Un año después de convertirse en Spider-Man, el adolescente Peter Parker se encuentra con Nick Fury, director de SHIELD, que le ofrece la oportunidad de entrenar como los mejores, para convertirse en Ultimate Spider-Man y unirse a un equipo de superhéroes que están siendo reunidos.

Spider-Man acepta la oferta de Nick Fury para convertirse en el Ultimate Spider-Man y conoce a su equipo de aliados adolescentes, que consiste con Nova, White Tiger, Power Man y Puño de Hierro. Mientras tanto, Norman Osborn ordena al Doctor Octopus enviar el Retador Cuatro directo a Spider-Man. Spider-Man termina necesitando la ayuda de sus nuevos aliados para vencer a los villanos.

Después de experimentar su sesión de entrenamiento juntos por primera vez, Spider-Man y su equipo van a la base de datos de SHIELD de los supervillanos más buscados para ver a quién pueden derrotar y capturar a fin de impresionar a Nick Fury. Cuando las opciones Batroc el saltador, Blizzard, Melter, MODOK, Toad, Whirlwind, y Lady Porcupine son impopulares, Spider-Man y su equipo van a Latveria para rastrear al Doctor Doom.

La nueva creación del Doctor Octopus, Venom, un clon de inestabilidad derivado de una muestra de sangre de Spider-Man, se presenta en la fiesta de Harry Osborn y ataca a Spider-Man y otros alumnos, pasando de un huésped a otro.

Cuando Spider-Man se encuentra con su ídolo de Iron Man , que recibe un regalo especial: el Iron Spìder. Sin embargo, Spider-Man tiene dificultad para aprender a usar el traje y empieza a descuidar a sus compañeros de equipo. Mientras tanto, los heroes se enfrentan a "Living Laser" , que se aprovecha de la falta de experiencia de Spider-Man con el nuevo traje.

Taskmaster se infiltra en el instituto de Peter para espiar a Spider-Man. Spider-Man y Tigre Blanco deben poner de lado sus diferencias y encontrar una manera de derrotar a un oponente que puede imitar la totalidad de sus capacidades físicas.

Spider-Man está de acuerdo en una entrevista con la periodista novata Mary Jane Watson, que consigue la noticia más exclusiva que nunca podría haber imaginado cuando Spider-Man y el Increible Hulk participan en una lucha sin cuartel contra Zzzax por todo Manhattan.

Es bastante malo de Spider-Man se resfría, pero las cosas caen de mal en peor cuando el nuevo Spider-Man vestido de negro en los intentos para que lo sustituya. ¿Son sus amigos es su derecho y los celos se está lo mejor de él, o es la última víctima de la nueva Spider-Man Venom?.

Mientras que en un viaje de campo, Spider-Man y sus amigos superhéroes encontramos el poderoso Thor , que se transforma en una rana por su traviesa medio hermano Loki . Ahora, los héroes deben aventurarse en el mundo mágico de Asgard para salvar a los nueve reinos de la ira de Loki.

Después de Spider-Man y X-Men Wolverine detener a los mutantes Mesmero , el supervillano vengativa utiliza sus poderes mentales para cambiar su personalidad, creando un grave problema de identidad para los dos por lo que los héroes diferentes.

Venom reaparece, utilizando a Harry como su anfitrión, una vez más, y esta vez el padre de Harry se convierte en su principal objetivo. Mientras que Norman Osborn no quiere que su arma secreta se arruine, Spider-Man se enfrenta con el dilema de tratar de ayudar a Harry por su cuenta o poner su confianza en sus compañeros de equipo, quienes tienen órdenes de Nick Fury para acabar de Venom.

Después de una pelea con Whirlwind, Spider-Man insiste en un fin de semana libre de Nick Fury y SHIELD. Por desgracia, el Doctor Octopus elige esta vez atacar a Spider-Man cuando su trabajo se ve amenazado por Norman Osborn.

Cuando Nueva York se sumió en un sueño místico, Puño de Hierro y Spider-Man (que al principio es muy escéptico de la magia) solicitan la ayuda del Doctor Extraño. Para romper el hechizo, los tres héroes deben enfrentarse a sus peores miedos en la cara de iniciador del hechizo, la entidad extradimensional conocida como Pesadilla.

Peter Parker se apresura a centrar su atención entre completar su proyecto de feria de ciencias con Luke Cage y la lucha contra Juggernaut. En su desesperación sobre el primer caso, decide "tomar prestado" uno de los inventos del Dr. Connors, que literalmente se convierte en una amenaza aún mayor para la ciudad.

Después de llegar tarde al entrenamiento, Spider-Man se enfrenta contra un ejército del mal llamado Zodíaco y su líder, Escorpio, quien se hizo cargo del Helicarrier y lo puso en auto-destrucción. Spider-Man y Nick Fury deben poner sus diferencias a un lado y luchar contra esta nueva amenaza en equipo.

Spider-Man y su equipo son asignados al equipo de seguridad de S.H.I.E.L.D. para proteger al todo-es-demasiado-para-su-salud -J. Jonah Jameson- del Escarabajo, un trabajo del que Spider-Man no disfruta. Las cosas se vuelven a lo personal cuando Spider-Man debe proteger a una Mary Jane muy cabezota, que se mete en su camino al Daily Bugle por una entrevista de trabajo, a ese villano de alta tecnología.

Spider-Man y su equipo se escabullen para unas vacaciones en una isla tropical desierta que Nova encuentra en la base de datos de S.H.I.E.L.D. Sin embargo, pronto se dan cuenta de que no es un habitante de la isla que los ve como sus nuevos compañeros y no quiere que se vayan de nuevo.

Cuando la Banda Gamma ataca, Spider-Man acude junto con su equipo, pero esta vez dejaron muy destruida la ciudad, así que Nick Fury ya no los considera héroes y llama a Control de Daños, pero Spider-Man sospecha de este último.

Después de que Hulk se enferma con una infección alienígena causada por la Falange, Spider-Man, que teme que S.H.I.E.L.D. encerrará a Hulk en lugar de ayudarlo, intenta esconderlo en su casa de la Falange, Nick Fury y la tía May.

Loki consigue vengarse de Spider-Man y lo convierte en un cerdo con un perro caliente encantado. Con la ayuda de Thor y todo S.H.I.E.L.D., Peter Parker debe sobrevivir a una cacería de jabalíes asgardianos en la ciudad de Nueva York.

Peter Parker se sorprende al descubrir que la secundaria Midtown está poniendo un musical de Spider-Man protagonizada por Flash Thompson, pero la obra se vuelve peligrosa cuando Trapster confunde a Flash con el verdadero Spider-Man.

El Doctor Octopus hackea las armaduras de Tony Stark y envía una para matar a Norman Osborn. Mientras Osborn culpa a Stark por el ataque y amenaza con acción legal, Spider-Man recupera un tentáculo de un Octobot y aprende más de la historia del Doctor Octopus. Doc Ock ataca el Helicarrier en un arco traje reactor de propulsión de la armadura y secuestra a Norman y Harry, por lo que Spider-Man se pone el traje de Araña de Hierro de nuevo para salvarlos.

El equipo de Spider-Man está teniendo una sesión de entrenamiento amigable con el Capitán América a bordo del Helicarrier. Mientras manejaba el escudo del Capitán America, Spider-Man accidentalmente lo lanza por la ventana y aterriza en la embajada de Latveria, donde es encontrado por el Doctor Doom. Spider-Man y el Capitán América tratan de colarse en la embajada y recuperar el escudo antes de que el villano tenga la oportunidad de explotarlo para sus propios fines nefastos.

Para horror y celos de Peter, la tía May y Coulson se están acercando y deciden ir en una cita para cenar. Peter planea arruinar la cita, sin embargo aparece el Escarabajo, quien tiene un viejo rencor contra Coulson.

El Doctor Octopus captura a Spider-Man y toma más muestras de sangre para sus experimentos. Norman Osborn revela que él es el verdadero cerebro detrás de todos los planes del Doctor Octopus y que planea crear un ejército arácnido imparable a partir del ADN de Spider-Man. El Doctor Octopus está enojado con Osborn por tratarlo injustamente, por lo que se venga de él inyectándole una mezcla de ADN de Spider-Man y Venom, convirtiéndolo en un monstruo de piel verde.

El Duende Verde ataca Midtown High en busca de Harry, así que Spider-Man y S.H.I.E.L.D. lo escoltan al Helicarrier para su propia protección. El villano los sigue al Helicarrier y lanza un asalto, enviándolo a estrellarse en el mar. A medida que la nave se hunde, Spider-Man intenta salvar a Harry, pero el Duende lo manipula haciendo equipo con él para destruir a Spider-Man.

Spider-Man vuelve a detener el complot nefasto del Doctor Octopus. Pero no todo va según lo previsto cuando el amigo de Spidey, el Dr. Curt Connors, se transforma en El Lagarto.

Cuando el viejo enemigo de Spider-man, Electro,toma el control de toda la electricidad en la ciudad de Nueva York, Spidey y su equipo trabajan juntos para detenerlo antes de que se apodere del mundo.

Spider-Man debe detener la venganza personal de Rhino contra el compañero del Instituto Midtown que menos gusta a Spidey: Flash Thompson.

Tigre Blanco Tigre llega a aceptar sus poderes y su origen, mientras es perseguida por un villano de su pasado.

Spider-Man y Ojo de Halcón unen sus fuerzas cuando el Escarabajo regresa a la ciudad de Nueva York.

Spider-Man queda atrapado con seis de sus más temibles adversarios, incluyendo a Rhino, Kraven el cazador, El Lagarto, Electro, el Escarabajo, y un secreto sexto miembro.

Spider-Man acepta la invitación de convertirse en el héroe oficial de la ciudad de Boston.

El Duende Verde vuelve y trata de convertir a Spider-Man en su arma perfecta, pero Matanza tiene otros planes para ellos dos.

El sistema de seguridad de la casa de tía May se vuelve peligroso.

Spider-Man debe hacer frente a una extraña amenaza cuando viaja a la Luna para rescatar al hijo de J. Jonah Jameson.

Un científico contrariado de Industrias Stark llamado Michael Tan desarrolla una nube de nanobots autorreplicantes con la que se envuelve. Ahora Spider-Man debe trabajar con Iron Man para contener a Enjambre.

Usando una Piedra Norn, Loki encoge al equipo de Spider-Man mientras estos buscaban a Thor. Nick Fury mantiene al equipo en la guardería del Helicarrier mientras S.H.I.E.L.D. sigue buscando a Thor. Como Thor también ha sido reducido, el equipo de Spider-Man debe encontrar la manera de ayudar a Thor en la lucha contra Loki y la armadura del Destructor y de volver al su tamaño normal.

Spider-Man viaja a la ciudad mística de K’un L’un para ayudar a Puño de Hierro a realizar su Destino. Pero el Escorpión planea destruirlos.

Spider-Man y The Hulk intercambian sus mentes, lo que los lleva a un montón de locuras y a una reprogramación de La Cosa de Los 4 Fantásticos.

En una oscura noche, el Lagarto ataca la secundaria Midtown, con Spider-Man, Mary Jane, Harry y Stan el conserje adentro. Sin el apoyo de S.H.I.E.L.D., Spider-Man y Stan (quien comienza a demostrar cualidades ocultas) deben unirse para derrotar al Lagarto. Cuando por accidente hizo que desaparezca los rastros de Connors, volviéndose por completo el Lagarto.

Masacre vuelve a SHIELD para ayudar a encontrar al cómplice que robó una lista de identidades secretas, por lo que Spider-Man se une a él para localizar al Supervisor.

Spider-Man debe trabajar con su némesis, el Doctor Octopus, cuando el Duende Verde desata a Venom en el Helicarrier.

Spiderman y Nova hacen equipo con los Guardianes de la Galaxia en una aventura en el Espacio profundo, donde salvarán a La Tierra de la destrucción.

Spiderman y Power Man se infiltran en la base de Z Zodiac para descubrir que ocurrió con los padres de Power Man.

El terrorista mutante Arcade se combierte en una de las mayores amenazas de SHIELD. Spidey debe cambiar todas las reglas para derrotar a este enemigo cibernético, pero no puede hacerlo solo. Hace equipo junto con el Capitán América y Lobezno para vencerlo en su propio juego. Pero, ¿será suficiente antes de que acabe éste?

Es Halloween, pero no hay tiempo de "truco o trato" para Spiderman y sus amigos cuando son atacados por unos malvados vampiros liderados por el mismísimo Dracula.

La única esperanza de Spidey de detener una amenaza mundial es formar equipo con el grupo secreto de Nick Furia de monstruos super poderosos, Los Comandos Aulladores. Dirigidos por Jack Russell, también conocido como el Hombre-lobo nocturno, los Comandos Aulladores incluyen al cazador de vampiros Blade, a La momia viviente, al monstruo de Frankenstein y al Hombre-Cosa.

Spiderman forma una alianza inverosímil con un Norman Osborn curado. ¿Pero realmente es Norman un héroe como Iron Patriot?

El Hombre de Arena prueba que él podría no ser el más grande de los villanos después de todo. Se le ha dado la oportunidad de empezar de nuevo y Spidey debe guiar a su antiguo enemigo mientras lucha contra sus viejos instintos. ¿Qué lado va a elegir en última instancia, el Hombre de Arena; ser héroe o villano?

El Doctor Octopus lanza un ataque sorpresa contra Spider-Man y los héroes. Se encuentran de repente dentro de una de las batallas más duras de la temporada, enfrentándose a los Seis Siniestros . Norman Osborn también regresa como Iron Patriot pese a los planes alternativos que Octopus tenía para él.

Spiderman lucha solo contra su propio equipo para salvar a todo Nueva York de ser convertido en duendes verdes.

Los Guardianes de la Galaxia aterrizan en el planeta Tierra para reparar su nave mientras que Titus lidera a los Chitauri con el fin de apoderarse del casco de Nova. Spider-Man se debe aliar con los Guardianes para derrotar a Titus y los Chitauri.

Loki se une al Doctor Octopus ya que ambos comparten un objetivo en común: destruir a Los Vengadores y a su más reciente incorporación: Hombre Araña. Loki hace de las suyas para confundir las percepciones acerca del Hombre Araña.

Mientras intenta convertirse en un luchador contra el crimen, Flash Thompson se une permanentemente con Venom, y depende de Spidey rescatar al acosador de su escuela y ayudarlo a convertirse en un superhéroe.

Spidey quiere reclutar Daga como Nuevo Guerrero, a pesar de las dudas de Fury. Incluso cuando Daga demuestra sus habilidades, él rechaza la oferta de Spidey, y resulta que él tiene un motivo interior.

El genio científico Amadeus Cho parece ser la persona perfecta para manejar la armadura de Iron Spider de Tony Stark. A petición de Nick Furia, Spider-Man recluta al nuevo Iron Spider. Solo hay un problema: Cho es su rival de clase.

Un misterioso ladrón conocido como Buitre ha estado causando problemas. Spider Man decide rastrearlo, y descubre que Buitre es un joven con problemas para recordar su pasado.

Spider-Man viaja a la selva junto a Wolverine con el fin de reclutar a Ka-Zar. Sin embargo, las cosas se complican cuando empieza a tomar forma el plan tramado por Taskmaster y Kraven el Cazador.

Durante la visita de la familia Ross al museo, Jessie descubre una espada que quiere Morgana le Fay y, accidentalmente, la libera de su hechizo. Spider-Man tendrá que acudir a ayudarlos después de que Morgana dé vida a todas las piezas del museo.

Spider Man se da cuenta de que ha sido capaz de inspirar a una nueva generación de jóvenes que desean convertirse en superhéroes. Han nacido los nuevos guerreros.

Spider-Man hace una profunda reflexión cuando se da cuenta de lo que el mundo sería sin él cuando Pesadilla se lo lleva a un viaje al pasado, el presente y el futuro.

El Duende Verde utiliza a Electro para abrir portales y viajar a realidades alternativas. Su objetivo es recolectar ADN del Hombre Araña en diferentes realidades. Por su parte, el Hombre Araña ayuda a Chica Araña a derrotar a Norman Osborn.

Spider-Man continúa persiguiendo al Duende Verde a través del multiverso con el fin de frenar al Duende en su recolección de ADN. Spider-Man conoce a Spider Man Noir y a Spider Ham.

Spider-Man sigue al Duende a realidades alternativas y acaba en un mundo medieval donde ayuda a Spider-Knight a derrotar al Alquimista y al kraken que ha creado. Su última parada antes de volver a casa es una versión del universo Ultimate.

El Duende Verde usa ADN de seis Hombre-Araña de mundos paralelos para aumentar sus propios poderes. El Hombre-Araña original reúne a sus réplicas de otros mundos para, juntos, tratar de desbaratar los planes del Duende.

La educación de Spider-Man en la Academia comienza, pero podría ser interrumpida en seco cuando un villano despierta de una hibernación y se dispone ¡a destruir S.H.I.E.L.D.!

Spider Man y Hulk son la última línea de defensa para una Nueva York que se ve amenazada por culpa de la feroz rivalidad entre Rhino y el Agente Venom. Rhino está furioso.

Spider-Man y Ant-Man se dan cuenta de que el Doctor Octopus controla el cerebro de Nick Furia después de haberle implantado unos nanobots tecnológicos. Por eso, se convierten en miniaturas y se introducen en el cuerpo de Furia con un submarino.

Después de un duro día de entrenamiento con Ojo de Halcón, a Spider-Man, Power Man y Chica Ardilla les entran ganas de comer comida mexicana y por la noche se escapan para ir a comer un burrito. De viaje, descubren el plan de Mésmero.

Después de derrotar a Hombre Ígneo, Spider-Man es el único capaz de prestar ayuda a Tritón de los Inhumanos, un estudiante de intercambio. Spider-Man y Tritón descubren que Máximus controla la mente de la familia real de los Inhumanos.

Armin Zola crea copias sintezoides de SHIELD.

Mientras rescata a sus compañeros, Spider Man es capturado y absorbido por Armin Zola. Los roles se invierten cuando los compañeros a los que Spider Man rescató deben hacer lo mismo por él.

Después de descubrir que los habitantes de Nueva York desaparecen y que un campo de fuerza rodea la ciudad, Spider-Man descubre que ha sido elegido para ser la pieza central del juego que enfrenta al Coleccionista y al Gran Maestro.

Spider-Man lucha junto al Capitán América, Hulk Rojo y Puño de Hierro en una partida contra Hombre de Arena, un gigante de hielo y un alienígena. En la siguiente partida, los aliados y rivales cambian, así como las reglas del juego.

Para la siguiente partida, Spider Man forma equipo con Iron Spider, Agente Venom y Thor y se enfrentan a Annihilus, Attuma y Terrax en el metro. Spider Man escapa y se hace con unos señuelos para distraer al Gran Maestro.

Spider Man pierde la Competición de Campeones y el Gran Maestro se queda con la ciudad como premio. Pero no se da por vencido y se alía con el peligroso Coleccionista para derrotar al Gran Maestro y desafiarlo a una última partida: o todo o nada.

Nick tiene un nuevo instructor en S.H.I.E.L.D.: el Hombre Araña, que más delante lucha contra Doc Ock y los planes que tiene para el Tri-Carrier.

Hydra desata problemas en Nueva York, pero el Hombre Araña tiene su propio plan junto a Araña Escarlata, una criatura que odia a Ock.

Hydra convoca a un peligroso enemigo de una realidad paralela, por lo que Spider-Man debe atravesar un portal y buscar la ayuda de su alter ego, Miles Morales.

Puesto que son más fuertes trabajando en equipo, Peter y Miles intentar detener juntos a Doc Ock antes de que entre a la base de datos de Osborne.

Los agentes Fitz y Simmons colaboran con Spider-Man y los Guerreros Arácnidos para descubrir al topo de S.H.I.E.L.D. antes de que sea demasiado tarde.

El Hombre Araña y Araña Escarlata se lanzan al rescate tras el secuestro del Agente Venom, pero alguien de los dos está infeliz con la misión.

El Hombre Araña y Araña de Hierro se enfrentan a un gran problema cuando Doc Ock divide en dos al Hombre de Arena.

El Agente Venom y Harry se unen al Hombre Araña para derrotar a Beetle y detener el malvado plan de Doc Ock: crear al Anti Venom para eliminarlos.

La pandilla se dirige a un centro comercial en Queens donde podría estar Nick Fury, pero primero se enfrentan a un problema acuático.

Peter tiene que interrumpir la fiesta de cumpleaños de la tía May por un ataque contra S.H.I.E.L.D. Además, se revela la identidad del topo que trabaja para Doc Ock.

Spider-Man enfrenta una crisis cuando Doc Ock descubre su secreto, y el topo infiltrado en S.H.I.E.L.D queda expuesto, pero todavía le queda una esperanza: la amistad.

Una caja llena de pistas con una inscripción inhumana hace que el Hombre Araña y Tritón vayan a una antigua ciudad en ruinas para rastrear a Nick Fury de S.H.I.E.L.D.

Carnage parecía destruido, pero regresa y pone en peligro a MJ. Flash, Spider-Man y Patriot luchan contra Morbius, que quiere que MJ sea su reina.

Nick Fury llama a Spider-Man y al Chico Arácnido para que vayan al Himalaya con sus poderes multidimensionales y busquen fragmentos del Sitio Peligroso.

Spider-Man y el Chico Arácnido viajan a dos nuevas dimensiones: al mundo pirata de Barba Web y al Lejano Oeste, donde se cruzan con una cara conocida...

Spider-Man y el Chico Arácnido llegan a un universo oscuro donde Hulk es el Sr. Fix-It, un tipo duro que lucha contra el Sr. Negativo con la ayuda de un aliado.

Miles regresa a su universo con Peter, pero todo parece haber cambiado y, cuando más la necesitan, reciben ayuda de Spider-Woman para pelear contra Lobo Araña.

Un hechizo de Halloween convierte a todos los niños en los monstruos de los que están disfrazados, y Spider-Man se une a Dr. Strange y Ant-Man para enfrentar el problema.

Doc Ock crea múltiples Spider-Man malvados y el verdadero debe enfrentarse a un ejército de impostores, pero no está solo: MJ y Araña Escarlata le cubren la espalda.

En la noche de Halloween, Spider-Man intenta pedir dulce o truco cuando una extraña magia envuelve a Manhattan convirtiendo cada truco-o-tratador en lo que como ellos están vestidos. Spider-Man visita al Doctor Extraño que afirma que el hechizo responsable está en un nivel cuántico. Spider-Man y el Doctor Extraño terminan en el refugio de Ant-Man con el fin de ir al reino cuántico para encontrar la fuente del hechizo. Una vez allí, Spider-Man, Doctor Extraño y Ant-Man encuentran a un reensamblado Barón Mordo que ataca con ilusiones de Dormammu, Ultron y el Doctor Octopus mejorado con nanites, que es sólo el comienzo de su trama.

Doc Ock parece cambiado y conduce a Spider-Man y a Araña Escarlata a su laboratorio secreto en la Isla Hydra, pero MJ sospecha algo y reúne a los Guerreros Arácnidos.

De regreso en el Triskelión, y mientras Spider-Man trata de convencer al resto de S.H.I.E.L.D. de que Escarlata está de su lado, aparece el supervillano Kaine.

En Navidad, Spider-Man deja que una niña entre en el Sanctum Sanctorum del Dr. Strange, entonces descubre que es la hija de Mysterio, y que busca venganza...

En una noche de invierno en Navidad, Spider-Man cuida el Sanctum Sanctorum del Doctor Extraño, cuando escucha al Caballero Luna persiguiendo a una chica desde el exterior. Para su seguridad, Spider-Man le permite entrar en el Sanctorum sólo para descubrir que ella es Francis Beck, la hija de su presunto enemigo fallecido, Mysterio. Al culpar a Spider-Man por su muerte, Francis utiliza el casco encantado de Mysterio para atacar a Spider-Man. El casco desata una amenaza mística, que Spider-Man es capaz de contener con la ayuda del Caballero Luna para derrotar a esta mujer Mysterio.

En la graduación de la Academia S.H.I.E.L.D., Doc Ock amenaza a la tía May y se enfrenta a Peter, pidiéndole que renuncie a ser el Hombre Araña.

Peter ya no es el Hombre Araña, así que para detener a los Seis Siniestros necesita inteligencia, las computadoras de Osborne… ¡y a Doc Ock!