El renaciente artesano Leonardo da Vinci ha sido encargado por el poderoso Medici para crear un espectáculo de Pascua en Florencia. Después de algunas maniobras, Da Vinci es contratado para diseñar máquinas de guerra. Un misterioso turco intriga a Leonardo.

Leonardo continúa su búsqueda del Libro de las Hojas. El sobrino del Papa llega y se encuentra con su espía. Los diseños de guerra de Leonardo fallan, provocando un distanciamiento con los Medici. El Papa se entera de la destreza de Leonardo.

El Conde Riario habla de su derrota con el Papa y un preso misterioso. Un brote de posesiones demoníacas en un convento se atribuyen a los Medici, pero Leonardo busca una explicación racional.

Bechhi es arrestado y acusado de ser un espía de Roma. Los ejércitos de Roma y Florencia se enfrentan, y Leonardo revela su última arma.

Lorenzo ordena a Piero Da Vinci a defender a su distanciado hijo en la corte. Durante una actuación de la realeza, Leonardo sorprende al juez corrupto. De vuelta en su taller, Leonardo es sorprendido por el turco.

Una pista del turco sobre el Libro de Hojas envía a Leonardo a Valaquia, donde se encuentra con Vlad Dracula. Lorenzo y Piero se encuentran con el duque de Urbino. La búsqueda del verdadero espía continúa.

Leonardo construye un traje de buzo y utiliza las alcantarillas para entrar en el Vaticano, donde se encuentra con el Papa y el misterioso prisionero. Giuliano revela la verdadera identidad de espía de Roma

Los Pazzis preparan un complot criminal para el Domingo de Pascua. El turco le dice a Leonardo dónde encontrar el libro de las hojas. Lucrezia hace una confesión mientras Leonardo intenta salvar a los Médicis.

Los Pazzi hacen su movida mientras Leonardo apuesta por el futuro de Florencia. Riario, mientras tanto, progresa en su búsqueda del Libro de la Hojas.

Leonardo usa su intelecto para salvar a Florencia una vez mas, a medida que el Papa Sixto reúne fuerzas. Nico, por su parte, trata de resistirse a las tentaciones de Riario.

Leonardo sigue con la búsqueda de “El Libro”, del que sabemos de su existencia desde la primera temporada. Mientras, Lorenzo se ve obligado a hacer una serie de sacrificos, cuando el Papa Sixto toma una serie de medidas muy agresivas que afectan a Florencia. Lucrecia, por su parte, busca nuevas alianzas en Roma.

Leonardo intenta navegar el Atlántico sin mapas. Lucrezia se introduce de contrabando en el Vaticano para una reunión importante; La identidad de Lorenzo se descubrió durante su viaje a Nápoles.

Riario y Nico se reunen en el Nuevo Mundo con Leonardo. Mientras, Lorenzo trata de salvar su ciudad, Florencia, con la ayuda de la mujer que fue su gran amor en el pasado. Clarice intenta con todas sus fuerzas mantener el control del bando que apoya a su familia, Los Medici.

Al entrar en la Cámara del Cielo Leaonardo y Riario se encuentran con los nuevos desafíos que se les van a presentar. Por otro lado, Lorenzo se convierte en una pieza fundamental de los juegos sangrientos del rey Ferrante. Mientras que Lucrecia se encontrará con un viejo conocido de Leonardo en Constantinopla, El Turco.

Leonardo y sus aliados se enfrentan a amenazas de muerte en su búsqueda del Libro de las Hojas; Carlo ayuda a Clarice; el hijo del sultán se siente intrigado por Lucrezia.

Leonardo y Riario se enfrentan a la muerte; Zoroastro y Nico planean un escape; Lorenzo espera para reunirse con el rey de Nápoles; Bayaceto busca la diplomacia en Roma.

Leonardo descubre a su regreso que el duque Federico ha estado gobernando Florencia con mano de hierro; un Riario pecaminoso busca la redención; el Rey Ferrante negocia con Lorenzo.

Se necesita una improbable alianza para salvar a Italia de un ataque otomano; Riario enfrenta un gran peligro; Nico toma el control del destino de Vanessa.

Leonardo y sus aliados se vieron obligados a retirarse cuando el Imperio Otomano sitia la ciudad de Otranto.

Leonardo elabora un plan para escaper de Otranto pero puede que no sea capaz de salvar a las personas más cercanas a él.

La investigación de Leonardo de un macabro asesinato representa una amenaza para el Laberinto.

Carlo intenta programar la llegada de Leonardo al laberinto; Leo escapa en una realidad alternativa, mientras la tortura amenaza la vida de Leo.

 La paranoia de Leo lo aísla de sus amigos; Lucrecia busca la manera de reparar los pecados pasados.

 El monstruo de Italia es finalmente capturado, pero el próximo Festival de Cruzada todavía se ve amenazada por el peligro.

 Un antiguo némesis regresa a Florencia y se opone a los esfuerzos de la Cruzada; Vanessa y Nico valoran su futuro; Leo intenta descifrar la armadura de Turquía.

 Nico y Zo ven a un viejo enemigo para ganar apoyo para la Cruzada; Leo es emboscado por el laberinto.

 Leo y Sofía tienen dificultades para controlar el dispositivo misterioso que han construido. De vuelta en Florencia, Riario espera el juicio, mientras que Lorenzo y Vanessa toman su asociación al siguiente nivel.

 Leo debe tener su fe en sus amigos y en sí mismo para tener una oportunidad para derrotar a los turcos.