El asesino serial Joe Carrol escapa de la prisión, forzando al exagente del FBI, Ryan Hardy, a regresar de su retiro.

Ryan, el agente Weston y la especialista del FBI Debra Parker investigan la historia de la psique de Carrol.

Cuando surge Rick Kester, un nuevo seguidor, el FBI intenta predecir su próxima movida. Una entrevista con Jordy conduce a Parker a la esposa de Kester.

Maggie cocina un plan para poner punto final a Hardy. Jacob confiesa un secreto a Emma, mientras que Paul desconfía de su relación.

Carrol usa a su abogado para comunicar un mensaje. Hardy obtiene una sugerencia que lo guía a la ubicación de Emma, Jacob y Paul.

Hardy crea tensión entre Emma, Jacob y Paul provocando que Emma haga una jugada. Los agentes descubren que el segir puede ser más grande de lo que pensaban.

Joe Carroll hace planes para que lo transfieran a otras instalaciones, lo que altera los nervios del FBI que desconfía del arreglo.

Nick Donovan toma el mando en la búsqueda de Joey Matthews, molestando tanto a Ryan como a Parker. Los seguidores señalan al agente Weston como su próximo objetivo.

Con donovan ahora a cargo, Ryan y Parker deben encontrar maneras de trabajar con él. Carrol se comunica con Ryan para pedirle ayuda para localizar a Claire.

Cuando Carrol se entera en dónde tienen a Claire, Ryan trabaja a contrarreloj para sacarla de allí, antes de que un grupo de seguidores llegue a ella.

Después de perder a Claire en manos de los seguidores de Joe, Ryan y Parker tratan de recuperarla. Mientras, el FBI llega hasta una instalación de la secta de Joe. Claire, por su parte, conocerá de primera mano la vida en la mansión y tendrá una reunión inesperada. Emma y Jacob siguen lidiando con la traición de la joven.

Ryan y el FBI localizan a un seguidor de la secta que podría llevarlos hasta el paradero de Joe. El agente Weston vuelve al caso, pero su encontronazo con los seguidores de Joe ha causado en él un impacto mayor de lo que nadie había imaginado. Mientras, en la mansión, Claire y Emma se encuentran cara a cara, por primera vez desde el secuestro de Joey.

El Departamento de Policía Havenport trabaja en el caso y el papel de Roderick como sheriff se pone en duda, lo que lo llevará a tomar una decisión terrible que amenaza la seguridad de Joey.

Ryan, Parker y Weston se preparan para irrumpir en la mansión de la secta, pero Joe ya tiene un plan de huida en marcha. Mientras, un grupo de seguidores crea una distracción en el centro de evacuación del pueblo, que provoca el pánico entre los ciudadanos y se salda con el peligroso secuestro de un agente del FBI.

Ryan trata de parar a Joe antes de que finalice su juego con una jugada mortal. Mientras, Joe traslada a Claire a un lugar especial en el que el último duelo entre el bien y el mal tendrá lugar.

El inicio de la segunda temporada sitúa al agente Ryan Hardy tratando de volver a la normalidad después que haya pasado un año tras la muerte de Joe Carroll. Pero una serie de asesinatos plantea la duda de si el asesino ha fallecido o su legado sigue vivo.

Ryan Hardy recibe una llamada de Mark y Luke, los otros dos asesinos del metro, que emprenden terrorífico juego de asesinatos. Por otra parte, la nueva identidad de Joe Carroll está en peligro cuando el reverendo local se da cuenta de quien es.

Ryan sigue su búsqueda de la relación entre la reciente tragedia en Nueva York, Emma y la existencia de nuevos miembros de la secta de Havenport. Mientras, el FBI comienza a darse cuenta de sus intenciones ocultas. Un sorprendente acontecimiento llevará a Joe a poner en marcha un nuevo plan de acción.

Tras las últimas y sorprendentes revelaciones en el caso, Ryan y Max tratan de juntar las piezas de un puzle que les permita ir dos pasos por delante del FBI, a pesar de las constantes advertencias de Weston de que se mantengan fuera de su camino. Mientras, Emma se acerca más y más a Mark y Luke, mientras Joe y Mandy se encuentran con un seguidor que necesita ayuda.

Ryan y Max logran capturar a Giselle y tratan de sacarle información acerca de Lily y su grupo, pero la situación no acaba como esperabanya que surgen complicaciones que harán que terminen enredados en un peligroso juego del gato y el ratón. Por otro lado, Joe comienza a acostumbrarse a su nuevo entorno y perfila su propio plan, mientras Emma empieza a darse cuenta de que está rodeada de compañías peligrosas.

Mientras buscan refuerzos para poner en marcha su plan, Ryan y Max contactan con el FBI, pero Weston tiene otra idea al respecto… dando lugar a un conflicto entre el bien y el mal. Mientras, la nueva relación sentimental de Joe escala a territorio inexplorado, y Luke se encuentra en una situación muy problemática.

Ryan y el FBI siguen a la caza de Lily Gray, pero se ven forzados a redirigir sus esfuerzos cuando entra en escena otra gran amenaza. Mientras, Joe, Emma y Mandy llegan a su enésimo escondite, aceptados como miembros de una secta. Pronto se darán cuenta de que las cosas no son lo que parecen.

Tras el trágico giro de los acontecimientos, Ryan trata de encontrar al hombre que instruyó a Joe en su juventud, que le enseñó a matar. Su esperanza es que le pueda arrancar alguna confesión que lo lleve al escondite de Carroll. Mientras, en el campamento de la secta, Joe trata de hacerse un hueco mientras Emma y Mandy esperan a que les cuente su nuevo plan.

Ryan, Max y Mike están cada vez más cerca del espía que se esconde en el FBI, pero el sospechoso resulta ser alguien que no esperaban. Mientras tanto, Joe y Micah envían a Emma y a dos seguidores de la secta para entregar un mensaje que implica a Carrie Cooke.

Joe enseña a los miembros de Korban una nueva religión, mientras que envía a cuatro asesinos a Nueva York. Por otra parte, Claire exige volver a la ciudad para ayudar en la búsqueda de su marido y Ryan trata de contactar con Joe a través del doctor Strauss.

Al parecer, Joe Carroll organiza una masacre en una panadería, pero Ryan Hardy descubre un detalle que le hará dudar de la autoría de los hechos. Por otra parte, Emma se ve obligada a reforzar la creencia de Robert en Joe, mientras que Claire exige ver a Ryan.

Los fieles seguidores de Joe Carroll entregan un nuevo mensaje a Carrie Cooke. A través de esa nueva pista Ryan deduce cuál será el próximo ataque del asesino en serie. Por otro lado, Mandy pide ayuda al clan de Lily.

Cuando Ryan no consigue matar a Joe, se deja capturar para averiguar cuál es el plan maestro de su némesis mientras sus huestes están a punto de salir para iniciar la matanza. Mientras tanto, Mike y Max consigue localizar a Lily, y Mike se ve obligado a tomar una decisión de vida o muerte.

Mientras que Claire le tiende una trampa a Joe con el mensaje por televisión, ella no es consciente de que Joe ha enviado a Robert y Emma para tenderle una trampa a su ex esposa. Mientras tanto, Ryan y Mike siguen la pista de Joe hasta una catedral de Nueva York y descubren lo que ha planeado.

Ryan tiene que ayudar a Joe a escapar de una redada del FBI para que su mortal enemigo pueda ayudarle a salvar a Claire, la mujer que ambos aman, de Lucas y Mark.

Joe Caroll se encuentra en el corredor de la muerte y sin adeptos. La reciente felicidad de Ryan y los suyos será quebrada al localizar una serie de cuadros brutales puestos en escena que amenaza con abrir viejas heridas. Ryan y su equipo serán forzados a desentrañar una trama retorcida de violencia antes de que los destruya a todos. Estos acontecimientos los forzarán a hacer frente a la terrorífica verdad: Joe Caroll era sólo el principio...

Ryan cree que encontró la conexión entre Andrew (Andrew Irby) y Mark, pero ni él mismo ni el FBI están seguros de como Joe Caroll está conectado a todo esto. Mientras tanto, las tensiones entre Mark, Kyle (Hunter Parrish) y Daisy (Ruth Kearney) comienzan a aumentar y rápidamente Ryan se reencontrará en una situación peligrosa donde solamente haciendo frente a la verdad podrá salir indemne...

Después de una pérdida devastadora, Ryan, Weston y Max tienen como objetivo dar caza al responsable y hacerle pagar, lo que lleva a Ryan a tomar un riesgo con consecuencias mortales. Mientras tanto, Mark cuestiona la lealtad de Kyle y Daisy, causando que las tensiones aumenten entre el grupo.

Mientras Kyle, Daisy y Mark Gray planean un ataque personal contra Ryan, el FBI recibe información que les conduce a un lugar secreto y les permite sacar ventaja en el caso.

El día de un juicio importante, las cosas van mal, lo que provoca que el FBI se separe para encontrar a una persona desaparecida. Con su equipo desmoronándose, Ryan consigue la ayuda de un antiguo enemigo para derrotar a uno mayor en la segunda parte de un episodio especial de dos horas.

Con su último objetivo a la fuga, Ryan y Mike siguen una pista hasta un pequeño pueblo para investigar y confirmar que su objetivo no busca protección. Allí descubren una amenaza aún mayor que se las había arreglado para pasar desapercibida hasta ahora. Mientras tanto, Max se esfuerza en hacer una confesión.

A solo unos días de la ejecución de Joe Carroll, Ryan y Mike se centran en otra amenaza diferente. Mientras tanto, Max que ya cuenta con aprobación para trabajar de nuevo, se une al cuerpo especial y se acerca peligrosamente a una amenaza mortal.

El FBI se acerca a un sospechoso que creen que es el culpable de los últimos asesinatos, pero Ryan cree que el asesino todavía está allí, lo que lo lleva a profundizar en territorio peligroso. Mientras tanto, Joe se somete a una evaluación en los días previos a su ejecución y una nueva amenaza intenta cubrir sus huellas.

Después de su último e impactante descubrimiento, Ryan está siendo seguido por un nuevo asesino huidizo en un juego del gato y el ratón, que les lleva a ambos hasta Joe Carroll por distintos motivos. Mientras, Max y Mike buscan la pista robada y Mark toma una impactante decisión.

La ejecución de Joe Carroll se aproxima y el equipo está nervioso, sabiendo que la cosa no será fácil. Los peores temores del equipo se hacen realidad cuando se produce una situación con rehenes en la prisión que obliga a Ryan a entrar solo mientras el mundo observa.

La investigación lleva al equipo hasta un peligroso asesino en serie conectado con Theo, mientras Theo y Penny buscan refugio con una fuente desconocida para que les ayude a desaparecer. Mientras tanto, Ryan lucha internamente con los últimos acontecimientos, inmerso en una espiral autodestructiva, y continúa la investigación para descubrir al agente que ha estado accediendo al portátil de Daisy desde dentro del FBI.

El cada vez más temerario Ryan continúa su búsqueda de Theo, mientras Mark y Daisy descubren información que les acerca más que nunca al FBI y a Mike Weston, lo que pone a Mike en una situación peligrosa.

Se hace un acuerdo mortal, pero las cosas no salen según lo planeado. Y Ryan toma una decisión para su futuro.

En la primera parte del episodio de dos horas de final de la temporada, continúa la búsqueda de Theo por parte del FBI y hay más en juego que nunca ahora que algunos de ellos están bajo ataque.

A medida que aumentan las sospechas, peligran las alianzas y nadie está seguro en la horripilante segunda parte del episodio final, con momentos sobrecogedores.