Una estudiante llamada Milly busca el consuelo de su osito de peluche después de haber sido avergonzada y condenada al ostracismo debido a su corta edad por parte de Sissi, la matona/diva del colegio. Milly cree que su osito de peluche es el único al que puede recurrir en busca de consuelo y apoyo. Un superordenador corrupto conocida como X.A.N.A. entra al mundo real poseyendo al oso. En una búsqueda para atacar y destruir a sus enemigos, el osito de peluche infectado con XANA aumenta a un tamaño enorme. Nadie está a salvo ya que esta monstruosidad crea un camino de destrucción.

Mientras Odd intenta montar un grupo de música, XANA controla la red eléctrica que alimenta el colegio.

Jérémie ha encontrado una manera de quedarse atrapado durante las vacaciones escolares para estar allí en caso de que XANA decidiera lanzar un nuevo ataque.

Sissi utiliza el diario de Ulrich, que contiene detalles de sus actividades secretas, para obligarlo a interesarse por ella.

XANA ha creado un virus informático que distribuyó en Internet. Todas las bases de datos de la ciudad están alteradas.

Cuando el director decide ampliar el gimnasio, XANA no pierde el tiempo transformando las excavadoras de la obra en armas.

Yumi desaparece y luego reaparece, inconsciente, en uno de los escáneres de la fábrica. Jeremy, Ulrich y Odd deciden llevarla a la enfermería.

Un director de cine planea rodar su próxima película en la fábrica. Pero ¿qué pasará si descubre el laboratorio, el superordenador y Lyoko?

En plena clase de ciencias, los móviles de todos los alumnos empiezan a sonar. Cuando contestan, no hay nadie en la línea.

La nueva alumna que llega al colegio es la viva imagen de Aelita. ¡Imagínate la sorpresa de nuestros héroes!

Jérémie tiene un gran problema: es demasiado inteligente. Sus profesores creen que debería trasladarse a una escuela secundaria para superdotados.

Después de recibir una carta, Ulrich se arma de valor y le confiesa sus sentimientos a Yumi, pero no obtiene la reacción que esperaba.

Después de otro intento fallido de Jérémie de darle vida a Aelita, el programa informático de la niña virtual comienza a fallar.

La fábrica desierta encuentra una nueva vida cuando XANA se hace cargo de cada engranaje.

Yumi se siente mal porque sus padres, normalmente tan cercanos, han decidido separarse mientras hacen balance.

Un nuevo estudiante llega al colegio. Inmediatamente se interesa por Sissi, pero Hervé no lo ve así.

Utilizando un nuevo dispositivo del laboratorio de la universidad, XANA consigue crear nanovirus, pequeñas máquinas capaces de atacar la memoria del cerebro humano.

Al quedarse solo en su habitación, Odd entra en un extraño estado de trance y luego deja de moverse. Al día siguiente, Sissi corrió la misma suerte.

Después de discutir con Aelita, Jérémie decide ir personalmente a Lyoko para encontrar a su amiga y pedirle perdón.

Mientras XANA toma el control de la cadena de montaje de la fábrica desierta, los robots de Hervé y Jérémie se enfrentan en el gimnasio.

Ulrich está obsesionado con la final del campeonato de fútbol. Pero unos minutos antes del inicio, XANA pone a todos en ingravidez.

Harto de la aparente indiferencia de Yumi hacia él, Ulrich comienza a salir con otra chica, lo que enfurece a Yumi y provoca una discusión.

Odd está prendado de Sam, una adolescente rebelde de un colegio cercano. Organizan una cita secreta en Kadic.

Cuando Jérémie se encuentra en clase de ciencias 12 horas antes, se da cuenta de que Odd, Yumi y Ulrich están desaparecidos y no han regresado de Lyoko.

Jeremy completa el programa de materialización de Aelita. ¡Los héroes finalmente se unirán para destruir el superordenador!

La materialización de Aelita es un éxito, ¡y ahora ha llegado el momento de destruir a XANA! Pero cuando Jeremy empieza a desactivar todo, Aelita se desmaya.

A la pandilla de Lyoko le esperan sorpresas: Jérémie ha programado máquinas de alto rendimiento y XANA ha generado nuevos monstruos.

Mientras investiga la Ermita, donde Aelita tuvo visiones, Jérémie descubre que la casa pertenece a un tal Franz Hopper.

Los héroes exploran el Sector 5 con la esperanza de descubrir los secretos que guarda.

XANA ha tomado el control del programa "volver al pasado" del superordenador y los héroes rápidamente se dan cuenta de que ha poseído a Sissi.

Aelita se ve asaltada por visiones cada vez más angustiosas. Desde hace varios días no puede pegar ojo.

¡Es el Día de San Valentín! Yumi y Ulrich discuten sobre William. Aelita recibe un bonito collar y cree que fue Jérémie quien se lo regaló.

Mientras Aelita se prepara para actuar como pincha en una fiesta del colegio, XANA planea atacarla.

Queriendo salvar a Aelita de un ataque de la escifozoa, Yumi se ve envuelta en una feroz lucha contra el monstruo.

Yumi y su familia tendrán que mudarse. Devastado por la noticia, Ulrich formula un plan para que puedan quedarse.

Al descifrar parte del diario de Franz Hopper, Jérémie descubre una interesante teoría sobre los sistemas multiagente.

La batería nuclear que alimenta el superordenador se está quedando sin combustible. Al sentir que se avecina un peligro, XANA trama un plan para robar uranio.

Jeremy insiste en volver al pasado, pero sus amigos son conscientes del peligro que esto representaría.

Los alumnos de 2º y 3º de Secundaria siguen una formación sobre el código de circulación. La tensión es palpable entre Ulrich y William, quienes quieren impresionar a Yumi.

XANA utiliza Kiwi para propagar un virus que transforma a los humanos en zombis con el único objetivo de matar a nuestros héroes.

Bajo la influencia de XANA, el director secuestra a Yumi y Odd y le da un ultimátum a Jérémie.

Al final de otra misión exitosa en Lyoko, nuestros héroes se materializan en los escáneres. Pero algo anda mal.

¡Todos están enamorados en el colegio! ¡Primero, Jeremy besa a Heidi! ¡Entonces es Yumi quien besa a Mathias!

Humillado durante una clase de educación física, William se va a cavilar al bosque... en el preciso momento en que XANA decide atacar.

Aprovechando un relevo de televisión nacional, XANA trae espectros de antenas y transmisores por toda la ciudad.

Una vez más, Aelita se ve acosada por extrañas visiones que parecen ligadas a un pasado que no vivió. ¡Este es en realidad uno de los planes de XANA!

¡Es el día del reconocimiento médico en el colegio! Pero la enfermera del colegio se encuentra bajo la influencia de XANA y capturan a Aelita.

Después de escuchar ruidos extraños en la sala de calderas, Sissi está segura de que la Academia Kadic está embrujada.

Un hombre extraño aparece en el laboratorio de informática haciéndose pasar por Franz Hopper. Nuestros héroes no pueden creer lo que ven.

Los héroes tienen problemas con Sissi, que se comporta de forma extraña. ¿Podría estar bajo la influencia de XANA?

Para descifrar más fácilmente el diario de Franz Hopper, Jérémie decide activar de nuevo una torre.

Gracias al diario de Franz Hopper, que los amigos finalmente han descifrado, Jérémie comprende qué vincula a Aelita con XANA.

Es la vuelta al cole. Tras la calma de las vacaciones de verano, no pasa mucho tiempo hasta que nuestros héroes tienen que volver a enfrentarse a XANA.

Es hora de elegir a los delegados de clase. Jérémie, convencido de que Hervé será su único oponente, seguramente será elegido.

XANA ha encontrado una manera de elevar el nivel del mar digital, "inundando" Lyoko y bloqueando el acceso de los héroes al Sector 5.

Una agencia gubernamental ultrasecreta descubre que Jérémie ha pirateado su sistema informático.

Aelita tiene dificultades para aceptar la desaparición de su padre. Ella confía en Jérémie y le expresa sus dudas: ¿y si Franz Hopper todavía estuviera vivo en algún lugar?

Johnny, el amigo de Hiroki, está enamorado de Yumi. Tímido e inexperto, necesita consejos para seducirla.

Después de encontrarse con Yumi en medio de la noche en la calle, William está decidido a descubrir qué está haciendo ella.

Ulrich y Odd son víctimas de un extraño fenómeno: aunque han vuelto al mundo real, están convencidos de que siguen en Lyoko.

Jérémie se da cuenta de que un hombre bajo la influencia de XANA saboteó el superordenador. Este último quedará irremediablemente destruido si Jérémie no lo repara rápidamente.

Jérémie cree que finalmente ha encontrado una manera de virtualizar a sus amigos directamente en el Sector 5. Ulrich es designado para hacer de conejillo de indias.

Odd está frustrado: Ulrich, Aelita y Yumi tienen poderes especiales, mientras que él no tiene nada más que sus flechas láser.

Nuestros héroes están agotados. Pasan su tiempo luchando contra XANA, lo que tiene consecuencias desastrosas en sus resultados académicos.

William se unió al grupo de guerreros de Lyoko. ¡Está ansioso por enfrentarse a XANA y a los monstruos virtuales por primera vez!

Jeremy habla con el director de la escuela haciéndose pasar por el padre de William para justificar la ausencia de éste a clase. Mientras siguen buscando y tratan de reconstruir el sector cinco de Lyoko.

De nuevo el avispado Jeremy se hace pasar telefónicamente por el padre de William para que el director no desconfíe, sin embargo esta vez el plan no sale bien. Poco después de la primera llamada se produce la segunda: es el padre de William que quiere saber dónde está su hijo.

El batería del famoso grupo de rock Los Subdigitales viene a la academia a ver a su tío, que resulta ser el profesor de gimnasia. Además organiza una prueba para nuevos talentos, y todos los alumnos presentan sus maquetas.

Inauguración de la sala de recreo en la academia. Es necesario elegir un monitor para supervisar su uso. Contra todo pronóstico sale elegido William. Pero hay problemas, no es el verdadero William, es su doble.

Han creado un submarino virtual y una nueva sala a modo de angar, intentan por todos los medios recuperar a William. Pero todo se pone en contra, Jeremy y Aelita son castigados por el director y no pueden ejecutar el programa.

Jeremy está preocupado porque los deportes no son lo suyo y se ha caído en la clase de gimnasia. En la academia no tienen clase y aprovechan para probar el nuevo submarino Skidbladnir, pero quieren ir más allá y entrar en el peligroso mar digital.

Odd se ha vuelto a enamorar y ha dejado a Melanie por Camille. Jeremy sigue preocupado por los ataques de Xana y quiere poner a su nivel al resto del equipo, quiere darles un cursillo intensivo para poder sustituirle al mando de su superordenador.

Odd no ha ido a clase y Aelita ha mentido para disculparle pero el resultado ha sido un castigo del director para los dos.Esto complica los planes para detener a Xana porque quieren explorar la esfera de la red con el nuevo submarino, cuanto antes.

Jeremy quiere poner en forma a sus amigos para prepararles para las batallas de Xana. Acuden al profesor de gimnasia, porque según cuenta ha entrenado a cuerpos especiales. Mucho antes de lo que piensan tendrán que poner en práctica lo aprendido.

En los informativos informan de la poco probable colisión de un cometa contra la Tierra. Jeremy está preocupado porque hay una torre activada, lo que le indica que Xana ha usado un satélite para cambiar el rumbo del cometa, y provocar así una peligrosa lluvia de meteoritos.

Todos los chicos, menos Yumi, se van de acampada al lago con el resto de compañeros de la academia. Yumi será la encargada de vigilar Lyoko. Xana decide actúar en el lago y electrocutar a guerreros y acompañantes.

Jeremy sigue intentando recuperar por todos los medios a William. Esta vez se basa en los rastros digitales que se dejan sin pretenderlo cuando alguien entra en Lyoko. Piensa que tal vez utilizando el skidbladnir puedan seguir el rastro del compañero perdido. Ahora es Yumi la que tiene problemas.

Jeremy quiere aplicar el principio de sincronización al superordenador, quiere materializar a los guerreros en la tierra desde la red. Deciden probarlo esa misma noche. Entretanto a Yumi no se le pasa el enfado porque Ulrich ha olvidado hacerle un regalo por su cumpleaños.

Los guerreros de Lyoko quieren destruir el superordenador de Xana en el sector de la jungla esa misma noche, gracias a que Odd destruyó el campo de energía que lo protegía en su último viaje virtual. Piensan que será coser y cantar pero se van a encontrar con muchos problemas, entre ellos una fuga masiva de arañas gigantes.

Sisi, la hija del director de la academia sospecha que algo raro ha pasado con William. Para salir del paso Yumi le cuenta que está muy enamorado de ella, pero es difícil continuar con semejante mentira. Por otra parte, Odd decide llevar a su perro Kiwi a Lyoko, lo que no sabe son las graves consecuencias de su osadía.

El clon de William sigue dando problemas y levantando sospechas por toda la academia. Jeremy está muy preocupado por ello, intenta mejorarlo y que no tenga capacidad alguna de llevar la iniciativa. Se lo cuenta a sus amigos, él no sabe que alguien muy interesado les está escuchando.

Han llegado las vacaciones de Navidad y en la academia todos los chicos se van a pasarlas con sus respectivas familias. Todos menos Aelita que no tiene a dónde ir, a su madre la han secuestrado y su padre sigue en manos de Xana. Ya sola, de regreso a su cuarto se encuentra con una gran sorpresa: a través del ordenador su padre intenta comunicarse con ella.

A Odd se le rompe un espejo y Ulrich le advierte que serán siete años de mala suerte. No le hace demasiado caso porque no es supersticioso, aunque a decir verdad empieza a salirle todo mal. A él y a todo el grupo: vuelven a la base militar de Nuevo México y les atacan garrapatas, pero esto no es lo peor: todos tienen un virus del programa de materialización.

A Jeremy le ha tocado un vuelo en un caza durante unas maniobras. Todos le felicitan por la suerte que ha tenido pero a él no le hace mucha ilusión aunque se ve obligado a ir por los demás . Mientras vuela el piloto pierde la consciencia, lo que hace sospechar al chico que Xana está detras de todo ello.

Una amiga islandesa de Sisi viene a la academia. Según los chicos es espectacular y no dejan de admirarla ante el estupor de las chicas del grupo. El que tiene más suerte es Odd, que se enamora perdidamente y ella decide salir con él . Está tan enamorado que la lleva a la fábrica y casi le cuenta "su secreto".

Los guerreros de Lyoko han tenido que abortar una misión y encima Kiwi está haciendo de las suyas y su dueño Odd no le busca ninguna solución. Los demás le exigen que se lo lleve a vivir a la fábrica y accede a regañadientes. La solución no parece que tenga buenos resultados: peligrosas réplicas de perros mecánicos aparecen por todas partes en la academia.

Inspección sorpresa en la academia. Odd está muy preocupado, teme que descubran a Kiwi. Como no ha dado resultado dejarlo en la fábrica, intenta que Yumi se lo lleve a casa. Lo consigue gracias a su persistencia, pero lo deja al cuidado de su hermano pequeño.

Novedad en la academia y gran sorpresa para Jeremy. Su primo Patrick ingresa en la escuela y momentáneamente lo acomodan en su cuarto. Lo que desagrada enormemente a Jeremy porque estropea sus planes y tiene miedo de que descubra sus importantes secretos.

La nueva estrella de Kadic se llama Aelita. Hoy tiene su primer concierto como telonera de Los Subdigitales. Está muy nerviosa porque le piden autógrafos y sale en las portadas de las revistas locales. Odd está dispuesto a todo para conseguir una entrada para su nueva novia, y Jeremy sigue trabajando en las réplicas.

Aelita y Jeremy vuelven a la casa que esta última compartió con su padre antes que desapareciese en el mar digital. Jeremy está convencido que pueden encontrar algo que les sea de utilidad para luchar contra Xana, y lo encuentran: una foto en la que de fondo aparecen fórmulas matemáticas que podrían ser programas del superordenador. Pero la fotografía les trae más de un problema.

Odd estrena su película en la academia y sus padres ya han anunciado que vendrán al estreno, cosa que a Odd no le hace mucha gracia a pesar de que reconoce que tiene unos padres "perfectos". Una vez hechas las presentaciones, justo antes de la proyección, Xana activa una torre y comienza a utilizar los móviles de padres y de profesores para sus malévolos planes.

En la revista de la academia aparece una foto de Yumi vestida de rosa y con peluca.La guerrera de Lyoko no puede soportar que todo el mundo la vea así e intenta averiguar quien ha sido el autor de semejante atropello. La venganza de Yumi está cerca.

Jeremy tiene una gran idea para acabar definitivamente con Xana: un virus múltiple, pero por ahora no está dando resultado y se concentra en hallar la manera de liberar urgentemente a William su clon levanta todo tipo de sospechas y sus padres vienen a verle a la academia.

Desde que ha vuelto de la red digital, William está fuera de lugar. quiere ayudar a los guerreros de Lyoko en sus misiones, pero estos no se lo permiten, no se fían de él y quieren que no se acerque a la fábrica, aunque no lo consiguen.

Los chicos están muy desanimados después de perder al padre de Aelita. Sisi coloca a Ulrich un mini GPS para averiguar su secreto, es hora de apagar para siempre el superordenador pero, a excepción de Yumi, los chicos no quieren romper con su pasado por diferentes motivos.