Один из командиров получает задание доставить метеостанцию на мыс острова вместе с метеорологом. Там его юнга обнаруживает подводный фарватер немцев, а капитан катера влюбляется в девушку-метеоролога. Там же позже капитан замечает подлодку, которую по всем данным потопили в 1942 году, и летит с докладом в штаб...

После попадания на подлодку, немцы принимают его за своего союзника и возят с собой, беря у него кровь на свои нужды. Шубин тем временем понимает, что он попал на подлодку-призрак, и как только ему представился момент подышать воздухом, бежит с нее. Придя в себя он рассказывает все начальству, и особенно делает акцент на банках с ананасовым соком, которые были на подлодке, а потом исчезли...

Шубин получает очень сильное ранение, но успевает перекрыть выход из бухты, чтобы лодка-призрак не смогла уплыть. Но пока он выздоравливал, по левой наводке подняли затопленный траулер, и подлодка ушла... Шубин потерял свою жену, она подорвалась на мине, в бухте погибших кораблей...

После войны прошло уже несколько лет. Шубин служит на буксире, а юнга учится в Ленинградской мореходке. Неожиданно Шубин пересекается с Адмиралом, который вновь напоминает ему о том острове, где он впервые увидел подводный фарватер. И сообщает ему, что этим островом кто-то заинтересовался. Шубин вызвался проверить...