El joven Jason, está obsesionado con la desaparición de su padre en el mar, y va en busca de su buque desaparecido. Pero algo no sale bien, y luego de sufrir un accidente se encuentra varado en las costas de una tierra misteriosa; un mundo de criaturas míticas, oráculos y palacios tan grandes que se dice que fueron construidos por gigantes, la ciudad de la Atlántida. Pero parece que el recién llegado ha elegido un mal momento para llegar al reino, y Jasón pronto se encuentra a merced de un ritual mortal, del que no puede haber escape.

A pesar de su nueva fama después de matar al Minotauro, Jasón y sus nuevos amigos, Pitágoras y Hércules, todavía están sin dinero y con hambre. Cuando un anciano les pide ayuda para encontrar a su hija desaparecida, pronto se hace evidente que su tarea no va a ser fácil; pues ha sido raptada por las Ménades, adoradoras fanáticas del dios Dioniso. La búsqueda se covertira en una carrera contra el tiempo a la que Jasón no puede dar la espalda. Pero justo cuando su peligrosa tarea parecía llegar a su fin, se encuentra cara a cara con la extraña Medusa.

Las acciones precipitadas de Jasón tienen consecuencias nefastas para el trío, y se verán obligados a competir en el deporte más peligroso de todos: El salto del toro. Después de cruzarse con un joven noble, Jasón y sus amigos se encuentran a merced del rey Minos, quien declaró que Poseidón decidiría su destino. Para sobrevivir tienen que saltar por encima de la bestia. Con sus vidas en la cuerda floja, le toca a Jasón liderar a su variopinto equipo para sobrevivir a esta última prueba de valentía.

Mientras están de cacería en las montañas, el trío se tropieza con un bebé abandonado. Jasón se niega a dejarlo morir, e insiste en llevarlo a casa con ellos, pero este acto de caridad tiene grandes consecuencias inesperadas y pronto se verán envueltos en una complicada red de secretos y mentiras. Con sus vidas bajo la navaja, así como también la del niño, parece que la bondad puede pagar el precio más alto por interferir con el destino.

Cuando un mensajero clandestino trae una inesperada noticia del exterior, Ariadna pide a Jasón ayuda para poder guiarla fuera de la ciudad, pero dejar la ciudadela sin levantar las sospechas de la reina Pasífae parece una tarea imposible, sobre todo conociendo que el hermano exiliado de Ariadna, Therus, ha enviado por ella. Como Heptarian y los guardias del rey los acorralaron en su escondite, Ariadna deberá decidir donde esta su lealtad, en la Atlántida o con su hermano.

Desesperado por ganar el corazón de Medusa, Hércules realiza una visita a una poderosa bruja Circe. Pero los acontecimientos toman un giro malévolo cuando Hércules se da cuenta de que ha desatado un poderoso y tóxico hechizo que amenaza con convertir su esperanza creciente en un dolor insoportable. Con una cadena amarga de eventos que se desarrollan con rapidez, le toca a Jasón deshacer el hechizo antes de que sea demasiado tarde.

Cuando Jasón se entera de que Ariadna se casará con Heptarión, queda destrozado. Sin nada que perder y mucho que ganar, decide entrar en un torneo que se celebrara para honrar a la pareja. Decidido a ganarle al futuro esposo de Ariadna y demostrar su valía, les toca a los leales amigos de Jasón guiarlo a través del concurso donde hay más corazones rotos que huesos.

El trío va en aunmento con la llegada del luchador hermano menor de Pitágoras, Arcas. Acusado de escoltar una valiosa carga a través del desierto, la banda viaja a lo desconocido con una caravana destartalada de extraños. No pasa mucho tiempo antes de su viaje toma un giro espeluznante, después de pasar una noche en un templo dedicado a Las Furias, pronto se hace evidente que uno entre ellos tiene algo que ocultar.

La enamorada de Hércules, Medusa, es secuestrada por el cruel Kyros, y a cambio de su vida, Kyros le exige a Hércules recuperar un valioso y poderoso artefacto del inframundo, una tarea que sólo puede significar una muerte segura para cualquiera que se atreva a entrar.

Después de los trágicos acontecimientos que rodearon la desaparición de Medusa, el trío hace una visita al inventor Dédalo, cuyo ingenio les ofrece la esperanza de una tentativa solución, pero, poco dispuesto a esperar por respuestas, Hércules actúa apresuradamente y sale en busca de su amor perdido. Sin saberlo, su decisión hara que Jasón y Pitágoras literalmente corran por sus vidas, ya que se convierten en presan de una cacería humana.

Sin dinero y con hambre, Jasón no puede creer en su suerte cuando se tropieza con un festín abandonado. Pierde ante la tentación, y saborea su primera comida real en días, pero pronto se hace evidente de que hay algo malo con Jasón a medida que comienza a mostrar un comportamiento muy extraño y salvaje. Cuando las cosas se salen de control, Hércules y Pitágoras deberán buscar una forma de salvar a su amigo antes de que Heptarión y los guardias del palacio acaben con él.

Se le recuerda a Jasón su promesa hecha con la hechicera Circe, y su sombría advertencia en caso de que no cumpla con su parte del trato. Con la amenaza de Circe sobre él, no tiene más remedio que actuar; debe matar a la reina. Infiltrarse en el palacio no sólo es mortalmente peligroso, sino que también imposible. Bajo el amparo de la noche, Jasón entra en acción, pero pronto sus intenciones empiezan a desmoronarse poco a poco.

La salud del rey Minos decae, mientras que la tiránia de la reina Pasifae alcanza su punto máximo; condena a Ariadna a una ejecución tan espantosa, que ni siquiera el peor de sus enemigos mereciera tener. Ahora, que la lealtad de toda la corte está con la reina, Jasón es la última esperanza de Ariadna. Va a necesitar toda la ayuda que pueda obtener si él y sus amigos están dispuestos a salvar su vida, pero, afortunadamente, todavía hay algunos en la Atlántida que permanecen leales al rey.

Después de la muerte del rey Minos, y el destierro de Pasífae, Ariadna se convierte en reina. La ciudad de Thera está siendo atacado por Pasífae y su ejército. Ariadna envía a Jason, Hércules y Pitágoras para rescatar a Lord Sarpedon de Thera. La ciudad de Atlántida está protegida por una estatua llamada Palladium. Pasifae envía a Medea a robar el Palladium gracias a Lord Sarpedon. Entonces, Ariadna envía de nuevo a Jason, Hércules y Pitágoras a recuperar el Palladium donde Pasifae y su ejército antes de que Atlántida caiga.

Pasífae continúa su ataque contra la Atlántida, y muchos soldados de Ariadna han desertado al perder el Palladium. La ciudad está perdida sin el regreso de Jasón, Hércules y Pitágoras que, después de enfrentarse y acabar con el cíclope que había en el laberinto de cuevas, se enfrentan a los desertores. Lord Sarpedon confiesa su traición a Ariadna. Mientras luchan contra el ejército de Pesifae, Hércules es testigo de como Pesifae mata a uno de sus propios soldados para salvar a Jason, y va en busca de respuestas donde el Oráculo que le dice la verdad sobre el nacimiento de Jason.

Un misterioso extranjero llega a la ciudad de Atlántida bajo el nombre del príncipe Telemon de Aegina. Trata de ganar fama, y el corazón de la reina Ariadna en los Juegos de la Coronación (un combate de gladiadores en la arena). Telemon demuestra que no es tan bueno como parece, y comete un asesinato antes de perder el torneo contra Jasón. Sin embargo, al final, Ariadna acepta la propuesta de matrimonio.

Ariadna viaja con su prometido y su séquito (incluyendo a Jasón y sus amigos) a Aegina para buscar la aprobación del padre de Telemon. Telemon, quien está trabajando para Pasífae, traiciona a Ariadna pero salva su vida en la emboscada de los Colcheans. Pasífae acaba con él por dejarla con vida. Mientras tanto, Jasón, Hércules, Pitágoras, Ariadna y un fatalmente herido Dion huyen de los Colcheans, encontrándose con un grupo de viajeros a lo largo del camino. Finalmente se refugian en la Necrópolis; Pesífae y Medea los siguen. Ariadna alcanza a Pasífae con una flecha y Pasifae, Medea y Jasón caen al abismo.

Una malherida Pasífae hace un hechizo que revive a los muertos, incluyendo a gente muerta recientemente, como Dion, para atacar a los héroes. Mientras tanto, Jasón y Medea son forzados a trabajar juntos con el fin de sobrevivir. Hércules y Jasón consiguen derrotar a los no-muertos, pero Medea apuñala fatalmente a Ariadna.

Jasón, Pitágoras y Hércules viajan al templo de Hécate para conseguir sangre de Medea, y romper la maldición que está puso sobre Ariadna. Esa noche, Jasón se ve forzado a salir tras Hércules con Pitágoras. Jasón se cuela solo en el templo y se enfrenta a Medea. Jason consigue un poco de sangre de Medea pero es capturado y encarcelado por Pesifae. Pesifae escucha como Jason cree que su madre está muerta y quiere decirle la verdad, pero él la ataca. Creyendo que Jason es una causa perdida, Pasífae ordena que lo asesinen, pero Jason es rescatado por Hércules y Pitágoras, y juntos vuelven a Atlántida y salvan a Ariadna. Ariadna por fin le confiesa su amor a Jasón y le pide que se case con ella, él dice que siente lo mismo y que acepta casarse con ella.

Cuando Pasífae se entera que Jasón ha aceptado casarse con Ariadna, teme que la Atlántida y su trono queden fuera de su alcance para siempre. Ariadna y Jasón buscan la bendición de los dioses para su matrimonio, y para que de esa manera la gente lo aceptase de manera más fácil. El Oráculo considera que los augurios son buenos, pero esto pone en peligro la posición de Pasífae por el poder aún más, por lo que secuestra al Oráculo, y le encarcela. La reina se encuentra con Medusa, y le promete poner fin a su miseria, pero primero deberá hacer algo por ella: convertir al Oráculo en piedra.

Milas ordena la ejecución de Jasón, acunsándolo de asesinar al Oráculo. Hércules es capturado y encarcelado después de su intento de liberar a Jasón, mientras que Ariadna y su asesor, Delmos, intentan seguir sus pasos, pero son arrestados también por Cilix, otro traidor. Hércules le ruega a Medusa que revele la verdad sobre la muerte del Oráculo, debido a que Jasón fue acusado injustamente del crímen. Mientras tanto, Pasífae toma la ciudad, y se declara el gobernante del trono, con el ejército ahora de su parte.

Pasiphae se da cuenta de que nunca será la verdadera gobernante mientras ella y Ariadne tengan un derecho al trono, por lo que le ofrece a la reina su libertad, si ella renuncia a la corona. Como hombres buscados, Jason y Hércules se han visto obligados a buscar refugio en las montañas, donde Medusa y Pitágoras presentan su propia trama, que tendrá un sacrificio de proporciones inimaginables.

Jasón está huyendo con sus amigos, que están conmocionados por su temeridad y arrogancia, cumpliendo la opinión del Oráculo de que saber que Pasifae es su madre "ennegrecería su corazón". Un Pitágoras preocupado se escabulle de regreso a Atlantis y aprende de Melas y Cassandra que Aeson, el padre de Jasón, puede darle el amor para contrarrestar la infame influencia de Pasifae, pero es un leproso que se oculta de la sociedad. Pitágoras lo localiza, pero antes de que pueda reunirse con su hijo, Jasón está separado de los demás y atacado por soldados - con Medea una vez viniendo misteriosamente en su ayuda.

Jasón es capturado y devuelto a la ciudad, pero Pasifae parece reacia a matarlo, y se siente aliviada cuando Cassandra le dice que los dioses se oponen a su ejecución. En lugar de eso, lo colocan en el campo de gladiadores, dándole a Aeson la oportunidad de rescatarlo, ya que los leprosos tradicionalmente llevaban los cadáveres de la arena muertos. Habiendo revelado a Jasón que él es su padre, Aeson se escapa con él para reunirse con sus amigos en el bosque y, aunque él mismo es herido mortalmente, puede devolver a su hijo a la luz.

Jasón está decidido a rescatar a sus compañeros prisioneros del anfiteatro, y hace un atrevido regreso a Atlantis, que se está convirtiendo en un reino aún más peligroso bajo el malvado gobierno de Pasifae. El héroe y sus amigos se enfrentan a la traición a cada paso, y se dan cuenta de que la única esperanza para el futuro es matar a la reina.