XVI век. История мультфильма уводит зрителя в XVI век, в Японию. В начале века злой демон по имени Аку нападает на одно большое японское селение, уничтожая всё на своём пути. И тогда один молодой самурай попросил трёх мудрецов выковать волшебный меч, наделённый силами добра. Самурай сразился с Аку, который умел перевоплощаться в разных животных, и силы добра победили силы зла. Аку ушёл в горы и окаменел там, а молодой самурай стал предводителем всех самураев и ниндзя. Прошло восемь лет. Во время солнечного затмения, Аку снова восстал из камня. В это время самурай постарел, у него появился маленький сын. Аку снова нападает на те же селения, но на этот раз старому самураю не удалось взять волшебный меч, и он сдаётся, прося жену увезти малыша на обучение. Маленький самурай уплывает на корабле от мамы. Волшебный меч остаётся у матери. Самурай-сын странствует по всему миру, встречая искусных мастеров и многому обучаясь. С ними он обучается искусству верховой езды, ниндзюцу, дзюдо, греко-римской борьбе, кунг-фу и прочим единоборствам. И вот новый самурай возвращается на родину, которая уже полностью во власти злого Аку. Мама, постаревшая, отдаёт ему волшебный меч. Он освобождает отца и других узников. И храбро сражается с Аку. Сам демон Аку пытается перевоплощаться то в осьминога, то в скорпиона, то в жука, но он не может противостоять могучему самураю. И вот, когда юный самурай пытался нанести смертельный удар, Аку применил хитрость: он открыл портал в будущее и бросил туда Самурая. Самурай попадает в необыкновенное будущее, весь мир в котором принадлежит Аку.

После событий, описанных в первом эпизоде, прошло много веков. По воле Коварного Аку храбрый самурай попал в будущее из XVI века в XXI век. Сначала он упал на летающие машины. (пародия на Пятый элемент) В этих машинах сидели роботы-убийцы, и они хотели уничтожить самурая. Тогда самурай сам уничтожил несколько машин, упал на землю и не разбился, прыгая по машинам. Это увидела местная «шпана», восхитилась и дала самураю прозвище — Джек. Самурай Джек пошёл в местный паб и заметил, как всё изменилось в мире. Он встретил на своём пути много отвратительных тварей и чудовищ, которых ему пришлось убить. Но здесь он нашёл себе новых друзей — говорящих собак-археологов, которые вели раскопки по велению Аку и узнавали много нового о своей родословной и истории собак древности. Джек очень понравился им, и они решили рассказать ему правду: Через 25 000 лет после исчезновения юного самурая Аку завладел всем миром. Но ему мало было одной планеты — он хотел повелевать вселенной, потому сотрудничал с контрабандистами с разных звёзд и галактик, чтобы захватить эти звёзды и галактики. Появлялись новые чудовища и мерзкие твари, которые заправляли многими учреждениями, а добрые существа, как собаки, друзья человека, или сами люди, работали с утра до ночи и с ночи до утра. Тогда Джек прилетел с собаками на звездолёте туда, где собаки занимались раскопками и постоянно мучились. Джек поставил себе задачу: защитить собак будущего и освободить их.

Когда Джек согласился спасти собак-археологов, подданная Аку (официантка бара, где самурай столкнулся с псами-археологами) подслушала их разговор и рассказала всё Аку. Тогда повелитель зла Аку решил наслать на собак и Джека огромные полчища жуков-роботов (жукоботов). Но Джек не испугался: вместе с Ротти, Дрейфусом и Огюстом они создали свою армию и оружие, для унистожения жуков. Эти оружия были сделаны из острого красного кристалла, который собаки добывали для Аку. И вот Джека одели в доспехи, дали ему флаг и оружие и отправили сражаться с жуками. Джек отличался особым умом и знал, что роботы не настолько умны, как кажутся. Куда бы Джек не пошёл, везде были ловушки для роботов. И так тысячи роботов были сокращены до сотен. Но вот ловушки кончились. И Джеку пришлось пустить в ход меч отца. Он выпустил на жуков всю свою ярость, гнев и силу. Даже когда он испачкался в масле с ног до головы, он не перестал драться, и порубил всех жуков на куски. Такой битвы у него никогда не было. И он поднял гордо флаг, где был начертан знак самурая и собачий след. Собаки предложили ему остаться, но Джек лишь поблагодарил их и сказал, что у него свой путь, и что он должен сам истребить нечисть, если не в прошлом, то в будущем… Таким образом он стал странствовать по миру, надеясь вернуться назад.

Обречённый скитаться в злом мире будущего, созданного злым демоном Аку, самурай Джек повстречался с диким животным. Он поймал его, позже оказалось, что этого зверя зовут Вулли, а их хозяева — инопланетные обезьяны, именующие себя Кричилайтами. Кричилайты поблагодарили Джека и привезли его в заброшенный старый город. По дороге главарь Вулли рассказал Джеку, что Вулли основали этот город много тысячелетий назад, но на них "напало" племя Кричилайтов, которые "использовали высокие технологии для того, чтобы заставить их себе повиноваться". Сам Джек увидел, что все Вулли очень грустные, и Кричилайты их постоянно бьют электрическим током, чтобы они работали. И глубокой ночью Джек освободил наказанного Вулли, которого поймал. Вулли привёл Джека в загон, куда Кричилайты отправляли всех Вулли ночью. Он приказал Джеку подняться на башню, где сидел самый-самый старейший из Вулли, который остался в живых. Вулли-мудрец был самым главным, он рассказал Джеку правду. На самом деле Вулли были самыми добрыми животными, и жили они ещё до того, как Аку захватил мир. Город они построили сами и не представляли никакого зла для окружающих. Но после появления Аку на землю прилетели пришельцы-Кричилайты, маленькие, глупые, слабые, но беспощадные и злые, они поработили Вулли лишь с помощью высоких технологий. Джек помог Вулли избавиться от Кричилайтов: он уничтожил шар на башне, которая манипулировала Вулли. Кричилайты поняли, что бессильны и улетели в космос. Вулли-мудрец решил помочь Джеку, и он указал Джеку идти на север, там он найдёт Аку. Джек пошёл по совету мудреца.

Воин вместе с роботами-солдатами пытались захватить башню с источником царя Отрика, который может исполнить одно самое заветное желание, но этого не удалось сделать из-за охраняющих крепость слепых лучников, которые уничтожили своими стрелами целую армию. Зимой того же года, воин в баре начал рассказывать эту историю, произошедшую осенью. Эту историю услышал самурай Джек и сразу отправился на остров. Оказалось, что эти три слепых лучника стреляют при возникновении любого шороха или шага. Тут самурай вспомнил про то, чему его учили и сразу же побежал сражаться с тремя лучниками, которые по ушкам немного напоминают кенгуру. Самурай сумел добраться на верх башни и одолел лучников. На лучников попали их же стрелы и оказалось, что это обычные люди. Самурай решил попросить желание у источника, чтобы он вернул его в прошлое для одоления Аку, но лучники остановили самурая, рассказав историю о том как они нашли этот источник и что он с ними сделал. Они рассказали, что долго искали источник, что он сделал их великими воинами и за это лишил зрения, разума и сделал их своими рабами и стражами. Услышав эту историю самурай разгневался на источник и уничтожил его... В итоге самурай освободил трёх лучников от тьмы источника.

Джек по дороге встречает учёных, которые строят космический корабль, чтобы сбежать от Аку. Они соглашаются помочь Джеку вернуться в прошлое, если он поможет им сразиться с отрядом роботов Аку. Самурай Джек спасает учёных космонавтов от пришедших уничтожить их роботов-богомолов и отправляются в космос.

Джек услышал в кафе-забегаловке рассказ старого моряка о том как он нашёл машину времени у морских обитателей Трицеракуинов. Самурай отправился туда, но старый моряк сказал, что на это пойдёт лишь только храбрец. Самурай переплыл все преграды и попал в подводный город Трицеракуинов, которые его радостно приняли и накормили своей едой. Трицеракуины рассказали, что их город был на поверхности океана до появления Аку и что они вели торговлю с жителями суши. После пира самурай поспешил отправиться к машине времени, но это оказалось ловушкой. Вдруг появился Аку. Трицеракуины объяснили свой подлый поступок тем, что им нужно, чтобы Аку "освободил" их город из глубин океана. Аку своего обещания не сдержал и Трицеракуинам пришлось отстаивать боем своё право на жизнь на поверхности океана. Они решили освободить самурая из проткнутого Аку шара, чтоб тот не захлебнулся и самурай сразился с Аку. Аку сбежал и самурай освободил их город из глубин океана на его поверхность. Трицеракуины попросили прощения и самурай простил их, потому что даже добрые сердца становятся злыми в руках Аку. В благодарность Трицеракуины дали самураю с собой много рыбы-суши.

Джек слышит таинственный голос и пытается найти его источник. После прохождения горных ловушек он был вызван на бой древним вулканический монстром. Монстр рассказал, что он жил во времени самурая Джека на месте где этот вулкан и был скандинавским воином. Этот воин жил очень хорошо, у него были друзья, семья и всё остальное, но вскоре появился Аку и сжёг дорогое ему царство. Воин пошёл в схватку с Аку, но Аку не убил его, участь оказалась страшнее смерти. Аку заточил воина в камень, лишив его права умереть достойно. Вскоре Аку вернулся и ради забавы забросил воина в глубину вулкана, где через тысячи лет воин встретился с самураем Джеком в виде вулканического монстра. Выслушав историю воина, Джек сразился с ним и этим освободил воина от заклятия Аку. Воин снова стал человеком, сразу же стал стариком и умер. Перед смертью воин попросил самурая Джека положить на него меч и воин отправился в Вальгаллу покоиться с остальными великими воинами.

После того, как ни один из воинов не сумел остановить Джека, Аку создает духа из пылающей ненависти Джека для очередной попытки уничтожить самурая. В итоге дух погибает.

Джек встречает шотландца на мосту через болото, где они противостояли армии роботов-аллигаторов и тяжело вооруженных механических машин. Сначала Джек сражается с шотландцем, но позже у них появляется общая проблема, и приходится действовать сообща.

Джек ищет магический камень, о котором ему рассказывали Вулли и который поможет ему вернуться в прошлое. Джек добрался до какого-то восточного города и там он нашёл хозяина лавки, который был знаком с Вулли и знал где находится этот камень. Но тут в лавку пришли приспешники Аку, которые начали сражаться с самураем. Там же Джек встречает женщину-воина по имени Айкра (Аку), тоже "ищущую" этот камень. Она помогает сразиться с роботами Аку и она вместе с самураем убегают от приспешников Аку. Айкра (Аку) рассказала ложную информацию самураю, что её отец был заточен злобным Аку в огненное кольцо за то, что тот боролся с ним. Как только Айкра и Джек добрались через препятствия до этого камня, Айкра разбила камень, и оказалось, что она - Аку. Аку в очередной раз обманул самурая.

Джек присоединяется к группе гангстеров и соглашается помочь им украсть кристалл (камень Нептуна), дающий власть над всей водой мира. Гангстеры рассказали, что в глубокой древности Аку пытался захватить этот камень, чтобы зло правило миром, но древние духи Земля, Ветер и Огонь не дали ему это сделать. Разумеется, если Аку не смог украсть этот камень, то и никто не пытался это сделать. Джек достал этот камень, отправился с гангстерами к Аку и начал сражаться с ним. Прежде чем Джек мог нанести уничтожительный удар для Аку, гангстеры стукнули Джека по голове. Когда Джек очнулся, замок Аку испарился и он оказался в офисе у гангстеров. Джек стал уговаривать везти его к Аку назад, но они не смогли его отправить обратно из-за исчезновения замка Аку. Камень Аку они не отдали, потому что Громила засунул его в шляпу во время драки Аку и Джека. Джек сказал свою настоящую цель присоединения к ним. После этого Джек оставил гангстерам камень, а те стали продавать воду, используя его.

Аку случайно увидел через свой экран, как дети, которые живут в его стране, передразнивают его (Аку). Разумеется, Аку это разочаровало и взбесило, потому что он много веков держал в страхе весь мир. Единственное, что утешило Аку, что старики ещё боятся и уважают всемогущего Аку. Аку решил рассказать этим детям сказку о своём "появлении" и красной шапочке в виде Аку. Детям от этого радостнее не стало, но рассказ сказок Аку оценили хорошо, правда они попросили рассказать о самурае Джеке. Аку согласился рассказать о самурае, но он начал рассказывать сказку о "Джеке и трёх медведях" , "О Джеке и трёх поросятах" и так далее. Разумеется самурая он показал как отрицательного героя. В итоге дети его достали и он сказал последнюю фразу: "Довольно, вот вам самая правдивая история: Жили-были могучий всесильный колдун и жалкий маленький самурай...и колдун убил самурая. Конец!!!". Как только Аку улетел, дети придумали свою хорошую и добрую сказку о Джеке.

Джек помогает миролюбивой стае обезьян защищать себя, взамен они обучают его хорошо прыгать.

Три коротких истории из жизни Джека: о двухголовом черве-маге, о семье, которая ест металл, и о фее, пленнице Гаргоэля.

Джек должен защищать себя под Куполом Рока.

Шотландец просит у Джека помощи в освобождении своей похищенной жены.

После того как Джек находит несколько уничтоженных городов, он пытается остановить восьмерых ультра-роботов с помощью профессора, который создал их.

Джек находит свою Родину и предается воспоминаниями о своем детстве.

Джек ищет истину, взбираясь на гору Фатум с тремя монахами.

Деревня переполнена вонью, исходящей из башни, расположенной на вершине горы недалеко от деревни. Джек находит дракона, страдающего серьёзным нарушением пищеварения.

Аку просит четырёх охотников с другой планеты поймать Джека.

Джек сражается с Демонго и его армией сущностей убитых воинов.

Одежда Джека украдена и он преследует вора, пока сам не становится преследуемым людьми, считающими его вульгарным.

О том, как Джек, пройдя через ущелье в горе, встречает спартанцев и предлагает им свою помощь в войне пяти поколений.

Шайка бандитов уничтожает сандалии Джека. Джек никак не может подобрать себе новую обувь.

Мстительный волшебник превращает Джека в петуха. Он должен выяснить, как возвратиться к нормальному виду.

Аку заманивает Джека на кладбище, насылая на него толпы мёртвых воинов, а Джек должен бороться против своего собственного меча — в руке Аку!

В одном из городов Джек обнаруживает, что все дети города были загипнотизированы музыкой Аку, которая играет в предместьях города, принуждая детей к насилию и держа отдельно них от их родителей.

Предпринявший путешествия на Старом поезде Западного стиля, Джек преследуется наемным убийцей, Захватом Изекиль. Джек избежал Захвата, но пойман бывшей женой Захвата — Жозефиной.

Аку освобождает воинов Сета. Только отдаленная память может спасти Джека, когда он сталкивается с воинами в устрашающем сражении.

Путь приводит Джека к таинственному озеру. Несколько существ ведут его к проходу во времени — и его Опекун. Страж почти убивает Джека, но смягчается — это ещё не время Джека.

Продвигаясь по своему пути, Джек встречает чрезмерно дружелюбное существо, которое мешает его каждому движению. Этот эпизод воздает должное персонажу «Тоторо» Хаяо Миядзаки.

Джек встречает отшельника, который ведет его к трем драгоценным камням титанов

Джек сталкивается со странным домом и должен освободить семью, пойманную в ловушку внутри.

Джек встречает скрытый храм Монахов Шаолиня, которые соглашаются помочь вести его к порталу во времени.

Джек находит древний лабиринт, в центре которого волшебный алмаз, который мог отослать его назад в прошлое, но таинственный незнакомец, который также вошел в лабиринт, мог нарушить его планы. Джек мерится силами с незнакомцем, в то время как они конкурируют, каждый пытается украсть этот волшебный алмаз. Эта серия — дань уважения к Дайсуке Джигену - персонажу Lupin III.

Джек сражается с шиноби, посланным Аку

Джек попадает в город роботов Андромеду, где, используя статую великана-самурая, побеждает огромного робота.

Джек встречается с человеком, пародирующим его, и преподаёт ему урок.

Шотландец отправляется на поиски способа вернуть Джеку память.

Джек случайно заражается инфекцией зла от Аку.

Группа изысканных наёмников во главе с Принцессой готовят засаду на Самурая Джека.

Джек спасает от Аку Принца и Принцессу. Отсылка к IV эпизоду "Звездных войн"

Аку решает сразиться с Джеком один на один.

Джек и попытки его убить в разные времена года.

История робота и его любви к собачке Лу-лу.

История о молодости Джека в Африке.

Джек спасает от людоедов младенца и возвращает его матери.

Прошло 50 лет. Но Джек не постарел. Как оказалось, он получил дар бессмертия от первого перемещения в мир будущего. У Джека больше нет меча, он его потерял. И об этом знает только он один. Джек сильно изменился внутри: он устал, он больше не рвётся в бой, и его разум граничит с безумием. Джек проходит мимо деревни, на которую напали, хотя раньше он непременно бы поспешил на помощь. Вскоре Джека начинают мучать видения его умерших родителей и людей, погибших под гнётом Аку. Все они призывают его на помощь и упрекают в том, что он не вернулся. Не в силах вынести это, Джек возвращается в разорённую деревню, чтобы помочь тем, кто выжил. Но выживших уже не осталось. Зато есть их убийца. Параллельно рассказывается история дочерей Аку. В храме секты поклонников Аку рождаются семь девочек-близняшек. Их нарекают дочерьми Аку и с малолетства тренируют для выполнения единственной миссии: уничтожить самурая Джека.

Дочери Аку застигли самурая врасплох и уничтожают все его оружие и доспехи. Самурай едва избегает смерти и убивает одну из дочерей Аку. Самурай в шоке от вида крови - он был уверен, что дочери Аку очередные киборги. Это первый человек, которого он убил.

Самурай Джек серьезно ранен. Болеет не только его тело, но и разум. Он переживает из-за убийства дочери Аку. Теперь он знает, что остальные женщины тоже люди, а значит ему придётся снова проливать настоящую кровь. Самурай находит в себе силы, физические и душевные, чтобы принять бой с оставшимися дочерьми Аку.

Самурай Джек и яростно ненавидящая его Аши ищут выход из гигантского существа, которое их проглотило. Сможет ли Самурай показать Аши свет "истинного врага мира"?

Собранная Шотландцем мятежная армия, состоящая из легионеров-танкистов, воинов на боевых носорогах и дочерей самого Шотландца, нападают на Башню Аку, но терпят поражение от контратаки демона. Тем временем, Самурай Джек с Аши покидают остров, где на другом материке самурай показывает и рассказывает Аши правду об Аку. Побывав на месте битвы в разрушенной деревне, Джек и Аши спасают от завала единственного инопланетного жителя, просящего о том, чтобы они спасли их порабощенных детей от чудовищного надзирателя - Доминатора, который держит их на своём заводе. Но после победы Аши над Доминатором, Джек, ошибочно подумав о массовом убийстве и гибели детей, уходит куда-то с таинственной фигурой в самурайском облачении на коне.

Поиски пропавшего без вести Самурая Джека помогает Аши увидеть его положительный сдвиги и влияния на мир, после его встречи с многочисленными людьми и местами, где он изменил ситуацию в лучшую сторону. Сможет ли она спасти и переубедить от самоубийства Джека? Тем временем Скарамуш включается после последнего боя с Джеком в первой серии и спешит добраться до Аку, чтобы сообщить ему об утрате Джека волшебной катаны.

Джеку предстоит преодолеть серию опасных физических и духовных испытаний, чтобы вернуть свою катану, которая пропала в бездонной пропасти. Тем временем Аши ждёт возвращения из духовного мира Джека, при этом защищая его от армии орков и от своей матери, Верховной жрицы. Тем временем Джек борется со своей яростью - Безумным Джеком и побеждает его, при этом его баланс восстановился и он был вознаграждён божествами возвращением его катаны и они возвратили его к прежнему, молодому облику.

Растущие отношения между Джеком и Аши набирают оборот после того, как на них нападают гуманоидные тигры и когда за ними начало охотиться одно из самых смертоносных существ галактики — Лазарус 92, которые в конце концов привели к любви у главных героев.

Наихудшие опасения Самурая Джека реализуется, когда он сталкивается лично с Аку. Демон делает шокирующее открытие об Аши - она является его дочерью. Аку контролирует и завладевает её телом, что ставит ее в серьезную опасность от катаны Джека. Аши просит Джека убить ее и остановить Аку, но он не может заставить себя сделать это и сдаётся. Прежде чем Аши смогла нанести последний удар, Аку приказывает дочери остановиться. Он радостно завладевает самурайской катаной и заявляет, что Джек проиграл.

Самурай Джек побеждает Аку и вместе с Аши прыгает в портал времени. Они играют свадьбу, но на алтаре Аши исчезает, потому что не может существовать без Аку. Джек полный горя скачет к розовым деревьям, и сериал заканчивается.