El padre de Jordan aparece de nuevo en la vida de Jordan. Un gangster de la mafia irlandesa al que encerró le está buscando. Dos ex-compañeros del cuerpo de policía han sido asesinados y el siguiente en la pista es Max. El depósito se enfrenta a una competición de forenses, en pocas horas tienen que enfrentarse a una prueba con los forenses de Miami.

El aviso de una mujer que descubre un hueso a las afueras de la ciudad lleva a Woody y Jordan a descubrir una fosa con varios cuerpos enterrados. Este caso produce bastante interés por parte de la prensa, que pronto intentará averiguar el origen.

Es el cumpleaños de Jordan y Woody le hace un regalo, en ese momento son informados de que una monja ha aparecido muerta en un convento de clausura que tendrán que investigar.

Jordan, Woody y Garrett deben trabajar a contrarreloj para resolver un caso de catorce asesinatos de mujeres que ocurrieron hace veinte años. Para esclarecer si el acusado, que está en prisión, es realmente el asesino, Woody y Jordan utilizarán el método Locard y comprobarán así si estuvo relacionado en cada escena del crimen.

Para muchos médicos el hospital es su santuario, el lugar donde más tiempo pasan, donde viven y se enamoran, donde curan, salvan vidas y también donde se enfrentan a la muerte. Pero hoy este santuario se convertirá en el escenario de su peor pesadilla, en el lugar más inseguro del mundo. Todo comienza cuando llega al Seattle Grace un hombre armado en busca de venganza. Su nombre es Gary Clark y esta es su tercera visita al hospital. La primera fue con su esposa, a la que el equipo no pudo salvar. En la segunda llegó con sus abogados, tras denunciar al hospital por la pérdida de su mujer. Y ahora llega con una pistola y decidido a matar al jefe de Cirugía, el doctor Shepherd. Reed será la primera en alertar a Derek de que alguien ha disparado a otros compañeros en el hospital. Tras el aviso a la policía, nadie podrá entrar ni salir del edificio, y médicos y paciente deberán permanecer exactamente donde están. El hospital se convertirá en una trampa mortal hasta que el asesino sea detenido.

En un episodio dedicado a la memoria del fallecido escritor/director John Hughes, el caos rodea el baile ambientado en los años 80 del Instituto. Todos se olvidan del cumpleaños de Haley, Jamie se queda solo en casa y Nathan y Clay se quedan tirados a 200 millas de Tree Hill. Mientras tanto, la aparición de Brooke en el baile con Alexander hace que Julian reviva su desastrosa adolescencia.

Alex descubrió que Meredith había manipulado el ensayo de Derek sobre el Alzheimer, lo que llevó al hospital a suspender el ensayo y a dejar el futuro profesional de Meredith en el aire. Derek además se fue de casa, dejando a su mujer sola con la pequeña Zoola, la niña que acababan de adoptar. April se resiste a su nuevo puesto de Jefa de residentes. Meredith ha de afrontar las consecuencias de sus actos.

Para resolver un caso relacionado con un asesino, Slokum se ve forzado a buscar información aunque sea de fuentes inverosímiles. También el resto del equipo forense intentará por todos los medios evitar que este asesino mate otra vez. Por otra parte, Garret Macy regresa a su puesto tras la comisión de investigación que le obligó a dejar el trabajo momentáneamente, lo que facilitará la resolución del caso.

El cadáver de un hombre llega en extrañas circunstancias al depósito forense de Boston. Una corista de Las Vegas prende fuego a un cadáver y luego se lanza por la ventana. Ella se marcha detrás de una pista: un carnet de identidad de un empleado del Casino Montecito en Las Vegas. La doctora Jordan Cavanaugh visita a Danny McCoy, un conocido y el Director de Vigilancia y Seguridad del Casino. Juntos Jordan, Woody y Danny siguen las pistas que revelan que un crimen con repercusiones internacionales está relacionado con los asesinatos de Boston. Cuando Woody comprende que las cuerdas están siendo tiradas todas por un gángster en Las Vegas coge el siguiente avión hacia Las Vegas.Woody trabaja con el dueño del Casino Montecito, Sam Jane Marquez en Las Vegas mientras Jordan y Danny permanecen sobre el caso en Boston. A medida que las pistas son reveladas se soluciona el crimen. Mientras tanto, Macy ayuda a un motorista difunto a cumplir su deseo.

Es una carrera contra reloj donde Jordan debe salvar a dos muchachos jóvenes de una muerte segura. Está tronando en Boston, y durante las dieciocho horas pasadas, los representantes de una organización humanitaria han estado buscando en el bosque nacional a tres muchachos de 10 años desparecidos. El cuerpo de un chico joven aparece en el depósito forense. Jordan desafía las órdenes de Garret e inicia su propia investigación, poniendo su vida en peligro, para descubrir qué ha pasado con los chicos desaparecidos. Por su parte Nigel, Bug y Garret seguirán el procedimiento habitual para resolver el caso.

La investigación de Jordan de un interno muerto le conduce a hacerse preguntas sobre las condiciones espantosas del sistema de asistencia médica de prisiones. Forzada a trabajar en tándem con un reportero de tabloide J.D. Jordan y Nigel luchan para el cambio en una empresa negligete de asistencia médica específica llevando las atrocidades de la enfermería de la prisión al ojo del público. Mientras tanto Lily, que lucha contra la reciente revelación sobre su madre, canaliza su frustración ayudando a la hermana de un asesino. Evitan el procesamiento injusto. Un incomprensivo Woody sigue su cruzada para traer a los hermanos a la administración rehenes. Lily debe hacer una súplica vitalicia.

Woody y Macy vuelven a abrir un viejo caso de desaparecidos de hace diez años cuando un cuerpo es encontrado en el parque nacional. El misterio se hace más profundo cuando un antiguo estudiante de la víctima admite el crimen, pero no tiene ninguna memoria de cómo lo cometió. Convencido de que el sospechoso está mintiendo Woody lucha con el depertamento la psicóloga Tallulah Simmons que usa su maestría para ayudar a desenterrar memorias reprimidas. Mientras tanto, Jordan y J.D se enamoran . Pero cuando ella es asignada para ayudar a solucionar un doble asesinato entre un marido aparentemente disfuncional y la esposa ella comienza a hacer preguntas sobre el significado de amor y compromiso.

La policía encuentra el cuerpo de un joven asesinado en el mismo sitio y de la misma manera a como lo hizo hace años "la asesina de la autopista", Ryan Kessler. Su firma se repite exactamente: varones blancos, con el cuello cortado, drogados y sin lengua. Tras este primer asesinato encuentran cuatro cuerpos más. Woody y Jordan para resolver el caso deciden consultar directamente a Ryan Kessler y así poder localizar ahora al psicópata que duplica sus asesinatos.

Un agente fallece en acto de servicio. La tragedia afecta tanto a Woody que está dispuesto a hacer todo lo necesario para encerrar al asesino de policías. Jordan debe velar en esta ocasión que Woody sea honesto y que no use cualquier artimaña falsa para capturar a un culpable del asesinato.

Jordan tiene un caso complicado. No tiene ni cadáver ni arma pero sí suficiente para encontrar un sospechoso: un viejo conocido de la oficina del forense. Un asesino que logró que el jurado no le condenara. Mientras tanto, Woody y Nigel trabajan en un caso en el que el espionaje puede tener algo que ver.

El equipo de forenses de Boston se desplazará hasta un motel de carreta para investigar un duro asesinato. La investigación se complicará por momentos y todo el mundo comenzará a ser sospechoso. Paralelamente, Jordan y Woody se enfrentarán a una asignatura pendiente: su relación.

Jordan y Woody continuarán preguntándose por el futuro de su relación. Ambos están completamente perdidos y no saben qué actitud tomar. Por otro lado, el doctor Macy tendrá que hacer frente a duro revés: su puesto en la Oficina podría estar en peligro por su implicación como testigo en un caso de alta importancia.

Woody y Jordan tienen que enfrentarse a la muerte de dos soldados: uno que mataron en Irak y otro en Boston. Pronto descubren que ambas muertes pueden estar relacionadas con una trama de intereses oscuros del ejército. Además Jordan descubre que Pollack tenía intención de pedirle el matrimonio.

El equipo se desplaza a una casa medio abandonada para identificar varios cadáveres de jóvenes asesinados violentamente y que podrían estar relacionados con el tráfico de drogas y el crimen organizado. Pronto comprobarán que uno de ellos era el novio de Abby, la hija de Macy, que se encuentra en paradero desconocido.

Una bomba estalla en un tren de Boston. El número de víctimas es alto y el trabajo desborda al equipo de Macy. Luego descubren que hay otra bomba en la ciudad, pero nadie sabe dónde.

El vecino de Jordan aparece muerto y además alguien intenta matar a su hija, Jordan se siente identificada con la niña, la recuerda a ella de pequeña, por lo que se implicará mucho en el caso, tanto que cuidará de ella. Por otra parte aparecen dos muertos por culpa de un conductor borracho. Woody y la psicóloga de la policía, Lu, inician una relación.

Jordan llega a su casa y escucha unos disparos que parecen provenir del piso de abajo: han disparado a un hombre en presencia de su hija. Por otra parte, Macy y Nigel se encargarán de la investigación de dos cuerpos sin identificar que han muerto en un accidente de tráfico, por culpa de un hombre que conducía borracho.

Meredith está ya un poco cansada de su rutina con Derek ya que siempre pasan la noche en casa de ella y nunca la quiere llevar a la suya. Christina pide una cita para abortar y no quiere ni pensar en otras opciones. Tommy Walker es revisado por Derek tras sufrir un accidente ya que no mueve las piernas tras caerse escalando. La parálisis se extiende con rapidez pero las resonancias no revelan nada.

Una chica ha sido violada y acusa a un famoso y reputado deportista. El equipo debe investigar y probar si la violación fue real o no, mientras la presión de los medios crece. Además, Jordan se siente cada vez más celosa al darse cuenta de que la relación entre Woody y Lu continúa.

Unos campistas encuentran un cadáver. Woody y Jordan tienen que trabajar juntos en este caso. Pronto recuerdan que la mujer que ha muerto, el día anterior estuvo en la comisaría para denunciar un asesinato. En la primera identificación creen que es una mujer a la que se le atribuye la capacidad de hacer milagros.

El depósito está muy tranquilo y Macy decide volver a casa. Lu y Jordan se enfrentarán en un caso relacionado con un compañero.

Tras la despedida de Lily, Jordan se despierta con una desagradable sorpresa en su cama y será acusada de asesinato.

Después de un encuentro con un cada vez más paranoico Bart Bass, la preocupación de Blair por la seguridad de Chuck crece rápidamente. Sin embargo, sintiéndose seguro de que su padre nunca le haría daño físico, Chuck hace un trato que podría cambiar su vida. Mientras tanto, y queriendo hacer lo mejor para Chuck, Blair idea un plan con la ayuda de la Serena, Georgina y Sage para conseguir de Bart lo que necesitan. Por otra parte, los problemas financieros de Nate le llevan a un lugar en el que jamás se imaginó.

El fiscal Guillermo Ivers (la estrella invitada Jeffrey Donovan) es traído para investigar las prácticas de la oficina de los jueces de instrucción y expresamente aquellos de Jordan (Jill Hennessy), causando presión en Macy (Miguel Ferrer) para que siga el procedimiento y abandone sus métodos poco ortodoxos de solucionar crímenes. Lu (Leslie Bibb) y Jordan hacen las paces el tiempo suficiente para investigar la muerte de un muchacho adolescente. Cuando las partes de su cuerpo son encontradas esparcidas por una carretera, Woody (Jerry O‘Connell), Nigel (Steve Valentine) y Bug (Ravi Kapoor) trabajan para destapar la identidad de la víctima y determinar si esto fue un suicidio o un asesinato. Mientras tanto, Lily (Catherina Hahn) recibe algunas noticias inesperadas que pueden amenazar su reciente romance con Bug.

Un disturbio estalla en Boston después de que un muchacho de ocho años reciba 33 tiros de la policía.Jordan , el resto del equipo de jueces de instrucción, así como Lu y Woody se unen para investigar la muerte del joven muchacho y la participación de los policías en ello.

Cuando en Las Vegas aparece un luchador que es encontrado muerto después de ganar un partido, Danny y Delinda deciden quedarse en Boston para ayudar a Jordan y Woody a investigar su asesinato. Mientras tanto, Bug investiga la muerte de una joven cuyo cuerpo fue encontrado en el río y había estado allí desde el año 1980

El fiscal Ivers sigue su investigación en las prácticas del depósito de cadáveres, y Macy pide a Jordan otra vez, comportarse. Jordan y Lily continúan su viaje para recuperar el cuerpo de una pequeña persona, robado de la parte de atrás de la furgoneta del depósito de cadáveres. Woody encuentra el cuerpo de un muchacho de 16 años y pillan a un granuja durante la investigación. Mientras tanto, Lily lucha por las consecuencias que su triángulo amoroso tendrá sobre su bebé recién nacido.

Un importante abogado de defensa, Shelly Levine, el cual tiene una historia con Macy, es encontrado con un tiro y probablemente muerto. El único problema es que él está muy vivo y puede oír y sentir todo. ¿Con la autopsia inminente, actuará Jordan o el resto del equipo de aviso de jueces de instrucción antes de que sea demasiado tarde?

Jordan desafía las órdenes del fiscal Williams Iverspara realizar una autopsia a un cadáver que ella cree que en realidad no murió de la gripe. Woody el interés aumenta después de que el cadáver vomite hacia fuera un líquido insólito y se ofrece a ir con Jordan a investigar. Ellos rápidamente comprenden que la situación es más seria de lo que ellos pensaron y podrían provocar pánico en la salud pública. Mientras tanto, Bug está preocupado por Lily que entra en contacto con el virus mortal, ya que, ella está embarazada y no puede tomar ninguna medicación, dejando a Lily tomar una difícil decisión.

Un asesino en serie se burla de Nigel a través de su blog en Internet, con pistas que conducen a una verdadera escena de asesinato real. Como Woody, el Doctor Kate Switzer y Nigel intentan reunir pistas uniendo las partes de los cuerpos de víctimas, el asesino desafía a Nigel para que encuentre a la siguiente víctima antes de que sea demasiado tarde, pero sólo tiene 24 horas. Detrás, en el depósito de cadáveres, fuerzan a Jordan y Bug a revisar viejos archivos para Williams Ivers.Jordan encuentra un error que puede haber enviado a un hombre inocente a la prisión, ella duda si lo cuenta o no.

Cuando Jordan, Macy y el Detective Matt Seely intentan solucionar el asesinato de una chica de 16 años, descubren que ella guardaba un secreto escandaloso. Durante la investigación, Jordan comienza a luchar con su salud que disminuye y Macy decide enfrentarse a ella. Mientras tanto, Woody, el Doctor Kate Swtizer y Bug trata de determinar la causa de muerte de una momia pero, descubren que el cuerpo es en realidad el de una mujer de hoy día.

Jordan y Woody tienen una tarea difícil para intentar solucionar el asesinato de una mujer embarazada y el encuentro del bebé que ahora está fuera de su matriz. Mientras ellos esperan los resultados de prueba de ADN, Woody descubre que Jordan ha cometido un error crucial que afecta el caso. Macy da un viaje por el depósito de cadáveres a un manojo de delincuentes juveniles y trata de enseñarlos una lección sobre el valor de vida, pero, entonces, se da cuenta de que es más difícil de lo que pensaba.

Woodyy Jordan desesperadamente tratan de encontrar un autobús escolar lleno de niños que han sido secuestrados y luego han desaparecido. Después de que localizaran el autobús tienen que utilizar las pistas forenses que habían dejado para conducirles a los niños pero, esto resulta ser más difícil de lo que habían pensado. Mientras tanto, el Doctor Kate Switzer y Nigel se quedan pasmados cuando encuentran, por casualidad, el muerto de "Santa" en el depósito de cadáveres. También, el secreto de Jordan finalmente es revelado y todos en el depósito están preocupados por su salud.

Macy lleva a Jordan al hospital para su neurocirugía, sumamente arriesgada, con la esperanza de que salvará su vida. Como él espera en el hospital, todos los demás tratan de mantenerse ocupados en el depósito, para evitar preocuparse más por Jordan. Woody trata de conservar su mente ocupada lanzándose a un caso de asesinato de un poli y un testigo ocular que estuvo a punto de declarar contra el líder de una banda.

Macy y el resto de los jueces de instrucción deciden rotar para ayudar en el cuidado de Jordan después de su neurocirugía. Cuando Bugno se presenta ante Jordan para relevar a Woody, Nigel se enfada y luego comprende que se equivoca. Woody y Nigel comienzan a investigar y averiguar que la Seguridad Nacional le ha adjudicado en su custodia y le acusan de ser un terrorista. Mientras tanto, un detective perverso mantiene acosado al personal del depósito para hacer una autopsia, pero todos están preocupados por lo que va a pasar con Bug y si realmente él será puesto en libertad.

Tom coge un resfriado por lo que debe quedarse en cama, mientras Judith y Jessie compiten por ver quien le cuida mejor de las dos. Ben se horroriza al descubrir que Phil está en alguna parte de Mensa y Tara llega a un acuerdo con un amargo cartero que hace la ruta por su manzana.

Una mujer que supuestamente lleva muerta durante seis años, en realidad acaba de morir hace unas horas y ha motivado a Jordan y William Ivers a formar un equipo sobre este caso peculiar. Woody y Bug llaman para ayudar al Lily y Brandau cuando el psiquiatra que ellos han estado viendo de repente muere delante de ellos durante su sesión. Al principio ellos creen que era un infarto hasta que encuentran una herida de puñalada misteriosa.

Un hombre extraño revela que le dieron un veneno de actuación lenta que inevitablemente lo matará. Su única petición es que deben encontrar a su hija antes de que él muera, mientras que Jordan y Woody están de acuerdo en ayudarle. Nigel y Kate forman un equipo para solucionar el asesinato de dos magos que aparentemente se han matado el uno al otro. Bug toma una decisión que cambiará a Lily y sus vidas.

Kate Switzer se encarga de formar un equipo para investigar quién cometió un asesinato en un barco lleno de gente sobre el Mar Noruego y recluta la ayuda del grupo entero de jueces de instrucción. En su vuelta a Boston, el avión de repente vuela entre una tormenta inesperada que le hace estrellarse entre las montañas. Woody y Bug dispuestos a intentar ponerse en el punto más alto consiguen una recepción de radio para pedir ayuda, pero golpean una barrera cuando ellos alcanzan una montaña infranqueable. Para mantenerse abrigados y ocupados, Jordan , Macy , Kate y Nigel decidieron hacer lo que mejor hacen, autopsias. Mientras ellos tratan de entender que mató misteriosamente a esta gente, ellos en secreto se preguntan si serán rescatados.