На острове Лауи происходит мощное землетрясение. Пликли проводит инструктаж по безопасности. У Нани проблемы на работе. Активировался генетический эксперимент № 513 и направляется к огромному вулкану: он хочет проникнуть под землю и устроить мощное землетрясение. Его нужно остановить. 

Стич выигрывает в автомате с игрушками настоящую устрицу, внутри которой оказывается генетический эксперимент № 375. Он устраивает беспорядки в доме Пелекаи, подставляя Стича. Никто, кроме Лило, не верит ему, но и она не может объяснить, в чём дело. 

Лило и Стич встречают существо, которое поедает волосы. Оказывается, это генетический эксперимент № 177 — ночной кошмар Джамбы. После ссоры с Мёртл Лило решает отомстить. Она проникает в дом Эдманс и подкладывает Клип в комнату Мёртл. Однако появление Ганту выбивает ситуацию из-под контроля.

Лило спасает от Ганту очень милый образец. Мёртл с подругами официально приглашают её на чаепитие в клуб "БГМГ" с условием, что она принесёт с собой этого милашку. Стич ревнует всех к эксперименту. Однако через 42 часа после активации он напустит такой вони, что в радиусе 40 миль нельзя будет жить. Увы, но никто не знает, когда он активирован.

Мёртл получает браслет на свой день рождения, но в нём оказывается модуль экспериментального опытного образца № 606. Лило и Стич должны попытаться достать модуль до того, как он намокнет. Между тем Нани готовится к инспекции.

Ночь Хэллоуина, Лило идёт на бал. Её костюм пугает присутствующих. Лило уходит сменить костюм. На балу кто-то всех распугал — Мёртл с подругами видели Лило с головой в руках. Мистер Мозес видит гигантского паука. Стич чуть не утонул. Да что же здесь творится?

Мистер Мозес отвергает проект Лило для ежегодного фестиваля песчаных скульптур «Алоха». Нани и Дэвид ведут её в бассейн при отеле «Райские птицы». Там Лило и Стич встречают Ганту, который бежит за экспериментом. Оказывается, это экспериментальный образец № 520. Он создаёт гигантские волны. Он не должен прыгнуть в океан или достаться Ганту.

Мёртл завела собачку и назвала её Джи-Джи. Лило решает утереть ей нос и отправляется представлять Стича на Большой выставке собак в Ганолулу, в сопровождении Джамбы и Пликли. Ганту, отправляется следом. Он считает, что «девочка и синяя коала», идут по следу образца. Однако они не знают, что у них под носом эксперимент № 007.

Лило и Стич постоянно ссорятся. Город атакуют 2 недавно активировавшихся эксперимента. Ганту заставляет Рубена идти на поиски вместе с ним, предварительно разделившись. Джамба и Пликли спорят на Церемониальный танец Глокнара, кто первый — Лило или Стич — поймает эксперименты. Однако же поодиночке им не справиться.

Лило, Стич, Пликли и Джамба отправляются на запретный остров Ниихау. Параллельно поиски ведут Ганту и Рубен, которого Ганту вытаскивает с собой. Но на острове происходит активация, и коварный образец отрезает их, по прибытию, от цивилизации. И теперь враги, чтобы выжить на острове, должны объединить свои усилия.

У Лило день рождения. В поисках гостей Лило и Стич натыкаются на Ганту, который ловит эксперимент. Пытаясь отобрать его, все трое теряют память — это результат работы образца. После некоторых умозаключений они решают, что Ганту — полицейский, и память они потеряли из-за синего монстра. «Марта» и «Ленни» решают поймать «монстра».

Сегодня в отеле «Райские птицы» будет прямая трансляция телешоу «Смотри-ка», и клуб будет выступать в паузе между рекламой. Стич находит эксперимент № 383. Он гипнотизирует, подчинение происходит любой, всё равно, от кого, последней услышанной фразе. Волей случая Лило и Стич попадают под это воздействие, а образец попадает к Ганту.

Ганту ушёл в отпуск. Лило и Стич приносят домой эксперимент № 032. Мама Пликли нашла ему невесту. Чтобы не покидать Землю, Пликли врёт ей, что у него уже есть невеста. Прыгнув через пространственно-временной тоннель, его семья приезжает на свадьбу. Лило уговаривает Нани сыграть невесту.

Лило выигрывает золотую карту — пропуск на ежегодный Елизаветинский фестиваль. Лило берёт с собой подруг Мёртл и Стича. Однако Стича не пропускают на фестиваль. О Стиче все забывают. Тем временем по местности бродит монстр, который поедает металл и сразу растёт.

На почте Лило нашла шарик с номером 509. Лило и Мёртл спорят на эксклюзивное использование пляжа Майпуликоу, у кого орхидея лучше будет в конкурсе орхидей в дни городской ярмарки. Стич хочет принять участие в родео. Никто не хочет ей помочь и Лило, в отчаянии, активирует эксперимент № 509. Последствия непредсказуемые…

Лило готовит к выступлению танец. Стич хочет ей помочь, но Лило пытается отделаться от него. Ожидая Лило на улице, он видит некоего Эластико, звезду цирка, напоминающую эксперимент. Стич отправляется вслед за Эластико. Ганту похищает эксперимент и директор цирка заключает со Стичем, обиженным на Лило, контракт, дабы компенсировать утрату.

Мистер Мозес отвергает предложение Лило по улучшению центра Кайаулу. Лило, с подачи Мозеса, решает написать мэру. По городу доносятся громкие звуки. Выясняя, в чём причина, Стич находит эксперимент № 613, который оглушает его. Потеря слуха сделала Стича уязвимым. Нужно срочно найти ему замену, пока Ганту не поймал эксперимент.

Стич ловит и перевоспитывает эксперимент № 515, и начинает гордиться собой. Джамба усмехнулся над Стичем, и тот его оскорбил. За это Джамба создал эксперимент № 627. Образец сбегает и становится напарником Ганту. Однако…

Лило и Стич подслушивают разговор агента Кобры Бабочки, из которого становится ясно, что на Землю летит гигантский астероид. Лило и Стич собирают народ. Однако приходят всего лишь несколько друзей Стича. Вместе с Джамбой и Пликли они летят спасать планету.

Ганту решает отправить Хомяксвилю эксперимент как рождественский подарок. Стич ворует подарки со всего города. Оказывается, он видел, как упаковывавали экспериментальный образец № 025. Нужно найти его и вернуть остальные подарки.

Лило и Стич ловят образец № 228 (в сериале ошибочно назван 226). При этом Лило падает лицом в грязь на глазах у Кеони. Джамба сделал машину времени, о чём Пликли проболтался Лило. Та решает вернуться назад и исправить ситуацию с Кеони. Отнюдь, всё складывается куда сложнее, чем следовало ожидать.

Мёртл настолько избалована, что празднует день рождения 2 раза в год. Стич готовит выступление к этому празднику, но делает это крайне неумело. Джамба даёт Лило эксперимент № 604, чтобы помочь Стичу. Всё идёт по плану, пока не появляется Ганту. Образец убегает, а Стич делается невидимым.

Кеони катается на лодке и чуть не погибает — какая-то акула разрезает лодку. Оказывается, это эксперимент № 602, предназначенный для уничтожения судов. Ганту и Рубен отправляются на поиски, но далеко уйти им не удаётся. Лило, Стич, Джамба и Пликли, в результате оказываются в открытом море и без лодки. К счастью, мимо проходит лайнер.

Работодатель Нани — Джеймс Джеймсон с сыном, тем самым Кеони, собирается к ней на ужин. У кинотеатра Лило и Стич встречают любопытное существо. Это генетический эксперимент № 199 — охотник за секретами. Как не испортить вечер, если в доме живут 2 инопланетянина, и любопытный и пытливый эксперимент?

Лило находит эксперимент № 158 (в сериале ошибочно назван 458). Он может найти всё, в независимости от времени. Хомяксвиль сбежал из тюрьмы. Консул Галактической Федерации обращается к Джамбе и Пликли за помощью. Стич из-за самолюбия завидует Ищейке, именно это меняет весь ход событий.

Посреди жаркого дня… пошёл снег!? Это проделки генетического эксперимента № 523. Стич, Джамба и Пликли боятся снега. Лило и Стич ловят эксперимент № 523. Лило подаёт пример остальным. Чтобы играть в зимние игры, она выпускает Слаши на свободу. Но в порыве веселья они забывают про него. И образец попадает к Ганту…

Лило и Стич вновь спасли от Ганту образец. Это эксперимент № 344 — копировальщик. Лило устраивает ночной девичник. Но на неё приходят лишь сородичи Стича. Ганту нашёл 4 эксперимента и натаскивает их на Стича. Лило, в отчаянии, решает скопировать себя, но копируется Стич. Лило рада — у неё появились друзья. Однако копии слабее.

Стича не пропускают в парк аттракционов из-за роста. Ганту находит в парке аттракционов странного краба, эксперимента № 297. Он предназначен ломать механизмы и электроприборы. С помощью плазматического луча роста Пликли и Лило увеличивают Стича. Лило и Стич ловят образец, но из-за нелепой случайности он сбегает и вырастает.

Лило и Стич собирают слизней для циркового номера. Стич встречает эксперимент и влюбляется. Лило злится, считая, что Стич ошибается. Джамба, что-то не договаривает, попав под воздействие образца. Но для чего же она предназначена? Никто не подозревал, насколько же жестока правда…

Хомяксвиль возвращает обратно на Землю эксперимент № 010. Лило и Стич, убирая беспорядок на пляже, за Пушечным ядром встретили его. Этот эксперимент убирает мусор и убивает микробы. До поры до времени он радует всех. Пока не пришло время дезинфекции!

Пликли заболел: покрылся фиолетовыми прыщами, постоянно рыгает, жутко воняет и опух глаз. Оказывается, у него в организме эксперимент № 222. Он заражает болезнью. Стич и Лило, под воздействием луча уменьшителя, должны проникнуть в организм Пликли и поймать опытный образец. У них всего час, иначе они вырастут, и Пликли разорвёт.

Кеони Джеймсон хочет пойти с Лило на фестиваль. Однако влюбился в «тётю Пликли». По версии Джамбы, это работа недавно активировавшегося эксперимента № 323. Кого он клюнет, тот влюбляется в первого встречного. Однако Лило и Стич должны навести порядок в любовной неразберихе.

Джамба и Пликли отправляются на съезд инопланетян. По городу бродит эксперимент, который распугивает всех копированием звуков. Лило и Стич отбивают его у охотников за пришельцами. Под руку подворачивается Ганту и за ним начинается охота, и это только начало…

Нани не пускает Лило на «Жизнь ведьмы 2: Скелеты и кости». Лило и Нани ссорятся. Стич решает сделать Нани младшей сестрой, при помощи пойманного образца № 151, но просчитался: теперь Стич, Нани, Джамба и Пликли — малыши. Лило придётся на собственной шкуре почувствовать, что значит быть старшей, и ловить образец в одиночку.

Минувшей ночью в городе прошла серия ограблений по шкале от 4 до 6 баллов – так полицейский Кахико остался без машины и формы. Это образцы № 349 и 350, они созданы для грабежей и воровства. Нани наказывает Лило и Стича за безобразное поведение. Те сбегают и встречают эксперименты. Лило и Стич втягиваются в преступную компанию.

Команда Мёртл и команда Лило играют в бейсбол, но из-за Пликли Лило проигрывает. Мёртл спорит с Лило на пластинки Элвиса Пресли, что выиграет у неё где угодно, когда угодно, и во что угодно. Стич находит опытный образец № 608. Он отражает летящие предметы. у Лило появилась надежда. Ганту, изменив тактику, решает вступить в команду Мёртл.

Хомяксвиль увольняет Ганту. Лило дрессирует Стича, так как тот ведёт себя безобразно. Ганту безуспешно ищет новую работу. Стич после долгих неудачных попыток дрессуры, желая угодить Лило, отправляется за помощью к профессору Гюнтеру Фриму, чью рекламу он увидел по телевизору. Лучше бы он этого не делал…

Стич проводит эксперимент и усыпляет Лило. Есть одна проблема - он не знает, как её разбудить!

Вместе с Джамбой и Пликли Лило и Стич идут в музей — готовиться к участию в чемпионате семейных викторин. Там они натыкаются на существо с иглами, терроризирующее город. Оказывается, это эксперимент № 319. Эффект его игл отключает разум на 99 %. Вследствие этого Стич становится дураком. Пликли практикует метод групповой терапии «ВыНеГ».

Пликли балует Лило вкусностями. Нани же за полезную еду. Лило объявляет голодовку. В поисках решения Стич вытаскивает свою заначку — экспериментальный образец № 062, повара. Еда настолько вкусная, что уже к вечеру Лило, Стич и Пликли становятся настолько толстые, что не могут ходить. Но проблема далеко не в этом…

Лило познакомилась с Викторией. Ганту опрофанился и упустил генетический эксперимент № 355. Он поменял Ганту и Хомяксвиля телами. Лило решает устроить вечеринку. Стич и Лило ловят эксперимент, тот в отместку меняет лило и Стича телами. А затем и Джамбу и Пликли. Как не испортить вечеринку?

Лило, Джамба и Пликли открывают свой отель. Однако в отеле появляется эксперимент № 113. Лило и Стич пытаются исправить его. Шу в услышал разговор Пликли и Лило и уходит от них. Джамба находит способ помочь Шу. Нужно вернуть его.

Мистер Мозес принимает предложение Мёртл — продажа шоколада — по сбору средств на благотворительность. Лило хочет продать шоколада больше Мёртл. Но никто не хочет покупать у неё шоколад. К счастью, Лило и Стич встречают эксперимент № 020. Он помогает распродать шоколад. А потом… и все вещи из дома Пелекай. Нужно прекратить это.

Лило возмущается, что все считают её слишком маленькой. В приюте для собак Лило находит эксперимент № 089 – путешественника во времени. Вместе со Стичем и самим Скипом Лило отправляется на 10 лет вперед, а потом ещё на 10 лет. Ей предстоит пройти через многое.

Лило и Стич устроили беспорядок в доме, за что Нани наказывает её. Мозес отвергает её проект для карнавала. Стич спасает от Ганту образец № 029. Он наделяет неограниченной властью носителя над всеми живыми. Лило решает использовать его в личных целях, но заходит слишком далеко.

Мозеса пригласили выступить в Гонолулу. Подменять его будет мистер Капони. Мёртл, Юкки, Елена и Тереза издеваются над ним и подставляют Лило. Стич и Лило встречают образец, который разыгрывает и прикалывается. Это эксперимент № 133. Лило, в отместку Капони и для укрепления отношений с Мёртл, приносит Пиджея, чтобы тот разыграл Капони.

Лило и Стич отправляются убирать от мусора грот Паджа. Убирая дно грота, Лило заметила генетический экспериментальный образец. Он убирает мусор, грязь, выхлопы. Лило и Стич, решив, что это его призвание, они отпускают его чистить город. Как же они ошибались…; Стич наелся мусора и отравился, и стал недееспособным.

Лило в гостях у Виктории. В окно к ним залетает летучая мышь — «вампир». С появлением Ганту становится ясно, что это очередной генетический эксперимент. Виктория настаивает на его уничтожении. Снути нападает на Стича. В отчаянии Виктория объединяется с Ганту.

Нани встречает одноклассниц. Её с семьёй приглашают на ужин. По городу бродит генетический эксперимент и превращает все вещи и животных в доисторических. Стич ловит образец и приносит его на яхту, тот вырывается на свободу и превращает всех, кроме Нани и Стича, в доисторических существ. Стич должен навести порядок.

Лило и Мёртл спорят о существовании ночных факельщиков. Чтобы доказать Мёртл их существование, Лило предлагает ей прогуляться ночью по каменной тропе Алийа. Лило, Стич, Джамба, Пликли и Мёртл отправляются в путь. В пути они рассказывают страшилки, ловят образец и борются с Ганту.

Лило решает выиграть для Кеони «Velociraptor 3000» на чемпионате мира по скейтбордингу. Но для участия ей мало лет. Лило решает воспользоваться пойманным экспериментом № 316. Лило превращается в Кеони, а затем в участника Джейка Лонга. Лило принимают за Джейка, на руку играет его похищение. Однако всё же образец достаётся Ганту…

В отель «Ночлег без завтрака у Джамба и Пликли» наконец-то приезжают туристы, среди них критик мистер Купер. Лило знакомится с Пенни Прау — приезжим журналистом школьной газеты. В отеле появляется эксперимент № 397, он ссорит всех в отеле и убегает в город. Стичу приходится ловить его одному. Пенни случайно обнаружила антидот.

Нани устраивает благотворительный вечер. Пликли напрашивается на вечер сатириком. Лило и Стич спасают от Ганту эксперимент, он всех оскорбляет. Нани сильно раздражает Хеклер. В порыве гнева Лило отдаёт его Ганту. Однако тот достаёт Хомяксвиля и Ганту отпускает его. Начался благотворительный вечер…

Скоро будут развешены семейные фото выпускников школы танца хула. Лило хочет обручить Дэвида с Нани. Стич и Лило находят эксперимент № 267: он исполняет желания. Благодаря этому Дэвид стал умнейшим человеком мира, но это вовсе не радует его. К несчастью, Ганту похищает образец. Он хочет использовать его в личных целях…

Лило хочет попасть в новую школу хулы для богатых Фьюжн. Ганту преследует эксперимент № 540. Она врёт, что её семья владеет крупнейшей ананасовой компанией на острове. Джамба изобрёл плазматический инглобулятор, для поимки экспериментов. Пликли против его применения: есть шанс уничтожения планеты.

Лило собирает жуков для своего «Жукополиса». Нани сильно раздражает это. Стич хочет есть жуков, но не может. Среди жуков оказывается образец № 128. Он превращает живых существ в жуков. Лило, Стич, Джамба и Пликли оказываются в «Жукополисе». Они должны попасть в старую лабораторию. Нани вызвала дезинфектора.

Стич отбивает у Ганту очередной эксперимент. Это генетический образец № 234, он подслушивает разговоры. Вследствие подслушивания Лило портит отношения Мёртл с подругами. Хомяксвиль нанимает Мёртл Эдмондс для поимки экспериментов, предварительно поработив её разум. Уволенный, уже в 5-ый раз, Ганту пытается вернуть себе работу.

Стича похищают. Пликли предлагает обратиться за помощью к Ким Пять-с-Плюсом, хотя Лило против, но Пликли все же высылает сообщение. Она уверена в себе. Оказывается, Стича похитил нанятый Хомяксвилем доктор Дракен. Джамба узнаёт в небезызвестном Руфусе образец № 607, способный вызвать временной коллапс Вселенной.

По городу бродит образец № 285. Он заставляет прекратить работу. Так под его влияние попадают Стич, Джамба и Пликли. Лило знакомится с Спинелли, Тиджеем, Винсентом, Гретхен, Гасом и Микки. Они помогают ей ловить образец. Лило и Гретхен обнаружили спутник Хомяксвиля на земной орбите. Нужно его сбить.

Сегодня для Лило печальный день — годовщина гибели её родителей. Сон иногда помогает ей справиться с грустью. Джамба увидел в окне образец № 276. Он проникает в подсознание и превращает сны в кошмары. О нет, он проник в подсознание Лило! Если она проснётся, образец останется там навсегда. Стич, Джамба и Пликли отправляются ловить его.

«Кошки миссис Касагавы»: Лило и Стич помогают миссис Касагаве. Решив помочь в саду, они обнаруживают, что её дом полон генетических экспериментов Джамбы, которых она считает кошками. «Эйс»: К Джамбе приезжает Мортоголекс Зловредный. Он хочет убедиться в злобности Джамбы. Но на беду Джамбы активировался эксперимент 262...

«Глич»: По просьбе Лило Джамба изобрёл автоматизированного заклейщика писем. Однако он втянулся и автоматизировал весь дом. С подачи Слаггера в их дом попал и активировался эксперимент № 223. Он… настраивает технику против его владельца. Лило и Стичу будет нелегко поймать его… «Упс»: Ганту отдаёт Лило образец № 600. Эксперимент невероятно неуклюжий. Пликли планирует поставить мировой рекорд по раскладке домино.

Стич так и не смог забыть Ангела и надеется спасти её. Но и Рубен испытывает к ней чувства. Лило решает спасти экспериментальные образцы и собирает помощников, а Носатый шпионит за врагом. Ганту разрабатывает новый план поимки образцов. Из-за неосторожности Пликли активируется образец № 120, который запутывает планы. Казалось бы, он всё испортит, но…

Лило, Стич и Мёртл ищут клад по карте, который им дал случайно встретившийся пират. Во время поисков активируется образец № 251. Он связывает воедино две, абсолютно противоположные личности. Так, Джамба соединяется с Пликли, Нани со Стичем, Лило, Мёртл и Ганту.