Специальный агент ФБР Дана Скалли получает назначение в неофициальный проект «Секретные материалы» - архив таинственных, нерешённых дел, связанных с паранормальными явлениями. Скалли предстоит работать вместе с Фоксом Малдером - агентом, имеющим сомнительную славу "охотника на зеленых человечков". В своём первом совместном задании Малдер и Скалли летят в Белфлер, штат Орегон, расследовать загадочную смерть ученицы средней школы, на теле которой обнаружены подозрительные красные метки.

Малдер и Скалли расследуют странное исчезновение полковника Роберта Будахаса, военного лётчика-испытателя. Малдер подозревает, что Будахас разделил судьбу шести других пилотов, исчезнувших с авиабазы Элленс после участия в испытательных полётах на экспериментальных самолётах, построенных с использованием технологий НЛО. Таинственный информатор по кличке "Глубокая глотка" предостерегает Малдера от этого дела, однако тот не отступает.

ФБР расследует серию убийств в Балтиморе, имеющих общие признаки: все жертвы убиты в закрытых помещениях, а из их тел вырвана печень. Привлечённый к расследованию агент Малдер сравнивает печатные издания разных лет со статьями о подобных убийствах и находит похожие преступления, повторявшиеся каждые тридцать лет на протяжении всего века.

На берегу озера Окободжи в штате Айова таинственный яркий свет спускается с ночного неба и забирает девочку Руби Моррис из её спального мешка на глазах её младшего брата Кевина. Агент Малдер находит в случившемся сходство с инцидентом, случившемся в собственном детстве, когда пришельцы похитили его сестру Саманту.

Малдер и Скалли расследуют ужасное убийство бездомного, на которого напали и отгрызли руку в лесистой области в пригороде Атлантик-Сити. Малдер полагает, что смерть связана с подобным инцидентом, который произошёл в Нью-Джерси в 1947 году, когда на глазах у семьи мужчина был схвачен и утащен в лес неизвестным существом.

Сотрудники тайного правительственного агентства привлекают отдел "Секретные материалы" к осмотру двух мужских трупов. Жертвы, оказавшиеся членами исламской террористической организации, словно задушены изнутри. Агент Малдер приписывает эти смертельные случаи воздействию психокинетической силы.

Агент Джерри Ламана, ранее работавший с Малдером, приходит к нему с проблемой в расследовании важного для его карьеры дела: убийства Бенджамина Дрэйка, главного управляющего компании «Евриско», погибшего от разряда электричества, при помощи Центральной Операционной Системы (которая управляет всеми процессами в здании) кем-то, кто имел доступ к системе.

Агенты Малдер и Скалли отправляются на полярную станцию на севере Аляски, чтобы расследовать обстоятельства гибели геофизиков, работавших над проектом «Арктический лёд». Здесь им предстоит столкнуться с неизвестным науке древним опасным паразитом, разбуженном полярниками во время их изысканий.

Малдер и Скалли отправляются в Хьюстон после того, как служащая NASA Мишель Дженеро показывает им доказательства того, что космический челнок может быть саботирован. Недавно запуск пришлось прервать буквально за секунду до старта, а сейчас планируется новый запуск. Человек, ответственный за программу — легендарный астронавт подполковник Маркус Аурелиус Белт. Он утверждает, что нет ничего в отменённом запуске, о чём бы он не знал, и что саботаж — это нонсенс. Второй запуск проходит без каких-либо проблем, но вскоре центр управления полётами сталкивается с затруднениями в связи с устройством. Всё это как-то связано с тем, что случилось с Белтом во время его последнего полёта и теперь влияет на его поступки.

Получив информацию от «Глубокой глотки», специальный агент ФБР Фокс Малдер встаёт на пути Департамента обороны, производящего зачистку места приземления НЛО в Висконсине. Он отправляется в путь и находит место крушения, но тут же схвачен солдатами. На гауптвахте Малдер встречает Макса Фенига, уфолога-любителя, который также был взят под стражу неподалёку от места зачистки. Скалли вытаскивает Малдера, но у того по-прежнему большие неприятности. Когда Фенига обнаруживают мёртвым, становится очевидно, что в правительстве есть силы, которые пойдут на что угодно, чтобы сохранить существование внеземных форм жизни в тайне.

В Гринвиче, штат Коннектикут, пара находит девочку, Тину Симмонс, которая стоит в одиночестве. Неподалёку, на качели сидит её мёртвый отец, на шее у него два разреза. Малдер берётся за это дело и проверяет его вместе со Скалли, которая обнаруживает, что из тела Джоэла было выкачено больше 4-х литров крови, а в тканях были обнаружены успокоительные растительного происхождения. Малдер уверен, что смерть мужчины похожа на случаи увечья скота от НЛО.

К Малдеру обращается его бывшая возлюбленная, инспектор Скотланд-Ярда Фиби Грин, которой нужна помощь в расследовании дела. Ко времени встречи агентов 3 британских политика спонтанно воспламенились и сгорели дотла. Никаких следов катализатора обнаружено не было, и мало что соединяло три дела между собой. Грин находится в США в целях обеспечения безопасности сэра Майкла Марсдена и его семьи, и хочет быть уверена, что во время поездки с ним ничего не случится.

После того, как похищены два студента колледжа, Малдер подозревает, что они имеют дело с серийным убийцей. Он готов взяться за дело в одиночку, ведь Скалли недавно потеряла горячо любимого отца, но та настаивает на совместной работе даже в такое непростое время. Малдера раздражает, что Лютер Ли Боггс, самопровозглашённый медиум, которого вскоре должны казнить в газовой камере, предлагает ему информацию в обмен на пожизненное заключение.

Малдер и Скалли расследуют серию странных смертей здоровых молодых людей, умерших от сердечных приступов после полового акта. Малдер считает, что сердечные приступы были вызваны большим количеством феромонов, хотя Скалли скептически к этому относится. География убийств приводит следователей в Массачусетс к религиозному культу, известному, как «Кровная родня». Секта позволяет Малдеру и Скалли посетить групповые собрания при условии, что они сдадут оружие. Сектанты также расстроены известием о том, что кто-то из них совершает убийства во внешнем мире.

Скалли помогает бывшему коллеге, Джеку Уиллису, в задержании жестоких банковских грабителей Уоррена Дюпре и Лулы Филлипс. Следуя анонимной наводке, два агента загоняют Дюпре в угол во время неудавшегося ограбления. Дюпре ранит Уиллиса выстрелом из дробовика, но сам оказывается застрелен Скалли. Дюпре умирает, но Уиллис в конце концов остаётся в живых, однако тело Дюпре реагирует на воздействия дефибриллятора, применяемого к Уиллису. Уиллис очнулся в больнице несколькими днями позже, но теперь у него более мрачная личность. Он находит тело Дюпре и отрезает пальцы его рук, чтобы забрать обручальное кольцо перед тем, как исчезнуть из больницы. Скалли объясняет Малдеру, что Уиллис был одержим делом Дюпре-Филлипс в течение года, и сознаётся, что встречалась с Уиллисом, когда он был её инструктором в академии ФБР.

В 1989 году в здании федерального исправительного учреждения Ташму (Пенсильвания), заключённый Джо Крэндалл слышит крики из тюремного лазарета. Внутри он находит тюремного доктора Джо Ридли, ампутирующего руку приятелю Крэндалла — заключённому Джону Барнетту. Несмотря на то, что Ридли угрожает Крэдаллу скальпелем и говорит, будто Барнетт мёртв, тот не верит. Четырьмя годами позже, Малдер узнаёт от своего бывшего руководителя, Рэджи Пердю, о записке, найденной после ограбления ювелирного магазина, в которой кто-то насмехался над Малдером. Агент узнаёт, что послание было написано Джоном Барнеттом, которого он помог упрятать за решётку во время своего первого дела. Даже несмотря на то, что Барнетт, предположительно, умер в тюрьме, на записке явно его почерк.

Иракский истребитель сбивает НЛО рядом с ирако-турецкой границей. Позже, в Рэгане (Теннесси) водитель грузовика по имени Ранейм стреляет во что-то в темноте, когда над ним пролетает НЛО. Агенты Малдер и Скалли занимаются расследованием явления на следующий день, но Ранейма быстро отпускают местные власти, которые не желают сотрудничать с ФБР. Женщина ненадолго заимствует ручку Скалли и затем агентам приходится вернуться в Вашингтон.

ФБР вызывают на помощь шерифу Морису Дэниэлсу, который уверен, будто молодой проповедник, Сэмюэль Хартли, находится в ответе за несколько смертей. С самого детства Хартли по общему мнению был способен исцелять наложением рук. Будучи ребёнком, он воскресил человека, сильно обгоревшего и признанного мёртвым. Он и его приёмный отец, Кэлвин Хартли, теперь колесят с проповедями, но несколько последних попыток Сэмюэля исцелить людей привели к смертельным исходам. Шериф Дэниэлс озабочен происходящим, считает Сэмюэля убийцей и ищет доказательства для его ареста. Малдер не так уверен в этом и пытается понять, не замешаны ли в деле иные силы.

Малдер и Скалли отправляются в резервацию индейцев Трего, в штате Монтана, для расследования убийства американского индейца, Джозефа Гуденснейка, которого застрелил владелец ранчо — Джим Паркер. Первоначально кажется, что мотивом убийства стал спор по поводу прав на участок земли, хотя Паркер утверждал, что он скорее стрелял в чудовищное животное, чем в человека. Сын Паркера, Лайл, отмечен шрамами, которые подтверждают историю его отца.

В национальном лесу Олимпик в штате Вашингтон, группа лесорубов бежит по лесу, пытаясь спастись от некой опасности. Но в конечном счёте они погибают от большого роя небольших светящихся зелёных насекомых. Позже в штаб-квартире ФБР, Малдер показывает Скалли фото пропавших лесорубов, сказав ей, что ещё одна группа лесорубов исчезла подобным образом в лесу в 1934 году. Агенты отправляются в лес, где они встречают инспектора Федеральной лесной службы Ларри Мура, а также начальника службы безопасности лесодобывающей компании Стива Хамфриса. Во время поездки по лесу их автомобиль напарывается на шипы, оставленные на земле экотеррористами.

Юджин Виктор Тумс был помещён в изолятор в Балтиморе. Он попытался бежать, но передумал. Вскоре его начинает навещать психолог — доктор Аарон Монте. Скалли и Малдер присутствуют на заключительных слушаниях по делу Тумса. В суде маньяка признают нормальным, ведь доктор Монте утверждает, что нападение Тумса на Скалли было вызвано ошибочным подозрением Тумса в убийствах. Малдер пытается заострить внимание присяжных на вещественных доказательствах и физиологии Тумса, но те игнорируют его попытки. Юджина Тумса выпускают на свободу, дают ему приёмную семью и работу. Доктор Монте продолжает свои наблюдения за бывшим подопечным.

В Буффало (штат Нью-Йорк), детектив полиции Шэрон Лазард находит на аллее девочку, Мишель Бишоп. Она, похоже, потерялась. Лазард забирает девочку в полицейский участок и оставляет, чтобы её допросил другой детектив — Рудольф Барбола. Однако, чуть позже Барбола разбивается, будучи выброшенным из окна. Лазард подключает Малдера и Скалли. Она рассказывает им, что Мишель утверждает, будто на Барболу напал человек, хотя девочка была единственным человеком в комнате в момент самоубийства детектива.

Малдера и Скалли вызывают для расследования убийства учёного, занимавшегося реактивными самолётами: он оказался заблокирован в воздушной камере, и его засосало в турбину самолёта. Это не первая смерть в среде местных учёных: Артур Грейбл умер от несчастного случая несколькими месяцами ранее. По мере сбора доказательств главным подозреваемым становится уборщик Роланд — аутист со способностью к решению комплексных чисел.

Посреди ночи "Глубокая глотка" звонит Малдеру, чтобы передать ему важную информацию. Некий мужчина успешно ускользает от полиции: в конце погони по скоростному шоссе прыгает в реку и тут же исчезает. Один из офицеров подстрелил беглеца, но кровавый след, который тот оставил — зелёного цвета. Малдер следует подсказкам, которые выводят его на информацию, о которой прежде он не мог и мечтать. Это значит, что кто-то умрёт, а возможно — это конец "Секретных материалов".

Со смертью главного информатора, "Секретные материалы" оказываются закрытыми, а Малдер обнаруживает, что занимается обязанностями обычного агента ФБР. Он убежден, что за ним следят, а его телефон прослушивается. Вскоре Малдер смывается с опостылевшей работы и отправляется в Пуэрто-Рико, где недавно была закрыта огромная радиоисследовательская лаборатория — обсерватория Аресибо. Там он находит доказательства и даже вступает в близкий контакт с пришельцами, однако его выслеживает Скалли. Вместе они пытаются сбежать с места событий до того, как прибудут армейские.

На русском транспортном судне, пришвартованном у побережья Нью-Джерси моряк, пытаясь починить гальюн, проваливается в очистную систему. Его наполовину обглоданное тело находят в канализационном коллекторе Ньюарка несколькими днями позже. Агент Малдер, отправленный на расследование этого дела, навещает в Ньарке детектива Нормана, который показывает Фоксу все еще неопознанный труп. Малдер ругается с Заместителем директора Уолтером Скиннером по поводу этого дела, поскольку воспринимает его как наказание за предыдущие поступки.

Тихий городок Франклин, штат Пенсильвания, потрясает череда немотивированных кровавых убийств, совершаемых обычными мирными людьми, не замеченными прежде в проблемах с законом. Чтобы расследовать таинственное помешательство, в город прибывает агент Малдер. В ходе своего расследования он обнаруживает, что все убийства совершаются по чьему-то злому умыслу.

В расследовании загадочных смертей в напарники Малдеру достаётся молодой агент ФБР Алекс Крайчек. Жилец звонит в службу спасения, чтобы сообщить о возгорании за своей дверью, но когда пожарные прибывают на место, то никакого пожара не обнаруживают, зато рядом с мёртвым хозяином квартиры находят использованный огнетушитель. Аутопсия, которую проводит Скалли, показывает, что внутренние органы погибшего будто сгорели, хотя внешне не выявлено никаких следов ожогов. Вторая смерть наводит агентов на связь между потерпевшими — оба мужчины в начале 1970-х гг. служили в морской пехоте.

В 1985 году Дуэйн Бэрри был похищен пришельцами из своего дома в городке Пуласки (штат Виргиния). Восьмью годами позже Бэрри стал буйным пациентом клиники для душевнобольных, отказывающимся принимать прописанные ему препараты и настаивающим на том, что пришельцы вернутся за ним. Он нападает на охранника, крадет его пистолет, берет в заложники главного врача психиатра Хакки, а затем сбегает. Бэрри стремится вернуться к месту своего первого похищения с доктором Хакки в надежде, что когда пришельцы вернутся, то заберут вместо него доктора. Но поскольку Дуэйн не может вспомнить где же именно находится место его похищения, то он отправляется в бюро путешествий в Ричмонде и берет трёх клерков оттуда в заложники вместе с доктором Хакки. Малдер Алекс Крайчек вызваны на место захвата заложников.

Малдер вместе со своим новым напарником Алексом Крайчеком отправляются на поиски Скалли, похищенной Дуэйном Бэрри. Скиннер хочет, чтобы Малдер бросил это занятие. Малдер уверен, что Бэрри похитил Скалли для того, чтобы предложить её пришельцам вместо себя. Он точно знает, куда ему надо, но вскоре становится очевидным, что есть некто, готовый приложить максимум усилий, чтобы остановить Малдера. Скиннер, в свою очередь, принимает судьбоносное решение.

В Лос-Анджелесе Гарретт Лорр, бизнесмен средних лет, уединяется в своём доме с незнакомкой, которую встретил на корпоративной вечеринке. Во время их занятий любовью в джакузи, женщина кусает Лорра в шею, чтобы выпить его кровь. К женщине присоединяются двое мужчин, которые помогают ей убить Лорра, многократно протыкая его полыми иглами. На следующий день в Вашингтоне Малдер сдает удостоверение Скалли, пропавшего агента ФБР, в архив «Секретных материалов» в папку с её именем, при этом оставив себе её нательный крестик. По телефону его вызывают в Лос-Анджелес, и на месте убийства Лорра встречается с детективами лос-анджелесского полицейского управления, которые расследуют это дело. Выясняется, что последние три месяца Малдер отслеживал убийства с подобным почерком, которые происходили также в двух соседних штатах.

После внезапного появления Скалли в госпитале Вашингтона, все, включая Малдера и её мать, оказались в замешательстве — Дану уже считали мёртвой. Деталей происшествия выяснить не удалось — больница не могла объяснить, как пациентка попала к ним, но она пребывает в коме и подключена к аппарату искусственного дыхания. С помощью «Одиноких стрелков» Малдер узнает, что её ДНК изменена, а её иммунная система выключена.

Адам Пирс, ученый Калифорнийского технологического института, получает видеопередачу от «Огнехода», робота, посланного для вулканических исследований в штат Орегон на гору Авалон. «Огнеход» вещает изнутри вулканической пещеры, на дне которой Пирс замечает тело начальника сейсмологической исследовательской группы Фила Эриксона. Там же он видит тень, движущуюся по пещере — что невозможно из-за экстремально высоких температур в этом месте. Загадочная фигура из пещеры выводит из строя камеру «Огнехода», прекращая трансляцию. Пирс отправляется к Малдеру и Скалли, которым показывает видео с «Огнехода» и более ранний выпуск новостей с участием главы проекта Дэниела Трепкоса; Пирс принимал в проекте участие до тех пор пока у него с Трепкосом не вышла ссора. Агенты берут дело, но Малдер сопротивляется поездке Скалли в Орегон, ссылаясь на её недавнее похищение.

Мадлер и Скалли вызваны для того, чтобы расследовать несколько похищений в городке Дельта Грин (Висконсин), где похищенные подростки впоследствии были обнаружены полураздетыми с надписью «Он избран» или «Она избрана» на спине. После встречи с шерифом Мазероски агенты первоначально подозревают расположившихся неподалеку представителей религиозного культа «Церковь Красного музея», основанного вегeтарианцем Ричардом Одином.

Агенты Фокс Малдер (Дэвид Духовны) и Дана Скалли (Джиллиан Андерсон) вызваны в Уорчестер (Массачусетс) в частный дом престарелых под названием «Excelsis Dei», чтобы расследовать дело медсестры, которая утверждает, будто была изнасилована невидимым существом. Покрытая несколькими синяками Мишель Чартерс говорит, что знает того, кто ответственен за происшедшее и называет имя нападавшего — Хола Ардена, престарелого обитателя лечебницы. При допросе Арден признается, что он заигрывал с медсестрой, но совершенно безобидные, ведь он слишком стар чтобы сгодиться на что-либо ещё.

Малдера и Скалли вызывают в маленький полицейский участок городка Обри (штат Миссури), где было найдено тело агента ФБР, погибшего в 1942 году. Детектив, БиДжи Морроу, обнаружившая тело ночью посреди распаханного поля, не может толком объяснить почему она стала копать именно в том месте, где позже нашли труп. В местной полиции также имеется дело о странном убийстве: молодая женщина, на груди которой было вырезано слово «сестра». Когда начальник Морроу, лейтенант Брайан Тилман, впервые увидел фото с места преступления, он подумал, что приезжие агенты ФБР владеют информацией по совершенному недавно убийству, однако снимкам уже более 60 лет. Малдер и Скалли подозревают, что между старыми и новыми убийствами есть некая связь.

Малдер и Скалли в Минеаполисе идут по следу Дональда Эдди Фэстера - фетишиста, раскапывающего могилы недавно умерших молодых женщин в поисках фетишей. Вскоре трупов ему становится мало, и фетишист начинает жестоко убивать молодых женщин, в итоге, выбрав своей очередной жертвой борющуюся с посттравматическим расстройством Скалли.

Скалли и Малдера вызывает шериф Нью-Гемпшира, когда в его городке обнаруживаются доказательства деятельности сатанинского культа. Один подросток уже погиб, и теперь все жители охвачены паранойей. Существует небольшое сомнение в том, что действительно ходила в лес, чтобы провести какую-то церемонию, но Скалли высмеивает любые предположения, что они стали чем-то иным, нежели обычными детьми, игравшими в лесу. Однако в ходе расследования становится очевидно, что кое-кто из ребятишек вовлечен в дьявольский культ, однако опасность несут совсем не они.

Малдер и Скалли расследуют смерть солдата, проходившего службу в лагере беженцев с Гаити. Следствие выясняет, что комендант лагеря, полковник Уортон, систематически издевается над задержанными, а те мстят при помощи ритуалов вуду. При этом оказывается, что далеко не все смерти участников событий являются таковыми.

Малдер и Скалли решают приняться за расследование, когда анонимно получают три газетных некролога на трех людей, которые выглядят, как близнецы. Все они работали в клиниках по абортам и не являются братьями. Никто не знал, что во время патрулирования Арктических вод, подводная лодка США обнаружила транспорт пришельца и теперь Инопланетный охотник находится на свободе и совершает убийства. Мир Малдера переворачивается с ног на голову, когда ему звонит отец с просьбой срочно приехать домой.

Мадлер находит молодую женщину — свою сестру Саманту, похищенную пришельцами 22 года назад. Она рассказывает Фоксу, что за ними охотится пришелец и что её жизнь находится в опасности. Малдер и Скалли расследуют появление Инопланетного охотника, который похищает Скалли, чтобы обменять её на сестру Саманту. Поиски Саманты приводят Малдера к подводной лодке, с которой и началось всё дело.

Малдер и Скалли расследуют гибель строителя дороги на объекте и разрушения в центре города, которые, судя по всему, могли быть вызваны сбежавшим слоном. Агенты проводят расследование в зоопарке города и приходят к выводу об инопланетном вмешательстве в его дела.

В Норвежском море команда американского эсминца «Ардент» в панике покидает судно, не обращая внимания на просьбы и угрозы капитана. Восемнадцать часов спустя шлюпку с сильно постаревшими за этот период моряками подбирает канадское рыболовецкое судно. В военно-морском госпитале Бетеcды Малдер и Скалли навещают единственного выжившего члена команды — 23-летнего лейтенанта Ричарда Харпера, который выглядит как дряхлый старик. Малдер выясняет, что «Ардент» пропал в районе 65-й параллели, где уже неоднократно исчезали корабли. Малдер считает, что там имеет место «искривление во времени», которое связано с «Филадельфийским экспериментом», проводившимся во время Второй мировой войны.

Малдер и Скалли расследуют загадочные убийства людей, убитых непонятным существом, оставляющим странный шрам на теле жертвы. Расследование приводит агентов в шапито цирка уродов, где загадочные преступления продолжаются.

Малдер и Скалли расследуют загадочную гибель ребёнка под колёсами детского поезда в парке аттракционов, на фотографии которой присутствует некая невидимая сущность. Расследование приводит агентов в дом семьи Холви, где бабушка погибшего ребёнка подозревает наличие дьявола в семье.

Малдер и Скалли расследуют таинственную эпидемию неизвестной болезни в тюрьме для пожизненно заключённых. К тому же, двое заражённых заключённых сбежали, став разносчиками заразы. Выясняется, что фармацевтическая компания решила использовать заключённых, как подопытных крыс, для тестирования лекарства, получаемого из жуков вида F. Emasculata.

Малдер и Скалли расследуют исчезновения людей, после которых на месте преступления оставались следы, похожие на отпечатки испарившихся людей на поверхностях в центре ядерного взрыва. Агенты вычисляют физика, который подвергся бомбардировке атомными частицами, которые превратили его в ходячую чёрную дыру, учёный своей тенью мог испарять людей.

Малдер и Скалли расследуют пропажу эксперта с птицефабрики в городе Дадли, штат Арканзас. Там агенты наблюдают многочисленные случаи болезни Кройцфельда-Якоба. Агенты находят в реке, куда сбрасывают отходы с птицефабрики, трупы десятка людей, что после их детального анализа позволяет судить о том, что в городе процветает каннибализм.

Малдер и Скалли получают на руки кассету с зашифрованными с помощью языка навахо материалами, которые подтверждают знание властей об инопланетянах. Эта кассета становится яблоком раздора между агентами, Крайчеком и Синдикатом. Кассета приводит агентов в резервацию индейцев навахо в штат Нью-Мексико, где старейшина племени помогает агентам расшифровать материалы с кассеты. Он также показывает Малдеру контейнер, в котором Малдер обнаруживает трупы инопланетян и гибридов, привитых от оспы. В это время, Курильщик на вертолете прилетает в это место, и, не найдя Малдера в контейнере, приказывает его сжечь.

Наемные убийцы Синдиката преследуют Скалли с целью забрать у нее кассету с секретными файлами. В это время старый индеец-навахо возвращает жизнь спасенному им Малдеру с помощью индейского ритуала "Благословенный путь".

Расшифрованные данные с кассеты выводят Малдера и Скалли на след засекреченной операции "Скрепка", в ходе которой в США после Второй мировой войны были вывезены нацистские врачи-убийцы, проводившие бесчеловечные научные эксперименты над людьми. Агентам ФБР предстоит узнать ужасные цели, которую преследовало американское правительство, задумав эту операцию.

В городке Коннервилль, штат Оклахома, происходит череда загадочных смертей, вызванных поражением электрическим током. В ходе расследования Малдер и Скалли выходят на след молодого человека, обретшего способность управлять силой молний.

В Сент-Поле, штат Миннесота появляется серийный убийца, ведущий охоту на гадалок и экстрасенсов. Помощь Малдеру и Скалли в поимке жестокого преступника оказывает местный провидец Клайд Брукман - пожилой страховой агент.

Во флоридской тюрьме для смертников перед своей казнью на электрическом стуле заключенный Наполеон Мэнли обещает, что вскоре после его смерти пятеро человек по его последней воле погибнут. После того, как пророчество начинает исполняться, для расследования прибывают агенты Малдер и Скалли. От одного из заключенных они узнают о неком списке, содержащем имена всех тех, кто должен вскоре погибнуть.

В Кливленде, штат Огайо, обнаружен труп молодой женщины. Из ее тела словно кто-то выкачал все жировые ткани, превратив труп в бесформенную массу. Малдер и Скалли выясняют, что убийца ведет охоту на одиноких женщин, знакомясь с ними через интернет.

В госпитале для инвалидов войн в Форт-Иванстоне, штат Мэриленд, загадочный солдат-невидимка преследует армейских чиновников, превращая их жизнь в ад. Прибывшие для расследования Малдер и Скалли начинают подозревать в происходящем бывшего танкиста, лишившегося всех четырех конечностей во время войны в Ираке.

В Сиэттле, штат Вашингтон, маньяк-фотограф похищает пятнадцатилетнюю девушку Эми прямо из ее дома. Малдер и Скалли ведут поиски преступника и его жертвы с помощью другой девушки - Люси, которая семнадцать лет назад сама была жертвой того же маньяка и сумела спастись. Мистическим образом она связана с Эми и может чувствовать и видеть то же, что и похищенная.

В руки к Малдеру попадает видеозапись, на которой запечатлено вскрытие инопланетянина неизвестными людьми в белых халатах. Малдер и Скалли выясняют, что эти люди - японские ученые, которые во время Второй мировой войны ставили эксперименты на военнопленных. Помимо агентов ФБР за японцами охотятся люди из Синдиката.

Агент Малдер преследует японского ученого из специального отряда 731, сопровождающего засекреченный груз в пломбированном вагоне. В это время Скалли открывает ужасную правду об опытах над людьми, которые ставили японцы в заброшенном лепрозории в Западной Виргинии.

Малдер и Скалли расследуют дело о серии убийств, совершенных по всей территории США. Неизвестный убийца жестоко расправляется с проповедниками, у которых проявлялись стигматы - признаки особого божественного расположения. Агентам ФБР предстоит защитить мальчика из Лавлэнда, штат Огайо, который становится следующей целью преступника.

Волею судеб Малдер оказывается в охваченном паникой городке Миллерс-Гроув, штат Массачусетс, который подвергся нападению тараканов-убийц. Вместе со Скалли и очаровательной девушкой-энтомологом Малдер пытается установить источник происхождения смертоносных насекомых.

Малдер и Скалли приезжают в городок Комити, штат Нью-Гемпшир, расследовать серию убийств подростков, в которых местные жители обвиняют секту сатанистов. Однако, городской астролог приписывает убийства и странное поведение людей в городе редкому астрономическому явлению - параду планет. Под влияние космической энергии попали две девушки-подруги, которые распоряжаются разрушительной силой в личных целях.

В Вашингтоне ФБР арестовывает подозреваемого в серийных убийствах художника - выходца из Узбекистана Джона Мостау, который утверждает, что он одержим демоническим духом гаргульи. Несмотря на то, что подозреваемый задержан, убийства продолжаются. Ведущий дело агент Паттерсон обращается за помощью в "Секретные материалы", и Малдер вынужден с головой окунуться в чудовищный мир мыслей безумного художника.

В порт Сан-Диего приходит французское поисковое судно "Пайпер Мару", экипаж которого жестоко пострадал от невиданной лучевой болезни, после находки старого военного истребителя на дне Тихого океана. В поисках того, что стало причиной облучения моряков, Малдер летит в Гонконг, в то время, как Скалли ищет ответы у старого знакомого своего отца.

Малдер сопровождает арестованного им в Гонконге Алекса Крайчека обратно в США, не подозревая, что за зараженным "черным маслом" Крайчеком охотятся убийцы Синдиката. В то же время Скалли пытается найти того, кто стрелял в заместителя директора ФБР Уолтера Скиннера.

Агент Малдер вступает в противостояние с опасным преступником Робертом Моделлом, обладающим уникальным даром заставлять людей совершать самоубийства. Ситуация осложнена тем, что Моделл смертельно болен, и терять ему нечего.

Малдер и Скалли расследуют убийства сотрудников бостонского музея естественной истории, которые начали происходить после того, как археологическая экспедиция обнаружила в Эквадоре захоронение шаманки индейского племени секона.

В китайском квартале Сан-Франциско неизвестные люди в масках сжигают заживо китайцев в печах крематориев, предварительно вырезая жертвам внутренние органы. Отправленные на расследование агенты Малдер и Скалли обнаруживают, что в подполье чайнатауна проводится смертельная азартная игра.

Популярный писатель Джо Чанг решает написать книгу о похищениях инопланетянами. За консультациями он обращается к агентам "секретных материалов" Скалли и Малдеру, а за основу - одно крайне запутанное дело, все участники которого излагают свои собственные версии произошедшего.

Заместитель директора ФБР Уолтер Скиннер обвиняется в убийстве женщины. Малдер и Скалли разбираются в подозрительных обстоятельствах дела, чтобы снять с шефа подозрения. Между тем Скиннера преследуют видения в образе пугающей старухи.

Малдер и Скалли расследуют серию исчезновений и смертей на берегах лесного озера в штате Джорджия. По слухам в озере обитает древнее чудовище, которое местные жители прозвали Биг-Блу.

В городке Брэддок Хайтс, штат Мэриленд, происходит ряд убийств, совершенных обычными людьми в остром приступе паранойи, сопровождающимся иллюзорными изображениями реальности. Агент Малдер выясняет, что сознание людей контролируется с помощью какого-то прибора, устанавливаемого в сети кабельного телевидения.

После перестрелки в кафе города Арлингтон, штат Виргиния, человек по имени Джереми Смит одним прикосновением руки исцеляет смертельно раненых людей, после чего исчезает с места происшествия. Агент Малдер, чья мать пострадала от инсульта, ведет поиски Смита. Однако, охоту за таинственным чудотворцем ведут также люди Курильщика и Инопланетный Охотник.

Скрываясь от Инопланетного Охотника, агент Малдер и Джереми Смит едут в затерянное в Канаде пчеловодческое хозяйство, на котором клоны-гибриды занимаются выращиванием пчел-разносчиков инопланетного вируса.

На окраине тихого городка Хоум, штат Пенсильвания, случайно найдено свежее захоронение новорожденного младенца с многочисленными генетическими дефектами. Приехавшие разбираться в страшной находке агенты Малдер и Скалли подозревают в содеянном троих братьев Пикок, живущих в доме на отшибе.

Малдер и Скалли расследуют странные исчезновения и убийства чернокожих жителей Филадельфии. Найденные тела жертв полностью лишены пигмента, окрашивающего их кожу в темный цвет. Агенты ФБР устанавливают связь между убийствами и международным авиарейсом в США из Буркина-Фасо, на борту которого произошло схожее событие.

Малдер и Скалли расследуют убийство молодого человека и похищение его подруги в Траверс-Сити, штат Мичиган. Странность преступления состоит в том, что на месте преступления обнаружены полароидные фотографии с запечатленными на них мыслями преступника.

Агенты ФБР пытаются предотвратить массовое самоубийство членов секты Церкви Семи Звезд в Эписоне, штат Теннесси. Основным источником информации в ходе расследования становится одна из жен лидера секты, страдающая синдромом "множественной личности". Во время сеанса регрессивного гипноза Малдер узнает события из своей прошлой жизни времен Гражданской войны в США.

Малдер и Скалли ведут расследование серии убийств в чикагской клинике пластической хирургии, совершенных врачами во время операций в измененном состоянии сознания. Малдер подозревает причастность к содеянному некоего сатанинского культа.

Один из "Одиноких стрелков" - Мелвин Фрохики, рассказывает агенту Малдеру добытые им факты из биографии Курильщика, приоткрывающие завесу тайны над заклятым врагом "Секретных материалов".

Агент Малдер вместе со своим заклятым врагом Крайчеком отправляется в Россию, в Красноярский край, к месту падения тунгусского метеорита, чтобы найти истоки появления "черного масла". Пока Малдер сталкивается с суровой сибирской реальностью, агент Скалли предстает перед членами Сената, требующими информации о местонахождении агента Малдера.

Агент Малдер сбегает из секретного тунгусского лагеря, в котором российские спецслужбы ставят опыты с "черным маслом" над заключенными. В это же время в США прибывает бывший агент КГБ Василий Песков с целью зачистить следы пребывания "черного масла" на территории Соединенных Штатов.

Провидческие сны приводят Малдера к возобновлению его старого дела о "бумажных сердечек" - расследованию серийных убийств маленьких девочек, с одежды которых маньяк вырезал "трофеи" в форме сердечек. Отбывающий пожизненное заключение маньяк Джон Ли Рош вступает с Малдером в психологическую игру, намекая тому на то, что среди жертв была и сестра Фокса - Саманта Малдер.

Малдер и Скалли расследуют убийство мексиканской девушки в калифорнийском лагере нелегальных мигрантов. Суеверные мексиканцы обвиняют в произошедшем Чупакабру - чудовищного вампира из народных легенд, однако агенты ФБР приходят к выводу, что виноват чрезвычайно смертельный грибок, возможно внеземного происхождения.

Скалли и Малдер идут по следу санитара-мутанта, обладающего невероятной способностью к регенерации частей тела и питающегося зараженными раковыми клетками органами. В ходе расследования Скалли выясняет, что больна раком.

Агент Скалли отправляется в Филадельфию для слежки за членом русской мафии Пудовкиным. В местном тату-салоне она случайно знакомится с Эдом Джерсом. Между Даной и Эдом возникают романтические чувства. Но разумом Эда овладела татуировка в виде женщины на его руке, которая ревниво относится к новым отношениям своего носителя.

Агент Малдер пытается восстановить цепочку событий во время похищения Скалли пришельцами, приведшего, по его мнению, к тому, что его напарница оказалась больна раком. Следы приводят его к закрытой правительственной клинике, в которой проводятся секретные эксперименты с яйцеклетками похищенных женщин.

Агенты ФБР расследуют гибель молодого неонациста в Бруклине, на теле которого обнаружены отпечатки пальцев убитого незадолго перед этим еврея Исаака Лурье. Малдер считает, что в деле замешан голем - дух мщения из древних иудейских легенд.

В ходе расследования череды убийств высокопоставленных американских военных агенты Малдер и Скалли выясняют, что имеют дело с одержимым жаждой мести солдатом - Натаниэлем Тигером. Брошенный генералами во вьетнамском плену на долгие годы, Тигер овладел уникальным приемом - исчезать прямо на глазах.

ФБР расследует крушение гражданского авиалайнера в окрестностях Нью-Йорка. На борту погибшего самолета находился знакомый агента Малдера - уфолог Макс Фенниг, который перевозил нечто, что должно было пролить свет на загадку летающих тарелок. Малдер считает, что в катастрофе виновен НЛО.

Агенты Малдер и Скалли пытаются выяснить правду о разбившемся под Нью-Йорком самолете у авиадиспетчера, за которым ведут охоту спецслужбы, желающие замести следы своей причастности к катастрофе.

Скалли и Малдер расследуют гибель ученого-криобиолога под колесами автобуса в Кембридже, штат Массачусетс. Перед своей гибелью учёный работал над созданием уникального замораживающего вещества, и его смерть может оказаться далеко не случайной.

В Мартинсбурге, штат Западная Виргиния, в разных семьях неожиданно рождаются дети с хвостами. Скалли и Малдер выясняют, что у всех этих детей один генетический отец, передавший им этот атавизм. Однако все роженицы клянутся мужьям в супружеской верности и винят во всем местного врача-гинеколога.

Вынужденный пойти на сделку с Курильщиком, заместитель директора ФБР Уолтер Скиннер тщательно заметает следы недавнего происшествия в супермаркете города Виенна, штат Виргиния, где продавщица погибла от многочисленных пчелиных укусов. Агент Малдер считает, что случившееся связано с секретными экспериментами правительства, не подозревая, что следствие запутано его непосредственным начальником.

Агенты Малдер и Скалли расследуют серийные убийства в Вашингтоне. Неожиданно главным фигурантом громкого дела становится сотрудник боулинг-клуба, мужчина с аутизмом - Гарольд Спаллер.

Агент Малдер просыпается ничего не помня, в дешевом мотеле в Провиденсе, Род-Айленд, испачканный в чужой крови. Вместе со Скалли он пытается разобраться, что произошло, и вскоре оказывается главным подозреваемым в деле об убийстве пожилой семейной пары.

Группа геодезистов обнаруживает в древнем леднике в канадской провинции Юкон замороженное тело инопланетянина. Малдер отправляется к леднику для получения неоспоримого доказательства существования внеземной жизни. Между тем болезнь Скалли прогрессирует, и она попадает в больницу.

В квартире агента Малдера найден мужской труп с обезображенным выстрелом лицом. Агент Скалли опознает в погибшем своего напарника. Случившееся с агентом Малдером каким-то образом связано с секретными проектами Министерства обороны США.

Болезнь Скалли резко обостряется и она оказывается при смерти. Чтобы спасти ее, агенту Малдеру придется пойти на сотрудничество со своим злейшим врагом - Курильщиком. Тем временем, агенты влияния Синдиката внутри управления ФБР пытаются убрать мешающего им Скиннера.

В 1989 году, до открытия отдела "Секретных материалов" молодой агент Малдер занимается делом экстремистки Сьюзанн Модески, похитившей важные государственные секреты, что приводит его в Балтимор, где он знакомится с "Одинокими стрелками".

Агенты Малдер и Скалли расследуют нападения на людей в национальном заповеднике Апалачикола в штате Флорида. Их противником оказываются загадочные лесные существа, умеющие становиться практически невидимыми.

Малдер и Скалли отправляются в странный городок Альбион, штат Индиана, где местная жительница заявила об изнасиловании ее неким чудовищем. По прибытии на место агенты ФБР выясняют, что местный учёный проводит сомнительные генетические эксперименты с живыми существами.

Проводя рождественские праздники со своими родными в Сан-Диего, агент Скалли получает загадочный телефонный звонок, который приводит ее в дом, в котором было совершено самоубийство женщины. Эмили - маленькая приемная дочь погибшей сильно напоминает Скалли ее собственную умершую сестру Мелиссу.

За маленькой Эмили начинается настоящая охота с целью сокрытия следов проводимых над ней экспериментов. Агент Скалли встает на защиту девочки, в то время как Малдер пытается выяснить обстоятельства появления ее на свет.

Из тюрьмы сбегает опасный преступник Роберт Моделл по кличке "толкач", обладающий невероятным умением заставлять людей выполнять все, что он захочет. Агенты Малдер и Скалли задействованы в поисках беглеца в качестве экспертов, когда-то уже задерживавших его.

Агенты Малдер и Скалли расследуют дело о странной гибели мужчины в городе Коатс-Гроув, штат Мичиган. В причастности к смерти подозревается приемный сын погибшего.

Во время своих выходных в прибрежном городке Амма-Бич, штат Мэн, агент Скалли оказывается в эпицентре мистической истории. Неизвестная дьявольская сила, заключенная в старой кукле, жестоким образом убивает людей.

Расследуя гангстерскую перестрелку в небольшой вашингтонской кофейне, в ходе которой случайно погиб компьютерный гений, Малдер и Скалли сталкиваются с сверхразвитым искусственным интеллектом, грозящим вырваться из-под контроля.

Во время расследования случаев предполагаемого вампиризма в городке Чейни, штат Техас, агент Малдер убивает осиновым колом подозреваемого подростка. Чтобы избежать обвинения в убийстве, Малдер и Скалли, излагая друг другу разные варианты одного дела, пытаются восстановить общую картину событий, приведших к убийству.

В Казахстане заживо сгорают несколько десятков людей, а единственного выжившего забирает в секретный лагерь Алекс Крайчек. То же самое вскоре происходит на горе Скайленд, где ранее была похищена Скалли. В это время Малдер и Скалли встречаются с Кассандрой Спендер, заявляющей, что когда-то похищавшие ее инопланетяне вскоре вновь "призовут" ее.

Скалли подвергает себя сеансу регрессивного гипноза, чтобы вспомнить произошедшее на плотине Раскин в Пенсильвании, где были сожжены заживо несколько десятков людей, ожидавших прибытия инопланетян. Между тем, Синдикат испытывает на зараженной "черным маслом" Марите Коваррубиас произведенную в России вакцину.

Незадолго до начала своей службы в "Секретных материалах" Фокс Малдер встречается с бывшим агентом ФБР Артуром Дейлсом, который рассказывает ему свою теорию заговора о событиях далекого 1952 года, в которых были замешаны отец агента Малдера и секретные правительственные эксперименты над американскими солдатами.

В Вилмингтоне, штат Делавэр, по подозрению в убийстве наркодилера задержана слепая девушка. Прибывшие разобраться в обстоятельствах дела агенты Малдер и Скалли сталкиваются с феноменом: девушка паранормальным образом связана с убийцей и способна видеть мир его глазами.

Скалли и Малдер ведут расследование таинственной гибели девочки-инвалида, у которой неизвестным способом при смерти выгорели глаза. Выясняется, что у девочки есть три сестры-близняшки, которым также грозит смертельная опасность - за их души ведет борьбу сам дьявол.

Совместная операция ФБР и ЦРУ по задержанию опасного террориста провалена: преступнику удалось бежать. Скалли начинает подозревать Малдера в том, что он специально отпустил террориста, так как сотрудничает с экстремистской антиправительственной организацией, задумавшей крупномасштабное применение новейшего биологического оружия на территории США.

Один из сотрудников компании "Вайнил Райт" в Оак-Брук, штат Иллинойс, подозревает своего начальника в том, что тот является насекомоподобным монстром, обращающим своих подчиненных в зомби. Он начинает анонимно угрожать компании вооруженной акции. Для предотвращения теракта ФБР внедряет в компанию своего человека - агента Малдера.

Во время международного шахматного турнира в Ванкувере снайперской пулей убит российский гроссмейстер Анатолий Клебанов. Вопреки мнению ведущего дело агента Спендера, Малдер предполагает, что настоящей целью стрелка был юный американский шахматист-вундеркинд Гибсон Прэйс, обладающий способностью читать мысли. Чтобы добраться до мальчика, Синдикат прибегает к услугам Курильщика. На этот раз под угрозой существования оказывается сам отдел "Секретные материалы".

ФБР восстанавливает отдел "Секретные материалы", однако отстраняет от работы в нем агентов Малдера и Скалли и передает дела специальным агентам Спендеру и Фоули. Тем временем Курильщик использует телепатические способности похищенного Синдикатом вундеркинда Гибсона для поимки инопланетного существа.

Агент Малдер оказывается в одной машине с вооруженным преступником Патриком Крампом, который приказывает ему вести машину по пустыне Невады в западном направлении на высокой скорости, ни в коем случае не останавливаясь. Остановка или снижение скорости причиняет Крампу страшные головные боли.

Отправившись в Бермудский треугольник на поиски исчезнувшего во время Второй мировой войны круизного лайнера, агент Малдер попадает в зону временной аномалии и оказывается в 1939 году на захваченном нацистами корабле.

При попытке проникнуть в зону 51, Малдер и Скалли становятся свидетелями полета секретного летательного аппарата. Из-за созданной аппаратом временно-пространственной аномалии агент Малдер меняется телами с Моррисом Флетчером - человеком из службы безопасности зоны 51. Пока Малдер пытается выбраться с закрытой территории, Флетчер в его теле занимается вычислением источника утечки информации.

Малдер, находящийся в теле Флетчера, обвиняется руководством зоны 51 в разглашении секретной информации о военных экспериментах. Тем временем, Скалли начинает подозревать, что ее напарник - не тот, за кого себя выдает.

В канун Рождества Малдер привозит Скалли в заброшенный особняк в Мэриленде. По его словам, этот дом населен призраками. Скептически настроенная Скалли вскоре вынуждена поменять своё мнение, лицом к лицу столкнувшись с духами давно погибших влюбленных.

Агент Спендер отвергает дело о предполагаемом похищении нерожденного ребенка демоном в Роаноке, штат Виргиния. За дело берется агент Малдер, который в ходе расследования сталкивается с демонической сущностью отца погибшего малыша.

Малдер и Скалли отправляются в город Кронер, штат Канзас, расследовать аномальные погодные явления. Они выясняют, что погода в городе тесно связана с эмоциональным фоном одного из местных жителей.

Замдиректора ФБР Уолтер Скиннер заражен неизвестной науке смертельной болезнью. У Малдера и Скалли есть 24 часа, чтобы найти лекарство и спасти своего бывшего начальника.

Замдиректора Кёрш дает Скалли шанс вернуться к расследованиям значимых дел, разлучив ее с агентом Малдером. Скалли отправляется в Нью-Йорк, чтобы разобраться в сверхъестественной способности местного фотографа прибывать на место преступления как раз вовремя, чтобы заснять последние мгновения жизни умирающих людей.

С возвращением Кассандры Спендер близится начало запланированной колонизации Земли пришельцами. Членам Синдиката предстоит определиться с судьбоносным выбором стороны в битве колонистов и повстанцев, а агентам Малдеру и Спендеру - узнать страшную правду о своем прошлом.

Синдикат достигает апогея в своих планах и сталкивается со своей судьбой. Малдер и Скалли пытаются спасти Кассандру Спендер от предназначенной ей роли в грядущем вторжении инопланетян.

Вернувшиеся к "Секретным материалам" Малдер и Скалли отзываются на просьбу бывшего агента ФБР Дэйлса и отправляются в город Бэдлэнд, штат Флорида, оказавшийся во власти урагана. Им предстоит столкнуться с неизвестным науке хищным организмом, обитающим в воде.

Малдер и Скалли оказываются в ловушке временной петли, снова и снова переживая события одного и того же дня, в котором они оба погибают от взрыва бомбы во время ограбления банка.

В калифорнийском городке Аркадия бесследно пропадают жители. В интересах расследования Малдер и Скалли под видом супружеской пары заселяются в городок и вскоре выясняют, что странная любовь местных жителей к строгому распорядку обусловлена страхом перед неизвестным монстром.

В порту Лос-Анджелеса с грузового судна сбегает редкий красный волк из Азии, убив двух грузчиков. Дикое животное принимается убивать людей, проявляя при этом вполне человеческий интеллект. Малдер обращается к специалисту по волкам - своей подруге по переписке для помощи в расследовании.

Из тюрьмы Стрингер, штат Миссисипи, при странных обстоятельствах сбегает заключенный. При попытке его задержания агенты Малдер и Скалли обнаруживают, что он имеет аномальную способность проходить сквозь твердые электропроводящие предметы.

Скалли заводит случайное знакомство с новым соседом Малдера - молодым писателем Филиппом, к которому начинает испытывать загадочное влечение. Выясняется, что книга, которую пишет Филипп, связана с происходящими в Вашингтоне убийствами, где сердца жертв словно вынимают из грудных клеток без видимых внешних повреждений.

Бывший полицейский Артур Дейлс рассказывает агенту Малдеру историю чернокожего бейсболиста из Розуэлла, который на самом деле оказался инопланетянином, влюбленным в спорт землян.

Одинокие Стрелки убеждают агента Скалли помочь им решить проблему их старой знакомой Сьюзан Модески, жених которой занимается разработкой мощного психотропного препарата для совершения политических убийств.

Малдер и Скалли отправляются в леса Северной Каролины расследовать загадочную гибель семейной пары, от которой за несколько дней остались только лишенные плоти кости. Во время расследования агенты обнаруживают гигантскую колонию галлюциногенных плотоядных грибов.

В Кот-д’Ивуар найден артефакт предположительно неземного происхождения, с написанными на нем символами языка навахо. Агент Скалли обнаруживает, что в артефакте зашифрована информация о происхождении человечества. В это время Малдер испытывает резкое ухудшение психического здоровья и обращается за помощью к агенту Фоули.

В то время, как Скалли исследует инопланетный артефакт в Африке, Уолтер Скиннер и Майкл Кричго пытаются спасти Малдера, запертого в психиатрической клинике.

Курильщик похищает Малдера из психиатрической клиники, чтобы использовать в своих целях. Скиннер и Скалли с помощью Майкла Кричго пытаются разыскать и спасти Малдера.

Малдер и Скалли отправляются в Коста-Месу, штат Калифорния, для расследования жестокого убийства ночного посетителя придорожного кафе. Им предстоит столкнуться с мутантом-каннибалом, испытывающим опустошающее чувство голода.

Малдер и СКалли противостоят тайной организации "Тысячелетие", верящей в скорый конец света и занимающейся воскрешением мертвецов. Агенты ФБР обращаются за помощью к бывшему коллеге Фрэнку Блэку, ранее имевшему дело с этой организацией.

В Питтсфилде, штат Виргиния, агенты Малдер и Скалли сталкиваются с группой подростков, получивших аномальную способность ускорять свои движения до недоступной человеческому глазу скорости.

Агенты Малдер и Скалли отправляются в Чикаго для расследования дела Генри Уимза - самого везучего человека в мире, за которым охотится местная мафия.

Из тюрьмы в штате Иллинойс сбегает маньяк-фетишист Донни Пфэстер. Ранее имевшие с ним дело Малдер и Скалли берутся вновь поймать преступника. В организации его побега они подозревают священника Орисона, владеющего техникой гипноза.

Малдер и Скалли отправляются в Санта-Монику для расследования обстоятельств гибели уличного фокусника Удивительного Малини, который неожиданно оказывается жив.

Городок Блессинг, штат Теннесси, сотрясает череда ритуальных убийств. Явившиеся для расследования агенты Малдер и Скалли сталкиваются с Церковью Бога Знамений и Чудес.

Малдер и Скалли ведут дело о похищении маленькой девочки в Сакраменто, штат Калифорния. Несмотря на то, что улики указывают на причастность серийного маньяка, Малдер фанатично верит в версию об инопланетянах. Во время этого расследования он переживает большую личную потерю.

С помощью экстрасенса Гарольда Пиллера агент Малдер приходит к пониманию того, что ему пора прекратить поиски сестры.

В ходе расследования странных убийств в Уиллоу-парк Малдер и Скалли встречаются со съемочной группой реалити-шоу "Cops". Малдер, считавший, что они охотятся за оборотнем, выясняет, что монстр питается страхом смерти.

Одинокие Стрелки вызывают Малдера и Скалли в штаб-квартиру видеоигровой компании для расследования гибели игрока во время бета-тестирования новейшей компьютерной игры, моделирующей виртуальную реальность.

Скалли и Малдер расследуют дело врача-хирурга Ирвина Тэлбро, семье которого угрожает неизвестный человек. Агенты подозревают, что в деле замешано черное колдовство.

Курильщик предлагает Скалли отправиться вместе с ним в путешествие на автомобиле через всю страну для поисков лекарства от всех болезней. Главное его условие - Малдер не должен ничего знать о поездке.

Агент Малдер отправляется в городок Бетани, штат Вермонт, для расследования жестокого убийства местной жительницы. Во время расследования он выясняет, что в деле замешаны силы потустороннего мира.

Серия совпадений приводит Скалли к доктору Дэниэлу Уотерстону, женатому мужчине, с которым у неё был роман в медицинском колледже. Когда тот впадает в кому, она отбрасывает свои предрассудки и прибегает к альтернативной медицине для его спасения.

Уолтер Скиннер обеспечивает защиту свидетелю в деле против табачной компании «Morley», но тот погибает при таинственных обстоятельствах. Вызванные на помощь Малдер и Скалли вскоре обнаруживают, что новая марка сигарет хранит страшный секрет.

Уэйн Федерман, голливудский продюсер и приятель Уолтера Скиннера по колледжу, решает снять фильм на основе работы Малдера и Скалли. Агенты вынуждены терпеть кинодела, путающегося под ногами во время расследования.

Загадочная волна насилия поразила Канзас-Сити. Расследующие обстоятельства дела Малдер и Скалли обнаруживают, что всему виной две женщины, похожие друг на друга как две капли воды. Дело осложняется тем, что они обладают мощной психокинетической силой, и влюблены в одного и того же мужчину.

За помощью в ФБР обращается житель Сент-Луиса, у которого паранормальным образом исчез рот. Расследую странное дело, Малдер и Скалли встречаются с женщиной-джинном - древним могущественным духом, исполняющим желания.

Малдер и Скалли возвращаются на место своего первого расследования, где по рассказам очевидцев упала летающая тарелка. У Скалли ухудшается здоровье и она отстраняется от дела. Оставшийся в одиночестве Малдер еще не подозревает, что именно он является главной целью для похищения инопланетянами.

Никто не верит, что Малдера похитили пришельцы, несмотря на главного свидетеля — заместителя директора Скиннера. Скалли и Скиннер начинают собственный поиск Малдера, но новый агент, которому поручили работать со Скалли вмешивается в расследование.

По мере того, как поиски Малдера в пустыне Аризоны становятся интенсивнее, Гибсон Прайз убеждает Скалли, что она ближе к своей цели, чем предполагает.

С азартом взявшись за свое первое дело из разряда секретных материалов о серии жутких убийств, связанных с существом, похожим на летучую мышь, Доггетт быстро выясняет, что его техника расследования немного отличается от техники расследования Скалли.

Скалли отказывается от помощи Доггетта в расследовании дела о религиозном культе, чьи служители поклоняются существам, похожим на слизней.

Похищенный десять лет назад маленький мальчик, не повзрослевший ни на день, внезапно возвращается домой.

Прокурор, обвиняемый в убийстве собственной жены, пытается доказать свою невиновность, но время в его жизни идет в обратную сторону.

Доггет и Скиннер пытаются предотвратить таинственные убийства, которые не входят в рамки обычного. Убийца — лидер религиозного культа, который не оставляет улик на месте преступления.

Снайпер, умеющий видеть сквозь стены, убивает людей. В деле замешаны два специалиста по уничтожению насекомых.

Недавно похороненный Рэй Пирс восстает из мертвых. Все люди, работавшие над проектом «умного металла» оказываются жертвами его мести.

Из Индии в Вашингтом прибывает последователь мистического культа, намеренный отомстить смертью за смерть. Как Скалли и Доггет остановить мага, который умеет изменять окружающую реальность?

Узнает о старом расследовании Малдера, которое тот держал в тайне от Скалли, Доггет отправляется по следам Малдера. В небольшом городке, где побывал Малдер за неделю до своего исчезновения, Доггет встречает женщину, которая явно что-то скрывает...

У Скалли и Доггетта есть лишь несколько часов, чтобы остановить распространение заболевания, появившегося в тоннелях метро Бостона. Скалли остается собирать информацию о болезни, а Доггет вместе с мини-камерой спускается в тоннель.

Чем больше Скалли узнает об искусственном оплодотворении женщин пришельцами, тем больше она задумывается о собственном ребенке и причинах его появления.

Доггетт просит другого агента помочь в деле похищения Малдера. Но когда внезапно люди, похищенные одновременно с Малдером, начинают возвращаться, страхи охватывают Скалли с новой силой.

"Одинокие стрелки" вместе с Уолтером Скиннером, Скалли и Доггетом хоронят найденное тело Малдера, прощаясь с ним навсегда. Но спустя три месяца когда один из похищенных "восстает из мертвых", и у Скалли появляется надежда на воскрешение недавно похороненного Малдера.

Заместитель директора Керш весьма доволен работой агента Доггета, за время работы которого процент раскрываемости дел существенно повысился, а потому не видит смысла в возвращении Малдера. В попытке вернуться к «Секретным материалам», Малдер переоценивает свои силы при поисках новых доказательств колонизации Земли инопланетянами.

Агент Рейес заручается поддержкой Малдера, пытаясь найти связь убийцы с оставшимся нераскрытым делом смерти малолетнего сына Доггетта. Узнав о том, что к делу присоединился Малдер, Доггет обрушивается на Малдера с обвинениями...

Малдер и Доггетт, сами того не желая, вынуждены вместе вести расследование смертей на борту плавучей буровой платформы, которая, по убеждению Малдера, на самом деле перевозит "чёрное масло" пришельцев.

Вместе с новой напарницей Лейлой Харрисон, назначенной в отдел "Секретные материалы" на то время, пока Скалли будет находиться в отпуске по беременности, Доггетт ведет расследование таинственного исчезновения двух людей. После исчезновения самого Доггетта Малдер, вопреки приказам, присоединяется к поискам.

Неофициальное расследование, проводимое Малдером и Доггетом, открывает новые факты истории беременности Скалли и раскрывает заговор против ее не рожденного ребенка.

Доггет, Малдер и заместитель директора ФБР Скиннер пытаются опередить инопланетных преследователей, чтобы обеспечить безопасное появление на свет ребенка Скалли.

Подруга Доггетта по морской службе, используя свою сверхъестественную способность находиться под водой, топит по неизвестным причинам двух человек. В результате предпринятого расследования, Скиннер и Доггетт попадают на завод по переработке отходов, где внезапное появление бывшей сослуживицы подвергает жизнь агента смертельной опасности...

Доггетт узнает от Шеннон Макмахон, что она является биологическим роботом, продуктом военной науки пятидесятых. Тайна, которую открывает бывшая боевая подруга агента, заставляет Доггетта и Скалли пойти на крайние меры...

Доггетт и Рейес расследует странные обстоятельства убийства женщины собственным мужем, принявшего свою жену за незваного гостя, проникшего в дом. Агенты приходят к выводу, что супруги стали жертвами сатанинского культа.

Убийца не остановится ни перед чем, чтобы убить Доггета и Рейес. Или нет? Единственное, в чем можно не сомневаться, так это в том, что он на шаг впереди агентов.

Во время записи трюков для кабельного шоу погибает подросток. Но причиной его гибели может оказаться не просто неудачное падение.

Скалли надеется на возвращение Малдера, когда информация, полученная от незнакомца, заставляет ее задуматься о том, что заставило Малдера скрыться. А ее доверие незнакомцу может стоить Малдеру жизни.

Агент Доггет приходит в себя в маленьком мексиканском городке, ни имея понятия кто она такой. Он пытается восстановить свое прошлое. Как он потерял память? И как оказался в незнакомом городе?

Убежденная, что перед ней очередное дело из серии секретных материалов, Рейес ищет убийцу, который заживо сдирает людей кожу. Но агента не покидает ощущение странной личной причастности к делу.

Заполучив рисунки с поверхности космического корабля, ФБР прячет их от сотрудников отдела секретные материалы, и есть только один человек, который может объяснить значение таинственных символов — Скалли.

При пересечении границы погибает нарушитель. Руководство ФБР пытается скрыть от Скалли, что погибший является агентом, внедрённым в секту, поклоняющуюся культу НЛО. В это время религиозные фанатики готовят очередную страшную акцию...

Доггет и Скалли ищут ответы на вопросы, как спасти жизнь Рейес после ранения в ужасной автокатастрофе. А Рейас в свою очередь тоже пытается остаться в живых в неизвестности между жизнью и смертью.

Агент Доггет вынужден заново начать свое расследование 13-летней давности, потому что убийцу, которого он посадил, оправдали отпускают на волю. Доггет твердо стоит на своем первоначальном заключении, которое не совпадает с теорией Скалли и Рейс.

Агенты Моника Рейес и Дана Скалли полагаются на собственные познания в нумерологии и таинственного незнакомца, помогающего поймать серийного убийцу.

Агент Лейла Харрисон снова просит Доггета, Скалли и Рейес помочь ей в расследовании убийства. Скалли обнаруживает необъяснимое сходство гибели женщины и ее кота. Малолетний сын погибшей утверждает, будто его мать и кота убили монстры. Доггетт и Рейес уверены, что жизнь мальчика под угрозой. Им даже не приходит в голову, что именно мальчик представляет опасность для окружающих...

На Карибских островах с яхты небезвестного сотрудника Зоны 51 Морриса Флетчера злоумышленники похищают девушку, а судно взрывают. Моррис настаивает на участии в расследовании Рейес и Доггетта. Пострадавшему удается заинтересовать агентов, которые надеются с его помощью выйти на совершенного солдата. Но в ходе следствия выявляются факты, ставящие под сомнение невиновность жертвы...

Доггетт задерживает в своём офисе незнакомца с обезображенным лицом, утверждающего, что его уродство — последствие провалившегося правительственного эксперимента по превращению его в инопланетянина. Результат взятого у незнакомца теста на ДНК не только не вносит ясности, но создаёт ещё большую путаницу. Оказавшись в квартире Скалли, неизвестный делает маленькому Уильяму инъекцию…

Доггетт по анонимной наводке находит замурованный в стене труп. Скалли обнаруживает сходство почерка преступления с убийством сына Доггетта, совершенного 9 лет назад. Молодой курсант ФБР помогает безутешному отцу выйти на след предполагаемого злоумышленника. Однако скоро выясняется, что курсант учится в академии под вымышленной фамилией...

Происходят два загадочных убийства в точной копии дома из популярного телесериала «Семейка Брэдли». Агенты пытаются найти связать между этими преступлениями и человеком, живущим в доме. Доггету и Рейес удается выяснить, что владелец особняка Оливер Мартин обладает психокинетическими способностями. Пользуясь удивительным даром, он подвергает себя смертельной опасности…

Бывший агент Малдер, пытаясь проникнуть в секретную правительственную базу, случайно убивает человека. Теперь Малдеру грозит военный трибунал, но он отказывается давать показания, которые могли бы спасти его жизнь...

Агент Скалли отчаянно пытается спасти жизнь своему бывшему напарнику, который внезапно начинает видеть духи умерших врагов и друзей, готовых ему помочь. Однако задача Малдера не только спасти себе жизнь, но и раскрыть все правительственные заговоры против "Секретных материалов", используя информацию от Курильщика, скрывающегося в руинах пустыни...

Фокс Малдер и Дана Скалли связываются с Тэдом О'Мэлли, ведущим популярного конспирологического интернет-шоу, который считает, что раскрыл большой правительственный заговор. С помощью заместителя директора ФБР Уолтера Скиннера, О'Мэлли хочет заручиться поддержкой бывших агентов Секретных материалов Малдера и Скалли, которые с тех пор разорвали отношения с ФБР. Через О'Мэлли они знакомятся со Светой, возможной жертвой похищения инопланетянами, которая делится шокирующей информацией, оспаривающей все, во что Малдер когда-либо верил о существовании инопланетян и роли правительства в их сокрытии.

Учёный, работающий на Министерство обороны США, неожиданно совершает самоубийство. В ходе расследования Малдер и Скалли находят секретную лабораторию, где уже на протяжении десятилетий изучают детей с генетическими заболеваниями.

Когда в лесу находят мертвое тело, Малдер и Скалли проводят расследование, было ли это нападение животного, серийного убийцы или может быть странного существа, которое описали очевидцы. Тем временем, Малдер противостоит своим собственным демонам в чувстве разочарования в деле всей своей жизни.

Малдер и Скалли отправляются на расследование убийства городского чиновника, которое вряд ли мог бы совершить человек. Тем временем, Скалли сталкивается с личной трагедией, которая возвращает былые чувства к ребенку, которого она отдала на усыновление.

Когда взрывают художественную галерею, которая выставляет потенциально нежелательное искусство, Малдер и Скалли ищут какой-то способ общения с подрывником, находящимся в коматозном состоянии, с целью предотвращения будущих атак. Между тем, пара молодых агентов ФБР ведущих дело, давит на Малдера и Скалли, чтобы проверить свои собственные убеждения, поскольку Скалли ищет ответы в неврологии, а Малдер в мистике.

Расследование, которое Малдер и Скалли начали со сторонником теории заговора и ведущим веб-ТВ-шоу Тэдом О`Мэлли, кажется, пробудило могущественных врагов. Распространяется паника, когда люди по всей стране начинают тяжело заболевать, и Скалли должна попытаться найти лекарство. Тем временем, Малдер сталкивается с человеком, который, как он считает, стоит за всем этим, но другая фигура из прошлого Малдера и Скалли может оказаться ключом к их спасению.

События продолжаются после шокирующего финала 10 сезона. Малдер и Скалли узнают, что они не единственные, кто отчаянно ищет своего давно потерянного сына, Уильяма. Судьба всего мира может зависеть от этого.

Старый друг обращается к Малдеру и Скалли, казалось бы, невозможным способом, открывая страшную тайну.

Поток смертей, в которых жертвы страдали от собственных двойников, приводит Малдера и Скалли к паре близнецов, играющих в опасную игру.

Исследуя идею эффекта Манделы, в которой большие группы людей помнят альтернативную историю, Малдер и Скалли узнают, как, возможно, могли возникнуть "Секретные материалы".

Когда пара девочек-подростков нападают друг на друга, каждая из которых считает другую монстром, Малдер и Скалли обнаруживают, что их расследование может привести к их давно потерянному сыну, Уильяму.

Скиннер выходит из себя, когда события из его прошлого возвращаются и преследуют его. Когда Малдер и Скалли пытаются найти его, их растущее недоверие к нему достигает своего пика.

В мире постоянно растущей автоматизации и искусственного интеллекта, Малдер и Скалли оказываются мишенями в смертельной игре в кошки-мышки.

Малдер и Скалли расследуют жестокое нападение животного на маленького мальчика в Коннектикуте, подозревая, что в этом могут быть замешаны темные силы.

Расследуя кражу человеческих органов, Малдер и Скалли раскрывают таинственный культ, использующий жуткие ритуалы.

Малдер и Скалли стремятся найти сбежавшего Уильяма, в то время как Курильщик готов привести в действие свой окончательный план.