Диклониус Люси сбегает из лаборатории, где над ней проводили опыты в течение многих лет, попутно убив охрану. Во время побега она получает черепно-мозговую травму от выстрела снайпера, однако ей удаётся покинуть остров. Тем временем студент Кота встречается со своей кузиной Юкой на железнодорожной станции. Отправившись посмотреть на океан, они находят у берега Люси и приводят её к себе домой, где дают девушке, ведущей себя как маленький ребёнок, имя Ню. Юка показывает Коте гостиницу, где ему предстоит жить. В результате неприятного инцидента Люси-Ню убегает.

Для уничтожения Люси Курама вызывает элитное спецподразделение SAT, в числе которого солдат Бандо, страдающий психическим расстройством. Выполняя задание, он и его товарищ находят Люси на берегу океана. Однако военные терпят поражение в схватке - Люси убивает напарника Бандо, а его самого ранит выстрелом из автомата. Прижатый к земле спецназовец пытается угрожать диклониусу, несмотря на совершенно неподходящее для этого положение, и девушка при помощи векторов лишает Бандо правой руки и обоих глаз и собирается убить, но, в последнюю секунду превращается снова в Ню. Кота находит ее и возвращает домой. К нему приходят двое полицейских и просят забыть о том, что он видел.

Для поиска и возвращения Люси Курама решает послать силпелита Нану, которая верит в то, что Курама — её отец. Кота заболевает, к нему приходит Юка, чтобы позаботиться о нём; позднее она сообщает о том, что собирается переехать к нему жить. Маленькая бездомная девочка Майю приходит в дом Коты, чтобы вернуть его потерянный зонтик. Нана обнаруживает Люси возле кладбища.

Обнаружив Люси, Нана требует следовать за ней, однако та отказывается. Между девушками начинается бой. Его видит Майю, которая пытается остановить диклониусов, но Люси отбрасывает её в сторону. В результате побеждает Люси, после чего отрезает Нане руки и ноги. На место прибывает Курама с солдатами, но Люси удаётся сбежать. Юка просит Коту позволить Майю остаться в их доме.

В серии показано тяжёлое детство Майю, подвергавшейся сексуальному насилию со стороны приёмного отца и по этой причине сбежавшей из дома. Отправившись в колледж, Кота и Юка берут с собой Ню, где их преподаватель профессор Юу Какудзава (сын начальника той лаборатории, откуда сбежала Люси) узнаёт её и представляется её родственником, после чего Юка и Кота оставляют Люси в учебном заведении. Какудзака усыпляет Ню, однако позднее она просыпается как Люси и убивает его.

Бандо, которому были установлены искусственные глаза и протез вместо руки, сбегает из госпиталя и решает отомстить Люси любой ценой. Кота возвращается в колледж, чтобы найти Люси. Вместе с ассистенткой профессора Аракавой Кота обнаруживает обезглавленное тело Какудзавы в подвале. Майю встречает Бандо на пляже и случайно проговаривается, что знает Люси. Тот пытается силой получить от Майю информацию о местонахождении Люси, но она уговаривает отпустить её. Позже Кота и Юка находят Люси и отводят её к себе домой. На берег в спасательной капсуле прибывает Нана, которой вместо рук и ног были установлены протезы. Пытаясь двигаться вперёд, она сталкивается с Бандо, который, увидев её рога, направляет на неё пистолет.

Между Наной и Бандо происходит стычка, в результате которой девочка оказывается ранена, а Бандо ломает свою искусственную руку. Поняв, что они оба пострадали от действий Люси, Нана предлагает Бандо объединить усилия, но тот отказывается. Позже Нана встречает Майю, которая становится её лучшей подругой. Майю отводит Нану домой к Коте, но Нана, увидев Ню, неожиданно атакует её.

В серии показано детство Люси, над которой постоянно издевались сверстники. Увидев, как те до смерти забили щенка забавы ради, Люси убила их при помощи векторов. Нана рассказывает Майю правду о диклониусах и предупреждает об истинной сущности Люси.

Показаны дни из детства Люси и Коты, когда они хорошо проводили время вместе; Кота не подозревал о том, что его подруга убивала людей, чтобы единожды воспользоваться их жильём. Узнав о том, что Кота скоро уезжает, Люси намеревается проводить его. Застав Коту вместе с Юкой, Люси отчаивается и совершает массовое убийство.

Люси приходит в себя и собирается напасть на Нану, однако Майю останавливает их, встав между ними и едва не погибнув. Кота принимает Нану в семью, она извиняется за нападение на Люси. Показано прошлое Курамы, когда он только начинал заниматься исследованиями диклониусов. У него рождается дочь-диклониус Марико. Курама собирается убить её, но его жена перед смертью просит этого не делать.

Марико выпущена под надзором из лаборатории, где она провела всю свою жизнь. Почувствовав присутствие другого диклониуса, Нана отправляется на его поиски и находит Марико на мосту. Между ними начинается бой.

Марико побеждает Нану и мучает её. Кота и Ню появляются на мосту, где их атакует спецназ. Нана «отключает» векторы Марико, но сама падает в море, откуда её спасает Курама. Ню превращается в Люси и расправляется с войсками. Наблюдая за этим, Кота вспоминает, что именно так и были убиты его отец и сестра. Люси даёт понять, что именно она повинна в гибели его семьи. После этого на них нападает Бандо.

Бандо вновь проигрывает Люси, но та оставляет его в живых и уходит. Люси и восстановившая векторы Марико сходятся в последней битве, в которой Люси терпит поражение, потеряв один из рогов. Курама и Марико погибают при взрыве заложенной в тело силпелита бомбы с дистанционным управлением. Последнее свидание Коты и Люси, после которого её показывают в плотном кольце окружения, открывшего огонь и отстрелившим Люси ещё один рог, после чего её дальнейшая судьба уже оставляет желать лучшего. В эпилоге показано, как домой к Коте кто-то пришел, однако когда Кота идет открывать, виден силуэт девушки, на мгновение показывают открытую шкатулку с ракушкой, музыка в шкатулке перестает играть, затем звенят часы, серия кончается.