En este primer episodio, se presenta la figura del capitán de policía William Boone, cuya mujer ha sido asesinada. Después del suceso, es reclutado por los taelons, una raza extraterrestre benevolente en apariencia que está habitando en la Tierra desde hace tres años. Para hacer bien su trabajo, a Boone le implantan un dispositivo en el cerebro que expande sus habilidades mentales y le permite controlar una arma biológica de poder ilimitado.

William lleva en el cerebro un implante que le pone al servicio de los extraterrestres, y también le concede poderes sorprendentes. Ha sido nombrado Comandante para la seguridad y relaciones entre las dos especies, pero eso no le hará olvidar el asesinato de su esposa. Sus primeras investigaciones le llevan a descubrir como sucedió. Solo le queda averiguar quién lo hizo y por qué.

William ha vuelto a ver a Elise, una antigua amiga de la que estuvo muy enamorado. Elise va a quedarse en la ciudad como profesora de música y William quisiera comenzar una nueva relación con ella. No es su única preocupación: han robado un importante cargamento de material radioactivo.

A punto de comenzar la final del campeonato de fútbol, con más de cuatro mil millones de personas delante de los televisores, se interrumpe la retransmisión y aparece en imagen un científico al que todos suponian muerto.

A punto de despegar hacia Marte una nave tripulada, el Presidente cancela la misión. Los extraterrestres han ofrecido colaborar en un programa conjunto que permita viajar a otras galaxias.

Durante un acto oficial en el Planetario, los asistentes han sido paralizados por un gas. Cuando William y sus compañeros de Seguridad se recuperan, el lider de los extraterrestres ha desaparecido.

William ha visto a Johnson, pero éste es un soldado que, al parecer, murió cuando secuestraron al jefe de los extraterrestres. Aunque quieren convencerle de que fue una simple alucinación, William cree que Johnson está vivo y trata de comunicarse con él.

EL ordenador de Augur entra en una de las frecuencias cerebrales del líder de los invasores. Y produce en él un efecto de retroceso en la evolución hasta convertirlo en un Atavus, monstruo asesino al que los invasores deciden eliminar.

Lyam viaja dos dias hacia el futuro, y descubre que matará a sus amigos, los principales dirigentes del Movimiento de Liberación que se opone a los extraterrestres. En el breve plazo de esas cuarenta y ocho horas debe impedir verse convertido en asesino.

Maya, la joven que vino desde la otra dimensión, es el doble exacto de Isabel Martínez. Ambas sufren extraños trastornos. Parece que la solución podría consistir en unirlas, pero eso significa entrar en la nave nodriza de los extraterrestres.

Los invasores mantenían prisionero a un jaridiano - miembro de otra especie extraterrestre - para estudiarlo. Pero el cautivo logra escapar junto a Lilly y Liam. Los tres van a parar a una extraña nave llena de trampas, resto de una especie ya extinguida.

En el episodio de hoy, miembros de la Resistencia han robado un transbordador extraterrestre y con él, pueden producir mucho daño a los invasores. Pero hay graves sospechas de que no será así, porque todos en la Resistencia temen que haya un traidor entre ellos.