После очередного проступка офицер Гордон становится просто «мистером Гордоном». Джим не готов смириться с такой несправедливостью и отправляется к Пингвину, чтобы тот помог ему вернуть должность. Но Пингвин ничего не делает просто так... Между тем на политической сцене Готэма появляется новый игрок — миллиардер Тео Галаван, который сразу наводит шороху.

Тео убеждает мэра Готэма покинуть город. Это становится очередным шагом Галавана на пути к его цели — «очистить» Готэм пламенем и кровью. Следующий ход — нападение группы освобожденных из Аркхема преступников, которые назвались «Маньяками». Полиция города во главе с комиссаром Эссен и детективом Гордоном направляет все ресурсы на поимку новой преступной группировки.

Тео Галаван переходит к финальной части своего плана по завоеванию города. С помощью Джерома и Барбары он устраивает инсценировку на благотворительном приеме детской больницы, после которой Тео должен стать героем Готэма. Но его планам спешат помешать Джим Гордон, Брюс Уэйн и Альфред Пенниуорт.

Вырвавшаяся из Аркхэма шайка маньяков угрожает покою не только мирных жителей города, но и менее благонадежных граждан. Преступная империя Освальда страдает от беспорядков не меньше, чем остальной Готэм, и он намерен разобраться, кто же организовал столь дерзкий побег. Тем временем у полиции Готэма новый начальник — Натаниэль Барнс. Он намерен избавиться от коррупции и навести порядок вначале в самой полиции, а потом и во всем городе. Джим Гордон восхищен идеалами этого человека и полон желания ему помочь, но Харви не разделяет его энтузиазма — идеалисты в Готэме редко живут долго.

Ударный отряд под руководством Джима Гордона вовсю работает над разрушением империи Пингвина. А Тео тем временем поручает Пингвину работу: за ночь сжечь в городе пять зданий. У Бутча на примете как раз есть парочка профессиональных поджигателей. Полиции удается установить, что все здания принадлежат компании «Уэйн Энтерпрайз», но мотивы поджигателя оказываются скрыты куда глубже, чем может себе представить Джим Гордон.

Селина решает помочь Бридж уехать из города, а главное — успокоить ее прежде, чем та сойдет с ума. Джим Гордон продолжает поиски неизвестной поджигательницы и узнает, что ей помогает Селина. Бутч втирается в доверие к Тео Галавану и пытается разузнать местонахождение матери Освальда. Отношения Эдварда Нигмы и Кристин становятся все серьезнее, и он решает рассказать ей побольше о себе. Брюс Уэйн идет на первое в своей жизни свидание.

С помощью Бутча Тео Галаван заманивает Освальда на портовый склад и угрожает убить его вместе с матерью. Гертруда погибает, но Пингвину удается сбежать. Теперь он переполнен жаждой мести и твердо намерен расправиться с переметнувшимся помощником и новоявленным мэром Готэма. Интриганка Сильвер пытается окончательно подчинить себе Брюса и отвадить от него старую подругу. Джима Гордона одолевают сомнения насчет личности Тео. Нигма поспешно заметает следы убийства Кристин.

Замысел Тео Галавана подходит к ключевой стадии — он собирается обменять долю Брюса Уэйна в компании его родителей на информацию об их убийце. Но Джим Гордон уже понял, что Галаван не такой добряк, каким кажется, и, чтобы его отвлечь, Тео наконец позволяет Барбаре поразвлечься. А пока Джим, Харви и куча полицейских следуют по ее безумным указаниям в ловушку, надеясь узнать хоть что-то о замысле Галавана, далеко-далеко, в тихом лесу, Эдвард Нигма закапывает сундук со своей возлюбленной.

Раздосадованная неудачей брата Табита полна жажды отомстить инспектору Гордону и решает натравить на него наемных убийц. Джиму удается одолеть нападавшего, но тот объясняет, что его наниматель следует простому правилу: если первый сотрудник потерпел неудачу, попытки не прекратятся до успешного выполнения заказа. А Эдвард Нигма выхаживает Освальда и между делом рассказывает ему о последнем уроке, который он вынес из своей жизни.

Приближается слушание дела Тео Галавана. Хотя доказательства обвинения кажутся неоспоримыми, Джим беспокоится, что Тео удастся каким-то образом выйти сухим из воды. Тем временем Харви выясняет, что религиозная символика в квартире Тео принадлежит некоему Ордена святого Дюма. На днях несколько человек были заколоты таинственными людьми в рясах, и напарники подозревают, что все убийства как-то связаны с религиозным культом и Галаваном. Тем временем Брюс продолжает попытки узнать имя убийцы своих родителей и решает подойти к проблеме с другой стороны.

Планы Тео близки к завершению: сын Готэма у него в руках, и жертвоприношение состоится со дня на день. А пока он решает дать своей племяннице шанс вернуть его доверие и загладить свою промашку. Для этого Сильвер должна влюбить в себя Брюса Уэйна — снова. Тем временем в полицейский участок приходит мистер Фокс и делает заявление о пропаже Брюса. Несмотря на очевидную причастность ко всему Тео Галавана, комиссар Барнс отказывается дать делу официальный ход. Фокс, Альфред и Харви Буллок решают действовать самостоятельно и, заручившись поддержкой Джима Гордона и армии Пингвина, отправляются дать новому мэру Готэма финальный бой.

Джим Гордон оправдан и восстановлен в звании, а над Готэмом нависла новая угроза. Виктор Фрайс — молодой ученый, отчаянно ищущий способ спасти смертельно больную жену. Но времени все меньше, и он решает заморозить любимую до тех пор, пока не найдет лечение. Однако сперва Виктору нужно опробовать технологию заморозки на менее дорогих его сердцу людях. Во время очередного похищения его задерживает патрульная, и, когда ее замороженное тело находит полиция, Джим и Харви принимаются за расследование. Тем временем полиции Готэма удается задержать Освальда Кобблпота, и комиссар Барнс намерен вытянуть из него всю правду о том, что же случилось в ночь убийства Тео Галавана.

Полиция задержала жену Виктора, Нору, и комиссар Барнс не сомневается, что Виктор придет ее вызволить. Однако Норе нужен больничный уход, и в участке ее держать нельзя. Барнс предлагает перевезти ее в Аркхэм, самую защищенную лечебницу в городе. Джим и Харви ждут нападения Виктора, а на другом этаже с порядками психиатрической клиники знакомится ее новый пациент — Освальд Кобблпот.

Джима и Лесли беспокоит судьба Кристин Крингл — ведь она даже не забрала последнюю зарплату. Эд говорит Джиму, что ничего не знает, но убежден, что Джим водит его за нос. Брюс Уэйн и Альфред отправляются на поиски Патрика Мэлоуна — убийцы родителей Брюса. Однако Альфред не подозревает, что у Брюса свой взгляд на то, как следует свести счеты с убийцей. Освальд Кобблпот, по словам доктора Стрейнджа, стремительно идет на поправку, но перед этим ему предстоит еще несколько сеансов терапии.

Эдвард Нигма всерьез озабочен сохранностью своей тайны и переходит от слов к действиям. Неизвестный преступник вначале устраивает кражу в городском музее, а затем взрыв на центральном вокзале. Идущий по следу Джим Гордон даже представить не может, куда этот след его приведет. Официально вменяемый Освальд Кобблпот решает порадовать своей справкой старых друзей, но почему-то не находит ни у кого признания; вместо этого он неожиданно обретает новую семью. Брюс Уэйн привыкает к уличной жизни вместе с Селиной и вспоминает все, чему его учил Альфред.

Не успел Джим Гордон привыкнуть к тюремной рутине, как надзиратель сообщает ему, что его переводят в крыло F — «Край света», как называют его другие заключенные. Говорят, что единственный путь оттуда — ногами вперед. Однако Харви не готов опускать руки и продолжает искать способы вызволить напарника: законные и не слишком. Тем временем Освальд по-настоящему сближается с нежданно найденным отцом, но остальные члены семейства Вандаль отнюдь не рады новообретенному родственнику: старый Элайджа вот-вот сыграет в ящик, и лишний претендент на наследство им совсем ни к чему.

Освальд глубоко потрясен смертью отца. Вскоре он понимает, что остальная семья Элайджи не особо опечалена его кончиной, и, более того, совсем не рада обществу Освальда. Сжалившись, мачеха решает оставить Освальда, поручив ему всю работу по дому. Джиму Гордону удается раздобыть запись телефонного звонка анонимного свидетеля, который его подставил. Чтобы очистить звук на записи, он обращается к одному из немногих друзей, которые, как он уверен, у него остались — к Эдварду Нигме. Очнувшуюся из комы Барбару Кин признают вменяемой и выпускают из Аркхэма.

Вернувшаяся Барбара предлагает Джиму начать все сначала, но он почему-то не рад подобной перспективе. Однако вскоре оказывается, что без ее помощи в расследовании дела Уэйнов Джиму не продвинуться. Тем временем начитавшийся информации в компьютере отца Брюс Уэйн тоже возвращается к поиску убийцы родителей: согласно отцовским записям, разгадка кроется в неизвестном месте под названием «Пайнвуд фармс».

После вокрешения Тео Галаван не может вспомнить, кто он, и доктор Стрейндж решает подарить своему подопытному новую личность. Он сообщает Тео, что тот является легендарным рыцарем Азраилом из Ордена Святого Дюма, и приказывает ему убить Джима Гордона.

Харви и Джим заявляются в Аркхэм, чтобы провести обыск, но доктор Стрейндж оказывается уже готовым к их визиту. После случившейся в участке трагедии детектив Буллок становится исполняющим обязанности капитана. Бутч и Освальд объединяются против общего врага. А Селину ждет неожиданная встреча в вентиляционных шахтах Аркхэма.

Селина пытается пробудить в Бриджит воспоминания о прошлой жизни, но ее подруга очень хорошо вжилась в роль Светлячка. Брюс рассказывает Джиму, что Селина заперта в Аркхэме, и они вместе отправляются туда в компании мистера Фокса.

Стрейндж берет Джима в заложники и отправляет в участок к Буллоку своего подопечного, который способен превращаться в других людей. Нигма устраивает для Брюса и Люциуса смертельную викторину. Тем временем Фиш тоже ищет способ сбежать из Аркхэма.

Спустя шесть месяцев после событий предыдущего сезона Барнс возвращается на свою должность, а Джим становится охотником за головами, отлавливающим беглецов из Индиан Хилл. Фокс начинает работать в полицейском участке. Фиш Муни возглавляет группу из нескольких бывших пациентов Стрейнджа.

Брюс удостаивается аудиенции с представительницей группы, тайно управляющей всеми темными делами в Готэме. Валери Вейл обещает помочь Джиму поймать Фиш Муни в обмен на сюжет. Тем временем сама Фиш ищет, где спецслужбы прячут доктора Стрейнджа.

В клубе Барбары выступает недавно приехавший в Готэм гипнотизер Джарвис Тэтч, который оказывается невероятно искусен в своем ремесле. Вскоре мистер Тэтч обращается к Джиму Гордону с просьбой найти его сестру Алису, сбежавшую из клиники Стрейнджа. Тем временем Брюс Уэйн встречает свою копию и разрешает двойнику остаться у себя в поместье.

Наступает день выборов мэра Готэма. Нигма пытается убедить Кобблпота, что тот выиграет, не прибегая к взяткам, но Бутч советует подстраховаться. Алиса попадает в полицейский участок, и Тэтч планирует наведаться туда с братьями-рестлерами, чтобы похитить любимую сестру.

Не успел Освальд победить на выборах, как сразу же столкнулся с проблемой, которая не миновала ни одного мэра Готэма во время произнесения фразы «Готэм станет безопасным»: неизвестные в масках с автоматами устраивают показательную акцию устрашения прямо перед зданием мэрии. Для расследования инцидента Освальд отправляет своего руководителя администрации Эдварда Нигму в полицейский участок Готэма. Нигма рад снова увидеть знакомые лица, а вот его появление восторга не вызывает. Брюс нанимает Джима разыскать Селину Кайл, а сам Джим пытается разобраться в своих отношениях с Вейл.

Джарвис Тэтч всерьез убежден, что в смерти его сестры Алисы повинен Джим Гордон. Движимый жаждой мести, Тэтч разрабатывает сложный план, наполненный невинными жертвами и стихами собственного сочинения, который должен наполнить дальнейшую жизнь Гордона бесконечными страданиями. А новый мэр Готэма пытается набраться храбрости и признаться своему новому лучшему другу в любви.

За похищение Лесли Томпкинс и попытку убийства Валери Вейл, Джарвиса Тэтча теперь разыскивает вся полиция Готэма. Гордона, однако, к расследованию никто допускать не стремится, ведь он больше не полицейский. Мэр Освальд расстроен, что Нигма не собирается сопровождать его на вечер основателей Готэма, предпочтя пышному приему ужин с новой знакомой, и ищет способы расстроить любовь друга. А у Джарвиса Тэтча на вечер основателей свои планы.

Джим возвращается на службу, и теперь ему предстоит работать бок о бок с Ли. Неловкости не заставляют себя ждать. Нигма боится, что темная сторона возьмет над ним верх, и решает расстаться с Изабеллой. А капитан Барнс использует свои способности для самостоятельного расследования дел, но быстро понимает, что очень легко поддаться соблазну забыть о законе и решить все проблемы простым путем.

Джим понимает, что с Барнсом что-то не так, и решает за ним проследить. А Барнс вдруг сообщает Джиму, что нашел подозреваемого в убийстве доктора Саймона и предлагает задержать его вместе. Тем временем безутешный Эдвард Нигма оплакивает возлюбленную. Освальд, конечно, всегда готов подставить другу плечо. А к Селине неожиданно заваливается подросшая Айви и рассказывает, как забавно мужчины реагируют на взрослых девушек, а заодно съедает всю еду. А потом вслед за ней к Селине заваливаются люди с арбалетами.

На Кармайна Фальконе внезапно совершают неудачное покушение. Бывший босс мафии, конечно, отошел от дел, но еще имеет достаточно власти, чтобы перевернуть город вверх дном и найти злоумышленников. Опасающийся беспорядков Джим просит Фальконе повременить и предоставить эту работу полиции. Теперь у него есть сутки, чтобы выяснить, кто из многочисленных врагов босса мафии возжелал его смерти настолько, что перешел от мыслей к действию. Тем временем Брюс пытается понять, кто охотится за Айви и таинственным ключом, и случайно знакомится с еще парой страниц криминальной истории Готэма.

Барбара намекает Нигме, кто мог бы хотеть гибели его возлюбленной, и наблюдает, как семена подозрения стремительно разрастаются в его душе. Брюс, несмотря на то, что друзья из Украины пропали так же стремительно, как и появились, решает в одиночку выкрасть неизвестно что из хранилища Совиного суда, а заодно разобраться в более важных проблемах — состоит он в отношениях с Селиной или нет. А Джим случайно нападает на след нового убийцы, зараженного вирусом Алисы Тэтч, и даже не подозревает, куда приведет его расследование.

Лесли и Фальконе решают отомстить Джиму за Марио. Освальд готовится к крайне важному интервью, но ему мешает сосредоточиться возникающий из ниоткуда призрак отца. Тем временем Гордон и Буллок занимаются делом об оживающих трупах.

Джим и Харви понимают, что Поллард хочет оживить Джерома, а тем временем сам Поллард испытывает трудности в осуществлении плана. Потерпев неудачу, он решает самостоятельно возглавить толпу несогласных безумцев. Селина узнает правду о своей матери, а Освальд пытается вернуть себе власть.

У полиции появляется еще больше проблем, когда Джером призывает жителей Готэма выпустить свою скрытую безумную сущность наружу. Пингвин узнает о заговоре Нигмы и Барбары. Джим подозревает, что Джером отправится к Брюсу, чтобы завершить начатое.

Пока Джим Гордон разбирается с семейной драмой, Харви и Фокс пытаются поймать разбушевавшегося Загадочника. После смерти Освальда Нигма хочет найти себе равного по интеллекту, чтобы заполнить образовавшуюся пустоту. Его жертвами становятся светлейшие умы Готэма.

Джим начинает расследовать обстоятельств смерти своего отца, но внезапно узнает от Фрэнка, что Суд cов хочет уничтожить Готэм. Таким образом Суд планирует «очистить» и отстроить город заново. Тем временем Брюс попадает в ловушку, а Освальд разрабатывает план мести.

Айви предлагает своему новому напарнику создать войско из уродцев. Джим встречается с Кэтрин, и та говорит, что он должен доказать свою преданность Суду сов. Между тем на сцене вновь появляется Загадочник. Он оставляет своему бывшему другу Джиму Гордону особое послание, в котором есть подсказка о следующей жертве.

Ли проводит экспертизу и приходит к выводу, что Фрэнка застрелили. Она приходит к Буллоку, требуя допросить Джима. Харви боится, что Ли может создать проблемы. Тем временем поступает сообщение о таинственном переводе Барнса из больницы Аркхем. Позже детективы выясняют, что этот "перевод" на самом деле был похищением, а оружием Суда Сов должен стать вирус Алисы Тэтч.

Освальд попадает в плен к Суду Сов и к огромному удивлению Нигмы оказывается в соседней с ним клетке. После нескольких вспышек конфликта враги решают на время объединиться, чтобы сбежать от Суда. Тем временем Альфред узнаёт, что Брюса подменили, и сообщает об этом Джиму и Харви.

Новый наставник Брюса помогает ему отомстить Совиному суду за убийство Томаса и Марты Уэйн. Пока Гордон ищет Ли с вирусом, Буллок и Альфред идут по следам "похитителей" Брюса. Между тем Нигма воссоединяется со старыми союзниками.

После взрыва бомбы с вирусом жители Готэма начинают превращаться в переполненных яростью чудовищ. Полиции всё сложнее справляться с растущим количеством преступлений, из-за чего в городе воцаряется хаос. Однако у Люциуса Фокса есть хорошая новость по поводу антидота.

Ли собирается незаметно сбежать из Готэма и надеется, что Гордон покинет город вместе с ней. Джиму становится всё тяжелее справляться с вирусом. Барбара и Нигма предлагают полиции обменять Тэтча на Пингвина.

Впечатленный сниженной более чем наполовину статистикой преступлений, мэр идет на сделку с Пингвином и разрешает тому распространять лицензии на все виды преступлений, одновременно предупреждая полицию о невмешательстве в дела лицензированных бандитов. Однако не всем преступникам приходится по душе идея с официальными разрешениями, что заставляет одну из банд использовать разработку Крейна для свершения своих темных дел. Воспользовавшись ситуацией, Гордон настраивает Освальда и нелегальных разбойников друг против друга, в то время как Джонатан сливается с собственным страхом, а Брюс попадает в переделку.

В ответ на несговорчивость Гордона Пингвин прилюдно ставит детектива перед ультиматумом: поймать Джонатана в течение суток или уступить ему право в наведении порядков в городе. Тем временем, выйдя из-за решетки после снятия обвинений, Брюс получает новую экипировку, которую решает тут же опробовать. Табиту и Селину ждет сюрприз в лице восставшей из мертвых знакомой. Последняя предлагает девушкам объединиться против общего врага. В это время Айви решается на необратимый шаг ради могущества, Гордон отправляется в психиатрическую лечебницу и, едва выбравшись оттуда живым, обращается за поддержкой к старому неприятелю.

Аравия, 125-й год нашей эры. Стараниями могущественного незнакомца Ра’с аль Гул побеждает смерть и узнает о своем предназначении. Наши дни. Попытка Гордона заручиться поддержкой дона Фальконе оканчивается немного не так, как предполагал детектив. Брюс, спугнув вора, пытающегося ограбить Пингвина, узнает за чем тот охотился. Это заставляет юношу начать соревнование за предмет, интересующий слишком многих в городе. Освальда между тем ждет неприятный сюрприз.

Брюс, пытаясь понять, что за редкий артефакт он приобрел, оставляет покупку на изучение историку и его не по годам умному внуку. Однако Ра’с аль Гулу не составляет труда вычислить нынешнее местоположение ножа. Лишь благодаря роковой случайности он не находит нужную ему вещь. Узнавший о трагедии Уэйн просит Гордона присоединиться к расследованию убийства и пропажи его покупки, делясь с детективом своими знаниями о возможном преступнике. Тем временем София наносит Пингвину визит, а ведомый жаждой мести Загадочник всеми силами пытается взять реванш и отомстить своему тюремщику.

Через полгода после госпитализации Бутча сотрудники больницы решают избавиться от находящегося в коме мужчины, скинув его тело в болото, но не учитывают, что водоем перенасыщен токсичными отходами. Тем временем Брюс разгадывает предназначение ножа, что заставляет его сделать непростой выбор — переходить ли черту, отделяющую его от зла, способного поглотить и изменить юношу навсегда. Между тем Нигма обзаводится неожиданно выгодным другом, а София использует все возможные уловки, чтобы найти уязвимое место Пингвина.

Гордон берется за новое дело — таинственный преступник в маске из свиной головы начинает планомерно расправляться с работающими на Освальда продажными копами. Кроме всего прочего, детектив раскрывает неприятную информацию о своем начальнике, в то время как у Пингвина появляется повод усомниться в искренности намерений Софии. Между тем Эдвард встречает старую знакомую, способную помочь в его беде. У нее, несмотря на нежелание иметь дело с Нигмой, вскоре появляется причина заключить с ним сделку.

Когда профессор Свин преподносит полиции очередной подарок, Освальд выделяет Гордону помощника в поимке убийцы, а вскоре и сам присоединяется к ловле маньяка, что оказывается не лучшим решением. У преступника же оказываются свои планы на Джима, с которым он начинает общаться напрямую. Тем временем, несмотря на заявление Барбары о прекращении совместного бизнеса, Селина решает доказать последней значимость их союза. А переживающий из-за случившегося накануне Брюс меняет привычный образ жизни и снимает с себя груз тяжких воспоминаний с помощью новых знакомств и развлечений.

Нигма с Гранди устраивают на арене собственное шоу, серьезно подрывающее авторитет Пингвина. Прознав про это, Освальд приказывает Барбаре и ее подопечным доставить Эдварда к нему, однако в процессе выполнения задания Табиту ждет шокирующий сюрприз. Между тем Лесли неожиданно для себя вступает в новую должность, а Гордону предлагают занять место капитана центрального отделения полиции города, сместив на посту его друга Харви. Пингвин же, прислушавшись к совету Софии, находит отдушину в воспитательной деятельности, занятие которой вновь заставляет мужчину поставить под вопрос искренность дружеских чувств девушки.

Не успевает Гордон заступить на новую должность, как Свин присылает ему послание. Когда детектив раскрывает место подготовки профессора к грандиозному финалу, тому приходится применить ответные меры. Тем временем Пингвин, желая проверить подозрения насчет неискренности Софии, находит беспроигрышный способ сделать это, не вызывая подозрений. Мисс Фальконе же готовится к благотворительному ужину в честь открытия приюта, не подозревая, что ее интрига окажется мелочью по сравнению с готовящимся безумием. Между тем отношения Брюса и Альфреда становятся все хуже, несмотря на старания последнего помочь подростку справиться с произошедшим.

Разгадав обман Софии, Пингвин решает уничтожить предательницу, не учтя, как долго та готовилась к захвату власти. Между Кобблпотом и молодой Фальконе вспыхивает настоящая война, в то время как на другом конце города Томпкинс приходится противостоять покушающемуся на ее землю конкуренту. Узнав о том, что Свин полностью изменил свою внешность, Гордон решает раскрыть истинный облик преступника, однако немного запаздывает с результатами, что выводит их конфронтацию на новый уровень.

Попытки поймать Свина оканчиваются провалом — Гордон обнаруживает, что тот вновь поменял внешность и покинул город. Однако у капитана полиции появляются более важные дела, когда противостояние Пингвина и Софии начинает перерастать в полномасштабную войну. Стороны стремительно теряют, а потом вновь приобретают власть друг над другом и над мегаполисом. Между тем очередная попытка Альфреда вернуть Брюса на путь добра приводит к печальному результату, София ставит Гордона перед выбором, а Табита делает все, чтобы вернуть Гранди память.

Возродившись в новом теле, Айви использует появившиеся у нее силы для устранения врагов, а также обзаводится помощницей для реализации своих амбициозных планов. Тем временем переехавший в криминальный район Альфред тут же находит неприятности на свою голову, став подозреваемым в преступлении, которого не совершал. Джим же начинает расследование дела о взрыве в одном из зданий на окраине города и вскоре раскрывает инкогнито несостоявшейся жертвы покушения. Табиту же ждут приятные новости, а Нигма узнает ранее скрытые от него детали злодеяний его темной половины.

Айви начинает воплощать в жизнь свой план уничтожения компании Уэйна по разработке пестицидов. Узнав правду о секретном изобретении, девушка решает использовать созданное вещество в своих целях. Между тем отравленный ею Брюс погружается в пучину кошмаров, которые показывают юноше его возможное будущее. Джим продолжает расследование странных смертей и вскоре узнает о новой злодейке Готэма. Освальд же становится объектом интереса другого заключенного, в то время как София находит еще один способ контролировать Гордона.

Используя украденное вещество, Айви передает послание Буллоку, а также готовится к масштабному отмщению людям за издевательство над растениями. Тем временем, узнав о требованиях Софии, Лесли решает выдвинуть ей встречное, более заманчивое предложение. Гордону предстоит сразиться с бывшим боссом, а Нигма решается на отчаянный поступок, не подозревая о планах своего альтер эго. Селину между тем ждет напряженный разговор с бывшей подругой, а Брюс попытается вернуть расположение Альфреда.

Чтобы разобраться с Софией, Гордон восстанавливает Буллока в должности и встречается с бывшим счетоводом Пингвина, работавшим на два фронта и имеющим компромат на мисс Фальконе. Тем временем Загадочник со сбежавшим Оскаром заручаются поддержкой Лесли, а также разрабатывают план перехвата власти и уничтожения соперницы. Селине же приходится обратиться к Брюсу за помощью в деликатном деле, а Барбара начинает замечать за собой странные изменения.

Благодаря слаженной работе Валески, Крейна и Тэтча им вместе с доброй половиной психов удается сбежать из Аркхэма. Вскоре Джарвис устраивает для полиции Готэма настоящее представление, в результате которого большая часть горожан оказывается в опасности. Тем временем Уэйна ждет нелегкий выбор, Селина спасает друга, а Барбара вспоминает послание Ра’с аль Гула и призывает Лигу Теней, в которой грядут крупные изменения. Гордон же делает все, чтобы спасти жителей города, не подозревая, что случившееся далеко не последняя выходка обезумевших маньяков.

Расследуя, кого и зачем так упорно пытается найти Валеска, Гордон с Буллоком раскрывают темную тайну его прошлого, а также узнают о планах Джерома насчет Готэма. Тем временем Лесли бросает вызов Загадочнику, вступая с ним в опасную игру. Освальд же, посетив званый обед сбежавших фриков, решает заручиться поддержкой Гранди в будущей борьбе за возвращение власти. Он обещает Соломону решить его проблему в обмен на защиту от посягательств соперников.

Не успевает новый мэр начать работу, как он вместе с членами совета становится пленником Джерома и его приспешников. Выступая в прямом эфире на сцене городского музыкального фестиваля, Валеска вызывает на разговор Гордона, выдвигая ему условия спасения заложников, в то время как Буллок узнает о второй части плана психа, помешать которому сможет лишь один человек, случайно оказывавшийся в нужном месте. Между тем Барбара получает подтверждение своей уникальности, а поставившая под сомнение её высказывания Табита попадает в неприятности.

В ответ на изгнание мужчины Лиги Теней принимают единственное, по их мнению, верное решение – воскресить владыку, чтобы тот прекратил самовольства получившей могущество Барбары. Однако когда помогающей им Табите становятся известны планы Ра’с аль Гула, ей срочно приходится сменить сторону ради спасения подруги. Тем временем стараниями Освальда Загадочник переосмысливает свои последние действия, согласившись на сотрудничество с Кобблпотом в целях всеобщего обогащения. Барбару же ждет непростая битва за право сохранить новый статус, а также нелегкий выбор между верностью и властью.

Не успевает Гордон решить по поводу наказания для Лесли, как на полицейский участок нападает банда приспешников Джерома, получившая от того посмертное задание. Уилл в попытках убедить Джеремайю, что его брат в действительности мертв, предлагает тому убедиться в этом лично, не подозревая, что тем самым он запустит цепочку неожиданных и кошмарных событий. Джим же получает зловещее предупреждение, в то время как Загадочник разрабатывает план по спасению любимой, а Освальд пытается воспользоваться ситуацией для осуществления собственных целей.

Узнав о происшествии с Гордоном, Буллок берет на себя управление департаментом полиции, а также становится ответственным за спасение жителей города от намерений целеустремленного Джеремайи. Эд по просьбе Лесли объединяется с Джимом для разгадки замысла Валески, в то время как Освальд решает воспользоваться ситуацией, чтобы завоевать расположение горожан, освободив их от ига злоумышленника. Между тем Брюс, в попытках найти плененного Альфреда, попадает в ловушку психопата.

Заключенный под стражу Джеремайя предлагает Гордону заключить соглашение – разговор с Брюсом в обмен на сведения об остальных спрятанных им бомбах. Тем временем Бутч наконец-то добивается желаемого, однако вскоре его и Табиту ждет удар в спину. Губернатор же ставит во главе полиции своего человека, несгибаемость которого приводит к конфликту с представителями власти. Эд между тем решает расставить все точки над и в его любовном треугольнике с Лесли и Джимом, Барбара получает заманчивое предложение и выдвигает собственное, а Валеска с новым союзником исполняют задуманное, заставляя Уэйна пересмотреть свое предназначение.

87-й день с момента взрыва всех мостов и прочих путей, ведущих в Готэм. Хаос охватил Готэм со всех сторон. Главари преступных группировок захватывают различные районы. Джеймс Гордон и другие оставшиеся полицейские создали безопасную зону для уцелевших и не успевших уехать горожан, но припасы на исходе. Пугало и его приспешники проникают на территорию полиции и крадут большую часть еды и лекарств, которые оставались в распоряжении полиции, это вынуждает Брюса принять решение нелегально доставить продовольствие и медикаменты в город. Неизвестный сбивает вертолёт Уэйн Энтерпрайзис с припасами, во время возникшей борьбы за груз упавшего вертолёта Пингвин убивает Табиту, но Гордону удаётся отбить продовольствие для горожан. Нигма начинает страдать от раздвоения личности и потерь памяти — он постоянно отключается, а после пробуждения оказывается в разных местах. Селине делают операцию, чтобы предотвратить разрушение позвоночника, она проходит удачно, но девушка остаётся парализованной и безуспешно пытается совершить самоубийство; одна из медсестёр больницы советует Брюсу разыскать «Ведьму», чтобы спасти Селину. Во флэшфорварде, в 391-й день с момента взрыва всех мостов и прочих путей, ведущих в Готэм, Гордон, Буллок, Пингвин и Нигма во главе группы вооружённых полицейских и граждан обороняют укреплённую стену от атакующей армии.

Брюс находит Ведьму. Оказывается, что это Айви. Она обманывает Брюса и убеждает его освободить её, после чего убивает пленивших её горожан. Уэйну удаётся убедить её отдать ему семя древнего растения, которое сможет восстановить позвоночник Селины, но при этом «изменит» её навсегда. Селина съедает семя и возвращает способность ходить, но также приобретает некоторые кошачьи свойства. Гордон и Буллок выслеживают банду, захватившую детей и заставлявших их рыть тоннель из Готэма, спасают всех и отправляют в безопасную зону, а Барбара спасает их от охотников за головами, которые хотели убить Гордона, потому что Кобблпот назначил награду за его голову. Тем временем Нигма просыпается после очередного провала в памяти и понимает, что он похитил бандита из Уличных Демонов, а другие члены этой банды были убиты таким образом, чтобы подозрение пало на Пингвина.

Множество людей Пингвина сбегает от него в безопасную зону, созданную полицией, и Кобблпот отправляется туда во главе армии бандитов, в том числе Уличных Демонов, чтобы всех вернуть. Им удаётся захватить безопасную зону, так как у полиции проблемы с патронами, но затем бандиты пленят самого Пингвина. Ему приходится объединиться с Гордоном, чтобы освободиться и вместе перебить всех бандитов. Тем временем Селина с Брюсом отправляются на поиски Джеремайи Валеска. Они обнаруживают, что Экко вербует новых членов к нему на службу. Селина пытается обмануть её и проникнуть внутрь, прикинувшись сторонницей Джеремайи, но не проходит испытание. После этого Экко сбегает, а Селина приковывает Брюса наручниками и оставляет, чтобы он не мешал ей убить Джеремайю. Неизвестный устраивает взрыв в безопасной зоне, гибнет много горожан, находившихся под защитой полиции.

Джеймс Гордон и Пингвин временно объединяются, чтобы найти виновного во взрыве в безопасной зоне. В поле подозрения попадает Виктор Зсасз, его ловят, но он отказывается признать свою вину. В поисках доказательств Люциус Фокс прибегает к помощи Эдварда Нигмы, работая вместе, они приходят к выводу, что Зсасз невиновен. Нигма продолжает расследование в одиночку и находит свидетельницу, которая сообщает, что виновным во взрыве является он сам (она видела, как Эдвард выстрелил из гранатомёта в безопасную зону той ночью, события которой он не помнит). Пингвин организует «суд линча» над Зсасзом, и разъярённая толпа игнорирует разумные доводы Гордона о невиновности обвиняемого, после чего Джеймс и Харви Буллок освобождают его силой и отпускают. Из-за этого многие горожане перестают поддерживать Гордона, он с горя напивается и проводит ночь с Барбарой. Тем временем Селине Кайл удаётся прокрасться к Джеремайе Валеска и поразить его ножом в туловище.

Эдуардо Дорранс, бывший армейский сослуживец Гордона, прибывает в Готэм с группой военных якобы на помощь. Джеймс обнаруживает, что последним покупавшим гранатомёт у подпольного торговца оружием был Эдвард Нигма и подозревает его во взрыве в безопасной зоне. Горожане ловят Нигму и пытают электричеством, после пары разрядов он восстанавливает в памяти события той ночи, когда взорвались мосты — он вспоминает Освальда, который велел его оживить. Пингвин рассказывает, что по его приказу Нигму оживил Хьюго Стрейндж. Нигма находит Стрейнджа, который рассказывает, что при оживлении имплантировал ему в мозг чип, с помощью которого можно контролировать его разум. Гордон убеждается в невиновности Нигмы. Дорранс признаётся, что именно он всё это время контролировал Нигму, и активирует чип, приказывая Загадочнику преследовать и убить Гордона. Тем временем Селину объявляют героем преступного мира из-за убийства Джеремайи, и она разрывает отношения с Брюсом. Зрителям показывают, что Джеремайя пережил нападение Селины и готовит исполнение некоего плана, целью которого является Брюс Уэйн.

Нигма, ведомый приказами, передаваемыми через чип внутри его головы, нападает на Гордона, но тому удаётся отбиться и закоротить чип в голове Нигмы при помощи электрошока. Эдуардо Дорранс сам пытается поймать Джеймса, но тому удаётся сбежать при помощи Барбары и Эдварда. Люди Дорранса начинают убивать заключённых бандитов и запирают сопротивляющихся полицейских. Люциус удаляет чип из головы Нигмы. Эдуардо шантажирует Гордона, взяв в заложники Ли Томпкинс. Во время попытки обмена Ли на чип из головы Эдварда Гордон вступает в схватку с Доррансом и в итоге толкает того на металлический прут, который протыкает его туловище. Нигма, Брюс, Альфред, Барбара и Люциус объединяются, чтобы освободить полицейских из заключения людей Дорранса в участке. Им удаётся сделать это, а также отправить информацию из чипа Нигмы (компромат на Дорранса) прессе вне Готэма. Ли не помнит ничего из случившегося за последние 3 месяца. Оказывается, что Хьюго Стрейндж при воскрешении имплантировал чип в мозг Ли так же, как и Нигме. Уокер лично прибывает в Готэм, спасает жизнь Эдуардо при помощи специального газа и отдаёт Ли приказ убить Джеймса. Ему с помощью электричества удаётся отключить её чип. Барбара шокирует Гордона известием, что она беременна. Джеремайя нападает и захватывает Альфреда. Тем временем Пингвин подвергается ограблению со стороны воровки Сороки, и, чтобы поймать её, обращается за помощью к Селине. Они идут в убежище Сороки, но та запирает их в комнате с бомбами. Селина понимает, что Пингвин собирается бежать из Готэма во внешний мир, и соглашается помочь Кобблпоту в обмен на 10 % накопленных им драгоценностей. Сорока попадает в ловушку, и Пингвин хладнокровно добивает её.

Гордон разговаривает по рации с генералом вне Готэма, тот говорит, что после бегства Уокер теперь ничего не мешает начать воссоединение Готэма со внешним миром. Поиски Альфреда за 5 дней так ни к чему и не привели, а полицейские находят трупы людей, погибших от воздействия химикатов. След приводит Гордона и Ли Томпкинс в Нэрроуз, на завод компании Эйс Кемикалс, где множество загипнотизированных бандитов производят химикаты под управлением Джервиса Тетча и Экко. Тем временем Джеремайя Валеска заманивает Брюса Уэйна в ловушку при помощи двойников его погибших матери и отца, а также Альфреда, находящихся под гипнозом. Особняк Уэйнов взрывается, но Брюс и Альфред успевают убежать. Селина и Барбара решают обмануть Пингвина и отомстить ему за убийство Табиты, но, встретив Альфреда, Селина передумывает и спешит на помощь к Брюсу. Джеремайя убивает двойников родителей Брюса и угрожает, что сделает то же самое с Джеймсом и Ли. Появившаяся Селина останавливает его в последний момент, но Экко запускает таймер распыления большого количества химикатов. Гордону удаётся утопить грузовик с химикатами в реке до детонации, но вещество начинает распространяться по воде, и из-за угрозы заражения воссоединение Готэма со внешним миром откладывается на неопределённый срок. Брюс дерётся с Джеремайей на заводе, и тот падает в чан с химикатами. Лишившись поддержки Селины, Пингвин приходит за помощью к Загадочнику и предлагает тому вместе сбежать из Готэма. Они убеждают Барбару не убивать Кобблпота, чтобы сбежать вместе с ними из города на подводной лодке. Ли прощает Гордона, и они воссоединяются.

Человек, который выглядит как отставной полицейский Дикс, бывший напарник Харви, совершает двойное убийство в клубе Барбары. Расследуя преступление, Гордон и Буллок приходят домой к Диксу, куда вскоре приходит и убийца, лицо которого имеет полное сходство с лицом Дикса. Выясняется, что 20 лет назад группа полицейских посадила женщину за убийство мужа, а сейчас её дочь (которая в результате экспериментов Хьюго Стрейнджа получила способность перенимать внешность других людей после прикосновения к ним) мстит им за то, что они заставили её оговорить мать. Приняв внешность Харви, девушка убивает Дикса. Буллок предлагает девушке решить дело миром, но та отказывается, и он вынужден застрелить её. Пингвин и Загадочник подвергаются нападению мистера Пенна и его второй личности, воплощённой в кукле-марионетке по имени Лицо со шрамом. Напавшие требуют отдать им драгоценности, накопленные Кобблпотом на случай побега из города. В результате борьбы Пингвин убивает Лицо со шрамом, а Нигма — Пенна. Тем временем Брюс и Альфред расследуют исчезновения людей в туннелях под городом и узнают, что за ними стоит человек, мутировавший под воздействием химикатов. Вдвоём они одолевают мутанта, но спасти живым удаётся только одного пропавшего человека.

Гордон и группа полицейских приходят в цитадель Пингвина на переговоры с представителями всех преступных кланов Готэма. Джеймс предлагает заключить соглашение о прекращении огня, чтобы сохранить жизни людей до воссоединения со внешним миром. Бандиты готовы согласиться, но неожиданно в Гордона стреляет неизвестный. Пока Ли Томпкинс оперирует его, Харви берёт руководство полицией в свои руки и пытается найти покушавшегося. Ему удаётся выяснить, что пуля, которой ранили Гордона, принадлежала Виктору Зсасзу. Альфред помогает поймать Зсасза, и тот признаётся, что покушался на Гордона, находясь под контролем Айви Пеппер. Раненный Гордон испытывает галлюцинации, в которых он выступает в ролях обвиняемого и обвинителя на судебном заседании, переживая за все свои ошибки, в том числе за жизни людей, доверившихся ему и погибших в результате взрыва в безопасной зоне. Барбара отравляет глав преступных кланов и заставляет их согласиться на прекращение огня в обмен на противоядие. Тем временем Брюс и Селина собираются на свидание и едят консервы. Внезапно приходит Айви и при помощи галлюциногенов берёт Брюса под свой контроль. По воле Айви, он приходит к Люциусу и пытается заставить того прекратить работы по очищению реки от токсинов, выпущенных Джеремайей Валеска, чтобы препятствовать воссоединению Готэма со внешним миром и отдать город природе. Появившаяся Селина успевает остановить их в последний момент. Айви приходит в полицейский участок, выпускает Зсасза и нападает на Ли. Серьёзными совместными усилиями нападение удаётся отразить — Ли ранит Айви, после чего та убегает, Харви обезоруживает Зсасза, а Джеймс очнулся. Через месяц Гордон и Ли сочетаются законным браком.

Тереза Уокер при помощи Хьюго Стрейнджа возвращает Эдуардо Дорранса к жизни, попутно преображая его. В Готэме готовятся к долгожданному воссоединению со внешним миром. Люди прибывшего генерала Уэйда перепроверяют уровень токсинов и утверждают план воссоединения, но в этот момент полицейский участок подвергается нападению группы бойцов во главе с Эдуардо, который стал гораздо более физически сильным под воздействием химикатов и теперь зовёт себя Бейн. Он похищает Гордона, Брюса Уэйна и генерала Уэйда и начинает избивать Джеймса на глазах Брюса. Тем временем Загадочник завершает создание подводной лодки, он с Пингвином и Барбарой собираются покинуть город, но на пристани у Барбары начинаются схватки, и она уезжает в роддом. Кобблпот и Нигма решают обмануть её и уплыть вдвоём, но у них это не получается, так как Барбара заранее украла клапан регулятора давления от подлодки, чтобы избежать обмана со стороны сообщников. Уокер признаётся Брюсу, что её настоящее имя — Нисса Аль Гул, она дочь Рас Аль Гула, а всё, происходившее с Готэмом в последнее время — наказание Брюсу за убийство её отца. Она также хочет наказать Барбару, которая помогла Брюсу убить Раса, и посылает Бейна за ней. В роддоме Ли, Пингвин и Нигма пытаются защитить Барбару от нападения, а тем временем Хьюго Стрейндж хочет прооперировать Гордона так же, как Эдуардо. Нигма возвращает клапан от подлодки, и они с Пингвином сбегают. Брюс и Джеймс вырываются из заключения людей Ниссы вместе с генералом Уэйдом, не зная, что Стрейндж имплантировал ему в мозг чип для контроля. Барбара рожает дочь. Бейн избивает Селину и серьёзно ранит Альфреда. Контролируемый через чип Ниссой генерал Уэйд отдаёт приказ о бомбардировке и уничтожении Готэма. Барбара возвращается в свой клуб с родившейся дочерью и находит там трупы всех подчинявшихся ей членов сестринства Лиги Теней, а также встречает Ниссу Аль Гул.

Нисса Аль Гул собирается забрать новорождённую дочь Барбары, чтобы воспитать её как члена семьи Аль Гул, и велит генералу Уэйду отдать войскам приказ атаковать Готэм и уничтожить всех оставшихся жителей. Пингвин и Загадочник собираются уплыть на подводной лодке с накопленными драгоценностями, но на пристани Освальд внезапно передумывает, решая «следовать зову сердца», и остаётся в городе, присоединяясь к обороне, которую организовал Гордон. Нигма тоже передумывает и решает остаться, также к обороне присоединяется Брюс с новейшим оружием, которое ему дал Люциус Фокс. Небольшая группа полицейских и вооружённых горожан обороняет баррикаду от многочисленных солдат под командованием Бейна. В ходе боя из-за взрыва гранаты Кобблпот лишается глаза. Обороняющиеся отступают под напором превосходящих сил противника. Брюс и Селина взрывают последнюю оставшуюся бомбу Джеремайи в здании Уэйн Энтерпрайзис, чтобы обрушившееся здание преградило путь наступающей армии. Тем временем Гордон освобождает Барбару, но Нисса заставляет его сложить оружие, угрожая убийством дочери. Она хочет убить Джеймса на глазах Барбары и избивает его. Барбаре удаётся освободиться и убить людей Ниссы, а затем ранить её саму тем самым кинжалом, которым был убит её отец. Раненая Нисса приказывает генералу Уэйду застрелиться, чтобы тот не мог отменить приказ войскам об уничтожении Готэма. Бейн нападает на Брюса и Селину, но тем удаётся отбиться от него при помощи стаи летучих мышей. Солдаты окружают полицейский участок и готовятся к штурму. Гордон отправляет беженцев и Барбару с ребёнком уходить по подземному туннелю, а сам с оставшимися полицейскими обороняется и прикрывает отход. Неожиданно все беженцы возвращаются и встают рядом с полицейскими. Солдаты отказываются выполнять приказ стрелять в невооружённых горожан и берут в плен людей Бейна и его самого. Нисса уплывает из Готэма на подводной лодке Загадочника с драгоценностями и псом Пингвина. Воссоединение Готэма со внешним миром наконец-то происходит. Барбара решает назвать дочь Барбара Ли Гордон. Загадочник и Пингвин объединяются, чтобы вместе построить преступную империю и заполучить контроль над городом. Джеймса Гордона назначают комиссаром полиции Готэма. Брюс Уэйн уезжает из города, оставив Селине прощальное письмо и попрощавшись с Альфредом.

Уехав из Готэма, Брюс приезжает в горный монастырь далеко в Гималаях. Спустя 10 лет жизнь в городе течёт своим чередом — уровень преступности растёт, мэр не хочет разрешать Гордону уходить в отставку с поста комиссара, готовится открытие новой башни Уэйна, Барбара стала легальной бизнесвуман и инвестором, Пингвин провёл 10 лет в тюрьме Блэкгейт, а Загадочник — в психиатрической лечебнице Аркем (там же находится пребывающий в состоянии овоща Джеремайя Валеска), Селина зарабатывает на жизнь кражами драгоценностей. Неизвестный похищает Нигму из Аркема, заставляя охранника застрелиться, а Харви Буллока — оговорить себя в его убийстве. Срок заключения Кобблпота заканчивается, и он выходит из тюрьмы. Таинственная фигура в плаще и маске предупреждает комиссара об опасности. Освальд привозит Гордона на пирс, где много лет назад тот едва не пристрелил его, и держит его на мушке, но Джеймс успевает прыгнуть в воду и ускользнуть. На вечеринку по случаю открытия башни Уэйна Нигма проводит связанного мэра и готовится произвести взрыв, но Барбара и Селина останавливают его, а Люциус Фокс, Гордон и Ли обезвреживают бомбу. Оказывается, что за всеми последними событиями стоял Джеремайя, который лишь прикидывался овощем, а на самом деле мог соображать и действовал при помощи Экко и других подручных. Пингвин помогает Нигме сбежать, но затем их обоих ловит и передаёт в руки полиции таинственная фигура в плаще и маске. Джеремайя и Экко нападают на Барбару, девушки ранят друг друга, а Джеремайя добивает раненую Экко и похищает дочь Барбары. На заводе Эйс Кемикалс Джеремайя угрожает Гордону, что бросит его дочь в чан с химикатами. Неожиданно появившаяся таинственная фигура в плаще и маске останавливает Джеремайю и спасает маленькую Барбару Ли Гордон. Гордон отказывается от ухода в отставку и возвращает прожектор с Бэт-сигналом на крышу полицейского участка. Брюс и Селина встречаются после многолетней разлуки, он говорит девушке, что никогда больше не покинет Готэм, и просит её вернуть украденное. Человек в костюме летучей мыши является на зов прожектора полицейских.