Una nave klingon se estrella en la Tierra perseguido por unos desconocidos alienígenas. Durante su huida, el klingon es abatido a disparos por un granjero y es trasladado a las instalaciones de la Flota Estelar para tomar la decisión de qué hacer con él. La Flota Estelar decide devolver el klingon herido a su planeta y encarga la misión al capitán Jonathan Archer de la nave Enterprise (NX-01), la primera capaz de alcanzar la velocidad Warp 5. Durante el viaje la nave es atacada y el klingon secuestrado por los alienígenas que le perseguían en la Tierra, llamados sulibanes.

Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la nave a investigar ya que no responde a sus llamadas, pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre.

El capitán Archer autoriza a algunos miembros de la tripulación a acampar en un planeta que parece inofensivo. Al acercarse una tormenta deciden refugiarse en unas cuevas. Pronto comenzarán a tener extrañas alucinaciones que provocarán situaciones muy peligrosas.

La nave Enterprise contacta con otra que necesita asistencia técnica. Al facilitarles la ayuda, el ingeniero Trip Tucker coquetea con una de las tripulantes Xyrilianas. Poco después, descubrirá con incredulidad que ha quedado embarazado sin haber tenido ningún tipo de relación con la alienígena.

La Enterprise se aproxima a una colonia con la que se perdió el contacto hace 75 años, situada en el planeta Terra Nova. Al descubrir una radiación misteriosa, el capitán Archer decide investigar y enviar un equipo de salida al planeta que se tendrá que enfrentar a una emboscada de los Novanos, los habitantes de ese mundo que viven en cavernas.

El capitán Archer y Trip visitan un monasterio vulcaniano en el que descubren a una tropa de andorianos, una raza enfrentada a los primeros. Los andorianos afirman que el monasterio es en realidad una instalación militar vulcaniana utilizada contra su raza.

Malcolm Reed y Travis Mayweather han sido enviados a una misión en un cometa. Cuando solicitan la ayuda del Enterprise, el capitán Archer no tendrá más remedio que solicitar asistencia a una nave vulcaniana a pesar de la poca simpatía que tiene por esta raza.

El Enterprise encuentra una nueva civilización, los Akaali. El capitán Archer descubre que otros alienígenas ya han llegado con anterioridad a ese planeta. Al ser acusado por los habitantes del planeta de la propagación de una enfermedad, Archer se da cuenta de que los otros alienígenas se están adueñando de los recursos de ese mundo.

El Enterprise contacta con un carguero que ha realizado una llamada de socorro al haber sido atacado por planetas. El capitán Archer se da cuenta de que la tripulación del carguero tiene secuestrado a un Nausicaano al que están torturando para sacarle información.

Tras un acto de sabotaje del Enterprise que a punto está de costarle la destrucción por una tormenta de plasma, un miembro de la tripulación revela al capitán Archer que procede de 900 años en el futuro y le desvela información sobre una supuesta Guerra Fría Temporal.

Hoshi Sato es elegida por la tripulación para que averigue la comida favorita de Malcolm Reed con motivo de su cumpleaños. Sin embargo éste cree que Hoshi tiene hacia él otras intenciones totalmente distintas. Mientras tanto, una nave alienígena ataca al Enterprise.

Phlox está tratando de encontrar la cura de una enfermedad que afecta a 50 millones de valakianos. Sin embargo, descubre que si consigue la cura, el futuro del planeta cambiará profundamente.

La Enterprise descubre a una nave klingon atrapada por un gigante gaseoso y trata de ayudarlo. Los klingons consideran que aceptar la ayuda es un deshonor y no colaboran en el rescate, lo que provoca que el equipo enviado a la nave klingon quede atrapado e incomunicado.

Los vulcanianos quieren llevarse a T'Pol del Enterprise acusando al capitán Archer de la destrucción del templo de P’Jem. La situación se complica cuando T'Pol y el capitán Archer son rescatados en una misión por unos inesperados aliados.

Trip y Malcolm Reed quedan atrapados en una lanzadera que se encuentra a gran distancia del Enterprise. El tiempo va transcurriendo y el oxígeno se termina, lo que obliga a buscar a contrarreloj algún tipo de plan que salve sus vidas.

La Enterprise se encuentra con un grupo de vulcanianos que ha decidido no rechazar sus emociones, algo totalmente censurado por su sociedad. Este grupo provoca el rechazo de T'Pol que, sin embargo, tiene una profunda curiosidad.

Un equipo de exploración del Enterprise encuentra en un planeta a un grupo de Eskanos que dicen estar de caza de animales salvajes. El capitán Archer descubre que en realidad su presa es un ser inteligente que necesita su ayuda.

Cuatro ferengis invaden el Enterprise con el objetivo de robar. El capitán Archer pronto descubre que el egoismo de esta raza puede ser de vital ayuda para conseguir recuperar el control de la nave.

La Enterprise descubre el lugar en el que, según una leyenda, se estrelló una nave fantasma. La tripulación descubre unas figuras que no son detectadas por los sensores y encuentra un cadáver momificado que aclara muchas cosas.

El capitán Archer y Travis son encarcelados por los tandaranos acusados de haber invadido una zona militar. En la prisión, repleta de sulibanes hay incluso niños y esto obliga a Archer a organizar una multitudinaria fuga.

Una extraña criatura invade el Enterprise atrapando a varios tripulantes en una especie de red que forma su propio cuerpo. Antes de que los tripulantes mueran será necesario encontrar una forma de comunicación con la criatura para que los libere.

A Archer le han encargado recoger a la embajadora vulcaniana V'lar en el planeta Mazar puesto que está recibiendo importantes acusaciones. T'Pol no puede creer que las acusaciones sobre una persona tan honorable puedan ser ciertas y decide investigar.

Tras las reparación de una nave averiada, el capitán Archer y Trip son invitados por su capitán a cenar a un desértico planeta. Cuando el campamento es atacado, Archer y Trip tendrán que luchar por su supervivencia en el desierto.

El capitán Archer, Hoshi, Trip y Malcolm Reed visitan el planeta Risa durante un permiso en el que conocen a distintos personajes que les llevarán a extrañas situaciones dispares.

Una lanzadera del Enterprise provoca una explosión que mata a todos los colonos de un planeta. Este accidente provoca que se le ordene al Enterprise regresar a la Tierra y cancelar su misión de exploración. Antes del regreso, un viajero del futuro descubre que hubo otros implicados en la explosión.

Mientras la Enterprise es invadida por los sulibanes, el capitán Jonathan Archer, atrapado en un futuro remoto, descubre que su desaparación de las líneas temporales es la causa de la devastación de la que es testigo el siglo XXXI.

Contradiciendo los libros de historia, T'Pol rememora cómo su bisabuela tomó parte en el primer contacto real entre los vulcanianos y los humanos, en la pequeña ciudad minera de Carbon Creek, en Pensilvania.

Averiado el Enterprise por una mina orbital alienígena en territorio ocupado por romulanos hostiles, Malcolm Reed intenta desactivar el artefacto. Al fracasar, intenta sacrificar su propia vida para salvar la de sus compañeros.

Tras acoplarse con una misteriosa estación espacial, la tripulación del Enterprise se asombra de las capacidades técnicas de la estación. Sin embargo, esa sensación de demasiado bonito para ser real se transforma en amargura cuando el alférez Travis Mayweather es hallado muerto.

Afectado por un virus contraído mientras acompañaba al capitán Jonathan Archer en una misión diplomástica, su sabueso Porthos es confinado en la enfermería. Mientras consuela a su mascota, Archer se encuentra cada vez más inmerso en pensamientos íntimos relacionados con T'Pol.

Buscando combustible, la Enterprise encuentra una pequeña colonia minera cuyos habitantes viven aterrorizados por unos bandidos klingons que roban los suministros de la colonia. El capitán Jonathan Archer y su tripulación se unen a la lucha.

Al serle encargada una misión secreta por el Alto Mando Vulcaniano, T'Pol le pide al capitán Jonathan Archer que la acompañe, una petición que sorprende al capitán, especialmente cuando se descubre que T'Pol tiene un interés personal en alcanzar el objetivo de su misión.

Al volver a una civilización pre-warp en busca de un comunicador abandonado allí accidentalmente en una misión de investigación, el capitán Jonathan Archer y Malcolm Reed son capturados y sentenciados a muerte acusados de ser agentes de los enemigos de sus captores.

Cuando se dirigen a observar parte de un sistema estelar trinario, la tripulación descubre que sus tareas diarias se están convirtiendo en una obsesión. No afectada por ese comportamiento compulsivo, T'Pol investiga, y descubre un peligroso factor que afecta a sus compañeros.

Tras realizar de mala gana su primer viaje en transportador, Hoshi sale del mismo sintiéndose rara, y empieza a imaginar que sus compañeros actúan de forma diferente con ella. Pese a que Phlox intenta convencerla, Hoshi no le cree, y sus investigaciones revelan la implicación de alienígenas.

Respondiendo a una llamada de ayuda, la Enterprise descubre que la nave que necesita ayuda transporta a una hermosa prisionera en estado criogénico. A pesar de liberarla de sus captores, Trip encuentra a la bella alienígena irritantemente combativa.

Amenazada por una mortífera tormenta radiactiva, toda la tripulación de la Enterprise se ve forzada a buscar refugio durante ocho días en una pequeña cavidad de mantenimiento, sin saber que una presencia alienígena intenta tomar el control de la nave.

Tras ser disparado en una misión en solitario, Trip se ve forzado a aterrizar en una luna donde hace un calor mortal durante las horas diurnas. Para salvar su vida, Trip tiene que contactar con la Enterprise antes del amanecer. Sin embargo, un agresivo alienígena se interpone en su camino.

La posición y la carrera de T'Pol se ven amenazadas cuando le diagnostican el síndrome de Pa’Nar, una enfermedad vulcaniana que se contrae a través de la fusión mental: una práctica considerada de mal gusto por la sociedad vulcaniana, incluido el Alto Mando.

Con los andorianos y los vulcanianos envueltos en un conflicto por la ocupación de un pequeño planeta, al capitán Jonathan Archer le encargan que medie entre las dos partes. A pesar de tener éxito al principio, los progresos de Archer son frustrados por un oficial granuja de uno de los bandos.

Tras encontrar una pequeña nave que contiene un cadáver humanoide, la Enterprise es atacada por los sulibanes y los tholianos, los cuales insisten en reclamar para sí la nave futurista.

Arrestados por error como contrabandistas, el capitán Jonathan Archer y Trip son encadenados y metidos en una nave rumbo a la colonia-prisión de Canamar. Cuando unos prisioneros escapan y toman la nave, los oficiales de la Flota Estelar se convierten en renegados contra su voluntad.

La Enterprise encuentra una enorme nave extraterrestre que se traga a la nave de la Flota Estelar. Mientras están en el interior del gigante, unos alienígenas incorpóreos intentan intercambiar sus mentes con la tripulación de la Enterprise. Las intrigantes sensaciones esconden una extraña amenaza.

Acusado de conspirar contra el Imperio Klingon, el capitán Jonathan Archer se enfrenta a cadena perpetua en la dura prisión de Rura Penthe si es declarado culpable. Por desgracia, el abogado klingon de Archer es demasiado experto como para ofrecer una defensa combativa.

Con la Enterprise haciendo otras cosas, Travis Mayweather aprovecha la ocasión para visitar la nave en la que creció. Por desgracia, el regreso de Travis es empañado por la muerte de su padre, las tensas relaciones con su hermano, y un ataque alienígena.

Mientras Travis y otros intentan rescatar a tres denobulanos de unas profundas cavernas, Phlox se encuentra con un paciente antarano que se niega a ser tratado por un denobulano debido a los conflictos históricos entre las dos razas.

Al establecer el primer contacto con los visianos, la tripulación de la Enterprise descubre que esos alienígenas tienen tres sexos y que los del tercer sexo son tratados como ciudadanos de segunda clase. Trip tienta al desastre cuando enseña a leer a uno de los cogenitores, el tercer sexo.

Al descubrir los cuerpos de unos alienígenas perfeccionados cibernéticamente que habían estado enterrados en un glaciar durante casi cien años, un equipo de investigación ártica revive a los seres, con consecuencias estremecedoras.

Cuando el capitán Jonathan Archer se entera de que A. G. Robinson, su antiguo rival del programa NX, ha muerto, él rememora los días en que competía con Robinson por ser el primer piloto en superar la barrera Warp 2.

Capturado por un tellarita cazarrecompensas, el capitán Archer se encuentra en ruta para ser entregado a los klingons a cambio de una nave confiscada. Mientras, un microbio desencadena el impulso reproductor vulcaniano de T'Pol, con demoledoras consecuencias.

Una sonda alienígena desencadena un violento ataque contra la Tierra, cortando una franja desde Florida hasta Venezuela, y matando a millones de personas. Enviado a enfrentarse a los atacantes, el capitán Archer encuentra a los klingons y los sulibanes en el camino a la zona mortal conocida como la "Expansión".

Buscando a la esquiva raza de los xindi, el capitán Jonathan Archer y su tripulación son ayudados por un capataz minero alienígena con un horrible trofeo. Mientras, Malcolm Reed choca con los nuevos oficiales militares que se encuentran a bordo de la Enterprise.

Fuera de servicio por culpa de las terroríficas distorsiones espaciales de la Expansión, la Enterprise encuentra una nave desierta que ha sido despojada de sus aparatos por unos saqueadores sin escrúpulos. Enseguida los piratas atacan al capitán Archer y su equipo.

Buscando una nave xindi en un planeta selvático, el capitán Archer, Malcolm Reed y Hoshi Sato caen enfermos por culpa de un virus que les hace mutar en una forma primitiva de vida. La Enterprise es atacada por naves alienígenas que pretender erradicar el virus.

Mientras el consejo xindi debate como enfrentarse a la amenaza humana, el capitán Archer sigue la pista de los xindi hasta un mercado local, y embarca a un enigmático y taimado pasajero, una bella esclava llamada Rajiin.

Respondiendo a una llamada de socorro de una nave vulcaniana averiada en la Expansión Délfica, el capitán Archer y su patrulla son atacados por unos vulcanianos locos con aspectos de zombis. Atrapada en la nave, T'Pol comienza a experimentar los mismos síntomas.

Mientras el capitán Archer y su tripulación investigan las esferas alienígenas inductoras de distorsión, un poderoso telépata se pone en contacto con Hoshi, y ofrece a la Enterprise una ruta directa hacia los xindi. Sin embargo, esta información tiene un precio demasiado alto para Hoshi.

Infiltrado en una colonia industrial, el capitán Archer encuentra materiales utilizados en el arma que atacó la Tierra. Mientras una nave xindi-reptiliana les acosa, Archer pide ayuda al jefe de la colonia.

A doce años de distancia en el futuro, el capitán Archer descubre que los xindi han conseguido eliminar a todos los humanos menos a 9000. Habiendo encuntrado una cura para la incapacidad de Archer de tener recuerdos, T'Pol se da cuenta que él tiene poder para cambiar el pasado.

Habiendo descubierto en la Expansión un asentamiento de humanos que viven como en el Viejo Oeste del siglo XIX, el capitán Archer queda impresionado al ver cómo tratan los colonos a sus homólogos.

Para salvar la vida de Trip tras recibir una gravísima herida, Phlox intenta acometer un trasplante clonando al oficial. Sin embargo, al sensible e inteligente joven clon le cuesta entender por qué tiene que morir para salvar a Trip.

El agente Daniels, que viaja en el tiempo, regresa para decirle al capitán Archer que ha descubierto a un grupo de xindis fabricando un arma en el pasado de la Tierra. Con ayuda de Daniels, Archer y T'Pol viajan al Detroit de 2004 para investigar.

Habiendo traído a bordo a un grupo de fanáticos religiosos procedentes de una nave averiada, la tripulación es hecha prisionera por los alienígenas, que amenazan con destruirse a sí mismos y a la Enterprise. Escalofriantemente, los fanáticos exigen un sacrificio humano.

Habiendo sufrido graves daños al atravesar la Expansión Délfica, la Enterprise recibe la ayuda de un inverosímil aliado: una nave andoriana al mando de Shran. Juntos, se dirigen hacia la súper arma xindi.

Cuando la Enterprise captura a Degra, el diseñador de la súper arma xindi, el capitán Archer utiliza un elaborado y astuto plan para engañar al alienígena y que revele el emplazamiento del aparato.

Tras descubrir a un alienígena en una pequeña nave dentro de una anomalía espacial, el capitán Archer lo trae a bordo con desastrosas consecuencias. Mientras, tensiones largo tiempo reprimidas estallan entre los oficiales de la Enterprise.

Para atravesar una peligrosa región del espacio, Phlox pone al resto de la tripulación en coma. Cuando la nave está enteramente bajo su control, Phlox descubre con inquietud que al parecer no está solo.

Al encontrar un nido de xindi-insectoides a bordo de una nave averiada, el capitán Archer intenta devolvérselos a los xindi a toda costa. Sin embargo, varios de los oficiales se oponen a la decisión del capitán.

Habiendo localizado la súper arma xindi, el capitán Archer parte en una misión suicida para destruirla. Descubierto y capturado, Archer es torturado brutalmente mientras la Enterprise sufre un ataque que la deja gravemente dañada.

Tras el ataque de los xindi, la tripulación intenta reparar la Enterprise, uniendo sus fuerzas a una nave iliriana que también ha sufrido daños. Por desgracia, los ilirianos no pueden prestarle a la Enterprise un cilindro warp. Entonces el capitán Archer toma la decisión de ir a robarlo, un acto morablemente cuestionable porque tuvo que dejar varados a 86 alienígenas.

Dos altos oficiales xindi ofrecen deterner el disparo de la súper arma si el capitán Archer puede demostrar sus alegatos. Cuando Archer les invita a la Enterprise se producen enfrentamientos.

Intentando utilizar un peligroso pasillo subespacial, la Enterprise entra en contacto con otra Enterprise que viajó al pasado, tripulada por los descendientes del capitán Archer y del resto de la tripulación.

Mientras T’Pol y Malcolm Reed comandan una patrulla al interior, mortíferamente defendido, de una esfera, el capitán Archer y Hoshi intentan ganarse a los miembros del Consejo xindi. Fuerzas siniestras e invisibles intentan hacer fracasar sus intentos.

Flanqueadas por naves xindi amistosas, la Enterprise parte a rescatar a Hoshi, que ha sido capturada, y a impedir que los reptilianos monten la súper arma. Viendo fracasar sus planes, los enigmáticos constructores de las esferas intentan alterar el curso de los acontecimientos.

En un desesperado intento por interceptar la súper arma xindi y desmontarla desde dentro, Archer corre a contrarreloj para vencer los obstáculos interpuestos por los constructores de las esferas y los reptilianos.

Después de haber sobrevivido misteriosamente de la súper arma xindi, el capitán Jonathan Archer se despierta en la Tierra en la época de los Nazis del 1940 quienes han invadido Estados Unidos con la ayuda de alienígenas.

El capitán Archer se reúne con la tripulación de la Enterprise (NX-01) y tratan de terminar el plan de destruir con una máquina del tiempo al futuro de la Tierra.

Después de haber finalizado el conflicto, toda la tripulación de la Enterprise deberá enfrentarse a los resultados de sus acciones durante la guerra contra los xindi. T'Pol y Trip viajan a Vulcano, donde ella debe reconsiderar su relación con su prometido Koss.

Un grupo peligroso de humanos mejorados genéticamente llamados "Intensificados" escapan de un planeta prisión, y ellos sólo buscan crear una guerra contra los humanos normales. La Enterprise es puesta al lado del criminal doctor Arik Soong, creador de este gran grupo de superhombres, para poder cazarlos.

Arik Soong y un grupo de intensificados van a un centro médico con su intención de llevar a la vida miles de embriones alterados genéticamente.

En defensa de Arik Soong, el grupo de intensificados intentan iniciar una guerra interestelar entre la Tierra y los klingons. ¿Podrá la Enterprise pararlos?

La embajada de la Tierra en el planeta Vulcano es bombardeada, y el almirante Maxwell Forrest muere. T'Pol y el capitán Archer son enviados a investigar a una facción religiosa en el desierto vulcaniano.

T'Pol y el capitán Archer encuentran a los Syrrannitas (una facción religiosa de Vulcano). Archer se entera de los planes del Alto Mando Vulcaniano de iniciar un ataque contra Andoria, lo que sumergiria a la Tierra en un conflicto interplanetario.

El capitán Archer, T'Pol y T'Pau van en busca del Kir’Shara, el objeto que contine las escrituras sagradas de Surak. Cuando lo llevan de regreso a la capital de Vulcano se encuentran en medio de un conflicto entre naves militares vulcanianas y andorianas.

El inventor del teletransportador, Emory Erickson, viene a la Enterprise a hacer un experimento peligroso: quiere encontrar a su hijo perdido en el subespacio. Pero no le cuenta nada al capitán Archer ni a su tripulación.

Unos alienígenas no corpóreos entran y se ponen a estudiar a la tripulación de la Enterprise para ver su reacción frente a una infección viral.

El Enterprise viaja a Babel con un embajador tellarita para hacer tratados de paz con los andorianos, cuando una llamada de auxilio de Shran es recibida por la nave de la Tierra.

El capitán Archer trata de unir a los andorianos, los tellaritas y los vulcanianos en un plan para capturar una nave romulana que está tratando de desestabilizar esa región.

El capitán Archer visita el mundo de Shran, Andoria, para encontrar una subespecie andoriana telépata llamada Aenar, con el fin de determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Mientras el Enterprise visita la Tierra por el lanzamiento del Columbia (NX-02), el doctor Phlox es secuestrado y forzado a ayudar a los klingons.

Con la ayuda del Columbia, toda la tripulación del Enterprise soluciona el sabotaje a sus naves y van a intentar liberar a Phlox.

Tras un acuerdo con los Orión, el comerciante le regala tres mujeres al capitán Archer, que cautivan a todos los hombres de la nave excepto Trip.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Jonathan Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio tholiano.

En el universo espejo, el Enterprise (NX-01) ha sido destruida por los tholianos, y algunos han escapado en cápsulas de salvamento. Jonathan Archer se ha apoderado de la nave que estaba en el espacio tholiano, que resulta ser una nave del siglo XXIII (un siglo en el futuro) y del universo principal, y Archer en la nueva nave pretende matar al emperador del Imperio Terrano y gobernar la Tierra él. Pero no todos de abordo están de acuerdo, y realizan otro motín.

En la Tierra, un grupo de racistas xenofóbicos llamado Terra Prime, hace todo lo posible para terminar con la llegada de alienígenas y las relaciones con más planetas entre la Tierra.

El líder xenofóbico de Terra Prime amenaza con destruir toda la Flota Estelar a menos que todo el que sea alienígena salga del sistema Solar inmediatamente.

Seis años en el futuro, en 2161, un emotivo capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise. Y en la holocubierta de la USS Enterprise (NCC-1701-D) del siglo XXIV, William T. Riker estudia la creación de la Federación Unida de Planetas creada en 2161 por humanos, vulcanianos, andorianos y tellaritas.