ЦКЗ направляет своих лучших специалистов на секретную станцию Arctic BioSystems, располагающуюся в Арктике. Группе ученых во главе с доктором Аланом Фэррагутом предстоит выяснить, что стало причиной возникшей эпидемии, и остановить вирус, пока он еще не успел уничтожить все человечество. Но для Алана это задание носит личный характер, ведь один из зараженных — его родной брат, Питер...

Команда ЦКЗ ищет способ вылечить инфицированных вирусом пациентов. Доктор Фэрагут и начальник охраны Дэниел Эров пытаются поймать Питера, который, превратившись в вектора (активного носителя вируса), получил нечеловеческую силу и ловкость. Ученые понимают, что неизвестный вирус способен превратить человека в идеальную машину заражения. А в это время остальные обитатели станции постепенно начинают поддаваться панике.

Поиск троих сбежавших из-под карантина пациентов по-прежнему не дает никаких результатов. Питер самостоятельно сдается, без какого-либо сопротивления. Алан уговаривает Хатаке выделить целый этаж на станции для тех пациентов, которых надо изолировать от здоровых людей.  Сара создает экспресс-тест, который поможет выявить инфицированных. Тем временем Дорин начинает подозревать, что Серджио на самом деле не тот, за кого себя выдает...

Джулия понимает, что тест Сары не работает. Отобранные неверным методом люди оказываются наедине с кровожадными векторами. Изолированные на уровне R ученые решают отключить систему очистки воздуха на всей станции, чтобы заставить оставшихся на свободе выпустить их из заточения. Джулия пытается вразумить их, но безрезультатно. Тем временем из-за поломки спутниковой антенны вся станция теряет связь с внешним миром. В ходе исследования строения РНК вируса Дорин приходит к выводу, что этот вирус разработан людьми. Но остается открытым вопрос, для каких целей он был создан?

Команда Алана окончательно понимает, что никому из обитателей станции доверять нельзя. Алан проводит опыты с препаратом SODRA, который может стать эффективным лечением для зараженных, а также пытается выяснить, что случилось с Дорин. Джулия находит себе полезного союзника на уровне R. Серджио получает от своего начальства указание задержать и доставить доктора Хвита. Но кто такой этот доктор Хвит?

Очнувшись, Баллесерос узнает, что от неминуемой смерти его спасла Анана, которая оказывается полицейским. Анана рассказывает Серджио о пропавших местных детях и делится своими подозрениями о том, кто похищал этих детей. Джулия с удивлением замечает, что рана доктора Хатаке заживает слишком быстро. Исследуя NARVIK-B, Алан и Сара приходят к поразительному открытию, которое может помочь им в борьбе с вирусом.

На станцию прилетают самолеты с людьми из корпорации «Илария». Констанция Сатон, одна из директоров компании, заверяет Алана, что «Илария» прибыла сюда с единственной целью — помочь команде ЦКЗ. Сатон обещает Алану, что вернет Джулию, но Хатаке ей не верит. Джулия понимает, что излечилась, и приходит к выводу, что в ее крови могут содержаться антитела, способные бороться с вирусом. Хатаке спускается на уровень R и помогает Джулии спастись. На станцию приезжают Серджио и Анана, и Дэниел Эров узнает правду о своем детстве.

Джулия воссоединяется со своей командой, ей не терпится вернуться к работе над лекарством. Сатон пытается найти ответ на вопрос, почему доктор Уокер так важна для Хироши Хатаке. Векторы совершают очередную атаку и крадут из лаборатории тело Питера. Констанция заявляет Алану, что Джулия теперь — собственность «Иларии». Доктор Фэррагут и Сара придумывают план по освобождению Джулии и Хатаке.

Ученые пытаются понять, куда исчезли все векторы. И так они узнают, что под уровнем R есть еще один — уровень X, на котором хранятся образцы всех вирусов, известных человечеству.  Алан и Джулия намерены спуститься туда и навсегда уничтожить вирус NARVIK. Оказавшись на уровне X,  Джулия узнает кое-что важное о своем прошлом. Хатаке предупреждает всех, что война с «Иларией» еще не закончена, корпорация пойдет на все возможные меры, чтобы заполучить вирус NARVIK.

Доктор Эдриан покидает базу с исчезнувшими образцами NARVIK. Алан и Джулия отправляются на соседнюю заброшенную спутниковую станцию Эшелон, чтобы попытаться связаться с внешним миром и попробовать вызвать помощь. Там они узнают об истинных планах Хатаке. А Сара внезапно делает открытие — возможно, им удалось найти лекарство от такого неизлечимого заболевания как рак.

Векторы во главе с Питером предпринимают финальную попытку атаковать людей на станции и распространить вирус. Джулия признается Алану в том, что она не уничтожила образец вируса. Сара излечивается от рака благодаря доктору Уокер. Ученые из ЦКЗ наконец-то создают лекарство от вируса, как раз к тому моменту, как «Илария» в очередной раз присылает своих людей на станцию. Хатаке разрабатывает стратегию, которая поможет избавиться от незваных гостей.

Алан, Хатаке, Джулия, Сара и другие выжившие прячутся в тайном подземном бункере, сооруженном Хатаке, от посланных «Иларией» наемников. Хироши рассказывает о самом страшном из убийц по прозвищу Коса. Этот человек, обладающий обманчиво невинной внешностью, является одним из бессмертных, от его руки погибли тысячи человек. Ученые пытаются устроить для Косы и его напарников ловушку.

Хатаке скорбит из-за потери сына, а Джулия встречает свою мать. Алану и Питеру удаётся взять Косу в заложники. Они выясняют, что вирус NARVIK-A был опробован «Иларией» в Ларесе, Пуэрто-Рико: сотни людей были заражены и погибли от неизвестной болезни, которую местные жители назвали «Чёрная кровь». Учёным предстоит принять новый бой, исход которого решит, будет ли спасён мир.

Действие перемещается на дикий остров Сен-Жермен, на котором зародился новый, не известный ранее науке патоген. Неподалёку от острова было обнаружено судно, пассажиры которого умерли из-за этой болезни. Единственная выжившая свидетельница случившегося — Лейла. У учёных из ЦКЗ Питера Фэррагута, Сары Джордан и Кайла Соммера есть две недели на то, чтобы с помощью Лейлы найти источник заболевания.

В поселении культа обнаруживают двоих заражённых, их симптомы полностью совпадают с тем, что доктора ЦКЗ видели на лодке. Сара случайно попадает на закрытое собрание и узнаёт в одном из последователей Алана Фэррагута. Она сообщает об этом Питеру, но тот запрещает Саре искать встречи с Аланом и как-либо контактировать с ним. Тем не менее, доктору Джордан удаётся поговорить начистоту со своим бывшим начальником, во время чего тот советует ей бежать с острова.

Пока Алан ведёт своё собственное расследование в одиночку, Саре наконец-то удаётся убедить Питера взять Алана в команду для работы над делом, при условии, что Питер сначала поговорит с братом наедине. В это время Эми и Лэндри переходят в наступление, и их очередной жертвой становится Кайл. А в будущем Джулия встречает на острове Хатаке.

В поселении сектантов появляется новая жертва патогена. Майкл чувствует, как его влияние в аббатстве ослабевает, и старается вернуть себе контроль над ситуацией. Сара пытается достучаться до Оливии, чтобы та стала сотрудничать с ЦКЗ. Хатаке намерен воссоединить Джулию с семьёй.

Питер раскрывает Майклу секрет Алана, из-за чего оба брата попадают в серьёзные неприятности, справиться с которыми они смогут лишь восстановив доверие друг к другу. Сара оказывается на больничной койке под присмотром Агнес, и вскоре та узнаёт о большом секрете Сары. Тем временем, Кайл прилагает все силы, чтобы изолировать патоген.

Майкл и остальные адепты культа оплакивают внезапную кончину Агнес. На поминальной службе случается очередная вспышка болезни. Несмотря на натянутые отношения и усиливающееся недоверие друг к другу, учёным ЦКЗ приходится вновь работать вместе, чтобы сдержать разрастающуюся эпидемию. Эми рассказывает Энн о том, что ей сообщила Агнес прямо перед своей смертью.

Дюран рассказывает Джулии правду о прошлом Майкла и создании его секты. Майкл лишает Эми свободы, когда та пытается ему сопротивляться. К Алану возвращаются воспоминания о том, что он сделал с Сарой, и он отправляется в секретный флигель, чтобы освободить доктора Джордан.

Береговая охрана во главе с командором Уингер прибывает на остров в самый ответственный момент. Уингер сообщает, что патоген распространился на соседние острова. Она намерена вывезти всех с Сен-Жермена и поместить остров под карантин. Эми совершает переворот и становится новым лидером культа. От неё Сара узнаёт, что её ребёнок находится где-то на острове.

Джулия и Серджо прибывают на остров, где их встречают Питер и Энн. Джулия просит Энн раскрыть ей главный секрет Майкла. Эми предлагает Саре сделку. Тем временем Кайл попадает в плен к Кадмусу и Кэрол, заражённым, живущим в лесу. Находясь в этой смертельно опасной ситуации, Кайл узнаёт, почему здешние «микотики» не умирают из-за болезни.

Джулия обещает Эми вечную жизнь и начинает вместе с Сарой изучать свойства гена бессмертия. Болезнь Кайла прогрессирует, из-за чего у него начинается паранойя. Алан пытается как можно скорее найти кровоточащее дерево. Командор Уингер получает тревожное сообщение от команды, находящейся на другом острове. Энн открывает Питеру главный секрет аббатства.

В то время, как больной Кайл мучается в лазарете, Алан пытается создать вакцину от патогена в кратчайшие сроки, ведь к острову приближаются военные, готовые истребить всё живое на Сен-Жермене. Питер и Энн переходят к воплощению своего нового плана. Во время операции Сара пытается убить Эми, но Джулии удаётся убедить доктора Джордан отказаться от мести ради жизни её ребёнка.

Оливия предупреждает Кайла о грозящей опасности, благодаря чему докторам Соммер и Джордан удаётся спастись. Они пытаются найти способ связаться с военными и немедленно покинуть остров. А в это время ни о чём не подозревающие Джулия и Алан ищут дерево-Мать с помощью подсказок, оставленных Майклом.

В финале сезона конфликт Алана и Джулии достигает кульминации. Энн и выжившую Эми тоже ждёт окончательное выяснение отношений. А в это время Питер готовится предать всё аббатство власти пламени. Кайлу, Сорену и Саре удаётся спастись, улетев на вертолёте береговой охраны.