En la Villa Oculta de la Hoja, el equipo Konohamaru ha sido ascendido a Genin y participa en misiones de rango D. Entonces, una figura atraviesa las puertas de la villa. ¡Es Naruto que ha regresado de su largo entrenamiento con Jiraiya!

Naruto y Sakura desafían Kakashi a un enfrentamiento para mostrar sus progresos. Mientras tanto, Gaara, que ahora es Kazekage, descubre que algunos miembros de los Akatsuki se han infiltrado en la Villa Oculta de la Arena.

Kakashi se sorprende de lo mucho que han mejorado Naruto y Sakura y de que ya no caen en las viejas trampas. Mientras tanto, Deidara de los Akatsuk se infiltra en la Aldea Oculta de la Arena con Gaara como objetivo.

Naruto y Sakura se enfrentan a la prueba de los cascabeles de Kakashi. Mientras tanto en la Aldea de la Arena, Gaara detecta la presencia de Deidara y da comienzo una batalla aérea con Deidara sobre su pájaro gigante y Gaara sobre la arena.

Tras ganar finalmente el desafío de supervivencia, Tsunade asigna a Naruto y a Sakura a un equipo de tres liderado por Kakashi, quien les dice que ahora son sus iguales. Mientras observa la feroz batalla entre Gaara y Deidara, a Baki comienza a preocuparle que se materialice Shukaku.

Gaara usa su chakra para crear un escudo de arena gigante que proteja su villa de la arcilla explosiva de Deidara. Por fortuna, la villa se salva, pero a un alto precio, ya que Gaara queda vulnerable y acaba cayendo en manos de Deidara.

Deidara se lleva con él a un Gaara que ha agotado todas sus fuerzas. Kankuro se lanza inmediatamente a la persecución para rescatar a Gaara, pero los Akatsuki han tendido trampas y los ninjas de la arena caen uno tras otro. Entonces Kankuro invoca sus marionetas para enfrentarse a Sasori.

A la Villa Oculta de la Hoja llega un mensaje urgente en el que se detalla el secuestro del Kazekage por parte de los Akatsuki. Tsunade no pierde el tiempo y ordena al equipo Kakashi que se dirija a la Villa Oculta de la Arena.

Kankuro sufre los efectos del veneno mortal de Sasori. Mientras tanto, de camino a Sunagakure, el equipo Kakashi recoge a Temari, la hermana mayor de Gaara.

Los ninjas de la arena libran una batalla contrarreloj para encontrar el antídoto que pueda salvar al moribundo Kankuro. Mientras, los Akatsuki llegan a su escondite con Gaara y dan comienzo al jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones.

Sakura trata a un Kankuro en estado crítico con manos firmes y seguras. A Chiyo le conmueve que Tsunade haya enviado a su propia aprendiz y queda impresionada por los decididos esfuerzos de Sakura para salvar a Kankuro.

Pakkun encuentra el escondite de los Akatsuki. El equipo Kakashi y Temari se preparan para salir a rescatar a Gaara, pero Temari recibe la orden de quedarse protegiendo la villa y la anciana Chiyo se ofrece voluntaria para ocupar su lugar.

El equipo Kakashi se encuentra con Itachi y Kakashi advierte a todos que no miren a su Sharingan. Por su parte, Gai y su equipo comienzan a luchar contra Kisame y este no tarda en atrapar a Neji, Lee y Tenten en una prisión de agua.

Sin oxígeno, Tenten se debilita rápidamente, por lo que Gai se prepara para usar un jutsu secreto prohibido. Naruto cae bajo el jutsu ilusorio de Itachi y a su mente acude todo el entrenamiento anti-jutsu ilusorio al que le sometió Jiraiya.

Después de que Chiyo y Sakura rescaten a Naruto del jutsu ilusorio de Itachi, Kakashi inicia su contraataque. Gai tiene dificultades contra Kisame, pero logra derribarlo con un poderoso jutsu conocido como Pavo real al amanecer.

Chiyo explica a Naruto y Sakura la conexión entre las bestias con cola (bijus) y sus anfitriones, los jinchuriki. Tras la impactante revelación, Sakura se da cuenta de que Naruto se enfrenta al mismo destino y derrama lágrimas silenciosas.

Chiyo lamenta haber sellado a Shukaku, el espíritu de arena, en el interior de Gaara y decide cambiarlo. En ese momento, los Akatsuki completan el Jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones y Gaara es envuelto por una luz blanca.

Los equipos Kakashi y Gai llegan al escondite de los Akatsuki, pero una barrera de cinco sellos les impide la entrada. Finalmente, un buen trabajo en equipo les permite destruir la barrera, pero los Akatsuki ya están al corriente de su presencia.

Romper la barrera de los cinco sellos ha activado una trampa y ahora el equipo Gai lucha contra clones de sí mismos. Deidara se marcha con el cuerpo de Gaara y un Naruto enfurecido le persigue a pesar de las advertencias de Kakashi.

El veneno de Hiruko es extremadamente letal hasta el punto de que un solo rasguño significa una muerte segura. Solo su propia abuela Chiyo puede leer las complejas trampas de Sasori, pero Sakura es quien debe asestarle el golpe final.

Chiyo y Sakura logran exponer a Sasori, quien sorprendentemente no parece mayor que veinte años atrás. Pero aún más sorprendente es que su siguiente marioneta es la del Tercer Kazekage, el ninja más fuerte en la historia de la Arena.

La determinación de Sakura a la hora de jugarse el físico para detener a Sasori conmueve a Chiyo. Con el propósito de proteger a Sakura del ataque de Sasori, Chiyo invoca a dos fatídicas marionetas expresamente para esta batalla.

En medio del despiadado ataque de Sasori, Chiyo lucha para proteger a Sakura, pero las marionetas de papá y mamá quedan selladas por la arena ferruginosa. Cuando Sasori se prepara para asestar el golpe final, Sakura toma una decisión.

Sakura consigue contrarrestar el ataque de la arena ferruginosa de la marioneta del Tercer Kazekage. Sasori decide que está perdiendo el tiempo y usa su Universo de arena ferruginosa, que se extiende hasta envenenar a Sakura.

Sakura destruye la marioneta del tercer Kazekage gracias a un antídoto secreto que se había tomado que convierte el veneno en una proteína inofensiva durante tres minutos. Chiyo y Sakura deciden derrotar a Sasori en ese plazo de tiempo.

Chiyo invoca el jutsu de los diez dedos, una técnica que se había prohibido usar, pero Sasori invoca la manipulación de los cien para contrarrestarla. El efecto del antídoto se ha agotado, pero aun así Sakura se une a Chiyo en la batalla decisiva.

A pesar de que ella misma ha sido envenenada, Chiyo usa el último antídoto con Sakura, que ha resultado herida en un punto vital y está al borde de la muerte. Irónicamente, lo único que puede salvarla es un jutsu que Chiyo creó para Sasori.

Aunque los miembros del equipo Gai comienzan a dar muestras de fatiga, sus copias siguen igual de fuertes. Incluso mientras persigue a Deidara, que se ha llevado a Gaara, Kakashi pone en marcha los preparativos de su nueva técnica.

Una vez completados los preparativos, Kakashi revela su Sharingan Mangekyo, un poderoso jutsu que transporta todo lo que el ojo puede ver a otra dimensión. Naruto aprovecha que Deidara baja la guardia para rescatar finalmente a Gaara.

Naruto pierde la razón en favor de la ira y es poseído gradualmente por el espíritu del zorro de nueve colas. Arrinconado y sin poder usar su jutsu, Deidara se dispone a hacerse explotar junto a los ninjas de la Villa Oculta de la Hoja.

Chiyo no tiene chakra suficiente para revivir a Gaara entonces Naruto le ofrece sus manos para que a través de él realice su técnica. Tras un tiempo, Gaara despierta y también llegan al lugar muchos Shinobis de la arena. Kankurō le agradece a Naruto todo lo que ha hecho por Gaara y Temari a su vez, le dice a Naruto que tiene el poder de cambiar a la gente, pues Chiyo normalmente no haría eso por los demás. Naruto no entiende que quiere decir Temari y se da cuenta de que Chiyo murió para revivir a Gaara.

Deidara sale de entre la tierra lamentándose porque su "Clon de arcilla explosivo" no eliminó a los de Konoha. Zetsu y Tobi van a donde tuvo lugar la batalla de Sasori contra Chiyo y Sakura para recuperar el anillo del primero. Gaara, los aldeanos de la arena y los de Konoha regresan a la aldea de la Arena, pero se van casi al llegar ya que afirman tener que reportarle varias cosas a Tsunade lo antes posible. Danzo le dice a un muchacho que será parte del equipo Kakashi y que debe de actuar en cubierto y para esto le da un nombre falso [...] Sai.

Los equipos Gai y Kakashi regresan a Konoha. Sakura le dice a Tsunade acerca del espía que Sasori tiene vigilando a Orochimaru y como se encontrarían; la Hokage considera que Naruto y Sakura deben ir a interceptarlo ya que es uno de su equipo quien debe ser salvado, pero debido a que Sasuke no está y a que Kakashi está débil decide llenar los huecos con 2 nuevos integrantes. Naruto se reencuentra con Shino (a quien no reconoce a primera vista), Kiba y Akamaru, Hinata (quien se desmaya luego de 2 contactos cercanos con Naruto) y Chōji . Mientras habla con Shikamaru y Chōji, son atacados por leones de tinta enviados por "Sai".

Naruto tiene una "batalla" con un kunai contra Sai, quien se defiende con su katana, quien luego es atacado por Shikamaru con su posesión de sombra y desaparece... Y aparece por primera vez Ino. La discusión de Tsunade por decidir si mandar o no a Naruto a la misión se lleva a cabo con los ancianos de la aldea quienes presentan a Danzō, quien dice que ya seleccionó a una persona para el equipo, de su organización raíz ANBU....Tsunade decide llamar a alguien de ANBU para que vaya en remplazo de Kakashi, a quien da el nombre de Yamato y le dice que esté muy al pendiente del nuevo integrante del equipo, Sai. Luego están Naruto y Sakura esperando que lleguen los nuevos integrantes de su equipo, y Naruto se da cuenta de que el nuevo integrante en reemplazo de Sasuke es Sai.

Mientras Sai insulta a Naruto y a Sakura, Yamato toma el liderazgo del equipo mientras Kakashi se recupera en el hospital. Mientras se preparan, Sai recibe un sobre de un shinobi del ANBU raíz que contiene órdenes secretas de Danzo. Jiraiya entonces se reúne con Tsunade y Yamato en la habitación en el hospital donde se encuentra Kakashi para explicarle a Yamato cómo controlar a Kyūbi en caso de que se apodere de Naruto. Finalmente el nuevo equipo Kakashi comienza su nueva misión con Naruto y Sakura no muy contentos con Sai, para interceptar a un espía de Akatsuki y para recolectar información sobre Sasuke Uchiha.

El nuevo equipo Kakashi se dirige hacia el puente del Cielo y la Tierra, Naruto, Sakura y Sai ya se llevan mal apenas habiendo salido de la Aldea ya que Sai se ríe de Sasuke. Debido a esto Yamato se ve obligado a entrar en la disputa y tras mostrar su habilidad con el Mokuton (técnicas de madera) amenaza al equipo, obligándolos a escoger entre encerrarlos en una jaula para que se lleven bien o descansar en un hotel con aguas termales con el mismo propósito (trabajo en equipo).

Sakura ve a Sai dibujando junto a un río y descubre su gran talento artístico pero este nunca ha dado título a sus obras ya que nunca se le ocurre nada. Tras unos pequeños malentendidos el grupo se pone nuevamente en marcha. Pero antes de llegar al puente para reunirse con el espía, Yamato decide acampar, creando una cabaña gracias a su jutsu de Madera, con el fin de descansar, recopilar información y preparar el plan para interceptar y capturar al espía.

Yamato decide hacer un simulacro de lo que pasará y deberán hacer en el Puente del Cielo y la Tierra. Así, de esta manera, verá como pelean y conseguirá que mejoren el trabajo en equipo. Una vez acabado el simulacro; Sai, que es quien logra capturar a Yamato, consigue volver enfadar a Naruto, al haberle apresado con una técnica suya. Éste, se lo echó en cara, y como siempre, Sai se comparó con Sasuke y lo ridiculizó. A pesar de esto, Naruto, dijo que estaría dispuesto a formar equipo con él, tan solo, para poder rescatar a su amigo.

Naruto, Sakura y Sai se preparan para interceptar al espía que Sasori tiene infiltrado entre los hombre de Orochimaru. Entonces, Yamato usa su técnica y se convierte en Sasori. Cuando el espía llega el puente todos se llevan una gran sorpresa al descubrir que se trata de Kabuto, el subordinado de Orochimaru. Mientras tanto, Orochimaru, que los estaba espiando sin que estos se diesen cuenta, aparece de repente atacando a Kabuto el cuál estaba hablando con Yamato (camuflado como Sasori). Kabuto se pusó al lado del falso Sasori y lo atacó de repente la marioneta se rompió y de ella salió Yamato. Orochimaru le reconoce y además le pide que llame a los tres que lo acompañan y que estaban ocultos. Orochimaru, se sorprende al ver a Naruto y Sakura, acompañados por el sustituto de Sasuke, Sai. Finalmente Naruto, enfadado, nota como el Kyūbi comienza a despertar en su interior.

Naruto, con el Kyūbi activado en su interior, ataca a Orochimaru cuando éste comienza a hablar de Sasuke. El golpe de Naruto envía a Orochimaru a unos 50 metros de distancia. Yamato, Sai y Sakura, al igual que Kabuto, se sorprenden por ver tal poder y Kabuto felicita a Naruto de que se haya convertido en un gran Jinchūriki. Tras una cordial felicitación del propio Orochimaru, se ve como a través de su cara/máscara destrozada aparece el rostro de Gen'yūmaru, el joven cuyo cuerpo está utilizando Orochimaru a espera de poder hacerse con el de Sasuke.

Después de eso Naruto aún más enfadado saca la tercer cola y se dispone a atacar a Orochimaru pero Kabuto decide atacar a Naruto y este en forma de Kyūbi lanza una bola gigante de chakra la cual hecha a Kabuto a volar y este se pega contra Sakura la cual se desmaya por un momento. Sai atento ve como el puente se va rompiendo poco a poco y decide comenzar su Misión Secreta, y hace su técnica en la que invoca a un Águila, Sakura estaba deslizándose hacia al precipicio pero Sai no la rescata y pasa a lado de ella, Yamato rápidamente utiliza su técnica Mukuton y logra salvar a Sakura y en ese momento ella despierta y Yamato crea un clon de el mismo para que vaya a observar que pasa cuando se ve una luz roja oscura que esta en el cielo el clon de Yamato se sube a un árbol y ve como desde ahí Naruto formo la cuarta y temida cola.

Orochimaru se dispone a atacar con serpientes a Naruto cuando este termina de formar la cuarta cola, naruto deteniene el ataque con una sola mano. Mientras tanto Yamato observa desde un árbol que naruto se ha transformado en un Kyūbi miniatura incluso logra sentir sus deseos malignos. Kabuto confiesa que planeaba matar a Sasori con ayuda de Orochimaru, y Sakura le dijo que sasori fue derrotado por Konoha. Naruto utiliza su chakra para formar una esfera de chakra concentrada, la cual se traga para después disparar una ráfaga de chakra con la cual logra destruir la defensa absoluta de Orochimaru: Sanjū Rashōmon. Finalmente Orochimaru logra alcanzar a Naruto con su espada y lo envía hasta donde están Yamato y Sakura a través del bosque.

Sakura observa muy preocupada a Naruto mientras este se encuentra transformado en Kyūbi miniatura. En ese momento, Kabuto habla de cómo Naruto se ha llegado a convertir en Kyūbi para traer de vuelta a Sasuke. Esto hace que Sakura recuerde cuando Naruto le prometió y reafirmó su palabra de traer de vuelta a su amigo. Ella comienza a llorar y corre hacia donde está Naruto para intentar detenerlo y hacer que vuelva a la normalidad, pese a las advertencias de Yamato. Cuando Sakura llama la atención de Naruto, este la ataca con una de sus colas haciendo que quede lastimada. Yamato utiliza su Jutsu de madera para evitar que Naruto vuelva a atacar a Sakura y para que quede completamente inmovilizado. Después Kabuto se acerca a Sakura pero es bloqueado por la madera de Yamato. Él indica que solo quiere curarla y que no tiene sentido pelear, pues en ese momento ambos grupos persiguen el mismo objetivo: destruir Akatsuki. Una vez Kabuto termina de sanar las heridas de Sakura, se retira del lugar alegando que debe volver con Orochimaru. Acto seguido Yamato emplea la técnica del Shodaime (Hokage-Shiki Jijun Jutsu: Kakuan Nitten Suishu) para que Naruto regrese a la normalidad. Mientras tanto, Sai se acerca a Orochimaru para darle un mensaje de Danzō. Antes de hablarle acerca del mensaje, Sai es atacado por Orochimaru, el cual le lanza una espada hacia el vientre.

Tras lanzar Orochimaru la espada, la figura de Sai se deforma y se transforma en tinta, ya que Sai utilizó un jutsu de clon. Sai le dice a Orochimaru que Danzō está muy interesado en contactar con él desde que atacó Konoha. Mientras Yamato termina de regenerar el cuerpo de Naruto, que está gravemente herido. Sakura comienza a curarle, a la vez que conversa con Yamato pidiéndole que le enseñe esa técnica. Yamato la explica quien es y que la técnica que acaba de usar con Naruto es gracias al colgante que éste lleva, cuyo poder solo puede ser utilizado por el Primer Hokage , por lo que es una técnica que no puede enseñarla. Yamato hace un comentario sobre los fuertes sentimientos que siente Sakura por Naruto pero éste despierta, dejando la frase interrumpida. La conversación entre Orochimaru y Sai no se ve, sin embargo Orochimaru parece muy interesado. Cuando Sai iba a entregarle un sobre a Orochimaru, Kabuto aparece en escena asaltando por la espalda a Sai, haciendo que todas sus cosas caigan al suelo. Finalmente los tres parten juntos. Todo ha sido presenciado por un clon de madera de Yamato, el cual les sigue el rastro. Naruto recobra la consciencia pero no recuerda nada de lo ocurrido. Sakura y Yamato deciden hacerle creer que Orochimaru le dejó inconsciente sin más. Los dos reciben la noticia de que Sai se ha ido con Orochimaru y Kabuto, mientras que Sakura ve en el suelo los objetos que se le cayeron a Sai, entre los que está el diario de su hermano que guardaba celosamente.

Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi. Naruto le pregunta a Sakura quien la había herido a lo que ella responde que fue Orochimaru, el clon de Yamato descubre la trampa pero mientras hablaba con Yamato el clon ve dos notas explosivas y se pierde la conexión de los audifonos, entonces Yamato le cuenta a Naruto que él fue quien hirió a Sakura.

Después de que Naruto supiera que él fue que atacó a Sakura, Yamato le dice a Naruto que si quiere rescatar a Sasuke y proteger a Sakura tendría que dejar de depender del chakra del Kyūbi. Mientras, Kabuto limpia sus instrumentos de medicina y Sai se da cuenta que perdió el libro de su hermano; Sakura empieza a leer el libro de Sai y llama a Naruto y a Yamato y ven que el libro de Sai narra las victorias de dos personaje de cabello negro y otro de cabello blanco, luego Naruto se da cuenta que el personaje de pelo negro es Sai y del cabello blanco su hermano. Más tarde, Kabuto, Sai y Orochimaru entran a la guarida sin saber que un clon de madera de Yamato los siguió y con el comunicador le avisa al verdadero Yamato, Sai logra ver a Sasuke mientras este le reprocha a Orochimaru por llegar tarde.

El capítulo empieza cuando Orochimaru, Kabuto y Sai llegan a la habitación en que esta Sasuke y este comienza a hablarle sobre Naruto por lo cual Sasuke se enfurece y realiza un genjutsu sobre sai induciendole miedo ante lo cual hasta el propio Sai se sorprende, luego Kabuto lo encierra y Naruto, Yamato y Sakura logran infiltrase y se dirigen hacia donde esta Sai. Pero en ese momento Kabuto se da cuenta que ha dejado un sobre en la habitación de Sai y vuelve al mismo tiempo que el equipo de Yamato se acerca.

Sai se sorprende al ver que Naruto, Sakura y Yamato entran en su habitación y comienzan a interrogarlo para saber que ordenes sigue con Danzō y para que quiere hablar con Orochimaru. El les dice que su misión fracasó en cuanto ellos entraron a la habitación y que Danzō planeaba unirse con Orochimaru para destruir Konoha y luego traicionar al sannin, Sakura le devolvió el libro de dibujos a Sai y le dice que gracias a este libro tiene un vínculo afectivo con su hermano y que por eso no puede evitar de demostrar sentimientos, a lo que el responde que este libro era para su hermano el cual luego murió estando enfermo casi terminándolo y desde ese día no recuerda que iba a dibujar en la pagina del centro. Yamato le revelo a Sai que el sabía que Sai pertenece a la rama Raíz del ANBU y que había tenido un entrenamiento especial como la Aldea Oculta de la Niebla a la cual Naruto recordó que pertenecía Zabuza. LLevan a Sai a fuera de la guarida y Sai le dice a Naruto que Sasuke no le importaba a él, pero Naruto le dijo que de cualquier manera traería de vuelta a Sasuke, incluso si lucha otra vez con Orochimaru.

Al descubrir los planes de Sai, Yamato, Sakura y Naruto comienzan a buscar a Sasuke por todo el lugar; habitación por habitación sin encontrar rastro de él. Naruto se desespera pero logra recordar muchas cosas cuando estaba con el Uchiha. Después de eso Sakura también recuerda y confía que traerán de vuelta a Sasuke.

Naruto y Sai se encuentran con Orochimaru poco después de que Sai recuperase el vínculo con su hermano y acabase el libro de dibujos, Sai se va a buscar a Sasuke a petición de Naruto, mientras este lucha con Orochimaru, tras unos instantes llegan Yamato y Sakura y Orochimaru huye para buscar y matar a Sai, el cual ya ha encontrado a Sasuke en una habitación con ayuda de sus técnicas para dar vida a los dibujos, pero su verdadero propósito es matar a Sasuke.

Finalmente Sai encuentra a Sasuke. Este se despierta y lo ve. Hay una explosión. Yamato y Sakura corren hacia el lugar de la explosión y se reúnen con Sai y ven a Sasuke sobre ellos. Naruto también consigue llegar. Sai promete que traerá a Sasuke de vuelta a Konoha.

Sasuke ataca a Naruto pero Sai los para. Entonces Sasuke aleja a Naruto y a Sai con su nuevo Chidori Nagashi. Entonces apuñala a Yamato con su espada llena de electricidad. Naruto mira a Sasuke con los ojos del Kyūbi y Sasuke con su Sharingan. En este momento, en el subconciente de Naruto, Kyūbi se despiertan otra vez y le pide que lo libere completamente eliminando el sello. Ahora Sasuke es mucho más fuerte, y puede ver al Kyūbi dentro de Naruto. Al final Sasuke impide que el Kyūbi sea liberado dispersando su chakra de nuevo. Antes de que Sasuke saliera del subconciente de Naruto, Kyūbi le dice que no se le ocurra matar a Naruto porque podría arrepentirse. Luego Yamato aleja a Sasuke y lo encierra con madera pero Sasuke logra escapar y se coloca arriba de nuevo.

Sasuke esta a punto de utilizar su nueva técnica prohibida pero Orochimaru lo detiene, luego aparece Kabuto y los tres desaparecen entre las llamas. Naruto se decepciona por no poder haber hecho que Sasuke volviera, en Konoha Jiraiya le cuenta a Kakashi lo que pasaron Naruto, Sakura, Yamato y Sai desde que salieron de Konoha. Yamato y Tsunade hablan sobre la misión de Sai. Danzō habla con Sai y lo reta por no haber cumplido con la misión.

Naruto está soñando y observa como ráfagas de viento golpean a muchas personas y de un momento a otro se observa a un joven el cual tiene una mano vendada, para después pasar al zorro de Kyūbi que esta atacándolos y luego despierta. Luego Sakura visita la biblioteca y se encuentra con Sai que este busca información de cómo relacionarse con la gente y cómo tratarlos, mientras Sakura le pregunta que lee. Después se reúnen con Naruto que se asombra que Sai esté ahí y se dirigen a visitar a Kakashi. Ellos tratan de informar a Kakashi lo ocurrido en la misión pero este les dice que Yamato le ha puesto al tanto de todo y les recalca que necesitan hacerse más fuertes para poder recuperar a Sasuke. Ellos se preguntan el cómo se pueden hacer tan fuertes en tan poco tiempo y Kakashi le dice a Naruto que tiene que realizar un entrenamiento especial y que puede llegar a convertirse en un ser más poderoso que Kakashi. Cuando este le iba a decir que tipo de entrenamiento era, entra Asuma con Shikamaru, Chōji e Ino que se admiran al ver a Sai; Ino queda encantada con él. Asuma les ordena ir a comer barbacoa porque él necesita platicar con Kakashi y hasta a Shikamaru le ordenan retirarse, este regresa para hablar con ellos. Luego en el restaurante, Sai aplicando lo que aprendió en la biblioteca elogia la belleza de Ino, causando la furia de Sakura. Al final Sai le intenta decir gordo a Chōji, lo que causa una pelea entre todos.

A Kakashi le dan de alta en el hospital y va a empezar el entrenamiento especial con Naruto, pero antes le da una explicación acerca del chakra. Cada ninja puede ser de cinco tipos de chakras básicos diferentes: fuego, rayo, viento, tierra y agua. Le dice que para hacer una técnica realmente poderosa debe saber manipular el chakra y combinarlo con alguno de estos elementos. Por ejemplo el Chidori que es una técnica de rayo. Muestra unos papeles especiales que muestran que tipo de chakra es la persona, si el papel se arruga es rayo, si se moja es agua, si se quema es fuego, si se parte en dos es viento y si se hace polvo es tierra. Aparece Yamato quien muestra que puede controlar chakra de tierra y de agua (Un ninja de nivel Jōnin debería poder manipular dos tipos diferentes de chakra) y dice que él está ahí para suprimir el chakra del Kyūbi en caso de que Naruto pierda el control. Se muestra que Naruto es de chakra viento y a continuación empieza el entrenamiento. Kakashi le pide a Naruto que haga el Taju Kage Bunshin no jutsu y trate de partir las hojas de un árbol con el chakra (Una hoja por clon).La idea de este entrenamiento es que si Naruto logra dividir su trabajo en varios clones su entrenamiento especial se acortaría en poco tiempo; por ejemplo si algo que Naruto aprende en una semana si trabajó con un clon a la vez lo haría en 4 días.

Naruto sigue entrenando después de hacer el Taju Kage Bunshin no jutsu con el cual comienza a intentar romper una hoja. Mientras tanto un clon de Naruto sale a pedir consejo a otro usuario del Elemento viento, Asuma Sarutobi, quien le recomienda que tiene que afilar el chakra en partes muy finas como sus cuchillas. Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión. En los límites del País del fuego una aldea se encuentra destruida, cuatro Ninjas la observan desde arriba hablando de cómo cambiar el País del Fuego, su objetivo es deshacerse de Konoha, muchos serán los peligros que les aguarden, pero deberán estar preparados para destruir el mal.

El equipo Yamato se dirige hacia el punto donde habían quedado con los monjes del templo del Fuego. Yamato y Sakura se van a buscarlos mientras que Naruto desobedece dejando a Sai solo, por un problema que hubo entre los dos (Sai pensó que Naruto estaba asustado y se acercó demasiado para el gusto de Naruto). Naruto llega a un extraño lugar, cuando se adentra encuentra una tumba, en ese momento llega un chico llamado Sora_(Naruto_Shippuden) y comienzan a pelear, más tarde llegaron los monjes y el equipo Yamato que después de presentarse llegaron al templo que Naruto había estado soñando.

El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas. Más tarde Naruto sale en busca de Sora_(Naruto_Shippuden) y lo encuentra entrenando con técnicas de viento. Naruto se da cuenta de que por alguna razón a él lo miran con los mismos ojos que lo miraban a él cuando aún era un chico. Sora le confiesa que quiere ser fuerte y vengar la muerte de su padre y juntos vuelven al templo. Mientras tanto los monjes observan que las tumbas han sido robadas y sin dudarlo más, el equipo Yamato sale en busca de ellas.

El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrondes de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirgiendose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a el Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas el equipo Yamato se disperse, y así, comienzan las peleas.

Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas.Yamato se enfreta al primero y lo engaña, haciéndole creer que quedó vencido y escapa para buscar a los demás;Sora deja atrás a Sakura y ella se encuentra en una de las trampas de los ladrones y es atacada por una araña gigante que luego es derrotada por Sai, quedando herido en su brazo. Naruto se enfrenta a la otra integrante de los ladrones de tumbas (con la habilidad de manejar los chakras de fuego, agua, rayo, tierra y viento) ella intenta besarlo pero era un kage bunshin cosa que la hace amargar y le ataca fuertemente dejando malherido de gravedad a Naruto.

El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora está siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha.

Asuma Sensei le reporta a Tsunade los estragos que hubo en una aldea provocados según el por el país de la lluvia, y después, el joven monje Sora conoce a Tsunade (de una manera muy peculiar) y le revela a Naruto la triste historia del pasado de su padre al que considera como héroe pero su pueblo lo considera como alguien que merecía morir, después de los problemas que tuvo Sora para adaptarse a Konoha con Akamaru y Kiba, Chōji y Rock Lee, Naruto le pide a Asuma que le muestre a Sora sus técnicas de viento y mientras Sora y Naruto entrenan para lograr dominar más sus poderes de viento, Furiido y sus secuaces atacan una aldea del clan Kohaku para el "bien" del País del Fuego.

El Equipo Kakashi se encuentra reunido, mientras Yamato les explica que Sora tomará el lugar de Sai mientras éste se recupera, Naruto y Sora entrenan con Asuma, Asuma les dice que deberán enfocar el elemento viento en el objetivo, después del entrenamiento Asuma los invita a comer ramen, ahí, Asuma le dice a Sora que se quede con él, se van a una tienda, Sora se da cuenta que Asuma le había regalado sus garras reparadas, después Sora se dirige al pueblo , en eso hace su aparición Furiido, tras una pequeña discusión con éste, Furiido le dice, que Asuma fue uno de los que mató a su padre, Kazuma, Furiido desaparece, mientras esto ocurría Tsunade se entera de que Danzō ha desaparecido, cuando Naruto se encuentra con Sora, éste está confundido por lo que Furiido le dijo, y muestra un poder escondido bastante superior a lo normal.

Los ANBU atrapan a Danzō que quería escapar de Konoha a través de la Aldea de la lluvia, Sora confronta a Asuma, éste admite que si mató al padre de Sora, y éste, enfadado se lanza a por él con su garra de la muerte que ha tomado otra forma. Después, Naruto, que había estado observando, resulta herido mientras protege a Sora del ataque de un desconocido, probablemente miembro del "NE" Furiido le dice a Sora que debe matar a Asuma y a la quinta Hokage para tomar venganza. Sora lo intenta, pero Naruto lo detiene. Sora escapa cuando Shizune y otro ninja llegan para salvar a Naruto, pero este persigue a Sora. Es ese momento una extraña tormenta deja a Konoha sin luz.

Konoha queda completamente sin luz, la villa entera se pone en estado de emergencia. Asuma, enviado por Tsunade va en busca de Naruto y Sora, finalmente, los encuentra. Asuma se da cuenta que los 4 invasores planean aniquilar la villa entera usando el poder relámpago que obtuvieron de cadáveres, reviviéndolos, Yamato se encarga de repeler los ataques, El equipo Konohamaru se encarga de llevar a toda la gente a un lugar seguro. Mientras los enemigos, que son muertos fuerzan por atacar.

Los ninjas de Konoha repelen a los muertos revividos del clan Kohaku. Los 4 guardianes, Seito, Tō'u, Nauma y Kitane, son revividos. Ellos planean usar su jutsu propio que consiste en lanzar un poderoso relámpago que destruirá Konoha. Asuma llama a Sakura y a Yamato para que se enfrenten a los ninjas del clan Kohaku Fūka, Fuen y Fuidō. Sakura se pegunta por qué Fuiido no está. Fuen ataca a Sakura, mientras Yamato pelea con Fuidō. Luego, Sora va a buscar a Furido para saber la verdad , mientras Naruto pelea con Fūka.

Sora se niega a dejar que la aldea sea destruida, a pesar de su rencor contra Asuma. Furiido lo golpea y afirma que su padre era igual de débil. Mientras tanto, Asuma pelea contra Kitane pero al final queda atrapado en un campo eléctrico hecho por Kitane. Yamato y Sakura derrotan a sus respectivos oponentes. Shikamaru se presenta en la entrada principal para ayudar a Chöji, Ino, Rock Lee, Kiba y Akamaru, Ebisu y los otros jōnin en contra de los zombies. Dada la derrota de Fudō a manos de Yamato su técnica de resucitación se desvanece.

Naruto sigue luchando con Fūka, y descubre su punto débil, consiguiendo vencerla, mientras Sora esta con Furiido, y Asuma logra vencer a Kitane.

Asuma descubre que Furiido era uno de los 12 guardianes ninjas y recuerda la pelea en la que le hizo esa cicatriz, descubre impresionado que Furiido era el padre de Sora. Naruto trata de calmar a sora y este empieza a liberar un chakra de color rojo, entonces Furiido les explica a Naruto y Asuma que cuando el 4to hokage(Yondaime) sello al kyubi en un bebe de konoha con el chakra que andaba disperso por la zona formaron en Sora una especie de kyubi y este así puede utilizar el chakra del Jinchuriiki. Mientras Naruto hablaba con Sora, este le recrimina de que no sabe lo que siente estar solo. En ese momento llega el capitán Yamato con Sakura, después de esto Yamato atrapa a Sora con su técnica de elemento madera y Sora logra liberarse mediante su chakra ya que cada vez se hace más y más fuerte, luego llega el equipo 9 con Kiba , Akamaru y Lee. Después de la llegada de estos, Shikamaru usa su técnica de posesión de sombras y Choji atrapa a Sora con su técnica de expansion mientras tanto Naruto le cuenta que el sabe lo que es la soledad por que lo vivió y le dice a Sora que el sabe porque él tiene el kyubi sellado en su interior y que no perdió nunca tiempo en vivir la soledad sino en tratar de resaltar entonces Sora se descontrola y con el chakra del kyubi quema a Choji y libera la tercer cola del chakra del Kyūbi.

Sora esta descontrolado, no entiende nada de lo que Naruto y los demás intentan decirle mientras pelean contra el. Mientras que Fūriido y Asuma siguen peleando, Chōji, Shikamaru, Kiba y Akamaru atacan a Sora, pero es imposible, así que deciden dejarle el trabajo a Naruto, quien al acercarse a Sora, el chakra de Kyubi, se traspasa también al cuerpo de Naruto. Cuando Sora consigue sacar las cuatro colas, Naruto se niega a sacarlas también, mientras que hay un enfrentamiento entre el y el Kyubi, por suerte consigue quitarse el chakra del Kyubi de encima, gracias a su fuerza de voluntad, mientras que Sora, esta apunto de convertirse en nada más y nada menos que el mismísimo Kyubi.

Sora transformado golpea a Naruto, Sakura trata de ayudarlo pero Sora ataca a todos. Yamato logra protegerlos con su mokuton mientras Naruto protege a Sakura con su cuerpo, finalmente Naruto logra que Sora entre en razón, volviéndolo a la normalidad. Asuma logra matar a Furido donde hace aparición nuevamente Sai. al final del episodio aparecen Hidan y Kakuzu, dos miembros de Akatsuki, persiguiendo a una mujer llamada Yugiito Nii, el jinchūriki del bijū de dos colas.

Asuma ve la tumba de su padre y recuerda aquellos momentos en los que únicamente era un tonto, luego aparecen Hidan y Kakuzu quienes no son la pareja perfecta, Hidan enoja a Yūgito Ni y este saca a Nekomata su Bijū en dos colas y ocurre una gran explosión cuando ataca a Hidan, Naruto, Sai y Sakura se encuentran en el hospital, Kakashi regresa de su misión y le entrega los informes a Tsunade y esta dice que Akatsuki ha comenzado su movimiento luego aparecen nuevamente “los hermanos Muerte”, con el Biju atrapado pero Hidan está haciendo su ritual de Jashin, su religión, mientras Kakuzu prepara la siguiente misión; capturar al Kyūbi...

Naruto comienza nuevamente con su entrenamiento y logra hacerlo rápidamente luego Kakashi le dice que deberá cortar la cascada para poder pasar a la fase final, Naruto comienza y pasa 1 día y medio y Naruto no deja de entrenar, mientras Zetsu se lleva al dos colas y Kakuzu e Hidan van al templo de fuego, donde se encuentran con Chiriku y comienzan una pelea, Chiriku utiliza una técnica en la que aparece una estatua de una mujer de la religión India, y esta golpea cuando intentan atacar a Chiriku en este caso Kakuzu, luego Hidan intenta atacarlo pero sucede lo mismo y entonces Hidan ataca de nuevo y Chiriku utiliza su técnica Raigou Senjusatsu ... el templo queda totalmente destruido e Hidan aparece en la tierra acostado con la espada en su estómago (Su ritual Jashin) Chiriku está muerto y entonces un monje les envía el mensaje a Konoha, algo extraño está por suceder... Mientras Naruto utiliza su Taju Kage Bushin No Jutsu ya que Tanzou por órdenes de Kakashi hizo más grande la cascada y el puente de madera para hacer el entrenamiento de Naruto más rápido...

Naruto sigue con su entrenamiento esta vez consigue partir la cascada en dos por motivación de Sasuke, quien se fue de Konoha... Sakura se siente rota ya que todos se han hecho más fuerte y ella es aún la más débil, pero rápidamente ella recuerda lo que Yamato le dijo << No importan de que tamaño sean las cosas que haces, si no lo que sientes>> ella se sinete recuperada y está lista para demostrarle a todos de lo que está hecha... mientras tanto los otros 12 equipos ninjas están en busca de Kakuzu e Hidan quienes parecen se encontraran con el equipo Asuma...

Naruto suspende su entrenamiento por un tiempo para ir a comer ramen y se encuentra que el puesto ya no prepara ramen. Mientras tanto los 12 escuadrones mandados por Tsunade vigilan el País del Fuego a una radio de 150km. Finalmente el equipo Asuma llega al Templo del Fuego y Asuma recuerda sus tiempos con Chiriku. Los Akatsukis siguen camino para cabiar el cuerpo del ex guardian Ninja, se revela que la cabeza de Asuma sale 35.000.000 ryous. También se revela que Kakashi puede realizar el Rasengan.

Todos los equipos de Konoha empiezan a moverse por todo el terreno hasta que Asuma manda un mensaje en el que dice que hay 5 puntos de intercambio los equipos se disperzan hasta que... Asuma se encuentra con Hidan entonces lo ataca Shikamaru utiliza su técnica de Sombras y detiene a Hidan entonces los otros Chūnin atacan los puntos vitales de Hidan pero descubren algo impresionantes... es inmortal.

Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

El escuadrón Asuma sigue combatiendo contra Hidan, que ha comenzado su ritual Jashin y a herido a Asuma. En el último instante, cuando Hidan estaba por asesinara al Sarutobi, Shikamaru logra atraparlo con su Jutsu y lo saca del círculo del ritual.

Así Asuma le corta la cabeza a Hidan pero luego Asuma es atacado por Kakuzu y luego éste le úne nuevamente la cabeza a Hidan con unos hilos que salen de su cuerpo y también éste comienza a pelear contra los otros Chūnin a los cuales derrota fácilmente; Hidan ataca a Asuma pero este esquiva la Hoz, pero con su pico anteriormente le había quitado sangre Asuma y sin que él se diera cuenta ya había comenzado el ritual, Hidan lo mata perforándose el pecho mientras los demás lo observaban y Kurenai... lo siente.

En el instante en que Asuma cae al suelo, Shikamaru es también derribado, pero por sorpresa aparecen Choji, Ino, Aoba y Raido para ayudar. Hidan y Kakuzu son llamados por el líder para el sellado del Nibi. Asuma les da sus últimas palabras al sus alumnos y finalmente muere.

Empieza el sellado del Nibi, el escuadrón Asuma regresa a Konoha y le es informado a Tsunade sobre la muerte de Asuma Sarutobi. Shikamaru le informará a Kurenai y, al final del capítulo, Naruto, Kakashi y Tanzou también acaban enterándose.

Kurenai se entera de la muerte de Asuma, se realiza el funeral del Sarutobi y se revelan las intenciones de Akatsuki.

El equipo 10 y Kakashi trazan una estrategia y localizan al dúo Akatsuki. Luego, Shikamaru los atrapa con su jutsu, y Choji intenta matar a Kakuzu, pero falla.

Choji y Shikamaru se ponen en posición y Kakashi atraviesa a Kakuzu con el Chidori. El Akatsuki libera sus corazones. Hidan entabla una batalla con el Kakashi y un corazón de Kakuzu realiza una técnica de viento. Luego otro de los corazones ataca a Shikamaru y a Choji con una técnica de Raiton. Sin embargo, es retenida por Kakashi. El tercer corazón efectúa una técnica de Katon.

Se termina de revelar el pasado y las habilidades de Kakuzu. Los ninjas de Konoha siguen luchando con los Akatsuki. Shikamaru aleja a Hidan de Kakuzu y realiza la trampa de los sellos explosivos. Hidan corta a Shikamaru y está dispuesto a realizar el ritual Jashin.

Hidan realiza el ritual de Jashin. Cuando creía que Shikamaru había muerto, éste se levanta y revela que la sangre que había utilizado para su ritual era de Kakuzu. Kakashi la había obtenido justo cuando destruyó uno de sus corazones. Así, Kakuzu ya ha perdido dos corazones, y cuando éste se disponía a matar a Kakashi, Ino y Choji aparecen Naruto, Sai, Sakura y Yamato a salvarlos.

Continúa la batalla entre Shikamaru y Hidan. Shikamaru muestra que el escenario había sido preparado por él antes de la pelea y ataca a Hidan con cientos de sellos explosivos. Naruto finalmente muestra su nueva técnica Fūton Rasen Shuriken y se dispone a atacar a Kakuzu.

Shikamaru destroza el cuerpo de Hidan. Éste cae en un agujero que Shikamaru tenía preparado, y se dispone a enterrarlo vivo mientras es maldecido por Hidan. Mientras tanto, Naruto después de un intento fallido finalmente golpea a Kakuzu con su Fūton Rasen Shuriken destruyendo así dos de sus corazones.

Kakashi le da el golpe final a Kakuzu y todos regresan a Konoha. Shikamaru se encuentra con Kurenai en el cementerio, donde tras una conversación se da a entender que Kurenai está embarazada de Asuma. Tsunade, al ver las heridas de Naruto, le ordena a Kakashi que no permita que Naruto vuelva a utilizar su técnica, pues ésta le daña incluso a él y ni ella puede curarlo. Mientras tanto, en la guarida de Orochimaru, éste le ordena a Kabuto que llame a una misteriosa mujer llamada Guren.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru llegan al lugar pero se encuantran con una trampa creada para destruir cualquier evidencia de allí. Guren es atacada por algunos miembros del grupo que querían escapar de Orochimaru, pero son derrotados con facilidad. Mientras tanto Naruto comienza su entrenamiento con Jiraiya.

Guren llega con Orochimaru y muestra celos hacia Sasuke, por ser éste el favorito de Orochimaru. Naruto tiene problemas en su entrenamiento por no considerarse compatible con Gamariki y entonces invoca a Gamakichi y Gamatatsu con su brazo totalmente recuperado.

Naruto muestra avances en su entrenamiento. Sin embargo, llega un mensaje a Jiraiya que hace que éste se deba ir. Mientras tanto, el grupo de Kakashi sigue las pistas que ha dejado Guren, pero uno de los subordinados se entera de la presencia de éstos. Naruto se da cuenta que tanto Gamakichi como Gamatatsu no pueden realizar técnicas Suiton.

Kabuto encarga a Guren el cuidado de Yūkimaru, éste enferma en el viaje y Guren debe cuidarlo. Mientras tanto, Shino encuentra una especie de insecto que sobrevivió a los cristales, y se dispone a empollar más. Tsunade ordena a Yamato unirse al equipo de búsqueda de Kakashi junto con Sai y Sakura.

Guren llega con sus subordinados junto con Yūkimaru y le informan de la presencia del equipo de búsqueda. Ella ordena el ataque inmediato. Mientras tanto, Naruto descubre la misión que se le había ocultado y convence a Tsunade que lo deje ir, por lo cual acelera su entrenamiento con Gamakichi y Gamatatsu.

Sakura interrumpe a Naruto en su entrenamiento para que puedan partir. Mientras tanto, los subordinados de Guren atacan al equipo de búsqueda separándolos, en una clara ventaja, se retiran tras descubrir la técnica que preparaba Shino. Ya habiendo analizado las habilidades de los enemigos, Guren se prepara para atacar.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

El equipo de Kakashi llega para ayudar al equipo de Kurenai y recuperar a Hinata. Guren decide retirarse y va al punto de reunión con sus hombres en su base. Después de que Hinata es liberada, Kakashi dice a Sakura y Sai que permanezcan con ella hasta que ella este mejor, así los demás persiguen a sus enemigos. En la base de Guren, Kabuto llega y lleva a todos al lago de antes. Él ata con una correa a Yūkimaru a su máquina y Guren crea cinco pilares cristalinos alrededor de ellos. Cuando la máquina amplifica el chakra de Yūkimaru, la bestia de tres colas comienza a emerger.

Yūkimaru se debilita al no poder contener al Biju, y Guren se dispone a luchar con el Sanbi, mientras Kabuto escapa. Guren ataca con múltiples ataques pero no tienen efecto en la bestia, Mientras tanto Naruto se acerca al lago y ve al Sanbi. Kakashi, Yamato, Shino y Kiba están sumidos en el humo, y los subordinados de Guren se disponen a atacarlos, pero Hinata advierte de esto gracias a su Byuakugan. Mientras tanto, Yūkimaru se coloca el casco y detiene al Biju, y salva a Guren.

Dentro de la Poderosa Niebla, los ninjas de Konoha gestionan una cita con Naruto. Los ninjas refuerzan la guardia cuando se dan cuenta de que la niebla causa ilusiones. Naruto y sus amigos descubren que su enemigo es el poderoso Sanbi, ante esto, Kakashi decide pedir ayuda a la Aldea de Konoha.

Naruto entra en la niebla para buscar a Yūkimaru mientras Guren sigue alerta para proteger a Yūkimaru que se encuentra muy débil sin poder moverse. Cuando ambas partes de encuentran Guren termina muy confundida por las palabras de Naruto.

Los refuerzos de Konoha llegan al equipo de Naruto quien traen consigo una nueva misión: sellar al Sanbi para que no caiga en las manos equivocadas y llevarse a Yūkimaru quien posee un poder extraño que se vincula con el poderoso Sanbi.

Se forman 3 equipos: el equipo que sellará al Sanbi, formado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de protección: Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleará con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

Hinata, Sakura y las demás, logran formar el sello, mientras un miembro de Akatsuki las espía, los insectos de Shino están listos, y ahora son invulnerables al ataque de Guren, mientras Lee, Ten Ten y Kiba con Akamaru logran vencer fácilmente a los esclavos de Orochimaru.

Kabuto planea romper la barrera de sellado de Konoha desde dentro usando el Poder de Yūkimaru para así poder tener al Sanbi bajo control.

Yūkimaru decae y el Sanbi ataca a Guren. Yūkimaru usa su poder para contener al Sanbi, pero agota su chakra y es incapaz de hacerlo. Guren deja su posición y protege Yūkimaru con un escudo de cristal. Naruto sale a buscar a Yūkimaru, pero termina luchando contra el Sanbi con Guren. A pesar de sus esfuerzos para derrotarlo, la bestia los domina, y luego procede a tragarlos. Mientras tanto, Kakashi, Shino, y Sai encuentran a Yūkimaru inconsciente y huyen con él, dejando frustrado a Kabuto.

Guren trata de atacar a Naruto dentro del Sanbi, pero, en su debilitado estado, es incapaz de hacerlo y se desmaya. Mientras tanto, Kakashi le dice a Sakura y a Ino que sanen a Yūkimaru mientras él, Shizune, Kiba, Sai, e Hinata buscan a Naruto. Naruto y Guren pronto encuentran una horda de mini-sanbi que tratan de atacarlos, pero ellos los eluden y comienzan a discutir sobre Yūkimaru. Mientras Yūkimaru despierta, Naruto llama a un montón de clones de sombra para buscar una salida al estómago de la bestia. En otro lugar, Kabuto da Marcas de Maldición a los hombres de Rinji.

Naruto y Guren se ayudan el uno al otro de los hambrientos mini Sanbi cuando el equipo de Rinji ataca al grupo de Lee. Yūkimaru y Kakashi idean un plan para rastrear al Sanbi con el poder del chico y sacar a Naruto y a Guren. Después Naruto y Guren se escapan de una ilusión que hace la niebla, Naruto comienza a comprender las buenas intenciones de Guren. Yūkimaru entonces toca la canción que su madre le enseñó directamente encima donde el Sanbi está sumergido y Kakashi hace una grieta en la barrera de la bestia; Naruto y Guren oyen la melodía y vuelan a su salida.

El Equipo de sellado se dispone a contener el tres colas otra vez, y decide a Sai tomar Yukimaru en algún sitio la caja fuerte, pero él es atacado por los hombres de Kabuto. Rinji los encuentra, pero ellos deciden no trabajar para Orochimaru más. Ellos de repente comienzan a sufrir efectos secundarios de sus poderes, y Rinji les da un antídoto después de la fabricación de ellos promete no traicionarlo. El Equipo de Sellado es atacado por los hombres de Rinji, pero es defendido por Kakashi, Yamato y Shino. Rinji hace a Yukimaru comer más píldoras para controlar al Sanbi.

El Equipo de sellado sigue sellando al Sanbi con la ayuda de Katsuyu mientras que Kakashi, Yamato y Shino derrotan a los hombres de Rinji y se disponen a encontrar a Yūkimaru. Mientras tanto, Naruto y Guren encuentran a Rinji con Yūkimaru, y Rinji le revela que Guren fue la que mató a su madre. Yūkimaru perdona a Guren, sin embargo Rinji trata de atacarla, pero es parado por Naruto. Entonces se revela que Rinji es Kabuto disfrazado, quien amenaza con matar a Naruto si él se mete en su camino.

Kabuto explica que él mató a Rinji, y que Orochimaru quiere al Sanbi para prepararse para la guerra próxima. Él revive el cadáver de Rinji, el cual usa para atacar a Guren y a Yūkimaru. Guren logra aguantar cristalizándose ella misma con Rinji. La profunda pena de Yūkimaru hace que él use su poder en el Sanbi, rompiendo el Jutsu del equipo de sellado. Naruto usa su Jutsu de clones para atacar al Sanbi, forzándolo debajo del agua y parando su rabia. Naruto va a donde se encuentra Yūkimaru y le dice que ellos se irán a casa juntos.

Gozu rescata Guren y Yūkimaru, que ha perdido su capacidad de controlar el tres colas,. Tsunade ordena a los equipos volver a Konoha para reagruparse debido a sus heridas y porque Orochimaru no es capaz de controlar la bestia, y envía ANBUs para mantener el lago. Tobi y Deidara vuelven al lago, y después Deidara mata a los miembros de ANBU, los dos Akatsuki capturan fácilmente al Sanbi.

El cuerpo de Orochimaru está al límite y por ello Kabuto y Orochimaru evalúan el crecimiento de Sasuke desde los exámenes Chunin. Después de esto, Kabuto se marcha y Sasuke aprovecha esta oportunidad para atacar a Orochimaru. Tsunade se da cuenta que el Sanbi ha sido capturado por Akatsuki.

La batalla continúa y Orochimaru utiliza el jutsu de cambio de cuerpo, pero Sasuke realiza un inversión. Kabuto al entrar a la habitación ve las serpientes de Orochimaru y a Sasuke, preguntándose quien es en realidad. Sasuke, a través de un Genjutsu, le muestra el final de Orochimaru. En ese momento Tsunade, Naruto, Jiraiya e Itachi ven el atardecer suponiendo la muerte del Sannin.

Sasuke libera a Suigetsu de su prisión acuática y le solicita unirse a él en su búsqueda. Suigetsu responde que él con mucho gusto lo haría, con la condición que él le ayude a encontrar la Espada de Zabuza. No encuentran la Espada de Zabuza en su tumba, pero descubren que está en posesión de un hombre llamado Tenzen Daikoku. Se dirigen hacia su fortaleza y Suigetsu consigue la Espada sin mucho esfuerzo. Tal como fue prometido, Suigetsu se une a Sasuke y va con él a recoger al segundo miembro de su equipo.

El segundo miembro del equipo de Sasuke es una mujer llamada Karin. Después de la llegada de Sasuke y Suigetsu a la Guardia del Sur, el Uchiha le pide a Karin que los acompañe. A pesar de sus vacilaciones y peleas con Suigetsu, Karin acepta finalmente después de recordar su primer encuentro con Sasuke. Éste ordena a Suigetsu la liberación de los prisioneros y después parten para reclutar a Jugo, el miembro final del equipo.

Karin explica que la Guardia del Norte es un sitio para realizar experimentos horrorosos humanos. Se explica que Jugo es una persona con impulsos anormales homicidas y además es el portador exclusivo del Sello Maldito de Orochimaru. A su llegada, Sasuke y su equipo son atacados por un número masivo de prisioneros portadores del Sello. Sin embargo Sasuke y Suigetsu logran suprimirlos. Una vez llegan a la celda de Jugo, Sasuke es atacado por éste, pero Sasuke expresa que solo quiere hablar con él. Mientras tanto Naruto y Sakura se enteran que Sasuke ha matado a Orochimaru.

Luchando contra Sasuke, Jugo recuerda como él encontró a su amigo Kimimaro, y lo que experimentó con él. Después de recordar como Kimimaro murió por él, Jugo está de acuerdo con ir con ellos, creyendo que Kimimaro vive dentro de Sasuke. Después de compartir la información sobre el objetivo de matar a Itachi Uchiha, Sasuke llama a su equipo recién formado "Hebi". Mientras tanto, Naruto decide perseguir Itachi con las esperanzas de encontrar a Sasuke.

Hace más de diez años, durante la Tercera Gran Guerra Ninja, el futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, asigna Kakashi Hatake, Obito Uchiha, y Rin, ninja médico, la misión de destruir el Puente de Kannabi. Antes de partir, Kakashi revela su nuevo Jutsu: Chidori, técnica incompleta según las observaciones de Minato. Esa noche, Minato explica a Obito el motivo del suicidio del padre de Kakashi. Al día siguiente, Minato se marcha y Rin más tarde es secuestrada. Kakashi rechaza salvarla, pero Obito no hace caso de él y se marcha solo.

Obito encuentra a Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta de la Piedra. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo al salvar a Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Entre ambos rescatan Rin, pero la cueva en la que se encuentran se derrumba sobre ellos y el lado derecho del cuerpo de Obito es aplastado. Obito decide donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y le pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de los ninjas enemigos antes de perder la conciencia. Más tarde son salvados por Minato quien les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.

Después de capturar al Jinchūriki del Cuatro colas, Itachi y Kisame son convocados por su líder e informados sobre la muerte de Orochimaru. Son advertidos sobre los movimientos de Sasuke y que irá tras Itachi. Más tarde, los bijū de Tres y Cuatro colas son sellados. Deidara y Tobi están dispuestos a luchar apuntando Naruto, Kakashi o Sasuke. Mientras tanto, Hebi junta provisiones en un depósito abandonado Uchiha y Kakashi monta el Equipo Kurenai, conducido por el mismo, para salir junto al Equipo Kakashi, conducido por Yamato, en la misión de capturar a Itachi.

Konoha (equipos Kakashi y Kurenai) empieza la búsqueda de Sasuke e Itachi, el equipo de Sasuke (Hebi) también empieza la búsqueda de Itachi. Sakura y Karin se cruzan, pero no se dan cuenta, mientras que Naruto se encuentra con Kabuto (quién se implantó en su cuerpo, los restos de Orochimaru). Deidara y Tobi encuentran a Sasuke y va a dar comienzo a una gran batalla.

Deidara entra en combate con Sasuke en una lucha feroz. Tras confirmar la habilidad innata de Sasuke, se dedica a realizar ataques de larga distancia desde el aire. La pelea se convierte en una lucha a la defensiva, y Sasuke, arrinconado, intenta escapar y esquivar los ataques. El resultado de la lucha a muerte con el Sharingan de Sasuke le trae terribles recuerdos a Deidara.

Sigue la intensa batalla entre Deidara y Sasuke, un genjustu realizado por el Uchiha lo salva de la explosión del Garuda C4, Sasuke realiza su Chidori con sus sello maldito nivel 2, pero se da cuenta que es un clon de arcilla, Deidara ha atrapado al Uchiha, pero Sasuke se da cuenta que con su espada y el jutsu eléctrico (Chidori) puede repeler los ataques de las bombas de arcilla, Deidara no puede contra Sasuke, dando a conocer un secreto, una cuarta boca en su pecho, comiendo la arcilla restante desata una gran explosión.

Deidara explota llevando consigo en la explosión a Sasuke y problabemente a Tobi, los ninjas cercanos se percatan de la explosión y quien lo habría provocado, surgiendo preocupación por el equipo de Sasuke. Suigetsu llega al lugar de la explosión pero ve que Sasuke a sobrevivido usando a Manda como "escudo" que muere maldiciendo al Uchiha. La búsqueda para encontrar a Sasuke continua; Tobi aún vivo, se revela como Uchiha Madara, ante Pain y su compañera.

El equipo de Konoha rápidamente se dispone a perseguir a Sasuke por su olor, aprovechando que él está recuperándose de sus heridas, sin embargo Karin se percata de esto, e inmediatamente Sasuke emprende la huida. Naruto utiliza varios clones para hallar más fácilmente a Sasuke, uno de los clones se encuentra con Itachi, quien solo dice que quiere hablar con él. Mientras tanto en Konoha Jiraiya le informa a Tsunade que ha hallado el escondite del líder de Akatsuki. Tras una conversación se revela que el cuarto Hokage es el padre de Naruto. Jiraiya emprende una misión de infiltración al país de la lluvia, donde se oculta Pain.

Jiraiya era un niño genin su maestro era Hiruzen Sarutobi, el tercer Hokage y tenía como compañeros a Tsunade y Orochimaru; era un aprendiz muy desordenado y muy inquieto (igual que Naruto).Una de esas aventuras al joven genin quiere utilizar un jutus de telestransportación, lográndolo y llegando a un mundo gobernado por sapos. Jiraiya es entrenado por ellos. Transcurre el tiempo un adulto Jiraiya tiene que vivir una nueva guerra ninja, teniendo que regresar a Konoha, va a luchar junto con sus antiguos camaradas.

Hanzö en medio de la batalla nombra a los tres nijas "Los Sannin Legendarios", un nombre puesto desde esa guerra.Abatidos por la lluvia los tres ninjas se regocijan en un lugar seco llegando tres niños que piden comida, después que se les da, estos siguen a los Sannin, Orochimaru determina matar a los huérfanos pero Jiraiya pide encargarse de ellos. Viviendo juntos con Konan, Yahiko y Nagato, un día son atacados por un ninja pero Yahiko es salvado por Nagato, el Sannin ve en sus ojos el Rin'negan. Enseñándoles todas su técnicas después de tres años tiene que retirarse ante la tristeza de sus aprendices.

Jiraiya se infiltra a la aldea de la lluvia, Pain se da cuenta de un fuerte chakra. Jiraiya busca información sobre quien lidera esa aldea, donde los aldeanos le tienen respeto al líder. Dos ninjas subordinados de Pain van a un bar pero ya Jiraiya convertido como mesero, escucha la conversación; revelando su verdadera identidad, los encierra en el estómago de un sapo y les interroga ante la negativa de los dos ninjas, acto de comedia convierte a uno en sapo. el otro revela que Hanzö fue vencido por Pain, el ninja recuerda como el antiguo líder le nombró Sannin. Jiraiya no cree que haya sido vencido fácilmente.Pain abre una pared, entrando en una compuerta se ve 5 cuerpos más, saliendo el de a lado en busca del infiltrado.

Jiraiya convoca a un sapo en un pergamino y habla sobre Naruto y sobre quien habría mandado al Kyubi, quien el Sannin revela que fue Madara Uchiha, el sapo no le cree ya que el Uchiha en ese tiempo no hubiera estado vivo. Jiraiya transformado en un ninja de la lluvia, va en busca de Pain, pero es visto por Konan.Konan se da cuenta que ha llegado y empapela al ninja e intenta rematarlo pero es suprimida por un Katon de su antiguo maestro. Este le pregunta donde está Pain, recibiéndo como respuesta que no es su tema. Pain aparece utilizando invocaciones pero son esquivadas por el Sannin, también pregunta que pasó con Yahiko, recibiéndo como respuesta que murió hace mucho tiempo. Pain habla sobre el dolor y de acabar una guerra sin sentido solo lo que un dios podría hacerlo, por eso reúne los Bijus. Jiraiya invoca a un sapo para dar inicio a la pelea.

Al no tener otra opción, Jiraiya y Gamaken comienzan su batalla contra Pain. Después de ocultar a sí mismo, Pain convoca a las criaturas para derrotar a Jiraiya. Al darse cuenta de que es contra un enemigo poderoso, Jiraiya utiliza un jutsu de barrera y se prepara para entrar en el modo de Ermitaño. Cuando Jiraiya tiene su jutsu listo para usar, Gamaken sale de la batalla. Jiraiya entra en modo de ermitaño y convoca a Fukasaku y Shima. Él encuentra a Pain, que convoca a dos otros caminos para entrar en pelea.

Jiraiya pelea contra 3 Pain que tienen el Rin'negan, usa jutsus e incluso va por un modo ermitaño cambiando su apariencia, pero son repelidos y bloqueados por su enemigo. El Sannin tiene que escapar entre las tuberías con Fukasuku y Shima y ver una solución de quien es el verdadero Pain ya que todos tiene el mismo dōjutsu, este llega a la conclusión que cada Pain tiene un propósito específico. Los tres Pain corren a buscar a Jiraiya, pero este pide a los sapos que hagan un sonido para provocar un genjutsu. En un acto de poder buscar al verdadero, usa técnicas y encierra a los tres en el genjutsu, y después siendo ultimados por Jiraiya, pero uno de ellos lo sorprende y logra destrozarle el brazo izquierdo, apareciendo ante el los 6 caminos de Pain incluido los 3 que asesinó. Jiraiya, horrorizado, se sorprende ya que ve un rostro conocido entre ellos.

Jiraiya se da cuenta que uno de los Pain es Yahiko, el Sannin logra atrapar a uno en una barrera y con un Rasengan tirarlo al ácido gástrico, este le lanza un arma perforándole el lado derecho de su pecho, recuerda que al Pain que asesinó es un ninja con quien lucho en el pasado. El Sannin de nuevo a la superficie tiene que lidiar su lucha contra los 5 restantes, uno de ellos cogiendo fuertemente su garganta y siendo rematado por los 5 demás. Jiraiya agonizando recuerda entre tristezas y como Minato lo eligió como el padrino de su hijo, recordando al padre de Naruto y al mismo Naruto. En lo último de su vida escribe un mensaje en números, pero uno de los Pain se percata lanzando su mano como explosivo; en recuerdos Jiraiya se hunde más y más en el agua, pensando como se llamaría su libro.

Jiraiya ha sido asesinado por Pain, pero el comienzo de otra pelea se acerca.El equipo de Konoha va en busca en Sasuke, mientras en joven Uchiha va en el encuentro con su hermano donde con un genjutsu le dice donde será su tan esperado encuentro.Los dos equipos corren en demasía pero el equipo de Sasuke es intervenido por Kisame, a que Suigetsu se enfrenta, mientras el equipo de Konoha se encuentra con Tobi, donde Naruto dicide luchar contra el Akatsuki. Mientras tanto Sasuke se acerca a la batalla decisiva contra su hermano Itachi.

Itachi recuerda el pasado cuando vivía en Konoha, y la noche en la cual cometió la masacre en contra de su clan; mientras Sasuke ha llegado al lugar donde se encuentra su hermano iniciándose la lucha, y las preguntas de Sasuke hacia su hermano sobre el tercer Uchiha, a quien Itachi le hace saber que es Madara Uchiha.

Itachi comenta que Madara Uchiha es el otro del clan que vive, pero este no cree las palabras de su hermano, la cual Itachi le muestra el pasado, la crueldad del clan Uchiha. Madara Uchiha y su hermano habían activado el Mangekyou Sharingan pero la desventaja era la ceguera que provocaba esta; la cual Madara extrae los ojos de su hermano para poder ver, así llegando a pelear contra el líder del clan Senju, el Primer Hokage, y ser aquel que mandó al Kyubi a Konoha hace 16 años.Itachi muestra los deseos de quitarle los ojos a Sasuke ya que este también muestra los estragos del Mangekyou Sharingan. La pelea inicia, Itachi muestra más poder que su hermano menor, propinándole golpes y patadas, dejándolo a Sasuke a merced de ser despojado de sus ojos.

Sasuke es despojado de su ojo izquierdo e Itachi pretende quitarle el ojo derecho, pero Sasuke rompe el Tsukuyomi de su hermano, Itachi dispone a realizar el Amterasu pero su hermano toma la delantera de la batalla lanzando un Kage Shuriken no Jutsu hiriendo a su hermano que sufre las consecuencias del Mangekyou Sahringan.Los hermanos combaten con Katon, siendo Sasuke el que pueda ganar la confrontación, mas Itachi activa el Amaterasu, llegando a quemar a su hermano, pero este utiliza una técnica de Sustitución, Sasuke lanza varias veces Katon Gouryuuka no Jutsu la cual intenta llegar a herir a su hermano. Sasuke tiene la posibilidad de ganar.

Sasuke recuerda la razón de su pelea, el odio a su hermano por haber matado a todo su clan. Los hermanos aún pelean Sasuke tiene la ventaja ya que utilizó el Katon para calentar la atmósfera, utilizando el Kirin lánzadole a Itachi, quien este se cubre con Susano'o, el ser cubre completamente a Itachi, mientras Sasuke escucha la voz interna de Orochimaru, deseando este sali, logrando su cometido saliendo este en un ataque de hidras, se empuña a plear contra Susano'o siendo derrotado por Totsuka la espada de este; Sasuke ante la desespreación realiza ataques con armas pero es repelido por la fuerza del nuevo ser, Itachi se acerca para arrebatarle los ojos ante la impotencia de su hermano, Sasuke sin salida, Itachi con la victoria puesta, solo tiende a tocar su frente y caer al piso. Zetsu que observa la batalla no cree que Itachi haya perdido. Sasuke ha ganado e Itachi ha muerto.

Ha Terminado la batalla, Sasuke ha ganado. El equipo de Konoha se enfrenta a un complicado Tobi, quien puede evadir todo los ataques de sus rivales. Zetsu comunica Tobi que Sasuke ha vencido a su hermano y se dirije al lugar donde se perpetró la batalla, también va el equipo de Konoha.Zetsu le comunica también a Kisame y al equipo Hebi de la situación. Naruto se lamenta por la tardía llegada. Sasuke se despierta en la guarida de Akatsuki, Tobi se muestra como un Uchiha y desea contarle la verdad sobre Itachi. Sasuke activa repentinamente el Mangekyö Sharingan lanzando un Amaterasu a Tobi.Tobi cuenta que Itachi realizó esa batalla para salvarlo.

Tobi cuenta la verdad sobre Itachi, y el porqué tuvo que asesinar a todo su clan. La verdad se remonta hace 80 años donde el mundo ninja vivía en guerras sin treguas de paz, Madara se leventa como líder hasta enfrentándose al Primer Hokage, siendo también el autor de mandar al Kyubi a Konoha. Narra también las peripecias y la discriminación hacia los Uchiha.

Madara continúa contando porque Itachi asesinó a su clan. Itachi quería solo la paz, pero los Uchihas iniciarían una guerra civil la paz en que el creía se iba a desmoronar. Itachi asesinó a todos pero lo hizo por Konoha, dejando a Sasuke vivo por el cariño que le tenía. Sasuke no cree en esas palabras, recordando en un acantilado los momentos de familia y con su hermano, Hebi cambia a ser Taka el objetivo, destruir Konoha.

El equipo de Konoha decide dejar de buscar a Sasuke, mientras que el Uchiha recuerda como Itachi lloró cuando se fue de la aldea. Madara ahora puede usar a Sasuke a su manera envía a Taka a la misión de atrapar al ocho colas. En la aldea oculta de las nubes, se encuentra el Jinchūriki llamado Killer Bee, quien demuestra su fuerza logrando vencer a Jūgo y a Suigetsu, ahora dándose un combate uno a uno contra Sasuke.

La pelea entre Sasuke y Killer Bee comienza donde Sasuke logra quitarle la espada de Zabuza y dársela a Suigetsu, Ahora Killer Bee se prepara para pelear por lo saca sus espadas, Suegetsu advierte a Sasuke que este es un maestro con ellas así se inicia el combate donde Sasuke usa su Sasuke para leer sus movimientos pero aun así resulta herido incluso cuando usa su chidori, el resto del equipo va en su auxilio y Karin lo cura mientras Jūgo Y Suigetsu lo detienen, Killer Bee nota que la batalla ira para largo, así que intenta escapar pero Karin no detecta por lo que decide utilizar el poder de su Biju, Sasuke lo esquiva usando su Sharingan pero va a atacar al resto del equipo, Killer Bee usa su Lariat en Sasuke rompiéndole el pecho y el cuello, Jugo entonces usa su chakra para salvarlo mientras que Suigetsu distrae al Jinchūriki el cual se transforma en un pulpo con cabeza de toro, como último recurso Killer Bee usa la Bijudama con el cual destruye todo el lugar. Sasuke al ver la condición en la que se encuentra su equipo decide ir usar el Amaterasu quemado al Killer Bee y a Karin por accidente, la batalla concluye cuando Sasuke extingue las llamas negras, entonces se lleva a Killer Bee mientras que unos shinobis que la nube observan lo que ha ocurrido.

El grupo de Konoha regresa ante la fallida búsqueda de encontrar a Uchiha Sasuke, y ahora la nueva misión de Naruto es ser el protector del clan Tsuchigomo, quien tiene un pacto con el Tercer Hokage.

Los bandidos ninjas tienen una reunión con su jefe sobre el jutsu prohibido. En otra parte del equipo 7 intentan con Hotaru para que ellos sean sus guardaespaldas, hasta que llegan a su aldea. Después de ver el pasado, Utakata despierta, se encuentra con los bandidos ninja y lucha contra ellos hasta que está acorralado. El Equipo 7 finalmente llega al pueblo de Hotaru y la dejan a su cuidado.

Al pasar de escena el tío de Hotaru la encierra en una habitación junto a los 4 ninjas que la persiguieron anteriormente, los ninjas le quitan un pergamino el cual según contiene el jutsu prohibido pero al abrirlo se dan cuenta que es falso. Hotaru escapa de ahí hacia el bosque. Los ninjas la persiguen en el bosque pero al alcanzarla Utakata la rescata y tiene una breve pelea contra los ninjas, después Hotaru despierta en una burbuja en el cielo; al bajar Hotaru le dice maestro a Utakata pero se molesta recordando lo que le hizo su sensei hace un tiempo, de un momento Hotaru le enseña a Utakata algo en su espalda para que la comprenda y Utakata se sorprende cuando unos ninjas rastreadores de la Aldea de la Niebla lo atacan atándolo pero Naruto entra en acción para salvar a Utakata.

Ukataka está de acuerdo de mantenerse con El Equipo de Naruto y unos Ninjas Cazadores hasta que Hotaru esté seguro. Después de seguir un buen rato Hotaru cae. Naruto va por las plantas y más tarde descubre la causa del dolor de Hotaru dándose cuenta que es una técnica prohibida puesta por su clan.

Después de volver al monte Katsurugi, Tonbei, Hotaru, y el equipo 7 planean su próximo movimiento. Tonbei narra la historia del clan. Tonbei explica que si vuelve Shiranami el clan se restauraría. Naruto va en su búsqueda. Mientras tanto, los otros se preparan para quitar el Kinjutsu. El grupo de cazadores ninjas siguen a Ukataka, pero se confrontan con una invocación.

Naruto llega donde se encuentra Shiranami, pero este es secuestrado por los bandidos, Naruto escapa por por la creación de las colas del Kyūbi, pero los bandidos usan una técnica más poderosa donde Naruto es vencido, Ukataka ha recibido el mensaje de Hotaru y se enfrenta a los bandidos. Shiranami se revela como el líder de los bandidos, y utiliza una técnica que controla a los habitantes y también a Hotaru.

Shiranami sujeta a Hotaru para liberar el jutsu prohibido. Shiranami afirma que Hotaru no es más que un "recipiente" para recoger la energía del chakra que liberará la técnica prohibida. Utakata y Naruto llegan pero son detenidos por un jutsu hecho por Shiranami. Sin embargo, se las arreglan para salir libres. Mientras tanto, el equipo 7 lucha contra los bandidos y los aldeanos y son incapaces de avanzar. Shiranami logra su cometido y libera la técnica.

Hotaru grita, creyendo que han matado a Naruto y Utakata, sin embargo, todavía continúan su viaje. Mientras tanto, el equipo 7 pelea contra bandidos y los derrota. Hotaru cuerpo comienza a desbordarse con chakra natural y Shiranami trata de escapar, pero es derrotado por Naruto. Utakata a continuación, utiliza su bestia para consumir y detiene el flujo de chakra. Al final, el equipo 7 y Hotaru y Utakata inician sus viajes, pero Utakata es emboscado por Pain y derrotado, con sus últimas fuerzas a las manos para contar las burbujas de Hotaru para vivir.

Akatsuki sella al seis colas, mientras Naruto recuerda su encuentro con Itachi. Sasuke deja el cuerpo de Killer Bee a Madara y se dispone ir a Konoha. Kakashi llama a Naruto para que vayan a ver a la Hokage, ya que les tiene una noticia, Fukasaku dirige la palabra, diciendo que Jiraiya ha muerto en combate contra Pain. Naruto triste sale de la sala y se dirige recordando a su maestro.

Naruto sigue aún triste por la noticia la muerte de Jiraiya, el equipo de Konoha tiene un cuerpo de Pain a que le realizarán estudios en la autopsia. Iruka se encuentra con Naruto, que este le invita a comer, pero es rechazado. Naruto aún más triste camina en la noche e Iruka lo encuentra de nuevo dándole ánimos. Shikamaru que busca descifrar el código va en busca de Naruto pero este desanimado no puede pensar en nada. Shikamaru lo lleva a ver a Kureni y da a mostrar que algún día dejar un legado igual que su maestro; aún siendo más animado a descifrar el código.

Shikamaru, Naruto y Shino aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribió antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no está entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Naruto entrena con los sapos, para lograr el Senjutsu, pasando por muchas dificultades, Naruto está confiado que hará lo mejor de si mismo y le pone mucho entusiasmo. A Naruto se le entrega un libro, el primero escrito por Jiraiya y los recuerdos hacen llorar a Naruto. Akatsuiki que está sellando al ocho colas se dan con la sorpresa que Sasuke fue engañado, saliendo solo un tentáculo, ante la risa de Zetsu.

Naruto en el entrenamiento con los sapos, sube hasta unas montañas con picos filosos para ver si puede concentrar su energía, cayendo muchas, la persistencia del genin hace que llegue al modo Sennin. Un ninja de la nube quiere mandar un mensaje a la Hokage, pero Karin detecta al intruso, sus compañeros en el camino lo encuentran muerto. Naruto sigue progresando ahora enfrentándose en el entrenamiento a Fukasaku.

Pain ha llegado a Konoha junto con Konan y los otros caminos para buscar al Kyūbi, alterando el orden de la aldea decide destruirla, todos los ninjas van a la lucha pero no pueden contra Pain y sus 6 caminos, La Hokage determina que Naruto debe regresar.

Pain busca a Naruto, Danzō cuenta a Homura y Koharu que Pain ha llegado, este destruye de a pocos a la aldea. Los consejeros discuten con Tsunade sobre Naruto, pero la Quinta confía en el. El sapo encargado por Tsunade para el regreso de Naruto es asesinado por Danzō, mientras Konan y los "caminos" de Pain siguen interrogando sobre el paradero de Naruto y asesinando al que no le diga, ante Iruka se le presenta uno -Tendo- para preguntarle sobre lo mismo, Pain al no conseguir respuesta decide asesinarlo, pero el intento es detenido por Kakashi, que ahora luchará contra Pain.

Pain se enfrenta a Kakashi, Kakashi utiliza el Raikiri pero es replegado por una extraña fuerza invisible. En la lucha aparece otro Pain -Camino de los Demonios- que muestra su verdadera apariencia ante Kakashi, Pain atrae a Kakashi hacia su otro "camimo" pero cuando ya ha sido atravesado por el arma que lleva este, se revela que era un clon de rayo. Al campo de batalla llegan Chōza y Chōji, Kakashi les pide ayuda para derrotar a Pain, que utilizando un ataque padre e hijo no pueden contra el poder de Pain, utilizando cadenas logran detener a Pain, pero este utiliza su habilidad, logrando deshacerse de los 3 ninjas. Pain decide rematar a Kakashi con un clavo y se retira. Chōji llora porque su padre ha sido derrotado para salvarlo, Kakashi despierta y le dice que vaya con la Hokage. El cuerpo del "Camino de los Demonios" que aún vive, saca de su cuerpo un misil dirigido a Chōji, pero es detenido por el Mangekyō Sharingan de Kakashi, Sin conocimiento, Kakashi recuerda que no puedo proteger a las personas cercanas a él. Katsuyu le dice a Tsunade que Kakashi ha muerto.

Konoha sigue siendo atacada, mientras Inoichi busca información en la mente del ninja; en ella se descubre que el le da un cadáver a Konan. Ese cadáver resulta ser el nuevo cuerpo de Pain, que irrumpe en la sala donde se encuentra Inoichi y otros ninjas, Inoichi se da cuenta que ese cuerpo lo había visto cuando buscaba en la mente del ninja desconocido. Ella ataca con las invocaciones, Inoichi, Shizune y lo demás se van del lugar de la pelea dejando a Ibiki y a algunos ANBU pelear contra las invocaciones, los ANBU logran detener a la bestias, Ibiki utiliza la Cámara de Tortura para aprisionar a su rival, pero esta es más fuerte y realiza otra invocación, las invocaciones que han sido derrotadas por los ANBU se liberan, provocando más destrucción en Konoha.

Konohamaru y sus amigos ven como Konoha es destruida por una invocación, pero el confía en Naruto. Konohamaru escucha unos gritos y ve que un Pain está atacando a dos ninjas, el genin decide escapar pero se golpea con un poste, percatándose de su presencia el enemigo. Cuando se dirige hacia Konohamaru, aparece Ebisu. Ebisu no es rival para Pain (Jigokudō). Konohamaru no sabe que hacer. El cuerpo de Pain agarra a Ebisu y pregunta el paradero de Naruto, pero este recuerda que es un gran ninja de Konoha. Konohamaru al escuchar las palabras de su maestro decide luchar contra Pain-Jigokudō- que también derrota a Konohamaru, cuando está por acabar con el ninja, se da cuenta que es un clon, Konohamaru aparece y ataca con un Rasengan.

Kiba y Tsume Inuzuka atacan a Pain (Gakidō) en la sala de examinaciones, mientras tanto el clan Aburame se encuentra con Konan. Tanto Pain ha llegado donde Tsunade donde la Hokage lo recuerda, Pain le dice sus intenciones, la de capturar al Kyūbi. Pero Tsunade le responde que Naruto ahora es más fuerte y luchará por la aldea. Mientras Shizune y compañía analizan a Pain y que puede ser que este controle cuerpos ya muertos; una explosión se produce y aparece otro Pain (Ningendō) que tiene la habilidad de leer la mente como el clan Yamanaka, este le transfiere la información a Pain de la ubicación de Naruto. La información llega hacia Naruto. Los caminos de Pain y Konan se reúnen, Pain se levanta sobre Konoha utilizando Shinra Tensei destruyendo por completo la aldea, de pronto Naruto llega en modo ermitaño para enfrentarse a Pain.

Naruto busca al enemigo, Shima llega diciéndoles que el lugar donde están es Konoha. Tsunade se da cuenta que la aldea ha sido devastada por el Shinra Tensei de Pain, los aldeanos y shinobis sufrieron heridas después del ataque. Los caminos de Pain se levantan y de la habilidad de Jigokudō lanza al fenecido cuerpo muerto por Kakashi, que sale reconstruido y nuevo del portal, ahora los cinco se van a donde Pain. Cara a cara los 6 caminos de Pain contra Naruto, Shuradō se lanza contra Tsunade pero es destruido de un golpe por Naruto. Ahora Naruto puede enfrentarse a Pain, siendo la primera en atacar, Chikushōdō, con una técnica de invocación, logrando detenerlo del cuerno y lanzándolo, pero ella invoca dos nuevas bestias que ahora son detenidas por Fukasaku y Shima. Naruto sigue delante y con sus clones de sombra hace dos gigantes Rasengan-Senpō: Ōdama Rasengan-, Bunta, Ken y Hiro ayudan a destruir a las tres bestias invocadas, Naruto ha tumbado a Gakidō. Pain ve el modo ermitaño de Naruto y le habla que Jiraiya fue su maestro; ante eso Naruto realiza el Fūton: Rasen Shuriken lanzándolo hacia Pain.

Naruto ha lanzado el Fūton: Rasen Shuriken hacia Pain, el ataque puede expandirse llevándose consigo a uno (Ningendō). Shikamaru se pregunta sobre lo que pasa a distancia lo cual Katsuyu le responde que es Naruto. La pelea aparte de Bunta, Hiro, y Ken continua, contra las invocaciones, Chikushōdō (el "camino" femenino de las invocaciones) ataca a Naruto, Fukasaku y Shima deciden ayudar, tanto Shima utiliza Senpō: Fūton Sunabokori, la arena nubla a Chikushōdō que recibir golpes, Pain no ve donde están, Naruto utiliza el Senpō Rasenrengan a Chikushōdō; que los dos estuvieron dentro de la boca de Bunta. Naruto ha perdido el Modo ermitaño, que ahora lucha cuerpo a cuerpo contra Naruto. Mientras Fukusaku realiza una invocación para traer a un clon, este le devuelve el Modo ermitaño, de nuevo con el Fūton: Rasen Shuriken, Naruto lo lanza hacia Pain; el ataque es interceptado por otro Pain (Gakidō) que puede absorber los ataques, Naruto confundido se pregunta como puede estar allí, pero dirige su mirada hacia Gedō(lo cual puede revivir a los cuerpos). Ahora Naruto utiliza dos Rasengan y desaparece usando bombas de humo, utilizando un Rasen Shuriken de distracción ante el Pain que puede absorber los ataques, se transforma en el verdadero, apareciendo detrás de este utilizando el Senpō Rasenrengan derrotando a Gedō, Naruto se dispone a terminar con Gakidō y su clon con Pain, pero éste utiliza el Shinra Tensei, lo cual no puede concretarse los ataques. Bunta, Hiro y Ken, se unen a la lucha pero son repelidos otra vez por el Shinra Tensei de Pain.

Naruto ha derrotado a cuatro caminos de Pain, quedando solo dos, Pain utiliza el Bansho Ten'in atrayendo a Naruto, y cogido por Gakidō que puede absorber todo su chakra. Pero Naruto utiliza la fuerza natural convirtiendo a Gakidō en una estatua. Pain utiliza su Bansho Ten'in contra Fukasaku, asesinándolo. Pain le habla sobre la paz y la justicia y como es su deseo de obtenerla, es así que el formó Akatsuki para obtener los poderes de los Bijūs y encontrar la paz; el deseo de Nagato.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero solo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después clavarla una de sus barras dejándola aparentemente muerta. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Naruto ha liberado el poder del Kyūbi, mostrando ahora seis colas. Pain lo confronta inundando el lugar y enviándole ataques por doquier. Naruto desea continuar pero el collar que lleva para suprimir el poder del Kyūbi no lo deja continuar, destruyéndolo. Naruto se mueve con rapidez, sorprendiendo a Pain que usa Shinra Tensei sin efectividad, llegando a ser golpeado y tumbado por la fuerza descontrolada del Jinchūriki. Naruto reúne chakra para lanzarlo a Pain mas este usa Bansho Ten'in aplastando a Naruto, Pain alga el poder del Kyūbi, lléndose lejos con Naruto decide usar Chibaku Tensei, logrando capturar a Naruto dentro de una gran esfera. En la conciencia de Naruto el Kyūbi le habla a Naruto y hace que libere su poder; Yamato corre y ve en su mano que de seis ha cambiado a ocho. Naruto, con una apariencia muy cercana al del Kyūbi rompe una parte de la gran esfera creada por el Chibaku Tensei; mientras Naruto en su interior es seducido por el Bijū a sacar el sello, lentamente va sacando el sello, pero es impedido ante la llegada del Cuarto Hokage.

El Cuarto Hokage aparece y llama por su nombre a Naruto lo cual le sorprende, a lo que el Hokage responde que ese nombre le puso él ya que, es su padre. La conversación entre padre e hijo se basa en porqué Minato selló al Kyūbi dentro de Naruto, ya que este confiaba en su hijo y que aquél hombre enmascarado de Akatsuki es aquél que "maneja" a Pain para su propósito. Hablan sobre la paz que buscaba Jiraiya, y la pregunta de Naruto, la cual Minato dice que Naruto sabrá encontrar la respuesta. Minato logra regresar el sello. Pain ve atónito como el Zorro ya formado, desaparece, viendo a Naruto otra vez. Naruto y Pain se ven de nuevo cara a cara, Naruto desea hablar con el "verdadero" Pain y la pelea empieza de nuevo, Pain clava una bara a Naruto pero este usando el modo ermitaño logra ubicar a Nagato. Naruto usa el Fūton: Rasen Shuriken, pero es esquivado por el Akatsuki, luego Naruto usa los clones de sombra y ataca masivamente, pero Pain no se da por vencido logrando derrotar la mayoría de clones.

Naruto derrota al último Pain con un fuerte Rasengan y decide ir solo a buscar al verdadero Pain, Nagato. Mientras tanto, Sakura logra sanar a Hinata y Katsuyu les comunica que Naruto ha derrotado al sexto Pain. Inoichi, Shikaku y otro ninja van tras Naruto, quien los convence para que le dejen marchar solo a por el verdadero Pain. Naruto usando el modo ermitaño logra ubicar el lugar donde se encuentra Nagato; Naruto recuerda y Nagato habla; Nagato dispara una lanza impactándole a Naruto. Naruto logra soportar el ataque, quitándose la lanza, se va contra Pain recordando a su maestro, se detiene y le dice que desea escuchar su historia.

La historia se da cuando se desarrollaba los exámenes para Chūnin, un día antes de realizarse las peleas finales. Naruto desea buscar el legado del Cuarto Hokage los cual se les unirá más de sus amigos.

Siguiendo las instrucciones del pergamino, el equipo 7 y 10 se unen en la búsqueda, pasando por diferente pruebas en el camino, todo ideado por Guy.

Nagato cuenta su pasado, como sufrió la pérdida de sus padres, por una guerra que Konoha inició; como conoció a Konan y Yahiko. Los niños en su camino perdido, son casualmente atacados por una explosión causada por la lucha entre Hanzō y los tres Sannin. Yahiko quería que la guerra parara y su sueño era convertirse en dios, lo cual quería conseguirlo, para eso tenía que buscar alguien que los entrene, así buscando a los Sannin, conociendo a Jiraiya.

Nagato aún sigue contando su pasado, y el entrenamiento que recibió de Jiraiya, la formación de una organización liderada por Yahiko que buscaba la paz, pero esta era muy difícil de encontrarla ya que las tres grandes naciones ninjas seguían en guerra (Konoha, Lluvia y Arena), Hanzō los contacta para ser intermediarios, pero era una trampa ideada por él para matar a Yahiko; Yahiko muere y Nagato libera su verdadero poder derrotando a todos los subordinados de Hanzō.

Después de que Nagato termina de contar su historia a Naruto, le pide que le de una respuesta. Naruto como respuesta dice que cree en lo que dijo Jiraiya en un libro, su primer libro, él cual fue inspirado en Naruto como protagonista, pero con el nombre de Naruto. Debido a esto Nagato comienza a creer que Naruto pueda llegar a ser el salvador de "este mundo ninja". Ya sin fuerzas, Nagato realiza el Gedō: Rinne Tensei no Jutsu .

La técnica utilizada por Nagato, revive a todo los aldeanos y ninjas muertos durante su invasión. Nagato antes de morir confía en Naruto, quien podrá cambiar el mundo ninja. Konan se lleva los cuerpos de Yahiko y de Nagato, dándole a Naruto unas flores de papel en señal que deja los sueños de ellos dos a él. Naruto regresa a Konoha siendo recibido por todos los aldeanos como un héroe.

Viendo la victoria de Naruto Uzumaki, Zetsu decide informar a Tobi de la muerte de Nagato. En otra parte, el equipo de Samui sale de Konoha. Iruka Umino va a la Academia Ninja, que ha sido destruida y empieza a recordar de cuando se convirtió en maestro. Iruka acaba de convertirse en maestro de Naruto en la Academia. Un profesor colega de Iruka le aconseja que no tenga paciencia con Naruto para que no cause problemas, pero Naruto sigue causando daño, ya que se duele por las palabras de su maestro a sus compañeros de ignorarlo y de no involucrarse con él. Finalmente, Naruto descubre que Sasuke Uchiha es el único sobreviviente del Clan Uchiha.

Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su sensei Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presenta, y la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

El lugar donde ha ido Naruto, ha sido notificado como un lugar peligroso ya que puede haber espías. Iruka encuentra a Naruto, pero éste se logra deshacer de su maestro usando una técnica. En el trayecto es interceptado por los tres espías de la aldea de la Hierba, que desean acabarlo. Iruka llega al rescate de Naruto, llegando después Kakashi, logrando vencer a sus rivales. De vuelta a la trama actual, Madara le encomienda a Kisame la misión de ir por el Hachibi.

Tsunade se encuentra en un estado de coma por el uso excesivo de chakra para proteger a los aldeanos, y por lo tanto se celebró un consejo para elegir a un Hokage interno; Danzo es elegido por el Señor de la Tierra del Fuego. En cuanto a Naruto y Sakura, Kakashi recuerda el momento en el que el Tercer Hokage pidió que se hiciera cargo del equipo 7.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

Hablando con Tazuna, Sakura recuerda una misión con el equipo 7. Responsable de traer de vuelta a un avestruz errante, se encuentran con dos hombres que se enfrentan entre sí ante una multitud de aldeanos, el más bajo se llama Tsukado quien ha perdido 34 veces al intentar vengarse por la muerte de un miembro de la familia Katazu. Naruto decide hacerse cargo de Tsukado a enseñarle a tomar su venganza. Se da cuenta de que Tsukado es un gran espadachin, pero al ver la mirada de Katazu pierde su habilidad. Una nueva batalla está en manos de un clan del pueblo, Tsukado se entera de que Katazu tiene un hermano gemelo Kageki, y que fue él quien mató al miembro de la familia por accidente durante una pelea por intentar recuperar el dinero prestado. Katazu se sacrificó para protegerlo y llevarlo en la venganza.

En Sunagakure se ve a Kankuro reparando una marioneta posiblemente es Sasori. Gaara y Temari van a su cuarto y conversan lo que le sucedió a Konoha. Gaara comienza a recordar sobre una misión que tuvieron que hacer con el equipo 7 y sus 2 nuevos discípulos. Sasuke, Sakura y Naruto se asustan de él, pero Gaara tenía una actitud distinta, los consejeros de Suna enviaron a matar a Gaara. Los discípulos de este asustados escaparon por órdenes de Gaara pero Naruto se decepciona al verlos huir, luego ellos reaccionan y van ayudar a Gaara junto con Naruto, estos 2 diciéndoles amigo venciendo a todos, pero sin matarlos porque Gaara lo prohibió. Volviendo a su misión, el equipo Gaara y el equipo 7 van adonde están los ninjas exiliados en su escondite en una larga y fácil lucha (la misión se trataba sobre problema fronterizo entre Konoha y Suna por unos chunin renegados de las 2 aldeas) al final Gaara dice que vuelva a decir a su discípulos la palabra que le dijeron y ellos felices le dicen amigo.

Naruto y Sakura están cuidando de Tsunade, en donde Sakura recuerda que Naruto una vez regresa enfermo de una misión, la cual hace ordenar su captura así peleando con Shizune, Choji, Tenten, Kiba, Shino, Sasuke y Tsunade, lo cual podría ser una enfermedad seria, al final se ve que el no estaba infectado, estallando de furia pero Tsunade hace pasar todo el evento como un simulacro de emergencia.

Tenten y Neji ven el lugar donde 3 años antes fueron a una misión junto con Naruto ya que Lee se encontraba en el hospital, la misión consistía en recolectar 1000 kunais, Tenten era la capitana. Pero había 2 ninjas que robaron 2 armas súper fuerte que derrotaron a Naruto y a Neji, pero Tenten los derrota con una arma que le dio el anciano llamado Jidanda, al final el viejo le da las herramientas ninjas a los chicos y se lleva la Jidanda para modificarla, Tenten triste por no tener esa arma, vuelven a la aldea con los chicos a entregar las herramientas ninjas, terminando de recordar Tenten ansiosa para ver la modificación de Jidanda.

Un avestruz le contaba a sus hijos la historia de su pelea contra su gran rival, Naruto. Kotetsu es enviado a una misión para atrapar a un avestruz, con Shino, Naruto y Rock Lee. El avestruz no se dejará atrapar fácilmente, rivalizando a los shinobis contra los Cuatro Guerreros Ninja Animal. Rock Lee contra 2 Canguros, Shino trata de amarrar la lengua de un oso hormiguero para que no se coma sus insectos, Kotetsu y Naruto contrel avestruz, Izumo viene a ayudarlos y ganan la pelea contra el equipo animal. Al final el avestruz es de nuevo perseguido por Naruto, porque volvió a escaparse.

Rock Lee va a ver la situación de la Quinta Hokage, encontrándose con Sakura; recordando como Gai quería hacer una medicina para Lee, con la ayuda de Sakura, Naruto e Ino van a en la búsqueda de la flor medicinal, Naruto para hacer la misión se puso el traje de Lee y Gai. Al arrancar una flor medicinal, una copia de Gaara aparece pero Naruto lo derrota, aparece una ninja florista que le da una carga para Gai. Al final, Gai y Lee competían para ver quien terminaba primero, Gai y sus flexiones o Lee comiendo píldoras del soldado de la flor medicinal.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro le decide enseñar como defenderse de los Genjutsu.

Naruto y Jiraiya se han decidido para liberar el pueblo de la regla de Kandachi contra la voluntad de Tanishi. Ellos pronto enfrentan a Kandachi y su invocación el rey concha. Ninguna técnica de Naruto funciona, porque el Rey Concha lo protege su cáscara. Mientras tanto Tanishi tiene tanto miedo que le pide a Kandachi que deje a su madre y los aldeanos, pero Kandachi amenaza con matarlos. Naruto y Jiraiya liberan a los aldeanos que cuelgan encima del agua y Jiraiya se marcha para tomarlos para apuntalar con la ayuda de Tanishi. Naruto lucha contra Kandachi aun cuando él siga hacerse golpeado abajo por el Rey Concha. Jiraiya pronto se une a la lucha y tanto Jiraiya como Naruto son atrapados por La Prisión de Niebla mística, pero pronto Tanishi usa la Bombas de chile para liberarlos. Al final, Naruto derrota al Rey Concha con el Odama Rasengan.

Nekobaa necesita la huella de un gato especial llamado Nekomata para terminar su colección de huellas de patas de los animales. Los tres genin se infiltran hasta pelear con los gatos del lugar, Sasuke pelea contra Nekomata cayendo en un genjutsu. Sasuke logró liberarse, pero la fuerza del Gato lo superaba. Pero el Uchiha no se rindió, teniendo éxito en la misión.

Naruto fue puesto en un equipo junto a Hayama Shirakumo, Tekuno Kanden y Kosuke Maruboshi para vigilar las fronteras de la aldea después de la invasión de Orochimaru y Sunagakure de la aldea. Este último destacó que Minato había dejado un buen hijo, y demuestra que es una de las pocas personas que sabía del linaje de Naruto. Kosuke ha sido un genin de más de cincuenta años, por esa razón los otros ninjas lo llamaron el Genin Eterno. Cuando todavía era un niño, tomó una decisión imprudente que le costó la vida de sus compañeros de equipo. Sintió mucha vergüenza de esto, y sentía que no era digno de ser promovido más allá del rango de Genin. A pesar de ello, él continuó entrenando arduamente para mejorar sus habilidades. Ha servido bajo las ordenes del Segundo Hokage, el Tercer Hokage, el Cuarto Hokage e incluso, la Quinta Hokage. En otros puntos, luchó junto a Jiraiya y Sakumo Hatake. Los ninjas de Iwa hicieron un plan de invasión pero al final fueron derrotados por el equipo de Hayama Shirakumo.

Kakashi, al ver a Hanare, recuerda la ocasión en que ella se infiltró en Konoha, hace tres años atrás.

Neji le relata al grupo de Konohamaru la misión en la cual él, Tenten y Kiba tendrían que rescatar a Hinata de los ninjas de Kumogakure, durante el ataque a Konoha que sucedió tres años atrás.

Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

Mientras que Kiba Inuzuka y Akamaru estaba trabajando como mensajero, Sakura Haruno y Naruto Uzumaki lo estaban viendo. Sakura comentó que lo de Naruto y Sasuke era inseparable aquellos días y Naruto tuvo un flashback sobre una misión en donde el Equipo Kakashi tuvo que recuperar una estatua de oro, que fue robado por una banda de ladrones de una princesa feudal. Como Naruto y Sasuke tenían que recuperar la estatua, Sakura es tomada como rehén. Al principio, Sasuke insiste en continuar la misión, pero Naruto le dice que los que abandonan a sus amigos son peor que escoria. Cuando por fin encuentran a Sakura y a los bandidos, que era en un primer momento difícil para ellos porque sus manos estaban atadas. Sin embargo, uno a uno, a través de trabajo en equipo, los dos rápidamente derrotaron a los bandidos y a su líder, Jako. Aunque su misión fue un éxito, la estatua estaba muy dañada, pero Kakashi Hatake dijo que podría ser fundido y re-hacerlo. Cuando Naruto se quejó de su mano que fue pegada a Sasuke, Sakura dice que es natural que se descompone en dos o tres días, para la decepción de Naruto y Sasuke.

Shikamaru recuerda como el equipo 7 y el equipo 10 cooperaron en la misión de rescatar a la nieta de un jefe de la aldea, la cual logra terminar con éxito gracias a la ayuda de los dos equipos.

Naruto y Sakura tienen la misión de ser "las niñeras" de Naho, a los que ella rechaza porque desea que Sasuke la cuide, ya que previamente él la había salvado. Naruto tiene que cuidarla trasformado en Sasuke, ya que éste ha ido a una misión con Kakashi. Naruto y Sakura tienen que enfrentarse a algunos criminales, a los que no logran vencer hasta que el verdadero Sasuke llega para aliviar las cosas.

El equipo enviado por el Raikage ha llegado a una destruida Konoha, para entregar la invitación de reunión de urgencia de los 5 Kages, la cual se dan cuenta que Tsunade está en coma; haciendo su ingreso Danzō, como el sexto Hokage. Mientras tanto Naruto y compañía se enteran de la noticia, van a ver lo que sucede interfiriéndose en el camino dicho equipo de la aldea de las nubes. Mientras tanto Sasuke se aproxima a Konoha siendo interceptado por Madara que le comunica que Konoha ha sido destruida.

Naruto es golpeado por Karui por no revelar información acerca de Sasuke, lo cual desea ver al Raikage. Naruto es informado sobre la situación actual, el insiste de ver al Raikage para hablar con el y pueda perdonarlo, también informa que conoció al Cuarto Hokage y detuvo su transformación en el Kyūbi en su pelea contra Pain. Ante esto Kakashi decide que Naruto vaya.

Los Kages se preparan para ir a la reunión pactada por el Raikage. En su trayectoria Danzō es atacado por ninjas rebeldes mostrando el poder de su Sharingan; mientras en Konoha los ninjas de la aldea de las nubes se retiran. Sasuke hace también su movimiento para ubicar el lugar de reunión y saber quien ese Danzō, mientras tanto el Raikage se encuentra con sus informantes que mandó a Konoha; llegándose a saber que fueron seguidos por Naruto, Kakashi y Yamato.

Naruto suplica al Raikage que decline en su decisión de matar a Sasuke, la cual es rechazada. La reunión de los 5 Kages ha empezado tomando asuntos como Akatsuki y la forma de acabar con esta organización, la cual Danzō da a conocer que el líder es Madara, la petición de una alianza de la cinco naciones se da, pero la elección del líder de esta alianza parece que recaerá en Danzō.

La situación sobre Sasuke, empaña los sentimientos de sus camaradas de su antigua aldea, mientras él quiere dar el gran asalto en la reunión. Uno de los ninjas de la aldea de la niebla, usuario del Byakugan, ve que Danzō tiene el Sharingan en su poder, lo cual pide que quite sus vendajes, ante esto llega sorpresivamente Zetsu. Naruto piensa si Sasuke ha sido consumido por la venganza, ante tantos recuerdos se le aparece Madara que desea hablar con el.

El Raikage enterado que Sasuke ha interferido a la reunión decide ir por el, liberando una pelea entre los guardias del Raikage y el equipo Taka, la lucha se hace dura cuando Jūgo libera su sello atacando al Raikage que este no se da por vencido, ya despejado el campo para Raikage ve a su rival directo, Sasuke.

Madara explica a Naruto la verdad sobre el Clan Uchiha y cómo surgió el odio de generación en generación y que Sasuke y Naruto están destinados a pelear; mientras Sasuke lucha contra el Sasuke haciendo uso de su Mangekyō Sharingan y usando Amaterasu a la vez que se protege de los ataques del Kage con un escudo de huesos. Cuando la pelea alcanza su cénit, Gaara interviene. El Kazekage, al darse cuenta de que Sasuke ha tomado otra senda en su vida, decide atacar siendo ayudado por sus hermanos y Darui; sin efecto alguno, ya que Sasuke ha liberado Susano'o "su defensa absoluta".

Sasuke ataca con todo el poder de Susano'o, logrando salir en medio del caos en busca de Danzō, por lo que los presentes se percatan de su presencia siendo atacado por la Mizukage que tiene abatido al Uchiha, no tanto Zetsu aparece, para absorber el chakra y dárselo a Sasuke lo que continua su pelea, también entra en acción el Tsuchikage que logra encerrar en un jutsu al joven Uchiha para desintegrarlo, lo cual no es realizado ya que Madara salva a Sasuke y planea contar a todos sobre su plan: ojo de Luna (月の眼 "Tsuki no Me"?).

Madara habla sobre su plan la cual es reunir los Bijūs, para unificarlos en el Jūbi (Diez colas) la cual Rikudō Sennin, en el pasado, se convirtió el en Jinchūriki de esta bestia, logrando antes de su muerte poder repartir ese poder en nueve bestias, convirtiéndose en la luna; de allí el plan de Madara para conseguir el Tsukuyomi Infinito, recibiendo la negativa de los Kages para poder entregar los dos Bijūs restantes, Madara declara la 4ª Guerra Ninja. Los Kages planean como proteger a Killer Bee y Naruto sobre esta situación formándose una alianza a favor de la protección de ellos dos.

Sakura encuentra a Naruto y le confiesa que lo ama, pero Naruto no cree en sus palabras por lo ocurrido en el pasado. Mientras ella se retira decide ir por Sasuke sola. Mientras en la reunión de Kages todos están de acuerdo en proteger a los dos Jinchūrikis que restan; al mismo tiempo uno de ellos, Killer Bee, empieza una batalla contra Kisame que ha llegado a su encuentro.

Los planes de Danzō por detener a sus perseguidores hace efectos ya que uno de sus ninjas utiliza una técnica para encerrar al usuario del Byakugan de la aldea de la Niebla. Kisame lucha contra Bee que usa su Samehada para succionar el chakra del Jinchūriki, Killer Bee, que es ayudado por su Bijū como atacar a su rival, pudiendo transformarse con el manto del ocho colas, haciéndole un gran daño al Akatsuki, que ante un fuerte adversario se une con su katana viéndose una forma de mitad hombre, mitad pez, utilizando inmediatamente Suiton: Daibaku Suishōha, aprisionando a su rival que no puede contra el nuevo Kisame que aún puede succionar su chakra dejándolo fuera de combate. Ya como vencedor Kisame desea cortar a Killer Bee con su Samehada, pero su katana se detiene ya que es atraída por el chakra de Bee, ante la furia del Akatsuki, patea su katana que le daba chakra al Hachibi; Killer Bee ya recuperado logra lanzar un lápiz a la vez su hermano, el Raikage, lo encuentra usando un ataque en conjunto logran decapitar a Kisame.

Sai le habla sobre las verdaderas intenciones de Sakura al decirle sobre sus sentimientos, llegando a una conclusión, Sakura matará a Sasuke por sus propios medios; después de la conversación aparecen Gaara y sus hermanos para decirle la determinación que han tomado acerca de Sasuke. Fuu y Torune son mandados por Danzou a protegerlo mientras este se saca el armazón de su brazo derecho, ya que se han encontrado en el camino con Madara, la pelea empieza entre sus dos escuderos, pero Madara los vence fácilmente, ya que los "succiona", mientras Sasuke es curado por Karin sale al exterior donde ve a Danzō, lo cual su brazo muestra muchos Sharingan, la batalla entre el joven Uchiha y Danzō se aproxima.

Kakashi decide ir a detener Sakura, mientras tanto Naruto se desmalla ante la idea de que sus amigos puedan matar a Sasuke. La pelea entre los dos ninjas empieza con un ataque de Susano'o de Sasuke hacia Danzō, con el que se despejan las dudas de Sasuke sobre la verdad de Itachi. Los ataques del Uchiha son superiores al punto de utilizar Susano'o y Amaterasu al mismo tiempo, pero siendo anulado por Danzō, apareciendo una y otra vez, luego de aparentemente haber muerto. Utilizan ninjutsus de alto nivel, las habilidades de los dos los ponen en un punto equilibrante ante la pelea, la cual en un acto de Sasuke libera cuervos al igual que Itachi, apareciendo este detrás de Danzō.

Sasuke usando un genjutsu no puede abatir a Danzō que usa un sello que deja inmovil al Uchiha, Danzō coje su katana para ultimarlo, pero Sasuke reliza Susano'o más completo que puede aún disparar ataques a distancia, Madara explica los 10 sharingan que tiene Danzō lo cual puede utilizar la técnica prohibida por los Uchiha, Izanagi, aparte que tiene implantado ADN del Primer Hokage lo cual lo hace más hábil al utilizar esta técnica. El rival de Sasuke utiliza una invocación Baku, lo cual intenta aplacar a Susano'o, en el momento que Sasuke utiliza un Katon, Danzō logra ver un modo de ataque siendo golpeado por Susano'o, mientras Karin se da cuenta del tiempo que demora un ojo al cerrarse. Los dos protagonistas de esta batalla dan sus mejores ataques, al final Sasuke con su Chokuto y Danzō con un arma de chakra logran atravesarse mutuamente, sin saber si es el verdadero Danzō.

Sasuke ha logrado herir al verdadero Danzō, ya que Sasuke previamente había utilizado un genjutsu en el momento adecuado. Danzō sin escapatoria toma como rehén a Karin, pero el Uchiha atraviesa a los dos, que después intenta escapar sin salida. En su lenta agonía activa una técnica de sellado la cual Madara y Sasuke escapan, en eso Danzō recuerda una misión que tuvo con Sarutobi y compañeros junto al Segundo Hokage, en la cual tenía mucha envidia a Sarutobi por ser más fuerte y mejor que el, al mismo tiempo que iba ser nombrado Tercer Hokage.

Sakura duerme a sus compañeros para ir sola en busca de Sasuke, que este se encuentra junto con Madara que el ordena asesinar a Karin, en el momento que decide eliminar a su ex compañera aparece Sakura para confesarle que ha dejado la villa para irse con él.

Naruto recuerda toda las veces que pasó con Sasuke hace 3 años ya sea como compañeros de equipo hasta la vicisitudes, confrontaciones y encuentros, lo cual hace que vaya de nuevo en su búsqueda.

Sakura que ha llegado en busca de Sasuke le dice que se unirá a él: tanto Sasuke decide que mate a Karin, para aceptar la "oferta", la cual la intención de él era matarla, llegando antes Kakashi para salvar a Sakura. Maestro y ex-alumno pelean, demostrando más poder el Uchiha ante Kakashi que puede ver todo el odio que emerge de Sasuke. Sakura que ha terminado de curar a Karin va decidida a matar a Sasuke, no obstante este se da cuenta de la intención de ella, sosteniéndola del cuello, y un kunai determina asesinarla, pero esta vez llega Naruto para salvarla.

Naruto ha llegado al lugar de la pelea entre Kakashi y Sasuke, Naruto le reclama la actitud que este tiene, pero Kakashi le recuerda que ya no es el mismo. Kakashi intenta atacar de nuevo a su ex-alumno, pero es detenido por los clones de Naruto y este haciendo un Rasengan logra impactar con el Chidori de Sasuke, envolviéndolos en una esfera de luz, Naruto recuerda la similitud de sentimientos y emociones con Sasuke.

Los recuerdos entre los dos ninjas persisten, Naruto le hace recordar que él será su rival cuando vuelvan a enfrentarse.

Zatsu va a ver el cuerpo de Kisame revelando que este no está muerto, gracias a una técnica que del Zetsu blanco, mientras que Kisame se infiltra en la Aldea Oculta de las Nubes, ya que encuentra oculto aún en Samehada, que es llevada por Killer Bee, quien ha regresado a casa junto a su hermano. Mientras en el camino un grupo ANBU intercepta a Sai y compañía, para preguntar sobre Danzō, aclarando que este ha muerto y declarando que Kakashi es el nuevo Hokage.

Los señores feudales aprueban una alianza shinobi, mientras los Kages regresan a sus respectivas aldeas, el Kazekage revela lo sucedido en la reunión que tuvo con el resto de Kages, todas las naciones tienen el objetivo de detener a Madara.

Una breve reunión Naruto pide que le dejen encargarse de Sasuke, mientras que Kakashi será nombrado el nuevo Hokage, justo antes de recibir el cargo oficialmente; Tsunade despierta, siendo anulado el proceso.

Tsunade ha despertado y convoca una reunión de emergencia, mientras Naruto regresa al monte Myobokuzan para verse con el gran sapo, que le presenta el pergamino donde se puede abrir el sello que dejó el Cuarto Hokage.

Naruto pone la mano en el sello, antes de eso recuerda las veces que perdió el control, ahora desea entrenar para controlar al Kyūbi. Mientras en otro lado aparecen cadáveres que son encontrados por Anko, lo cual toda las pistas va a Kabuto, lo cual este se reúne con Madara siendo rechazado por ser traidor de Akatsuki, los dos negocian para aliarse en la guerra, Madara lo rechaza, pero Kabuto usa Edo Tensei lo cual tiene cinco cuerpos de Akatsuki muertos y otro féretro sin revelarse, lo cual Kabuto desea a Sasuke a cambio de ese cuerpo, lo cual Madara piensa y acepta el trato.

El Raikage decide que se haga una reunión entre los cinco Kages en tres días, pasado ese tiempo, la reunión se realiza tratando como tema principal como refugiar a Naruto y Killer Bee.

Naruto ayuda a un joven llamado Yusuke para atrapar aún pez espada que resulta ser una invocación de la guerra pasada, que asesinó a su padre; con la ayuda de Naruto, Yusuke logra atraparlo.

Ino, Chōji y Sakura son enviados a una misión para recolectar algunas hierbas ubicadas en una isla, ayudados por un mapa y también por Naruto van en busca de ello, pero también deben confrontar con algunos ninjas de Benisu.

Un barco se aproxima al barco donde está Naruto, en ese barco encuentra a un niño llamado Hishaku que le dice que todos han muerto causa de un cangrejo gigante. Naruto y Hishaku logran vencer al cangrejo gigante, pero él y el barco eran fantasmas.

El barco donde va Naruto es atacado por unos piratas que tomaron la isla. Naruto pelea para vengar a los pobladores de la isla y recuperar a su protector.

Los ninjas llegan a una isla poblada por enormes animales invocados, pero Aoba se encuentra con una chica que en realidad era aprte de un proyecto para crear a un invocación final.Los ninjas pelean contra ese inmenso monstruo ayudados por la misteriosa chica.

Guy recuerda como quiso enseñar a Lee, alguna técnicas referidas en un menú, ya que la noche anterior se habían embriagado y causado destrozos en un lugar, con el trascurso recuerda que Lee lo hizo cuando bebió sake.

Naruto se topa con un mercader en una isla, donde el ninja estaba comprando comida para el viaje, el vendedor le regala un hongo, que resultó ser un hongo maligno, causándole problemas a toda la tripulación en su recorrido por la ruta del Silencio.

Naruto tiene que obedecer las demandas de sus sombras que se han rebelado contra el. Al final, resultó ser solo un sueño de Naruto, ya que cuando estaba discutiendo con sus clones, la polea del mástil se rompió y le iba a caer encima, pero uno de los clones, el cual estaba durmiendo, se percató de la polea y empujó a Naruto, salvándolo del golpe.

Tsunade nombra a Shikamaru Líder de la Cuarta División, lo que hace que se preocupe por si es lo bastante apto para hacerlo, así que su padre le aconseja ir con Naruto para se pruebe a si mismo. Shikamaru, junto con Tenten, llegan a una isla donde el barco de Naruto iba a tocar puerto, pero cuando tratan de salir de la isla, Shikamaru se da cuenta de que están en un Genjutsu que los hace andar en círculos por la isla; Pero gracias a la inteligencia y astucia de Shikamaru, logran derrotar a los habitantes causantes de la ilusión y Shikamaru entiende y, finalmente se siente listo para aceptar su cargo.

Neji es designado para comandar las fronteras en la pronta guerra ninja, la cual algunos miembros del clan Hyūga deja conmocionado. Más tarde, Hinata se reúne con las demás chicas y amigos de Konoha recordando algunos pasajes del pasado.

Naruto se topa con un impostor que se hace llamar por el, para asaltar a los viajeros. El falso Naruto y su compañero pasan por apuros ya que unos mercenarios desean atrapar a Naruto, llevándose al falso. Iggy, compañero de este, le pide ayuda al verdadero Naruto para salvarlo.

Konohamaru se prepara para la cuarta guerra ninja y hace todo lo posible, retando a Temari, lo cual recuerda la batalla contra Pain.

Naruto ayuda a una joven de la aldea de Nadeshiko llamada Shizuka de un tipo llamado Kokuyō que desea casarse con ella.

Shino recuerda la misión por la cual tenía que atrapar un bandido renegado de la Aldea oculta de la Cascada, lo cual es vencido y a la vez su rival se burla ya que el Genin usaba insectos como técnicas, Shino entrena mucho para volver a la misión pero esta vez va con sus amigos de equipo, Hinata y Kiba.

Tenten recuerda cuando era Genin y quería ser como Tsunade, al igual que muchos recuerdos como los entrenamientos con sus compañeros de equipo.

Sai recuerda lo que ha pasado desde que ha llegado a ser miembro del equipo Kakashi, sus enfrentamientos y algunas vicisitudes con sus compañeros.

Maruboshi cuenta al equipo Asuma, cómo los padres de estos lo salvaron durante la invasión a Konoha.

Kiba decide entrenar para ser más fuerte, así que le pide la ayuda a Kakashi, el cual lo ayuda con sus 'Ninken' (invocacíon de Kakashi) lo cual el Chūnin se rinde, con la ayuda de Akamaru lo lleva a un árbol donde con Naruto habían apostado una carrera por unos dulces, cuando eran niños; con el recuerdo Kiba decide una revancha con los perros lo cual logra vencer y no darse por vencido nunca más.

En una reunión de Kakashi con Tsunade, llega una tortuga de ayuda de parte de Guy, mientras él recuerda su rivalidad con Kakashi cuando eran más jóvenes y las interminables batallas que tuvieron, antes Yamato había contado que había un ninja que copiaba la apariencia sino también su chakra.

Un ninja llamado Ganryu ataca a Akatsuchi hiriéndolo gravemente, lo cual sus motivos era vengarse por lo sucedido hace tiempo entre la aldea de la niebla y de la piedra. Kurotsuchi va a buscar a Ganryu al igual que Naruto, el Jinchūriki habla con el convenciéndole de vivir en un mundo de paz.

Naruto llega a la isla y quiere ser entrenado por Killer Bee, pero este se niega. Con la ayuda de Motoi, El Jinchūriki de nueve colas va acompañado con Yamato hacia la 'Cascada de la Verdad' donde Naruto debe entrar en lo profundo de su mente, encontrándose con otro Naruto, quién se describe como lo más oscuro de su corazón. La pelea se inicia y los dos están igualados en fuerza.

Motoi cuenta el pasado que hubo entre Killer Bee y el, el odio de los aldeanos hacia el Jinchūriki del ocho colas, y que él intentó matarlo pero se dio cuenta que Killer Bee sufría más por el deprecio. Naruto después de escuchar recuerda que él y Gaara, aunque hayan sido al principio odiados por sus propias aldeas, pueden hacer muchas cosas. En ese momento un calamar ataca a Motoi, llegando Killer Bee a salvarlo y hacerle darse cuenta que siempre será su mejor amigo.

Naruto vuelve a la 'Cascada de la Verdad' donde vuelve para enfrentarse al "Naruto Oscuro" lo cual con las pasadas vivencias de él en Konoha y de como lo odiaban, lo puede superar ya que mucha gente ahora confía en él, así y después de abrazar a su lado maligno este desaparece y así el odio que tenía. Ahora, Killer Bee decide enseñar a Naruto como dominar al Kyūbi llevándolo a un templo (en un lugar muy obvio) donde ahora debe entrenar; así los dos Jinchūrikis se preparan. Naruto entra a su conciencia y abre el sello y con eso libera al Kyūbi iniciando una batalla contra este.

Naruto continua su lucha contra el Kyubi y recibe ayuda de Killer Bee, pero el zorro parece estar ganando la batalla y cuando parece que ha triunfado aparece la figura de alguien, se trata de nadie más que su madre Kushina Uzumaki, Naruto se encuentra perplejo pero al saber que se trata de su madre se tranquiliza y esta le cuenta la historia de como llegó a Konoha entró en la academia y conoció a Minato, también como la recato de unos ninjas que la secuestraron y este logra salvarla.

Naruto, motivado por su madre, logra vencer al Kyūbi con ataques derivados del Rasengan, al vencerlo Naruto toma una forma diferente y logra sellarlo de nuevo lo cual el Bijū reconoce como el Rikudō Sennin. Después del sellado Kushina le cuenta a su hijo que ella fue la anterior Jinchūriki del Kyubi y le cuenta la historia de hace 16 años, el momento en que nació Naruto, y el hombre enmascarado que quería el control del Kyūbi.

Naruto nace y todos se ponen contentos pero entonces aparece el ninja enmascarado quien asesina ala esposa de Sarutobi y a Taji, secuestra a Naruto, el ninja dice que se aleje de Kushina, Minato logra rescatarlo mientras Kushina queda a la merced del ninja malvado quien la lleva lejos para extraerle el Kyubi, después de controlarlo se dirigen a destruir Konoha, Minato llega a tiempo para salvarla y llevarla junto a Naruto, el cuarto Hokage se prepara para pelear, mientras el ninja invoca al Kyūbi en medio de la aldea, el Bijū causa un gran caos por lo que todos los shinobis de Konoha se preparan para pelear incluido el Tercer Hokage. Minato llega para luchar contra el ninja al cual le logra quitar el control del Kyūbi.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.

Naruto ha terminado su entrenamiento y sale de la cascada, pero Kisame aparece mostrando como sobrevivió cuando batallo contra Killer Bee y el Raikage dentro de su espada Sahameda y una nueva batalla empieza en la isla, Naruto intenta detenerlo pero aun no controla el poder del Kyūbi del todo, entonces Kisame se enfrenta a Guy. Los dos shinobis demuestran todo su potencial en la pelea la cual gana Guy al utilizar el Hirutora venciendo a Kisame.

Kisame es derrotado por Guy y es llevado a un interrogatorio, en el cual entran a su mente, donde se develan misterios sobre su vida y su forma de vivir, también como conoció a Madara y como este controlaba a Yagura. Ante eso, el Akatsuki no reveló más información, ya que se muerde la lengua y se suicida utilizando sus propias invocaciones. Cuando se abre el pergamino de Kisame, este resulta ser una trampa, dejándolos atrapados dentro de las prisiones de agua, mientras que un tiburón invocado toma el rollo con la información de la isla y toma gran distancia. Mientras es devorado, Kisame recuerda a Itachi y su forma de ver el mundo.

Tobi decide que es hora de ir por el Rinnegan de Nagato y parte a Amegakure. En este lugar Konan, que ha desertado de Akatsuki, nota su presencia y se adelanta a esperar su llegada. Tobi demanda que le diga dónde escondió el cuerpo de Nagato, pero ella se rehúsa diciendo que el Rinnegan es un tesoro de Amegakure pues lo despertó Nagato y, por tanto, no le pertenece. Tobi le revela que él incitó a Yahiko a formar Akatsuki y que él le dio el Rinnegan a Nagato, y que es justo que se lo devuelvan. Konan se sorprende e inicia la pelea contra Tobi, éste se confía y es afectado por la técnica de papeles explosivos de Konan, molesto se prepara para contraatacar pero Konan activa su técnica final para destruirlo.

Konan utiliza el "Kami no Shisha no Jutsu" con el cual casi acaba con Tobi detonando 600 billones de Sellos Explosivos causando una inmensa explosión que duraría unos 10 minutos pero no puede derrotarlo ya que ha utilizado el Izanagi para confrontar la potente técnica, Tobi vence a Konan. Una vez acabada la pelea va en busca de Nagato y se lo lleva, mientras que la ex-Akatsuki recuerda los momentos finales con sus amigos de Amegakure y Jiraiya. Ahora que ha llegado la información de Kisame, con atavío distinto y Kabuto de aliado, Tobi se prepara para la captura del Kyūbi.

A Naruto se le asigna a una "misión", armar un ejército con los animales de la isla los cuales participaran en la guerra, pero esto es solo para mantenerlo ocupado y que no sepa de la guerra que esta a punto de comenzar. Los kages saben de los movimientos de Tobi, y Ōnoki decide ir a investigar. Kabuto habiendo visto el ejército que Tobi ha creado, va con Deidara hacia la isla en busca del Kyūbi, pero debe luchar primero con el Tsuchikage.

Kabuto encuentra a la tortuga gigante mediante su invocación de Manda II la cual ataca la isla causando un alboroto, ahora junto a Deidara deciden atrapar a los Jinchūrikis. Ōnoki y compañía se apresuran para detener el ataque, Kurotsuchi puede atrapar a Kabuto, en ese momento Yamato se prepara para interrogar a Kabuto pero este se transforma y escapa devorando a Yamato, Kurotsuchi trata de detenerlo pero Kabuto se esconde dentro de Manda II que luego desaparece. Ya en la guarida de los Akatsuki Kabuto lleva a Yamato frente a Tobi quien esperaba a los Jinchūrikis pero Kabuto alega que Kabuto fortalecerá a los Zetsus blancos para la guerra.

Ōnoki lleva la isla tortuga a Kumogakure, Anko y su equipo descubren el ejército de Zetsus, las fuerza aliadas se reúnen llegando a ser en total ochenta mil shinobis, divididas en cinco escuadrones según sus habilidades y cada una con su respectivo capitán, siendo el comandante Gaara, y siendo los capitanes: Darui, Kakashi, Mifune, Gaara y Kitsuchi pero no son que están listos para luchar. Kabuto y Madara también están preparados, Kabuto que con ayuda del Kabuto resucitan a los miembros caídos de Akatsuki, ninjas famosos de todas la naciones, los seis Jinchūrikis, los siete espadachines pasados de la neblina, los grandes kages del pasado y el ejército de los cien mil Zetzus ahora fortalecidos por Yamato. La cuarta guerra mundial shinobi ha comenzado.

Narra los momentos de Naruto en la academia y los alborotos que causaba en la aldea. También la conformación con sus compañeros Sasuke y Sakura en el equipo 7 y su primera misión de rango A.

El equipo 7 vuelve a Konoha pero entonces se anuncian los exámenes Chunnin y se reúnen los nueve novatos y los Gennin de otras naciones. Las pruebas del examen han comenzado: la prueba escrita y la décima pregunta, la búsqueda del pergamino en el bosque de la muerte donde pelean con Orochimaru y el equipo del sonido, los combates por muerte súbita y las rondas finales.

Sasuke pelea contra Gaara, pero este se va transformando en el Shukaku y Sasuke queda sin energías pero Naruto entra en acción y derrota al ninja rival; su orgullo y odio se acrecienta cuando confronta a Sasuke cuando va en busca de Naruto junto con Kisame. Los cuatro del Sonido hacen su aparición y tratan de convencer a Sasuke de ir con ellos, Sasuke acepta debido a que Naruto se ha hecho más fuerte.

Sasuke abandona Konoha en busca de poder a través de Orochimaru, Naruto y su equipo de Gennin van en su búsqueda y se van enfrentando con los cuatro del sonido los cuales van cayendo uno a uno, Naruto alcanza a Sasuke en el valle del fin, tras hablarle y no querer regresar empiezan a luchar utilizando todo lo que tienen al final Sasuke se marcha con Orochimaru y los Gennin son llevados a Konoha

Los ninjas reunidos empiezan a tener discusiones sin sentido entre ellos porque son de clanes distintos los cuales en el pasado pelearon y muchos de ellos están a punto de pelear. Al ver lo que pasa, Gaara pronuncia un discurso: les menciona que en las guerras anteriores, hechas para el beneficio de los países y de las aldeas, los shinobis se han odiado y lastimado, que de ese odio nació él como representación del odio y del poder, un Jinchūriki, pero que un ninja de Konoha lo salvó, y que entre todos no hay enemigos, solo shinobis, y que para proteger a su amigo necesita de su ayuda. Todas las miradas cambian y las discusiones acaban. Todos los shinobis se enfocan en derrotar a Akatsuki y ganar la guerra.

La guerra ha iniciado y La División de Ataque Sorpresa se mueve en territorio enemigo, Anko es derrotada por Kabuto. Kankurō hace recordar a su equipo que se debe sellar al enemigo para poder vencerlos. Deidara y Sasori que están cerca y dan el primer ataque siendo repelidos por los jutsu de Doton. Los rivales encaran sus poderes y también vuelven a ver rostros familiares como Kankurō a Sasori y Sai ante Shin.

Kankurō muestra la marioneta de Sasori, siguiendo con la lucha entre los dos bandos, ahora que ha aparecido Shin, se revela que fue "hermano" de Sai, cuando este se entrenaba en la Raíz, por lo cual Shin dice que no hay intenciones de pelear y se desvanece. El ataque de la marionetas de Kankurō aprisiona a Deidara y Sasori, lo cual antes que Deidara utilice su técnica es neutralizada por una espada con Raiton. Kankurō le habla a Sasori sobre la verdadera alma de un marionetista reside en sus creaciones, ante esto Sasori también es derrotado.

El Jinchūriki de ocho colas explica sobre los límites del Modo Bijū y también acerca del Bijū Dama, lo cual el ninja de Konoha está motivado por saber.

La división de Kakashi se encuentra con viejos conocidos, Zabuza y Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como , los shinobis recuerdan la batalla que tuvieron en el País de las Olas cuando Tazuna terminaba el puente, donde ganó el ninja de Konoha. Los dos resucitados por el Edo Tensei explotan su máximo poder y atacan a sus rivales ayudados por otros dos ninjas, Gari y Pakura, la pelea ahora se complica por la niebla liberada por Zabuza y ante eso Kabuto invoca mediante Gari y Paku a los siete espadachines de Kirigakure en medio de la división de Kakashi.

Los espadachines atacan a la división comandada por Kakashi. Suigetsu sale de su prisión y también libera a Jūgo, quien le explica quienes eran los siete espadachines de Kirigakure. Los espadachines invocan sus armas y empieza una masacre en la división. Kakashi tiene una idea como sellar a Zabuza y pide ayuda a Maki, cuando Kakashi trata de atacar a Zabuza, pero Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como fue que Zabuza perdió esa vez. Ya con ánimos de no perder Kakashi ayudado de su división logran sellar a Haku y Zabuza.

Cuatro Kages han sido resucitados por el Edo Tensei de Kabuto el segundo Tsuchikage, el tercer Raikage, el cuarto Kazekage y el segundo Mizukage lo cual Gaara puede ver con su ojo secreto a los rivales, mientras que en las costas en la división de Darui hay gente revivida con el justu al igual que Zetsu blancos. Los Kages ven eso como una fuerte confrontación, pero Shikaku da algunos detalles y estrategias de como las divisiones pueden formar "cadenas" ayudándose unas a otras para facilitar la victoria enemiga; no obstante el Tsuchikage hace mención que su predecesor y maestro tiene un Kekkei Genkai especial.

Los señores feudales son llevados por seguridad por la Mizukage, mientras la división de Darui se prepara han aparecido muchas caras conocidas se reencuentran en batalla; la futura contienda del escuadrón de Darui resalta ya que los hermanos Ginkaku y Kinkaku han aparecido junto con Asuma, Dan y Hizashi y el miembro de Akatsuki Kakuzu junto con los Zetsus Blancos.

Los hermanos Ginkaku y Kinkaku sacan las armas del Rikudō Sennin para pelear ante Darui, entre ellas el Benihisago y el Kōkinjō (cadena dorada en el brazo) lo cual usa la Maldición "Shichiseiken" contra Atsui y Samui, lo cual si repiten "esa" palabra que más repiten ellos, serán absorbidos hacía la calabaza, lo cual llega a lograrse con los dos ninjas, mientras que el Raikage explica a Tsunade la historia de los hermanos. Darui recuerda las palabras del Raikage que los ninjas no son simple herramientas, ante eso es absorbido ya que su palabra tabú era "Lento" (en un juego de palabras), pero en el acto el cambia esa palabra por "Perdón", lo cual hace que no sea absorbido robando las dos armas a los hermanos, utilizándola en contra de Ginkaku que es absorbido, haciendo que Kinkaku se enfurezca y se transforme como el Kyūbi.

Darui se enfrenta a Kinkaku transformado, mientras en el cuartel general es informado el Raikage de la situación el cual decide enviar el Kohaku no Jōhei mediante la teletransportación de Mabui para sellar al ninja. Con la ayuda de su escuadrón y del nuevo Ino-Shika-Cho, Darui logra por completo sellar a Kinkaku, no obstante la pelea para ellos empieza cruzándose con un antiguo enemigo, Kakuzu quien esta con Dan y su antiguo sensei: Asuma. todos se preparan para pelear.

Sakura ha sufrido una caída e Ino la auxilia y la lleva a la aldea cuando Sakura despierta no recuerda absolutamente nada a excepción de un collar de cerezo. Ino pide ayuda a los once de Konoha para tratar de que se recupere Sakura se acuerda de ellos en cierta medida: a Kiba como un amante de los gatos, a Shino como amante de las plantas pero no de sus insectos, Hinata se viste de forma indecente y una personalidad rebelde, Rock Lee y Neji son atados a un poste para no asustar a Sakura y Shikamaru y Chōji como niños pequeños, Sakura al ver a sus padres comienza a llorar al final ella se desvanece diciéndole a Ino que no es la Sakura que conoce

Hanzō se encuentra con Mifune y empieza la lucha entre dos antiguos enemigos, Hanzō recuerda como fue su muerte ante Pain y la batalla que tuvo hace mucho tiempo contra el samurai la cual venció y salvó la vida de Mifune en la pelea. Hanzō pierde y se da cuenta que aunque sea inmortal nunca cambiaría el mundo hacía la paz, suicidándose al estilo samurai con un Seppuku para luego ser sellado.

El equipo Ino-Chika-cho se encuentran con Kakuzu el cual los felicita por haber derrotado a Ginkaku y Kinkaku, mientras que Darui sigue derrotando a los Zetsus entonces Asuma se encuentra con sus alumnos, lo cual la batalla será inevitable. Los jóvenes empiezan a recordar el pasado, Asuma inicia el ataque pero el problema en los jóvenes shinobis es Chōji que no desea atacarlo recordando como su sensei lo instruía para convertirse en Chunnin.

Choji detiene su ataque y recuerda los momentos más relevantes de su vida, desde su niñez hasta el campo de batalla, lo cual tiene un juramento no solo con su clan sino con su amigos. Esos recuerdos hace que Choji use el Baika no Jutsu sin píldoras revelando unas alas más grandes e inicia el ataque con la formación Ino - Shika - Chō logrando vencer a Asuma, lo cual con tristeza lo agradecen y se despiden de él, nuevamente.

Naruto sigue entrenando con Bee pero siente el Chakra del Kyūbi, al preguntar y observar que no le daban respuestas decide irse, pero es bloqueado por ninjas que no lo dejan hacer su propósito. Iruka le habla a Naruto que la guerra se ha desatado y si fue alejado es para que no interviniese pues la guerra es para protegerlos, pero igual el genin se va. En el camino saca de su bandana una carta de Iruka en la cual debe regresar con vida. Killer Bee sale también e Iruka le dice que lo proteja lo cual va detrás de Naruto, pero para salir de la isla deben destruir una serie de barreras muy poderosas pero ambos se transforman en Modo Bijū y logran escapar y dirigirse al campo de batalla.

Naruto y Killer Bee salen de la barrera, Zetsu encuentra a los señores feudales pero es interceptado por la Mizukage entonces se genera una batalla, en ese momento Zetsu siente el Chakra del Kyūbi y el Hachibi por lo cual le informa a Madara quien se dispone a participar también en la guerra, mientras que la primera división de Darui logran atrapar a Dan, Kakuzu y logran derrotar a todos los Zetsus blancos cuando parece que la victoria es de la alianza aparece Madara el cual invoca al Gedo Mazo. Chōji y su padre tratan de detenerlo pero no pueden el Gedo Mazo libera su poder acabando con todo, entonces Madara se dispone a tomar el Benihisago y el Kohaku no Jōhei donde los hermanos Ginkaku y Kinkaku están sellados pero Shikamaru trata de detenerlo sin éxito. Por la noche toda la alianza tendrá que estar alerta por los Zetsus blancos que se han infiltrado

Naruto y Killer Bee se dirigen al campo de batalla, entonces el Kyūbi empieza una charla con Naruto donde ambos recuerdan cosas del pasado, el Kyūbi le dice que no puede borrar el odio de todas la personas y más en tiempos de guerra pero Naruto está decidido a acabar con la guerra ya que no es el mismo de antes y dice que le gustaría acabar con el odio que hay en el Kyūbi.

Neji llega al centro medico agotado el cual es atendido por Sakura, pero entonces empiezan a asesinar a los ninjas médicos, el caos se apodera de todos y todos empiezan a sospechar ya que no se sabe quien es el infiltrado, mientras siguen los asesinatos, Neji llega donde esta Sakura y tras hablar por un rato Sakura lo golpea resultando ser un que dreno el Chakra de Neji en la batalla, ya sabiendo esto le informan a la base la situación pero también en otros lugares se reporta lo mismo, lo cual hace que Shikaku piense de una forma rápida y calmada de resolver el problema.

Hinata, Kiba y Shino entran a una cueva y se encuentran con unos Zetsu blancos los cuales le tienden una trampa con explosivos. Sabiendo que la especialidad que tiene Zetsu de copiar la imagen del rival absorbiendo el Chakra; hace que cree un dilema entre los shinobis pero Shino logra descubrir al Zetzu y acabarlo.

Deidara sale de su encierro en una de las marionetas de Kankurō, lo cual también es avisado que Sasuke no ha muerto. El Akatsuki muerto tiene que librar una batalla contra los nijas aliados. Deidara hace frente a ellos, explotando, pero se da cuenta que no puede morir, y que va contra su "estética" viendo a Sasuke en el río logra seguirlo pero se trataba de Kurotsushi quien le tendió una trampa y lograr encerrarlo nuevamente.

En Konoha todas las madres se reúnen con Koharu Utatane, Homura Mitokado y Ebisu, donde discuten la posibilidad de ser atacados por asaltantes. Konohamaru se entera por sus amigos que van a ser atacados por unos ninjas gigantes que en realidad son Sumos los cuales al intentar invadir la aldea son vencidos por las madres y el rasengan de Konohamaru.

Naruto y Killer Bee se encuentran con Tsunade y el Raikage, que no desean que sigan avanzando hacía la guerra pues esta se inició para protegerlos, entonces se inicia una contienda entre Naruto y el Raikage, donde interviene Killer Bee. Con su intervención le hace recordar cuando formaron el equipo más fuerte juntos hace mucho tiempo y aquella pelea que tuvieron contra Minato en la cual supero la velocidad del Raikage y este le dice que el también tenía sus responsabilidades como Hokage.

Naruto ataca al Raikage pero este lo esquiva con facilidad Tsunade decide apoyar a Naruto y confiar en el, el Raikage le pide una explicación a Tsunade por estar del lado de Naruto con lo cual Tsunade responde que Naruto será el salvador del mundo, Killer Bee le dice que su fuerza brilla como el sol, lo cual el Raikage le pregunta a Naruto cuales son sus dos soles, respondiendo que son sus dos padres. Para comprobar la convicción en el ninja de Konoha el Raikage lo ataca con su máxima velocidad pero Naruto logra antes de ser golpeado poder esquivar el ataque, justo como su padre en aquella batalla, el Raikage deja ira a Naruto y Killer Bee a la batalla, ya amaneciendo se muestra a Madara sobre el Gedo Mazo junto con los seis Jinchūrikis resucitados diciendo que son lo nuevos seis caminos del dolor, cada uno de ellos con un Sharingan y un Rinnegan en cada ojo listos para la guerra.

Los espadachines de la niebla atacan nuevamente siendo Akebino Jinin su oponente usuario de la espada Kabutowari, ahora Kakashi, Lee y Sai deben enfrentarlo y sellarlo, pero Sai aun no ha dominado su técnica de sellado que le enseño Danzō, pero con ayuda de Lee logra dominarla y sellar al espadachín.

Sunagakure celebre su victoria sobre al aldea de la Piedra y toman a Pakura como su héroe. Maki, una shinobi de la arena la alaba por su desempeño, entre tanto la aldea desea hacer una alianza con los de la Niebla y sugieren a Pakura para que resuelva el problema así que envían a Pkura para que haga las pases pero en el camino es asesinada. Ahora en la Guerra Ninja, Maki y el usuario de Shokuton se enfrentan, donde la shinobi revivida por el Edo Tensei culpa a su aldea por su muerte.

Karai, un ninja acompañante del Raikage: A, ha sido herido por un bicho explosivo y Amai escucha que Tsunade está cerca así que van en su ayuda para salvar al subordinado del Raikage cuando la encuentran, Amai le dice que su Ninjutsu medico es débil. Pero Tsunade y el Raikage deberán hacer una competencia de fuerza donde le raikage resulta vencedor.

El Raikage cuenta como fueron atacados por el grupo Nokizaru mientras que Tsunade analiza lo que paso, lo cual deben curar a Karai, Tsunade prepara todo para salvarle la vida peo antes de que empiece pide a Shizune que lo cure pues no ha superado su fobia a la sangre y dice al Raikage que ella también ha perdido a personas importantes en su vida, Shizune logra extraer el bicho y salvarlo.

Kakashi se encuentra en un árbol y llega un Shinobi y le da información sobre los Siete Espadachines de la Niebla. En ese momento Kakashi se prepara para pelear contra el Jinpachi y Kushimaru en lo que aparece Guy. Comienza la batalla, Jimpachi y Kushimaru usan el poder de sus armas para acabar con Kakashi y Guy. Kakashi en ese momento recuerda una misión del pasado que tuvo con Rin y Guy, de nuevo en la batalla los dos shinobis de Konoha trabajan juntos para vencer a los espadachines.

Unas explosiones se oyen en el bosque se trata de la espadachín de la neblina Ameyuri Ringo portadora de las espadas eléctricas de corte perfecto quien lucha contra la división de Omoi y sus compañeros quienes huyen de la espadachín mientras que Kakashi y Guy están en camino para ayudar en su batalla, pero Omoi la vence al llevarla a una trampa que le tendieron sobre unas arenas movedizas.

Tsunade envía al equipo Kakashi a una aldea cerca del país del fuego donde se encuentra el "Agujero". La misión en averiguar las causas de porque todos sus habitantes han sido asesinados y desaparecido un tesoro. El equipo se encuentra con Kabuto, quien realiza el Edo Tensei para invocar a los miembros de Akatsuki y otros shinobis, pudiendo solamente controlar a Hidan y Deidara. Comienza la batalla.

Kabuto se retira de la batalla, Kabuto y Shin investigan más acerca del "Agujero" y les explican sus orígenes, mientras Naruto y Sakura se encuentran con Dokku y los pequeños los cuales se reúnen con Sisseru. Kabuto trata de perfeccionar el Edo Tensei mientras charla con alguien a través de un pergamino.

Naruto se siente enfermo, los niños quieren que el los entrene, mientras que Kabuto está realizando el Edo Tensei, Miina le dice a Naruto que se vaya pues al verlo observa algo extraño en el. Más tarde, el líder del pueblo Tonika llega pidiéndole el tesoro a Dokku que le dejo a guardar pero Miina se percata de que no es su abuelo, luego aparece Kabuto e invoca a unos Shinobis de Konoha, se libra una batalla pero Naruto esta débil para pelear el cual escupe unas serpientes pequeñas que se transformarían en un tipo de Kyūbi de cuatro colas el cual Kabuto trata de tomar el control pero no puede. El clon del Kyūbi se dispone a atacar a todos.

El clon del Kyūbi, lo cual ha Naruto ha expulsado, intenta atacar a los que presentes, llegando el resto de los ninjas de Konoha uniéndose a la pelea. Este clon roba el chakra de Naruto lo cual incrementa su fuerza y tamaño considerablemente dañando a la villa Hachō. Dokku salva a Naruto antes de ser pisoteado por la enorme bestia, lo cual Kabuto invoca a una enorme serpiente tragando a los dos. En la aldea a salvo Shiseru recuerda una conversación con Dokku, lo cual eran los pro y contra de adoptar a los huérfanos. Dokku le pregunta a Naruto, la razón por la cual quiere poder y ser más fuerte, lo cual en Genin recuerda a sus amigos, apareciendo en escena Disonasu con ello la muestra de su traición enseñando un pergamino con la palabra Saezuri.

Disonasu hace saber sus planes de destruir a la aldea, mientras Minna y los demás se van al "Agujero" a dar los barrotes siendo interceptados por Kabuto, lo cual Disonasu teniendo esos barrotes convoca lo que el sería "el poder".Tarareando la música, Saezeru se activa elevando el lugar, mientras los ninjas de Konoha pelean con los revividos y Naruto con el clon del Kyūbi logrando vencer en primera instancia y arrojándolo donde Saezeru se ha elevado. El gran obelisco que se ha formado lanza un rayo potente formando una gran nube roja, mientras Naruto intercepta a Disonasu, ve que el clon se ha transformado en una criatura parecida a la Hidra.

Naruto se enfrenta al clon del Kyūbi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Kyūbi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Kyūbi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Kyūbi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Kyūbi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.

Naruto y Killer Bee van hacia el campo de batalla, donde se topan con algunos shinobis que en realidad son Zetsus blancos, entonces se inicia el combate, donde Naruto utiliza diferentes técnicas derivadas del rasengan además de convertir a los Zetsus blancos en árboles cuando son golpeados, mientras que Madara está al tanto de la situación y concluir que Naruto siente la maldad del enemigo. La división médica descubre la verdad de los Zetsus blancos por lo que informan al cuartel general. Otros shinobis se encuentran con un usuario del Jiton de Kumogakure el cual los pone en aprietos pero Naruto lo vence con rasengan y es sellado, Mientras que Gaara y Ōnoki se preparan para pelear contra los cuatro kages pasados.

El pasado es contado a Gaara por su padre, lo cual hizo que creyera que no fue amado por su madre mediante una misión mandando a Yashamaru. Gaara puede controlar muy fácilmente la batalla contra el Cuarto Kazekage, viéndose creándose una forma humana sobre el, la cual es la madre de Gaara, Karura. El difunto Kazekage se da cuenta de lo que se ha formado por la arena, diciendo la verdad, que el si fue amado por su madre y aunque haya muerto ella lo sigue queriendo.

Naruto y killer Bee se encuentran con Nagato e Itachi, todos empiezan a hablar, Kabuto al ver lo que pasa obliga a los dos miembros de Akatsuki a pelear Naruto contra Nagato y Killer Bee contra Itachi, Nagato invoca a Cancerbero y un ave gigante mientras que Itachi decide usar su Mangekyo Sharingan entonces de la boca de Naruto sale un cuervo con un Mangekyo Sharingan en su ojo izquierdo, Naruto recuerda como Itachi le dio ese "poder" que esperaba no utilizarlo, Itachi conecta su Mangekyo con el del cuervo, así se libera del Edo Tensei y con el Amaterasu quema a Cancerbero, el ave gigante y a Nagato. Kabuto se sorprende de lo que Itachi ha hecho, Naruto le pregunta que ha pasado e Itachi responde que el ojo del cuervo es de Shisui Uchiha quien poseía el Genjutsu más poderoso de todos logrando liberarse de Kabuto. Mientras que Nagato recupera el color de su cabello y ataca a Naruto y Bee.

Nagato le está quitando el alma a Naruto quien se da de cuenta que puede utilizar los poderes de todos los "Caminos". Nagato usa el Camino Infierno, Killer Bee llega en el auxilio de Naruto pero Nagato lo atrapa usando el Camino Asura antes de que ataque en ese momento llega Itachi quien utiliza el Susano para salvarlos, Nagato usa el Chibaku Tensei para acabar con todos, Itachi dice que hay que atacar todos al tiempo con la mejor técnica para destruir el núcleo, cuando todos atacan hay una gran explosión, después de eso Nagato es atravesado por la Espada Totsuka del Susano la cual lo va a sellar, en sus últimas palabras Nagato le dice a Naruto que será el volumen final de la trilogía. Una vez que Nagato ha sido sellado, Kabuto sacara su carta de triunfo, Itachi le dice a Naruto y Killer Bee que detendrá el Edo Tensei y a Naruto que no tiene que parar la guerra el solo sino que tiene que confiar en sus amigos para ser reconocido. Itachi les encarga a Madara, se despide y se marcha.

Los antiguos Mizukage, Tsuchikage y Raikage hacen sus movimientos, desligándose del sello, y pasan a enfrentarse a la fuerza aliada mientras el Tsuchikage se enfrenta a Ōnoki. El Mizukage de naturaleza Inton invoca a una almeja gigante llamada Oohamaguri que hace que se cree espejismo, donde ningún arma le hace daño alguno. Mientras la pelea entre los dos Tsuchikages comienza Naruto llega al campo de batalla con un Wakusei Rasengan y en cooperación con Ōnoki logran vencerlo, lo cual se dirigen al próximo rival, el Mizukage donde Gaara llega y pierde su defensa ante el poder de este, viéndose como Ōnoki intenta romper la almeja gigante con Doton: Chokajugan no Jutsu lo cual la rompe, resultando ser otra ilusión, al ver esto el Kage revivido usa Mizudeppo no Jutsu en el Tsuchikage.

El tercer Raikage, usuario del Raiton, se enfrenta a los aliados. Este dice que deben usar el Fuuton para detenerlo y Temari, al oírlo, decide usar junto con otros dos shinobis el Fuuton Kakeami pero sin lograr resultados. Dodai le dice al grupo que el tercer Raikage tenía una resistencia extrema; en ese momento Naruto llega y realiza el Fūton: Rasen Shuriken pero el Raikage lo esquiva dos veces. Sin embargo el tercer ataque consigue golpearlo generando una explosión pero cuando van a sellarlo el Raikage se recupera y utiliza el Jigokutsuki Yonhon Nukite, una de sus técnicas más poderosas. Al ver la magnitud del ataque Dodai y Naruto se alejan mientras los shinobis son eliminados y Naruto decide usar la Bijuu Dama. Naruto se comunica con el Hachibi y le pregunta por la cicatriz del pecho del Raikage; Naruto usa el Modo Sennin y un rasengan con el cual impacta en la cicatriz deteniendo al Raikage y permitiendo su sellado.

El segundo mizukage usa su jutsu en Onoki pero resulto ser un clon de arena creado por Gaara justo después de que el Tsuchikage venciera a Oohamaguri, los shinobis tratan de sellarlo pero no pueden. Entonces Gaara utiliza el Sabaku Sotaisō pero el Kage usa la técnica Joki Boi la cual uso con Mū en el pasado. De repente empieza a caer granizo y aparece un clon del mizukage, Ōnoki explica todo acerca de esta técnica y empiezan a buscar al Kage cuando Gaara lo encuentra usa su jutsu de sellado pero el clon lo libera y ataca a Gaara explotando nuevamente, de repente deja de llover y empieza la verdadera batalla, el clon ataca con todo entonces es atrapado con arena del campo donde están y cuando explota solo libera vapor, entonces el clon se ha convertido en oro, ya que Gaara mezclo el jutsu de su padre con su arena para hacerlo más pesado y así derrotarlo. Mientras que Mu se levanta de los escombros y se muestra que sellaron a una división que el hizo cuando Naruto lo ataco. Mientras que Gaara sella al Mizukage, mientras que todas la divisiones están alertas por los Zetzuz blancos que se siguen haciendo pasar por shinobis de la alianza.

En la costa la división de Darui se encuentran en un dilema por los Zetsuz blancos en ese momento los cuatro del sonido hacen su aparición, los shinobis se enfrentan con los ninjas resucitados pero no tienen oportunidad, entonces Shikamaru y los demás se preparan para pelear de nuevo contra ellos, Choji contra Jirobo, Neji contra Kidomaru, Kiba contra Zakon y Shikamaru contra Tayuya. Todos recuerdan aquella batalla difícil en la que los shinobis de Konoha ganaron. En su nueva batalla los cuatro del sonido vuelven a perder, y cuando parece que la victoria es de los Shikamaru y los otros, los del sonido realizan el Jiku Jusshiki no jutsu llevándose sus almas.

Neji, Kiba, Shikamaru y Choji están en una muerte aparente, los demás tratan de ayudarlos dándoles Chakra pues apenas están con vida, mientras que Kabuto explica que los cuatro del sonido realizaron el Yomi Tenshin no Jutsu llevándose sus almas a una barrera donde deberán pelear para escapar y regresar en sus cuerpos, en la barrera los shinobis de Konoha están confusos y aparecen los del sonido explicándoles donde están, acercándose una batalla los cuatro del sonido hacen sus invocaciones mientras que Shino e Ino se esfuerzan por mantenerlos con vida, en otro lugar Naruto se encuentra con unos shinobis de los cuales uno resulta ser un Zetsus blancos. Desde el cuartel general le dicen a Ino que los de solo podrán escapar luchando, en la barrera Shikamaru y los otros están en un dilema por lo que pasa.

Naruto pide ayuda a Shikaku para ayudar a Shikamaru y los otros, Shikaku le dice que se centre en su misión. Mientras que Shikamaru y los demás siguen su pelea contra los del sonido y con una estrategia logran acabar con la invocación de Zakon y Ukon, pero los del sonido recuerdan cuando Orochimaru les puso el sello maldito y para liberar más poder cuando ellos murieran debían odiar al que los asesino. En ese momento los cuatro del sonido liberan un aura oscura incrementando su poder causándoles daño a los de Konoha, de repente la barrera se sacude al preguntarse que pasa se muestra a Naruto golpeando la barrera con un rasengan, Shikamaru les dice que cayeron en una trampa. Cuando Naruto rompe la barrera las almas de Shikamaru y los otros son liberadas regresando a sus cuerpos y las almas de los ninjas del sonido se disipan.

Neji y Hinata pelean contra los Zetsus blancos cuidándose ambos las espaldas, entonces Hinata recuerda cuando entrenaron el Sembon Kumite con Neji durante varios días, Sakura la invita a festejar el ascenso de Tsunade como el Quinto Hokage, donde se celebrara con fuegos artificiales. El entrenamiento es tan duro que Hinata no puede mas y cae inconsciente, cuando el doctor la examina dice que tendrá que guardar reposo pues utilizo demasiado el Byakugan, Neji se encuentra con Naruto y Sakura y le comentan que Hinata quiere estar en los fuegos artificiales, Neji habla con el doctor para saber cuando se recuperara Hinata por completo le dice que tardara un tiempo. Así que le dice que existe una planta que cura la vista cansada pero para conseguirla tendrán que luchar con ayuda de Kakashi y Guy.

La división medica está ayudando a los shinobis heridos, en otro lugar Kabuto que con el Edo Tensei resucita a Hayate Gekko el ninja de Konoha, este se pregunta donde esta y por que ha resucitado. Kabuto le explica lo que está pasando, entonces recuerdan los exámenes Chunnin tres años atrás, y cuando Hayate descubre el plan de la aldea de la arena con el sonido y como murió a manos de Baki. Los Ninjas médicos sellan a los shinobis caídos con habilidades especiales para que el enemigo no los resucite. Entonces aparece Hayate con otros dos shinobis los cuales roban el pergamino para entregárselo a Kabuto, la división medica tratan de detenerlos pero huyen, se forma entonces un grupo de ninjas que son: Sakura, Io, Yozake y Yugao los cuales salen en su búsqueda para detenerlos.

Yugao, Sakura y los otros shinobis alcanzan a Hayate y los dos ninja de la arena, allí se forma una batalla en la que logran sellar a dos ninjas quedando solo Hayate quien escapa, Yugao no puede atacarlo pues ambos juraron protegerse en el pasado, y como ella entreno para ser un ANBU, Hayate es obligado a atacarla, al ver que Yugao es incapaz de atacar a Hayate, Sakura se marcha sola para detenerlo, entonces Yugao se arma de valor para tomar su espada y detenerlo. Cuando nuevamente se encuentran ambos utilizan el estilo de la hoja en la que Hayate falla a propósito para que sea sellado al final se despide de Yugao y así recuperan el pergamino.

Naruto se encuentra con Tatewaki un ex-samurai del país del hierro el cual ha sido revivido y lucha contra los shinobis, al ver a Naruto le pregunta como le ha estado desde aquella misión, entonces se remontan tres años atrás cuando Tsunade les asigna una misión de rango A, en la que Shikamaru, Choji, Ino y Naruto deberán secuestrar al heredero de un pequeño país, pero no son los únicos pues los Akatsuki: Deidara y Sasori también tendrán una misión en la harán una guerra. Choji entra en un concurso de comida en el que tendrá que quedar en segundo lugar, Tatewaki entonces vivo entrena al heredero. Más tarde Ino usa su jutsu de transferencia de mente para controlar al heredero y Naruto usa el jutsu de transformación para sustituirlo.

Shikamaru y los otros escoltan al heredero del país de KA, Mientras que Naruto sigue sustituyéndolo en el castillo, el heredero conoce el pequeño país pues no le permitían salir del castillo. Chōji sigue comiendo con sus dos competidores en todas los puestos de comida que encuentran, en el castillo Tatewaki entrena con el supuesto heredero el cual descubre que es Naruto entonces se da la alarma del intruso y una persecución por encontrarlo. En ese momento Deidara y Sasori van a atacar el pequeño país bombardeándolo, Tatewaki y Naruto hablan por un momento el que se ponen de acuerdo a sacar al heredero del país, Tatewaki se enfrenta contra las marionetas de Sasori quien las destruye, pero el miembro de Akatsuki usa tubos los cuales tenían agujas con veneno acabándolo. De vuelta en la guerra Naruto cuenta que lograron la misión con éxito, así Tatewaki queda en paz consigo mismo y se desvanece.

Este es un capítulo especial, previo a la sexta película de la segunda parte de la serie Naruto Shippuden 6: El camino ninja en el que se cuenta como los once de Konoha se disfrutan su último día de vacaciones en la que tomaran un baño para relajarse ideado por Lee pero este caerá en el baño de mujeres, Mientras que Tobi lee el corazón de Naruto y se prepara para utilizar el Gentei Tsukuyomi con los otros miembros de Akatsuki. (En la que se desarrollara la trama de la película). Nota: Este capítulo no tiene que que ver con la historia principal como tal, pero si es adaptada de un capítulo manga creado por Masashi Kishimoto

Guy pelea contra el Maestro Chen el cual solo pelea con Taijutsu lo que lo hace muy poderoso, Lee va en su ayuda y al ver a Chen este recuerda como años atrás le pidió que le enseñara el Konoha Ryuujin una técnica muy poderosa, pero este se niega y le dice que renuncie a ser shinobi, Lee sigue persistente por varios días hasta que es golpeado con esta técnica y cae inconsciente. De vuelta en la guerra el maestro Chen nuevamente utiliza el Konoha Ryuujin pero Lee sabe que los ojos del dragón es el mismo remolino por lo que utiliza el Loto Primario acabando con la técnica de Chen que queda impresionado y felicita a Lee por no rendirse.

Shikamaru, Choji e Ino se encuentran con Yota un niño que según sus sentimientos hace que cambie el clima, pero también Sakura y Kiba se encuentran con el, siendo tres Yotas en total cada una con diferentes tipos de clima: lluvia nieve y relámpago. Entonces cada uno recuerda años atrás como fue que conocieron a este niño especial, pero de vuelta en la guerra saben que deben detenerlo y sellarlo pues es manipulado por el Edo Tensei.

Los recuerdos continúan entre los ninjas de Konoha de como cuidaron de Yota, los cambios de clima repentinos que habían según sus emociones, pero en la guerra están teniendo problemas pues no saben que hacer, Ino por medio de su padre habla con Sakura y le comenta la situación. En otro lugar Naruto se encuentra con un cuarto Yota pero este silba y crea remolinos de viento, Naruto recuerda entonces como lo conoció y le enseño a silbar y como jugaban todos juntos, hasta que los cazadores ANBU encuentran al pequeño y se lo llevan para interrogarlo.

Naruto le dice a sus compañeros que los Yotas que enfrentan en realidad son Zetsus blancos no siendo entonces un revivido por el Edo Tensei, armándose de valor los ninjas de Konoha acaban con sus contrincantes. Por su parte Naruto recuerda como rescataron a Yota en el pasado y trataron de llevarlo a un lugar seguro, de vuelta en el presente Yota explica quien es en realidad, un niño revivido por Orochimaru el cual murió por usar tanto sus habilidades, en la guerra el verdadero Yota esta feliz de volver a ver a sus amigos y le pide que lo no olviden y su alma es liberada.

Kabuto decide ir a recuperar a los mejores shinobis los cuales ya fueron sellados tales como el tercer Raikage y Toroi usuario del Jiton, por lo que envía peones los cuales recuperen los cuerpos. Pero la alianza al enfrentarse a ellos descubren que son débiles y no son gran amenaza, Kabuto recuerda como Orochimaru le platico acerca del Kuchiyose Edo Tensei no jutsu y la finalidad de tal jutsu, hasta tal punto que Kabuto quiso ser mejor que Orochimaru y empieza a revivir a shinobis poderosos pero a su vez cometiendo graves errores. La alianza sella a todos los peones revividos quedando solo Torune miembro de raíz de Konoha.

Shino se entera por medio del cuartel de la alianza que Torune anda suelto, por lo que sale en su búsqueda, cuando lo encuentra, Torune acaba de realizar el Kodoku no jutsu en el cual utiliza insectos venenosos que luego explotan y acaban con cualquiera que huela el mortal gas. Shino recuerda como Torune le inculcaba el hacer amigos para las futuras misiones, y como Danzo se lleva al pequeño para Raíz donde Torune acepta y conoce a Fu con el cual se hacen amigos y se hace un experto en jutsus prohibidos, de vuelta en la guerra Torune pregunta por su amigo sin saber nada de él, al ver que los insectos de Shino no hacen efecto este decide hacer un combate cuerpo a cuerpo donde Torune tiene la ventaja pero llega un clon de Naruto el cual ayuda en la batalla, Shino logra sellar a Torune gracias a unos insectos especiales los cuales no mueren por el veneno.

Killer Bee se encuentra con Motoi, mientras que algunos Zetsus blancos blancos se preparan para atacarlo pero son derrotados, Kabuto invoca entonces a Fukai el antiguo Jinchūriki del Hachibi, este al ver a Bee recuerda como hace treinta años, el sentía como su corazón estaba vació, pero para sorpresa de Bee, Fukai puede usar el chakra del Hachibi y se transforma en el la segunda etapa del Bijū gracias a que Kabuto tenía células del Hachibi, por lo que Killer Bee decide hacer lo mismo, Fukai les explica entonces que el pasado Orochimaru el cual se infiltró en Kumogakure fue quien libero al Bijū en aquella ocasión, así de vuelta en la guerra, Bee intenta escapar de él y planear a como sellarlo con ayuda de Motoi, Bee y Fukai chocan puños en donde este le dice que el logro llenar el vació de su corazón gracias a que encontró amigos y al vació de Fukai, así al oír esto el alma de Fukai es liberada y Killer Bee prosigue su camino.

Chiyo se enfrenta con los samurais del País del Hierro y a Mifune, Chiyo utiliza sus hilos para controlar a los samurais, llega entonces Kankuro y saca a la marioneta Sasori, Chiyo al verlo recuerda hace mucho tiempo en Sunakagure, como el pequeño al no tener padres empezó con su obsecion de crear marionetas las cuales les dieran amor, pero además de crear otras para el que le pidiera, pero Chiyo observa que Sasori está tramando algo desde que muere su único amigo. Así nace su interés de que el alma de la gente exista dentro de una marioneta. Pero devuelta en la guerra Kankuro le revela a Chiyo las dos marionetas que son padres de Sasori en las cuales yace el alma del mismo por lo que Chiyo al final queda feliz porque Sasori tuvo una familia.

Omoi se entera de que unos niños de Kumogakure están en problemas por los Zetsus blancos así que parte en busca de ellos, mientras que en el cuartel se enteran de lo que está pasando y le ordenan no apartarse de su división. Omoi entonces se topa con muchos Zetsus blancos a los cuales hará batalla con ayuda de un clon de Naruto, pero Omoi por accidente lo corta con su espada quedando solo, los Zetsus blancos entonces exhalan un gas rojo venenoso cubriendo todo el lugar, pero Omoi ingeniosamente logra salir adelante y encontrar a los niños y con ayuda de estos realizan ataques combinados con los cuales pueden derrotar a todos los Zetsus blancos.

Mientras que los clones de Zetsu Blanco están causando problemas, los Shinobi de la Gran Alianza luchan para ganar tiempos o como la Primera División buscan métodos para que nadie se mueva y así conseguir tiempo para que Naruto llegue a los distintos campos de batalla. Por otra parte, la División de Protección Daimyō sigue haciendo frente al Zetsu Negro el cual sigue creando extensiones de madera para protegerse. Al final los clones de sombra de Naruto van llegando a todos los campos de batalla, y poco a poco la Alianza retoma el control del campo de batalla. Mientras tanto en la sede de la alianza, la División Sensor se encarga de reportar el estado de Madara el cual se dirige al campo de batalla junto con los Jinchūriki resucitados. Mientras, Mū consigue finalmente completar la invocación de la "Carta del Triunfo" de Kabuto Yakushi, al ser invocado el ataúd de él sale un misterioso hombre que creía haber sido revivido por Nagato mediante el Camino Externo: Jutsu de la Reencarnación de Samsara al ver que no era así se sorprendió. Un ninja sensor de la Cuarta División detecta que el enemigo se acerca, al mirar hacia arriba Ōnoki se da cuenta de que Mū debió de poder usar su Jutsu: Fisión para separarse en dos mitades distintas, después ven acercarse a otro enemigo el cual resulta ser el verdadero Madara Uchiha el cual ha sido revivido por la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro. Los ninjas de la alianza sorprendidos, se preguntan quién es el hombre enmascarado realmente.

Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

Naruto utiliza sus clones y el Grupo de Grandes Esferas Girando en Espiral contra el ataque de Madara el cual logra controlar, pero Naruto queda sin chakra y teme desaparecer. Ōnoki le habla a Madara acerca de las guerras anteriores y del dolor y sufrimiento que han causado, pero afirmando que se dirigen a la paz verdadera ya que las naciones han madurado lentamente por lo que Madara responde que la paz se lograra bajo el Tsukuyomi Infinito. En el cuartel de la alianza Tsunade pide a Mabui preparar el Jutsu: Transferencia Celestial asumiendo los riesgos que pueda tener, el Raikage también pide ser llevado a la batalla. Shikaku le informa a la Mizukage que se reunirá con los demás Kages con el Jutsu del Dios Trueno Volador del Cuarto Hokage, así los cinco se reúnen con Gaara y Ōnoki, donde el Raikage y la Mizukage atacan juntos a Madara quien se ve obligado a usar su Susanoo, mientras que Tsunade cura al Tsuchikage, pero Madara contraataca sin éxito pues los Kages usan jutsus en cooperación para defenderse y atacar. El Raikage y Ōnoki logran golpear a Mū y destrozar el Susanoo de Madara, así Naruto pide ser incluido en la batalla pero los Kages le encargan el Segundo Madara pues ellos derrotaran al verdadero y le transmiten sus ultimas palabras: ¡Gana!. Mientras que el verdadero Naruto y Killer Bee finalmente se encuentran con Tobi y los demás Jinchūrikis.

Naruto choca su cabeza contra la de Tobi sin hacerle ningún daño, inmediatamente los Jinchūrikis entran en acción empezando con Rōshi y Yagura quienes usan el Elemento Lava: Corriente de Rocas Ardientes y el Elemento Agua: Jutsu del Espejo de Agua contra Killer B y Naruto los cuales tienen que alejarse, pero de repente observan unas burbujas que empiezan a caer y una de estas toca a Naruto en su hombro a lo que se percata de que se trata de Utakata, por lo que entablan una conversación en sus subconcientes y este le confiesa que el fue emboscado por Pain y los demás caminos en el bosque en rumbo a Kirigakure. Allí Utakata libera el poder de su Bijū por lo que Pain y sus caminos trabajan en conjunto y logran vencerlo, pero además agrega que él encontró un nuevo rumbo poco antes de su batalla junto con Hotaru su discípula. Naruto al escuchar lo sucedido comenta que las personas que controlan a Akatsuki también quieren dominar el mundo, Utakata le da las gracias a Naruto por haberlo escuchado.Regresando a la pelea Utakata usa su jutsu Elemento Agua: Jutsu de Burbujas y las hace explotar luego Fu usa su Jutsu Secreto: Ocultación en el Polvo de Escamas para cegar temporalmente a Naruto y B para que Yugito y Han hagan sus movimientos pero termina sin éxito. Naruto exige a Tobi por qué se hizo llamar a sí mismo Madara Uchiha a lo que este responde que el no es nadie, así Naruto responde que le arrancará la máscara, a lo que Tobi dice que deberán trabajar muy duro para averiguarlo, de repente los Jinchūrikis empiezan a materializar una cola de sus antiguas Bestias con Cola.

Naruto y Killer Bee pelean contra los Jinchūrikis los cuales usan el poder de sus Bijūs después de haber sido resucitados, Killer Bee se lanza contra la jinchūriki del Nanabi pero esta esquiva las espadas como si nada a lo que Naruto se percata de que están usando el mismo jutsu de Pain, gracias al Rinnegan sus ojos están conectados lo que será imposible hacerles daño, y tras una observación a Yugito descubren que poseen una barra en el pecho, por lo que Naruto y Killer Bee deberán atraparlos uno a uno y lograr quitarles las barras y así no seguirán siendo controlados, sin más Naruto se lanza contra Roshi y con un Rasengan casi logra quitarle la barra pero Han jinchūriki del Gōbi golpea a Naruto. El Hachibi pide a Killer Bee transformarse en el mismo y destruir todo el bosque, logrando el acto el panorama cambia a un gigantesco cráter en donde los Jinchūrikis quedan golpeados así Killer Bee usa el Fūn no jutsu: Octopus Hold, que son clones de tinta que lograrán sellarlos, pero Tobi libera la segunda fase de los Jinchūrikis haciéndolos más poderosos. Así todos se lanzan contra el Hachibi y Naruto donde el Gōbi se transforma y golpea a Killer Bee, Naruto es acorralado por Tobi cuando parece que este lo a vencido, en el último segundo aparecen Kakashi y Guy los cuales se unen a la batalla a lo que Tobi alega que no harán la diferencia.

Los ojos de Sasuke finalmente están listos revelando así el Mangekyō Sharingan Eterno, éste se dispone a ponerse al tanto de la guerra. Jūgo y Suigetsu marchan hacia la guarida de Orochimaru. Por otra parte Naruto y Killer Bee siguen su pelea contra los Jinchūrikis, el Hachibi herido intenta atrapar a Tobi, Kakashi y Guy deducen que no están usando los jutsus de Pain más bien están siendo controlados contra voluntad pero a la vez Tobi no los controla del todo. El Yonbi ahora transformado junto con el Rokubi se lanzan contra el Hachibi. Naruto es lanzado hacia la boca del Yonbi donde este lucha por no ser devorado, el Rokubi ataca a Kakashi y Guy con gas corrosivo donde logran escapar. El Kyūbi habla que los Bijū son solo mascotas y son usados solo por su chakra pero el Hachibi alega que no es verdad ya que se puede formar una amistad estrecha con los humanos. El Yonbi logra tragarse a Naruto, pasado esto entran en una conversación en donde el Bijū revela que su verdadero nombre es Son Goku y el de Kyūbi es Kurama, Naruto responde que el no quiere ver que los Bijū sufran y que el mundo sea dominado. Por lo que Son Goku le dirá a Naruto como puede ser detenido si lo libera.

Son Goku le dirá a Naruto como puede ser detenido, pero aun así este no confía en los Jinchūrikis, Kurama por otra parte recuerda como fue sellado por los diferentes miembros del Clan Uzumaki, y como intento por medio de la ira y el dolor de Naruto que el sello se fuera debilitando y finalmente se liberará, este recuerda esos momentos en que Naruto liberó su poder como en el país de las olas, la pelea con Gaara, la huida con Sasuke, la muerte de Gaara y la invasión de Pain. Hasta que Naruto lo venció y le arrebató el chakra preguntándose quién es Naruto realmente pues ha llegado muy lejos.

Kurama sigue recordando como Naruto nunca se dio por vencido en sus múltiples batallas como contra Pain y la conversación con Nagato, Naruto el cual esta inconsciente despierta y trata de salir de la boca de Son Goku, mientras que el Hachibi ayuda en su escape, Naruto usa sus clones lo que hace que Son Goku lo vomite una vez fuera Naruto observa que la barra con la que Tobi los controla se aloja en el cuello, así se lanza con intención de liberar al Bijū. Sakura y Shizune dejan el centro médico y se marchan al campo de batalla. Naruto una vez que encuentra dicha barra intenta sacarla con todas sus fuerzas pero Tobi alega que las cadenas son más fuertes que las del Gedo Mazo y además ata y absorbe las energías de Naruto, mientras que un clon aún dentro del Bijū, usa el Modo Ermitaño y dentro del esófago de la bestia localiza la barra y la golpea desde adentro sacándola. Así Son Goku es liberado.

Una vez que Naruto logra liberar a Son Goku este no que del todo libre, pues Tobi invoca al Gedo Mazo el cual aun posee el chakra de este, pero antes de ser absorbido choca puños con Naruto el cual dándole algo de poder, así Son es tragado por la estatua. Los demás Jinchūrikis se transforman en sus Bijūs y realizan cada uno una Bijūdama. Mientras que Kurama y Naruto entran en conversación donde estos chocan puños y es liberado del sello, inmediatamente Naruto logra una nueva fase: el Modo Bijū y aún más transformarse en el mismo, donde repele el ataque de los otros Bijūs y su objetivo es quitarles las barras, pero los Bijūs ahora realizan una Bijūdama en conjunto de mucho más grande. Naruto la contrarresta con una igual las cuales explotan en el aire. Una vez que Naruto los acorrala de repente entra en un espacio donde están los bijūs con sus Jinchūrikis y entran en una conversación donde cada uno le dan las gracias por lo que ha hecho y recuerdan las palabras del Rikudō Sennin, pero además le revelan sus verdaderos nombres que son Shukaku, Matatabi, Isobu, Son Goku, Kokuō, Saiken, Chōmei, Gyūki y Kurama , así los bijūs chocan puños con Naruto y finalmente logra extraerle las barras a todos, justo después el Gedo Mazo los traga a todos.

Las divisiones que ya han derrotado a los Zetsus blancos, ahora se dirigen a apoyar al campo de batalla principal, mientras que los rumores de que el verdadero Madara apareció y se está enfrentando a los cinco Kages empiezan a ser oídos por los shinobis. Tobi empieza a sentir una extraña sensación la cual no proviene de Naruto, y en ese instante empieza a llover. En el cuartel de la alianza al ver la situación del campo de batalla principal, Shikaku y el padre de Ino le dicen a la alianza que deben unir sus sentimientos como una promesa de victoria, por lo que los once de Konoha analizan cada uno lo mucho que Naruto ha crecido y madurado a lo largo de de los últimos años, mientras que por otra parte Sasuke se prepara para su primera batalla en la guerra.

Jūgo y Suigetsu se dirigen a la guarida favorita de Orochimaru con la esperanza de encontrar allí a Sasuke, mientras que Karin la cual esta prisionera planea su escape, Jūgo pregunta a Suigetsu porque se unió a Sasuke donde conformaron Hebi y Taka, a lo que este recuerda como fue liberado y reclutado junto con lo otros con el objetivo de asesinar a Itachi, después de eso capturar al Hachibi y más adelante la lucha contra el Raikage en la cumbre. A lo que Suigetsu termina de hablar Jūgo libera su instinto asesino donde éste lanza un ataque el cual revela un cuarto secreto de Orochimaru donde Suigetsu descubre un pergamino el cual ayudaría a controlar la guerra, una vez se hacen con el pergamino salen de la guarida y prosiguen su búsqueda hacia Sasuke. Mientras que un grupo de Zetsus Blancos alcanzan a Sasuke donde este libera el Susanō y los acaba en un instante e inmediatamente interroga a un Zetsu donde le habla la razón de la guerra, a lo que Sasuke queda maravillado por sus nuevos ojos dándole gracias a Itachi y además recuerda su último encuentro con Naruto y su objetivo de destruir Konoha.

Los cinco Kages continúan su lucha contra Madara donde este usa el Mokuton: Kajukai Kourin de repente unas flores se abren y esparcen polen el cual Tsunade advierte que no deben aspirarlo, pero Madara usa el Susanō donde los golpea y caen inconscientes, Ōnoki se remonta a su juventud donde el primer Tsuchikage le habla acerca de su gran voluntad la cual cambiaría al mundo y debería cuidarla para no perderle, y su encuentro con Madara en el pasado. Cuando éste despierta lleno de energía usa el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu donde revela que en el pecho de Madara esta el rostro de Hashirama a lo que deducen que esa es la razón por la que puede usar el Mokuton. En otro lugar Sasuke finalmente se encuentra con su hermano Itachi donde este sigue de largo pero Sasuke lo sigue donde le habla acerca que ya sabe todo acerca de él y su objetivo es destruir Konoha, a lo que Itachi deduce que su hermano no está siguiendo su voluntad y siguió otro camino, mientras que Madara le dice a Tsunade que será la primera en morir por ser descendiente de Hashirama de la cual está decepcionado pues no se compara con él, a lo que Tsunade le dice que no subestime la voluntad del fuego.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara, pues ella ha heredado el poder de Hashirama, a lo que el Uchiha responde que no lograran ganarle, mientras que Choza y dan mantienen una charla donde alega que no lograrán ganarle pues el único capaz de hacerlo fue el primer Hokage. Tsunade los golpea y Gaara utiliza el sello que uso contra el segundo Mizukage, pero este resultó ser un clon, y Tsunade es atravesada por el Susanō. Por otra parte Itachi finalmente llega a la guarida de Kabuto donde piensa detener el Edo Tensei a lo que este alega que el jutsu no tiene puntos débiles y no puede matarlo pues Kabuto es el único capaz de detener la técnica, seguidamente Sasuke hace su entrada y le pregunta a Kabuto que es lo que está pasando, a lo que este responde la razón por la que la guerra se inició, capturar al Kyubi y al Hachibi y completar el Tsukuyomi infinito. Mientras que la batalla de los Kages continúa y Tsunade logra salvarse del Susanō pero Madara crea cinco clones de madera por cada Kage, la charla entre Itachi, Kabuto y Sasuke continúa donde Itachi detendrá el Edo Tensei pues el riego del jutsu es el mismo Itachi a lo que Sasuke se le une formando un nuevo equipo pero Kabuto libera sus serpientes preparándose para luchar.

Kabuto libera sus serpientes las cuales sienten a las personas a través del calor, Itachi y Sasuke liberan el Susanō para atacar y defenderse, pero Kabuto alega que él tiene la ventaja pues el terreno está a su favor además posee las cualidades de Suigetsu, Jūgo y Karin, pero además que él es mejor que el mismo Orochimaru pues él ha dominado el modo sabio de las serpientes al entrenar en el monte Ryūchidō. Sasuke lanza una de sus flechas la cual falla ya que Kabuto utiliza la percepción energía de la naturaleza que es la habilidad de Jūgo el cual finalmente se revela alegando ser un sabio perfecto. Mientras que los clones de Madara utilizan el Susanō a lo que el Tsuchikage responde que deberán trabajar en equipo para derrotarlos, por otra parte Kabuto utiliza el Senpō: Hakugeki no jutsu donde una poderosa vibración sacude el aire provocando ceguera y un sonido insoportable pero Itachi salva a Sasuke, Kabuto trata de separar a los hermanos alegando que apenas se conocían pero Itachi entonces recuerda una misión hace bastante tiempo donde Sasuke se le une en la caza de un jabalí en donde trabajan en equipo y lo logran vencer, así con esa misma estrategia logran cortarle un cuerno a Kabuto, donde la batalla aún no termina.

Kabuto al ver que los hermanos se llevan bien incita a Sasuke a que asesine a Itachi pues el masacro a todo el clan Uchiha, a lo que este recuerda la batalla que tuvo con el y la conversación con Tobi acerca de la verdad del clan y su odio por destruir Konoha ya que la misma aldea no reconoció el sacrifico de Itachi, así Kabuto invita a Sasuke a que se le una a el pues según el él tiene el control de la guerra y también recibió deshonra por parte de la aldea, pero Itachi alega que no le haga caso pues ya tiene lista la técnica con la que detendrá a Kabuto: Izanami el cual permite cambiar el destino, y que forma pareja con el Izanagi, pero Kabuto alega que no importa que técnica usen no lo vencerán. Kabuto usa el Senpō: Mukitensei donde le da vida a las rocas puntiagudas e hiere a Itachi pero Sasuke usa Amaterasu para protegerse, Itachi alega que Kabuto se parece a él y por eso el fracasará entonces Kabuto responde que ellos no saben nada de él y empieza a recordar acerca de su pasado cuando lo llevan a un orfanato por una ninja médico. Donde ésta le regala sus gafas ya que el no podía ver.

El pasado de Kabuto es revelado pasado algún tiempo desde que llegó al orfanato este se convierte en un ninja medico donde gana dinero para ayudar con el orfanato y es allí donde conoce a Orochimaru, poco después Danzō se reúne con Nono donde le piden reunir información especial de la Aldea Oculta de la Roca, ésta se niega pero tras una acalorada charla acepta pero Danzō además quiere llevarse a uno de los niños donde Kabuto se ofrece para mejorar su ninjutsu médico y se marcha. Este se infiltra en las otras grandes naciones; es el país de la roca donde este tiene un combate con un shinobi que tras herir gravemente se da de cuanta que es Nono pero esta no lo reconoce y los esfuerzos por salvarla son inútiles a lo que Kabuto confundido se pregunta que fue todo lo que ella le dio. Orochimaru se le aparece y le ofrece contarle todo lo que el quiera saber acerca de Nono, ya en el laboratorio este le explica que ambos sabían demasiado y eran muy buenos espías y el objetivo de Danzō es que ambos terminaran acabándose, para ello le "lavan el cerebro" a Nono con impostores de Kabuto durante los últimos años, a lo que este en un ataque de furia lo ataca, pero Orochimaru le dice que para llenar algo que no lo satisface solo debe buscar algo que lo reemplace una cosa tras otra, y le pide unirse a él y formar la aldea del sonido.

La batalla entre Kabuto y los hermanos Uchiha continua, el Izamani aún no está listo, de repente los cuatro del sonido empiezan a aparecer uno a uno en la serpiente que usa Kabuto, este revela que tiene células de ellos y más sorprendentemente aun del mismo Orochimaru poco después de que Sasuke lo asesinara, después de caer en un genjutsu de Tayuya este se lanza contra los hermanos pero logran escapar cooperando juntos y tras usar Susanō logran atrapar la cabeza de Orochimaru, pero Kabuto sale de la cabeza de este y corta en dos a Itachi inmediatamente Sasuke usa Katon Goukakyū no jutsu pero Kabuto lo contrarresta. Una vez que Itachi se recupera mira fijamente a Kabuto y su ojo izquierdo se torna de color blanco indicando que activo el Izamami y nuevamente le corta un cuerno y tras repetirse lo mismo una y otra vez el atravesar a Itachi y ser cuervos y cortarle el mismo cuerno, Itachi responde que el destino de Kabuto esta en sus manos ya que lo posee en un bucle infinito donde se repetirá lo mismo una y otra vez. De repente Kabuto queda inmóvil mostrando que Itachi ha ganado con el jutsu que decide el destino.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei, Sasuke pregunta como hizo tal cosa a lo que la respuesta es que el Izanami utiliza los sentimientos del usuario y el oponente, pero aun así el usar tal técnica significa perder la perdida del Sharingan, Itachi confirma que hay una manera de escapar del Izanami, pero antes le revela las luchas del clan Uchiha a Sasuke y el surgiminiento de dicha técnica prohibida para contrarrestar el Izanagi el cual era usado para cambiar los resultados a los que el usuario le beneficiara mas, pero esto genero conflictos internos entre quien debería ser el líder del clan y los que deberían usar el Izanagi por lo que hubo masacres y es allí donde surge el Izanami donde para poder escapar del bucle el oponente deberá asumir su futuro según sus acciones (es decir aceptar su realidad), a lo que Sasuke aprende que esas luchas son una reflexión a aceptar el destino. Itachi le comenta a Sasuke que Kabuto se parece a él y teme fallar en sus metas por eso lanzo el Izanami a propósito, y la lucha de este con Kabuto en el bucle continua. Itachi finalmente detendrá el Edo tensei donde le abre los ojos a Kabuto para saber los sellos usando el Tsukuyomi a lo que Sasuke sabe que el también desaparecerá pero Itachi sabe que podrá acercar el fin de la guerra. La segunda noche ha caído.

Los cinco Kages continúan su lucha contra los clones de Madara los cuales son muy poderosos, el Raikage recibe el Gengutsu de este pero es salvado por Ōnoki el cual con sus últimas fuerzas utiliza el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu el cual acaba de una vez por todas con los clones y logran capturar a Madara en conjunto para sellarlo, el cual les da crédito por llevar el título de kages, sin embargo Madara escapa gracias a que libera a Susanō perfecto el cual tiene un aspecto de un samurai gigantesco. Los kages atónitos presencian el poder de este cuando corta una montaña entera, a lo que se preguntan como Hashirama pudo vencerlo en aquella batalla. Por otra parte Kabuto le revela los sellos para detener el Edo Tensei e Itachi le ordena hacerlos mientras que Sasuke le habla acerca de su odio a Konoha, su deseo por destruirla, una vez que se completan la liberación del Edo Tensei todos los shinobis revividos destellan en una aurora blanca incluidos los Jinchūrikis. Cuando Madara intenta darles el golpe final a los kages con Susanō este se desvanece por completo, a lo de deduce que algo pasa con la técnica, Itachi le revela la verdad a Sasuke acerca de la masacre del clan donde este decide asesinar a su gente por la protección de Sasuke y jura el cuidado por petición de sus padres y antes de desaparecer lo abraza diciendo que lo amara pos siempre.

Una Vez que el Edo Tensei es liberado los shinobis revividos empiezan a desaparecer sus almas empiezan a ser liberadas tales como Mū, Deidara, Kimimaro, Chiyō, Pakura y también los Jinchūrikis incluidos. Dan el cual está atrapado en la barrera utiliza el Raika no jutsu para despedirse de Tsunade antes de desaparecer mientras que recuerda el sueño de ser Hokage hace muchos años, el cuartel general es informado de lo que está pasando a lo que se preguntan quien detuvo el Edo Tensei, mientras que en la guarida de Kabuto, Itachi se despide de su hermano. Madara por otro lado también sufre la liberación de la técnica pero este lanza un último ataque donde Tsunade se interpone, allí el Byakugū no jutsu de esta desaparecere, el alma de Madara casi es liberada pero se aferra al cuerpo, Dan en el último segundo la salva donde le da las gracias por hacer realidad su sueño, se despide de ella y le proporciona chakra, Madara habla del riesgo del Edo Tensei y tras hacer una posición de manos se libera por su cuenta, donde alega que ahora es inmortal y posee un Chakra infinito. Naruto, Kakashi, Killer Bee y Gui continúan luchando contra Tobi y el Gedo Mazo donde al ver la situación Tobi invoca el Benihisago y el Kohaku no Jōhei que poseen el Chakra del Kyūbi donde la estatua se las traga y sus nueve ojos se abren liberando un gran poder.

El equipo Taka se reúne nuevamente donde Suigetsu le entrega el pergamino a Sasuke, y Jūgo carga a Anko, al leer el pergamino Sasuke decide resucitar al "Hombre que los sabe todo" por lo que toman un pedazo del cuerpo de Kabuto y lo fusionan con el sello maldito de Anko donde Sasuke realiza el Kaija Houin donde una serpiente aparece y de la boca sale Orochimaru el cual está al tanto de la guerra ya que su conciencia estaba en el sello pero no tiene la intención de participar en esta. Tras una charla donde Sasuke quiere saber que es la aldea, el clan y las demás cosas, después que Orochimaru recupera su poder al absorber el de Kabuto deciden partir al lugar que Sasuke conoce. En otra parte el Gedo Mazō sigue alborotándose después de abrir sus nueve ojos, Tobi alega que el Jūbi esta por renacer donde Kakashi deduce que el Mazō es el recipiente de este. Kurama cambia con Naruto y explica lo sucedido las armas del Rikudō Sennin, los hermanos Ginkaku y Kinkaku y el porque tenían su chakra, Naruto sin saber nada conoce acerca de el Jūbi el cual es la creación y destrucción de todo, Tobi replica que su objetivo es cumplir el Tsukuyomi Infinito cueste lo que cueste por lo que la resurrección no debe ser perfecta, donde Naruto y los demás hablan de sus sueños los cuales pueden cumplirse sin más este se lanza al ataque.

La pelea entre Tobi contra Naruto, Kakashi Guy y Killer Bee continua, los shinobis de Konoha trabajan en equipo pero no logran hacerle daño a Tobi, y cuidándose las espaldas este tampoco los afecta, tras una deducción de Kakashi al intentar desaparecer al Gedo Mazo con el Kamui y fracasar y más adelante al lanzar un Kunai justo en el momento que Tobi usa su ninjutsu la mascara de este sufre una grieta. El Gyūki intenta golpear al Mazō pero Tobi usa el Uchiha Kaenjin. Mientras que Kakashi planea como golpearlo donde todos toman parte y Kakashi envía a otra dimensión el Rasengan de Naruto en el mismo momento que Tobi usa su ninjutsu en esta ocasión el Rasengan golpea en el hombro derecho de Tobi. Kakashi finalmente ha deducido que el ninjutsu de Tobi es el mismo que usa tanto para absorber las cosas y desmaterializarse y no dos como antes creían así, Kakashi se pregunta como obtuvo el Sharingan donde Tobi responde que fue en la última gran guerra ninja en la batalla del puente Kanabi donde Kakashi queda pasmado pensando en quien podría ser Tobi. Kurama se hace parte donde alega que Naruto no fracasará en sus sueños y entra en el modo Bijū.

Naruto en su modo Bijū ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bijūs, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bijūdama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo. De vuelta en la guerra Kakashi y Guy atónitos de lo que ven se preguntan como es que este sigue vivo. Mientras que Obito explica que su odio contra Kakashi es por la muerte de Rin y que pronto el mundo estará bajo el dominio del Tsukuyomi, sin más este lanza el Rakufū Rambu pero es repelado por las colas de Kurama, en ese momento Madara llega a la batalla donde la situación se complica aún más.

Madara que ha llegado a la batalla se prepara para capturar al Gyūki y Kurama, mientras que los Kages están gravemente heridos, Tsunade la única con pocas fuerzas invoca a Katsuyu para ayudar a los demás, Naruto libera a Gyūki de las estacas y su clon se lanza contra Madara lanzándole una Bijūdama pero Madara la absorbe con su abanico y usando el Uchihagaeshi le regresa el potente ataque. Kakashi le pregunta a Obito que es lo que le ha pasado, donde este empieza a recordar los momentos de cuando conoció a Madara y le salvo la vida, Obito aun débil decide volver a la aldea junto con los demás pero Madara alega que debe devolverle el favor pero Obito insiste en marcharse aun muy débil por perder medio cuerpo. Madara le explica que el quiere crear un mundo donde exista la verdadera paz, pero Obito no presta atención ya que su meta es volver a reunirse con Kakashi y Rin.

Obito se sigue recuperando en el escondite de Madara, allí se acostumbra poco a poco a el brazo implantado a partir del árbol de Hashirama por Zetsu y Zetsu remolino , además forja una amistad con ambos, pasado algún tiempo Obito recupera la mayoría de sus habilidades y su cabello crece, a este no le interesa el plan de Madara sobre el Tsukuyomi infinito. En algún momento Zetsu blanco le avisa que Kakashi y Rin están en gran peligro al enfrentarse a shinobis de Kirikagure, enseguida Obito intenta salir golpeando la roca pero no puede, Zetsu remolino lo envuelve y con ayuda de clones salen en la ayuda de Kakashi y Rin. Durante el camino Obito experimenta visiones de Rin y observa explosiones, cuando llega a la batalla conmocionado descubre que Kakashi con su Chidori asesina a Rin, ante esto Obito despierta su Kamui y también Kakashi pero este cae inconsciente y en un ataque de furia acaba con todos los shinobis de la neblina, una vez que termina todo se torna de sangre con lo que Obito alega que se encuentra en el infierno.

Una vez que Obito logra acabar con los shinobis enemigos, se acerca al cuerpo de Rin sin vida donde tras llorar, recuerda las palabras de Madara acerca del mundo que desea crear donde todo el mundo vivirá en paz, de vuelta en el escondite, le pide a Madara que le explique el plan de sumir a todo el mundo, Madara entonces usa su Genjutsu y le explica que a través de los poderes Uchiha y Senju logro despertar el Rinnegan y así obtener la muda del Jūbi al que llamaría Gedō Mazō y con el inmenso Chakra de este lograría proyectar el genjutsu en la luna donde todo el mundo lo vería. Después de ello en Amekagure Zetsu le presenta a Nagato quien posee los ojos originales de Madara y el único que puede controlar al Mazō. Es allí donde Obito se hace pasar por Madara y le habla del mismo sueño de la paz mundial, donde Yahiko no cree en sus palabras, "Madara" alega que Nagato con el tiempo entendería, des pues de ello en una aldea unos shinobis de Hanzō intentan atacar pero Nagato, Yahiko y Konan la defienden sin asesinar a nadie, poco tiempo después los tres huérfanos ya poseen bastantes seguidores y deciden llamar a la organización Akatsuki.

En Konoha el joven Kakashi le pregunta a Jiraiya acerca de los tres huérfanos de la lluvia, ante esto el Sannin le habla acerca de cada uno cuando él fue su maestro hace tantos años, allí este recuerda cuando le hablo a Nagato a cerca de conseguir la paz mundial, mientras que en Amekagure la naciente Akatsuki sigue dando el mensaje de la paz sin la violencia, cuando se cruzan por una aldea devastada y confirmar que han sido shinobis de la Aldea de la Roca, Yahiko, Nagato y Konan deciden hablar con los responsables pero en el camino son atacados allí Nagato pierde el control y ante el temor de perder a sus amigos libera al Gedō Mazō el cual acaba con los shinobis enemigos y este cae inconsciente. Después de ello Danzō que observo la pelea decide llevarle los cuerpos caídos a Hanzō y hacerle creer que Akatsuki hará un golpe de estado y controlar toda la aldea.

La organización Akatsuki logra hacer un acuerdo con Hanzō para la paz en Amekagure, pero es una trampa para acabar con Yahiko el cual es el líder, los demás miembros de Akatsuki salen en su ayuda pero Obito y Zetsu aparecen y acaban con todos, tras reunirse Hanzō y Yahiko, este le pide a Nagato matar a su líder ya que Konan fue capturada, tras la muerte de su amigo, Nagato invoca al Gedō Mazō donde acaba con todos los subordinados de Hanzō, así después de ello la nueva Akatsuki nace donde Yahiko con el Rinnegan se convierte en el primer camino del dolor.

Después del final de la Tercera Gran Guerra Ninja, Leaf Village se divide sobre quién debería convertirse en el próximo Hokage.

Kakashi se convierte en parte de ANBU Black Ops, un equipo de élite de shinobi que están bajo el mando directo del Cuarto Hokage, Minato Namikaze.

En la Fundación, Kakashi conoce a un chico que usa Wood Style, un jutsu que solo el Primer Hokage Hashirama era capaz de usar. Kakashi va a la biblioteca del Tercer Hokage Hiruzen para buscar respuestas y descubre registros sobre las células de Hashirama.

Orochimaru se ve obligado a huir de la Hoja Oculta después de que el Tercer Hokage Hiruzen expone sus experimentos ilegales. Danzo, temiendo que la captura de Orochimaru lo lleve a exponer su propia participación en los experimentos, envía a uno de sus hombres a ayudar.Orochimaru se ve obligado a huir de la Hoja Oculta después de que el Tercer Hokage Hiruzen expone sus experimentos ilegales. Danzo, temiendo que la captura de Orochimaru lo lleve a exponer su propia participación en los experimentos, envía a uno de sus hombres a ayudar.

Mientras persigue a Orochimaru, Kakashi se adentra en una aldea habitada por el Clan Iburi, un grupo de personas con la habilidad única de convertirse en humo. Kakashi pronto es capturado y se entera de que todos los aldeanos sirven a Orochimaru.

Yukimi deja la aldea para ver el mundo exterior, llevándose a "Tenzo" con ella. Kakashi intenta convencer a los dos de que regresen para poder tender una trampa para capturar a Orochimaru, que está detrás de la sangre de Yukimi.

Danzo ordena a Tenzo que mate a Kakashi y se lleve su Sharingan. Reacio al principio, Tenzo decide cumplir sus órdenes después de enterarse de que Leaf Shinobi ha llegado a ser conocido como "Kakashi, el amigo asesino".

Después de ser salvado por el objetivo al que le ordenaron matar, Tenzo se da cuenta de que el hombre conocido como "Kakashi el amigo asesino" es alguien que valora las vidas de sus compañeros más que nadie.

En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del clan Uchiha, se trata de Itachi Uchiha el cual se convierte en el integrante más joven con solo once años. Por otra parte el tercer Hokage envía a Gui llevar un pergamino al país de los bosques y que el traiga uno por parte de ellos, pero aparte de eso envía a Kakashi e Itachi como escoltas secretos. Cuando Gui llega al punto de encuentro los shinobis del país de los bosques los traicionan con un pergamino bomba, del cual salen ilesos, allí Kakashi e Itachi intervienen, donde logran acabar con todos. Después de aquella misión, este le pregunta a Kakashi como obtuvo su Sharingan y si es miembro del Clan Uchiha, donde Kakashi afirma que no y el sharingan es un obsequio de un amigo. En una reunión secreta del clan Uchiha el padre de Itachi le pide contar que ha podido averiguar de los altos miembros de la aldea, pero Itachi observa la piedra con el grabado y se pregunta que significa.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danzō todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, después de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el Hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.

Kakashi ahora como supervisor Jonin, pone a prueba a dos equipos distintos con el objetivo de trabajar en equipo y lograr que le quiten los dos cascabeles, recordando como fue su experiencia con el Cuarto Hokage. Estos dos equipos reprueban y tienen que regresar a la academia, ya que siguen las reglas de un shinobi, y se olvidan del trabajo en equipo, pero Gui nota que Kakashi es el mismo de siempre, pero el tercero tiene un plan que hará cambiar a Kakashi pues le asignara tres gennin especiales.

Kakashi y el tercer Hokage conocen los hogares de Naruto, Sasuke y Sakura los cuales serán su próximo equipo, este recuerda el trabajo en equipo con sus compañeros Obito y Rin el cual es más importante que seguir las reglas. El equipo siete logra superar la prueba de los cascabeles ya que trabajaron conjuntamente al darle de comer a Naruto, siendo el primer equipo aprobado por Kakashi.

Madara ataca a Naruto el Hachibi y Gui logrando hacerles daño, mientras que Kakashi intenta saber porque Obito coopera con Madara, donde este recuerda cuando libero a Kurama en Konoha. Naruto libera todo su poder contra Madara pero es retenido ya que el Uchiha libera un dragón de madera que lo envuelve a él y al Hachibi, por otra parte Kakashi débil es golpeado y enviado a la dimensión por el Kamui de Obito donde apenas logra regresar, Naruto al ver la situación de su sensei logra hacer un clon y salvarlo mientras que Gui realiza el Horitura contra Madara que libero a Susanō y liberarse el y el Hachibi, el clon de Naruto logra darle Chakra a Kakashi y al ser enviado por el Kamui logra golpear a Obito varias veces y volver sin problemas, en ese momento la barrera que protege al Mazō empieza a agrietarse por lo que Naruto y el Hachibi crean una Bijūdama gigantesca que logra llevarse al mazō una gran distancia y explotar, pero cuando parece que lo logran, la figura del Jūbi aparece indicando que ha resucitado.

El Jubi que ha resucitado se muestra frente a Naruto y los demás, este posee un único ojo gigante parecido a un Sharingan pero con seis aspas, Kurama alega que esta criatura no posee sentimientos ni ideas, es decir es la tierra misma por lo que no se le puede sentir ni aun en el modo sabio, Madara y Obito se conectan con el Jūbi y se preparan para realizar el Mugen Tsukuyomi. El Hachibi y Kurama realizan el Renzoku Bijūdama pero no logran nada puesto que el Jūbi realiza una técnica parecida en la que dispara un rayo muy poderoso que logra quitarle parte de las colas a los dos Bijūs pero en ese momento Kakashi con ayuda del Kamui lleva al Hachibi en frente del Jūbi con la intención de explotar una Bijūdama en su ojo pero sin éxito ya que este la repele con facilidad, Kakashi, Gui y los dos Bijūs agotados por usar tanto chakra no pueden seguir más pero Naruto demuestra su determinación al intentar crear clones, el Jūbi nuevamente realiza su técnica donde destruye algunas montañas creando una poderosa explosión la cual paso cerca de Naruto, en ese momento los shinobis de los distintos escuadrones empiezan a reunirse, en el cuartel Shikaku da instrucciones para atacar al Jūbi conjuntamente donde logran retenerlo gracias a técnicas en combinación Naruto alega que es el jutsu de la alianza Shinobi.

El Jūbi que había sido retenido, alcanza su segunda etapa, donde su aspecto cambia radicalmente y logra liberarse fácilmente ya que sus colas tienen unas manos para atacar a toda la alianza, este realiza unas bijūdamas en forma de cono que tienen como objetivo destruir el cuartel (cerebro) de la alianza, tras unas intentos donde destruye pueblos enteros, el Jūbi logra su cometido donde la alianza queda conmocionada, pero Shikaku logra transmitir su último plan para acabar con el enemigo. Madara y Obito transfieren las células de Hashirama para poder controlarlo, Obito logra que el Jūbi realice el Mokuton Sashiki no Jutsu donde una lluvia de estacas de madera, acaba con algunos de los shinobis, Naruto lanza algunos Rasenshuriken pero queda expuesto al ataque del Jūbi donde Hinata se interpone por salvarlo, pero Neji en el último momento recibe el ataque salvándolos, Naruto y Hinata al verlo herido de gravedad expresan sus sentimientos donde Neji recuerda las palabras de Naruto que lo liberaron, fianlmente el Hyuga muere en los brazos de Naruto, Obito alega que le repita las palabras sobre proteger a sus compañeros. Hinata logra hacerlo entrar en razón donde Naruto se pone de pie y se toman de las manos preparados para pelear.

Orochimaru llega con su equipo a Konoha con el fin de. Por otro lado Naruto se prepara para brindarles Chakra a todos los shinobis, logrando dárselos a unos pocos, Obito ataca a la alianza pero es retenido por Hinata y Chōuji, mientras que Shikamaru e Ino recuerdan las últimas palabras de sus padres, se preparan para ejecutar el último plan para detener al Jūbi, el equipo Ino-Shika-Cho logra retener al Jūbi por un tiempo hasta que Naruto logra dar el Chakra de Kurama a todos, así la alianza se lanza con todo donde logran cortarle dos colas al Jūbi y separar a Obito y Madara de la bestia, alegando que la voluntad de Neji no ha muerto. En Konoha Sasuke y los demás se dirigen a las ruinas de un templo del clan Uzumaki donde Orochimaru escoge una máscara del Shinigami, y tras dirigirse al templo Nakano de los Uchiha, este invoca a Shiki Fūjin, donde Orochimaru recupera sus brazos y libera cuatro almas que lo saben todo donde usando a cuatro Zetsus como contenedores realiza el Edo Tensei y resucita a los cuatro hokages

Los hokages que han sido resucitados se encuentran confusos al saber que han vuelto a la vida, allí Hashirama y Tobirama conoce a Minato, mientras que Hiruzen le replica a Orochimaru el porque los resucito donde el sannin responde que es para aclarar las dudas de Sasuke, Tobirama alega que los Uchiha son un clan poseído por el mal donde Sasuke le pide argumentar el porque, allí el segundo explica que los Miembros del clan Uchiha al perder algo querido es cuando activan su Sharingan el cual va aumentando según sus deseos y es allí cuando caen en la oscuridad. Ahora Sasuke se dirige a Hashirama donde le pregunta que es la aldea y los shinobis por la que Itachi se sacrifico y de allí decidir si vengarse o no, Tobirama furioso eleva su chakra donde el primero lo logra calmar, Orochimaru explica la situación actual de la guerra donde los hokages pretenden ir a ayudar pero Orochimaru alega que primero Hashirama responda a Sasuke, entonces el primero se remonta a cuando lucho con Madara y Kurama envuelto en Susanō en el valle del fin donde Hashirama al tratar de hablarle sin éxito usa el ¡Senpō! ¡Mokuton: Shin Susenju!.

Hashirama relata como fue que conoció a Madara, donde su primer encuentro con él fue a la orilla de un río, donde eran aún muy jóvenes, allí ellos dan a conocer únicamente sus nombres, tras encontrar un cuerpo flotando en el rió del clan Hogoromo, Hashirama decide marcharse, al llegar con los suyos descubre que algunos miembros del clan Senju han caído entre ellos uno de los hermanos de Hashirama llamado Kawarama de siete años de edad, todos caídos por miembros del clan Uchiha, Hashirama frustrado alega hasta cuando seguirán las luchas entre los clanes, allí es golpeado por su padre ya que sus ideales no son dignos de un shinobi, después de ello, Hashirama y sus hermanos se cuestionan si en verdad será posible un verdadero acuerdo entre los clanes, pero al poco tiempo Itama otro hermano de Hashirama es asesinado por el clan Uchiha, después de ello Hashirama se reencuentra con Madara donde le cuenta lo sucedido, a partir de ese momento se siguieron encontrando y se fueron haciendo amigos sin saber a que clan pertenecían, allí ellos prometen fundar la aldea en donde los niños no mueran en vano sino que vivan en paz, una aldea en donde los clanes vivan en paz. Hashirama al volver con su clan se reúne con su padre donde descubre que ha sido vigilado por Tobirama y que Madara es del clan Uchiha, su padre le ordena seguir a Madara y obtener información del enemigo.

Hashirama decide obedecer a su padre y obtener información del clan Uchiha, así que cuando se encuentra con Madara al otro lado del rió deciden intercambiarse rocas como de costumbre, pero al mirarlas ambos se percatan de que todo es una trampa, en ese momento aparecen los padres de ambos y empiezan a luchar incluidos Tobirama e Izuna, pero Hashirama y Madara logran detener la batalla pero ya sabiendo a que clan pertenecen su amistad se rompe, allí Madara logra despertar su sharingan y le alega a Hashirama que ahora son rivales puesto que en cada clan ha habido bajas por parte del otro. Pasados algunos años los enfrentamientos entre ambos clanes continúan donde Hashirama y Madara ahora son los líderes de sus respectivos clanes allí, en un enfrentamiento Izuna es herido de gravedad por Tobirama, es cuando Hashirama decide hacer un trato de paz con Madara pero este se rehúsa, pasado algún tiempo Madara decide tener otro enfrentamiento con Hashirama, ahora con los ojos de su hermano Madara que usa el Susanō lucha pero tras aun así no puede ganarle a Hshirama que usa el Mokuton y tras un día entero Madara cae agotado donde Tobirama piensa darle el golpe final, pero Hashirama lo detiene, Madara alega que la única opción de paz es que Hashirama asesine a su hermano o se suicide, por lo que Hashirama decide acabar con su vida pero en el último momento es detenido por el mismo Madara, y es allí donde Madara decide aceptar el trato de paz y fundar la aldea.

Después de que se logra hacer la tregua entre los clanes Uchiha y Senju, se empieza a construir la aldea, allí Hashirama y Madara observan que su sueño finalmente se ha cumplido, Madara propone que la aldea se llame Konoha (Aldea Oculta entre las Hojas), Hashirama acepta y con el pasar del tiempo otros clanes se van incorporando a la naciente aldea. Tobirama le pide a Hashirama que el pueblo sea el que decida quien será el Hokage usando la democracia ya que Hashirama había propuesto que Madara lo fuera, pero Hashirama es quien se convierte en el primer Hokage. Poco después Madara le enseña la piedra de los Uchiha a Hashirama y le explica su significado, Hashirama le propone que el sea su mano derecha y su amigo, pero Madara decide abandonar la aldea ya que el ira en busca de su auténtico sueño pero Hashirama le pide quedarse y hablar de su sueño pero Madara aun así se marcha. Los otros países al ver la fundación de Konoha deciden hacer lo mismo y es así como se establecen las cinco grandes naciones y los pequeños países. De regreso con la última batalla entre Hashirama y Madara, el senju logra destruir el Susanō que envolvía al Kyūbi y liberarlo, donde se deciden enfrentar cuerpo a cuerpo.

La batalla entre Hashirama y Madara esta por concluir donde el Senju logra vencer al Uchiha al herirlo mortalmente con su espada, allí Hashirama alega que el protegerá la aldea de quien sea y es así como Hashirama vence. Después de contar su historia, el primer Hokage se siente culpable por haber creado esa situación, pero Sasuke habla de la voluntad del fuego que heredo su hermano Itachi al proteger Kohoha y morir orgulloso por ella, después de haber aniquilado el clan y convertirse en un desertor. El segundo Hokage alega que no solo el sino varios miembros del clan Uchiha fueron leales a la aldea como Kagami y Shisui Uchiha. Ante esto Orochimaru desea saber cual será la respuesta de Sasuke si destruir la aldea o protegerla por lo que Sasuke al recordar lo que hizo Itachi decide ir al campo de batalla e impedir que Madara se salga con la suya, el equipo de Orochimaru se completa a loa llegada de Karin que logró escapar, los cuatro hokages se paran encima de sus rostros de piedra preparados para ayudar a la alianza shinobi.

La batalla entre Naruto y la alianza contra Madara, Obito y el Jūbi continua, donde los Uchiha realizar sus técnicas de fuego más poderosas, pero gracias al chakra de Kurama todos quedan a salvo pero Naruto poco a poco se va debilitando mas, no contentos Madara y Obito atacan nuevamente sin éxito alguno, pero ahora es el Jūbi quien se prepara para atacar donde eleva su poder a un nivel donde hasta el mismo Kurama le advierte a Naruto que se prepare, sin mas la poderosa bestia usa el Tenpechī una técnica en la que crea toda clase de desastres naturales: tornados, relámpagos, terremotos, inundaciones. Después de que culmina dicha técnica, la alianza aun sigue sin heridas pero es Naruto el cual ha salido herido y agotado, pero aun así este está determinado a proteger a todos y no romper los lazos con sus amigos, Obito que se acerca a Naruto es detenido por Kakashi y ambos son enviados a la dimensión de Obito, donde Kakashi al intentar atacarlo duda y es allí donde Obito le hace saber la verdad acerca de la muerte de Rin, Kakashi sorprendido recuerda como fueron los hechos, donde tras rescatarla, Rin pide ser asesinada por Kakashi ya que ella es la Jinchūriki del Sanbi y para que la aldea no sea destruida se interpone en el Raikiri de Kakashi. Por otra parte el Jūbi se prepara para realizar una nueva técnica

El Jūbi abre su boca y realiza una gigantesca Bijūdama de tamaño colosal, mientras que la alianza se resigna ya que al no tener el chakra de Kurama no son nada, pero Sakura es quien le infunde valor al decirles que todos son compañeros de Naruto. Shikamaru quien tiene un plan se comunica con Kitsuchi para que enseñe los sellos de el Jutsu muro de roca, el cual si es ejercido por toda la alianza podría desviar la técnica del Jūbi y con ayuda de Ino logran sincronizarse y levantar los muros, el hachibi también interviene al destruirse el último muro tratando de contenerla, y en el último momento la Bijūdama desaparece es entonces donde Minato hace su entrada al enviar la técnica al mar donde allí explota. Así mismo los demás kages llegan y enseguida se preparan para contener al Jūbi, Minato de repente se convierte en modo Bijū por lo que deja perplejo a los demás, Sasuke quien también llega a la batalla es mal recibido por sus antiguos compañeros, pero el alega que se convertirá en Hokage. Por otro lado los kages realizan una barrera especial Shisekiyoujin donde contienen al Jūbi, pero además Hashirama usa el Myoujinmon donde aprisiona cada cola de la bestia, Naruto que se ha recuperado se prepara junto con Sasuke para atacar pero Sakura se les une alegando que ella fue entrenada por una Sannin, es así como el equipo siete renace.

El equipo siete se prepara para marchar al frente del ataque; mientras el Jūbi realiza una Bijūdama colosal los cuatro hokages fortalecen la barrera previamente creada y con ello contienen este ataque que finalmente ante la magnitud de la explosión una parte es desviada hacia el cielo, como resultado el Jūbi sufre leves daños. Hashirama utiliza cinco clones de madera para crear una apertura en la barrera y que los shinobis ataquen a la bestia, uno de estos clones lo destina para combatir a Madara pero el Uchiha alega que no peleará sino es contra el original. El Jūbi crea clones con tal de protegerse; mientras, Sakura recuerda anteriores misiones junto a Naruto y Sasuke así como su promesa de nunca más depender de ellos en batalla, así, luego de acumular chakra en un punto específico por tres años logra activar el Byakugo no in liberando una fuerza extraordinaria con la que consigue acabar con varios enemigos al mismo tiempo; a su vez, los otros equipos de la hoja también se unen a la batalla, Kiba utiliza un clon de sombras y junto con Akamaru se transforman en "Cerbero", Shino utiliza la invocación de insecto gigante e Hinata los 64 puños Hakke; el equipo 10 utiliza la formación E de la combinación InoShikaChou consiguiendo un ataque excepcional. A pesar de ello, los clones del Jūbi son cada vez son más grandes y poderosos, Sai, también parte del equipo 7 lo intenta por el aire, pero es derribado, la estrategia debe cambiar, por lo que Naruto, Sasuke y Sakura utilizan sus respectivos jutsus de invocación lo que da nacimiento a un nuevo bloqueo kuchiyose.

Naruto, Sasuke y Sakura logran hacer sus invocaciones, resultando ser Gamakichi, Aoda y Katsuyu, tras explicar la situación a las criaturas, todos se ponen en marcha. Naruto y Gamakichi se acercan por aire, mientras que Sasuke y Aoda por tierra. Sakura por otra parte hace que Katsuyu logre sanar a los shinobis heridos. Naruto y Sasuke logran acercarse lo suficiente y preparan sus ataques a larga distancia. Naruto usa el Fūton Cho Ōdama Rasen Shuriken y Sasuke el Enton Susanō Kagutsuchi, los cuales logran combinarse a la perfección e impactar en el Jūbi, el segundo y cuarto Hokage se sorprenden por la majestuosa técnica, e igualmente la alianza se sorprende, es así como el tercer Hokage se da de cuenta que el equipo siete son el nuevo bloqueo a tres bandas. Por otra parte Orochimaru, Karin y Suigetsu se dirigen hacia los hokages que están mal heridos, al llegar encuentran a Katsuyu haciendo lo posible por mantener con vida a Tsunade, ante esto Suigetsu une el cuerpo de Tsunade y karin permite que logre absorber su chakra, es así como se recupera Tsunade, mientras que los otros Kages se encuentran dentro de Katsuyu aun malheridos, Tsunade pregunta porque Orochimaru vino en su ayuda, donde el Sannin alega que él ha encontrado un nuevo rumbo ya que él había muerto, ante esto Tsunade recuerda una misión en la que Jiraiya estaba mal herido y Orochimaru pretendía salvarse junto con Tsunade pues estaban rodeados por ninjas enemigos, pero Tsunade esta decidida a salvarlo, donde al final llegan refuerzos y logran salvarse, tras recordar esto Orochimaru decide partir a la batalla mientras que Tsunade tiene que salvar a los demás kages.

El Jūbi que fue impactado por el ataque de Naruto y Sasuke, logra desprender la parte afectada por lo que ambos deberán acercarse más y atacar de nuevo. Tsunade logra curar las graves heridas a los kages y ahora se preparan para participar en la batalla. Mientras que en la dimensión de Obito la pelea entre este y Kakashi continua, tras notar que no llegaran a ningún lugar usando Genjutsu, ambos pelean cuerpo a cuerpo, donde a la vez recuerdan un combate que tuvieron hace mucho tiempo, tras usar cada uno su propio estilo, ambos terminan hiriéndose pero Obito lo esta de gravedad, tras felicitar a Kakashi por haberlo vencido Obito decide volver a la batalla ya que él está dispuesto a ganar la guerra, una vez de vuelta Madara nota su presencia es así como intenta tomar el control de Obito para resucitar con el Gedō Rinne Tensei no jutsu. Hashirama que observa lo sucedido rápidamente crea algunos clones para detenerlo al igual que Tobirama. Obito el cual de su brazo derecho se sale de control empieza a poseerlo para realizar dicha técnica por orden de Madara, al ver esto el cuarto hokage que crea un clon se teletransporta e hiere a Obito al verlo, tras notar que se trata de su antiguo estudiante, Minato queda sorprendido ya que él fue el que devasto la aldea con el Kyūbi. Madara al notar que no pudo lograr el jutsu decide esperar un poco más, de repente Obito logra que el Jūbi se libere y empiece a ser absorbido por el Minato y Sasuke que logran escapar gracias a Naruto se sorprenden, tras creer que se trata de la última transformación de la bestia, Naruto alega que no se trata de eso, pues una esfera donde Obito esta se rompe y al mostrarse se descubre que él se ha convertido en el Jinchūriki del Jūbi.

Obito logra convertirse en el Jinchūriki del Jūbi, ante esto Naruto confirma lo sucedido ya que sintió como Obito absorbió el chakra de los Bijūs, los kages saben que ahora se enfrentan a una nueva amenaza, Hashirama usa el Myoujinmon en Obito sin éxito, pero además de ello el Uchiha logra destruir la barrera, Hashirama advierte a la alianza que se mantengan alerta. Obito sin mas ataca a Hashirama y Tobirama donde les quita las mitad de sus cuerpos, Tobirama aun así logra pegarle algunos papeles bomba, mientras que el clon de Hashirama lo sujeta, tras lograr que los papeles se multipliquen y exploten no logra hacerle ningún daño al Uchiha, es entonces cuando Hiruzen se percata de que Obito combino las cuatro naturalezas, poniéndolo en un nuevo nivel, ya que Obito es capaz de crear unas esferas oscuras que modifica a voluntad, tras acabar con Hiruzen Obito se propone atacar a Naruto, Sasuke, y Minato, pero en el trayecto repentinamente el cuerpo de Obito se infla, donde Minato deduce que el aún no se acostumbra al Jūbi, es entonces donde el cuarto hokage se propone un contraataque, pero en el momento de atacar Obito crea una especie de Bijūdama la cual sin control explota en el mismo Obito, tras recuperar el control Obito logra atrapar a Naruto y Sasuke pero son salvados por Minato que logra teletransportarlos, Obito Nuevamente pierde el control de su cuerpo y en su mente el lucha por controlar al Jūbi, tras recordar a Rin y con toda su fuerza de voluntad Obito logra tomar el control, es así como su aspecto cambia un poco, ahora y con el control del Jūbi logra arrancarle el brazo derecho a Minato pero además logra ponerle una esfera oscura que está a punto de estallar.

El segundo Hokage logra llegar a tiempo para salvar a Minato y los demás, donde rápidamente teletransporta un clon con dicha esfera hacia Obito para estallar con él, pero tras la explosión se revela que no sufrió ningún daño, cerca de allí, en otra parte Madara usa el Susanō para atacar a Hashirama, pero rápidamente el primer hokage contraataca usando técnicas del Mokuton, es entonces donde la batalla es exactamente como en el pasado pero Madara alega que esta ocasión el ganara la pelea que es observada por los shinobis de la alianza alegan que no pueden hacer nada para ayudar, sin embargo Shikamaru logra inspirarles valor y además de que ellos deben esperar el momento adecuado para atacar al enemigo. Naruto y Sasuke son ahora los que se ahora se lanzan contra Obito, pero Minato donde logran combinar el Fūton y en Enton a la perfección creando una nueva técnica, además de ello Tobirama se pone detrás de Obito y logra distraerlo y gracias a una teletransportacion combinada entre los dos kages el ataque de Naruto y Sasuke logra impactar en Obito, pero nuevamente Obito sale ileso, el segundo Hokage deduce que el Ninjutsu no tendrá efecto en él. Minato se lamenta de no haber acabado con él en el pasado pues las cosas hubieran tomado otro rumbo, tras escuchar a su padre ser insultado Naruto con ayuda de Tobirama logra impactarlo con un Rasengan, pues Naruto descubre que el Senjutsu si logra hacerle daño, Minato queda sorprendido por lo visto y además de que una figura parecida al Kyūbi le habla.

Obito quien recibe el ataque Senjutsu de Naruto queda aturdido, una vez que se recupera decide crear una barrera parecida a la formada por los hokages, la intención es aniquilar a la alianza, para lo cual hace que surga un árbol con flores gigantes de las cuales se forman varias bijudamas colosales. En ese momento la mitad de Kurama que es de color café y reside en Minato logra comunicarse con su otra mitad que hay dentro de Naruto, tras chocar los puños Naruto y Minato, las dos partes de Kurama logran distribuir a la alianza nuevamente el chakra de Kurama, Obito quien se protege para la explosión alega que mañana será el aniversario de la muerte de Minato y Kushina, pero Naruto ignorándolo responde que también es su cumpleaños, sin mas las bijudamas son expulsadas y explotan dentro de la barrera creada por Obito, pero en el último segundo Minato logró teletransportar a la alianza fuera de la barrera gracias a la conexión con el chakra de Kurama, minato al ver el crecimiento de Naruto y recuerda las palabras de Kushina antes de morir, pero Naruto le responde que el ya había sentido el chakra de su madre.

Naruto y Minato expulsan el chakra de Kurama y entran en modo Bijū, el segundo hokage le recuerda a Naruto que solo el Senjutsu podrá herir a Obito, Kurama quien decide cooperar ayuda a Naruto a entrar en modo sabio, una vez que lo logra, Naruto y Minato se transforman en Kurama y crean un Rasengan gigante al que Naruto le añade el poder del Senjutsu, y con la Hiraishin del segundo hokage logran acercarse a Obito, pero el Uchiha quien se percata usa las esferas para contener el ataque combinado de Naruto y Minato, tras repeler el ataque. Obito decide continuar con el Tsukuyomi infinito, para ello libera al Jūbi y libera la barrera que antes había creado, rápidamente el Jūbi entra en su última transformación, donde se empieza a transformar en un árbol gigantesco el cual sacude todo el terreno, Hashirama al ver lo que pasa se sorprende, es entonces donde Madara le explica lo que está sucediendo, mucho antes de que nacieran los shinobis existía el Shinju que era venerado como un Dios, cada mil años el árbol producía un fruto el cual fue comido por una princesa llamada Kaguya Ōsutsuki, quien se convirtió en la primera persona con chakra, y el hijo de ella fue la primera persona en nacer con chakra quien mas trade seria llamado Rikudō Sennin, Madara comenta que el Shinju solo está recuperando su chakra. Los shinobis de la alianza pronto son alcanzados por las ramas del Shinju y mueren al instante, Naruto tras ser alcanzado queda sin energía pero es salvado por Hiruzen. En la copa del Shinju se aprecia una flor la cual cuando se abra se reflejara en la luna completando el Tsukuyomi infinito.

Los cinco kages que se han recuperado se dirigen a la batalla observando el Shinju, mientras que los pocos shinobis que aun quedan con vida se preguntan si deben seguir luchando o más bien finalmente ceder a las palabras de Obito, Shikamaru quien le fue arrebatado todo su chakra se encuentra grave, rápidamente sus compañeros llegan a auxiliarlo. Naruto quien llora tras escuchar de Obito de caer en el Tsukuyomi infinito no sabe que hacer, es entonces donde Hashirama les aclara que deben vencer al enemigo, en ese momento Orochimaru llega y se entera de la situación. Obito que hace crecer una rama para atrapar a los shinobis es interceptado por Sasuke quien decide atacar con su Susanō, Naruto quien se le une en modo Bijū gracias al chakra de Minato. Hashirama se pregunta cuando la flor del Shinjū se abrirá a lo que Madara calcula que será dentro de quince minutos ya que no está todo el chakra del kyūbi y el hachibi, el primer hokage logra transmitir esa información a la alianza gracias a Ino, sucedido eso los recueros de Hashirama de cuando logró reunir a los primeros kages de cada aldea son revelados y de como trato de lograr un pacto entre todos los países.

La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya, la alianza logra cortar algunas ramas del Shinju, Naruto y Sasuke empiezan a entender los movimientos de Obito y tras coordinar sus ataques parecen lograr darle, pero en el último momento Obito se protege y logra agarrar a Naruto y Sasuke donde los impacta contra el suelo, Obito nuevamente le pregunta a Naruto porque sigue luchando ya que la gente de la aldea lo miraba con desprecio, sin embargo Naruto al ponerse de pie responde que ese es su camino ninja, Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear.

Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear contra Obito, para lo cual el Kyubi es envuelto en el Susanō resultando en una apariencia similar a la que obtuvo Madara contra la batalla con Hashirama, Obito al ver esto moldea y crea la Nunoboko espada con la cual Rikudō Sennin construyó el mundo. Mientras que Obito alega que el mundo pronto caerá en el Tsukuyomi infinito, Naruto le habla a sus demás compañeros, pues de las colas de Kurama, Naruto crea nueve Rasengan por cada compañero, con el objetivo de lograr destruir el escudo de Obito. Seguidamente, Naruto y Sasuke logran herirlo, el plan resulta y, justo cuando la espada de Susanō parece alcanzar a Obito, este observa en Naruto como pudo haber sido su vida si hubiera vuelto a Konoha, donde junto con Kakashi y sus demás compañeros llagaban a ser los mejores, y finalmente se convertía en Hokage. Nuevamente, en la batalla, Obito se pregunta porque observa eso mientras la Nunoboko es destruida de a poco para finalmente ser cortado en el costado derecho. Inmediatamente, los bijūs intentan escapar. Gracias al chakra de los bijūs que recibió anteriormente, ahora Naruto debe halar el chakra para sacarlo de Obito, recibiendo ayuda de Gaara y Killer Bee. Mientras tanto, Shikamaru se comunica con la alianza para ayudar a Naruto. Es así como todos los shinobis comienzan a tirar del chakra. Ante esto, Obito logra ver a Naruto y toda la alianza en su interior y Naruto alega que Obito tenía el mismo sueño que él y que logrará quitarle esa máscara que lo oculta.

Naruto le dice a Obito que ya no debe tratar de huir de su pasado, ya que finalmente no logró deshacerse de sus recuerdos. Naruto además comenta que él es como Obito, ya que tuvieron muchas cosas en común: No tuvieron padres, tenían el mismo sueño de ser Hokage y tuvieron que esforzarse al máximo para salir adelante. En ese momento, Obito empieza a recordar sus días en la academia y de como siempre quiso superar a Kakashi en todo sentido y en donde, con el apoyo de Rin, logró convertirse en un Gennin. Poco después, Minato se hace cargo del grupo, teniendo él que lidiar con Kakashi, que sigue el código ninja, y Obito, que siempre llega tarde para las misiones. Finalmente, Naruto espera la verdadera respuesta de Obito.

Obito sigue recordando su pasado, en donde Minato los recomienda para realizar el examen Chunnin, tras decidir hacerlo, Obito, Kakashiy Rin deben superar la primera prueba que es el examen escrito, donde tras no saber ninguna respuesta, Obito recibe ayuda de Rin, así logra aprobar, ahora deberán luchar en grupo en el bosque de la muerte y así pasar a la siguiente ronda, Obito quien llega en el último momento se prepara para el combate donde es vencido por Guy, sin embargo Obito sigue entrenando sin cesar, hasta la tercera fase del examen donde nuevamente es vencido, tras verse frustrado observa como Rin le da ánimos a Kakashi. Tras terminar el examen Kakashi se convierte en Chunnin, Obito quien se marcha recibe ánimos de Rin puesto que ella lo está observando, es así como al siguiente año Obito logra ascender a Chunnin, pero se entera que Kakashi ahora es Jonnin, después de ello, Minato los somete a un entrenamiento muy real donde Obito es herido por una shuriken en su mano izquierda, tras fingir que esta bien, Rin le dice que no debe ocultarse puesto que ella los está observando. De vuelta en el presente, Naruto le dice que fueron esos lazos con sus amigos lo que le permitió no dejarse consumir por el Jūbi, es entonces cuando Naruto le dice que no debe seguir ocultándose.

Naruto le ofrece a Obito no seguir ocultándose, pero Obito, en un último acto, alega que no se arrepiente de nada. En ese momento, Naruto lo golpea y al darse cuenta Obito se observa a sí mismo de joven, pero además, observa a Rin, Kakashi y Minato, los cuales son transformaciones de sí mismo. Obito, quien observa que Naruto le toma la mano, se da cuenta de la presencia de la alianza. Volviendo a la batalla, toda la alianza tira con todas sus fuerzas para, finalmente, lograr liberar a los Bijūs. En ese momento, Obito regresa a la normalidad y tras caer débil, acepta que ha perdido. Los Bijūs le agradecen a Naruto el haberlos salvado. Sasuke se dispone a darle el golpe final a Obito, pero Kakashi logra volver y alega que él se encargará de Obito. Minato llega y logra detenerlo, aceptando parte de la culpa por no haber protegido a Rin. Minato le pide a Naruto ir a ayudar a Hashirama a sellar a Madara donde no solo él, sino también toda la alianza lo acompaña. Obito alega que, desde que murió Rin, ya nada tuvo significado para él. Kakashi alega que él sintió lo mismo pero, a diferencia de el Uchiha, Kakashi logró llenar el vacío gracias a sus otros amigos. Además, le dice que Naruto nunca rompe sus promesas y siempre recuerda sus sueños. Naruto, que llega a la copa del Shinju, prepara un Odama Rasen Shuriken que se puede ver desde muy lejos.

Naruto lanza su Ōdama Rasen Shuriken hacia el lugar donde se encuentra Madara capturado gracias al dragón de madera de Hashirama. Los shinobis se apresuran para poder sellarlo. Gaara le pide ayuda a Shukaku para realizar una versión gigante del Sabaku Sōtaisō, quien en un primer momento se niega, accediendo posteriormente pero alegando que lo hace en concepto de decisión personal. Los demás Bijūs también ayudarán a Naruto. Mientras, Son le pregunta a Gaara si él conoce a Naruto (En ese momento, Gaara recuerda detalles muy importantes de su pasado: como era menospreciado por los ninas de la arena, cuando conoció a Naruto en los exámenes chunnin, así como su posterior derrota ante el ninja de la hoja, su muerte a manos de Akatsuki y su vuelta a la vida con la ayuda del jutsu de Chiyo y el chakra de Naruto) Después de todo eso, él le responde que fue su primer amigo. Luego, todos parten en compañía de Gaara.

Primera parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar durante su niñez, la admiración de Hanabi por Hinata, el odio de las otras extensiones del clan para con la rama principal y la manera en que esta mantiene su control por medio del sello del pájaro enjaulado hasta el enfrentamiento entre Hinata y Hanabi, luego del cual su padre decide abandonar a Hinata y ofrecerla a la aldea para que ingrese a la academia ninja y se incorpore como Genin al grupo ocho bajo la dirección de Kurenai, al mismo tiempo que decide preparar a Hanabi para que en un futuro se haga cargo del clan como representante de la rama principal.

Segunda parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar en los exámenes Chūnin, la derrota de Hinata ante Neji así como la forma en que el camino ninja de Naruto alcanza los pensamientos de Neji e Hinata a tal punto que el primero cambia radicalmente su punto de vista para con la primera rama del clan y la segunda juega un papel muy importante en la defensa de Konoha ante la invasión de Pain al proteger a Naruto a pesar de saberse inferior que su rival, lo que llena de orgullo al padre de Hinata y comprende el error que cometió todos esos años. El episodio finaliza con escenas del momento en que el clan Hyüga se prepara para incorporarse a la Gran Alianza Shinobi, marchando Hinata al frente de la batalla y encargándole a Hanabi el cuidado de los integrantes del clan que no participarán.

Obito quien se encuentra sin fuerzas, finalmente entiende la razón por la que Nagato lo traicionó, tras meditar en las palabras de Naruto y en como el nunca retrocede en sus palabras y recordar su pasado, Obito decide realizar el Gedō Rinne Tensei y revivir a los shinobis muertos durante la guerra, mientras que Madara finalmente es inmovilizado por Hashirama, resta sellarlo por lo que Sai se apresura y terminar con Madara, pero este le da las gracias a Naruto por haberle quitado los Bijūs a Obito. Cuando Obito intenta realizar la técnica, Zetsu negro aparece y toma control de su cuerpo y es Madara el que logra hacer el cambio, inmediatamente las marcas del Edo Tensei desaparecen en el y el Rinnegan se desvanece, mostrando que ahora posee un cuerpo real, en ese momento Sasuke lanza el Amaterasu en Madara sin hacerle ningún daño, y tras quitarse la armadura Madara inmoviliza a Hashirama y le roba el Senjutsu, el cual aparece en el pecho de Madara, aun sin poder ver, Madara logra atacar a Naruto y Sai en incluso esquivar los ataques de Sasuke, ahora Madara quien tiene sus poderes del pasado se prepara para capturar a los Bijūs.

Madara Uchiha ahora se dispone a capturar a los bijūs, sin mas el Uchiha resucitado se lanza contra las bestias pero el Shukaku realiza el Fūton: Sasandan donde con la ayuda de Gaara logran inmovilizarlo gracias a la arena que entraron en las heridas de Madara, es entonces donde los demás Bijūs le propinan un golpe, para finalmente intentar sellarlo con el Sabakusū Taisou Fūin , tras parecer que finalmente logran sellar a Madara, este logra escapar gracias a Susanō, pero es interceptado por Naruto y Kurama que logran golpearlo para luego ser atacado por las colas de los nueve Bijūs, sin embargo aun después de ese ataque solo logran quitarle el brazo derecho, Madara entonces toma su distancia y es alcanzado por Zetsu blanco el cual le trae su Rinnegan derecho y además se implanta el brazo de Zetsu, es entonces donde Madara se alegra de tener un cuerpo real y tras ponerse serio en la batalla invoca al Gedō Mazō que sale del cuerpo de Obito, al ver eso Kakashi usa su kamui y logra quitarle el brazo derecho a la estatua que ya esta con Madara, los Bijūs se preguntan como es que puede invocar en ese estado donde Naruto es el que comprende la situación, sin mas Madara usa la técnica especial del Rinnegan: Rimbo Hengoku, donde una fuerza misteriosa golpea a las bestias, inmediatamente de la estatua salen las cadenas que los atan, Shukaku que es el primero en ser absorbido pone resistencia donde recibe ayuda de Gaara pero Madara con Susano logra arrastrarlo hacia la estatua.

El Gedō Mazō arrastra a los nueve bijūs hacia su interior, mientras eso sucede Kurama le pide un favor a Gaara donde le encomienda a Naruto, finalmente la estatua se traga uno a uno a los bijūs, Naruto quien cae inconsciente es rescatado por Gaara y lo lleva rápidamente hacia donde se encuentra Tsunade y Sakura, la estatua que abre sus nueve ojos queda inmóvil. El segundo Hokage ahora se enfrenta a Madara pero el Uchiha logra clavarle varias estacas que lo inmovilizan, en otra parte Hashirama que se encuentra débil habla con Sasuke y le propone darle un jutsu que detendrá a Madara, Sasuke acepta recibir el chakra de Hashirama. Madara quien acaba con Tobirama alega que el Tsukuyomi infinito es la solución a lo que Hashirama creo desde hace tiempo, en un acto de desesperación Tobirama ataca una última vez a Madara pero este se cubre con Susanō, en ese momento Sasuke ataca a Madara pero en el último momento queda inmóvil, Madara toma la espada de Suke y tras pronunciar las palabras de Hashirama apuñala a Sasuke mientras que Tobirama observa. En otra parte el Mokuton: Shin Sujenju a menor escala es ejecutado por el Zetsu remolino que ataca a la alianza con los cinco elementos a la vez pero el tercer hokage logra contrarrestar el ataque, en ese momento Gaara llega y se lleva a Sakura para que mantenga con vida a Naruto mientras se dirigen hacia donde esta el cuarto Hokage, en el camino Sakura hace todo lo que puede por mantener a Naruto con Vida, Sasuke quien también está muy mal herido recuerda las palabras de Itachi sobre la aldea, tras intentar ponerse en pie Sasuke finalmente cae inconsciente, Sakura y Karin alegan que si no hacen algo Naruto y Sasuke morirán.

Tsunade pretende organizar nuevamente los exámenes Chunnin en Konoha después de dos años, pero Gaara propone realizarlos en la Aldea de la Arena y además, hacerse conocer como el nuevo Kazekage. Pero, la verdadera intención de los exámenes es saber como responderá Akatsuki, ya que Gaara es un Jinchūriki. Los dos kages, Tsunade y Gaara, llegan a un acuerdo para que una prueba del examen se haga en cada aldea. Tras tener todo preparado, Tsunade hace una invitación a las cinco grandes naciones para saber como responderán, pero las aldeas de la Nube, la Roca y la niebla no aceptan la invitación. Ahora, Kakashi deberá llevar la invitación del examen a la Aldea de la Lluvia donde, además deberá obtener información sobre dicha aldea.

Kakashi logra entregarle en persona a Hanzō la invitación a los exámenes Chunnin, poco después Konan le informa a Pain del examen donde este pretende obtener información de los Jinchūriki con los gennin que enviaran al examen. En la Aldea Oculta de la Cascada Fū la Jinchūriki del Chōmei pretende participar en el examen donde el líder de esa aldea al final accede. En Konoha el equipo de asuma presenta un problema ya que Shikamaru ya es Chunnin y hace falta un integrante para participar, por lo que Ino intenta convencer a Sakura para completar el equipo, pero esta se niega ya que podría ser una molestia, poco más tarde Sakura atiende a un ninja el cual está mal herido donde con mucho esfuerzo logra salvarlo, Sakura finalmente accede participar en el examen, mientras que los participantes de las demás aldeas empiezan a llegar a Konoha.

Los candidatos al examen chunnin llegan a Konoha, donde seguidamente todos se registran para participar. Shikamaru es el sensor de la primera prueba que es escrita, donde a diferencia de los exámenes anteriores divide a los integrantes de cada equipo en salas distintas, una vez todo listo Shikamaru explica en que consiste el examen, cada miembro deberá responder una pregunta de un total de tres, donde al final el resultado tendrá ser de cien puntos exactos por equipo, tras saber esto los participantes descubren que cada aula esta completamente sellada, impidiéndoles comunicarse, por lo que todos empiezan a analizar la situación y buscar maneras de lograr comunicarse entre sus compañeros para solucionar el examen.

El primer examen escrito continua, Neji sigue analizando la situación donde llega a la conclusión de golpear la pared cuatro veces, indicando que el hará la pregunta de 40 puntos, pero un shinobi de la arena tras no entender la situación decide golpear cinco veces confundiendo a los demás, pero Neji alega que no importa las veces que se golpee la pared aun siendo cinco veces se puede aprobar el examen, tras pasar la media hora del examen Shikaramu se comunica con los participantes y explica la segunda ronda, la cual consiste en elegir quien debe ser la carnada para escapar de los enemigos. Tsunade mientras recibe una advertencia de Danzō, en la cual pide vigilar atentamente a los shinobis de la aldea de la nube. Tras finalizar la primera prueba Shikamaru reúne a todos y explica que aquellos que no escogieron a ningún compañero como carnada pasaron el examen, ahora Temari explica la siguiente fase del examen, los equipos deberán ir hasta la aldea de la arena lo cual les tomara tres días, pero solo treinta equipos serán aceptados, así todos los equipos parten, mientras que al tiempo Gaara prepara todo para la segunda prueba.

Los treinta equipos llegan justo a tiempo a la Aldea de la Arena, esa noche se prepara una cena especial antes de comenzar la segunda prueba, todo termina en un caos cuando un shinobi obeso y sudoroso de la Aldea de la hierba intenta acercarse a la comida y Neji y los demás de Konoha intervienen a causa de eso accidentalmente la comida cae al suelo, los de la arena se alteran e inician un combate donde todos terminan involucrados, Lee intenta detener el caos realizando una ráfaga de patadas pero es detenido por un shinobi de la arena llamado Shira quedando impresionado. En ese momento aparece Fū quien alega que quiere hacer amigos, pero los demás equipos se retiran, poco después Chōji sale del recinto y es atacado por un escorpión gigante donde Sakura e Ino salen en su ayuda pero además Fū interviene matando al escorpión, Neji y los sensores se sorprenden del poder de Fū, ya amaneciendo Temari explica en que consiste el segundo examen, una prueba de supervivencia en el desierto infernal.

La segunda prueba del examen Chunnin comienza, los equipos tienen tres días para obtener el pergamino que les hace falta, el equipo de Shira observa desde lejos al equipo de Neji y los ponen en un Genjutsu, Lee tras descubrir que están corriendo en círculos rápidamente se percatan y se liberan, poco después el equipo de Lee alcanza a Shira y sus compañeros, pero tras no conocer el terreno Neji y su equipo caen en arenas movedizas y son arrastrados hacia una cascada de arena, pero Lee usa la segunda puerta para liberarse de la arena para quedar atrapados en el fondo del valle, Shira y su equipo se reúnen con los demás shinobis de la arena quienes traicionan a Shira ya que no lo soportan como alguien que está siendo el líder en muchas cosas, Shira es herido al igual que sus compañeros pero en el último momento, tras estar a mano ambos equipos Lee descubre que Shira es como el ya que solo puede usar Taijutsu.

Shira recuerda su pasado, el cual tuvo que entrenar siempre solo ya que no poseía ninguna habilidad en ninjutsu ni genjutsu, es así como Shira entreno al lado de una roca durante bastante tiempo hasta que finalmente la destruyó, Gaara quien noto la ausencia de la roca le pide explicación a Shira de lo ocurrido, Shira le explica su situación, y Gaara decide entrenar con el y además abole la ley de aquellos que no pueden usar jutsus si pueden ser ninjas. Tras escuchar la historia de Shira Lee decide buscar a los ninjas de la arena que traicionaron a Shira y hacer que le pidan disculpas tras derrotarlos, Lee le pide a Shira pelear contra el usando solo taijutsu.

La pelea entre Rock Lee y Shira finalmente comienza, donde ambos luchan con todas sus fuerzas, aun cuando Lee se libera de sus peas es golpeado constantemente, y la situación se complica aún más ya que Shira golpea sin emitir ningún sonido, por lo que a Lee le cuesta esquivarlo, en un intento por tomar el control de la batalla Lee intenta usar las ocho puertas pero no puede ya que Shira ha bloqueado sus puntos de chakra, tras ser golpeado Finalmente Lee puede usar las ocho puertas pero en su estado solo pelea usando la cuarta puerta, Shira al verlo usa su propia versión de las ocho puertas donde a diferencia de Lee él puede manipular perfectamente su respiración, tras luchar al máximo por un rato finalmente Shira cae rendido ya que sus heridas aun no sanan del todo, Shira se alegra de haber podido conocerlo y no lamentar nada en su vida.

Kiba, Hinata y Shino, siguen en busca de algún equipo para obtener el pergamino, pero no son los únicos pues el equipo de la aldea de la hierba también lo esta, ambos equipos se encuentran donde empiezan a luchar parejamente pero el equipo de Konoha empieza a tener problemas, en especial del ninja obeso el cual se percata que Kiba posee el pergamino, tras tenderles una trampa el equipo de Kiba pierde el pergamino, ahora deberán hacer todo lo posible para rescatar su pergamino y vencer al enemigo.

El equipo de la aldea de la hierba se percata que aun son perseguidos por Kiba y los demás, es por eso que deciden quitarse el olor para perder el rastro, Kiba al darse cuenta de la situación pide ayuda a Shino quien usa sus insectos para abarcar áreas más grandes y encontrar al enemigo más rápido, cuando parece que los encontraron se percatan que es un espejismo, tras el aparente fracaso el equipo 10 Kiba decide no darse por vencido y perseguirlos para recuperar su pergamino, en ese momento Kiba recuerda el duro entrenamiento por el que paso para realizar el Santouro el cual realizó en una montaña donde Naruto previamente había entrenado. En ese momento el equipo de la hierba los ataca desprevenidamente, pero al final resultó ser clones de insectos y finalmente el equipo 10 logra recuperar ambos pergaminos.

Tenten esta preocupada ya ella es muy practica al igual que las herramientas de combate, por lo que ella recuerda lo que le dijo Guy, que se especializara en alguna técnica para ayudar a su equipo. Por otra parte el equipo de la lluvia se percata que el equipo de Neji las está siguiendo, así que los dos equipos se ven cara a cara en una ruinas, Neji propone no luchar pero es ignorado por el equipo de la lluvia, el combate parece ser igual, pero rápidamente el equipo de Konoha toma el control, pero una explosión envía a Tenten y Ajisai a unas galerías bajo tierra, es allí donde el combate termina y ambos equipos deciden buscar a sus compañeras, Tenten inconsciente sigue recordando sus entrenamientos para mejorar sus técnicas, cuando despierta decide ayudar a Ajisai.

Tenten y Ajisai buscan una manera de salir de las galerías donde cayeron, pero en el camino se topan con hormigas gigantes las cuales causan algunos problemas, en la superficie ambos equipos también siguen en la búsqueda de sus compañeras, en las galerías Tenten conoce un poco mejor a Ajisai y sobre la aldea de la lluvia. Ajisai propone capturar a la hormigas para usarlas como invocación, por que llegan a la guarida pero al ver que son muchas deciden buscar la salida rápidamente, el equipo de Neji y Ajisai encuentran la entrada a las galerías pero al intentar entrar las hormigas aparecen por lo que Lee decide enfrentarlas mientras los demás entran. La salida está bloqueada por escombros por lo que Ajisai decide usan su técnica de absorber cosas pero rápidamente queda agotada por lo que Tenten deberá hacerse cargo de la situación ya que están rodeadas por las hormigas, pero Tenten aun insegura de realizar su técnica especial recibe valor de Ajisai, y finalmente Tenten logra invocar una cantidad masiva de agua que las ayuda a escapar a la superficie.

Un equipo de la aldea de la arena logra percibir que el equipo de Ino esta cerca por que deciden vigilarlos, mientras que Sakura, Ino y Chouji siguen su camino siguen su camino, son atacados por un escorpión gigante, Chouji usa su jutsu para contrarrestarlo sin éxito, Sakura finalmente lo vence al golpearlo con su fuerza, después de ello, Ino cura la mano de Sakura y en ese momento empieza a recordar sus entrenamientos en el pasado en especial el jutsu secreto de su clan, pero en ese entonces al ver que Sakura también entrenaba ninjutsu medico decide intentarlo, Tsunade decide hacerle una prueba en donde deberá devolverle la vida a un pulpo, y tras meses de intento Ino logra revivirlo, una vez superada la prueba Ino conoce los motivos por los cuales Sakura entrena e Ino reconoce que ella también tiene su lugar en el equipo diez.

Sakura, Ino y Chouji se topan con el grupo de la arena el cual los estaba vigilando, este les propone entregar su pergamino y a cambio Sakura y los demás podrán obtener agua del oasis, pero tras rechazar la propuesta, la pelea es inminente entre ambos equipos, Ino quien imprudentemente ataca queda inconsciente, por lo que Sakura y Chouji deberán salir adelante, pero la situación se complica ya que sus contrincantes se hacen invisibles y los golpean en sus puntos ciegos, Ino quien recupera el sentido logra percibir al enemigo y logran contraatacar, pero el equipo de la arena se recupera rápidamente ya que tenían en sus cuerpos medusas que los curaban. Ino entonces concluye que para ganar la batalla debe usar el ninjutsu secreto de su clan en el cual deberá comunicarse instantáneamente con Sakura y Chouji, pero Ino aun no domina por completo la técnica, pero gracias a su esfuerzo y al entrenamiento con ninjutsu medico logra dar a conocer su estrategia a sus compañeros y ganar el encuentro, finalmente ambos equipos se curan entre si en el oasis.

El equipo de Ino prosigue su camino hacia la torre, pero Sakura pierde el conocimiento mientras es auxiliada por Ino y Chouji esta recuerda su entrenamiento con Tsunade donde aprende a usar el Byakugō no jutsu, para ello Sakura deberá acumular chakra durante tres años, pero el riesgo es que no podrá usar ninjutsu medico ni pelear. Una vez que Sakura recupera el sentido, observa una muñeca no muy lejos, tras acercarse un poco descubren a un equipo de la arena liderado por Saya quien además es la marionetista de la muñeca, una nueva batalla ha comenzado, Chouji es atacado entre dos personas poniéndolo en desventaja, Ino por otra parte es atacada por la muñeca la cual le corta algunos cabellos, inmediatamente Saya usa el Kagutsu modoki no jutsu, donde toma el control del cuerpo de Ino y empieza a atacar a Sakura, Chouji al ver la situación usa su jutsu de expansión, pero Saya ahora usa su técnica en el y toma control de su cuerpo y la vez Ino queda libre, ahora Saya pretende atacar a Ino y Sakura, en ese momento Ino realiza nuevamente su técnica para liberar a Chouji por lo que Sakura queda sola por el momento.

El cuerpo de Chouji sigue en control de Saya, Ino logra detener su técnica, una vez que Saya pierde el control, es atacada junto son sus compañeros por el puño de Chouji, cuando Ino regresa a su cuerpo, y Sakura la auxilia, Chouji descubre que Saya no era más que una marioneta y así prosiguen su camino. En ese momento la muñeca maldita alberga el alma de Saya y una vez que se reúne con su equipo planea la venganza contra el equipo de Ino, Sakura medita en el entrenamiento que ha tenido y lo que se ha esforzado por no estar a las espaldas de sus compañeros, en ese momento una tormenta de arena encierra al grupo y además unas estatuas de arena lo empiezan a atacar, Ino conecta los campos de visión y así no dejar puntos ciegos, la situación se complica cuando una de las estatuas es uno de los rivales, el cual logra morder a Chouji e Ino los cuales empiezan a perder la conciencia, Sakura al ver que sus compañeros están en peligro finalmente logra reunir el chakra necesario, llena de valor y confianza logra acabar con la batalla de un solo golpe, cuando Ino y Chouji despiertan le dan las gracias a Sakura por salvarlos y se alegran de haberla invitado a los exámenes chunnin

Hōichi un ninja budista aprendiz de Bunpuku, crea una gigantesca tormenta de arena la cual hace que la segunda fase del examen Chunnin sea temporalmente aplazada, el fin de dicha tormenta es lograr que Gaara salga a la batalla. En el cuartel general Temari y Kanguro deciden ir al desierto y ayudar a los equipos que están en problemas, tras ver el esfuerzo de los shinobis de la arena Gaara decide salir a ayudar a los participantes, el equipo de Fū también se refugia de la tormenta pero la Jinchūriki decide ayudar a los demás competidores, en ese momento se encuentra con Gaara y este reconoce el valor de Fū quien le recuerda a Naruto.

Guy, Kurenai y Asuma se dirigen al cuartel con el fin de entregarle un pergamino especial a Gaara pero no les es permitido dárselo personalmente, en ese momento la tormenta de arena los alcanza lo que obliga a los ninjas de Konoha a refugiarse, Kanguro y Temari siguen en su labor de ayudar a los participantes en peligro. Gaara quien también está ayudando se topa con Hōichi el causante de la tormenta, al notar que Gaara es un Jinchūriki este realiza una técnica de sellado donde una cadena que sale del pecho de Hōichi atrapa a Gaara y empieza a extraer al Shukaku, pero el Bijū al verse en problemas lanza una señal de ayuda a Fū quien rápidamente se percata y sale en su ayuda, tras llegar a donde se encuentra Gaara, Fū también es atrapada por la técnica de sellado.

El equipo de Neji se topa con Matsuri quien les pide ayuda para salvar a Gaara, tras aceptar la petición de ayuda, Neji usa su Byakugan donde divisa a Gaara y Fū los cuales están en peligro, tras dirigirse a su rescate, el equipo de Fū también esta en su rescate por lo que ambos equipos deciden unirse. Mientras tanto Gaara le alega a Fū por haber venido, en su respuesta Fū dice que no podía abandonar a un amigo, tras eso la Jinchūriki del Chōmei, crea un capullo de chakra, el cual impide que Hōichi siga absorbiendo a los Bijūs, tras eso, Fū alega que solo resta esperar a que los rescaten, pero Gaara alega que nadie vendrá puesto que el enemigo es de Sunagakure, poco después Neji y compañía llegan al rescate, pero Hōichi logra crear una barrera que lo protege de los ataques, Neji logra entrar en el capullo y tras analizar la situación, logra cortar el flujo de chakra de las cadenas, inmediatamente estas se desprenden y salen de control, Hōichi que se percata de los sucedido ahora es atacado por su propia técnica y queda inmovilizado. Gaara y Fū que ahora están libres le dan las gracias y le piden ser sus amigos.

Una vez que Gaara y Fū son salvados la segunda fase del examen continua, los equipos empiezan a llegar a la torre, Gaara quien entabla una conversación con Fugi y le comenta sus sentimientos acerca de lo que es Hokage y lo que lo que es ser un amigo. En otro lugar el equipo de Matsuri se encuentra con Shira y sus compañeros, Matsuri propone un enfrentamiento por el pergamino, pero Shira se niega ya que son de la misma aldea, pero Matsuri decidida a probarse a si misma logra convencer a Shira, donde finalmente deciden luchar, tras ser un encuentro parejo al final Shira logra ganar el encuentro. Una vez que todos regresan a sus aldeas, la decisión de ser aprobados o no dependerá de los kages de cada aldea, en el caso de Konoha Tsunade decidirá quienes serán Chunnin, pero en el caso de Neji por solicitud de Gaara es ascendido a Jounnin. Fū al regresar a su aldea se topa con Hidan y Kakuzu donde posiblemente la capturaron, el equipo de Amegakure vuelve con información tal como lo solicitó Konan, poco después Ajisai muere en su primera misión como Chunnin.

Naruto y Sasuke están al borde de la muerte, Gaara y Sakura se apresuran por llevar a Naruto hacia donde esta Minato, pues poco antes de que Kurama fuese absorbido, este le pide a Gaara llevarlo y sellar la parte que Minato posee para salvar a Naruto, pero durante el camino Sakura se queda sin chakra por lo que debe manualmente mantener vivo el corazón de Naruto, en otra parte Karin también se percata de la situación de Sasuke por lo que sale en su auxilio, pero antes deberá con ayuda de Ororchimaru, Jūgo y Suigetsu acabar con el Mokuton de Zetsu, después de acabar con la técnica e inmovilizar a Zetsu en la parte derecha de la cara se muestra que Zetsu está controlando a alguien. Madara ahora invoca al Jūbi para inmediatamente absorberlo y así convertirse en su Jinchūriki ahora Madara va por su Rinnegan izquierdo, cerca de Sasuke alguien aparece, Karin al notarlo alega que es peligroso que este cerca de Sasuke por lo que se apresura. Minato y Kakashi se preparan para atacar a Zetsu negro e impedir que obtenga el Rinnegan, justo cuando van a atacar, llegan Sakura y Gaara, tras comentar la situación, Minato quiere transferir inmediatamente a Naruto la parte de Kurama que posee pero en ese justo momento Zetsu negro se interpone y la roba, todo se complica puesto que Madara llega en busca de su Rinnegan.

Madara ha llegado a donde esta Obito y los demás, Zetsu negro al verlo se desprende de Obito con el fin de entregarle el Rinnegan izquierdo, pero Obito se resiste a que Zetsu se acerque a él. Obito al ver a Madara le pregunta que fue el durante el tiempo que él se hizo pasar por Madara, tras escuchar la pregunta de Obito, Madara responde que él ha sido en parte el salvador del mundo, ya que pronto se realizara el Tsukuyomi infinito, además Madara habla del fracaso logrado por el Rikudō Sennin, y de como el chakra se convirtió en un arma para el beneficio propio del shinobi. Madara le ofrece seguir a Obito seguirlo y ambos crear el nuevo mundo a partir del Tsukuyomi infinito, Obito al parecer se reúne con Madara , antes eso Minato Kakashi y Gaara atacan a Madara pero los tres son vencidos fácilmente, pero cuando están frente a frente Obito traiciona a Madara hundiendo su mano derecha en el pecho de Madara con el fin de intentar extraerle los Bijūs, pero debido a que Obito esta débil, solo logra extraer una parte del chakra del Shukaku y del Hachibi. Kakakshi se percata de que Obito volvió a ser el de antes, además Obito le pide llevar a Naruto y Sakura a otra dimensión con el Kamui, Cuando Obito intenta ir a su dimensión Madara lo ataca, en ese momento Kakashi ayuda a Obito y en ese momento empieza a recordar su infancia en la aldea.

Obito sigue recordando su pasado, luego de un tiempo de estar en la academia, Obito se entera que Kakashi realiza misiones reales, pero tiene problemas con las personas que este sigue estrictamente el código ninja, por este motivo el tercer Hokage le pide a Minato hacerse cargo de Kakashi, ya que el y los demás pronto se graduaran de la academia, poco después el equipo Minato es formado y este empieza a realizar misiones de nivel D dentro de la aldea, debido al entusiasmo que Obito le ponía a las misiones, el tercer Hokage decide ahora darles una misión de nivel C, la cual es escoltar a unos shinobis de Kirigakure los cuales llevan un pergamino especial, el día de la misión, Minato se percata que los están siguiendo por lo que el y Obito deciden retrasarlos y ganar tiempo para Kakashi y Rin que acompañan a los shinobis, cuando parece que Kakashi y los otros están a salvo, los shinobis de Kirigakure resultan ser traidores.

Los traidores de Kirigakure ahora pretender acabar con Kakakshi y Rin, pero Kakashi logra acabar con uno de ellos, en ese momento Minato y Obito llegan para darse cuenta que el pergamino no contenía nada, y por lo tanto el verdadero lo tenía el shinobi que cayo del puente, es entonces que Obito decide ir a rescatarlo, pero Kakashi alega que hay que darle importancia a la misión, aún así Obito se marcha en ayuda del shinobi herido. Cuando llegan al río descubren que están rodeados por bastantes enemigos, por lo que deciden separarse y obtener el pergamino a como de costa, Kakashi logra acabar con bastantes de ellos, finalmente Minato llega y logran recuperar el pergamino y completar la misión, cuando regresan Kakashi se percata de que el como los demás fueron utilizados y sospechan que el verdadero pergamino lo tenía otro equipo. De vuelta en la batalla, Obito junto con Kakashi se preparan para usar el Kamui, pero Madara quien observa atentamente lo que ellos están planeando y decide atacarlos al tiempo, cuando eso sucede, tanto Obito como Kakashi usan el Kamui al mismo tiempo y como resultado Obito logra dirigirse a su dimensión donde se encuentra Naruto una vez allí empieza a transferirle la mitad del Kurama, mientras que Kakashi es salvado por Guy quien observa a Madara con su nuevo aspecto.

Orochimaru y su equipo se dirigen hacia donde se encuentra Sasuke, Karin siente la presencia de alguien peligroso que esta cerca del Uchiha, cuando finalmente llegan descubren que se trata de Kabuto, el cual está tratando de salvar a Sasuke, Orochimaru y los demás se sorprenden al verlo pues este logró salir del Izamani de Itachi, es decir logró aceptar quien es mostrando que cambió su manera de ser, aun así Suigetsu le reprocha que él fue uno de los que inicio la guerra con Obito convencidos de que el mundo no tendría salvación. Por otra parte Guy al ver la situación de Kakashi y los demás, decide que es hora de abrir las ocho puertas internas, inmediatamente Guy libera la séptima puerta y ataca a Madara quien logra esquivar sus ataques a pesar de la velocidad y poder que despliega, cuando Gyu no puede mas cae en ese momento Madara ataca pero es rescatado por Lee y llevado con los otros. Tras pensar en lo sucedido Guy no tiene más opción que abrir la última puerta y atacar con todo a Madara aun sabiendo que eso significara la muerte, en ese momento Guy empieza a recordar su infancia en la aldea y de como al no tener talento ninja no es aceptado en la academia pero su padre lo alienta a no rendirse y a dar lo mejor de si mismo para lograr sus sueños.

Guy sigue recordando su pasado, tras darle quinientas vueltas al campo de la academia junto con un letrero que es observado por el tercer Hokage le permiten ingresar a la academia, pero esto es solo el principio para Guy pues ya que no logra realizar Ninjutsu decide enfocarse a desarrollar su taijutsu, motivado por su padre y tras observar que Kakashi es un genio reconocido Guy entrena todos los días, donde poco a poco sus compañeros empiezan a notar y reconocer su esfuerzo ahora uno de sus objetivos es retar a Kakashi pero Guy descubre que el también entrena muy duro a pesar de ser un maestro, pasado algún tiempo Guy logra graduarse de la academia, es así que a él se le empiezan a dar misiones poco a poco, pero Guy se da de cuenta que su padre sigue realizando misiones de nivel D, lo cual a él le causa vergüenza. En ese entonces la tercera guerra mundial ninja a Gyu se le asigna una misión bastante peligrosa pero lo que no saben es que el enemigo son los siete espadachines ninja de la neblina, cuando parece que no hay salvación, el padre de Guy aparece para pelear contra ellos usando las ocho puertas internas, Guy nota que su padre decide hacerlo pues está aplicando su regla para proteger algo. De vuelta en la batalla, Guy sin mas abre la última puerta liberando vapor rojo preparado para atacar nuevamente a Madara.

Guy que ja abierto las ocho puertas y libera vapor rojo se prepara para atacar con todo a Madara, tras realizar el primer movimiento Guy logra crear un poderoso golpe el cual actúa como un cañón de aire, Madara quien apenas logra contener el ataque es enviado bajo tierra por la misma técnica, Los demás quienes observan la pelea deciden apoyar a Guy puesto que el solo no será capaz de vencer a Madara, así que Minato rápidamente les dice a los demás que hacer con el fin de crearle una oportunidad a Guy para que golpee directamente a Madara. Una vez que Madara se levanta inmediatamente es golpeado por Guy, pero ahora Madara crea un escudo con el cual se protege sin embargo Guy lo golpea con una ráfaga de poderosos golpes y no le da la oportunidad de defenderse incluso así Madara se logra proteger al encerrarse con la materia de las esferas, es entonces cuando Minato y los demás entran en acción, donde gracias al trabajo en equipo Guy logra golpear a Madara en la espalda y causarle daño, pero aun así Madara logra ponerse en pie y emocionado de enfrentar a alguien así le alega a Guy que siga luchando de esa forma. Por otra parte Naruto despierta en un lugar parecido a donde lucho contra Kurama y en ese lugar aparece un anciano el cual se presenta a Naruto como el Rikudō Sennin, y a continuación este le explica el origen del Ninshu que más tarde se convirtió en Ninjutsu, los dos hijos que el sabio tuvo llamados Indra y Ashura, y como los espíritus de estos fueron reencarnando a través de los años, y como actualmente el espíritu de Ashura esta en Naruto.

El sabio de los seis caminos sigue afirmando que el chakra y espíritu de Ashura el menor de sus dos hijos ahora fluye dentro de Naruto, ante esto Naruto se percata de que el espíritu de Indra esta en Sasuke, en ese momento Naruto recuerda la ocasión en que les pidió a sus compañeros que él se encargara de Sasuke tras haber desertado y aliado con Madara. Además de estar hablando con Naruto el sabio a la vez esta contándole la misma historia a Sasuke sobre el origen del chakra. El sabio comenta que a través del tiempo el vio a las reencarnaciones de sus hijos luchar, además de que Madara está obsesionado en obtener el chakra de Kaguya y así realizar el Mugen Tsukuyomi, es por eso que el sabio le pide tanto a Naruto como a Sasuke detener a Madara antes de que sea demasiado tarde, en ese momento surgen el Shukaku, Gyuki y Kurama quienes fueron dados por Obito, y a continuación el resto de los bijūS emergen ante Naruto el cual alega que quiere proteger a sus amigos y conocidos, a continuación el sabio confía de ahora en adelante lo que pase a ellos y en ese momento ellos extienden su mano con la del Sabio. En ese momento ellos recuperan la conciencia, pero ambos tienen una marca en la palma de la mano, Naruto en la derecha y Sasuke en la izquierda. Por otra parte la pelea entre Madara y Guy continua en donde al ver a Madara de pie Guy des pues de su último ataque este decide realizar su técnica definitiva el Yagai, Madara se percata de que este será el último ataque, en ese momento Guy despide una gran cantidad de poder el cual toma la forma de un dragón rojo, sin mas Guy se lanza contra el con una tremenda velocidad y lo impacta directamente con una patada en donde la pierna derecha de Guy se destroza al igual que las costillas y parte del lado derecho de Madara para impactar contra el Shinju, cuando el ataque acaba el cuerpo de Guy esta quemado y pierna derecha desecha, mientras que Madara herido se recupera fácilmente, cuando Madara lo intenta acabar con una Godou dama aparece Naruto quien la repele fácilmente, además logra salvar a Guy e impedir que su chakra se extinguiese, Madara al ver a Naruto nota que algo ha cambiado en él, a lo cual Naruto responde que incluso el mismo está sorprendido por el poder que ha recibido.

Especial de Naruto Shippüden con motivo del lanzamiento de la película "Boruto: Naruto The Movie".

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Naruto logra salvar a Guy de la muerte, Madara quien no logra entender lo que pasa se percata de que Naruto ahora es diferente, si mas Naruto ataca a Madara el cual apenas logra protegerse con la gudou dama, pero la fuerza de Naruto es tal que el Shinju se estremece, en ese momento Naruto toma el chakra de Son Goku y crea el Senpō: Yōton RarenShuriken, Madara al notar lo peligrosa que es la técnica usa el Limbo pero Naruto de alguna manera lo esquiva, la técnica se expande y logra cortar el Shinju, Madara que también recibe el impacto observa como el Shinju cae en ese momento el escucha una voz la cual le dice que absorba el árbol, en ese momento Madara se pone frente al caído Shinju y empieza a absorberlo, en otra parte Naruto lleva a Guy donde esta Lee y Gaara los cuales le agradecen por salvar a Guy. Ahora Madara se recupera por completo tras absorber al Shinju y alega que ahora es inmortal, pero Naruto le responde que no será el quien acabe con el y en ese momento Sasuke aparece y para sorpresa de Madara y los demás logró despertar el Rinnegan en el ojo izquierdo, mientras que Naruto despertó el sejutsu del Rikudō. Madara quien no se sorprende alega que el podrá acabar con ambos, en ese momento Madara ataca a Sasuke y Naruto con relámpagos pero Sasuke logra moverse rápidamente y evitar el ataque, Madara se sorprende, pero Naruto ahora es quien ataca para ser detenido por el Limbo de Madara, Sasuke se percata que se trata de otro Madara el cual es de otro mundo, y solamente el chakra del Rikudō puede afectarlo, tras idear una estrategia para sellarlo, Naruto y Sasuke logran atrapar a Madara para sellarlo, pero cuando lo están logrando Madara cambia con su limbo, tras notar el cambio Sasuke rápidamente lo persigue pero Madara quien tiene ventaja roba el Sharingan de Kakashi y logra transportarse a la dimensión de Obito en busca de su Rinnegan faltante.

Obito le pide a Sakura destruir el Rinnegan izquierdo de Madara antes de que este lo recupere, puesto que si obtiene ambos ojos el poder de Madara se incrementara y nadie podrá detenerlo, Sakura la cual esta nerviosa apunta su kunai frente al Rinnegan y cuando está a punto de destruirlo Madara aparece e impide que lo destruya lanzando la estaca pero Obito logra regresarla a tiempo a donde están Naruto y los demás, cuando Sakura regresa rápidamente atiende a Kakashi tras perder su Sharingan, pero Naruto logra darle un ojo nuevo con sus poderes. Kakashi al ver a su equipo reunido nuevamente recuerda las metas de cada uno. En la otra dimensión Madara que tiene inmovilizado a Obito le revela que él fue quien manipulo a los shinobis de Kirigakure, y posteriormente la muerte de Rin, todo fue planeado con el fin de llevar a Obito a la oscuridad, y continuar con el legado de Madara quien además alega que Obito hizo exactamente lo que el quería y que ahora solo le falta recuperar el ojo izquierdo. Poco después Madara vuelve de la otra dimensión junto con Obito y Zetsu, Madara ahora cuenta con ambos Rinnegan y lo que es peor cuatro sombras que lo rodean, Sakura que decide ponerse a la cabeza ataca a Madara sin éxito rápidamente es salvada por Naruto y Sasuke, en ese momento Madara decide no perder más tiempo y ejecutar de una vez por todas el Mugen Tsukuyomi, para ello se eleva lo más alto posible y ejecuta el Chibaku Tensei como distracción para Naruto y Sasuke, rápidamente Sasuke usa el Susanō para destruir la mayor cantidad de meteoritos posibles al igual que Naruto, sin embargo parece ser tarde pues Madara abre un tercer ojo en su frente que se refleja en la luna anunciando que el Mugen Tsukuyomi ha comenzado.

El Mugen Tsukuyomi esta por iniciar, Ōnoki y los demás shinobis siguen luchando contra el usuario del Mokuton el cual les sigue causando problemas, pero repentinamente la técnica Mokuton Shin sushenju se detiene, los shinobis pronto se empiezan a dar cuenta que la luna se torna extraña, Sasuke se percata rápidamente que en contados instantes el Genjutsu iniciara por lo que rápidamente regresa donde están Naruto y los demás una vez allí los cuatro se cubren con las alas del Susanō, en ese momento la técnica de Madara inicia donde la figura de Kaguya se puede apreciar a continuación la luna empieza a brillar como si fuese el sol e ilumine a todo el mundo shinobi, Madara ahora usa el Mokuton para crear troncos gigantes que desprenden hebras que envuelven a todos los shinobis quedando como capullos, los hokages empiezan a notar que los ojos de todos se tornan como si fuesen Rinnegan tras mirar a la luna, además de quedar inmóviles, pero los kages revividos no son afectados por la técnica, el Zetsu que está controlando al usuario que puede realizar el Mokuton se marcha y revela que era a Yamato quien estaba dominando, Naruto y los demás que están protegidos gracias al Susanō esperan a que la luna deje de brillar. Yamato que está confundido por lo que está sucediendo recuerda como fue capturado por Kabuto, el tercer Hokage intenta calmarlo pero Yamato cae en el Genjutsu. En ese momento se ve a Yamato en Konoha el cual debe atrapar a Kabuto que secuestro a Kakashi, donde al final lo logran con ayuda de Naruto, Sakura, Sasuke y Sai, pero se descubre que está bajo el efecto de la técnica de Madara al igual que todos el mundo, los kages que aun no entienden lo que está pasando solo pueden observar como el Tsukuyomi infinito atrapa a todo el mundo.

Tenten que posee el Benihisago y el Kohaku no Jōhei, piensa que puede sellar rápidamente al enemigo, por lo que busca a los shinobis de Kumogakure que le digan como usar dichar armas, pero en el camino es alcanzada por el Tsukuyomi infinito. Cuando ella despierta nota que esta en Konoha, pero rápidamente se percata de que algo anda mal, tras indagar un poco nota que sus compañeros actúan de manera diferente. Tenten deduce que se encuentra bajo un genjutsu, sus compañeros al notarla algo extraña le ofrecen su ayuda pero Tenten prefiere no invocarse con ellos, puesto que sabe que todo es falso, Tenten busca la manera de liberarse de la técnica del enemigo, para ello busca todo lo relacionado con los genjutsus.

Tenten sigue en su búsqueda por lograr salir del genjutsu, pero sus esfuerzos no parecen dar resultados, y tras notar que nadie le puede ayudar ella decide dejar la aldea a escondidas pero es capturada, acusada de traición, y posteriormente llevada a la prisión de la aldea, poco después Hanzo la salamandra aparece en medio de la aldea y con su invocación empieza a devastar Konoha, Tenten es liberada por Naruto quien la estuvo vigilando quien además se percata de que ella no es la Tenten que el conoce, después de eso Naruto usa el chakra de Kurama para detener a Hanzo pero Tenten que decide intervenir usa las armas del Rikudō y así vencer al enemigo, después del incidente ocurrido, sus demás compañeros le agradecen el haber salvado la aldea, ante esto Tenten finalmente reconoce que esta en su hogar y por tanto cae por completo bajo el efecto del Tsukuyomi infinito.

Killer Bee quien logró salir con vida luego de que extrajeran al Hachibi, cae bajo el efecto del Tsukuyomi infinito, en su mundo, el junto a Yugito deben ir y reclutar a todos los Jinchūriki, los cuales están en sus aldeas, el propósito según Killer Bee es que ellos tienen una misión especial que y solamente al reunir a los nueve Bijūs podrán tener éxito, una vez que se dividen, Killer Bee empieza reclutando a Gaara el cual está encerrado en Sunagakure, una vez que lo libera el siguiente es Naruto que también esta como prisionero, pero para escapar deberán enfrentar a Tsunade y los guardias de Konoha, una vez que logran escapar el siguiente Jinchūriki que buscan es Fū, una vez que llegan a donde ella se encuentra las cosas se vuelven a complicar puesto que akatsuki aparece con el fin de capturarlos.

Los miembros de Akatsuki han aparecido: Itachi, Sasori y Deidara, cada uno de ellos tiene un combate individual con los Jinchūrikis, Durante la batalla Itachi quien oye hablar de Sasuke, deserta y deja Akatsuki, lo cual deja en desventaja a Sasori y Deidara, en ese momento Fũ aparece, y Akatsuki se marcha, Killer Bee convence a Fū de unirse al equipo, y una vez que lo logran solo falta reclutar a Yagura pero el no quiere unirse y les pide marcharse, Naruto, Gaara y Fū se adelantan y para encontrase con Yugito quien recluto a Roshi y Han, cuando los siete están reunidos se dirigen al castillo que deben proteger, en ese momento Sasori y Deidara aparecen nuevamente pero ahora invocan a la estatua Gedo Mazo para destruir todo, los siete Jinchūriki que apenas pueden defenderse esperan ayuda y en ese momento Killer Bee y Yagura aparecen una vez que los nueve se reúnen, cada uno realiza una bijudama con la que logran vencer al enemigo.

Karin es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él se encuentra Karin de niña en la Aldea oculta de la Hierba, luego de que su aldea fuera arrasada. Su madre en condición de quedarse con Karin en la aldea, debía utilizar la mordida de la cura con los heridos de batalla, sin embargo muere al curar a cientos de heridos. Luego continúa la niñez de Karin pasando por el examen chunin y su primer encuentro con Sasuke, la fortaleza del norte de la aldea de la Hierba y posterior reclutamiento por Orochimaru y la inclusión en Hebi, uniéndose a Akatski para capturar al Hachibi. Luego de la captura del Hachibi, Hebi se dirije a Konoha para destruir y construir un nuevo Konoha, llegando Sasuke a ser el sexto Hokage. Luego de que Sasuke fuese nombrado como sexto Hokage, la aldea oculta de la Hierba comienza un ataque a la aldea de la Hoja, donde unos hombres intentan asesinar a Karin, siendo salvada por Sasuke. Antes de que Sasuke fuera por ayuda médica, Karin le pide que sonría.

Tsunade es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él recibe un relato de Jiraiya llamado Las crónicas ninja de Jiraiya, en el que relata la historia de Naruto, donde sus padres Minato y Kuchina están vivos y Minato sigue siendo el cuarto Hokage. Naruto es temido por ser el jinchuriki del Kyubi, pero a la vez, es tratado de una manera distinta por ser el hijo del Hokage. Un genin vuelve medio muerto a la aldea a causa de un ataque de desconocidos, donde todos los Jounin terminaron desaparecidos excepto el. Para que Naruto pueda controlar de una vez el poder del Kyubi, es enviado a una misión sumamente difícil para rescatar a los shinobis desaparecidos, junto con el equipo 7, 8, 9 y 10.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.

Yahiko presenta a sus compañeros como el equipo Jiraiya y atacan al equipo 10 llevándolos en batalla hasta una aldea cercana. Mientras, Naruto escapa del jutsu de maldición y logra reducir a Hidan, pero Kakuzu aparece con el cuerpo de Kakashi dejando escapar a Hidan del equipo 7. Shikamaru decide seguir a unos niños hasta una casa, donde también se encontraba Yahiko y mientras Shikamaru se disponía a preguntarle a los niños por los miembros de Akatsuki, Nagato desprende su ira al recordar la muerte de sus padres al ver la banda protectora de Konoha en la frente de Chouji, creando una gran explosión y provocando que los niños cayeran por un agujero creado por el poder de Nagato. Yahiko, Nagato y Konan entran por el agujero para rescatar a los niños, pero Shikamaru ordena a sus compañeros quedarse.

Yahiko, Nagato y Konan llegaron a un acantilado en lo más profundo del agujero, donde fueron atacados por dos monstruos marinos, logrando rescatar a los niños. Sin embargo, los monstruos marinos comenzaron a atacar al equipo Jiraiya, pero oportunamente Shikamaru llega al lugar salvándolos, gracias a la madre de los niños que nombró a Mashirama, llevándolos a un pasadizo secreto al lugar donde se encontraban los niños. Mientras el equipo 7, 8 y 9 se dirigen a la aldea llamados por la explosión. Pero al llegar, se encuentran con una esfera negra donde estaban los jounin secuestrados, Kakashi y los demás. Naruto decide no obedecer a Sasuke y entra a la esfera negra siendo acompañado por Neji, llevándolos a otra dimensión, donde aparece un enmascarado que es portador del Byakugan.

Luego de rescatar a los niños, el equipo 10 y el equipo Jiraiya toman caminos distintos y Shikamaru se une a Kiba dejando a Shikamaru como líder, quien decide avisar al cuarto Hokage sobre la situación y reencontrarse con los otros equipo para rescatar a los sensei. Mientras en la otra dimensión, el hombre enmascarado le muestra a Naruto y Neji la última decisión de su padre Hizachi por decidir salvar la aldea y al clan, acusando a Konoha de un sistema que no va a cambiar a pesar de ir pasando de generación tras generación, y al no haber ningún cambio decide atacar a Konoha e insta a Neji acompañarlo. Por otra parte Jiraiya llega al escondite de Orochimaru.

Jiraiya llega al escondite de Orochimaru, quien lo encuentra en un cuarto observando un frasco. Naruto en inmovilizado por el enmascarado, y Neji lo acompaña para saber qué planea. El equipo Jiraiya aparece ante el enmascarado, y le dicen que un trío de shinobis de Konoha les ayudaron a salvar a unos niños, nombrándolos como los shinobis que cambiarían el mundo, el enmascarado se retira y lleva a Neji donde Sasuke y Sakura, quienes son atacados por Sasori para comprobar el carácter de ellos. Naruto al no poder hacer nada le pide poder al Kyubi, pero éste le explica que es imposible ya que no podría controlarlo, pidiéndole la llave del sello de las ocho trigramas para liberárlo. En ese momento, Jiraiya aparece en la dimensión en la que se encuentra Naruto para rescatarlo.

Sasuke es envenenado por Sasori, pero Sakura logra quitarle el veneno con el ninjutsu médico. Sasori libera las cien marionetas para impedir que Sasuke y Sakura vayan a Konoha, e informar al cuarto Hokage de lo sucedido. El enmascarado le explica a Neji que esto es una prueba, y que para exponer su punto los Genin tienen dos opciones, o ir a Konoha a informar y seguir con las leyes, o abandonar la misión e ir a rescatar a sus compañeros. Pronto, Shikamaru y los demás alcanzan a Sasuke y Sakura, y les pide apoyo para rescatar a los líderes, pero Sasuke está decidido en seguir la misión e ir a Konoha. Por otra parte, Jiraiya libera los puntos de shakra de Naruto e intenta que libere el poder del Kyubi, abriendo el sello de las ocho trigramas. Sin embargo, Naruto libera las cuatro colas.

Jiraiya intenta detener a Naruto, pero termina con sus costillas rotas. Sasuke ataca a las cien marionetas de Sasori el solo pero es derrotado, Rock Lee ayuda a Sasuke y pronto todos lo apoyan. Naruto presencia que Sakura y los demás no pueden mas con las decenas de marionetas, por lo que logra controlar el poder del Kyubi volviendo en si, volviendo al campo de batalla, donde Naruto realiza una gran cantidad de clones de sombra y todos con un Rasengan, destruyendo todas las marionetas de un golpe. Sin embargo, Sasori coge la marioneta del tercer Kazekage y escapa, por lo que Naruto y Shikamaru convencen a Sasuke de romper las reglas para salvar a Kakashi y los demás. A vista de Neji y el enmascarado, Neji le dice a este que ya está aclarado su punto, y le pide que libere a Kakashi y los demás llamándolo padre (Hizashi Hyūga).

Hizashi le dice a Sasori, Kakuzu e Hidan que se marchen, pero al equipo Jiraiya les pide un último trabajo. Pronto, el equipo Jiraiya llega donde Naruto, y les dice donde encontrar a Kakashi. Al llegar guiados a una casa, logran liberar a Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma, e Hizashi aparece para explicar lo sucedido. Hizashi les cuenta que Orochimaru lo revivió con el Edo Tensei, y al quedar a solas para hablar con Neji, logra liberarse del Edo Tensei. Una vez acabado, Yahiko ve a Nagato con el oso de peluche de los niño que salvaron de los monstruos marinos y decide ir a la aldea a devolverlo. En ese momento, una gran explosión desde el centro de la aldea, provoca la muerte de Yahiko cayendo el oso de peluche en los pies de Nagato, desatando su ira.

Naruto y los demás vuelven a Konoha, y a pesar de romper las leyes Minato les agradece. Jiraiya se recupera en el hospital de Konoha por la heridas de Naruto, y le explica a Minato que Orochimaru de alguna forma estaba implicado en el incidente. El clan Uchiha planea un golpe de estado, pero Minato trata de cumplir su promesa con la esperanza del niño de la profecía de Jiraiya. Sasuke le pide a Kakashi que le enseñe el Chidori para superar a Naruto, mientras que el mismo Naruto entrena para perfeccionar y evolucionar el Rasengan.

Sasuke siente que su padre no lo reconoce y pelea con Naruto, Minato los separa pero Sasuke nota que Naruto es más fuerte. Sasuke abandona la escuela shinobi y se une a la policía militar, mientras que Naruto acompaña a Jiraiya en donde entrenará para entrar en el modo ermitaño, mientras siguen los pasos de Orochimaru quien se revela como artífice de lo ocurrido con Hizashi junto a su cómplice Danzo, y Sakura quien es entrenada por Tsunade quien le enseña el Byakugou no Jutsu. Luego de tres años, Sasuke es enviado de vuelta a Konoha y es nombrado vice capitán de la policía militar, jurando reparar la humillación de Naruto con derrotarlo.

Sasuke emplea la policía militar con tiranía, logrando bajar los crímenes de la Aldea pero a la vez aumentando el descontento de los aldeanos. Naruto regresa a la Aldea y decide detener a Sasuke, pero Danzo interviene al ver que Naruto es mucho más fuerte que Sasuke. Frustrado, Sasuke libera a su escuadrón de órdenes, por lo que van a la casa del Hokage a arrestar a Naruto. A causa de esto, el escuadrón de Sasuke es aprisionado, por lo que Fugaku expulsa a Sasuke de la policía militar. Tras lo acontecido, Sasuke le pide consejo a Danzo, quien le asesora visitar a Orochimaru abandonando la aldea.

Sasuke sale de Konoha y se encuentra con Kakashi, pero lo derrota con un genjutsu logrando huir. Minato ordena un toque de queda para no alarmar la búsqueda de Sasuke y evitar manchar el nombre de los Uchiha. Shikamaru reúne a Naruto y los demás en el aula de la escuela ninja, encontrándose Naruto con la banda protectora de Sasuke, enterándose de su deserción por Sakura. Shikamaru acompaña a Naruto para evitar que llegue con Orochimaru pero son detenidos por Raíz, que por orden de Danzo tienen la orden de matarlos si es necesario. En seguida, Neji, Tenten y Rock Lee se unen a Naruto para repeler los ataques de Raíz.

Sasori revela a Hidan que el experimento de Hizashi de hace tres años antes perjudicó a Akatsuki, el cual no los llevó a nada. Aun así, tras el desafortunado accidente que provocó Deidara con una de sus bombas, la cual acabó con la vida de Yahiko y la destrucción de la aldea donde se encontraba el equipo Jiraiya, logró ser aprovechada para culpar al Hokage Minato, dando este suceso el nacimiento de Pain, quien planea atacar Konoha. Por otra parte, Naruto aún continúa la persecución a Sasuke, y Raíz tratando de detenerlos a como de lugar. Rock Lee y TenTen detienen a dos de ellos para que los demás logren alcanzar a Sasuke.

Sasuke logra llegar a la torre donde se encuentra Orochimaru y este le muerde dejándole el sello maldito. Shikamaru y Neji detienen a los de Raíz dejando que Naruto entre a la torre. Yamato aparece deteniéndolo, pero Naruto saca las cinco colas derrotándolo, pero vuelve en si y sube a la azotea. Al llegar con Sasuke, lo reta a una pelea y Naruto acepta usando el modo ermitaño, Sasuke usa todo su poder y Naruto el de Kurama, atacándose mutuamente con el chidori y el rasengan, pero antes de impactar aparece Itachi en medio muriendo por el chidori de Sasuke. Luego de la colisión, Naruto queda derrotado y Sasuke se marcha al recibir el poder de Itachi.

Naruto, Shikamaru, Tenten, Neji y Rock Lee, vuelven a Konoha encontrándose con la aldea en suspensión por el Chin Chibaku Tensei de Pain. Sakura y Hinata se encontraban fuera de la aldea cuando ocurrió todo, Sakura cura a Naruto de las heridas causadas por su pelea con Sasuke. Una vez recuperado, Naruto entra en el modo ermitaño y derrota a cinco de los caminos de Pain, el último con la apariencia de Yahiko atraviesa las manos de Naruto pero es atacado por Hinata, quien es atravesada también. Naruto al ver gravemente herida a Hinata, libera fácilmente seis colas pero es atrapado en un Chibaku Tensei.

Naruto no puede liberarse del Chibaku Tensei, por lo que Kushina le entrega el poder de la otra mitad del Kyubi perdiendo la vida. Naruto logra liberarse y derrota a Pain, y llega a la ubicación de Nagato y Konnan. Al verlos, dialogan sobre sus compañeros perdidos y Naruto al tener los mismos pensamientos que Yahiko, Nagato libera a Konoha del Chin Chibaku Tensei y se retiran, prometiendo Naruto unirse algún día al equipo Jiraiya. Mientras, Sasuke asesina a Orochimaru pero alcanza a recibir su veneno. Luego despierta en una cueva junto a Sasori, quien le recuerda que Itachi está muerto, por lo que decide gobernar como los Uchiha y destruir Konoha, uniéndose a Akatsuki.

Akatsuki inicia un ataque a las cinco grandes naciones, por lo que estas se unen para contrarrestarlos. Naruto y sus compañeros deciden ir tras Sasuke para instarlo a volver, pero Sasuke traiciona a Akatsuki por tener distinto modo de pensar y tras una aparición de Itachi. Sasori utiliza el edo tensei utilizando cientos de marionetas, pero con la presencia de los shinobis de las grandes naciones, Itachi y el equipo Jiraiya, logran derrotar a Sasori y los demás miembros de Akatsuki. Tras haberlos derrotado a todos, Naruto insta a Sasuke a volver a Konoha, pero Sasuke continúa con la idea de gobernar como los Uchiha.

Naruto le pide a Sasuke volver a Konoha, a lo que accede bajo la advertencia de ser él quien con sus propias manos cambie el mundo Shinobi. El inevitable enfrentamiento entre los rivales da inicio, a medida avanza el duelo, recuerdan cuando se conocieron, su vida en la academia ninja; las frustraciones de Sasuke al no tener una verdadera competencia contra Naruto (al ser este el primero de clase y su rival el peor); la forma en que el cuarto Hokage evitó el golpe de estado Uchiha mediante el diálogo; hasta el día en que Naruto avanzó dejando a Sasuke atrás, cambiándolo todo. La batalla se intensifica, Sasuke ataca con su Mangekyō Sharingan y Susanoo mientras que Naruto lo hace en Sennin Mōdo. A medida Sasuke perfecciona su Susanoo, Naruto se ve en la necesidad de pedir ayuda a Kurama accediendo al Bijū Mōdo y atacando a Sasuke con una Bijū Dama, Sasuke por su parte utiliza flechas de Enton: Kagutsuchi, sus transformaciones desaparecen y ambos finalizan sus ataques propinando un puñetazo en la mejilla de su rival, exhaustos, caen al suelo y la amistad entre ambos prevalece. "Y así, Naruto Uzumaki, el niño de la profecía que quería ser Hokage, con la ayuda de sus compañeros, consiguió que el futuro de los shinobi superase toda clase de dificultades. Finalizando de esta forma el primer volumen de las Crónicas shinobi de Jiraiya ~Las Historias Perdidas de Naruto~". Todo lo anterior resulta como un sueño de Tsunade, quien al despertar ve a Dan, su fallecido amor, vistiendo como Hokage, pidiendo que le acompañe a la reunión de los cinco Kage, encontrándose en su camino a Orochimaru y Jiraiya, este último entregándole una copia de sus novelas eróticas a Nawaki, lo que enfada a Tsunade. Sin embargo, todo lo experimentado por ella es producto del Tsukuyomi Infinito en el que se encuentra atrapada de momento.

Gracias al Susanō creado por Sasuke, el equipo siete se ha librado de los efectos del Tsukuyomi Infinito. Mientras, los shinobi afectados por el genjutsu sueñan con su vida ideal. Sasuke recuerda las últimas palabras de su hermano antes de partir, las que sirven de enlace para iniciar este nuevo arco, que narra la vida del shinobi Itachi Uchiha, quien durante la tercera guerra mundial shinobi y con tan solo cuatro años presenció la cruda realidad del campo de batalla, la que al mismo tiempo es explicada por su padre. Posteriormente, es testigo del nacimiento de su hermano; todas estas experiencias le hacen pensar acerca de la vida y la muerte. Entretanto, Obito Uchiha se prepara para atacar Konoha invocando al Kyūbi.

Obito Uchiha invoca al Kyūbi para que destruya Konoha, ante tal ataque Itachi se dirige a la zona de evacuación y en el camino salva a Izumi Uchiha, el Kyūbi finalmente es sellado en Naruto. Inician las labores de reconstrucción de la aldea y es llevada a cabo una reunión entre el Hokage y las altas autoridades de Konoha con el objeto de reubicar a los clanes en caso ocurriera otro ataque. Danzō, quien está a cargo de ello, recibe el aval del tercer Hokage y traslada al clan Uchiha a una zona apartada de la aldea, con la excusa que tendrán cerca el nuevo sitio de entrenamiento. La miembros de la policía militar se quejan con su comandante, Fugaku Uchiha, sobre la decisión de las altas autoridades de la aldea al pensarlos responsables de esa desgracia, pues los rumores son que el Kyūbi fue manipulado con el Sharingan. Fugaku insta a sus subordinados a seguir las órdenes para evitar un conflicto mayor y da por terminada la reunión. Al terminar, Itachi le pide a su padre que le enseñe una técnica, decidiéndose por el Katon Gōkakyū no Jutsu, su hijo la hace a la perfección en el primer intento. Itachi es inscrito en la academia ninja y sobresale en todas las áreas por lo que decide entrenar por su cuenta; en el campo de entrenamiento se encuentra con Shisui, quien le comparte sus conocimientos. Para aprovechar el tiempo, Itachi crea un clon de sombras para que asista a la academia mientras el entrena con Shisui, no obstante, unos bravucones de la academia lo golpean y su clon desaparece, esto llama la atención de uno de los profesores, quien se reunió con el tercer Hokage, instándolo a promover a Itachi por sus grandes habilidades a tan temprana edad, así el pequeño prodigio Uchiha se gradúa durante el primer año.

Itachi ya es un genin y como tal, pertenece a un equipo al que se le asignan misiones de rango D; en esta ocasión se les encomienda recuperar a un gato ninja, quien causó dificultades a sus camaradas e incluso su jefe de equipo, sin embargo, usando sus depurada técnica con los kunais, Itachi captura al felino para devolverlo a su dueña; durante el enfrentamiento el gato pierde parte de sus bigotes, estos son de mucha ayuda para el padre de Tenma, su camarada, pues los necesita para preparar la medicina que le ayude a recuperarse; en el afán por hacerse con ellos, Tenma no se fija y está por caer a un precipicio, afortunadamente es salvado por Itachi. Posteriormente el Uchiha, en compañía de su hermano menor, reflexiona acerca de las relaciones entre los miembros de los diversos clanes y aquello que les une para convertirse en una aldea, concluye en que además de que una vida nace y muere, esta puede salvarse; esto sucede mientras recuerda cómo Tenma perdió la vida al defenderle en una emboscada ideada por Obito Uchiha mientras llevaban a cabo una misión, es en este dolor, que su sharingan despierta ante el asombro de Sasuke.

Itachi acompaña a Shisui como compañero de ejercicio, por lo que van por un pergamino con las instrucciones de esta, el primer ejercicio es ubicar a cierto objetivo rastreando sus pasos. A pesar de que Itachi tiende a encontrar pistas, Shisui termina dándole lecciones en cada detalle. Al llegar a un río y luego de pasarse la puesta de sol, Shisui da inicio al segundo ejercicio el cual es acampar. Mientras comen, Itachi le revela a Shisui que ha despertado el Sharingan, pero son interrumpidos por los choques de unos Kunais, por lo que Shisui da inicio al tercer ejercicio. Shisui observa que un ANBU es atacado por desconocidos, al intentar socorrerlo nota que los tres atacantes son de Raíz, quienes acusan al ANBU de traicionar a la aldea. Shisui les pide pruebas de dicha traición, pero se niegan y deciden matarlos a todos. Itachi logra derrotar a una de Raíz con su Sharingan de dos aspas, mientras que Shisui derrota a los otros dos. Al verse derrotados, huyen del lugar sin antes amenazarlos. Al lugar llegan más ANBUs quienes se hacen cargo del ANBU herido, mientras que Shisui carga en su espalda a Itachi al lesionarse en batalla. Años después, Itachi se úne a ANBU.

Itachi ya es miembro de ANBU. Danzo le nombra comandante de un cuerpo especial para la aldea que no está vinculado directamente a Raíz; Al mismo tiempo, el clan Uchiha le encomienda espiar los movimientos de Konoha convirtiéndose en un doble agente. Se investiga el suicidio de Shisui e Itachi se convierte en el principal sospechoso. Días después, Itachi es enviado junto a sus subordinados a espiar una reunión del clan Uchiha, una vez finalizada, Itachi ordena a sus subordinados esperar en las sombras mientras se reúne con su padre en el santuario Nakano, ahí le revela a Itachi que también posee el Mangekyō Sharingan pero lo mantiene oculto por temor a que el clan insista mucho más en un golpe de estado. Al mismo tiempo, usando sus habilidades oculares muestra a Itachi el golpe de estado, el cual traería una masacre a la aldea si consiguiesen extraer al Kyūbi que está dentro de Naruto, por lo que le pide que se le una y así reducir el número de bajas. Itachi comprende los riesgos del golpe de estado y lo informa a los ancianos de Konoha y al Tercer Hokage; Danzo insiste en que el clan sea aniquilado. El Uchiha decide llevar a cabo el genocidio y para ello le pide ayuda a Obito. Itachi muestra a su padre el futuro de Konoha de no llevarse a cabo el golpe de estado y comprende la importancia de Sasuke en ese futuro, por lo que le espera en casa con Mikoto para voluntariamente ser asesinados, no sin antes hacerle prometer que cuidaría de su hermano. Luego de ello, Itachi se reúne con el Tercer Hokage, quien le agradece por todo lo que hizo por la aldea y le explica que es necesario que sea tratado como un desertor y su nombre incluido en el libro Bingo. En su salida, sus subordinados ANBU tratan de asesinarle pero son víctimas del genjutsu del Uchiha. Luego, se reúne con Obito quien lo introduce con todos los miembros de Akatsuki siéndole asignado a Jūzō Biwa como compañero.

Itachi y Jūzō cumplen con las misiones sin detenerse a pensar en quienes pagan por ellas ni quienes son sus víctimas; en esa dinámica, son enviados al País del Agua para asesinar a un objetivo. En su retirada son perseguidos por un equipo liderado por el cuarto Mizukage, quien es el Jinchūriki del Sanbi. El enfrentamiento da inicio, Yagura se convierte en Bijuu y lanza una Bijūdama, Jūzō la bloquea con su Kubikiribōchō, pero el impacto es tan fuerte que su arma se quiebra y una de las mitades se le incrusta en el abdomen, el cuarto prepara otra Bijūdama pero Itachi lo derrota quemándole con el Amaterasu. Posteriormente, el Uchiha informa a los demás de la muerte de su compañero; Orochimaru, desea el cuerpo de Itachi para convertirlo en su nuevo recipiente y por ello le pide como su pareja. Pain dice que el asunto será puesto en espera. Días después, Orochimaru busca ocasión para matar a Itachi y le ataca por la espalda, el Uchiha lo paraliza con su genjutsu y al advertir que no se rendirá fácilmente, decide cortarle una mano y luego matarle pero es salvado por Kabuto quienes se retiran jurando venganza. Itachi comenta con el resto el ataque y huida de Orochimaru quienes lo toman como traición. Un nuevo compañero es asignado a Itachi, se trata de Kisame Hoshigaki.

Akatsuki recluta a Deidara, quien se convierte en el nuevo compañero de Sasori, su primera misión consiste en asesinar a Orochimaru. Al localizarlo, Sasori lo ataca con su marioneta del tercer Kazekage, mientras, Orochimaru utiliza el Edo tensei del tercer Kazekage. Sin embargo, el Sannin aún no ha perfeccionado esta técnica pues al llamarle peón, este se rehúsa a acatar sus órdenes y se desvanece, por lo que Orochimaru huye del combate. Posteriormente, la organización desea reclutar a Hidan, para ello envía a Itachi, Konan y Kakuzu, este último le ataca para probar los rumores sobre la inmortalidad de su rival, pero el combate es frenado por Itachi. Hidán acepta unirse pero advierte que seguirá proclamando su Jashinismo. Pain informa a los demás que Orochimaru atacó a Konoha, causando, como una de sus consecuencias principales, la muerte del tercer Hokage; al mismo tiempo, solicita que alguien vaya a investigar, Itachi es el primero en ofrecerse.

Sasuke recuerda sus encuentros con Itachi, desde el momento en que regresó a Konoha para capturar al Kyūbi hasta su vuelta a la vida por medio del Edo Tensei, encomendándole nuevamente a la aldea y recordándole lo mucho que le ama. Los efectos de Tsukuyomi Infinito desaparecen y el equipo siete se prepara para la batalla contra Madara, quien afirma que ha acabado con las guerras ninja y creado el paraíso shinobi, convirtiéndose así en el salvador. Todo parece estar a favor de Madara cuando Zetsu Negro atraviesa el corazón del Uchiha y le explica que ha estado equivocado, pues no es el salvador y tampoco ese es el fin, sino que es un simple peón encargado de cumplir la voluntad de Kaguya Ōtsutsuki; le explica el engaño del que ha sido parte al haber mal interpretado el monumento de Rikudō Sennin (modificado antes por Zetsu negro) así como la verdadera intención del Tsukuyomi Infinito, que ya había sido utilizado en una ocasión por Kaguya, el cual, lejos de ser la herramienta para soñar con la paz mundial, es la técnica para acumular una cantidad gigantesca de chakra y que eventualmente todos aquellos atrapados en él, se convertirán en soldados de Kaguya, los Zetsus blancos. Madara comprende que ha sido engañado pero ya es muy tarde. Entretanto, Naruto y Sasuke tratan en vano de detener la transformación y terminan inmovilizados por el cabello de Kaguya mientras son testigos de su renacimiento.

La batalla entre Naruto y Sasuke contra Kaguya ha iniciado. Ella percibe el chakra de ying y yang que poseen y se aleja inmediatamente, a su vez se pregunta si son las reencarnaciones de sus hijos: Hagoromo y Himura, luego, usando el Byakugan comprende que se trata de Ashura e Indra. Kaguya, para evitar la destrucción del Shinjū, traslada a Naruto, Sasuke, Sakura, Kakashi y Óbito a una dimensión compuesta principalmente por lava: Sasuke invoca a su halcón, evitando la caída libre al mismo tiempo que salva a Naruto, por su parte, Kakashi usando sus kunais y pergamino rescata a Sakura y Óbito. Kaguya ataca los puntos vitales del halcón y el pergamino de Kakashi comienza a quemarse por el excesivo calor encontrándose nuevamente en problemas, en esta ocasión son salvados por Naruto quien descubre que gracias al chakra de Rikudō Sennin puede levitar. En ese mismo instante, los Hokages, se dirigen hacia el punto de origen de un fuerte chakra que han percibido mientras se preguntan si Madara ha sido derrotado. Kaguya está decidida a reunir todo el chakra para si misma y ataca a Naruto y Sasuke, quienes a pesar de usar lo mejor de sus técnicas se encuentran en desventaja. Sin percibirlo hasta que es muy tarde, son atrapados por Kaguya quien los paraliza y comienza a absorber su chakra por medio de Zetsu Negro; Kaguya llora pues ambos le recuerdan a sus hijos con quienes compartió el chakra, a su vez, Zetsu negro revela el origen de todo.

Zetsu les relata la historia de Kaguya a Naruto y Sasuke, este se remonta a una época en la que no existía el chakra, los clanes ni las grandes aldeas. Una noche Tenji el líder de las tierras de "So" junto con sus soldados observan una misteriosa luz que se mueve en el cielo, el ordena seguir el paradero de dicha luz, al otro día traen ante el a una mujer la cual se hace llamar Kaguya y que es la guardiana del Shinjū, Kaguya se queda en la aldea de Tenji, algunos días después los líderes de las tierras de "Ka", se reúnen con Tenji para reclamar la posesión de un lago el cual el país de Ka quiere que se lo devuelvan por lo que a Tenji le dan algunos días para pensarlo. Esa noche Tenji sostiene una conversación con Kaguya la cual siempre contempla el cielo nocturno, al preguntarle si ella deseaba algo esta responde que la paz sin guerra. Durante los siguientes días personas de Ka atacan la frontera con el propósito de causar una guerra, Tenji ordena no contraatacar pues lo último que el quiere es la guerra, una noche le informan que todo el ejército de Ka está a punto de atacar por lo que Tenji parte enseguida a evitar una guerra y ordena que lleven a Kaguya a un lugar seguro, pero alguien le informa a los líderes de Ka que Kaguya esta en un templo, por lo que van en su captura, cuando los soldados de Ka llegan al templo asesinan a los soldados que protegían a Kaguya al verse acorralada masacra a algunos de los soldados de Ka, al otro día Suzaku uno de los líderes de Ka pide la cabeza de Kaguya por la muerte de sus hombres, Tenji al no creer en que Kaguya hiciera algo así va hasta el templo y observa los cuerpos, en ese momento ordena a sus hombres que maten a Kaguya pero esta rápidamente se dirige junto con Aino a donde esta el Shinjū, en el camino Aino muere por la flechas, una vez que Kaguya llega a la base del Shinjū, come del fruto e inmediatamente aparece el tercer ojo en su frente y acto seguido realiza el Mugen Tsukuyomi atrapando a todo el mundo.

Zetsu continúa su relato a Naruto y Sasuke, en donde principalmente les cuenta sobre los hijos que tuvo Kaguya con Tenji. Una vez adultos los hijos de Kaguya, Hagoromo y Hamura terminan por convertirse en intermediarios de su madre con el pueblo de las tierras de So, mientras que Gamamura un pequeño sapo, observa a Kaguya quien a su vez, observa continuamente al cielo. Unos hombres discuten por que uno de ellos recibe toda el agua de un río importante, ya que su campo se encuentra cercano al principio del río, y el flujo del agua se ha reducido repentinamente. Hagoromo decide ver que sucede río arriba y parte junto con Hamura, al lugar se encuentran con una roca gigante en donde Gamamura revela que ha sido el quien ha puesto la roca. Como en el lugar habitan osos salvajes, Gamamura aprovecha para demostrar que ha sido él quien ha puesto la roca derribando fácilmente a un oso, diciendo que sus intenciones eran provocar toda esa situación anterior para poder conversar con ellos. Gamamura le revela a Hagoromo y a Hamura que el gran árbol del Shinjuu está absorbiendo la fuerza y recursos naturales del planeta, así como la energía vital de las personas que lo habitan, para que ellos mismos corroboren su versión, Gamamura les aconseja que ellos mismos vayan a investigar el gran árbol del Shinjuu. Hagoromo nota que una mujer a quien aprecia, llamada Haori, se dirige al gran árbol del Shinjuu junto a otras personas para realizar la tradición del Shinjuu. Molesto, le pide a su madre Kaguya que elimine la tradición del shinjuu ya que nadie vuelve luego de la tradición, pero Kaguya lo reprende justificándolo por la llegada de alguien desde los cielos y vuelve a ausentarse. Hagoromo decide investigar el gran árbol del Shinjuu junto a Hamura, y en el lugar encuentran a un centenar de personas incluida Haori quien se encuentra sin vida en un capullo del Tsukuyomi, y al verla en ese estado Hagoromo despierta un Sharingan con tres aspas. Hagoromo decide visitar junto a Hamura a Gamamura, quien los lleva al país de los sapos, en donde les explica que se puede entrenar en dicho lugar para poder usar la energía natural llamada poder sabio. También, les cuenta toda la historia pasada de Kaguya desde una esfera de cristal, por lo que Hagoromo decide hablar con su madre pero antes le pide a Gamamura que le enseñe a usar el poder del sabio. Tiempo después, Kaguya le pregunta a Hamura sobre Hagoromo, pero este le miente causando la ira de Kaguya con este.

Hagoromo ha logrado dominar el poder sabio y se dirige donde Kaguya para discutir con ella sobre la tradición del Shinjuu. Kaguya lee la mente de Hagoromo y rehúsa detener la tradición del Shinjuu, enviando a Hamura poseído por la voluntad de ella para atacar a Hagoromo, pero agoniza por un ataque de Hagoromo, quien a su vez Hagoromo despierta el Mangekyo y el Rinnegan, aunque utiliza el poder sabio para curar a Hamura. Kaguya despierta el poder del árbol del Shinjuu en el Juubi, quien rápidamente ataca a Hagoromo quien utiliza el poder de Susano, varios meses después ambos logran sellar a Kaguya en el Chibaku Tensei, el cual termina por convertirse en la luna. Luego dividen el poder del Juubi en nueve bestias, las cuales Hagoromo criaría para que estas confíen y ayuden a las personas. Hamura recibió los pensamientos de Kaguya cuando era poseído por ella, por lo que decide estar cerca de ella viviendo en la luna. Sin embargo, Zetsu quien nació de la última voluntad de Kaguya, tuvo como único objetivo revivirla, al no poseer un poder significativo, decidió utilizar a las personas para obtener los elementos necesarios para revivir a Kaguya. Zetsu necesitaba al Shinjuu y el Tsukuyomi Infinito, el Shinjuu se había convertido en el Juubi el cual luego se dividió en las nueve bestias con colas, los cuales fueron dispersos por todo el mundo tras la muerte de Hagoromo. Para el Tsukuyomi necesitaba a un usuario del Rinnegan, y solo un Uchiha descendiente de Indra con las células de un descendiente de Ashura, ambos hijos de Hagoromo, conseguirían el poder del Rinnegan. Miles de años después, Zetsu conseguiría a un usuario del Rinnegan gracias a su manipulación a la tabla de la salvación de los Uchiha hecha por Hagoromo, la cual terminó por instar a los Uchiha a intentar despertar el Rinnegan y usar el poder del Tsukuyomi. Madara Uchiha consiguió el poder del Rinnegan luego de morder el brazo de Hashirama y usando el Izanagi cuando fue derrotado por este, implantó las células del brazo de Hashirama en sus heridas despertando el Rinnegan, invocando a la estatua demoníaca la cual es el esqueleto del Juubi sin fuerzas y a la vez soltando accidentalmente a los Zetsus blancos, creyendo Madara que eran su creación por una astucia de Zetsu negro. Zetsu llevó a crear a Akatsuki para crear la guerra shinobi, y guió a Kabuto a encontrar el cadáver de Madara para que Obito se viera obligado a colaborar con este y así llevar todos los sucesos de la cuarta guerra shinobi según lo planeado por Zetsu.

Naruto logra liberarse del poder de Kaguya pudiendo ayudar a Sasuke, quienes luego idean un plan de ataque. Sasuke ataca a Kaguya con el Amaterasu para que Naruto utilice su Gyaku Harem no Jutsu, logrando distraerla y asestarle el primer golpe. Ante la distracción, Sasuke y Naruto intentan sellarla, pero antes de lograrlo Kaguya los traslada a todos a otra dimensión, siendo una dimensión ambientada en rocas de hielo y montañas de nieve, quienes quedan atrapados en una de dichas rocas. Sasuke logra romper la roca con el Amaterasu y el Kagutsuchi, y para evitar ser sellada, Kaguya traslada solamente a Sasuke a una dimensión ambientada en un desierto de arena. Obito despierta de su inconsciencia gracias a un clon de Naruto, a quien lo ponen al tanto de la situación, mientras que Naruto continúa batallando solo con Kaguya. Obito al ver la forma en que Kaguya se mueve a otra dimensión, comprende que debe usarla así como usa la suya para poder traer devuelta a Sasuke. Sabiendo el gasto de chakra en un jutsu ajeno el cual sería inmenso, le pide al clon de Naruto y a Sakura que lo acompañen. Mientras que los cuatro Hokages que se encuentran en la dimensión paralela, investigan una parte del cuerpo de Madara, ya que falta la parte de arriba de su cuerpo. Como no pueden ubicar la parte de arriba del cuerpo, no pueden usar la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro en el cuerpo de Madara para sacarle información. En ese momento, Rikudo Sennin aparece para explicarles sobre el inicio del ninshu, para que puedan saber sobre la situación y así salvar a Naruto y Sasuke.

Hagoromo le cuenta a los Hokage del inicio del Ninshu, contándoles su historia desde que sello a su madre Kaguya. Seguido de este suceso, Hagoromo se encuentra con Gamamura, a quien le informa que recorrerá el mundo pagando sus pecados, ayudando a las personas, y enseñado su poder para el beneficio de la humanidad. Antes de partir, Gamamura le revela uno de sus sueños premonitorios, en el que un niño de ojos azules dominaría al Kyubi y lo llamaría por su nombre. Hagoromo parte en su viaje donde se encuentra con un puente roto, producido aparentemente por la batalla entre el y su madre, por lo que decide repararlo sin el uso de sus poderes. A un costado del puente, habita un ladrón que vive de el para robar a las personas que no lo pueden cruzar. Hagoromo comienza a repararlo usando su ingenio, pero es reprendido por el ladrón ya que según el, arruina su fuente ingresos. Hagoromo demuestra su poder al ladrón, quien le teme y decide ayudarle a reparar el puente con la intención de destruirlo una vez que Hagoromo se haya ido. Muchas personas al ver la buena obra del ladrón, comienzan a ayudarlos a reparar el puente, y una vez terminado, el ladrón rehúsa a destruirlo ya que el agrado de ver tantas personas contentas con algo bueno que el hizo, causó en su interior el gozo de volverlo a hacer. Hagoromo continúa en su viaje, y el ladrón le sigue al no tener más que hacer. Al llegar a otro puente roto, se encuentran con otro ladrón, repitiendo el proceso anterior. Luego de repetir la misma labor en varios lugares, teniendo varias personas siguiéndolo, Hagoromo haría de estos sus discípulos, a quienes les enseñaría el Ninshu. A la vez, Hagoromo distribuyó a las bestias con cola por todo el mundo. Luego, Hagoromo tendría dos hijos, Indra y Ashura, pero un ser maligno estaría por encender el odio en uno de ellos.

Indra y Ashura crecieron con un poder oculto dentro de ellos, e Indra comenzaría de temprano a sacar a relucir dicho poder. Hagoromo era capaz de crear jutsus sin la necesidad de realizar sellos con sus manos, siendo el único en poder lograrlo. Indra comenzaría a investigar junto a su hermano los libros escritos por su padre Hagoromo, en el cual relata los secretos del Ninshu. Más tarde, Indra lograría inventar el sello de manos para crear jutsus, quien a diferencia de Ashura, no lograría leer la cantidad de su hermano al no comprender los libros escritos por su padre. Luego, Ashura saldría con sus amigos para cazar un jabalí, mientras que Indra se iría solo a entrenar el Ninshu. Mientras estaba solo, Indra fue seguido por Zetsu negro, quien le revela que está al tanto de su poder, y que para sacar al máximo su potencial, uno de sus seres queridos debiese morir. Indra comprende que Ashura está en peligro, apresurándose para encontrarlo sano, mientras que Ashura es atacado por un jabalí anormal con excesos de poder. El jabalí logra matar al perro de Indra y Ashura, quien al ver la muerte de su perro, asesina al jabalí con un jutsu de elemento rayo. Ashura le trae el cuerpo de su perro muerto a Indra, quien despierta el Sharingan con dos aspas. Al pasar el tiempo, Indra sería persuadido por Zetsu, quien comenzaría a alabar su poder por sobre los demás, naciendo cierta soberbia dentro de Indra, mientras que Ashura escucha los comentarios de los discípulos de su padre hablando del inmenso poder de Indra, en comparación al fracaso de sus poderes. Ashura intenta convencer a Indra de ser más flexible con los discípulos, pero Indra rechaza serlo, quienes son vigilados de cerca por Zetsu.

Ashura reconoce que Indra ha cambiado su forma de ser, pero antes de terminar la idea, un hombre le pide ayuda para que use el Ninshu y así derribar unos cuantos árboles para crear un camino más corto a los campos. Ashura ayuda al hombre cortando todos los árboles, aunque más tarde, Indra acusa al hombre que fue ayudado por Ashura, ya que vendió los árboles para su beneficio cuyo recurso natural es del bien de todos los aldeanos, aunque pide perdón a Ashura ya que vendió los árboles para ayudar a su madre enferma. El hombre es acusado y encarcelado en una cueva, pero Ashura no es castigado al no saber las verdaderas intenciones del hombre. Ashura va a la cueva y libera al hombre, pero Indra lo sigue y lo ataca por su desobediencia. Al día siguiente, Hagoromo debe escoger a sus sucesor, pero al ver que Indra es demasiado poderoso pero tirano, a diferencia de su hermano que es débil pero piadoso, decide ponerlos a prueba y enviarlos a dos pueblos que albergan bestias con colas, para que dirijan al pueblo y quien arroje mejores resultados será su sucesor. Ashura e Indra se dirigen a sus respectivos puntos de trabajo, al separarse, el hombre que liberó Hashura le sigue para ayudarlo. Al llegar a la aldea la cual se encuentra en medio del desierto, sienten hostilidad debido a recurrentes ladrones que saquean la ciudad, pero al curar a una mujer herida, le dejan entrar. La mujer herida le pide a Ashura que cure a su madre enferma, pero no logra curarla notando que en la aldea hay decenas de muertos a su alrededor, por lo que se dirigen junto a la mujer a un árbol en un gran monte, y al adentrarse en el encuentran rasgos del Shinju.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Hagoromo finalmente decide que Ashura será el sucesor del Ninshu, ante esto los presentes quedan sorprendidos, Indra exige una explicación de por qué el no fue el sucesor, Hagoromo le explica que debido a que como Indra realizó todo el trabajo solo, los aldeanos se pelearon por el agua y la aldea desapareció, mientras que Ashura decidió trabajar y aceptar la ayuda de los demás para solucionar el problema. Indra se retira junto con dos de sus seguidores los cuales quedan inconformes con la decisión de Hagoromo. Esa noche en la aldea se realiza una pequeña celebración, pero Ashura decide hablar con Hagoromo sobre su decisión, Hagoromo le explica que debido al poder del Sharingan de Indra, este ya no comprende a las personas, por lo que ya no sabe el significado del Ninshu, Hagoromo al ver que Ashura no había cambiado le confía su poder. En ese momento sucede una explosión a las afueras de la aldea, se trata de Indra el cual ha despertado el Susanō, furioso nuevamente exige saber porque no fue el sucesor del Ninshu, Hagoromo le explica que la base del Ninshu recae en el amor y de comprender los corazones de los demás mas no en el poder, sin embargo Indra cree que los débiles deben someterse ante el poder, Ashura trata de convencer a su hermano de que se detenga, pero todo es en vano ya que Indra activa el Mangekyo Sharingan y tras ello logra formar al Susanō perfecto. Ashura ataca al Susanō pero sus ataques no tienen efecto alguno, Hagoromo le pide a los aldeanos unir sus fuerzas y acatar al tiempo pero ni aun así logran hacerle daño, Indra decide acabar con todos con la espada de Susanō y en ese momento Ashura logra proteger a todos gracias a las Godou Damas, ahora Hagoromo le pide a todos ayudar a Ashura uniendo sus corazones, como resultado Ashura recibe el Chakra de todos y así realizar el Mokuton: Shin Shusenju, con el cual logra obtener la victoria. Años más tarde Hagoromo, que está a punto de morir, le confía todo a Ashura, ya que Indra no descansara hasta acabar con el Ashura y el Ninshu. Hagoromo termina su relato diciendo que las almas de sus hijos posteriormente siguieron reencarnado y luchando, el odio creció más y más. Ahora el sabio les pide a los Hokages que deben ayudar a Naruto y Sasuke.

Naruto, Sasuke y Sakura se proponen a hacer lo que sea para conocer el verdadero rostro de Kakashi, casualmente un fotógrafo llamado Sukea, el cual anteriormente fue un ANBU, les ofrece su ayuda, así les propone encontrar la ficha con que Kakashi se registró en la academia. Cuando están a punto de observar su rostro los ANBU les detienen. Luego, Sukea les propone invitarlo a comer y en momento en que Kakashi se quite la máscara, le fotografiará, casualmente, Akamaru se interpone en la secuencia de fotos. Finalmente, el equipo siete decide pedir ayuda a los demás gennin, y gracias al trabajo en equipo logran capturar a Kakashi gracias al Kagemane no Jutsu de Shikamaru; nuevamente todo se echa a perder cuando el equipo de Guy aparece y la posesión de sombras con Kakashi es anulada. Naruto y los demás deciden darse por vencidos junto con Sukea quien se despide de ellos; al final, se revela que Sukea era Kakashi el cual había cambiado su aspecto para que no lo reconociesen.

La pelea entre Kaguya y Naruto continúa atrapado en el hielo. Mientras tanto, Óbito idea un plan para entrar a la dimensión de Kaguya utilizando su Kamui y de esta forma rescatar a Sasuke; para ello, Sakura y un clon de Naruto le acompañan. Gracias al poder del Gobi Naruto puede liberarse de su prisión helada al mismo tiempo que golpea a Kaguya con una potencia increíble, a continuación, el Kyubi le hace saber que acumuló suficiente chakra para que lo use con lo cual utiliza el jutsu multiclones de sombra y ejecutan el Uzumaki Naruto Ittai Rendan con lo que obligan a Kaguya a trasladarse de dimensión. Óbito aprovecha la oportunidad y logra entrar junto con Sakura y el clon de Naruto, una vez allí, un sorprendido Zetsu Negro se percata de la presencia de Naruto al cual confunde con ser el original, Kaguya decide acabarlo usando el Tomogoroshi no Haikotsu, por el que un proyectil de hueso impacta en el clon de Naruto convirtiéndolo instantáneamente en ceniza. Una vez que Kaguya y Zetsu regresan al mundo de hielo quedan sorprendidos al ver a Naruto vivo, por lo que la pelea entre ellos continúa. Mientras tanto Óbito y Sakura, quienes se ocultaron, inician la búsqueda de Sasuke entre las dimensiones, el esfuerzo de Óbito y Sakura es extremo ya que estas se encuentran demasiado lejos y solo pueden mantenerlas abiertas unos pocos segundos, finalmente localizan aquella en la que se encuentra Sasuke, quien tras darse cuenta del portal abierto por el Kamui se apresura a regresar antes de que Óbito y Sakura se queden sin chakra. Todo parece perdido pues la dimensión se cierra antes que Sasuke pueda alcanzar el portal, sin embargo, para sorpresa de todos este utiliza su Amenotejikara intercambiando posiciones con el chaleco táctico de Sakura por lo que logra cruzar en el último instante.

Hagoromo explica a los Hokages la situación en la que se encuentran los demás y les pide su ayuda para elaborar un jutsu cuando el momento sea el oportuno. Mientras tanto, en otra dimensión, Óbito desfallece pues le quedan pocas energías y tiempo de vida, le preocupa incumplir otra promesa y recuerda sus momentos en Konoha con Rin, Kakashi y Minato, así, saca fuerzas de debilidad y regresa a la dimensión de hielo junto con Sakura y Sasuke. La pelea entre Naruto y Kaguya continúa, esta ha determinado que el original es aquel quien porta las Gudou Damas por lo que le ataca con su Tomogoroshi no Haikotsu, los demás clones se interponen y bloquean el ataque. Mientras, Kakashi medita en la frustración que siente al no poder ayudar a los demás; Óbito, Sakura y Sasuke regresan y ante esa distracción Kaguya atrapa a Naruto y lo atraviesa con uno de sus huesos, se convierte en ceniza y muere, sin embargo, en esta ocasión también se trataba de un clon de sombras, a quien había traspasado sus Gudou Damas. Kaguya comprende que ahora que Naruto y Sasuke están reunidos no hay otra opción y debe utilizar cuanto chakra sea necesario, por lo que les traslada a una dimensión con supergravedad, los movimientos se vuelven complicados para todos, inclusive para Kaguya, quien vuelve a utilizar su técnica mortal para convertir en ceniza a Naruto y Sasuke logrando esquivar el primer ataque, a pesar de ello, ante el segundo se encuentran indefensos. Kakashi piensa que quizá esa sea la última forma en que puede ayudar y corre junto con Óbito para servir como escudo; pareciera que ambos no llegarán a bloquear el ataque, pero el espíritu de Rin interviene, les toma de las manos y les da ese impulso que necesitaban para colocarse frente a Sasuke y Naruto. Ambos están listos para morir, pero Óbito, utilizando por última vez su Kamui, envía a otra dimensión el proyectil de hueso que se dirige hacia Kakashi, salvándole de una muerte segura.

Mientras Óbito muere a causa del Tomogoroshi no Haikotsu recuerda varios de los momentos que marcaron un antes y un después en su vida. En esos instantes, Sasuke al recuperar el poder de su ojo izquierdo inicia su ataque contra Kaguya, quien inmediatamente cambia a la primera dimensión para moverse con facilidad y recuperar más rápido su chakra. Óbito insta a Naruto a mantenerse en el camino ninja que ha elegido no importando las dificultades, al mismo tiempo que le dice que esta seguro que logrará convertirse en Hokage, dicho esto, se convierte en cenizas. Zetsu negro se burla de la muerte de Óbito lo cual no agrada para nada a Naruto e incorporándose a la batalla, en un solo movimiento, corta el brazo izquierdo de Kaguya en el cual se encontraba Zetsu. Finalmente, Óbito despierta en el otro mundo y se reúne con Rin, ella le dice que le ha estado esperando mientras él se disculpa por no haber cumplido su promesa, a lo que ella responde que sabe que se esforzó mucho y que todo ese tiempo le ha estado observado.

Rin está lista para marcharse con Óbito, pero este le pide un poco más de tiempo pues desea ayudar a Kakashi quien se encuentra sin saber que hacer en el campo de batalla. Una vez reunidos, le insta a convertirse en el sexto Hokage y ante ello, como un regalo adelantado le permitirá por poco tiempo el uso de su sharingan. Naruto incorporándose a la batalla ataca con su Senpō: Chō Bijū Rasenshuriken produciendo explosiones de una tremenda magnitud que desestabilizan el chakra Kaguya y la convierten en un monstruo que es más fácil de sellar, pero al mismo tiempo, rápido e impredecible; Sakura está a punto de ser absorbida por ese ser pero Kakashi le salva utilizando el susanoo perfecto. Todos se sorprenden de las nuevas habilidades del ninja que copia; Kaguya logra estabilizarse al absorber chakra de quienes se encuentran bajo la influencia del Tsukuyomi Infinito y se prepara para atacar con una Bōchō Gudōdama. El equipo 7 está listo para su última misión, Sasuke y Naruto se apresuran a sellarla, a su vez, Kaguya ataca a Kakashi con su Tomogoroshi no Haikotsu pero gracias al sharingan de Óbito este atraviesa su cuerpo sin daño alguno, el ninja copiador contraataca con su Kamui Raikiri hiriendo el brazo derecho de Kaguya. Sasuke y Naruto avanzan, mientras Kaguya busca convertir a sus rivales en ceniza, en esta ocasión dispara a Naruto, sin embargo se trata de un clon, el verdadero se encuentra utilizando la forma de Sasuke por medio del Henge no Jutsu, Zetsu negro, en un intento desesperado por proteger a su madre, abre un portal y envía una estaca de hueso a Naruto pero tal acción es contrarrestada por Kakashi usando su Kamui; Sasuke, esperando el momento oportuno, por medio de su Amenotejikara cambia de lugar con el clon de Naruto. Kaguya, al verse acorralada, determina que la única opción es huir por arriba, pero Sakura, con un fuerte golpe impide su escape, Kakashi observa orgulloso el trabajo en equipo de sus estudiantes. Finalmente los poderes de Ying y Yang del sabio de los seis caminos han hecho contacto con Kaguya.

Kaguya junto con Zetsu negro son finalmente sellados por medio del Rikudō Chibaku Tensei. El sabio de los seis caminos invoca desde el mundo puro a algunos kages de épocas anteriores para que junto con los primeros cuatro hokages le ayuden a utilizar el Kuchiyose no Jutsu con el objeto de transportar al equipo 7 y los nueve bijuus desde la dimensión en la que se encontraban. Óbito, antes de marcharse al lado de Rin, se despide de Kakashi, quien se alegra que puedan hacerlo como amigos. Madara, agonizando al haber dejado de ser el Jinchūriki del Juubi, conversa con Hashirama hasta el momento de su muerte, mientras, Naruto y Sasuke observan a sus predecesores solventar sus diferencias. Acto seguido, Hagoromo libera a los kages y se dispone a deshacer el Edo Tensei por lo que Naruto se apresura para llegar al lugar donde se encuentra su padre quien lo felicita por su cumpleaños además de expresarle lo orgulloso que se siente de todo lo que ha logrado, posteriormente, tras un emotivo momento, ambos se despiden.

Los Hokage se dirigen al mundo puro luego de haber sido liberados del Edo Tensei. Los Bijuu hacen planes sobre volver a sus hogares, al mismo tiempo Hagoromo comenta que lo único que resta es deshacer el Tsukuyomi Infinito. Sasuke no piensa exactamente como los demás, tiene planeado iniciar una revolución y para ello en primer lugar se encargará de los cinco Kages, al mismo tiempo, de un vistazo captura a todos los Bijuu y los sella utilizando el Chibaku Tensei.

Sasuke justifica su punto de vista acerca de lo que significa ser un Hokage y su plan para llevar a cabo la revolución ninja. Naruto contraargumenta tal posición haciéndole ver al Uchiha que se encuentra equivocado al momento de interpretar ciertas situaciones, así como los ideales por los que luchó su difunto hermano; sin embargo, al no llegar a ningún acuerdo entre si, la inminente batalla da inicio y a medida transcurre, su intensidad aumenta.

Naruto y Sasuke hacen uso de sus técnicas más poderosas a tal punto que han modificado la geografía del lugar, como consecuencia, han agotado casi todo el chakra con el que cuentan, por lo que ambos no tienen más remedio que batirse a puño limpio; la batalla se prolonga hasta el atardecer, ninguno quiere darse por vencido.

Luego del impacto de sus correspondientes técnicas ambos piensan que han muerto ya que son llevados a través de recuerdos que marcaron sus vidas, sin embargo, únicamente estaban inconscientes; ya ha anochecido cuando vuelven en sí, se percatan que no deben moverse pues de lo contrario morirán desangrados.

Sakura y Kakashi encuentran a Naruto y Sasuke, ella se hace cargo de sus graves heridas mientras el Uchiha le pide perdón por todo, ella llora; Kakashi se alegra de que finalmente sus pupilos finalmente hayan regresado. Tan pronto pueden moverse, Uzumaki e Uchiha colaboran para deshacer el Tsukuyomi Infinito, mientras, Sasuke reflexiona sobre lo que ha aprendido a través de la amistad y sufrimiento de Naruto

El episodio nos transporta a esos duros momentos vividos por Naruto durante su infancia en los que experimentó el rechazo por parte de los aldeanos de Konoha y la consecuente soledad que esas acciones produjeron en adición a ser un huérfano. Al mismo tiempo nos muestra fragmentos de la infancia de Hinata específicamente cuando conoce a Neji y la muerte de su tío en el cumplimiento de su función de rama secundaria de la familia Hyüga.

El episodio nos muestra uno de los pocos momentos compartidos entre Itachi y Sasuke, así como en los instantes de felicidad vividos junto a sus padres durante su infancia. A su vez, nos revela escenas de la infancia de Sakura, la relación con sus padres, su amistad con Ino y su rivalidad por Sasuke, así como las primeras interacciones que tiene con el Uchiha en la academia ninja.

En su primera parte el episodio nos ubica en Sunagakure mientras se desarrollan ciertos aspectos de la infancia de Gaara, quien experimenta el rechazo por la sociedad al que todos los jinchürikis están expuestos, inclusive por parte de su propio padre, quien aleja a sus hermanos y busca entrenarle con el único propósito de convertirle en el arma definitiva de la aldea. En ese mismo espacio temporal, en Konoha, Shikamaru ya inició sus estudios en la academia ninja, lugar en el que fortalece su gran amistad con Chōji, así como también, en compañía de Naruto experimentan ciertas situaciones que no generan resultados agradables como producto de las travesuras hechas en clase y en diferentes puntos de la aldea.

En un primer momento el episodio relata ciertos momentos de la infancia y juventud de Jiraiya, en los que se ven involucrados Tsunade y Orochimaru. Posteriormente, describe momentos de la infancia de Kakashi, sus entrenamientos en la academia ninja con el tercer Hokage, el inicio de su amistad con Obito y Rin, así como la rivalidad que le propone Guy. Lo anterior ocasiona que al visitar la tumba de su padre, en el aniversario de su muerte, se proponga a conducirse por un camino distinto, el cual consiste en seguir las reglas y no romperlas por sus compañeros.

Ya ha pasado algún tiempo desde la batalla entre Naruto y Sasuke. Sakura, en compañía de Naruto acude a Kakashi para comentarle sobre la desaparición de algunos shinobis, hecho que debe ser investigado, en ese preciso instante escuchan una explosión lejana, Naruto y Sakura se apresuran para investigar, ahí se reúnen con Ino, Shikamaru y Chōji; se trata de los aldeanos desaparecidos quienes están bajo los efectos de un genjutsu que les ha despojado de su voluntad y ha convertido en bombas humanas, estos son neutralizados, pero nadie puede deshacer ese genjutsu. Ante tal acontecimiento, Kakashi considera necesario llamar a Sasuke, el Uchiha recibe el mensaje pero, al mismo tiempo, escucha una explosión lejana, por lo que acude al lugar encontrándose con el mismo problema, los aldeanos, algunos de ellos shinobis, luchan contra la amenaza; Sasuke desea ayudar pero le confunden con el enemigo. Luego de anular las técnicas con las que le atacaron, se encarga de dejar fuera de combate a los aldeanos convertidos en bombas humanas utilizando su sharingan; posteriormente se entera que le han confundido con un shinobi llamado Fujin, quien creen está detrás de todo esto, por lo que para conocer más detalles, utiliza su sharingan para examinar los recuerdos de las víctimas del genjutsu, imágenes que le dejan perturbado al ver en ellas unos ojos rojos, por lo que concluye que la persona atrás de esos ataques es un poseedor del Kekkei Genkai.

Sasuke se traza como objetivo localizar a Fūshin, en ese sentido informa a Konoha que el también ha sido testigo de las bombas humanas, razón por la que investigará por su cuenta e informará a la aldea sobre los resultados. El Uchiha solicita la ayuda de Orochimaru para tal fin a lo que este último accede y acompaña, su destino, un lugar conocido como El Coliseo, que consiste en un ring de peleas clandestinas organizado por personas con recursos y poder, en ese lugar, y gracias a la astucia de Orochimaru, Fūshin hace su aparición y Sasuke deberá enfrentarle; al mismo tiempo, una nueva bomba humana amenaza con generar el caos.

Sasuke neutraliza el peligro con su sharingan, sin embargo, entre el público aún hay bombas humanas que estallarán simultáneamente, no pudiendo neutralizar a todos, recibe la ayuda de Yamato y Orochimaru para contener las explosiones. Superada la conmoción, En Oyashiro, aquel para quien Fūshin trabajó como su escolta, les llama para que se reúnan; durante la plática determinan que los ataques a Konoha son originados a consecuencia del usuario del sharingan, comentándole asimismo sobre la técnica ocular del clan Chinoike y la relación con los Uchiha, así, sale en busca de Fūshin. En el camino se enfrenta y derrota en una breve pelea a un shinobi para luego acceder a sus recuerdos y descubrir que Fūshin ha estado acompañándole desde que partió de la aldea del bambú en busca de respuestas, tal shinobi se encontraba oculto bajo el personaje de Nowaki.

Sasuke y Fūshin se enfrentan, el Uchiha sale victorioso y utiliza su sharingan para acceder a los recuerdos de su oponente sin éxito alguno. Posteriormente viaja hasta el Valle Infernal en donde encuentra a Chino, luego de una breve plática, la del clan Chinoike utiliza su técnica ocular para mostrarle sus recuerdos a partir de su infancia en la mansión de En Oyashiro, su arduo entrenamiento, el despertar de su habilidad heredada, sus peleas en el coliseo, su alianza con Fūshin y otros compañeros para partir en busca de aquella identidad que Chino tanto ansiaba tener, el nacimiento de ¨Relámpago" y la traición por parte de la aldea oculta entre la niebla. Finalmente y luego de perder a sus camaradas con excepción de Fūshin, llegan al Valle Infernal, experimentando las condiciones por las que atravesó su clan para poder vivir. Sin tiempo para lamentarse, deben luchar contra dos shinobis de la niebla que los persiguieron para asesinarles, es ahí cuando Chino descubre el verdadero potencial de su Kekkei Genkai, convirtiendo a sus agresores en bombas humanas.

Sasuke comprende que el verdadero objetivo de Chino consiste en vengarse de los Uchiha por haber confinado a su clan en el Valle Infernal. Así, da inicio la batalla entre ambos, todo parece apuntar a que la del clan Chinoike ganará el combate al haber herido a Sasuke y convertido en bomba humana, sin embargo esta visión de la pelea no es otra que el producto de las altas capacidades que el Uchiha posee al utilizar el genjutsu y comprender el uso del Kekkei Genkai de su rival, Chino pierde la batalla y luego de hablarle acerca de lo que Naruto hizo por la aldea y por él, le despoja de su rencor. En Konoha aquellos afectados por el Jutsu de Chino son curados. Chino y sus aliados son retenidos por Konoha en donde la Mizukage les ofrece hacerse cargo de ellos y así evitar los mismos errores. Mientras tanto, Sasuke regresa al Coliseo para luchar contra todos los ninjas y así obtener su libertad, una vez derrotados les transfiere bajo la protección de Kumogakure, sus antiguos propietarios son puestos en prisión. El Raikage agradece a Sasuke por su labor. Más tarde recibe una carta de agradecimiento de parte de Naruto al haber defendido bien a la aldea sin estar en ella, justo como lo hacía la policía militar. Pareciera que luego de tanto tiempo, Sasuke está listo para regresar a Konoha.

Shikamaru se ha convertido en la mano derecha del sexto Hokage y realiza todo tipo de labores administrativas que su cargo implica, entre ellas, les preocupan los sucesos que ocurren el país del silencio, sobre los que Sai les ha informado haciendo especial referencia a las acciones de una persona llamada Gengo, quien no solamente puede transformar ese país sino también la realidad de los ninjas y del mundo entero, situación que afectaría directamente a la unión ninja. Por tal razón y con el objetivo de evitar que el problema se haga más grande al involucrar a la unión, Shikamaru solicita se le asignen a los dos mejores ANBU de la aldea y así dirigir una operación encubierta en ese país; así, este grupo además está conformado por Soku, cuyo nombre real es Hinoko, una kunoichi de 14 años con grandes habilidades, reclutada inmediatamente al graduarse de la academia su especialidad consiste en disparar hilos de chakra los que pueden revitalizar o aniquilar; su otro integrante es Ro, quien puede manipular la percepción que los demás tienen del chakra, lo que resulta bastante útil para infiltrarse. Antes de dar inicio a la misión, Shikamaru visita las tumbas de su padre y de Asuma, ahí se encuentra con Kurenai y Mirai. Al día siguiente, previo a salir de la aldea se encuentra con Naruto, instándole a trabajar para convertirse en el próximo Hokage, pues no solo basta con que sepan que es el héroe de la guerra sino que los aldeanos deben tener en mente la suerte que tienen de poder contar con él.

Shikamaru, Ro y Soku se dirigen hacia el país del silencio con el objeto de infiltrarse, se disfrazan como comerciantes, sin embargo ante una emboscada se ven obligados a cambiar de plan, así llegan a una cantina en la que inician sus labores de investigación; en ese lugar son sorprendidos por shinobis del país del silencio en busca de espías, sin embargo, uno de los empleados del lugar les ayuda a ocultarse al mismo tiempo que les comenta un poco sobre la situación. Soku parece atraída por los ideales de ese país por lo que Shikamaru y Ro sospechan acerca de su posible deserción por lo que hablan acerca de las medidas a tomar en caso se lleve a cabo, ella les escucha y huye. Una vez en la frontera, es abordada por shinobis de ese país y es interrogada sobre sus intenciones a lo que les responde que desea unirse al país; Shikamaru y Ro dan alcance a su compañera por lo que le sugieren que si desea unirse debe de acabar con ellos, a lo que accede. La batalla da inicio y Soku sale victoriosa, los shinobi del país del viento le dan la bienvenida mientras dejan a las puertas los cuerpos inertes de Shikamaru y Ro. Finalmente es revelado que tal batalla fue acordada entre los ninjas de Konoha, Ro utilizó sus habilidades para ocultar el chakra y simular su muerte y la de Shikamaru mientras que Soku les ayudó a permanecer inmóviles, de esta forma el objetivo de infiltrarse al país del silencio fue todo un éxito.

Una vez infiltrados, dan inicio a la labor investigadora acerca del país del viento, la forma en como pueden derrotar a Genko así como rescatar a Sai; todo parece marchar sobre ruedas, sin embargo en el desarrollo del plan, los shinobis de Konoha se dan cuenta que les habían tendido una emboscada, Soku y Ro son capturados, mientras, Shikamaru lucha contra Sai, a quien le han lavado el cerebro, eventualmente, el Nara cede debido a la disparidad de adversarios y la amenaza sobre la vida de sus compañeros. De esta forma, los Shinobi de Konoha son enviados al calabozo.

Shikamaru y sus compañeros permanecen en el calabozo mientras Genko en repetidas ocasiones trata de quebrar su voluntad. Sai visita al Nara e intenta convencer acerca de formar parte de los subordinados de Genko, sugerencia que rechaza sin dudarlo. Días después, Genko requiere la presencia del estratega de Konoha para convencerlo personalmente, sin embargo la respuesta sigue siendo la misma, como consecuencia de ello, lo lleva a una habitación especial y le muestra unas flores propias de ese país, en ese momento, Shikamaru comprende que el aroma que despiden esas flores permiten que Genko controle la mente de los demás por lo que exige hagan de su conocimiento la ubicación de sus compañeros. Para su sorpresa estos ya han sido dominados por los efectos de esa sustancia, el Nara lucha y logra escapar de sus captores, mientras se oculta piensa en la forma en como derrotar a Genko, idea que lleva a cabo pero sin el resultado esperado. Todo parece terminar para Shikamaru pero en ese preciso instante Ino, Chōji y Temari irrumpen en el castillo para rescatarlo, por lo que recobra el aliento y les pide se encarguen de los compañeros que han sido sugestionados mientras él dará caza a Genko para terminar ese asunto de una vez por todas.

Shikamaru persigue a Genko mientras que Ino, Chōji y Temari se enfrentan a Sai, Ro y Soku respectivamente; estos últimos eventualmente son derrotados por su contra parte teniendo como efecto que su estado mental vuelva a la normalidad. Mientras tanto, Shikamaru ha sido atraído por Genko a un calabozo en el que se ve privado del uso de las sombras y la vista, todo con el objeto de derrotarlo mentalmente utilizando el chakra que sale de su lengua, sin embargo, tal plan no tiene los efectos esperados ocasionado que el líder de la aldea del silencio quede estupefacto, al mismo tiempo, los demás ninjas de Konoha y Temari dan alcance al Nara, quien pide a Ro y Soku le ayuden a derrotarlo para así finalizar la misión. Posteriormente ANBU toma las riendas de la situación en la aldea del silencio quienes al mismo tiempo se encargarán de un derrotado Genko y los iluminados.

Todo el mundo quiere felicitar a Naruto y Hinata por su boda. Konohamaru está filmando un video de felicitaciones como su regalo de bodas, Iruka tiene dificultades para encontrar las palabras adecuadas. Kakashi asigna a todos la misión de obtener el regalo de boda, estos serán revisados por el Hokage y de acuerdo a su valor, se determinarán los asistentes a la ceremonia. Aunque en un principio no se encontraba seguro, Iruka se postula para convertirse en el nuevo vice-rector de la Academia.

Lee y Tenten buscan sus regalos de boda y deciden pedir consejo a Guy. Lee piensa en pesas y otros materiales de entrenamiento, aunque no está seguro que sea buena idea. Esa noche, se imagina a Neji animándolo a usar su fuerza para encontrar la respuesta. En igual forma, Tenten se encuentra desconcertada, no sabe qué regalar pues piensa que un kunai es demasiado inusual para una boda. Finalmente, Lee y Guy piensan que el desarrollo de todas las actividades relacionadas con el matrimonio requieren de mucha fuerza, por lo que obsequiarán las pesas, el primero la del brazo izquierdo y el segundo la del brazo derecho; al mismo tiempo, Tenten decide regalarles unos kunais especiales.

Shikamaru busca su regalo para la boda, no quiere que sea algo tan simple como dinero y concluye que les regalará una romántica luna de miel. Sin embargo, para estar seguro, necesita escuchar la opinión de una mujer por lo que le pregunta a Temari, quien confunde sus palabras como si la estuviera llevando en una luna de miel. Sakura e Ino quieren dar el mismo marco para fotos como su regalo, por lo que se enfrascan en un concurso gastronómico en el que Choji será el juez, la ganadora podrá regalar el marco. Choji piensa que ambos platillos son exquisitos, inmediatamente después de probarlos entra en shock y Sakura piensa que Ino envenenó la comida, por lo que prueba lo elaborado por Ino, mientras que ella hace lo mismo con el platillo de Sakura, ambas se dan cuenta que sus preparaciones son exquisitas y las hicieron pensando en el sabor favorito de la otra. Choji se recupera explicando que su crisis fue debido a una sobredosis de azúcar; al final, cambian de opinión y deciden que como piensan de forma muy similar, buscarán juntas un regalo mucho mejor. Mientras, Temari se da cuenta del malentendido y se molesta con Shikamaru.

Gaara y sus hermanos llegan a Konoha para la conferencia de Kages. Gaara piensa que su regalo debe ser extravagante. Lee y Tenten llevan al Kazekage y a su hermano a Ichiraku para darles una idea de lo que le gusta a Naruto. Iruka conoce a Gaara por primera vez y le agradece por ser amigo de Naruto. Killer B dice que la Aldea Oculta de la Nube dará el mejor licor, la mejor carne y organizará una rifa y espectáculo de baile para la boda con el Raikage como artista; Kankurō dice que la Aldea Oculta de la Arena no se quedará atrás y también dará lo mejor incluyendo un baile del Kazekage, algo a lo que la sombra de arena no accede. Finalmente, Gaara se da cuenta de que su regalo a Naruto debe ser en carácter personal pues son amigos.

Shino debate sobre que obsequiar a Naruto y Hinata, junto con Kiba visitan a Kurenai y Mirai, así deciden obtener hidromiel como regalo. Kiba expresa que esta será la última misión del Equipo 8 por lo que Shino piensa en que será de su futuro. Para cumplir con la misión viajan a Soroku, ahí se encuentran con Tamaki, de quien Kiba rápidamente se enamora, ella les indica que encontrarán al apicultor en el bosque de bambú. Una vez ahí, Shino y Kiba se pierden en la niebla, sin embargo Shino encuentra al apicultor, que combate a Shino en vano. A cambio, le entrega un contenedor de hidromiel pero le dice que permanecerá atrapado en la niebla mientras tenga dudas debido al jutsu del apicultor. Shino resuelve esto al decidir apoyar a sus compañeros de equipo, sin importar lo que cambien sus vidas. Los muchachos regresan a Konoha e Iruka le dice a Shino que debería ser maestro por la facilidad que muestra para con los niños rebeldes.

Kakashi verifica que todos han cumplido con la misión, algunos regalos son extravagantes y considera que de acuerdo a las reglas deberían montar guardia durante la ceremonia, pues los cinco Kages y otras personalidades asistirán, lo que vuelve necesario la presencia de varios shinobi en tales puestos. Para pensar mejor las cosas se va a dar un paseo, en el camino se encuentra con Hinata, quien le informa que Naruto ha sido muy diligente con los preparativos de la boda. Después, ella almuerza junto a Sakura, Ino y Tenten, quienes casi revelan los detalles de la misión; más tarde, se encuentra con Kiba y Shino, quienes estuvieron a punto de dar a conocer el secreto. Konohamaru está por entregar el video que contiene los mensajes de felicitaciones, a pesar que no cuenta con el de Iruka, al llegar a la oficina del Hokage escucha a Shizune hablando con Tsunade sobre la asistencia a la boda con base en la calidad, valor y significado de cada regalo, por lo que se retira y lo comunica a los demás; sin querer, Hinata escucha esa discusión y angustiada, le pide a Kakashi que deje que su clan sirvan de seguridad, este se niega y promete resolver el asunto. Como resultado, todo el mundo se compromete a montar guardia por turnos, por lo que todos podrán asistir en algún momento. Tsunade revela que dio vigencia a la regla debido al estallido de bodas que tuvo lugar durante la gran guerra ninja, una situación totalmente distinta al presente. Kakashi no está de acuerdo y establece que todos irán a la boda, por lo que resolverá el problema de forma distinta. Tras conversar con Iruka, Kakashi tiene una idea, así, visita a Gaara y solicita la colaboración de su aldea en cuanto a prestar shinobis que cuiden la ceremonia, el Kazekage le dice que será todo un placer así como también lo será para los demás Kages pues desean contribuir en lo que sea posible para la boda, luego Kakashi pide a Konohamaru registrar un videomensaje de Gaara pero este es tímido y utiliza su arena para barrer al sexto y a su hermano.

Falta una semana para la boda. Iruka piensa en Naruto y le recuerda desde su niñez; Konohamaru le menciona que todavía no ha grabado su mensaje para la boda. Mas tarde, mientras prepara la cena, es visitado por Naruto, quien al ver el desastre que ha generado en la cocina le invita a comer ramen, para relajarse y aprovechar los días que le quedan como soltero, ese comentario no es del agrado de Iruka por lo que se lleva a Naruto con el objeto de disculparse con Hinata, el Uzumaki le detiene en el camino y le confiesa que en realidad lo ha visitado porque quiere pedirle que asista a la boda representando a su padre. Iruka felizmente accede y el momento sirve para que se de cuenta que Naruto no ve su relación solamente como la de maestro y estudiante, sino como familia. Iruka finalmente graba su mensaje, advirtiendo a Hinata de las tendencias inmaduras de Naruto, al mismo tiempo que pide que lo cuide; mientras, a él le pide que la haga feliz. Finalmente, llega el día de la boda, los cinco kages se hacen presente, todos los asistentes contribuyen con donativos para los gastos de la boda. Shikamaru y Temari, así como Ino y Sai, asisten como pareja. Sakura recibe una carta de felicitación por medio del halcón de Sasuke, mientras, él continúa viajando. Hinata piensa en Neji y lo mucho que le gustaría contar con su presencia, Naruto mira hacia la roca Hokage y se enfoca en su padre. Hiashi y Hanabi vienen a decirles que es tiempo. Hinata toma de la mano a Naruto y así comienzan a caminar para dar inicio a la ceremonia de su boda.