Когда агента ФБР Одри Паркер вызывают в Хейвен по рядовому делу, она выясняет, что человек, за которым она приехала, был убит совершенно необъяснимым образом. После того, как на город – и на Одри – обрушивается вся сила странного погодного явления, она начинает подозревать, что в Хейвене все совсем не так просто, как кажется. По мере того, как разрушительная сила погодных явлений растет, Одри обнаруживает, что некоторые жители города в большей степени связаны с ними, нежели можно было бы предположить, и что Хейвен в течение многих лет служил убежищем для людей, обладающих целым рядом сверхъестественных способностей…

Одри остается в Хейвене, чтобы поработать над ключом к своему сиротскому прошлому – старой фотографией в местной газете, снятой на месте совершения печально известного преступления «Парня из Колорадо»: на фотографии изображена женщина, которая могла бы быть ее матерью. Но Одри наталкивается на другую загадку, когда продукты питания, растения на полях и даже домашний скот начинают гибнуть. Она присоединяется к Натану, чтобы узнать, что явилось причиной этой эпидемии, и что же на самом деле происходит в этом необычном месте.

Одри и Натан расследуют случаи беспорядков в местной психиатрической больнице, где происходит нечто, что делает пациентов временно здоровыми, но одновременно сводит с ума врачей. Одри и Натан разыскивают сбежавших пациентов и обнаруживают, что чем бы ни была вызвана эта перемена, ее действие начало распространяться по всему Хейвену, превращая нормальных жителей города в опасных безумцев.

Одри постепенно привыкает к роли жительницы Хейвена и нового сотрудника местной полиции, расследуя вместе с Натаном случаи разгрома местных баров, которые кажутся хаотичными и бесцельными. После очередных странных событий, в которые вовлечена сама Одри, напарники вынуждены спешить, чтобы найти связь между происшествиями и выяснить, кто или что является их причиной.

Когда в городе начинают обнаруживать тела глубоких стариков, которые стареют, умирают и истлевают с непостижимой скоростью, Одри и Натан начинают расследование, чтобы узнать, кто или что охотится на жителей Хейвена. А когда следующей жертвой становится близкий Одри человек, она должна выяснить, как обратить процесс, пока не стало слишком поздно.

Одри и Натан расследуют серию убийств, виновниками которых, по-видимому, являются животные.

Когда находят необъяснимым образом деформированный труп мужчины, Натан и Одри пытаются найти причину этого явления.

Когда местная клиника сообщает о необъяснимой гибели людей, Одри и Натан начинают расследование, которое ведет к таинственному "Темному человеку".

Празднование дня рождения Одри оборачивается кошмаром, когда выясняется, что среди гостей притаилось существо, способное принимать облик разных людей.

Натан и Одри расследуют серию убийств, и главная подозреваемая утверждает, что на самом деле она пытается остановить реального убийцу.

Начальник Одри приезжает в Хэйвен, чтобы оценить ее работу, и сталкивается с угонщиками яхты, обладающими странными способностями.

Загадочная сила атакует семью моряка после того, как разбившийся корабль выбрасывает на сушу. Жизнь Дюка оказывается под угрозой.

Когда таинственный преступник возвращается в город, Одри узнает шокирующие вещи о себе самой. Прошлое возвращается и преследует Натана и Шефа.

Одри пытается выяснить, почему у женщины, которую она встретила в конце прошлого сезона, то же имя и те же воспоминания, что у нее самой, и одновременно старается спасти Хэйвен от «Десяти казней египетских». Расследование приводит ее к мужчине, горюющему из-за недавней потери жены, которая умерла при рождении их сына. Натан нехотя осознает, что он - возможно, именно тот, кто должен занять место отца после его смерти, а Эвиденс Райан, бывшая жена и соучастница Дюка, приезжает в город.

Одри с трудом принимает тот факт, что, может быть, она – не настоящая агент Паркер. Одновременно она выслеживает страдающую сверхъестественной болезнью женщину, которая заставляет каждого, кто взглянет ей в глаза, ощутить момент его смерти. К Натану внезапно возвращаются осязание и чувства, и они с Одри предполагают, что где-то в Хэйвене есть человек, способный поглощать болезни других. Тем временем из Хэйвенского морского музея украдена доска-паззл, обладающая разрушительной силой, и расследование приводит Одри и Натана к мысли, что кража и оба заболевания связаны друг с другом.

У машин во всем Хэйвене появляется собственный разум, что приводит к катастрофическим последствиям. Расследование приводит Одри и Натана к талантливому механику, чья любовь к машинам заставила их ожить и овладеть им. В это время другая Одри Паркер просит Дюка помочь ей найти несколько координат, которые могут содержать разгадку тайны, связывающей обеих Одри. Однако то, что она обнаруживает, вызывает у нее потерю памяти, и первой Одри приходится «вычислить» это за двоих.

Ричард Уикли, обожаемый всеми мэр Хэйвена, делает первый бросок в детском бейсбольном матче. Вскоре после этого три человека получают сильные удары электрического тока от прожекторов. Когда мэр Броуди получает удар тока из микрофона, Одри приходит к выводу, что все эти электрические импульсы могут исходить от некоего человека, страдающего сверхъестественным недугом. Когда любовь горожан переходит на Криса, сына майора Уикли, становится ясно, что в деле замешан более чем один недуг. Одри и Натан узнают, что мэр изменял своей жене с Лори, женщиной, чьи эмоции воздействуют на электричество, а Одри замечает, что влюбляется в Криса несмотря на то, что имеет иммунитет против его недуга. В это время Дюк пытается побольше разузнать о пророческой татуировке, но Эви калечит его.

Крис приглашает Одри на свадьбу Питера Новелли и Мойры Киган, представителей самого молодого поколения двух враждующих семей. Но перед свадьбой отец Питера убит деревьями-хищниками, и враждебность между обеими семьями, кажется, подпитывает разрушительную силу деревьев. Одри отрезана от Натана и внешнего мира, так как отдаленное место, где устроена свадьба, захватывают вышедшие из-под контроля растения. Дюк и Эви, тоже находящиеся на свадьбе, осознают, как сильно они все еще любят друг друга, а гости оказываются под угрозой смерти. Становится ясно, что ключом к кризису является еще один роман между представителями Новелли и Киганов, расстроившийся 54 года назад.

Одри просыпается, предвкушая выходной в компании своего нового друга Криса Уикли. Но ей не придется насладиться встречей: ее вызывают в город по звонку из службы 911. Ребенок сбит насмерть машиной, а водитель скрылся с места аварии. Эта трагедия заставляет Одри восстановить в памяти этот день, ведь только она способна вспомнить происшедшее. Она снова и снова обнаруживает себя на месте происшествия, но когда она пытается выяснить, кто виновен, она видит, что все люди, которых она любит, один за другим становятся жертвами таких же аварий. Она также находит нечто, что может помочь разгадать тайну двух Одри, и решает исследовать ее.

На пляже обнаружено тело мужчины в татуировках, и расследование говорит о том, что произошедшее связано с реакцией одной семьи Хэйвена на Беды.

Все начинается как конфликт близнецов, один из которых одержим наведением порядка, а другой неряшлив, но ситуация не так проста, как кажется.

Когда в полицейском участке начинает распространяться неизвестная болезнь, новый Шеф приказывает объявить карантин ...

Когда местный подросток пропадает в лесу в то время, как в округе орудует какой-то убийца, Одри и Натан организуют поисковую группу.

Одри и Натан обнаруживают, что дело, в котором жертвы убийства таинственным образом мумифицировались, связанны со сверхъестественным существом.

В Хэйвен возвращаются умершие, чтобы отомстить своим обидчикам, и Одри, Натан и Дюк, так же как и остальные жители, сталкиваются со своим прошлым.

Спецагент ФБР Одри Паркер расследует дело, связанное с тематикой Рождества.

Пока Нейтан и Дюк, забыв о своих разногласиях, пытаются найти Одри, в городе появляется человек, чьи беды заключаются в одержимости инопланетными захватчиками.

Голые варвары бродят по улицам Хейвена, и пока Нейтан и Одри пытаются выяснить, кто они и откуда, Дюк уговаривает Винса и Дейва разрешить просмотреть ему архив газеты, чтобы понять, кто такой этот загадочный «Охотник» и как он связан с Одри.

Расследование странного убийства приводит бостонского полицейского в Хейвен, где убийства продолжаются. Все жертвы связаны кровным родством.

Одри и Нейтан расследуют непонятные смерти, связанные с водой. В расследовании им помогает Дюк, что не радует Нейтана. Нейтан узнаёт о таинственной организации «Стражи», а Одри начинает вспоминать некоторые моменты своей прошлой жизни.

Странная девушка в белом платье вершит суд по принципу «око за око». Одри пытается вспомнить прошлое с помощью Клэр.

В вечер Хэллоуина девушка теряет своего парня в известном каждому в Хейвене «доме с привидениями», она просит Одри о помощи. Одри и её друзья отправляются туда, но обнаруживают, что попали в ловушку к некой злой и невидимой силе.

В Хейвене происходит череда странных смертей и воскрешений. Одри и Дюк едут в Колорадо, чтобы найти Джеймса Когана. Нейтан раскрывает убийцу с крепёжным пистолетом и тот убивает Нейтана.

У Одри есть только один шанс воскресить Нейтана — разбудить чужую беду.

Дюк попадает в прошлое и встречает своего деда. Нейтан попадает в прошлое и встречает Сару. Из-за изменений в прошлом в Хейвене по эффекту бабочки изменяется настоящее — и отнюдь не к лучшему. Нейтан и Дюк должны направить события в прошлом по нужному руслу, чтобы вернуться в свой, «нормальный» Хейвен. Сара помогает им в этом.

В Хейвене появляется девочками с могущественными Бедами, и «Стражи» пытаются заполучить её, чтобы использовать для воздействия на Нейтана, а через него и на Одри.

Однажды утром Одри просыпается и обнаруживает, что Хейвен пустынен, а все его жители спят. Все, кроме одного.

После того как Одри выясняет настоящую личность Коженосца, они вместе с Нейтаном начинают расследование двух загадочных смертей, произошедших на вечере встреч выпускников. Дюку выпадает второй шанс, а Дэйв заключает сделку, чтобы узнать новую информацию об Амбаре.

Метеоритный дождь обрушивается на Хейвен, и Одри должна сделать невозможный выбор: остаться в амбаре и исчезнуть на 28 лет, позволить разрушить город или убить своего сына, чтобы остановить беды навсегда. Арла и Джеймс воссоединяются, а Винс и Дэйв серьёзно ссорятся.

Спустя шесть месяцев после исчезновения амбара Дюк таинственным образом появляется в Бостоне. Он встречает Дженнифер Мейсон, которая может слышать голоса из амбара. Она рассказывает, что Говард сообщил Одри другой способ покончить с бедами. Вместе они отправляются в Хейвен и обнаруживают, что за прошедшие шесть месяцев там изменилось очень многое: Нейтан уволился из полиции, многие жители пострадали от метеоритного дождя, а Нейтан винит в этом себя. Шерифом Хейвена стал Дуайт, а за Нейтаном охотятся Джордан и «Стражи», жаждущие его смерти. Дюк застаёт в «Чайке» своего брата — Уэйда Крокера, который ничего не знает о семейном проклятии. В то же время человек по имени Уильям знакомится с барменшей Лекси, которая выглядит точь-в-точь как Одри Паркер.

Нейтан пытается найти баланс между своими обязанностями в Хейвене и поиском Одри. Дюк старается успокоить Дженнифер и разобраться со своим старшим братом, а также расследует вместе с Нейтаном дело человека с бедами, который превращает людей в пепел. В Техасе Одри начинает узнавать о том, кто она такая.

Пока Нейтан и Дуайт ищут убийцу, оставляющего обескровленные тела своих жертв, Дженнифер вновь начинает слышать голоса, а Винс и Дэйв отправляются в Нью-Гемпшир. Тем временем Уильям рассказывает Одри, чем на самом деле является Бар, и почему она должна его покинуть.

В то время как Нейтан и Дуайт расследуют серию необъяснимых похищений детей, Дюк помогает Дженнифер сосредоточиться, чтобы она могла больше узнать о местоположении Одри. Тем временем в баре Уильям рассказывает Одри о том, каким образом она может сбежать оттуда, до того как это место, находящееся между двумя мирами, взорвётся.

Одри возвращается, ничего не помня о себе и о своей любви к Нейтану, и Дюк и Винс заключают договорённость о том, каким образом и когда следует убить Нейтана, чтобы покончить с бедами навсегда. Тем временем в городе происходит серия загадочных самоубийств.

Жители Хейвена начинают видеть загадочный обратный отсчёт на своих телефонах и всех других мониторах, а затем умирают от трупного окоченения. Дюк помогает Нейтану в расследовании, чтобы держать Лекси подальше от него и не позволить ему понять, что на самом деле она Одри. Джордан разрабатывает собственный метод избавления от бед.

Люди в Хейвене начинают получать травмы во сне, и некоторые из этих травм оказываются смертельными. Дюк ищет своего брата Уэйда, а Винс и Дэйв принимают Дженнифер на работу и обнаруживают в её прошлом некую тайну.

В семье, где никогда не было Бед, впервые проявляется их проклятие, способное разрушить Хейвен. В то же время, Нейтан и Дюк принимают важные решения, касающиеся их жизней, а Винс и Дэйв находят дневник, в котором описана древняя индейская легенда.

Волна параноидального бреда охватывает Хейвен, пока Одри и её друзья допрашивают двух мужчин из Амбара, которые последовали за ней через дверь. Как выяснилось, эти двое ищут странную коробку, а ключом к разгадке её тайны может оказаться Уильям.

Одри попадает в альтернативную реальность — Хейвен, где никогда не было бед. Однако её радость длится только до того, как она узнаёт, что Уильям тоже оказался здесь и не остановится ни перед чем, чтобы вернуться обратно.

В Хейвен приезжают «охотники за привидениями», называющие себя Искателями Темной Стороны. Они расследуют убийство, и когда узнают о бедах, шантажируют полицию, чтобы заключить сделку и узнать больше о происходящем. В то же время Нейтан и Одри разбираются с последствиями признания Уильяма.

Уильям пытается заставить Одри вспомнить её прошлое, поставив её перед трудным выбором: наделить бедой одного или позволить умереть сотням. Тем временем, Дженнифер, Винс и Дэйв находят так называемое «сердце Хейвена», через которое можно изгнать Уильяма из города.

Одри возвращает Дюку его семейное проклятие, но теперь оно имеет странные побочные эффекты. Для открытия дверей в другой мир нужны четыре человека, которые пришли из него. Одри вспоминает свою сущность по имени Мара. После совершения ритуала и изгнания Уильяма Дженнифер понимает, что это было ошибкой и падает замертво.

Нейтан и Дюк понимают, что потеряли Одри, и должны теперь разобраться с захватившей её тело Марой — злом, которое ответственно за возникновение бед в Хейвене.

Нейтан и Дуайт обнаруживают источник беды, зашивающей рты и глаза жителям Хейвена, и делают все возможное, чтобы остановить её. В это время Мара использует Вики, чтобы попытаться прорвать одно из «тонких мест».

Нейтан прячет Мару, чтобы не отдавать её в руки Дуайта и не подвергать её жизнь опасности. Тем временем, подруга Дюка может умереть из-за действия собственной беды, и он решает, что Мара — единственная, кто способен спасти её.

В то время как Нейтан и Дюк пытаются доказать Дуайту, что внутри Мары все еще жива Одри, серия странных и смертельных происшествий охватывает всю округу. Тем временем, Винс и Дейв прибегают к помощи психотерапевта, чтобы выяснить, что именно произошло в пещере.

Винс едет в Северную Каролину, чтобы узнать прошлое Дэйва и расследовать обстоятельства его усыновления. Однако оба брата внезапно обнаруживают, что поменялись телами. Такие же изменения происходят с некоторыми другими людьми. Тем временем Нейтан разрабатывает новый план возвращения Одри, несмотря на угрозы Мары убить её.

Тело Дюка вот-вот взорвется из-за накопленных в его крови бед, однако Нейтан, находящийся в нем, не в состоянии сосредоточиться и выпустить беду. Для собственного спасения друзьям необходимо воссоединить братьев, вызывающих обмен телами, и помочь им преодолеть их проклятие.

Нейтан и некоторые другие жители Хейвена внезапно исчезают, однако Одри и Дюк даже не подозревают, что их друг превратился в призрака. Тем временем, «Стража» не верит, что Одри перестала быть Марой, и планирует убить её.

Нейтан продолжает оставаться призраком и с помощью Одри и Дюка пытается вернуть своё тело. Однако другой призрак планирует совершить убийство, прежде чем они смогут вернуться в реальный мир.

Врач из Центра контроля заболеваний прибывает в Хейвен, для того чтобы исследовать инфекцию Дейва. В то же самое время в Хейвене распространяется загадочное заболевание, поражающее только людей с бедами и грозящее раскрыть секрет города всему миру.

Шарлотта выбивается из сил, пытаясь найти способ лечения болезни, активирующей беды. Нейтан, наконец, находит источник болезни, который, однако, не в состоянии самостоятельно остановить происходящие беды. Дюк освобождает Мару, и они вместе отправляются на поиски частей эфира.

В то время как здоровье Одри ухудшается, новая беда охватывает Хейвен. Беды, находящиеся внутри Дюка, грозят выплеснуться наружу, и только Мара в силах помочь ему. Вот только захочет ли она?

Одри и Винс выясняют, что Шарлотта не та, за кого себя выдает. Нейтан и Дюк отдельно друг от друга пытаются найти пропавшую Мару. Дюк обнаруживает, что его беда вновь видоизменилась.

Шарлотта рассказывает о том, как она связана с Марой и Одри. Мара угрожает взорвать Дюка, если ей не позволят уйти. Винс уговаривает Дейва отвести его к Кроатону.

Дуайт пытается взять под контроль новую вспышку Бед, в то время как Винс и Дейв узнают правду о видениях Дейва. Дюк И Нейтан стараются успокоить девушку с Бедами, а Одри и Шарлотта ищут источник стены из тумана, окутавшей город.

"Стражи" пытаются найти способ остановить новую беду, убивающую в полной темноте. Чтобы восстановить местную электростанцию, Нейтан вынужден отправится в опасное путешествие через весь город, который превратился в аномальную зону, где на каждом шагу людей поджидают разные беды. Тем временем Дюк пытается начать новую жизнь за пределами Хэйвена, а Дуайт вынужден принимать непростые решения, ради безопасности людей.

В то время, как Дуайт и Шарлотта разыскивают эфир, разгневанные жители устраивают суд над Нэйтаном, считая его виновным в смерти Киры.

Дуайт и Нейтан пытаются освободить Одри из мира снов Сэндмена, Дюк, тем временем встречает Сэта, и окончательно убеждается, что во внешнем мире, никто не помнит о Хэйвене.

В Хэйвене появляется новая беда, убивающая людей, в соответствии с изображениями карт таро, под её влияние попадают Шарлотта, Одри, Дуайт и Нейтан. Шарлотта узнаёт о Кроатоне и рассказывает друзьям шокирующую тайну. У команды остаётся совсем немного времени, чтобы избежать смерти и найти лекарство от бед! Дюк пытается избавится от своей беды, но сталкивается с шарлатаном.

Дуайт в ярости, и хочет покончить с Кроатоном любой ценой. К нему присоединяется Одри, вместе они идут к Дэйву, в надежде вызвать у него видения и больше узнать о Кроатоне. Дюк общается с таинственным незнакомцем, который рассказывает ему о прошлом семьи Крокеров.

Нейтан и Винс отправляются в прошлое, пользуясь бедой Стюарта Мосли. В прошлом Нейтан встречает Гарланда и Сару, и пытается найти девушку, чья беда может открывать прорехи в пустоту. Винс, тем временем, идёт к брату, в надежде изменить трагические события того дня.

Дюк возвращается в Хэйвен вместе с Хэйли. Одри и Нейтан активируют её беду, и открывают прореху в пустоту. Нейтан отправляется в пустоту в поисках контроллера для нового амбара и встречается с Уильямом. Обманом он заставляет его сотрудничать с ним и помогать в поисках. "Стража" пытается придумать как избавить Дэйва от влияния Кроатона, а тем временем в городе находятся люди, которые не рады возвращению Крокера и хотят свести с ним счёты.

Нейтан в ловушке внутри пустоты, вместе с Уильямом, в заваленной пещере. Хэйли застревает между решётками забора. Дюк пытается уговорить её открыть прореху и выпустить Нейтана, а Одри предлагает Крокеру убить девушку и забрать её беду, ведь она всё-равно обречена и умрёт. Винс и Дуайт погружают Дэйва в гипноз, чтобы тот встретился с Кроатоном внутри себя. Пользуясь этим состоянием Кроатон пытается влиять на всех, кто находится рядом, но Дэйв, в итоге, лишает его возможности стирать память людей.

У Лаверн активируется беда Холлуэя, и она сливается с полицейским участком, внутри которого "Стража", готовится к встрече с Кроатоном. Одри пытается понять как создать новый амбар и случайно призывает агента Говарда. Кроатон начинает действовать и захватывает тело Дюка.

"Стража" ловит Дюка и запирает его в комнате для допроса. Нейтан пытается достучатся до старого друга, но понимает, что влияние Кроатона всё ещё сильно. Одри в руках у Кроатона, который рассказывает ей о прошлом и бедах. Говард сообщает, что не может стать управляющим нового амбара и Винс вызывается принять на себя эту роль. Дуайт находит убежище в котором держат Одри, но встречает там совсем не того, кого ожидал встретить.

Кроатон начинает искушать друзей Одри, чтобы убрать все препятствия со своего пути. Одри использует беду Вики, чтобы восстановить кору эфира, но терпит неудачу из-за Дюка. После откровенного разговора с ним, ей удаётся освободить его от пагубного влияния Кроатона, после чего Крокер просит друзей убить его, чтобы все собранные беды умерли вместе с ним.

Все попытки остановить Кроатона терпят неудачу. Нейтан догадывается о том, что находится не там где надо и не с той Одри и возвращается в Хэйвен. Жертвуя собой, он помогает Одри убедить Кроатона, остановится, но эфирное облако уже не остановить. Винс сообщает, что создать новый амбар невозможно, без энергии любви, которой он заряжается. Паркер понимает, что должна уйти в новый амбар, ведь её любовь к Нейтану достаточно сильна. Эфирное облако растворяется, люди с бедами исцеляются, а новый амбар исчезает. В финале Нейтан встречает девушку, по имени Пейдж, внешне похожую на Одри, у них завязывается беседа, после чего Пейдж приглашает его на завтрак и они вместе уезжают в сторону Хэйвена.