В результате войны Галактика раскололась на два лагеря и, под угрозой уничтожения, нейтральные расы и кланы оказываются перед неизбежным выбором одной из сторон, которые, в свою очередь, ведут непрерывное соперничество за поддержку со стороны сторонних планет. Испытывая необходимость в построении новой базы в Тойдарийской системе, Совет джедаев отправляет на переговоры генерала Йоду. Однако, пока магистр спешит на встречу, царю Катуунко поступает встречное предложение от злобного графа Дуку, который вызывает Йоду на состязание за право получить привилегии, которые сулит союз с Тойдарией.

Флот клонов оказывается в осаде, десятки тысяч республиканских кораблей были уничтожены в ходе атак, унёсших несметное количество жизней. Поползли слухи о новом ужасающем оружии сепаратистов и, обеспокоенные происходящим, члены Совета джедаев для предотвращения следующего удара оправляют на разведку магистра Пло Куна, однако без поддержки Скайуокера миссия республиканцев оказывается под угрозой. Когда флот генерала оказывается разгромлен, Энакин встаёт перед непростым решением - продолжать ли поиски оружия, или попытаться найти возможных выживших в обломках уничтоженных кораблей?

Самый опасный корабль сепаратистов, прозванный "Зловещим", беспрепятственно бороздит космические просторы Республики, уничтожая всё на своём пути, в то время как Энакин предлагает совету рискованный план контратаки на флот врага и стоящего во его главе главного дроида, генерала Гривуса. Тем временем, успешно отразив атаку республиканцев, сепаратисты выбирают следующей мишенью главную медицинскую станцию для восстановления клонов, и теперь лишь от умений и везения Энакина зависит судьба десятков тысяч республиканцев.

Не позволив Гривусу уничтожить медицинскую базу клонов, флот Скайуокера наносит серьёзные повреждения кораблю, выведя тем самым из строя оружие неприятеля. Однако призванный дать отпор всем пушкам флота Республики, "Зловещий" не уничтожен до конца, и, чтобы спасти свой главный боевой корабль от посягательства республиканцев, Дуку готовит западню, которая даст ему преимущество перед джедаями. Тем временем Амидала отправляется с миссией по поводу переговоров с одним из Кланов, не подозревая, что скоро станет наживкой в той самой ловушке.

Обострившаяся военная ситуация вокруг планет внешнего круга вынуждает джедаев рассеяться по галактике, под командованием которых на фронт поступает поток недавно созданных солдат, из-за сжатых сроков подготовки не успевших прошедших пройти полное обучение. Новобранцы отправляются на станции слежения, расположенные на краю нейтральных территорий - единственного барьера, защищающего Республиканский Союз от захватчиков. Вскоре дроиды-диверсанты захватывают одну из станций, служащую последней преградой к Камино - планете создания клонов, которую так жаждет захватить Гривус.

После серии катастрофический поражений от армии генерала Гривуса, республиканские плацдармы на внешнем кольце продолжают находиться в опасности, и назначенный для защиты стратегически важной планеты под названием Ботавуи, Скайуокер и его изрядно поредевший отряд остаются единственной преградой между легионом дроидов и системой. Для того, чтобы победить в неравной схватке, Энакин предлагает с помощью обманных манёвров заманить Гривуса в ловушку. Но, когда ценой за успешную реализацию задуманного оказывается пропажа верного друга-дроида, мужчина делает всё возможное, чтобы найти робота, данные памяти которого могут стать предметом пристального интереса сепаратистов.

После потери R2, Энакину приходится временно заменить его более продвинутой моделью, которая должна помочь джедаям в их новой миссии по обнаружению и уничтожению секретной станции перехвата. Тем временем потерянный робот оказывается в заложниках у алчного контрабандиста, который, желая нажиться на столь ценном грузе, отправляется к Гривусу для обмена его на вознаграждение. Скайуокер же, продолжая искать друга, натыкается на разыскиваемый ими пост неприятеля, внутри которого находится R2, но отряд джедая и не подозревает, что в их рядах затесался шпион, чьи действия ставит операцию под удар.

Война клонов угрожает целостности Республики, и с расширением задействованной в военных действиях территории всё больше изначально нейтральных миров делают выбор в пользу соблазнительных предложений сепаратистов. В рамках миротворческой миссии, сенатор Амидала отправляется на одну из планет внешнего кольца, чтобы убедить её правительство сохранить верность Республике. Однако, по прибытию Падме узнаёт, что её миссия напрасна, ведь давний друг семьи и правитель планеты в интересах собственного народа уже заключил сделку, частью которой оказалась и сама Амидала. Лишь Джа-Джа Бинкс и С-3РО могут спасти сенатора, но под силу ли роботу и неуклюжему гунгану такое важное задание?

Наместник Ганрей захвачен, а армия неприятеля на Родии повержена стараниями Амидалы и её верных друзей. Совет джедаев отправляет магистра Луминару Ундули и Асоку Тано для сопровождения наместника на Корусант, где последнего ждёт суд. Чтобы избежать раскрытия наместником всех секретов, Дуку отправляет к кораблю республиканцев своего лучшего агента, задачей которой становится спасение или уничтожение Ганрея. Используя слабые звенья в охране наместника, Асажж проворачивает хитрую операцию, в результате которой у джедаев появляется новая цель.

Угнанный звездолёт обнаружен, и, оповещённый о побеге наместника, один из оказавшихся поблизости магистров-джедаев Фисто, намереваясь вновь поймать преступника и лично доставить его в суд, отправляется в погоню за кораблем до одной из отдалённых систем, где, согласно показаниям, и скрылись беглецы. Объединившись со своим бывшим падаваном Надаром Веббом, Кит отправляется на разведку, в ходе которой обнаруживает, что они с Веббом стали наживкой в ловушке для Гривуса, в чьих силах граф Дуку разочаровался после последних проваленных им операций.

Выследив повсеместно разыскиваемого графа, Энакин, в попытках одержать победу над злодеем, бесследно пропадает, что заставляет Оби-Вана, в поисках друга, отправиться на место, где пропавший выходил на связь в последний раз - стоящий на дальнем рубеже фрегат неприятеля. Однако несмотря на уловку соратников, графу удаётся уйти и скрыться на неизвестной, и как оказалось впоследствии, опасной планете, где Кеноби со Скайуокером приходится вступить в сражение с чудовищем, в то время как граф неожиданно оказывается захваченным алчными пиратами.

Придя в себя на следующий день, Энакин и Оби-Ван обнаруживают, что сами стали заложниками пиратов, которые в связи с неожиданно улыбнувшейся им удачей собираются изменить требования, чтобы получить тройную сумму за заложников. Для того, чтобы выбраться из заточения, джедаям приходится объединиться с заклятым врагом, в то время как Джа Джа Бинкс с сенатором Харрусом отправляются выкупить пленников, когда из-за измены в рядах пиратов их корабль терпит крушение, что усложняет выполнение задуманного для каждой из сторон.

Война распространяется на дальние рубежи, и республиканцы теряют позиции, тогда как армия неприятеля, уничтожая малочисленный флот Республики, повсеместно наводит ужас и панику на окружающие миры. На фоне учинённых сепаратистскими войсками бесчинств, Скайуокеру с падаваном приходится отправиться на помощь джедаю Айле Секьюре, во время спасения которой Энакин получает серьёзное ранение. Асоке приходится приземлиться на нейтральной планете, где, не желающие вставать ни на одну из сторон местные жители, тем не менее, соглашаются помочь раненому джедаю.

Вслед за джедаями, на Мэридан вскоре пребывают новые гости, чьи намерения не столь невинны, как у их потерпевших крушение предшественников. Генерал союза сепаратистов Лок Дурд специально выбрал эту планету как полигон для испытаний уничтожающего органические формы жизни оружия, и теперь вождю местных племен Ти Ватт Каа необходимо сделать непростой для него выбор - сохранить нейтралитет и погибнуть, или встать на сторону республиканцев и получить шанс на жизнь.

Когда связь с одним из республиканских постов, расположенном на вечно холодных землях планеты системы Пантора, потеряна, расследовать дело об уничтожении форпоста отправляются Энакин с Оби-Ваном, которые вскоре узнают, что сепаратисты на этот раз остались в стороне, а их пост также был разгромлен неизвестными. Кто же эта загадочная третья сила, и чего она добиваются, уничтожая на своём пути всё без разбора? Плюс ко всему, джедаи сталкиваются с нежеланием заявившего права на эту планету сановника искать решение проблемы мирным путём, что заставляет миротворцев делегировать переговоры прибывшему вместе с ними сенатору.

Сепаратисты добираются до ещё недавно процветавшей планеты Кристофсис, население которой, не в состоянии более сдерживать оборону, обращается за подмогой к Совету Джедаев. Намереваясь спасти жителей бедствующей планеты и не допустить ещё больших разрушений, Оби-Ван вместе с Энакином разрабатывают секретный план, способный изменить ситуацию в лучшую сторону. В ходе реализации своего замысла джедаи обнаруживают, что в их рядах скрывается предатель, передающий секретную информацию в штаб сепаратистов. Но как вычислить шпиона, по-видимому, являющегося одним из тысячи одинаковых клонов?

Заметив в полях сепаратистских роботов, местное население планеты Набу немедленно сообщает об этом Сенату. Опасаясь оккупирования неприятелем своей родины, Амидала с Бингсом срочно вылетают на планету для выяснения ситуации, где попадают в ловушку к злобному и одержимому учёному, воссоздавшему в своей секретной лаборатории давно уничтоженный смертельный вирус. Узнав о возможном захвате планеты, совет посылает Энакина с Оби-Ваном и Асокой для урегулирования ситуации, однако по прибытии джедаев ждёт неприятная новость.

Несмотря на то, что джедаям удаётся сорвать планы неприятеля по уничтожению жизни в галактики и арестовать создателя вируса, Скайуокеру с Кеноби ещё предстоит отвезти учёного на Корусант. Однако, ещё до отправления корабля, стараниями одного из послушных доктору дроидов вирус всё же вырывается на свободу. В то время как остальные оказываются запечатанными в лаборатории, оставшиеся снаружи джедаи срочно отправляются в столицу, чтобы найти антидот и спасти друзей и галактику, однако на пути сталкиваются с весьма серьёзным препятствием.

Захвату неприятелей подвергается планета Рилот, где наместником становится жестокий и бескомпромиссный Уот Тамбор. Повсеместная блокада и жестокая оккупация местных жителей оставшейся армией дроидов приводит к голоду и лишениям. В ответ на распоряжение Сената, республиканский флот начинает готовиться к вызволению планеты из лап врага, где главными за первую и самую важную операцию назначаются Энакин со своим верным падаваном. Джедаям необходимо пробить блокаду и расчистить путь для главных сил Республики, однако сделать это оказывается весьма непросто.

После выполнения Скайуокером и Тано своей части операции, в дело вступают джедаи Мэйс Винду и Кеноби, задачей которых становится осуществление наземной операции по освобождению пленённых и голодающих местных жителей. Основная проблема, встающая перед генералами - успешная высадка солдат на поверхность, для чего республиканцы решают освободить крупный город планеты, в то время как неприятель решает использовать аборигенов в качестве живого щита в намечающейся битве. Тем временем, в процессе разведки, два солдата-клона обнаруживают маленькую девочку, которая оказывается неожиданно полезна в противостоянии замыслам врага.

Армия клонов во главе с джедаями успешно изгоняют неприятелей с оккупированной планеты, однако столица Рилота, Лиссу, всё ещё находится в руках коварных захватчиков. Чтобы успешно осуществить штурм города, Винду обращается за помощью к непредсказуемому, но сильному лидеру повстанцев Чаму Синдулле, ставшему символом свободы для своего народа. Тем временем граф решает использовать намечающееся поражение в политических целях, однако Тамбор не желает сдаваться без последнего боя.

В то время, как на дальних рубежах республиканская армия одерживает сокрушительные победы, в самом центре Республики охотнику за головами Кэду Бэйну, заручившемуся поддержкой товарищей по профессии, удаётся сплести заговор и захватить контроль над зданием Сената, чтобы позже обменять заложников на освобождение лорда Зиро Хатта. Скайуокер оказывается единственным джедаем, оставленным в здании, но причина его нахождения в стенах Сената ненамеренно лишает мужчину его же оружия, что усложняет и без того практически безвыходную ситуацию.

Попав в неожиданную ловушку неприятеля на одной из планет, джедаи с отрядом клонов пытаются выбраться из западни, для помощи которым с республиканских штурмовиков отправляются крейсеры, намеревающиеся прорвать защиту и высвободить заложников. Во время боя Асока вновь увлекается - позабыв о субординации, она безрассудно сражается несмотря на приказ о капитуляции, что на этот раз это не остаётся без внимания Совета. Девушку отправляют отрабатывать повинность в Храм Джедаев, однако Тано не приходится долго сидеть без дела, когда Бэйну поручают выкрасть из охраняемого ей святилища редкую вещь.

Выкрав нужную заказчику вещь и прихватив с собой пленника из числа джедаев, Бэйн пытается скрыться, в то время как Энакин становится на пути прибывших на подмогу мошеннику сепаратистов, всеми силами пытаясь не дать им завладеть тайнами Совета. Тем временем джедай-заложник отказывается выполнять требования похитителя, что заставляет Кэда обратить своё внимание на Скайуокера с падаваном, с боем пробивающихся на корабль. Смогут ли учитель с ученицей противостоять одному из хитрейших мошенников в галактике, или Бэйну всё же удастся добиться своего?

Полагая, что Бэйн погиб при взрыве, Скайуокер, Асока и оставшиеся клоны возвращаются на борт республиканского корабля, где обнаруживают, что оказались лишь пешками в многоступенчатом плане мошенника по вывозу украденного за пределы досягаемости людей Республики. Так как выкраденная информация содержала имена будущих джедаев, Йода приказывает ученикам отправиться на защиту самых уязвимых детей, в то время как Бэйн получает новое задание от заказчика по доставке к нему четырех юнлингов для своего эксперимента.

Совет ставит под сомнение верность Республике одного из сенаторов, Раша Кловиса, который, по неподтверждённым слухам, тайно перешёл на сторону неприятеля, и, чтобы подтвердить его сговор с врагом, джедаи решают подослать к возможному предателю своего шпиона. Однако, так как обвинения сенатора - весьма деликатное дело, Йода предлагает уговорить на шпионаж Амидалу, у которой, к удивлению Скайуокера, когда-то были весьма близкие отношения с Кловисом. Но, узнав о прибытии Падме вместе с Рашем, заговорщики решают использовать её в своих целях, что едва не оканчивается трагедией.

Направив большую часть сил на уничтожение флота Гривуса, республиканцы вскоре обнаруживают не менее масштабную угрозу в лице созданного сепаратистским сторонником Погглом нового мощного завода по изготовлению дроидов, благодаря которому перевес между армиями неприятеля и Республики оказывается не в пользу последней. Совет отправляет Энакина с ещё несколькими джедаями совершить наступление на Геонозис, где находится Поггл и его фабрика, с целью захватить злодея и навсегда завершить выпуск смертоносных машин-убийц.

Прознав о тайном восстановлении Погглом завода роботов-дроидов, Асока, Энакин и примкнувшие к ним Ундули со своим падаваном Оффи готовят операцию по уничтожению вражеского объекта. Но так как Поггл уже готов запустить производство, у джедаев остаётся совсем немного времени, чтобы разрушить замысел неприятеля вместе со строением. Изучив обстановку, джедаи разрабатывают опасный двухэтапный план, от успешности исполнения которого зависит не только выполнение миссии, но и жизни некоторых членов их новоиспечённой группы.

Успешное выполнении миссии на Геоносисе достаётся республиканцам слишком большой ценой. Начав зачистку планеты от остатков дроидов, Оби-Ван и Ундули объявляют главной целью поимку главаря армии неприятеля Поггла и последующую передачу преступника в суд. Стремясь поймать негодяя по горячим следам, Луминара пропадает во время песчаной бури, сообщив джедаям лишь место своего последнего местонахождения- разрушенный храм с уходящими на много километров вниз катакомбами, где, по слухам живёт местная раса опасных насекомообразных существ.

Джедаи планируют как можно быстрее доставить пленного Поггла на Корусант, но, когда поступают тревожные новости с Дантуина, где нанесённый республиканским войскам урон требуют немедленного пополнения запасов медикаментов, Скайуокер поручает падаванам самостоятельно возглавить отряд по пересылке лекарств нуждающимся. Однако в процессе полёта возникают осложнения, когда обнаруживается, что заражённый королевой насекомых клон распространил зомби-инфекцию на весь экипаж, кроме Оффи и Тано, которым приходится в одиночку противостоять отряду монстров.

Хотя количество побед республиканцев превосходит количество поражений, джедаям не удаётся помешать продвижению неприятеля на Дальнем Рубеже. Гривус и его войско, несмотря на все старания, всё время ускользает от армии Республики, оставляя преследователей ни с чем. Однако, вскоре джедаям удаётся разработать инновационный план, который позволит им не только взять в плен хитрого негодяя, но и поможет спасти одного из товарищей по оружию, оказавшегося в заложниках у злодея.

Эскадрилья клонов под руководством генерала Кеноби отправляется вслед за сбежавшим на Салукемай Гривусом, главной задачей которого становится поиск единственного уцелевшего космического модуля, способного стать ключом к спасению от постепенно берущих его в кольцо республиканцев. Тем временем во время наземной разведки неприятель подрывает одного из клонов, Рекса. Не имея возможности вернуть солдата на базу, соратники находят раненому товарищу временный кров в фермерском доме, глава семьи в котором заставляет мужчину задуматься над преимуществами возможности самостоятельно распоряжаться своей жизнью.

Тано со Скайуокером отправляются в самый центр преступного мира, надеясь вычислить и остановить мошенника Кара Аффа, скупающего оружие на чёрном рынке для перепродажи неприятелю. Однако, в процессе задержания преступника, Асока становится жертвой карманника, укравшего самое дорогое, что есть у джедая - свой меч. Не желая признаваться учителю в своей потере, Тано решает найти негодяя самостоятельно, для чего обращается к джедаю в отставке, по слухам, не понаслышке знающего изнанку мира негодяев и согласившегося помочь падавану только с условием лично примкнуть к её поискам.

Союз из полутора тысяч миров, желающих сохранить нейтральную позицию в этой нескончаемой войне, давным-давно организовал собственный совет, но теперь в Сенат поступила непроверенная информация, что недавно назначенная лидером Нейтрального Совета герцогиня Крайз тайно собирает группу сопротивления для борьбы в поддержку неприятеля. Для проверки этих слухов, Оби-Ван прибывает на Мандалор, где действительно обнаруживает заговорщиков, но не связанных с герцогиней, хотя беспокоящих её не меньше, чем джедаев.

Герцогиня отправляется в Сенат, в стенах которого желает выдвинуть официальное возражение против насильного втягивания её планеты в войну. Её защита поручена джедаям Кеноби со Скайуокером, последний из которых вскоре начинает подозревать о том, что Оби-Вана и Сатин когда-то связывало что-то большее, чем простая дружба. Тем временем при осмотре грузового отсека Скайуокер обнаруживает роботов-убийц, посланных одним из членов Сената для устранения неугодной ему герцогини. Оби-Ван находит способ вычислить предателя, однако это лишь навлекает на Сатин новую беду...

Крайз делает всё возможное, чтобы защитить жителей своей планеты от окружающих их жестокости и насилия. Преданная сразу двумя, казалось бы, верными союзниками, женщина пытается объяснить Сенату, что образовавшаяся на территории её земель террористическая группа не выражает позиции Мандалора. Однако, Сенат вовсе не горит желанием поддерживать нейтральную позицию оратора, делая всё, чтобы подвести голосование к принятию решения о вступлении войск Республики в Мандалор. Между тем граф отправляет очередного киллера убить Сатин, в то время как Кеноби берётся помочь последней, отправившись вместе с ней на поиски террористов.

Амидала всеми силами пытается добиться принятия законопроекта об уменьшении расходов на военные действия и прекращении изготовления новых воинов-клонов. Однако, невзирая на все приложенные усилия, её поддерживает не так много сторонников в Сенате, а некоторые идут дальше, используя нечестные методы в борьбе с неугодным ему биллем. Когда в результате заговора умирает близкий друг Падме сенатор Фарр, Амидала решает найти преступника самостоятельно, однако вместо ответов на вопросы женщина сталкивается с ещё одним убийством.

Сепаратистский флот осаждает Кристофсис, блокируя все попытки сенатора Органа вырваться из плотно сомкнувшегося над планетой кольца. На помощь Органу отправляются республиканские корабли под управлением джедая Скайуокера, но время на исходе, ведь ни продуктов, ни боеприпасов на оккупированной планете практически не осталось. Тем временем Кеноби добывает новый корабль-невидимку, поручая Энакину исполнить на нём гуманитарную миссию для нуждающихся жителей осаждённого мира, однако тот не может устоять в своём желании использовать полученное преимущество против неприятеля.

Война затягивает в свои сети всё больше миров, жители которых вынуждены защищаться самостоятельно из-за нехватки воинов, задействованных в основном на сражениях в горячих точках галактик. Для своевременного оказания помощи раненым создана сеть медицинских станций, однако из-за недостаточной защищённости, большинство из них вскоре становятся захваченными неприятелем. Когда одна из таких станций, находящаяся на орбите Фелуции, перестаёт выходить на связь, Скайуокер с падаваном и Оби-Ваном отправляются разведать ситуацию и узнают, что на самой планете тоже требуется их помощь.

Когда стараниями неприятеля Республика едва не лишается одной из ключевых планет, богатой топливными месторождениями, в отчаянной надежде изменить ход битвы Верховный Канцлер отдаёт приказ взорвать не имеющую аналогов по мощности электро-протонную бомбу. Однако активация наряда приносит немного не те результаты, на которые надеялись республиканцы, когда на месте взрыва образуется гигантская воронка, а позже из глубин земель так нужной им планеты восстаёт древнее чудовище

Канцлер приказывает Энакину и Мэйсу доставить пойманное в ходе битвы чудовище на Корусант, чтобы изучить его неуязвимость ради создания непробиваемой брони для республиканской армии. Однако решение привезти самое опасное в галактике существо на самую густонаселенную планету оказывается не самым удачным, особенно когда попытка канцлера умертвить зверя ради ускорения процесса синтезирования защитной экипировки приводит к трагическому результату. Между тем Кеноби, радеющий за сохранение жизни уникального образца фауны и возвращение его на родину, оказывается перед нелёгким выбором.

Заслужив немного отдыха после затяжных боёв и готовясь к встрече с фрегатом Республики, Энакин с Мэйсом не подозревают о смертельной угрозе, подстерегающей джедаев в рядах их же воинов. Как ни странно, опасность исходит от одного из вновь прибывших кадетов, который оказывается совсем не тем, за кого себя выдаёт. Вместе с нанятыми им охотниками за головами, неизвестный становится настоящей проблемой для всего флота, однако целью юноши являются лишь один человек, призванный быть жертвой отмщения за давнее преступление, когда-то совершённое на глазах у малолетнего мстителя.

Потеряв связь с совершившим аварийную посадку адмиралом, джедаи, при поддержке отряда спасателей, отправляются на поиски выживших. Обнаружив корабль, Мэйс разгадывает мотивы неизвестного злоумышленника, в то время как Энакин чудом избегает смерти от рук малолетнего преступника, однако вскоре вместе с товарищем попадает в его ловушку. Теперь жизни джедаев полностью зависят от верного робота R2, который должен успеть сообщить о произошедшем на базу, пока Боба с наёмниками не закончили начатое.

Аурра используют заложников, чтобы принудить Мэйса к встрече с ними на своих условиях, что приходится не по душе юному преступнику. Между тем, пока их товарищи восстанавливаются после произошедшего, Тано с Пло Куном отправляются на поиски Фетта, для чего спускаются за подсказками на нижние уровни подземелий планеты. Синг, между тем, решает сделать остановку во владениях старого знакомого на Флорруме, где и устраивает ловушку для следующих по их с Бобой следам джедаев, однако это решение оказывается ошибочным.

На планете Камино, где создаются и тренируются клоны, обучением руководит генерал Шаак Ти, при поддержке специально нанятых охотников за головами. Чтобы стать совершенными солдатами, кадеты проходят множество физических и психологических тренировок, прежде чем будут готовы отправиться на войну. Однако не все клоны одинаковы и в каждой партии случается брак, который ссылают в специальный отряд для обслуживающего персонала. Судьба пятерки не способных работать в команде, но упорных бойцов, висит на волоске и только от них зависит, смогут ли они стать солдатами или их ждёт более печальная участь.

Сокрушив республиканский аванпост, Гривус с Вентресс приступают к вынашиванию плана атаки на республиканские фабрики по созданию клонов. Тем временем, Энакину с Оби-Ваном удаётся перехватить закодированное послание генерала, благодаря которым они раскрывают коварный замысел неприятеля. Целью преступников становится уничтожение ДНК прототипа клонов, без которой дальнейшее производство солдатов окажется невозможным. Вчерашняя команда бойцов-клонов возвращается на планету, чтобы защитить родину от вторжения неприятеля, пусть даже ценой собственной жизни.

Неприятель начинает планомерное завоевание планеты Рилот, отрезав любую возможность подкрепления со стороны республиканцев. Несмотря на совместные усилия Чама Сендуллы и джедая Има-Ган Ди, сопротивление редеет на глазах под напором армии дроидов. В надежде склонить короля нейтральной планеты Катуунко к помощи сопротивлению Рилота и поставке им провизии, Совет поручает вести переговоры сенатору Органе и представителю Бинксу, в то время как Лотт Дод пытается уговорить правителя Тойдарии не отклоняться от своей нейтральной позиции. Чья же сторона одержит победу?

На этот раз в шатком положении оказывается Пантора, чей новый глава Папаноид, вовлекается в опасную политическую игру, когда стараниями Торговой Федерации система оказывается в блокаде и все торгово-рыночные отношения с ней приостанавливаются. Находясь в изоляции от остального мира, панториане начинают высказывать недовольство недостаточным участием Сената к их беде. Между тем Папаноид получает от графа заманчивое предложение о помощи при условии присоединения к его альянсу, в то время как неизвестные похищают дочерей Папаноида, что ухудшает и без того сложную ситуацию.

Отвоевав право на нейтралитет Мандалорской системы, Крайз обнаруживает, что оказалась сторонней наблюдательницей, неспособной обеспечить собственный народ всем необходимым. Ввоз продуктов осуществляется только на чёрный рынок, в результате чего Сатин приходится противостоять миру алчности и жадности. Надеясь хотя бы частично нейтрализовать волнения, нарастающие в столице планеты, герцогиня приглашает сенатора Амидалу, нанести дипломатический визит, когда вспышка странной болезни заставляет её сосредоточится на расследовании этого кажущегося странным случая.

Коррупция поглотила мирную планету Мандалор, и, в условиях тотального дефицита жителям системы приходится прибегать к услугам черного рынка. Отчаявшись спасти свой народ, Сатин просит Падме обратиться в совет джедаев за помощью в борьбе с вышедшей из под её контроля ситуацией. Чтобы разорвать порочный круг коррупции, Йода отправляет в Мандалор Асоку, которая начинает обучение детей лидеров. Её уроки побуждают кадетов провести собственное расследование, в ходе чего молодые лидеры обнаруживают заговор, участником которого оказывается приближённое к герцогине лицо.

Завершив миссию на Мандалоре джедай и его падаван возвращаются в столицу, однако Энакину вскоре приходится вновь отправиться на задание, в то время как оставшуюся на базе Асоку начинают мучить страшные видения о том, что один из злейших врагов Республики - Аурра Синг, всё ещё жива и замышляет недоброе. Когда же сны показывает Тано новую цель Аурры, падавану приходится сделать всё возможное, чтобы видения не сбылись, и близкий ей человек не оказался жертвой коварной охотницы за головами. Однако открытым остается вопрос - кто именно стал заказчиком этого злодеяния?

Пока совет всецело поглощён планированием новых военных действий, преступники бесконтрольно сеют страх и способствуют процветанию коррупции. Джабба Хатт даёт Бэйну новое задание, призванное нанести удар в самое сердце ненавистной ему Республики. Для реализации замысла Джаббы Кэд похищает приближенного к Амидале робота, чтобы после, благодаря извлеченной из его памяти информации, провернуть серьёзное дело по освобождению из республиканской тюрьмы весьма ценного пленника.

Совет поручает Кеноби найти и возвратить беглого Зиро Хатта, дав ему в подмогу джедая с сомнительной репутацией Квинлана Воса. Тем временем, прекрасно зная, что своему побегу он обязан компрометирующим сведениям на семьи Хаттов, Зиро замышляет сбежать и от них, воспользовавшись помощью давней возлюбленной. Однако на этот раз на поиски беглеца отправляются не только джедаи, но и вновь нанятый встревоженными членами семьей Бэйн. Кто же первым настигнет изворотливого беглеца?

Встревоженный бесконтрольными потерями клонов на поле боя, сенат собирается на внеочередное заседание, чтобы обсудить истинную цену войны. Вследствие того, что из-за нескончаемых военных действий Республика стоит на грани банкротства, на повестку дня выносится законопроект об открытии кредитных линий, который, по сути, отменит контроль за действиями Банковского Клана. Пользуясь отсрочкой голосования, Падме с Тано совершают попытку заключить с противоборствующей стороной соглашение о перемирии, в то время как Никс Кард при поддержке графа пытается не дать их планам осуществиться.

После подрыва столичной электростанции на Корусанте, начавшиеся было подвижки к заключению перемирия с сепаратистами рухнули, что заставило членов сената склониться к принятию билля о снятии контроля над банками и запустить создание новых клонов вместе с эскалацией боевых действий. Пытаясь образумить сенат, Амидала лишь провоцирует негодование других членов совета, в то время как канцлеру поступают новости о нападении республиканцев на людей Конфедерации и аннуляцию предложения о мирном соглашении. Но что повлияет на сенаторов сильней - слова Падме или кулаки неизвестных злоумышленников, нанятых Банковским Кланом для убеждения сенаторов в своей правоте?

В системе Салласт начинается новая, жесточайшая битва между республиканцами и сепаратистами, где от лица последних выступает Ассаж Вентресс. Успешно выполняя операции, Ассаж выходит на новый виток Силы, что не проходит мимо внимания Дарта Сидиуса, который видит в ней возможного противника и приказывает Тиранусу уничтожить его ученицу. Однако Вентресс не только переживает предательство, но и задумывает отомстить учителю, в то время как тот, видя в произошедшем на него покушении козни со стороны джедаев, встаёт перед необходимостью взять нового ученика.

Встревоженный своей уязвимостью, граф принимает предложение Матери Талзин предоставить ему воина-мужчину из племени Дарта Мола. Обрадованная тем, что Дуку клюнул на наживку, Ассаж ставит себе задачей найти и преобразить лучшего воина планеты, для чего устраивает смертельные состязания среди мужчин знаменитого племени, победитель которых, с помощью магии ведьм, превращается в беспощадную машину для убийств, послушную приказам своей повелительницы Вентресс.

Джедаи узнают о новой угрозе - таинственном воине неприятеля, недавно убившем джедая и его юного падавана на планете Деварон. Найти и обезвредить загадочного убийцу поручают Скайуокеру и Кеноби, в то время как граф начинает обучение Опресса основам тёмной силы. Вскоре Тиранус даёт ученику новое задание, но на этот раз тот не оправдывает доверия учителя, что даёт Ассаж шанс осуществить свой план мести. Однако в ходе нападения на графа обнаруживается неожиданная деталь, изменившая ход событий и сорвавшая план Вентресс.

Странный сигнал из неизвестной системы на окраине дальнего рубежа, содержащий древний джедайский сигнал бедствия, заставляет Йоду отправить Кеноби, Скайуокера и Тано на разведку. Однако прибыв на место перехвата сигнала, джедаи внезапно оказываются в странном месте, где узнают о причине своего здесь нахождения - оказывается, она кроется... в Энакине. Единственный, кто способен сохранить равновесие светлой и тёмной сил этой планеты, Скайуокер должен сделать непростой выбор, в то время как Оби-Ван получает предупреждение от человека из прошлого.

Джедаи пытаются покинуть странную планету, однако их планы рушатся, когда Сын, надеясь заручиться поддержкой Скауокера, захватывает в плен Асоку, впустив в неё Тёмную Силу. Видя бессилие слабеющего Отца, Кеноби пытается заручиться поддержкой Дочери, которая показывает Оби-Вану способ контролировать Сына. Энакину, между тем, предстоит сражение с собственным падаваном, в то время как Сын с Дочерью вступают в собственное противостояние, которое окончится не в пользу одного из них.

Застряв на планете из-за поломки корабля, Энакин решает ещё раз поговорить с Отцом по поводу возросшего влияния Сына, который, тем временем, продолжает переманивать Скайуокера на тёмную сторону с помощью видений о его будущем. В ответ на его попытки Отец, Асока и Кеноби делают всё, чтобы помешать тёмной стороне завладеть мужчиной, в то время как Сын завладевает единственным, что способно уровнять его силы в противостоянии Отцу. Битва между силами вспыхивает вновь, но кто же выйдет из неё победителем?

Перехватив возвращающегося с опасного задания на Дальнем Рубеже магистра-джедая Эвена Пиелла, неприятель берёт его в плен с целью завладеть ценной информацией о тайной линии связи в гиперпространстве. Чтобы спасти Пиелла, совет готовит секретную миссию по проникновению в самую неприступную тюрьму врага под названием "Цитадель". Входящий в группу спасения Энакин ввиду сложности миссии решает не рисковать своим падаваном, однако в планы Тано не входит упустить такую возможность развить свои навыки, которые приходятся как никогда кстати после того, как команды возникают непредвиденные трудности.

Выбраться из Цитадели оказывается не так просто, как предполагалось, там более, что для спасения джедаям пришлось разделиться. R2 вынужден посадить корабль в самом сердце тюрьмы, что даёт главе охраны, командиру Собеку, преимущество, однако нововведение робота помогает захваченным джедаям вновь оказаться на свободе. Тем временем пытающийся добраться до товарищей и корабля Энакин вступает в словесное противоборство с генералом Таркином, сомневающемся в эффективности методов джедаев относительно реалий войны.

Оставшись без летающего аппарата, джедаи запрашивают помощь Совета в эвакуации с планеты, однако, чтобы достичь места встречи с отправленными за ними крейсерами, спасательному отряду придётся сразится не только с роботами неприятеля, но и с неведомыми животными, выведенными специально для охраны Цитадели. В ходе нескончаемых сражений с пытающимися остановить их дроидами, Тано становится свидетелем трагедии, сделавшей её ценнейшим членом миссии, а также у Асоки появляется шанс изменить мнение генерала Таркина по поводу пригодности джедаев в битвах.

Расположенная на важном гипермаршруте планета Фелиция оказывается втянутой в войну. Когда генерал Гривус присылает подкрепление, джедаям для успешной атаки новоприбывших войск приходится разделиться, в ходе чего Тано оказывается схваченной традоншанами, ищущими добычу для будущей охоты на одном из принадлежащих им островов. Встретив на острове таких же, как она, падаванов, Асока пытается склонить новых знакомых к совместному противостоянию охотникам, в то время как Энакину приходится прислушаться к своим товарищам по оружию, решившим прекратить поиски девушки.

Пытаясь спастись от решительно настроенного прикончить убийцу своего сына традоншанина, Тано с товарищами по несчастью атакуют один из кораблей с пленниками и получают подмогу в лице неожиданного союзника. Сумев с его помощью настроить связь с ближайшей планетой, пленники вступают в открытый бой со злодеями, чтобы не только выбраться с ненавистного острова, но и, освободив всех оставшихся на кораблях негодяев пленников, покончить с варварскими методами охоты не ведающих сострадания ящеров.

На водной планете Мон-Каламари растёт напряжённость между воинственными кальмароподобными кворренами и миролюбивыми мон-каламари, которая обостряется после убийства короля планеты неизвестными, и передачи власти его малолетнему сыну, не имеющему авторитета среди квореннов. Для мирного урегулирования ситуации на планету пребывает Падме с джедаем-телохранителем, но, став свидетелем разжигания межрасовой распри послом сепаратистов, Амидала просит помощи у Совета джедаев. Однако пока подкрепление от республиканцев не прибыло, сенатору и её помощнику необходимо сделать всё, чтобы уберечь юного приёмника короля от покушения на его жизнь.

Застигнутые врасплох неожиданным нападением сепаратистов и присоединившихся к ним квореннов, принц Ли-Чар и его защитники находят тайное убежище под городом, что даёт графу и его новым союзникам возможность построить план дальнейших действий. Не в состоянии выслать ещё одну армию клонов, Йода предлагает найти ближайших к Мон-Каламари союзников, способных оказать помощь попавшим в ловушку джедаям и принцу. Выбор мастера-джедая падает на жителей планеты Набу - гунганов, которым Амидала и джедаи не раз помогали в трудных ситуациях. Но способны ли гунганы противостоять кворренам и графу?

После пленения остальных джедаев Тано оказывается единственной защитницей Ли-Чара, вместе с которым продолжает укрываться под городом. Граф, тем временем, приказывает Риффу Тамсону использовать любые средства, чтобы выманить принца и его телохранителя из укрытия и уничтожить последнюю надежду народа мон-каламари. Вскоре Ли-Чар принимает рискованное решение вернуть расположение кворренов, и, объединившись с ними против завоевателей, дать последним бой. Для реализации задуманного принц и Асока отправляются в лагерь военнопленных поговорить с капитаном Джиалом Акбаром, в то время как Носсору Ри открываются истинные намерения сепаратистских "союзников".

Окутанная паутиной войны, галактика продолжает разделаться на противоборствующие стороны, где планеты становятся пешками в этой опасной и непредсказуемой игре. Очередной целью неприятеля становится планета Набу, где нестабильность ситуации сказывается на отношениях между жителями суши и подводной расой - гунганами. Слухи о том, что последние помогают неприятельским войскам в планирующемся нападении на Тид, вынуждают Амидалу и сопровождающего её Скайуокера срочно отправиться на родную планету, чтобы поговорить с боссом Лиони и разобраться в ситуации.

Расположенная на Среднем Кольце планета Алин поражена непрекращающимися разрушительными землетрясениями и теперь жизни оставшихся в живых жителей планеты полностью зависят от восстановления былого уклада до внезапно начавшихся природных катастроф. Джедайский флагман, на пути к местоположению очередного военного задания, должен оказать гуманитарную помощь пострадавшим алинцам. Однако по прибытию обнаруживается, что местным жителям необходимы не только запасы еды и питья, но и более серьёзная помощь. Выполнить поручение отправляются два верных Падме дроида - C-3PO и R2-D2, которых ждёт неожиданное приключение в рамках миссии по спасению жителей от неожиданной угрозы.

После успешного разрешения кризисной ситуации на планете Алин, роботов забирают люди с крейсера магистра-джедая Ади Галлии, отправляющегося назад на республиканскую базу, однако вскоре на корабль совершается разрушительное нападение со стороны неприятеля. C-3PO, стараниями верного друга, совершает рискованную попытку спастись, используя один из боевых самолётов, однако, на пути к спасению, роботам придётся посетить ещё ни одну малоизученную планету и пройти немало испытаний и приключений, прежде чем наконец-то возвратиться домой

В ответ на ужесточение контроля неприятелем жизненно важных маршрутов поставок, республиканские войска наносят удар по отдалённой туманности, добиваясь доступа к стратегически важной для Республики системе Умбара. Прорвав блокаду сепаратистов, войска пытаются закрепиться в этом сумрачном мире, однако в ходе операции по захвату столицы Скайуокера срочно отзывают на Корусант, в то время как место командира батальоном занимает генерал-джедай Крелл, который оказывается невысокого мнения о воинах-клонах.

Из-за опрометчивой стратегии импульсивного генерала Крелла, капитану Рексу приходится вместе со своим взводом спешно отступить, терпя сокрушительное поражения и неся значительные потери. С огромным трудом удерживая позиции, Крелл получает сообщение от Кеноби с просьбой захватить расположенную неподалёку авиабазу. Однако, несмотря на то, что база оказывается под усиленной охраной, а поддержки с воздуха не предвидится, генерал вновь рискует батальоном, ради достижения цели посылая воинов на верную гибель. Смогут ли клоны захватить так необходимый республиканцам стратегически важный объект, сохранив при этом собственные жизни?

Среди клонов крепнет недоверие к генералу и его стилю командования, что приводит к расколу между некогда дружными воинами. Тем временем от Кеноби поступают тревожные новости о новом способе противника получать боеприпасы, что заставляет Крелла принять новое рискованное решение и отдать приказ своему войску о немедленном нападении на столицу. Понимая, что на этот раз удачного стечения обстоятельств для победы будет недостаточно, несколько солдат идут на риск, нарушая приказ для повышения шансов на удачный исход событий.

Несмотря на успех предпринятых бойцами действий, генерал приказывает отдать изменников под трибунал, а чуть погодя принимает решение вообще не тратить время на обвинения, а просто ликвидировать бракованных, по его мнению, солдат, отдавая капитану Рексу приказ приготовить взвод для казни. Одновременно, чувствуя, что недоверие подчинённых к нему растёт, Крелл, получивший новое сообщение об угрозе, посылает войско на новое сражение, итог которого вскрывает истинный замысел жестокого и презирающего клонов генерала.

Паутина войны окутывает миролюбивую планету Кирос, жители которой, никогда не имевшие дела с оружием, волей обстоятельств вынуждены делать выбор в пользу одной из сторон. Несмотря на попытки Йоды склонить жителей планеты на сторону республиканцев, тем приходится принять условия прибывших раньше сепаратистов и покинуть планету, отправившись в "предложенное"Дуку убежище. Спешно прилетевшим на планету Кеноби и Скайуокеру с падаваном необходимо не только вступить в сражение с войсками неприятеля, но и выяснить, куда именно исчезло местное население.

Узнав, что все до одного колонисты Кироса были насильно отправлены в империю работорговли Зайгеррию в качестве товара, джедаи незамедлительно отправляются вслед за похитителями с целью освободить несчастных и вернуть их на родину. Для осуществления задуманного, Скайуокер берёт на себя отвлечение внимания королевы империи, Мираж Скинтел, перевоплотившись в работорговца и сделав Тано своей рабыней. Однако способны ли джедаи победить могущественную правительницу и её высококлассных воинов-работорговцев?

Попав в плен к королеве Скинтел, джедаи пытаются приспособиться к жизни в оковах и придумать план освобождения, в то время как граф получает приказание расправиться с Мираж в случае неповиновения сепаратистским требованиям по уничтожению находящихся у неё в плену джедаев. Вместе с высказыванием Скайуокера о том, что она сама является в повиновении у сепаратистов, приказ графа открывает королеве глаза на истинное положение дел, что даёт Энакину шанс получить информацию о местонахождении Кеноби и пленных жителей Кироса, положение которых становится хуже с каждым днём...

Пытаясь положить конец галактическому конфликту, представители враждующих сторон решают организовать первую в истории официальную мирную встречу на территории планеты Мандалор. На переговоры возлагаются огромные надежды, что приводит к все возрастающему напряжению. Однако незапланированное появление на встрече сына погибшей подруги Амидалы Бонтери Лакса вызывает недовольство со стороны сепаратистской стороны и заставляет прибывшую с Падме Асоку встать на защиту юноши, однако её инициатива втягивает девушку в опасный план Лакса по отмщению виновнику гибели Мины.

Разработавший план похищения канцлера лидер сепаратистов Морало Ивал схвачен воинами республиканской армии, однако даже после того, как злодей оказался за решёткой, в стенах Корусанта начинают ходить слухи, что план Ивала вскоре осуществиться и без его непосредственного участия. Чтобы обезопасить Палпатина от посягательств неприятеля, совет начинает разработку собственного плана контрмер, и его главной частью становится весьма опасная миссия одного из джедаев, в детали которой посвящены лишь некоторые его собратья по Силе.

Под лучшим прикрытием, которое только можно вообразить, Кеноби сходится с Ивалом, а также помогающим ему Кэдом Бэйном, вместе с которыми Оби-Ван выбирается из тюрьмы и отправляется на планету Нал-Хатта. Справедливо полагая, что Бэйн при первой же возможности избавится от ненужного сообщника в его лице, Кеноби не подозревает, что к тому же по его следам уже летит горящий жаждой мести Скайуокер вместе с верным падаваном. Тем временем в разногласия вынужденных союзников вмешивается третья сторона, заставляя их вновь объединиться ради общей выгоды.

Выполняя секретное задание Совета - раскрыть заговор против Палпатина, Кеноби наконец-то получает доступ в бастион графа. Прибыв на планету Серенно, джедай узнаёт о жестоком состязании между наёмниками за право участвовать в реализации плана Морало. Оби-Ван и Бэйн соглашаются присоединиться к участникам турнира, однако кто сказал, что состязания будут честными? Честолюбие Ивала играет с ним плохую шутку, что делает Оби-Вана лидером среди соревнующихся, в то время как Йода частично подтверждает подозрения Скайуокера насчёт его погибшего друга.

Войдя в состав сформированной после прохождения всех испытаний группы, Кеноби и остальные наёмники, под руководством Бэйна, отправляются на планету Набу, где канцлеру предстоит почтить свои присутствием местный национальный праздник. Теперь, когда и граф, и совет определились со своими целями, момент противостояния неутомимо приближается. Перед Оби-Ваном встаёт непростая задача - играть на два поля, не будучи при этом раскрытым графом, который с самого начала начал подозревать неладное по поводу одного из выбранных им головорезов.

Пережив предательство собственного ученика, Вентресс возвращается на родную планету, где Мать предлагает ей вернуться в их ряды, в то время как граф даёт Гривусу приказание немедленно отправиться на Датомир и уничтожить весь род Сестёр Ночи. Видя прибытие на планету превосходящей их числом армии дроидов, Талзин, с помощью магии Даки создаёт собственное войско из восставших из мёртвых сестёр, а также решает применить тёмные чары, чтобы лично расправиться с Дуку.

Вынужденная скрываться от Дуку, Вентресс отправляется к Внешнему кольцу, где среди изгоев и отверженных начинает искать предсказанный Талзин путь. Случайная стычка в баре выливается в неожиданное сотрудничество с командой охотников за головами под предводительством малолетнего Бобы Фетта, который подрядился на, казалось бы, непыльную работёнку по защите перевозимого в поезде секретного груза. Однако в процессе перевозки странного сундука группе придётся противостоять не менее опасным мародёрам, которых оказывается гораздо больше, чем ожидали наёмники и чьи мотивы оказываются весьма неожиданными.

Оказавшись меж двух огней в противостоянии Асажж и графа, Саваж едва не погибает, но вернувшись на Датомир и узнав от Талзин о давно пропавшем брате, мужчина обретает новую цель в жизни - отыскать того любой ценой. Следуя знакам, Опресс вылетает на планету Лото-Минор, где, среди мусорных полей, ему придётся заручиться помощью одного из местных, чтобы найти Дарта Мола. Однако достигнув цели, Саваж получает совсем не то, чего ожидал - ведь его брат уже далеко не то существо, которым был когда-то. Тем временем, граф, а позже и джедаи начинают ощущать предчувствие возвращающейся тёмной силы, предотвратить появление которой им не под силу.

Опресс возвращает Дарта Молла на Датомир, где с помощью магии Талзин несчастный не только обретает новые ноги, но и очищает разум от терзающего его безумия. Но даже после очищения, главным чувством, завладевшим Молом, становится желание отомстить когда-то едва не убившему его джедаю, для чего Саваж с Молом захватывают жителей мирной планеты, вызывая Оби-Вана на бой. Однако Кеноби оказывается не единственным, кто желает вступить в битву с братьями - вскоре к нему присоединяется неожиданный союзник в лице жаждущей реванша Вентресс.

Выйдя на внешнее кольцо, Саваж и Дарт Мол начинают сеять хаос, воруя и убивая всё на своём пути. Преисполненные жаждой мести и всепоглощающим гневом, братья используют свой союз для проявления агрессии в самых разных уголках Галактики. Прибывшие на сигнал бедствия джедаи Кеноби и Ади Галлия узнают о новой цели ситхов - захвате пиратской крепости Хондо Онака. Оби-Ван решает объединиться со старым знакомым и дать братьям бой, в то время как партнёрские отношения между Дартом Молом и Опрессом видоизменяются.

Неприятель откалывает от Республики ещё одну планету - Ондерон, которая, под управлением нового короля примыкает к Союзу Независимых Систем. На подмогу планирующим свержение правительства и освобождение планеты от сепаратистских захватчиков отряду мятежников отправляется сразу несколько джедаев, включая Асоку Тано, у которой появляется шанс увидеться со старым знакомым. Задачей джедаев становится наблюдение за ситуацией и обучение повстанцев способам эффективного противодействия сепаратистским войскам.

Под руководством Скайуокера, джедаи успешно подготовили команду повстанцев для борьбы с захватчиками их планеты, что позволило сопротивленцам незаметно проникнуть в укреплённый город Изиз. Следующим замыслом мятежников становится запуск вооружённой кампании для свержения оккупационного режима неприятеля. Видя успехи своих учеников, джедаи возвращаются на Корусант, оставляя Тано главным советником повстанцев. Те же разрабатывают дерзкий план по уничтожению главной электроподстанции, что должно стать первым шагом к свержению захватчиков.

Повстанцы выбирают себе нового лидера, Стиллу Герерра, в то время как, в связи с участившимися нападениями мятежников, неприятель присылает подкрепление для удержания контроля над столицей планеты. Чтобы заручиться поддержкой народа, Стилла организует видеообращение, а нынешний король, тем временем, видя в происходящем происки своего предшественника, решает незамедлительно казнить последнего. Теперь первоочередной задачей повстанцев становится спасение бывшего правителя Ондерона, однако обсуждение стратегии этого дела приводит к расколу в группе, что подвергает опасности жизни мятежников.

После освобождения бывшего правителя и объединения сил с генералом Тандином, Стилла с остальными повстанцами наконец получают поддержку мирного населения. Следующей и главной целью мятежников становится восстановление Дендапа в статусе короля и окончательное свержение подкупленного сепаратистами предателя на его месте, однако стратегия генерала Калани ставит всю миссию под угрозу. Тем временем Совет отклоняет просьбу Тано о помощи, что побуждает Скайуокера найти другой способ помочь падавану, однако даже с новым оружием повстанцам не удаётся избежать жертв на пути к желаемой цели.

Помощь джедаев в непрекращающейся войне неоценима, однако, чем дольше длится противостояние между республиканцами и их неприятелями, тем больше воинов силы гибнет в бесконечных сражениях, в то время как из-за сложности нахождении новых юнлингов пополнять численность джедаев становится всё трудней. Вместе с группой самых способных учеников Тано отправляется в святую святых ордена - планету Илум, где, под руководством Йоды юнлингам предстоит, пройдя нелёгкие испытания, найти составляющие для собственных световых мечей.

Пройдя испытание, юнлинги возвращаются домой, по дороге черпая знания о сборке мечей от дроида-архитектора Хьюянга, когда на их корабль совершает нападение алчный охотник за наживой Хондо Онака и его соратники. Несмотря на приказ Асоки не попадаться пиратам на глаза пока она сама не разрешит ситуацию, будущие джедаи решают дать злодеям бой, который едва не заканчивается трагедией. У Тано созревает новый план противодействия пиратам, но вот только сможет ли она его успешно реализовать?

После того как Тано, волей случая, попадает в плен к Хондо, юнлинги остаются одни на повреждённом корабле. Связавшись с джедаями, они получают приказ дождаться подмоги, однако видя, что помощь со стороны совета задерживается, шестёрка будущих джедаев решает самолично отправиться вызволять Асоку из лап пиратов. Тем временем планирующий отправиться на выручку Тано Кеноби подвергается разгромной атаке со стороны Гривуса, потеряв корабль и оказавшись практически в таком же положении, как и юнлинги.

Освободив Тано, юнлинги отправляются к кораблю, в то время как в погоню за ними устремляются истребители обманутых пиратов. Однако захват беглецов оказывается не единственной проблемой Хондо, когда на базу прибывает сам Гривус, от лица графа желающий насильно присоединить планету к сепаратистскому союзу. Чтобы избежать захвата неприятельскими войсками, начальнику пиратов приходится временно объединиться с пленниками и вызволить Хондо - ведь лишь тому известно местоположение тайного корабля, способного вывезти всех с захваченной планеты.

Совету удаётся перехватить секретное послание для Гривуса, однако у дешифровщиков возникает проблема с распознаванием новой кодировки сообщения. Положение усугубляется тем, что неприятель вскоре должен начать масштабную атаку. Обнаружив местонахождение источника послания, джедаи решают захватить модуль-дешифратор, способный помочь не только раскрыть смысл послания, но и декодировать его, нарушив, таким образом планы неприятеля. Для проникновения в тыл врага совет набирает команду роботов, включая R2-D2, которая, под предводительством полковника Гаскона, должна проявить чудеса конспирации для успешного выполнения миссии.

Успешно выполнив первую часть миссии, половник со своим отрядом отравляются к храму джедаев, чтобы доставить дешифратор, однако столкнувшись со скоплением ледяных метеоритов, кораблю Гаскона приходится экстренно приземлиться на безлюдной и очень жаркой планете. Мучимый жаждой и отчаянием, полковник начинает сходить с ума, в то время как желающие встать у руля власти роботы разделяются. Однако вскоре судьба посылает полковнику знак, помогающий ему найти поселение и надежду на спасение.

Обнаружив воду и поселение на кажущейся безлюдной планете Абафар, Гаскон и его команда роботов настойчиво ищут путь домой, чтобы успешно завершить миссию и доставить совету дешифратор. В поисках нового корабля полковник натыкается на страдающего амнезией клона по имени Грегор, которого он решает использовать в реализации плана по захвату боевого шатла неприятеля. Для этого генерал с помощью R2-D2 помогает мужчине восстановить свою память, в ходе чего случайно узнаёт важные сведения о причине нахождения на планете сепаратистов.

Вырвавшись с планеты, полковник направляет корабль к находящемуся неподалёку республиканскому крейсеру. Однако, по прибытии Гаскон обнаруживает, что крейсер захвачен солдатами неприятеля, которые планируют использовать под завязку нагруженное добытым на Абафаре топливом судно как бомбу для масштабной атаки на космическую станцию в одной из систем, где вскоре должна состояться крупнейшая республиканская стратегическая конференция. Объединившись с оставшимися от республиканцев роботами, команда Гаскона всеми силами пытается сорвать замысел врага, но добьются ли они успеха в своей новой миссии?

Дарту Молу и его брату удалось сбежать от Оби-Вана, и их замысел по созданию преступной группировки практически сорван, однако пока они, полуживые и разбитые, дрейфуют среди космической пустоты, судьба готовит им неожиданный сюрприз. Нашедшие умирающих ситхов члены Дозора Смерти, предлагают потерпевшим объединить усилия ради достижения взаимовыгодных целей - уничтожения правящей Мандалором графини Сатин и её главных союзников, джедаев во главе с ненавистным Дарту Молу магистром Кеноби. С помощью Силы, они обзаводятся армией из самых опасных рас галактики, однако узнав об истинных планах братьев Пре Визсла решает разработать собственный план по их устранению после получения желаемого.

На тайной базе заговорщики готовятся к атаке на столицу Мандалора, Сандари, но вместе с Мандалором под угрозой оказывается и судьба всех остальных нейтральных систем, ведь Дарт Мол верными шагами приближается к созданию собственной тёмной империи. Всё задуманное Пре Визслой проходит удачно, как и предполагалось, только вот самоуверенный лидер Дозора Смерти и не подозревает, что у Дарта Мола тоже есть свой тайный план по устранению возможного предателя и помехам его грандиозным замыслам.

Дарт Мол и Опресс начинают управление Мандалором руками премьер-министра Алмека, расширяя своё влияние на всё большее количество нейтральных систем и планет. Отстранив Ночной дозор от власти и обманув бдительность джедаев, Дарт Мол успешно воплощает свой замысел по созданию огромной преступной империи, в то время как горстка сохранивших верность герцогине подданных всеми силами пытается освободить Сатин из заключения. Благодаря отделившимся от присягнувшему Дарту Молу Дозора Смерти людям Сатин успевает передать Кеноби сообщение о ситуации на планете, но из-за лояльности джедаев Оби-Вану приходится в одиночку отправиться спасать любимую...

Неприятель выбирает целью для атаки планету Кейто-Неймодия, вынуждая Скайуокера с падаваном, а также эскадрилью истребителей срочно отправиться на помощь местному населению. Однако, не успев приземлиться, Энакин получает срочное сообщение от Йоды о взрыве в храме джедаев. Подозревая, что подрывником мог быть кто угодно, Йода просит расследовать это дело отсутствовавших во время происшествия, и поэтому оказавшихся вне подозрений, Тано и Скайуокера. С помощью робота-аналитика Руссо, Энакин и Асока начинают расследование, но удастся ли им найти настоящего террориста?

После выяснения личности террориста джедаи стремятся вернуть жизнь в храме в привычное русло, но сперва им предстоит похоронить погибших товарищей. Тем временем по приказу канцлера Летту переводят в военную тюрьму, находясь в которой та вскоре просит аудиенции Тано, желая раскрыть ей имя настоящего организатора преступления - некоего джедая. Однако ситуация складывается не в пользу Асоки, которая теперь обвиняется в убийстве и оказывается в заключении в той же самой тюрьме. Пока Энакин пытается добиться встречи с падаваном, неизвестный втягивает Тано в ещё большие неприятности, заставляя девушку пуститься в бега.

Не без "помощи" таинственного недоброжелателя бежав из тюрьмы, Асока решает самостоятельно выяснить правду и доказать свою невиновность. Девушка отравляется на дно города, где заручается помощью старой неприятельницы Асажж Вентресс в поисках подставившего её негодяя. Однако Тано и не подозревает, что её доверчивость вскоре сыграет с ней злую шутку и опасаться нужно совсем не врагов.

Тано предстаёт перед судом джедаев, которые изгоняет её из ордена и передают дело девушки в Республиканский Суд для дальнейшего следствия. В то время как Амидала берёт на себя роль защитницы Асоки в суде, Энакин оправляется на поиски Вентресс, разговор с которой даёт ему зацепку к истинному виновнику всех происшествий. Однако, даже будучи оправданной после обнаружения террориста-джедая, сможет ли Асока вернуть утраченное ей доверие к отвернувшемуся от неё Совету?

Республиканские силы увязли в жаркой схватке с бесчисленным войском дроидов на одной из космических станций. Уже который день Скайуокер и его воины отражают атаку за атакой, но пока победа не достается ни одной из сторон. На подмогу Энакину прибывают джедаи-близнецы, сёстры Типли и Типлар, благодаря смелому марш-броску которых остальные войска воодушевляются на решающую атаку неприятеля. Однако, когда один из клонов намерено убивает одну из сестёр, Скайуокер, в рамках расследования этого дела, отправляет того на планету Камино. Там он надеется найти разгадку странного происшествия, однако по дороге на корабль совершается нападение...

Вырвав Кувалду из лап неприятеля, Скайуокер отправляет с ним двух самых проверенных бойцов - Рекса и Пятерню, которые должны проследить за благополучной доставкой клона на фабрику клонов в Камино. Последний оказывается в карантине рядом с товарищем, и, пока глава центра клонирования Нала Си и джедай Шаак Ти решают каким именно образом выявить поразившее клона нарушение нервной системы, Пятерня, заручившись поддержкой робота-медика, делает собственный выбор, тем самым едва не раскрыв тайну объединяющую работающих на планете каминоанцев и лорда Тирануса.

После смерти Кувалды Пятерню сажают под арест, в то время как извлечённая по инициативе опухоль оказывается единственным ключом к раскрытию причины поразившего клона загадочного недуга. Узнав, что Шаак Ти, в обход приказа канцлера, намерена сначала забрать останки клона, включая опухоль, в храм джедаев, Нала Си совершает рискованный поступок, чтобы оставить кейс себе, в то время как узнавший о втайне уготованной ему участи Пятерня, решает взять дело в свои руки и лично исследовать происхождение чипа, привлекая к расследованию уже знакомого ему робота.

Несмотря на заверения Налы Си о безвредности внедряемых чипов, Шаак Ти позволяет несогласному с этим утверждением Пятерне доказать свою правоту лично верховному канцлеру, отправившись с ней и останками Тапа на Корусант. Однако, стараниями высказавшей желание сопровождать их Налы, Пятерня оказывается виновником покушения на самого Палпатина, что вынуждает клона пуститься в бега. Подозревая неладное из-за того, что джедаев не привлекли к поиску беглеца, Скайуокер, с разрешения совета, берётся расследовать это дело.

Нарастание военных действий между противоборствующими сторонами лишает родины множества людей, которые вынуждены покинуть родину и обратиться к сенатору Амидале за помощью. Вся надежда - на планету Скипио и Банковский клан, который, пытаясь сохранить независимость от обеих сторон, выводит все свои операции в нейтральную зону около главного хранилища. Хотя для проведения банковских операции Скипио должна сохранять нейтралитет, Республика начинает сомневаться в способности Банковского клана поддерживать экономику в дальнейшем. Прибывшая на планету Падме сталкивается со старым знакомым Рашем Кловисом, который просит Амидалу помочь ему раскрыть коррупционный заговор людей клана.

Узнав о Кловисе и украденных файлах, члены Банковского клана сообщают о произошедшем Дарту Сидиусу, в то время как прибывшие на Корусант сенатор со спутниками докладывают канцлеру о ситуации со счетами на Скипио. Канцлер поручает Падме расследовать это дело в паре с Кловисом, что сразу же вызывает ответную реакцию Энакина, ставящую под угрозу отношения между супругами. А между тем граф получает приказ помочь Рашу получить место главы Банковского клана, тем самым вернув его преданность сепаратистам.

Получив поддержку с обеих сторон Раш Кловис избирается новым лидером Банковского клана и отправляется на Скипио на церемонию передачи полномочий. Однако вскоре Дуку начинает шантажировать Раша, делая его пешкой в своих стратегических планах и делая общеизвестной его верность сепаратистской стороне. Сопровождавшая Кловиса на церемонии Падме оказывается в ловушке, что вынуждает Сенат незамедлительно отреагировать, а Энакина - отправиться вызволять любимую из плена.

Война угрожает древним традициям народа Бардотты - загадочно исчезли духовные лидеры народа, без которых система жизненного строя впала в пучину анархии. В отчаянье, королева Джулия обращается в Сенат с неожиданной просьбой спасти её подданных от горькой участи, уверяя, что лишь одному существу под силу ей помочь - и этим существом является не кто иной как... Джа-Джа Бинкс. Вопреки её настоянию, с Бинксом в путешествие отправляется магистр Винду, которому придётся поторопиться в раскрытии тайны исчезновений, ведь следующей пропавшей становится... сама королева.

Королева Джулия вероломно похищена, и у Бинкса с Винду есть совсем немного времени, чтобы отыскать правительницу до того, как зловещее пророчество вступит в силу. Кровожадные поклонники бога войны готовы захватить власть в правительстве планеты, что приведёт к хаосу, смертям и разрушению всей планетной системы. Союзникам придётся преодолеть немало самых разных препятствий на пути к спасению королевы, ответственной за похищение которой, как выясняется, становится уже знакомая некоторым джедаям чародейка с далёкой планеты.

Получив сигнал бедствия, Совет джедаев отправляет магистра Пло Куна выяснить его происхождение. Удаётся установить, что сигнал исходил от корабля, принадлежащего давно считавшемуся погибшим джедаю Сайфо-Диасу. С трудом отыскав обломки корабля на пустынном спутнике планеты Оба-Диа, Пло Кун обнаруживает принадлежащий джедаю световой меч, что вынуждает Совет провести новое расследование, касающееся засекреченных Сенатом обстоятельств смерти Сайфо-Диаса. Кеноби со Скайуокером отправляются на планету Фелуция, где, предположительно, и был убит мастер-джедай, чтобы выяснить, что же на самом деле с ним случилось и почему он ещё при жизни отдал приказ о создании клонов.

Узнав о хитрой стратегии графа, использовавшего погибшего джедая для создания клонов в будущей войне, совет вынужден хранить это знание в секрете. Теперь, перед собранием Совета джедаев, где будет обсуждаться вопрос о мотивах случившегося, магистр Йода пытается сконцентрировать свой разум на поиск ответа. Однако, когда с магистром начинает вести диалог давно умерший джедай Квай-Гон Джинн, Йода впадает в смятение, пытаясь выяснить, кто же именно стоит за столь искусным манипулированием его сознанием?

В поисках того, что расширит его сознание и раскроет премудрости силы, о которых он до этого и не подозревал, Йода отправляется на край космоса, к неизведанной и древней планете. Встретив там сестёр-жриц, управляющих потоками энергии, джедай начинает обучение сохранению жизни после смерти, но, чтобы овладеть такими небывалыми знаниями, джедаю придётся преодолеть все тайные страхи и познать свои тёмные стороны во плоти - гордыню и искушение. Но главное испытание ждёт Йоду впереди - для завершения испытаний ему необходимо посетить древний мир ситхов - планету Коррибан.

Прибыв на Коррибан - наполненную Тёмной Силой планету ситхов - Йода достигает старинного святилища, где ситхские владыки приносили в жертву джедаев, и сталкивается с древним злом, решившим взять управление галактикой в свои руки. Тем временем Дарт Сидиус призывает своего ученика, чтобы, воспользовавшись его связью с бывшим учителем, выяснить, зачем тот прибыл на Коррибан и постараться сломить его дух. Сможет ли старейший из джедаев раскрыть тайну личности загадочного лорда Сидиуса и достигнет ли он той вершины просветления, к которой так стремится?

Рекс, Коди и элитный отряд клонов специального назначения, известный также под названием "Бракованная партия", хотят получить алгоритм стратегии Республики у адмирала Тренча. Ужасающая правда вмешивается в планы героев и может положить бесславный конец этой операции. Чтобы добиться успеха, команде придется проникнуть на базу врага на Анаксесе.

Рекс уверен, что рядовой Эхо может быть до сих пор жив, поэтому миссия по его обнаружению становится вдвойне важнее. Вместе с Бракованной Партией и Энакином Скайуокером капитан клонов начинает опасную и тайную спасательную операцию. Когда вся компания добирается до места назначения, героев ожидает шокирующее открытие.

Когда Эхо спасён и приходит в себя, Рекс, "Бракованная Партия" и Энакин Скайуокер начинают искать пути отступления, которые должны привести героев к базе сепаратистов. Удастся ли команде найти безопасное место в непосредственной близости от врага? Пробиваясь на свободу, герои вынуждены вступить в ещё одну схватку, чтобы защитить жителей маленькой деревни.

Заполучив информацию о стратегии сепаратистов, Республика планирует нанести решающий удар по силам Империи в битве за Анаксис. Ситуация вновь объединяет Рекса, "Бракованную Партию" и Энакина Скайуокера, которые могут сыграть значительную роль в ходе сражения. Но стоит ли доверять информации от Эхо, который так долго находился в плену у врага?

Таинственная поломка спидера Асоки приводит героиню в подземный мир Корусанта. Здесь она встречает Трейс из близлежащего ремонтного дока, которая предлагает свою помощь в починке транспорта, но стоит ли Тано доверять новой знакомой? Ситуация обостряется, когда в гараже появляются кредиторы гостеприимной женщины, и Асоке приходится вмешаться в их разговор.

Со временем Трейс и Асока начинают сближаться, и Тано становится известен большой секрет сестёр Мартес. Неожиданно для героини новые знакомые втягивают её в опасное приключение, которое включает пересечение военной зоны, далёкое путешествие и столкновение с преступными синдикатами галактики. Сможет ли Асока справиться с ситуацией и вовремя использовать Силу?

Пребывая в заключении синдиката Пайк на планете Оба Диа, сёстры Мартэс и Асока Тано продолжают спорить о решениях, которые привели их в тюремную камеру. Когда Асока намекает на свои способности, Рафа рассказывает героине историю, из-за которой сёстры недолюбливают джедаев. Узнав правду, Асока решает спасти девушек любой ценой.

Асока и сёстры Мартэс разрабатывают новый план побега, но у Тано есть ещё одна идея: она добровольно остаётся в заключении в обмен на свободу для подруг. В это время за цитаделью следят три мандалорца. Снова оказавшись на своём корабле, Рафа и Трэйс в свою очередь решают помочь Тано, но удастся ли сёстрам провернуть операцию в одиночку?

Когда осада генерала Гривуса начинает зажимать героев в тиски, Совет Джедаев отправляет посланников за помощью на другие планеты. В это время Оби-Ван Кеноби и Энакин Скайуокер руководят обороной, но неожиданное радиосообщение заставляет их обратить свое внимание на другую важную задачу. Сможет ли Асока Тано с помощью друзей довести дело до конца?

Наступает время решающей битвы, и Асоке Тано, пережившей непростое приключение вдали от друзей, предстоит вести армию клонов Республики против сил Мола на Мандалоре. Удастся ли героине в очередной раз проявить себя и оправдать надежды командования? В это время Мол начинает ощущать приближение хаоса и продумывает способы остаться в живых.

Героям удаётся с победой завершить осаду Мандалора, и Маул оказывается у них в плену. Однако, зло не дремлет и продолжает свою тёмную работу где-то ещё, а галактика никогда не станет прежней. Совет Джедаев вызывает Асоку, а на борту космического корабля происходит совещание о будущем ордена, судьбе Гривуса и угрозе, которую несёт Палпатин.

Асока и Рекс заперты в медицинском блоке Звёздного Разрушителя, и героям предстоит разработать план, как сбежать. В это время Мол проникает в зал гипердвигателя, убивая всех встречных штурмовиков. Герои каждый по-своему прокладывают путь по кораблю, но в итоге встреча добра и зла в лице Асоки Тано и Мола оказывается неизбежна.