Мошенница Сара Мэннинг однажды встречает женщину по имени Элизабет Чайлдс, которая выглядит в точности как она. Элизабет бросается под поезд и погибает. Через некоторое время Сара узнаёт, что её двойник Элизабет была офицером полиции и занималась делами нескольких женщин, похожих на них как две капли воды.

Сара отвечает на телефонный звонок, предназначавшийся Элизабет. Женщина спрашивает её о портфеле Кати. Сара узнаёт больше об Элизабет и забирает из отеля портфель, где находит документы на своих двойников. Сара начинает выслеживать своего очередного двойника, Элисон Хендрикс, которая советует ей ждать очередного телефонного звонка.

Сара узнаёт, что она и Элисон, Бет, Катя являются клонами. Тот, кто их создал, теперь занимается уничтожением клонов. Сара продолжает выдавать себя за Бет. Вместе с Артом они исследуют дело Кати. Арт возвращает деньги Саре, которая меняет свое решение сбежать с Кирой. Она решает, изображая Бет, помочь клубу клонов

Сара вместе с Артом продолжают поиски убийцы в то время, как Сара пытается скрыть то, что она является клоном. Полиция считает, что убийца является фундаменталистской христианкой. Хелена уверена, что клоны должны быть уничтожены. Оказалось, что Элизабет убила Мэгги, работавшую вместе с Хеленой, защищая клонов.

Клоны узнают, что у них есть наблюдатели, то есть их знакомые, которые сообщают об их действиях. Сара подозревает, что бойфренд Бет - Пол и есть наблюдатель. Тем временем Элисон подозревает мужа Донни. Вик после случайной встречи с Элисон узнает, что Сара подделала свою смерть. Сара решила откупиться от Вик, чтобы тот оставил её в покое.

Элисон покупает миниатюрные камеры, чтобы узнать, чем занимается Донни среди ночи. Пол следует за Сарой и вскоре ему становится все известно о существовании клонов. После этого он помогает Саре избавиться от преследований Вика. Феликс подозревает соседку Элисон, Эйнсли Норрис, в том, что она является наблюдателем.

Оливье Дюваль делится своими сомнения с Полом относительно поведения Бет, которое кажется ему странным. Хелена просит Сару открыть ей имена других клонов. Пол и Сара укрываются в мансарде Феликса от неолюционистов. Полиция продолжает исследовать тело Кати и они удивлены, обнаружив совпадение между ДНК убийцы и жертвы

Пол пытается скрыть существование Сары от Лики. Тем временем Лики инструктирует Дельфину вступить в отношения с Косимой, чтобы узнать больше о клонах. Арт становится все ближе к истине, когда в полиции узнают о существовании четырех клонов - Сары, Кати, Бет и Хелены. Арт сомневается в том, что Феликсу ничего неизвестно об этом.

После того, как жизнь Киры оказывается под угрозой, Сара выходит на тропу войны, но доктор Лики заставляет её дважды подумать о своих планах мести. Тем временем Козима сталкивается с правдой о Дельфине, заставляя её выбирать сторону. Теперь Сара должна решить судьбу убийцы, но правда о том, откуда взялась Сара, меняет всё.

После встречи Амелии с Хеленой, полиция приезжает, чтобы арестовать Сару, но Хелене в это время удаётся скрыться. Сара приходит к Рейчел Дункан, которая предлагает защиту ей и Кире. Хелена выдаёт себя за Сару и закалывает Амелию ножом. Когда Сара обнаруживает тело, она стреляет в Хелену. Косима узнаёт о планах на счет клонов.

Сара пытается убедить Рейчел освободить миссис Эс и Киру. Тем временем Косима и Дельфина продолжают исследовать клонов и респираторные заболевания. Элисон пытается оправиться от потери Эйнсли. Она обращается к услугам Рамона, торговца незарегистрированным оружием, чтобы помочь разобраться с проблемой Сары.

Сара, миссис Эс и Кира пытаются найти убежище в безопасном доме, полном тайн. Тем временем Арт оберегает Анжелу от открытия правды. Косима пытается приспособиться к новому положению в институте. Элисон пробует справиться с эмоциональным состоянием после убийства Эйнсли и осознания того, что Донни - ее наблюдатель.

Сара и Кира ищут убежище в доме Кэла Моррисона, одного из последних любовников Сары. Феликс возвращается в город, чтобы поддержать Элисон в ее игре. Косима и Дельфина расследуют смерть Дженнифер Фицсиммонс, клона, который страдал от того же респираторного заболевания, что и Катя с Косимой. Арт всё глубже проникает в тайны организации.

Сара, Косима и Феликс узнают больше о прошлом миссис Эс. Элисон признает, что ей необходимо попасть на лечение от алкоголизма в клинику. Хелене удается сбежать от преследователей из секты пролетианцев.

Рейчел ведёт против Сары настоящую войну, угрожая всем, кто находится возле неё. Кэл продолжает опекать Киру, а пролетианцы прибегают к крайним мерам, чтобы достичь своих целей. Лики соглашается использовать новый метод лечения для болезни Косимы.

Сара и Хелена отправляются в путешествие, чтобы найти Итана Данкана. Марк и Грейси уговаривают Хелену вернуться к пролетианцам. Арт и Феликс осматривают содержимое шкафчика Мэгги, чтобы помочь Саре в её поисках. Сара находит дом Итана и узнает важные секреты о происхождении клонов. Скотт присоединяется к Косиме и Дельфине, которые обнаружили генетические аномалии.

Кэл вынужден перевезти Киру, когда дом становится небезопасным. Сара оставляет Итана Данкана с миссис Эс, чтобы встретиться с Кирой. Косима берётся за лечение своей респираторной болезни. Элисон воссоединяется со своими детьми и пытается противостоять своему наблюдателю Донни. Косима узнаёт правду о стволовых клетках, использующихся в её лечении.

Арт получает звонок со старого сотового телефона Бет от Тони, трансгендера, который пообещал его умирающему другу Сэмми, что он передаст послание для Бет. Сара и миссис Эс соглашаются привезти Итана Дункана, надеясь, что его терапия поможет в лечении Косимы. Сара рассказывает Тони правду о его происхождении.

Кира подвергается извлечению костного мозга, чтобы остановить прогресс болезни Косимы. Итан, Скотт и Косима работают над тем, чтобы разблокировать генетические последовательности, которые вызывают заболевание клонов. Хелена хочет отомстить пролетианцам, поэтому помогает Грэйси и Марку сбежать от Хэнка

Рейчел передаёт Дельфину во Франкфурт, чтобы она больше не могла общаться с клонами. Сара, Хелена, Элисон и Косима собираются в квартире Феликса, чтобы разработать план действий. Посреди ночи Хелену похищают двое мужчин. Сара отправляется в дом Марион, где встречает Шарлотту, последний живой клон из попыток увековечить проект Леда.

Сара делает попытку вызволить Хелену из военного лагеря. Жизням сестёр угрожает высокопоставленный следователь, и Саре придётся вспомнить о своих актёрских талантах и пойти на хитрость ради спасения сестёр. Тем временем Косима поправляется, а у Донни и Элисон возникают серьёзные трудности с деньгами. На горизонте появляется новая угроза проекту, и Саре вместе с её близкими предстоит объединить усилия, если они собираются выжить в этом сложном мире.

По следам сестёр идут клоны проекта Кастор, им необходимы образцы тканей девушек. Беременная Хелен находится в заключении у неизвестного злодея. Клоны решают немного повеселиться и совершают ошибку, что позволяет Саре и Арту взять их след.

Клоны Кастор и Леда ведут охоту за оригинальным ДНК. Косима и Скотт пытаются узнать больше о биологии клонов Кастор. Элисон планирует выставить свою кандидатуру на пост школьного попечителя. Во время бегства Марк и Грейси ищут образцы ДНК, которые помогут их освободиться, а Арт и Сара объединяются, чтобы выследить их. Тем временем, Косима и Скотт пытаются узнать больше о биологии Кастора, а новое предприятие Элисон, способное заработать деньги, идёт полным ходом. Шокирующее откровение о связи между Кастором и Ледой заставляет сестёр пошатнуться, как раз перед тем, как Сара становится свидетелем смертельного ранения Марка.

Главных героев ожидает большой поворот. Сара пытается справиться с Марком и Руди, а у Элисон неприятности с федералами. Хелена пытается избежать конфликта на базе.

Клонов Леды беспокоит отсутствие Сары. Сара и Хелена переживают напряжённое воссоединение

Пол узнаёт всю правду о планах Коди в отношении Кастора, и у него не остается иного выхода, как начать опасную игру.

Сара и Елена сумели сбежать из комплекса Кастор, и договариваясь с миссис Эс, они ожидают прибытия Бенджамина в мексиканскую пустыню, чтобы найти их. Однако они удивлены, увидев, что их встречает сама миссис Эс. Эта встреча начинает разборки между Хеленой и Шивон, первой, которая хочет убить последнюю за её предательство. Из-за новых отношений Косимы с Шей, у Косимы возникают проблемы с Дельфиной, будь то на профессиональном или личном уровне.

Когда Рэйчел дает обещание Саре, это имеет высокую цену. Тем временем Хелена и Грейси работают с Хендриксами, а Донни отчитывает Келлермана. В Касторе Коди и Бенчмен планируют выследить Оригинала Кастора, а Руди отправляется в ДИАД за столь необходимым активом.

Сара, Феликс и миссис С отправляются в путешествие в надежде отследить оригинал Кастора. Но они не одни. Вернувшись домой, Донни пытается спасти семейный бизнес, когда Паучи сбегает, но именно Хелене удается добиться «полного возврата денег». Тем временем Козима начинает подозревать Шэя, и Дельфина берет дело в свои руки. Но ничто уже не будет прежним, когда Леда наконец находит то, что они искали.

В то время, как "клуб клонов" мчится к истине, Кастор и Топсайд заставляют Сару заключить непростые союзы. Тем временем, Кендалл может стать ключом к остановке Кастора; сёстры, похоже, мешают своему самому опасному врагу.

Сара покидает своё тайное убежище в Исландии и возвращается домой, чтобы выследить загадочного союзника, с которого и началась вся история с клонами. Она ввяжется в сражение с самым опасным врагом в своей жизни, что приведёт к ужасным последствиям.

Сумев избежать поражения в Исландии, Сара возвращается домой, чтобы продолжить слежку за неуловимым союзником. Она открывает новый факт о Неолюции и понимает, что в тела людей имплантируют опаснейшие технологические устройства.

Сара приходит в себя после шокирующего открытия в биотехнологии неолюцистов. Она отчаянно пытается найти ответы на мучающие её вопросы. Рейчел делает сложный шаг вперёд на пути восстановления. В то же время, Хелену ошибочно принимают за "Миссис Хендрикс", когда она реагирует на визит подозрительных посетителей.

Сара образует союз с бывшим врагом в надежде добраться до главы Неолюцистов. В другом месте по требованию Эллисон Феликс и Донни вторгаются на территорию клиники рождаемости Неолюцистов, а Сьюзан заставляет Рейчел принять разрушительное решение.

Сара занимается дискредитацией новых связей Феликса. Донни встречает слишком знакомое лицо, а Косима делает шокирующее открытие, что приводит её к опасному столкновению.

Косима сомневается в том, что сумеет найти лекарство вовремя. Арт и Феликс объединяют свои силы ради защиты наивного клона от самого себя.

Сара постепенно возвращается к старым привычкам, и всем остальным будет сложно справляться с последствиями её решений. Косима вернулась в лабораторию и пытается найти лекарство.

Элисон в ужасе из-за угрозы, нависшей над её сестрами. Сара ненадолго отвлекается, а Косима и Сьюзан Данкан предпринимают отчаянную попытку найти лекарство.

Сара и Рейчел нехотя объединяются против Иви Чо и выслеживают двух женщин, сбежавших из Брайтборна. Хелена возвращается в город. Заклятые враги вынуждены забыть на время о своих спорах ради общего блага. Тайны нельзя скрывать вечно, и некоторые секреты скоро будут раскрыты.

Неолюция сталкивается с драматическими последствиями изменений в руководстве. Сара отправляется на остров. Косима оказывается в опасности из-за научного открытия. В финале сезона, когда связь с Косимой потеряна, а неолюционисты в пределах досягаемости, Сара и Рейчел наносят решительный удар. Сара заманивает неолюционистов в ловушку и намерена покончить с ними раз и навсегда.

Сара пытается выжить на острове, однако тяжёлое ранение практически обрекает её на смерть. Неолюция загоняет её в глубокий лес, но Сара всё равно пытается спасти Косиму. В то же время Косиме удаётся восстановить силы и встретиться с Делфиной, чтобы получить ответы на вопросы, однако события, происходящие на острове, меняют всё. Рэчел теперь является помощницей основателя Неолюции, которому уже перевалило за 170 лет. Элисон и Донни пытаются найти Хелену, что на руку Неолюции. Сёстры далеко друг от друга, хотя именно сейчас им необходимо объединиться.

Захваченная Неолюцией Сара получает убийственный ультиматум от Рэйчел: вступить в организацию или потерять свою семью. Её решение вызывает столкновение с Кирой, которая начинает исследовать свою собственную зрелость. Тем временем Фердинанд изо всех сил пытается справиться с новым мандатом от Рэйчел в погоне за клонами. Поскольку Неолюционисты и Фердинанд следят за каждым их шагом, Феликс привлекает старого союзника, чтобы помочь своей семье спасти Киру. На Острове Козима изо всех сил пытается понять правдивость мифа о Неолюции, ставшего реальностью.

Элисон пытается вернуться в общественный центр, пока Неолюция занята обыском ее дома. Арт вместе с напарником посещают дом Хендриксов в надежде найти там Хелену, что сказывается на психике Арта и ведёт к принятию самого сложного решения в жизни.

Миссис Эс и Сара намерены вытянуть важную информацию из предателя, найденного в рядах неолюционистов. Косима совершает открытие, которое может изменить всё. Происходит неожиданное воссоединение.

Пока Сара и Кира проводят необходимое время для сближения дома, раскрываются секреты особых даров Киры, которые удивительным образом связаны с существом острова. Тем временем Косима присоединяется к Дельфине в особняке на извращенном семейном ужине.

Косиме приходится играть по правилам, что приближает неизбежную развязку, а Кристал удаётся приблизиться к разгадке тайны.

Эксперименты над Кирой заходят слишком далеко. Сара видит нависшую над её дочерью опасность и готова сделать всё ради её спасения. Косиме удается приблизиться к разгадке тайны истинной личности Вестморлэнда, а Рейчел узнаёт опасную тайну.

Сёстры берут выходной, чтобы отпраздновать открытие выставки Феликса. Раненая и отчаявшаяся, Рэйчел воссоединяется со старым союзником, но их планы мести Неолюции ставят клуб клонов под удар. На открытии выставки Феликса Миссис Эс собирает всех сестёр. Сара все больше и больше убеждается в том, что у Шивон есть тайна, которую она намеренно скрывает.

Пока Сара оправляется от болезненной потери, она получает ещё один удар: Хелену похитили. Сёстры объединяются в гонке со временем, решив найти Хелену до того, как разоблаченный и неуравновешенный Джон Мэтисон наложит руки на её детей. Сёстрам предстоит пережить утрату. Клуб клонов объединяет свои силы для её поисков, однако времени до появления на свет детей всё меньше и меньше.

В финале сериала Хелена готовится к родам в подвале Старого Диада, в то время как Сара и Арт сражаются, чтобы защитить её от Неолюции. Хелена сумела найти пристанище в самом тылу врага, а Сара и Арт пытаются её защитить всеми доступными для этого способами и завершить эту войну.