Бастард приближенного к Медичи человека, Леонардо да Винчи слывет дерзким и беспринципным изобретателем, который, узнав о смерти герцога Милана и отсутствии армии у Флоренции, предлагает Лоренцо нанять его военным инженером. Между тем спасенный Леонардо турецкий чужестранец заставляет мужчину вернуться в воспоминания детства, а также рассказывает тому о тайном братстве и о загадочной книге, найти которую предстоит да Винчи. В это же время, успешно выполнив очередной заказ, Лео наконец добивается внимания приглянувшейся ему дамы, не подозревая, кем она является на самом деле.

Демонстрация изготовленного Да Винчи оружия проходит не так удачно, как хотелось бы, однако Лоренцо дает инженеру еще один шанс. Между тем, заполучив тело повешенного, Лео обнаруживает любопытную находку, являющуюся зацепкой к нахождению более ценной вещи. В то же время за художником начинается охота со стороны племянника Папы, графа Риарио, который вскоре наносит визит де Медичи, вынуждая того объявить Риму войну. Леонардо же получает неожиданное предложение, находит способ улучшить работу своего военного изобретения, а также узнает о шпионе при дворе.

Появление в городе обезумевшей сестры из монастыря заставляет Ванессу вернуться в дом господень, однако это оказывается не лучшей идеей — вскоре она, как и большая часть монахинь, становится одержимой бесами. Чтобы решить проблему, угрожающую их репутации, Медичи посылает Джулиано разобраться в ситуации. Вместе с ним отправляется и да Винчи, обеспокоенный судьбой девушки и подозревающий в произошедшем нечто большее, чем божью кару. Тем временем Лоренцо продолжает поиски шпиона, и Лукреции приходится постараться, чтобы отвести от себя подозрения.

Арест Бекки вызывает протест у Джулиано, уверенного, что давнего друга семьи подставили. Стараясь переубедить брата, мужчина заручается поддержкой двух главных дам сердца Лоренцо, не подозревая, что довериться одной из них окажется плохой идеей. Между тем, получив от младшего Медичи сведения о вооружении соперника, Риарио выдвигает Флоренции ультимативные требования о капитуляции. В руках да Винчи вновь оказывается судьба города, в то время как общение с Орсини раскрывает художнику тайну древнего семейства, служащую ниточкой к цели его поисков.

Стараниями Пацци Леонардо выдвигают обвинения не только в мужеложестве, но и в колдовстве, что означает смертную казнь. Пока Лукреция тщетно пытается образумить приспешника Риарио, заключенный изобретатель придумывает необычный способ оправдать себя, используя кое-что посерьезней, чем подкуп судьи. Тем временем Лоренцо делает все, чтобы уговорить прибывших ко двору короля Фердинанда и его супругу наладить финансовые отношения с Флоренцией. Да Винчи же ждет встреча с недавним знакомым, а также возвращение части подавленных воспоминаний.

Направляемый Турком Леонардо отправляется во владения графа Цепеша, недавно пленившего восточного картографа, владеющего подсказкой к местонахождению книги жизни. Лоренцо тем временем заключает с герцогом Урбино соглашение по совместному захвату близлежащих земель, а также предлагает своим соперникам неожиданный союз. Джулиано же начинает поиски шпиона, используя для этого книгу учета нарушивших комендантский час людей, Орсини пытается придумать, как продолжить род Медичи, а Лукреция, сама того не зная, подписывает себе смертный приговор.

Получив наводку на местоположение ключа, Да Винчи решает проникнуть в хранилище Ватикана, где сталкивается с самим Папой, который демонстрирует ему сокровище своей коллекции и предлагает сделку. Однако это оказывается не единственным открытием Леонардо — встреча с таинственным заключенным открывает художнику глаза на истинную личность шпиона при дворе. Рассекретить инкогнито последнего получается и у Джулиано, однако будет ли у мужчины шанс рассказать о своих выводах брату? Зо с Нико между тем предстоит сражение с неожиданно появившимся противником, итог которого оборачивается приятным сюрпризом для их друга и наставника.

Еще раз встретившись с Турком, Леонардо готовится к путешествию за книгой жизни, в процессе подготовки к которому находит важный предмет, способный помочь мужчине в его поисках. Однако вскоре художнику приходится сделать непростой выбор, ставящий под угрозу его миссию. Тем временем чудом выжившему Джулиано предстоит нелегкий путь ко двору брата, в ходе чего мужчину ждет не одно сражение. Пацци с Риарио между тем решают поставить точку в затянувшемся фарсе и покончить с Медичи, в то время как Ванессу и Лоренцо ждут неожиданные новости, как приятные, так и не очень.

Стараниями верных дому Медичи людей Орсини удается укрыться во дворце, откуда та пытается организовать сопротивление Пацци и остальным захватчикам. Риарио, тем временем, выпытывает у Лукреции возможное местонахождение Да Винчи, однако одержимость мужчины преследованием художника не находит понимания у его окружения. Леонардо же, в попытках спасти Лоренцо, решает использовать описанный арабским ученым новаторский метод, в ходе чего его посещает видение. В это же время Нико и Зо попадают в ловушку недавнего противника, имеющего на одного из них далеко идущие планы.

Не в силах подтвердить, что ее супруг жив, Орсини вскоре узнает о еще одной проблеме помимо Пацци, настраивающего горожан против Медичи. Да Винчи, тем временем, организует для Лоренцо возможность прилюдно выступить перед народом, после чего решает вернуться к своей главной миссии с помощью плутоватого знакомого. Между тем Папа заручается поддержкой короля Неаполя, чтобы завладеть Флоренцией, Ванесса начинает жить при дворце, а Леонардо встречает, казалось бы, погибшую возлюбленную и получает ценный подарок.

Король Ферранте, Урбина и Папа заключают соглашение, направленное против Медичи, тем самым понижая шансы Флоренции найти достойных союзников. Чтобы разрешить ситуацию, Лоренцо готовится нанести личный визит Сиксту, оставив Орсини замещать его в важных вопросах. После провала обманного маневра по завладению одним из кораблей, Леонардо, вдохновленный морскими обитателями с рыбного рынка, изобретает невиданное ранее устройство, позволяющее ему с Зо незаметно добраться до нужного им судна и провернуть операцию по его захвату. Меркури же решает проверить любопытную информацию, которая открывает ему ужасную правду.

Освободив рабов, Да Винчи старается убедить их, что земля круглая и им ничего не угрожает, а также использует все возможности, чтобы найти путь к своей цели. В это же время Риарио в надежде отыскать местоположение книги жизни пытается склонить Нико на свою сторону, однако встречает от юноши достойный отпор. Между тем Лоренцо с Пьеро в процессе своего путешествия попадают в переделку, а Лукреция заручается помощью Меркури в попытках освободить отца из заключения.

Прибыв к неизведанным землям, Да Винчи с командой не только находят подсказки к нахождению книги жизни, но и встречаются с недружелюбно настроенными незнакомцами. Леонардо ждет смертельное испытание, встреча с верным другом и старым врагом, а также неожиданные вести о матери. Тем временем Лоренцо пытается использовать былые чувства к предмету своей первой любви для того, чтобы встретиться с королем Неаполя. Кларисса же заключает сделку с недавно объявившемся во Флоренции незаконным сыном Козимо ради удержания под контролем банковской системы.

Чтобы достичь заветной цели, Леонардо и Риарио приходится объединить усилия и пройти серьезные испытания, где один приоткроет завесу будущего, а второй навсегда попрощается с любимой. Между тем Лоренцо готовится выдержать проверку безумного правителя Неаполя и находит неожиданную поддержку в лице погибшего брата, в то время как Ипполита предлагает любимому альтернативное решение. Лукреция же в ходе своего путешествия встречается с Турком, предупреждающим женщину о страшном будущем человечества, которое нужно предотвратить.

Има соглашается отправиться под Небесный свод вместе со всеми выжившими пленниками, однако первое же испытание отрезает ее от Да Винчи и остальных. С помощью смекалки Леонардо успешно преодолевает все испытания, чтобы в конце, в шаге от несбыточной мечты, испытать предательство новой знакомой. Тем временем Лукреция встречается со старшим сыном турецкого султана Байезидом в надежде заключить сделку, а Карло предпринимает меры по устранению заказчика недавнего покушения на него, Клариссу и Ванессу.

Самоуверенным планам Байезида заключить мирный договор с Папой не суждено сбыться — при прибытии его ждет более чем прохладная встреча, в то время как Лукреция знакомится с советником султана, намеренным вызнать все ее тайны. Ипполита между тем делает все, чтобы Лоренцо заслужил уважение короля, но этого оказывается недостаточно в свете задуманного ее супругом противодействия Медичи. Да Винчи с соратниками же удается сбежать от Имы и ее армии, однако вместо книги Жизни Леонардо получает лишь очередную подсказку к ее местонахождению.

Возвратившись в родной город, Да Винчи оказывается свидетелем переворота, устроенного герцогом Урбино, но благодаря хитрости и новому изобретению художнику удается не только вырваться из плена, но и спасти Клариссу, Карло и своих друзей от расправы. Тем временем Лоренцо выдвигает королю заманчивое предложение, что идет вразрез с намерениями Папы, желающим любой ценой исправить сложившееся положение дел. Риарио же пытается найти свое место в жизни, а Лукреция подвергается изощренной пытке с целью узнать истинные намерения отца, пославшего ее ко двору султана.

Скорбя по наставнику, Леонардо пытается догнать его убийцу, но вместо этого, раненый, оказывается посреди леса, где его ждет встреча с Турком. Тот указывает художнику на иную интерпретацию подсказки матери, направляя Да Винчи в портовый город, куда в это же время прибывает Лукреция в качестве дипломата османской армии. Между тем, узнав о нанесенном Карло уроне, Орсини принимает нелегкое решение, в результате которого Ванесса неожиданно получает новый статус. Лео же придумывает способ, как дать отпор многочисленному турецкому войску, когда отец сообщает ему неожиданную новость.

Османский флот уже на подступах к Отранто, но Леонардо удаётся остановить турок с помощью своего изобретения — скорострельной пушки. Лоренцо и Альфонсо празднуют победу, но турки не собираются сдаваться так просто. Риарио вновь удаётся завоевать расположение Папы Сикста, с чьей помощью он надеется воплотить планы Лабиринта в жизнь. Кларисса Орсини прибывает в Рим и полна решимости разыскать Карло и заставить его заплатить за предательство родной семьи.

Леонардо, Зороастр и Пьеро пытаются выбраться из руин Отранто, не попав в лапы к туркам. В попытках спасти мирных граждан они оказываются заперты в церкви, со всех сторон окружённой противником. Казалось бы, выхода нет, но гений Леонардо всегда готов найти путь, по которому человек ещё не ступал. Риарио удаётся убедить Папу Сикста объявить крестовый поход, но для этого Ватикану нужно сперва заручиться поддержкой союзников, первым и важнейшим из которых является Венеция. Сикст поручает Риарио убедить Лауру Черету, прибывшую из Венеции за телом брата, пересмотреть соглашения республики с турками и примкнуть к воинству Господа.

Чтобы одолеть турок, Леонардо нужны союзники. В столь отчаянной ситуации он готов даже искать примирения с Папой Сикстом. Сикст готов предложить Леонардо место в крестовом походе, если тот докажет свою ценность, раскрыв убийство кардинала Родриго. Вместе с Риарио Лео начинает расследование, которое вскоре приведёт его к заклятому врагу. Тем временем Зороастр печалится о предательском союзе друга и впервые пробует опиум, а Никколо Макиавелли предпринимает попытку реформировать систему налогообложения Флоренции.

Со времён османского вторжения прошли годы. Турецкая армия была разбита, а сыны Митры повержены. Лабиринт уничтожил Книгу жизни, вышел из тени и открыто правит Римом. Леонардо да Винчи и его жена Лукреция живут тихой мирной жизнью неподалёку от священного города и растят сына, Андреа — верного последователя Лабиринта. Сам Лабиринт, в честь заслуг Лео перед новым режимом, закрывает на его вольнодумство глаза. Но что-то во всей этой картине не складывается.

Зо и Лео возвращаются во Флоренцию. Вскоре туда же прибывает и Риарио вместе с синьорой Черетой, намеренные убедить город присоединиться к Крестовому походу. Да Винчи сразу же запирается в своей полуразрушенной мастерской и начинает работать над оружием, способным одолеть Османскую армию, а Зороастр помогает Нико и Ванессе найти способ пополнить городскую казну. Тем временем Лукреция в поисках страницы из Книги жизни находит Лупо Меркури. Бывший кардинал сильно изменился с их последней встречи и теперь живёт затворником в лесу.

Леонардо понимает, что Риарио поражён тяжким душевным недугом, и пытается излечить его с помощью лекарств и бесед. Тем временем Флоренция объята охотой на демона Италии, убийцу, который, как теперь известно всем, прибыл в город. Нико и Ванесса ищут способ утихомирить город перед грядущим визитом Папы, намеревающегося присутствовать на торжествах по случаю похода, где Леонардо обещает продемонстрировать свои новейшие изобретения.

Лоренцо де Медичи удаётся сбежать из турецкого плена. Он возвращается во Флоренцию, приходит в бешенство от текущего положения дел и сразу же расторгает все только сложившиеся договорённости с Римом. Отныне Флоренция не считает себя частью Италии и живёт сама по себе. Леонардо пытается переубедить старого друга, но безуспешно. Вместе с Зо и Нико они отправляются на поиски новых союзников, которые помогут Крестовому походу преуспеть.

Леонардо возвращается в родной край, надеясь встретить там Софию и получить у неё страницу из Книги жизни. К несчастью, в Винчи его ждёт не только София, но и старый враг. А Зо и Нико прибывают ко двору князя Влада Дракулы. Увы, несмотря на то, что князь сразу признаёт наличие общего врага и видит резонность аргументов своих гостей, он всё ещё чересчур раздосадован их прошлым визитом — поэтому так просто Зо и Нико не отделаться.

Леонардо, София и Зороастр изучают устройство, созданное по чертежам из Книги жизни, и понимают, что смогут использовать его против турецких доспехов. Тем временем оснащённая теми же доспехами папская армия выдвигается навстречу турецкому войску. А во Флоренции идёт суд над Джироламо Риарио, который, впрочем, сразу признаёт себя виновным во всех убийствах и с радостью добавляет обвинению несколько новых пунктов.

Леонардо объясняет соратникам свой план и готовится к финальной стадии. Вместе с остатками разбитого папского войска он выходит дать османам последний бой, чтобы выманить их на открытую местность, где Зо и София смогут раз и навсегда покончить с врагом с помощью устройства из Книги жизни. Увы, чтобы с кем-то покончить, Зо и Софии требуется для начала выбраться из турецкого плена. А пока на юге разворачивается битва за жизни итальянцев, во Флоренции приговорённый к смерти Риарио начинает вести бой за их умы и души.