Доктор Джон Ватсон возвращается к медицинской практике, возглавив клинику, которая специализируется на лечении редких заболеваний. Это происходит спустя шесть месяцев после гибели его друга и напарника, Шерлока Холмса, от рук Мориарти.

Ватсон и его команда расследуют загадочный случай: у семейного мужчины с пулей в голове внезапно проявляется личность шотландского солдата. Подозрения растут — кажется, он скрывает нечто зловещее.

Команда лечит комика, который теряет сознание на выступлении. Однако расследование раскрывает тёмные тайны её прошлого, оказавшиеся куда сложнее, чем предполагалось.

Когда Саша обнаруживает связь между своим пациентом (рак и признаки синдрома Каудена) и трупом из её студенческой практики, команда отправляется в поселения амишей, чтобы докопаться до истины.

Ватсон идёт на этический риск, применяя экспериментальную операцию для больной серповидноклеточной анемией. Команда разрывается между помощью пациентке и нарушением правил.

Стивенс просит Ватсона помочь: его веб-модель теряет сознание во время стрима. Команда спешит найти девушку, не зная её реального имени и адреса.

Ватсон лечит женщину с потерей памяти каждые 3 минуты, но сам сражается со слуховыми галлюцинациями. Тем временем Мориарти готовит новый план.

В клинику попадает сын Ирэн Адлер — гениальной авантюристки и старой знакомой Шерлока. Ватсон привязывается к мальчику с параличом и бросает все силы на его лечение.

Ложь Ингрид оборачивается против неё, когда её сестра Джиджи попадает в клинику с осложнениями от тайного лечения, которое та ей проводила. Тем временем Ватсон и Мэри сближаются на фоне трагедии.

Армейское прошлое Ватсона возвращается, когда жена его друга-ветерана просит помощи — у мужа психоз. Тем временем Мориарти шантажом вовлекает Шинвелла в опасную игру.

Часть команды отравлена — все силы брошены на поиск противоядия. Ватсон объявляет о масштабном проекте, но Мориарти уже готовит удар.

Команда стоит перед выбором: кому достанется единственная доза антидота? Шинвелл рискует жизнью, чтобы помочь, а Ватсон вступает в финальную схватку с Мориарти.