Йошика Мияфудзи — 14-летняя девушка, обладающая магическими способностями исцеления. Однажды к ней обращается майор Мио Сакамо́то из 501-го объединённого авиакрыла, известного как «Strike Witches», с предложением присоединиться к их команде. Йошика, не желая участвовать в войне, отказывается, но вскоре получает письмо, которое меняет её решение.

Во время путешествия в Британию Йошика и Мио сталкиваются с атакой Нейроев. Мио отправляется на перехват, чтобы выиграть время до прибытия подкрепления, но оказывается в опасной ситуации. Йошика, наблюдая за происходящим, решает действовать.

Йошика присоединяется к «Strike Witches» и знакомится с 15-летней новобранкой Линнетт Бишоп, которая становится её проводником. Столкнувшись с новыми обязанностями и чувствуя себя неуверенно, Йошика замечает, что Линнетт ведёт себя отстранённо.

Привыкая к новой жизни, Йошика сталкивается с критикой со стороны старшего офицера Гертруды Баркхорн, которая считает её недостаточно опытной. Стремясь заслужить признание, Йошика усердно тренируется, но внезапное появление Нейроев ставит её перед серьёзным испытанием.

Шарлотта «Ширли» Е. Йегер, увлечённая скоростью, стремится преодолеть звуковой барьер. Перед началом водных тренировок её подруга Франческа Луккини вмешивается в настройку её Страйкера, что приводит к неожиданным последствиям.

Возвращаясь из Лондона, Йошика и её команда подвергаются ночной атаке Нейроев, но их спасает Сания Литвяк. Йошика получает задание на ночное патрулирование и начинает жить в одной комнате с Санией, что вызывает ревность у Эйлы Илматар Юутилайнен.

Однажды утром Эрика Хартманн обнаруживает пропажу части своей униформы и решает воспользоваться вещами других членов команды. Это приводит к цепочке событий, в результате которых начинается хаос, совпадающий с тревогой о нападении Нейроев.

Корабль «Акаги», доставивший Йошику из Фусо, заходит в порт базы «Strike Witches». Экипаж передаёт Йошике благодарственное письмо, которое вызывает сильные эмоции у командира Минны-Дитлинде Вильке, напоминая ей о прошлом.

Йошика демонстрирует значительный прогресс в тренировках, что вызывает ревность у Перрин Клостерманн. Подозревая, что Мио уделяет Йошике больше внимания, Перрин бросает ей вызов, но их противостояние прерывается атакой Нейроев.

После нарушения приказа Йошика получает наказание от Минны. Однако, стремясь узнать правду, она тайно покидает свою комнату и сталкивается с неожиданными открытиями, связанными с Нейроями и военными экспериментами.

Новая экспериментальная боевая единица «Варлок» прибывает в Британию для борьбы с Нейроями. Команда «Strike Witches» начинает собственное расследование, подозревая, что военное руководство что-то скрывает.

Йошика, решившая защитить Британию, отправляется в одиночку на бой. Столкнувшись с превосходящими силами врага, она оказывается в критической ситуации, но на помощь приходят её товарищи из 501-го объединённого авиакрыла.

Планы Ёсики стать врачом откладываются после получения таинственного письма от её отца, что приводит к воссоединению с Сакамото. Тем временем её бывшие соратницы из «Штурмовых ведьм» поднимаются в воздух, чтобы сразиться с новым видом Невроев.

Когда у Сакамото выходит из строя её Страйкер, Ёсика вынуждена в одиночку вступить в бой с быстро регенерирующимся Невроем. Бравые красавицы из 501-го объединённого истребительного крыла спешат на помощь, но успеют ли они вовремя?

Ёсика, Линнет и Перрин отправляются к таинственной старушке для специальной тренировки, но их уроки на метле вскоре прерываются смертельной атакой Невроя.

Баркхорн сталкивается с серьёзными проблемами во время испытательного полёта нового реактивного Страйкера, и только её пышногрудая напарница может спасти её от катастрофической посадки

Поход «Штурмовых ведьм» за покупками оборачивается катастрофой, когда Луккини тратит деньги отряда на экскурсию, а город подвергается атаке Невроев.

Угрожающий новый вид Невроев появляется высоко над облаками, и «Штурмовые ведьмы» должны оснаститься экспериментальными ракетными ускорителями, чтобы достичь беспрецедентной высоты, необходимой для уничтожения врага.

Время купания нарушается назойливым насекомым, перепрыгивающим с одних откровенных трусиков на другие. «Штурмовые ведьмы» возмущены таким вторжением и готовы на всё, чтобы защитить своё бельё.

Ёсика оказывается прикованной к земле после внезапной потери способности летать, но прототип Страйкера, вдохновлённый письмом её отца, может стать ключом к её возвращению в строй.

Когда девушки из 501-го отправляются на пляж для специальной тренировки, Луккини находит сундук с сокровищами, который приводит к карте сокровищ и ловушкам.

Хартманн объединяется с известной ведьмой из другого подразделения, чтобы победить особого Невроя, неуязвимого для воздушных атак. Новая девушка обладает смертоносными навыками и соответствующим характером.

Пока «Штурмовые ведьмы» готовятся к самой опасной миссии, майор Сакамото больше не может скрывать, что её магия быстро угасает.

Майор Сакамото рискует жизнью, чтобы спасти мир, но улей Невроев оказывается почти неуязвимым. У ведьм заканчивается магия, но Ёсика отказывается сдаваться без боя.

Ёсика вновь вступает в бой, чтобы спасти отца своей подруги, но её Страйкер едва не взрывается на взлётной полосе.

Когда Нейрой атакует крупнейший европейский порт накануне контрнаступления человечества, Ёсика должна сдерживать его в одиночку, без какого-либо оружия.

Ёсика снова теряет контроль над своей магией. Ей предстоит пройти дополнительные тренировки и приложить больше усилий, чтобы восстановить свои способности.

Мировой рекорд Ширли был побит, и она недовольна этим. Вместе с Луккини она пытается установить новый рекорд, но неожиданная угроза со стороны Нейроя быстро приближается.

Девушки делают остановку в Нидерландах, чтобы помочь легендарному цветку расцвести.

Когда Эрика сбита и оказывается на вражеской территории, Гертруда готова на всё, чтобы вернуть её обратно.

Таинственный идол вызывает увеличение груди у всех ведьм, и девушки постепенно становятся жертвами этого явления одна за другой.

По пути в Берлин первое, что нужно сделать, это отбить Киль, но во время патрульного полета Саня и Элия обнаруживают над Килем густой туман, который, похоже, создан Нейроем.

Ракетные атаки из гнезда Нейроя в Берлине угрожают базе в Киле. Только Минна может их остановить, но её магическая сила ослабевает.

Операция «Южный ветер» начинается с полномасштабного воздушного наступления на Берлин. Когда Ёсике приказывают остаться позади, чтобы сохранить её магию, Шизука берёт на себя инициативу, чтобы заполнить пробел.

С отключённой магической силой Мияфудзи человечество вынуждено использовать запасной план: мощный танк «Ратте». Но смогут ли они победить без своего лучшего аса?

Ёсика оказывается заперта внутри купола вокруг Берлина, а остальные ведьмы отрезаны. Смогут ли они проникнуть внутрь, чтобы спасти её вовремя?