La humanidad está bajo el constante asalto de una aterradora raza de mutantes marinos con un solo propósito: erradicar a todos los humanos. La última esperanza de la humanidad reside en el Submarino Azul No. 6 y su dedicada tripulación, quienes se han unido para luchar por la supervivencia del hombre.

Con las fuerzas de Zorndyke mantenidas a raya por el momento, después de otra batalla submarina, Blue Submarine y su tripulación regresan a la base para realizar las reparaciones que tanto necesitan. En la base, Tetsu hace alarde de su falta de respeto por la autoridad y, al mismo tiempo, pone de los nervios a Mayumi.

Mientras Tetsu navega sin rumbo a través del océano abierto, ve su vida en flashbacks antes de finalmente quedar inconsciente. Cuando despierta, se sorprende (y pone nervioso) al encontrarse a merced de su propio enemigo.

Con la mayor parte de la Tierra sumergida bajo el mar y los polos aún moviéndose, Zorndyke está listo para liberar su creación diabólica: una raza de mutantes marinos. ¿Su plan? Dominación mundial. ¿Pero la humanidad demostrará ser su propia destructora?