Buscando la alianza Toydariana, Yoda viaja a una luna neutral para encontrarse con el rey Kattunko. Sin embargo, Dooku y las fuerzas separatistas interceptan la nave de Yoda, obligándole a evacuar en una cápsula de escape. Asajj Ventress propone una apuesta: mandar a sus mejores tropas para asesinar a Yoda y a los 3 clones que lo acompañan. Si Yoda vuelve con vida, el rey de Toydaria se unirá a la República; pero si muere, se unirá a la causa separatista. Al final, el maestro Yoda regresa con vida y el rey se une a la República al ver que no fue justo ya que Ventres hizo trampa.

Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape.

Anakin y Ahsoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing del Escuadrón Sombra contra el Malevolencia, el cual se dispone a atacar una estación médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el propósito de llegar antes, Anakin guía al Escuadrón Sombra a través de una nebulosa repleta de mantarrayas gigantes. Ahsoka, Anakin y sus tropas llegan a tiempo y resuelven en lugar de disparar al puente del Malevolencia, que su blanco sería el cañón de iones porque vieron que la estación médica no iba a poder evacuar sus pacientes a tiempo. Logran destruirlo y salvar la estación y a sus pacientes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

La falta de soldados de la República ha obligado a jóvenes clones a participar en la guerra antes de terminar su entrenamiento intensivo. Aprovechando la situación, Grievous lanza una invasión a Kamino, para lo cual antes requiere invadir una base en una luna. Cuando el grupo de reclutas que la controla se ve obligado a escapar, el capitán Rex y Cody llegan para hacer una inspección. Tras darse cuenta de lo ocurrido, se encuentran con los reclutas supervivientes y se disponen a defender la base. Tras darse cuenta que no podrán mantener posesión de la base la destruyen para así alertar a la flota republicana del ataque separatista.

Justo cuando Grievous se dispone a atacar la flota de Anakin, este lo embosca con ATTEs detrás de los asteroides que Grievous creía que lo protegían. Ante la caída de sus naves, Grievous se da a la fuga. Anakin intenta perseguirlo, pero un fragmento de metal se entierra en su nave, haciéndola salir de control y estrellándose en los asteroides. Cuando este despierta en el puesto médico del crucero de la república que fue atacado por Grievous, Ahsoka le informa que R2-D2 está perdido en acción. Anakin informa a Obi-Wan sobre el problema: la memoria de R2 aún contiene las localizaciones de sus bases y tácticas de guerra. Para evitar riesgos, Obi-Wan ordena a Anakin que busque a R2 y Ahsoka le consigue un R3 de reemplazo.

R2-D2 logra enviar un mensaje a la nave de Anakin. Mientras tanto el tradoshano lleva a R2 a la estación de espionaje Skytop. Anakin y Ahsoka se infiltran en ésta: Anakin va en busca de R2 y Ahsoka y Rex son atacados por Grievous quien fue alertado por R3 (quien era un espía).

Padmé se dirige en una misión democrática a Rodia, pero es traicionada y emboscada. El virrey mismo ha llegado al planeta para ejecutarla, sin embargo, confunde a Jar Jar con un Jedi y ordena a sus droides a asesinarlo. Jar Jar logra escapar pero destruye la nave de Padmé, quien escapa de la prisión tras engañar a los droides. Ahora Jar Jar tendrá que llegar con Padmé mientras C-3PO intenta contactar a la armada y Padmé trata de convencer al líder de Rodia de seguir con la república.

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único sobreviviente.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

En la negociación de rescate del conde Dooku, Anakin y Obi-Wan son tomados prisioneros. Los Jedi y los Sith forman una improbable alianza en un intento de escapar, con Jar Jar Binks como su única esperanza.

Anakin está gravemente herido en la batalla, y la general Jedi Aayla Secura debe enseñar a Ahsoka la filosofía Jedi de no tener ataduras personales. Después la general, Ahsoka y unos clones buscan ayuda médica para el caballero Jedi en el hostil planeta donde se estrellaron, donde hay algunos seres indeseados.

Mientras los Jedis combaten contra una nueva arma Anakin, Aayla y Ahsoka logran instalarse en la aldea lurmen. Los separatistas invaden con una nueva arma, sin embargo, los lurmen deciden no pelear, por lo que los Jedi deben cubrir la ciudad con un escudo y proteger a la aldea.

Anakin y Obi-Wan van a investigar la pérdida de comunicaciones con una base y encuentran a todos muertos. No tardan en descubrir que esto fue causado por una tribu que reclama al planeta como su territorio, y otra especie más civilizada que lo reclama como suyo, ahora los Jedi deben resolver este conflicto, por las buenas o por las malas.

Anakin y Obi-Wan descubren pruebas de que hay un traidor entre sus filas al intentar llevar las fuerzas de la República para liberar al planeta de Christophsis de un asedio separatista.

Padmé y Jar Jar son capturados mientras buscaban un laboratorio secreto separatista de armas biológicas. Anakin, Obi-Wan y Ahsoka van a intentar salvar a sus amigos y poner fin a la liberación de un virus mortal.

El virus de la sombra azul es liberado, infectando a Ahsoka, Padmé, el capitán Rex y muchos clones más. Anakin y Obi-Wan tienen sólo 48 horas para encontrar el antídoto en un planeta misterioso.

Ahsoka desobedece las órdenes de Anakin y pierde la mayor parte de su escuadrón. Entonces Anakin le da una lección de respeto a la autoridad, y la oportunidad de redención.

Para sabotear una poderosa arma separatista, Obi-Wan y una pequeña fuerza clon entran en una ciudad ocupada, y descubren que sus residentes se están utilizando como un escudo viviente.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.

Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendrán la misión de detenerlo.

Anakin y Ahsoka interceptan a la nave de Cad Bane intentando recuperar el holocrón Jedi robado. Pero los Jedi han subestimado las tácticas estratégicas del cazarrecompensas.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realice la última parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

El consejo Jedi le pide a la senadora Padmé Amidala que investigue la posible existencia de un espía separatista en el senado que resulta ser un antiguo amigo el cual intenta seducirla. Anakin va a protegerla, y al llegar envenena a Padmé y Anakin busca el antídoto.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

Anakin Skywalker y Luminara Unduli destruyen un nuevo tipo de tanques enemigos mientras Ahsoka Tano y Barriss Offe se encargan de destruir la fábrica de droides principal.

Durante la búsqueda de la desaparecida maestra Jedi Luminara Unduli, los Jedi quedan atrapados en una antigua prisión subterránea llena de guerreros zombies.

Los gusanos controlacerebros, controlando un grupo de clones, toman la nave de suplementos de la República. Ahora Barriss y Ashoka deberán detener a los clones para no desatar una plaga a nivel galáctico.

Cuando la flota de Eeth Koth es derribada por Grievous, el maestro Jedi es capturado y torturado por el droide. Pero lo que Grievous quiere es atraer a los Jedi y lo logra ya que Obi-Wan, Anakin y Adi Gallia dirigen una misión para salvar al maestro Koth.

Obi-Wan Kenobi encabeza un grupo de soldados clones para buscar el general Grievous. Mientras tanto, Rex se encuentra con un desertor clon llamado Cut Lawquane y comienza a evaluar la razón de su lucha.

Cuando un carterista roba la espada láser de Ashoka, la Padawan recurre al Jedi Terra Sinube, que es experto en el mundo del crimen.

Obi-Wan investiga la posibilidad de que su antigua amiga, la duquesa Satine (supuestamente neutral duquesa de Mandalore), esté involucrada en un complot separatista. De ser así seria una noticia dura para el Jedi puesto a que anteriormente la duquesa le entregó su corazón al maestro Kenobi.

Mientras los Jedi y sus clones tienen que defender la duquesa Satine de los intentos de asesinato, Anakin descubre que Obi-Wan y la duquesa tienen una historia juntos.

En Coruscant, la duquesa Satine es acusada de haber creado un grupo terrorista. La duquesa Satine y Obi-Wan intentan descubrir los verdaderos orígenes del grupo mientras huyen de las autoridades y de un asesino de la "Guardia de la Muerte".

Cuando el senador Onaconda Farr es envenenado, Padmé y Bail Organa buscan al culpable, pero los eventos pronto van a dar un giro peligroso y mortal.

El senador Bail Organa es atrapado en el planeta Cristophsis controlado por separatistas. Anakin y Obi-Wan son enviados allí para rescatar al importante senador galáctico. Pero al llegar se encuentran con el misterioso y malévolo almirante Trench, lo que pone las cosas de un modo muy peligroso, incluso para los Jedi.

Anakin, Obi-Wan y Ashoka deben forjar una quebradiza alianza con cuatro cazarrecompensas para proteger a un granjero local de Hondo Onhaka y su banda de piratas.

En Malastare, los Jedi Anakin Skywalker y Mace Windu prueban una nueva arma. Pero las consecuencias son fatales cuando la bestia Zillo despierta tras las consecuencias de una gran explosión.

La bestia Zillo ha sido trasladada a Coruscant. Se reabre el debate sobre salvar su vida o extinguir la especie para investigar en ella, pero nadie contaba con el poder de la bestia cuando escapa y causa graves desastres en la ciudad. Los Jedi deberán retenerla, aunque Palpatine tiene otros planes para ella.

El joven Boba Fett se infiltra en el acorazado Jedi donde se encuentra el asesino de su padre, Mace Windu. Con la intención de acabar con su vida y la ayuda de Aurra Sing llevará a cabo una terrible trampa asesina.

Cuando un grupo de cazadores de recompensas lleva a Anakin y Mace en una trampa mortal en Vanqor, le toca a R2-D2 advertir a los Jedi y vuelve a Coruscant.

Plo-Koon y Ahsoka persiguen a Boba Fett desde el inframundo de Coruscant al planeta Florrum, donde se encuentran a la cazarrecompensas Aurra Sing, y capturan al niño, en una encarnizada batalla.

Cinco obstinados cadetes clones luchan para completar su formación en el planeta Kamino bajo el esfuerzo de ser hermanos de sangre, tanto por el compromiso por luchar por la República, y son los hermanos en armas del general W.

Cuando la República se entera de un inminente ataque de los separistas en Kamino, Anakin Skywalker y Obi-Wan Kenobi van rápidamente a la defensa del planeta, que contará con la ayuda de la maestra Jedi Shaak Ti, aunque el general Grievous y Asajj Ventress no se lo pondrán nada fácil a los Jedis.

En la segunda batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.

La familia del presidente Papanodia es secuestrada y detenida para el rescate. Ahsoka debe formar su equipo con la senadora de Pantora, Riyo Chuchi, para ayudar al nuevo presidente en la recuperación de su familia antes de que la Federación de Comercio indebidamente pueda influir en el futuro de su planeta.

Padmé, en una misión diplomática a Mandalore, da garantías al pacifista planeta que tiene la protección integral de la República, pero ella y la duquesa Satine pronto encontrarán algo siniestro acechando bajo la serena fachada del planeta.

Ahsoka es asignada a enseñar en una clase en la academia de cadetes de Mandalore. Poco después de que ella llega, el sobrino de la duquesa Satine y sus compañeros de clase descubren un vil complot.

Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarrecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.

En un viaje de compras importantes en Coruscant, C-3PO es secuestrado por el siniestro cazarrecompensas Cad Bane en un complot malvado para liberar a Ziro el Hutt.

El consejo de Hutt está en la búsqueda de Ziro el Hutt, pero no son los únicos. Los maestros Jedi Obi-Wan Kenobi y Quinlan Vos también lo buscan.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatista. Padmé viaja a Raxus Prime, la gran capital de la alianza separatista, a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas están negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado.

Tras el atentado en Coruscant por parte de los droides de Grievous, los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Onaconda Farr luchan contra un nuevo proyecto de ley en el senado para comprar nuevos clones de la República. Pero alguien no le gusta su oposición y trata de persuadirlos a salir de ella con la ayuda de dos cazarrecompensas.

Darth Sidious solicita a Dooku eliminar a su propia aprendiz Asajj Ventress, y entonces ella quiere vengarse de Dooku, regresando con las Hermanas de la Noche, un clan de brujas usuarias del Lado Oscuro.

Cuando el conde Dooku llama a las Hermanas de la Noche buscando un reemplazo para Ventress, ella y sus familiares aprovechan la oportunidad para vengarse. Ventress visita el otro lado de Dathomir y los machos del planeta buscan el guerrero más brutal y poderoso entre ellos. A través de su brujería, las Hermanas de la Noche transforman a Savage Opress, el hermano de Darth Maul, en un monstruoso asesino diseñado para obedecer su nuevo maestro.

Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opress. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia…

Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y Ahsoka Tano se sienten atraídos por el misterioso planeta de Mortis. Mientras Anakin se entera de su destino de una familia de poderosos usuarios de la Fuerza (el Padre, el Hijo y la Hija), que se enfrenta a su desafío más difícil todavía. ¿Podrá traer el equilibrio a la Fuerza?

Cuando los Jedis intentan de escapar de Mortis, Ahsoka es capturada como un señuelo para seducir a Anakin Skywalker a unirse al lado oscuro. Mientras Anakin lucha contra el lado oscuro de la Fuerza, el Padre intenta detener un enfrentamiento entre sus hijos, que amenaza con desequilibrar la Fuerza por completo.

Anakin Skywalker debe elegir entre el lado luminoso y el oscuro de la Fuerza, y tiene una visión inquietante de su propio futuro: Darth Vader. Mientras tanto, Obi-Wan y Ahsoka se preparan para una confrontación decisiva en su esfuerzo por desentrañar los misterios del planeta. Podrán alguna vez escapar de Mortis?

Con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de batalla capturados, un equipo de élite de Jedis y soldados clon encabezados por Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker van en una misión para liberar a al maestro Jedi Even Piell de una prisión separatista.

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Mientras la República se enfrenta a las fuerzas separatistas en el planeta Felucia, la Padawan Ahsoka Tano es secuestrada por un raza llamada Trandoshanos. Ahsoka es llevada a un planeta distante para ser cazada como deporte. Mientras tanto Anakin Skywalker no se dará por vencido e intentará encontrarla.

¡La caza ha comenzado! Ahsoka Tano resguarda a un grupo de jóvenes Padawans atrapados en el planeta Iwasskah, pero recibirá la inesperada ayuda de un legendario Wookiee también capturado. El tiempo se agota mientras los cazadores Trandoshanos se están acercando a su presa.

Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari. El rey de los Mon Calamari es encontrado misteriosamente asesinado, dejando su joven hijo, el príncipe Lee-Char, para guiar a su gente solo. Pero la raza Quarren no acepta el nuevo gobernante como rey de Mon Calamari. La senadora Padmé Amidala y su guardaespaldas Jedis Anakin Skywalker intentarán resolver el problema.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora. Con sus ejércitos capturados y sus amigos en prisión, la situación parece sin esperanza para el príncipe. El conde Dooku ordena a su siniestro agente Riff Tamson que utilice los medios necesarios para sacar al príncipe Lee-Char fuera de su escondite, ya que sabe que se mantendrá la esperanza mientras el príncipe esté vivo.

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.

Todo el planeta Mid Rim Aleen está devastado por grandes terremotos catastróficos. Mientras la gente lucha, el futuro de los supervivientes permanece en su habilidad de reavivar su manera de vivir a partir de las ruinas del pasado. Un transporte Jedi, en una misión para bloquear la anexión de los separatistas del sistema Qiilura, es asaltado para proveer un respiro humanitario desesperadamente necesitado por la gente de la superficie de Aleen.

En una misión humanitaria pacífica al planeta Aleen, R2-D2 y C-3PO sin querer se encuentran inmersos en una aventura más allá de su comprensión. Después de resolver la crisis van al crucero de la maestra Adi Gallia, que vuelven a casa para evitar un ataque separatista.

Mientras los separatistas estrechan su dominio sobre unas rutas de suministros vitales pero aisladas, la República hace un "ataque relámpago" en una remota nebulosa fantasma para controlar el sistema estratégico de Umbara. Las fuerzas de la República se abren paso al bloqueo separatista haciendo un gran esfuerzo por reclamar el mundo oscuro de Umbara.

Mientras los separatistas controlan una ruta de suministros vital pero aislada, las fuerzas de la República invaden un planeta clave, el mundo oscuro de Umbara. En medio de la esperanza, Obi-Wan Kenobi conquista la capital, pero Anakin Skywalker es enviado a Coruscant. Su batallón temporalmente es puesto bajo las órdenes del general Pong Krell, un líder Jedi hábil y temperamental. La estrategia temeraria de Krell fuerza al capitán Rex a retirarse en una derrota.

Las fuerzas de la República luchan para conquistar Umbara, un planeta hostil completamente envuelto en la oscuridad. El general Jedi Pong Krell y el capitán Rex lideran un batallón contra ataques constantes de un enemigo brutal. Las estrategias agresivas y temerarias de Krell son precipitadas, que hacen matar a muchísimos clones. A pesar de las tácticas tan peligrosas del general, el escuadrón del capitán Rex captura con éxito una base aérea crítica. Esto incrementa la desconfianza en el liderazgo de Krell, creando una división entre sus hombres.

Mientras luchan para controlar el mundo oscuro de Umbara, el batallón de Anakin Skywalker es puesto temporalmente bajo las órdenes del general Pong Krell. Como las estrategias desastrosas de Krell incrementan las bajas, sus hombres poco a poco empiezan a volverse contra él. El capitán Rex tiene que luchar para sopesar la lealtad entre su comandante y sus hombres. Durante su guardia, Cincos y Jesse desobedecen las órdenes de Krell, llevándolos a un consejo de guerra.

Un planeta muy pacífico. La colonia de artesanos del planeta Kiro había creado una sociedad sin armas. En lugar de la guerra, perseguían el arte y la belleza. Pero con las guerras de clones, incluso los mundos amantes de la paz son forzados aparentemente a elegir un bando.

Durante una invasión separatista en el planeta Kiro, miles de colonos pacíficos son secuestrados por negreros zygerrianos. Determinados a encontrar los colonos desaparecidos, los Jedis viajan al planeta Zygerria, hogar del más notorio imperio esclavo de la galaxia.

Para localizar los colonos secuestrados de un mundo pacífico, los Jedis se infiltraron en el planeta esclavista de Zygerria, sólo para ser capturados por su reina ambiciosa, la que planea reconstruir su imperio de la opresión. Ahora, incluso Obi-Wan Kenobi debe llegar a un acuerdo.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

El conde Dooku está decidido a vengarse de las Hermanas de la noche de Dathomir después de su traición con Savage Opress. El general Grievous lanza un ataque de droides contra las brujas, y la Madre Talzin convence a Asajj Ventress para reunirse con las Hermanas de la noche después de que las abandonó años atrás. Ventress y la Madre Talzin lideran la defensa de todos los poderes oscuros a su disposición. Después de una pelea con Grievious, Ventress acaba herida en el hombro. Todas las Hermanas de la noche son asesinadas excepto la Madre Talzin y Ventress, quien se aflige por la muerte de sus hermanas.

Asajj Ventress se une a un equipo de cazarrecompensas bajo el liderazgo del joven Boba Fett. En un mundo extraño le pone una misión peligrosa pero rentable que pone a prueba los límites de sus habilidades y la fuerza de carácter de Asajj.

Savage Opress finalmente encuentra a su hermano perdido hace mucho tiempo, y resulta ser el ex Lord Sith llamado Darth Maul. Su cuerpo ahora es un aparato medio cibernético en forma de araña, que ha estado viviendo en un estado de locura en un planeta del Borde Exterior.

Impulsados por el odio puro, Darth Maul y su hermano Savage Opress se disponen a vengarse del Jedi que lo había dejado por muerto en Naboo: Obi-Wan Kenobi. Obi-Wan recibe la ayuda de un aliado poco probable, Asajj Ventress, que quiere parar a Savage de arruinar la Galaxia. En el último momento, Obi-Wan y Ventress escapan de las garras salvajes de Maul y Savage, y los dos hermanos juran venganza.

Maul y Savage Opress siguen causando estragos en la galaxia. Como parte del plan malvado de Maul, el Sith y su hermano reclutan una banda feroz de piratas. Obi-Wan Kenobi lidera la caza de Maul con la maestra Jedi Adi Gallia, lo que resulta en una confrontación con espadas láser que resulta con la muerte de Gallia. Obi-Wan lucha contra Savage y Maul, y le corta el brazo izquierdo a Savage. Los hermanos huyen con su nave y Obi-Wan vuelve a Coruscant, donde el Canciller le informa que los hermanos no tienen importancia en comparación con los separatistas, y ninguna otra acción se debe tomar en su nombre.

En el mundo separatista de Onderon, un grupo de rebeldes piden la ayuda de los Jedi. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan van a entrenar a los rebeldes para luchar, y ven que el ex separatista de la guardia de la muerte, el terrorista Bonteri está entre ellos.

Ahsoka toma el mando del ejército rebelde en Onderon mientras la primera batalla por la capital se lleva a cabo.

Mientras los rebeldes en Onderon van avanzando más, los separatistas traen sus refuerzos para acabar con ellos.

Gran parte del pueblo de Onderon se une con el Rey Dendup, el verdadero rey de Onderon, contra el Rey Rash, falso rey de Onderon y representate de los separatistas, y el ejército separatista. Mientras tanto, Ahsoka, Lux, Saw, Steela y los rebeldes se preparan para el último ataque contra los droides.

Ashoka y seis aprendices van al encuentro, el lugar donde los Jedi encuentran sus cristales para sables láser. Los jóvenes deberán enfrentarse a sus miedos y obtener el cristal que la Fuerza ha preparado para ellos.

Los aprendices regresan a Coruscant en una nave donde un droide les enseña a crear sus sables láser cuando el pirata Hondo Onaka ataca la nave, los jóvenes y Ahsoka deben defenderse como pueden, al final los aprendices logran escapar, pero Ahsoka es capturada por los piratas.

Con Ahsoka Tano capturada por los piratas, los aprendices Jedi trabajan juntos para infiltrarse en la guarida de los piratas, usando su ingenio y valentía para engañar a Hondo Ohnaka y lanzar un audaz rescate.

Los piratas persiguen a los Jedis y consiguen capturarlos y derribar su nave, pero cuando se acercan a la base pirata se encuentran con que los droides de Grievous la han capturado y con ella a Hondo y sus hombres. De esta forma se unen Jedis y piratas para rescatar a Hondo y huir del sistema. Al final los piratas dejan a los aprendices y a Ahsoka en una de las naves de Obi-Wan.

R2-D2 y otros droides de la República reciben una misión para devolver un holocrón encriptado en manos de los separatistas.

Después de que su nave se estrelle en un planeta desolado, D-Squad y el coronel Gascon deben encontrar una manera de volver a Coruscant, o ser abandonados para siempre.

D-Squad y el coronel Gascon descubren que Abafar, el planeta en donde se encuentran atrapados, es controlado por los separatistas, pero también descubren un comando clon de la República llamado Gregor, quien ha estado varado también en el planeta. Deben trabajar juntos para salir del planeta de forma segura.

D-Squad descubre que el crucero está cargado con explosivos y se dirigen a una estación espacial que tendrá lugar un congreso de la República.

La Guardia de la Muerte se alía con Darth Maul y Savage Opress y fundan la Sombra Colectiva, y preparan el ataque a Mandalore. Pero para eso, primero van a los planetas Mustafar, Nal Hutta y Tatooine para conseguir un ejército aparte de los soldados de la Guardia de la Muerte.

La Sombra Colectiva invade Mandalore y la Duquesa Satine es arrestada. Pre Vizsla traiciona a Maul y Opress y también son arrestados. Maul y Opress escapan de su celda. Hacen contacto con Almec, antiguo primer ministro y ahora prisionero, quien le explica las leyes de Mandalore. Maul reta a un duelo a Vizsla, quien luego es asesinado y decapitado. Los renamentes de la Guardia de la Muerte que deciden no obedecer a Maul por considerlo externo de Mandalore, huyen. Almec es nombrado Primer ministro y en su primer discurso dice que la Duquesa Satine es quien asesinó a Vizla.

Después de que Vizsla fuera asesinado por Darth Maul, Satine es liberada, le pide ayuda al consejo Jedi y es nuevamente capturada. El consejo se niega a intervenir por tratarse de un conflicto interno, sin embargo, Kenobi acude en su ayuda, siendo capturado con Satine, al poco tiempo de liberarla. Satine es asesinada por Maul, y Kenobi es liberado por los remanentes de la Guardia de la Muerte. Los Mandalorianos comienzan una batalla, el Maestro Sith "Darth Sidious" llega a Mandalore y se enfrenta con Savage Opress y Maul, asesinando al primero y dejando casi muerto al segundo.

Ahsoka Tano y Anakin Skywalker dirigen las fuerzas de la República en el planeta de Cato Neimoidia, donde son informados por Yoda acerca de un atentado en el Templo Jedi. Mace Windu ordena a Anakin y a Ahsoka, junto al droide Russo, investigar el caso.

Ahsoka es culpada del asesinato de Letta, que fue asesinada por una estrangulación mediante la Fuerza de un ser desconocido. Mientras huye de la prisión de máxima seguridad de Coruscant, es llevada a un lugar para poder escapar de los clones que la siguen.

Ahsoka se refugia en los niveles inferiores de Coruscant siendo ayudada por su amiga Jedi Barris Offee. Mientras tanto, en el consejo se decide que Anakin y Plo Koon irán a buscar a Ahsoka. Esta le pide ayuda a Asajj Ventress para encontrar al Jedi que está tratando de culparla por crímenes que no hizo.

Ashoka es capturada y la sacan de la orden Jedi. Anakin busca a Ventress y ella le cuenta que puede ser Barris Offee quien culpa a Ashoka. Anakin lucha con Barris y lleva a Barris al juzgado donde están juzgando a Ashoka. Pero al final, Ashoka se marcha del templo Jedi.

El cadete clon Tup está sufriendo un trastorno neurológico grave porque causó la muerte de un maestro Jedi. Tratando de encontrar los motivos del asesinato, Anakin acompañando a Tup de vuelta a Kamino para el examen, pero luego son atacados por los Separatistas…

El cadete clon Tup tiene un examen médico en los laboratorios estériles de Kamino para encontrar los motivos de su ataque impactante al maestro Jedi. Para que el examen tenga éxito, el cadete Cincos debe entrar en la profundidad de la mente de Tup, donde encuentra una manipulación con códigos secretos en el programa de clonación de la República.

El cadete clon Tup es transportado de vuelta a Coruscant, donde su cuerpo debe ser examinado por el personal médico del Canciller. El cadete Cincos también está investigando el asunto y descubre que un código modificado se ha ocultado en la mente de todos los clones…

Cincos todavía está tratando de encontrar respuestas acerca de las misteriosas acciones del cadete clon Tup. Con la esperanza de hablar personalmente con el canciller Palpatine, Cincos se encuentra a sí mismo de repente acusado de intentar asesinar al Canciller.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

El mundo pacífico de Bardotta se encuentra amenazado por una antigua profecía. Sus líderes espirituales han desaparecido, y el pueblo de Bardotta pregunta a su representante en el Senado que busque ayuda. Y Jar Jar Binks se las arregla para convencer al maestro Jedi Mace Windu que este asunto es de gran importancia.

Con el fin de cumplir una profecía oscura, una entidad misteriosa secuestra a Julia, la reina del planeta Bardotta. Ahora, el Maestro Jedi Mace Windu y su representante en el Senado Jar Jar Binks tienen que darlo todo con el fin de detener al secuestrador. Si fracasan, podrían desatar una fuerza terrible.

El maestro Jedi Sifo-Dyas murió en circunstancias misteriosas hace años. En una misión secreta de los Jedi, accidentalmente encuentran su espada láser, y Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y el Maestro Yoda investigan la muerte de Sifo-Dyas nuevo. Para evitar que descubran la conspiración Sith, Darth Sidious ordena a su siervo Darth Tyranus para borrar todos los rastros.

Yoda se encuentra profundamente inestable cuando oye la voz de su amigo fallecido Qui-Gon Jinn en su mente, porque sabe que ni siquiera un Jedi puede hablar con los del más allá. El consejo Jedi está preocupado por el comportamiento de Yoda y lo quiere examinar más a fondo. Pero con la ayuda de Anakin, Yoda puede escapar del hospital y se dispone a encontrar el origen de la voz por sí mismo.

Guiados por la Fuerza, Yoda viaja al corazón de la Galaxia. Allí, en el planeta donde se encuentra el origen de la Fuerza, debe afrontar pruebas difíciles. Sólo serán los sabios de allí los que consideren que Yoda es digno de aprender los misterios más profundos de la Fuerza.

En Korriban, el planeta natal de los Sith, ha llegado el momento de Yoda para pasar su prueba final. Sólo entonces deberá aprender el secreto mejor guardado de su orden, pero primero le espera un enemigo mucho más poderoso.

Rex, Cody y la Fuerza Clon 99, un escuadrón de élite poco ortodoxo, también conocido como el Lote Malo, buscan recuperar el algoritmo estratégico de la República del Almirante Trench. Pero una verdad inquietante espera…

Creyendo que el soldado desaparecido en acción llamado Echo todavía puede estar vivo, la misión de Rex dobla su importancia. Junto con el Bad Batch y Anakin Skywalker, el capitán clon emprende una peligrosa misión de rescate encubierta...

Con Echo rescatado, Rex, el Bad Batch, y Anakin Skywalker tratan de escapar de una base separatista.

La República planea un audaz golpe final contra Wat Tambor y el Almirante Trench, por lo que una vez más Rex, Echo, el Bad Batch y Anakin Skywalker se reúnen.

Ahsoka se hace amiga de una piloto, pero debe ocultar su pasado Jedi mientras intenta detener a un peligroso droide.

Trace toma una decisión precipitada después de enterarse de que lo que están transportando es para el Sindicato Pyke.

Después de ser encarcelados por los Pykes, Ahsoka Tano y las hermanas Martez logran escapar audazmente de su fortaleza. Juntos, huyen a través de la ciudad hacia su barco, desesperados por evadir a las fuerzas de Pyke en busca de "Deuda peligrosa".

Ahsoka negocia por la libertad de las hermanas y hace un sorprendente descubrimiento.

Anakin y Obi-Wan deben decidir si ayudar a Ahsoka a perseguir a Maul o rescatar a Palpatine.

Ahsoka lidera a los clones de la República para enfrentarse a las fuerzas de Maul en Mandalore, mientras que Maul siente el inminente caos y realiza una jugada calculada para garantizar su propia supervivencia.

Tras capturar a Maul en Mandalore, el viaje de Ahsoka hacia el Consejo Jedi se interrumpe cuando se declara la Orden 66, poniendo su mundo de cabeza.

Ahsoka y Rex deben usar su ingenio y habilidades para sobrevivir al turbulento final de las Guerras Clon.