Un inexplicable ataque alienígena siembra el caos dejando gran parte del mundo devastado. Los supervivientes se agrupan fuera de las ciudades para comenzar la difícil tarea de luchar contra el enemigo. El profesor de historia Tom Mason (Noah Wyle) es nombrado el segundo al mando en "La Segunda" de Massachusetts. Su misión será salvar todas las vidas posibles del grupo al que se le ha encomendado, pero su otro centro de atención son sus tres hijos, ya que uno de ellos ha sido capturado por los alienígenas sin saber con qué objetivo.

Tom y su equipo se adentran en una armería, pero en vez de encontrar armamento y munición se topan con un grupo de delincuentes liderados por John Pope, que les toma como prisioneros. Pope y sus hombres quieren hacer un trueque: comida y más armas a cambio de sus rehenes.

El doctor Harris, un viejo amigo de Tom y de su mujer, aparece entre el grupo de supervivientes y se ofrece para ayudar a los jóvenes que están subyugados. Tiene una teoría y quiere ponerla en práctica, pero para eso necesita un "conejillo de Indias", Ben, el hijo de Tom, al que intentarán rescatar del sometimiento de las máquinas y deslizantes. Por otra parte, el grupo intentará que Pope se integre y le ofrecen un trabajo en la cocina.

El doctor Harris y la doctora Glass discrepan sobre cómo tratar al deslizante que han hecho prisionero. Mientras Harris es partidario de diseccionarlo y analizarlo, Glass tratará de comunicarse con el rehén para conocer sus intenciones. Mientras, Tom, Pope, Hal, Anthony y Dai van en busca de una tienda motos para hacerse con ellas, pero en el camino se encuentran con una desagradable sorpresa.

La presencia del deslizante capturado incomoda a los supervivientes del campamento. Muchos le quieren muerto, pero la doctora Anne Glass insiste en que analizar al rehén es la única forma de encontrar el punto débil de los invasores. El deslizante se siente amenazado y ataca al doctor Harris. Ambos forcejean hasta que uno de los dos muere. Por otro lado, Tom discute con su hijo Hal. Este ha propuesto hacerse pasar por un niño subyugado para infiltrarse en el hospital en el que los invasores retienen a Ben y al resto de jóvenes capturados. Tom no está dispuesto a perder a otro hijo, pero sabe que es la mejor opción para rescatar a Ben. Además, Margaret y Hal comienzan a conocerse. Ella le cuenta un secreto de algo que le pasó con 16 años.

'La Séptima' de Massachussets ha caído, todos sus hombres han sucumbido a los deslizantes y las máquinas. Las prespectivas para la 'La Segunda' son similares. Los supervivientes se preparan para una posible evacuación de emergencia y el capitán ?Weaver? propone que los más jóvenes avancen. Por otro lado, Hal sospecha de su hermano Ben. Desde que le quitaron el yugo, no parece el mismo.

Mike Thompson y Hal sospechan que los supervivientes de “La Séptima” de Massachussets pueden haber hecho un trato con los deslizantes, así que intentarán huir con los más jóvenes para no verse expuestos. Por otro lado, Sarah va a tener a su hijo y la doctora Glass, con ayuda del capitán Weaver, asistirá el parto.

"La Segunda" de Massachussets se prepara para un contraataque y acabar con los invasores. Pero primero tienen que estudiar el terreno para evitar errores. Pope se encargará de los explosivos y Tom, Weaver y Hal se adentrarán en la ciudad para buscar objetivos. Mientras tanto, la doctora Glass y Lourdes harán la autopsia a uno de los deslizantes y descubrirán algo que no les va a gustar.

Se prepara la guerra. La ofensiva del grupo de "La Segunda" está a punto de comenzar, pero Tom Mason duda de su viabilidad. El Capitán Weaver, consciente del peligro y de que puede ser una misión suicida, no cede en su empeño y quiere continuar con el plan habitual, pero Tom intentará por todos los medios frenar su impulso.

Rick, el niño subyugado que quiere reencontrarse con los deslizantes, huye del campamento base para contar a los invasores todos los planes de "La Segunda". Tom tendrá que evacuar a los civiles antes de que las máquinas acaben con ellos. Mientras tanto, los militares siguen avanzando hacia la ofensiva.

Weaver todavía está a cargo de la 2nd Mass, mientras Anne continua trabajando como doctora. Han visto muchas batallas y ya son una unidad mejor. Pope ha tomado el control de los Berserkers, un grupo renegado dentro de la 2nd Mass en la que Weaver no confía mucho. Tom regresa de pronto y se enfrenta con dudas acerca de su lealtad al grupo. Mientras tanto, Hal y Ben continúan peleando, ya que Ben desafía la autoridad de su hermano mayor.

Tom todavía está atormentado por los recuerdos de su tiempo con los extraterrestres y comienza a preguntarse si le hicieron algo a su mente. Pope, quien está a cargo de interrogar a Tom, plantea la duda sobre Tom en el grupo. Mientras tanto, El odio de Ben por los Skitter crece y exploradores de la 2nd Mass localizan un viejo puente que los ayudará a cruzar el río para impedir un ataque.

La 2nd Mass se mueve a un hangar de un aeropuerto, pero las precarias condiciones hacen que Anne se preocupe por la salud del grupo. Mientras tanto, los Berserkers arman un plan para deshacerse de Tom. Y mientras se recuperan de la pérdida de uno de los suyos, la 2nd Mass recibe la promesa de esperanza de un visitante misterioso.

Mientras patrullan, Ben y Hal intentan ayudar a un joven y terminan robándoles las motocicletas. La persecución para recuperarlas los lleva a descubrir algo mucho más grande. Además, Matt es puesto en peligro y Weaver se reúne con un miembro de su familia.

Una cara familiar retorna a la 2nd Mass, pero sus intenciones son desconocidas. Mientras tanto, un Skitter es capturado y llevado como prisionero al campamento. Hal se relaciona con Maggie a medida que ella se abre para contar su pasado.

Hal se encuentra con cuerpos de chicos que les han sacado los arneses y encuentra a alguien de su pasado. Tom y Anne se hacen más cercanos. Y la salud de Weaver se deteriora justo cuando Tom descubre que él puede haberle estado ocultando asuntos importantes al grupo para protegerlos.

Ben es puesto en peligro por alguien en quien pensaba que podía confiar. Tom captura otro rehén. Weaver le ofrece a Matt un trabajo para levantar su ánimo y hacer que sea útil. Y cuando miembros de la 2nd Mass son atrapados en el sótano de un edificio, la situación se complica cuando enfrentan a un nuevo enemigo.

La 2nd Mass quiere llegar a Charleston, pero algunos todavía lloran las recientes pérdidas del grupo. Weaver aprende del historial de Tector antes de la invasión. Y Matt comienza a relacionarse con una chica con arneses que fue encontrada recientemente.

Tom se encuentra con Arthur Manchester, su antiguo mentor y profesor, y lo acoge en la Segunda de Massachusetts. Sin embargo, en estos momentos es difícil saber en quién confiar. Por ejemplo, Maggie comienza a sospechar que Pope no permanecerá mucho tiempo con el grupo. Por su parte, Tector se ve obligado a echar mano de su pasado militar.

Los deslizantes se acercan peligrosamente a la Resistencia que, sorprendentemente, muestra muy buena interacción entre los diferentes grupos. Por su parte, Tom descubre una noticia que cambiará su vida con Anne. Y el ataque de Karen hacia Hal dejará secuelas en él.

Siete meses después de la llegada de la 2nd Mass a Charleston, Tom ha sido elegido para un cargo político y la resistencia continúa combatiendo a los invasores alienígenas. La decisión de Tom de crear una alianza con los Skitters rebeldes crea tensión y las sospechas sobre un espía dentro de la resistencia aumentan. Mientras tanto, Hal lucha contra pesadillas tan reales que tiene dificultades para saber si está dormido o despierto y Anne y Tom se preparan para la llegada de su bebé.

Con la hostilidad creciendo entre la resistencia y los invasores, Tom enlista a un especialista nuclear conocido como "El Rey Rata" para idear un plan para quitar a los alienígenas del poder. Mientras continúa la sospecha de que alguien dentro de la resistencia es un traidor, Tom y sus líderes a toman una drástica decisión que pone en peligro la confianza en el grupo. Por otra parte, Anne tiene la sensación de que no todo está bien con su hija recién nacida.

El segundo aniversario de la invasión extraterrestre se aproxima rápido y la gente de Charleston se prepara para otra potencial devastadora ofensiva. Un ataque sorpresa de un francotirador crea incógnitas y dudas dentro del nuevo gobierno. Hal cree que conoce la identidad del espía. Y la preocupación de Anne por su bebé sigue creciendo.

Después de que la gente de Charleston derrote otro ataque extraterrestre con la ayuda del armamento alienígena, Tom es invitado a que conozca a un poderoso líder. Mientras Hal lucha contra un diablo invasivo, Ben lucha con su identidad y la noción de ser un ser humano de nuevo. Y Anne descubre información preocupante que pone a todos en peligro.

Cuando una misión sale muy mal, Tom y Pope deben confiar el uno en el otro para sobrevivir. Mientras tanto, Weaver y los demás buscan desesperadamente a dos miembros de la 2nd Mass que han desaparecido, y Marina toma el asunto en sus propias manos sin tener en cuenta la autoridad de Tom.

Hal finalmente revela a todo el mundo su lucha interna, y no resulta en nada bueno para los Mason. Lourdes experimenta con un nuevo y arriesgado procedimiento médico. Y el gobierno de Charleston ve un cambio radical en el liderazgo cuando un grupo se separa en una misión de búsqueda y rescate.

Los Mason se encuentran en problemas en el camino cuando una familia de forajidos intercepta su misión de rescate. Mientras tanto, comienzan a surgir dudas sobre la construcción del arma de los Volm, provocando un conflicto de intereses y una investigación para detener a un asesino se encuentra con obstáculos en el camino.

Las cosas parecen ir demasiado tranquilas para Tom, haciéndole sospechar de su entorno y en su camino de vuelta a Charleston, hace una serie de sorprendentes y horribles descubrimientos. Mientras tanto, Weaver y Pope tienen diferencias sobre cómo manejar la sospecha del espía.

Tom descubre información confidencial acerca del centro de la operación extraterrestre. Mientras tanto, Charleston se prepara para montar una ofensiva en contra los Espheni, pero una masiva explosión hace que la operación se detenga. Y la identidad del espía es finalmente revelada pero no antes de que se derrame más sangre.

Cuando la Segunda Misa destruye una base crucial de Espheni, un enemigo implacable es derribado y la familia Mason se reúne con los que se habían perdido. Pero la llegada de más jugadores interestelares pone en duda el destino de los supervivientes restantes de la Tierra.

En las afueras de Charleston, El Clan Mason y la 2nd Mass se enfrentan a una amenaza mortal: el ataque de una nueva máquina de guerra Espheni. Pero el enemigo más peligroso podría no tratarse de un alien.

Los Espheni revelan su nuevo plan a Tom, y se enfrenta a una decisión imposible. Mientras tanto, Weaver y Pope investigan una manera de salir de la prisión Espheni, mientras que Matt se esfuerza por ocultar su verdadera lealtad a los "líderes de equipo" del Campamento de la Juventud Espheni. Por otra parte, Anne conduce una búsqueda agotadora tras su hija Lexi, mientras que las preocupaciones de Ben acerca de los poderes de Lexi, aumentan cuando descubre un devastador secreto que ha estado manteniendo oculto.

Tom y la 2nd Mass preparan un elaborado plan para escapar de los confines del Ghetto Espheni. Mientras tanto, en Chinatown, después de saber por Ben que Lexi ha estado guardando un secreto terrible, Maggie se enfrenta a Lexi públicamente. En el Campamento de la Juventud Espheni, Matt intenta mantener alejada a Mira de un peligroso plan de escape. Mientras que en los senderos del bosque junto a sus guerrilleros, Anne tiene un recuerdo de su tiempo en la Torre Espheni con Karen, donde se revela un terrible secreto sobre Lexi.

Después de escapar del Ghetto Espheni, Tom y la 2nd Mass buscan refugio en un escondite Volm, donde las tensiones se incrementan entre los Volm y los humanos. Tom se pone en marcha junto con Weaver y Cochise para encontrar a Matt, dejando a Hal al mando. Mientras tanto, en Chinatown, Anne se reencuentra con Lexi, y se da cuenta de que la niña que vio hace 6 meses es ahora una mujer adulta.

Tras liberar a Matt del Campamento de la Juventud Espheni, Tom se encuentra con dos misteriosos desconocidos en el bosque, que atacan a su familia antes de embarcarse con él en una violenta lucha. Hal se enfrenta a dificultades casi insuperables en su intento de llevar a los restantes Volm y la 2nd Mass a un lugar más seguro. Lexi y Anne tienen diferencia de opiniones, con consecuencias peligrosas.

Después de meses de separación, Tom finalmente se reúne con su familia y la 2nd Mass. Pero la alegre reunión es interrumpida cuando Lexi sufre una crisis de salud a causa de su ADN híbrido. La crisis enfrenta a los miembros de la familia unos contra otros en su lucha sobre cómo lidiar con la enfermedad de Lexi. Anne hace todo lo posible para salvar a su hija.

Lexi resurge más poderosa y despiadada que nunca. Tom y la 2nd Mass deben trabajar junto con los Volm para mantener a raya las fuerzas invasoras, desencadenando la batalla más sangrienta de toda la ocupación Espheni.

La 2nd Mass intenta reagruparse después del ataque extraterrestre que deja a Maggie luchando por su vida, y Hal luchando por ella. Mientras tanto, Tom y Dingaan son separados del grupo después de quedar enterrados bajo toneladas escombro, debiendo confiar en una nave enemiga para mantenerse con vida.

Mientras los miembros de la 2nd Mass intentan desenterrar un Beamer derribado, Tom y un pequeño grupo siguen a los Volm a un punto de suministro en busca de equipo para acelerar el proceso. Durante el camino, se encuentran con una amiga, y deben decidir si confiar o no en ella. De regreso al campamento, Maggie y Ben se unen más cuando él la enseña a perfeccionar sus nuevas habilidades, mientras que Pope y Sara siguen enfrentándose, lo que resulta en una lucha de la que nunca se recuperarán.

Tom y la 2nd Mass aprenden a pilotar un Beamer como parte de su plan para destruir la torre de energía Espheni y el grupo echa a suertes para ver quién se embarcará en la peligrosa misión. La amenaza de muerte que pesa sobre todos desencadena enfrentamientos que persisten durante largo tiempo entre varios de los miembros de la resistencia, lo que en última instancia hace que se vuelvan más cercanos.

La misión de Tom para destruir la torre de energía Espheni se complica por el regreso de Lexi. Lexi se ve obligada a tomar medidas extremas para salvar la vida de su padre -y la suya propia- después de un mal funcionamiento del Beamer.

Tom y Lexi deben encontrar una manera de destruir el núcleo de energía Espheni; mientras la 2nd Mass teme ser el blanco de un ataque inminente Espheni liderado por el Jefe Supremo quemado.

El segundo regimiento militar de Massachusetts descubre de dónde sacan sus recursos aparentemente interminables las temidas fuerzas enemigas.

Un ataque inesperado deja a los supervivientes sin comida. Desesperados por encontrar suministros, deciden llevar a cabo una misión suicida.

La 2nd Mass descubre el origen del suministro aparentemente inagotable de fuerzas enemigas. Con la ayuda de los Volm, el liderazgo de Tom comienza a expandirse para alcanzar a las milicias de humanos que quedan esparcidas alrededor del planeta. Hal desobedece a su padre para ayudar a Maggie en una misión personal. Mientras tanto, Tom tiene que tomar una difícil decisión que pondrá en peligro a uno de los suyos y tendrá repercusiones para todos.

Una misión para reunir vehículos y gasolina resulta fallida. Mientras, Cochise comparte con Anne preocupantes noticias que pondrán a prueba tanto sus habilidades médicas y de liderazgo. La estabilidad mental de Anthony y su lealtad se ponen en tela de juicio. Mientras tanto, un desesperado Pope decide tomarse la justicia por su mano.

Rumbo a lo que esperan será la batalla final contra los Espheni, la 2nd Mass se topa con un pistolero desquiciado que toma de rehén a Weaver. Mientras tanto, Tom busca rescatar a Hal de Pope y su peligroso grupo de sobrevivientes.

Tom se refugia con una familia que se ha distanciado de la lucha, dándole una visión de la vida sin guerra. El romance entre Hal e Isabella crece a medida que buscan a Tom. Mientras tanto, la 2ª Mass localiza un dispositivo Espheni que podría ser una pieza clave para ganar la guerra... si pueden averiguar la manera de usarlo. Y Maggie toma una decisión que tiene consecuencias para ella y toda la 2ª Mass.

El grupo encuentra un lugar seguro en una antigua base militar. Todo apunta a que habrá un ataque contra los Espheni pero no todo es como parece.

Weaver descubre una verdad impactante sobre su vieja amiga y deberá buscar la mejor manera de proteger a la 2nd Mass.

Tom consigue una nueva y poderosa arma para enfrentarse a los Espheni y Ben arriesga su vida para tener acceso a los planes de sus enemigos, mientras Pope se prepara para lanzar el ataque final.

El enfrentamiento final reúne a los Masons, a la 2nd Mass y a sus nuevos aliados en una locación icónica. Juntos deberán superar nuevos e inesperados obstáculos si quieren recuperar el planeta y salvar a la humanidad de una vez y para siempre.