В Убежище Черепашек подвергается нападению роботов мышеловов Бакстера Стокмана. В поисках нового жилища, Четверке приходится выбираться на улицу, где они сталкиваются с бандой Пурпурных Драконов.

Бакстер Стокман демонстрирует своих мышеловов публике. По его словам, они способны решить проблему появления крыс в городе. Но помощница Стокмана Эйприл О'Нил узнает истинную цель создания этих роботов.

Черепашки приносят Эйприл О'Нил в свое убежище и приводят в чувство. А мышеловы Стокмана тем временем грабят банк.

Похоже, Черепашки-ниндзя не единственные жители города, желающие расправиться с бандой Пурпурных Драконов. Несколько лет назад преступники убили Арнольда Джонса, и теперь его сын Кейси Джонс мечтает отомстить им за смерть своего отца.

В результате нелепой случайности в руки грабителя Гарри Паркера попадает искусственный интеллект под названием Нано. Состоящий из миллионов нано роботов, разум быстро обучается и перенимает у новоявленного папаши все его навыки. А тем временем следующей целью Паркера становится магазин Эйприл О'Нил.

По вине неизвестных злоумышленников во всем Манхеттене гаснет свет. Выбравшись наружу, Черепашки обнаруживают, что за все этим стоят их старые "друзья" Футы и их таинственный предводитель Ороку Саки...

Используя выловленный в реке экзо-скелет, Бакстер Стокман создает роботов-ниндзя, способных становиться невидимыми. Цель у них все та же - найти и уничтожить Черепашек-ниндзя..

Хорошая знакомая Кейси девочка-подросток по имени Ангел вступает в банду Пурпурных Драконов. Кейси Джонс не в силах ее переубедить, а смогут ли это сделать Черепашки?.

Мерзкий тип по прозвищу "Мусорщик" похищает бездомных по всему городу. Полиции до них нет никакого дела, и тогда за собственное расследование берутся Черепашки-ниндзя...

Ороку Саки предлагает Леонардо перейти на его сторону и в знак признательности даже дарит ему меч. Но вот что на самом деле задумал Шреддер?..

Приложив немало усилий, Черепашкам удается всё таки одолеть Хана и ниндзя клана Фут. Но настоящая битва только начинается в этот раз против них сам Шреддер!

Начитавшись комиксов о супер-героях, Микеланджело решает сам стать борцом с преступностью. Вот только как к этому отнесутся настоящие супер-герои, а заодно и... супер-злодеи?!...

Неподалеку от своего убежища Черепашки обнаруживают таинственного незнакомца. Но, отправившись на разведку, неожиданно натыкаются на... трех жутких монстров!

В поисках кристаллов Черепашки и их новые друзья вынуждены спуститься еще ниже - прямиком в подземные катакомбы под Нью-Йорком. Но именно здесь их поджидает опасность куда большая, чем все монстры вместе взятые...

Несмотря на предостережения Зверя и страхи Микеланджело, Черепашки-ниндзя все-таки проникают в таинственный Город Мертвых. И тут же понимают, что зря...

Эта серия посвящена Джеку Кирби королю комиксов. Отправившись на починку водонагревателя, Донателло попадает в самое необычное приключение в своей жизни. И виной всему опять оказываются кристаллы...

Устав от вынужденного бездействия, Леонардо отправляется на ночную прогулку по крышам города. А спустя всего 5 минут на его след выходят ниндзя клана Фут...

Преследуя израненного Леонардо, Шреддер и его ниндзя врываются в магазинчик Эйприл, чтобы раз и навсегда покончить с нашими друзьями. Неужели в этот раз им это удастся?..

Чудом уцелев при взрыве магазина, Черепашки, Сплинтер, Эйприл и Кейси вынуждены на время укрыться в старом загородном домике Кейси. Но вот поправится ли Леонардо?..

Основательно заскучавший Микеланджело теряет бдительность и, отправившись на прогулку по лесу, попадает в объектив видеокамеры. Почти сразу же на ферму Кейси приезжает доктор Абигаль Финн ученая и знаменитая охотница на монстров. И без таинственного "Зеленого Человека" уезжать она явно не намерена...

После нескольких месяцев вынужденного бездействия, Черепашки и их друзья возвращаются в Нью-Йорк, чтобы раз и навсегда покончить со Шреддером и его кланом Фут. Вот только удастся ли им это?..

Очередная страшная опасность поджидает наших друзей в недрах небоскреба Ороку Саки. На сей раз это три жутких клона Шреддера, каждый из которых был создан с одной единственной целью - уничтожать все, что попадается им на пути!

Путем невероятных усилий нашей Четверке удается-таки добраться до цитадели Ороку Саки. Но здесь они сталкиваются с новой неожиданной опасностью - превратив самого себя в гигантского киборга, Бакстер Стокман намерен расквитаться со всеми своими врагами. И Черепашки-ниндзя в этом списке далеко не на последнем месте...

Отправившись на поиски Сплинтера, Рафаэль встречает мальчика по имени Тайлер. А вместе с ним и неприятности!

В поисках своего учителя, Черепашки обращаются за помощью к Стражам, но те неожиданно отказываются им помогать. Проследив за одним из них, Четверка выходит на некий "Космический Научно-Исследовательский Институт" ("TCRI"). Судя по всему, в стенах именно этого здания скрыты ответы на многие их вопросы...

Приложив немало усилий, Черепашкам удается таки проникнуть внутрь здания "TCRI". Но здесь их поджидают еще более зловещие сюрпризы: оказывается все сотрудники Института - пришельцы, ловко маскирующие себя под людей...

Черепашки не погибли, а телепортировались в космос, на неизвестную далёкую планету. Они спасают робота, преследуемого местными военными и оказываются затянутыми в конфликт между двумя враждуюшими государствами.

Черепашки узнают что робота зовут Профессор Ханейкут. Он был учёным изобретшим телепортатор, и переместитель тел, но случайно переместился в тело своего робота осистента. Генрал Федерации пытается захватить его и заставить построить телепортатор, чтобы победить заклятых врагов Федерации.

Трицератоны ловят черепашек и Фуджитоида. Черепашек отправляют в тюрьму, а робота ведут к императору трицератонов. Последний ставит профессору выбор: либо тот строит телепортатор, либо он убьёт черепах.

Черепашки сражаются с монстром на арене и с трудом побеждают. Фуджитоид сбегает от трицератонов, и помогает черепашкам. Вместе они придумывают план по перемещению черепашек домой.

План в действии. Флот Республики и Федерации ведёт битву, в то время как Донатэлло с профессором строят телепортатор.

Пришельцы из ИИКТ возвращают Черепах, Фуджитоида и некоторых военных Федерации и Республики Трицератонов на Землю. Сплинтер и директор ИИКТ - Морту, оказываются союзниками. Морту раскрывает черепахам, то что он тоже пришелец и решает рассказать историю их расы, погрузив Черепах и Сплинтера в специальные коконы.

Бакстер Стокман проникает в здание ИИКТ и перепрограммирует устройство коконов так, что Черепашки и Сплинтер влияют на воссозданную виртуальную реальность в своих снах, и в ней сражаются с Шреддером во времена феодальной Японии. Тем временем зданиее ИИКТ штурмуют военные, но не они одни хотят в него проникнуть.

Утромы, Стражи, черепахи и Сплинтер сражаются против Шреддера и его преспешников. Целью Шреддера является месть Утромам. Стокман предаёт своего хозяина и сбегает.

Черепашки вместе с учителем, и друзьями вспоминают свою историю, битвы со Шреддером, и понимают что его действия повлияли на рождение самих Черепах.

Во время отдыха Черепах с друзьями, неизвестный атакует Леонардо из-за спины. Он вызывает Леонардо на поединок по его правилам, так как тот убил сильнейшего война их мира - Ороку Саки.

Робот Нано восстанавливает своё тело. Желая обрести семью он вызволяет из тюрьмы вора, которого встретил и учёного, создавшую его.

Эйприл готовится к переезду в новый дом. Микеланджело встречает в канализации мутанта - Кожеголового. Он с братьями узнёт его историю, которая была связана с Утромами.

Донателло во время сна приходит идея превратить кристаллы из подземного города в жидкость, чтобы сделать из них антидот для людей заточённых там в форме монстров. Он возвращается с братьями, в подземный город, с помощью своего нового изобретения - Черепахопроходчика, дабы помочь старым друзьям.

Наследница клана Фут - Караи решает отправиться в Нью-Йорк, чтобы остановить войну между различными группировками за владение территорией, после смерти Шреддера. Пурпурные драконы, Гангстеры и ниндзя клана Фут, руководимые элитной гвардией Шреддера противостоят друг-другу. Леонардо, ссорится с Рафаэлем, не слушает учителя Сплинтера и вмешивается в противостояние.

Черепашки спасаются от взрыва. Во время спора Леонардо с Рафаэлем, робот Стокмана нападает вновь. Черепахи временно объединяются с Футами. Караи получает изображение Леонардо с камер наблюдения убежища Фут. Хан вновь становится лидером Пурпурных драконов.

Караи просит помощи у черепах в восстановлении порядка в Нью-Йорке, обещая взамен отказаться от мести за смерть отца. Черепахи и Кейси соглашаются, но Рафаэль уходит. Стокман и главарь мафии выживают. Фальшивый Шреддер вновь созывает вест клан Фут и Пурпурных драконов.

По городу прокатились слухи о том, что на подходе к гавани Нью-Йорка пропало около 15 кораблей. Донателло и Микеланджело, тестируя новую подводную лодку, натыкаются на возможную причину этому: по дну снуют десятки мусоровозов, которые разбирают затонувшие суда на обломки и отвозят к подводной крепости на дне Гудзона — Мусорлантиде.

Кейси и черепашки отправляются на хоккейный матч, призом к которому является Золотая Шайба. Некие грабители крадут ценный приз, а главные герои пытаются его вернуть

Караи восстанавливает Шреддера с помощью технологий Утромов и передает ему власть над кланом Фут. Хан показывает Шреддеру Бакстера Стокмана в виде мозга с глазом в колбе и новых Фут-роботов принимающих образ политиков и Сплинтера. Шреддер отправляет робота Сплинтера в канализацию на поиски Черепах. Тем временем те обнаруживают сбежавшего из здания ИИКТ Трицератона Зога, который из-за действия Земной атмосферы видит галлюцинации и принимает черепах за своих офицеров.

Черепашки, Сплинтер и Зог сражаются с силами Шреддера в его корабле на порту. Караи проявляет честь и не убивает безоружного Леонардо на глазах у отца, Хана и всей элиты Фут.

Эйприл находит странный артефакт у себя в магазине, и вместе с черепашками отправляется в другое измерние.

Микеланджело с Кейси и друзьями идут в магазин за комиксами, и узнают что герои комиксов - Сила Справедливости настоящие. Но все они постарели, и теперь черепашки должны помочь борцам за справедливость в борьбе против врага.

Сплинтер уходит в неизвестное место. Черепашки прослеживают за ним и видят как их учитель открывает и входит в какой-то портал. Черепашки повторяют ритуал по призыву портала и идут за ним. Они попадают в мир между мирами - Нексус, где сейчас проходит Турнир сильнейших существ мультивселенной. Правитель этого мира - друг Сплинтера Даймё . Черепашки и Сплинтер принимают участие в турнире.

В павильоне чемпионов прошлых лет на Леонардо нападвют неизвестные ниндзя. Ему помогает ронин Усаги. Донатэлло выбывает в первтм этапе Турнира. Во втором туре Микеланджело должен сразиться с учителем Сплинтером, Леонардо с Усаги, а Рафаэль со старым другом черепах - трицератоном Траксимусом.

Донатэлло и Усаги ведут Леонардо к лекарю. Микеланджело, Рафаэль и Ген проходят в Финал турнира. Сплинтер решает рассказать Даймё о случившемся и приходит в тот момент, когда Даймё ранят убийцы его сына.

Донатэлло и Усаги не дают воинам сына Даймё убить Леонардо. Вместе они идут спасать Даймё. Сын Даймё занимает место отца и обещает отдать его скипетр Драго. Микеланджело, Ген и Клах проходят в полуфиналы. Рафаэль и Траксимус узнают у горожан, что Сплинтер находится в темнице дворца.

Вторжение началось! Трицератоны напали на Землю. И всё из-за Фуджитоида, которого в данный момент нет на Земле.

Кейси и Эцприл раздали гражданским в Ценнтральном парке бластеры Трицератонов. Пришельцы отступили, но поймали Донателло, чтобы привести его к Импепатору Занрамону. Трицератонские корабли подняли Пекин в небо.

Леонардо, Рафаэль и Микеланджело встретили группу революционеров трицератонов во главе с Траксимусом. Вместе с ними Айя, Клах и Монзеран со своим Звёздным Отрядом. Донатэлло рассказывает Занрамону, что Фуджитоид покинул Землю, но не может сказать куда тот направился. Чтобы узнать местонахождение Фуджитоида на Донатэлло надевают мозговой зонд - устройство для считывания памяти существ.

Фуджитоид возвращается на Землю и отправляет послание Занрамону, о том что он сдаётся. Позже он связывается с Черепахами и встретив их, говорит о том, что стёр всю информацию о телепортаторе из своей памяти.

Правительство захватывает черепах с Фуджитоидом. Кейси и Эйприл зовут на помощь мастера Сплинтера, чтобы найти черепах. Черепахи и Фуджитоид оказываются в плену у Бишопа, который отдаёт роботс генералу Бланку.

Бишоп противостоит Черепахам, Сплинтеру, Кейси, Эйприл и Кожеголовому. После недолгой борьбы он сбегает. Герои направляются к Профессору Ханейкуту. Генерал Бланк добыввет память Фуджитоида, но в ней не оказывается схем телепортатора. Профессор дарит свой сюрприз флоту Федерации и Республики.

После вторжения пришельцев город начинает поправляться, но после того как люди замечают на улице Рафа они погнались за ним, и он скрылся в случайном доме, у милой старушки. А Майки со Сплинтером сражаются с наёмниками-мистером Тачем и Гоу.

Кожеголовый сходит с ума.

Донатэлло и Рафаэль гонятся за психом в грузовике.

В городе появляется новый борец с преступностью-таинственный Никто.

Черепашки рассказывают Эйприл историю о том как они в детстве выйдя на поверхность «играли в сенсеев» учя обычного мальчишку быть сильным. Но кто мог подумать кем оказался этот мальчик

Черепахи готовятся к Рождеству и приглашают всех своих друзей. В рождество Микеланджело находит рыжего котёнка которого называет Кланк, и возвращает украденные бандитами, рождественные подарки.

Чаплин создаёт робо-копии Караи, для уничтожения черепах.

Ангел просит черепашек о помощи. Её брат Райан на стройке нашёл старинную монету и решил найти клад, пойдя в старинное здание, но не вернулся. Вместе они прибывают в здание принадлежавшие некому С. Ф. Волпахарту. Ангел находит секретную лестницу ведущую вниз и все они туда направляются.

Ороку Саки решает спасти Пекин и поспдить его обратно на Землю.

Во всём городе отключили электричество, и кристаллы из подземелья начали очень сильно светится. В этом замешано существо, черепашки едут в подземелье, и видят что там отстроился город. Существо по прежнему негативно настроено, но там есть не только он.

Некая ученица-стажёр Лорда Времени - Рене из 79- 0 времени, украла скипетр времени и переместилась к черепахам. Лорд Синхронность пришёл за ней. Рене переместила себя и Черепах в 1406 год в средневековую Европу к Саванти Ромеро.

Бишоп похитил Караи, когда она пыталась укрась у него технологии. И теперь говорит Шреддеру Караи в обмен на его технологии. Шреддер не собирается ничего отдавать Бишопу, и даёт Хану последнюю миссию, чтобы вновь подтвердить свлю верность.

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Майки очнулся в мире где все черепашки - супергерои.

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Рафаэль попадает в мир монстров, и гонок!

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Донатэлло оказывается в альтернативном мире, где Шреддер захватил Землю.

После того как Драко и сын Даймё слились и завладели скипетром времени, они появляются в доме черепах и отправляют их всех по разным мирам и временам. Леонардо попадает в мир Усаги и помогает ему, принцессе панде, и её отцу.

Леонардо с Усаги приходят в мир Нексус и Леонардо просит Даймё о помощи. Тот винит Леонаодо, его семью и друга в утрате сына и приказывает посадить его с Усаги в подземелье, но они сбегают. Леонардо с Усаги крадут скипетр Даймё. Гойожи видит это, но хочет помочь и говорит Леонардо, чтобы тот призвал свою семью, а после неудачной попытки забирает скипетр Даймё.

Бишоп собирал ДНК мутантов для создания армии суперсллдат. Но ему нужен был Сплинтер для первого опыта. Он запускает в канализпцию устройства издаюшие высокочастотный звук, доставляющий боль крысам. Черепахи увозят Сплинтера из дома, в надежде, что звук исчезнет, но он исходит во всём городе. Военные ловят черепах и сенсея Сплинтера. Второго привозят к Бишопу, а черепах он приказывает устранить.

Ороку Саки объявляет крупное мероприятие по поводу его якобы переезда. Но на самом деле он планирует улететь на звездолёте в космос, дабы отомстить Утромам. И Бишоп, и черепашки пытаются его остановить.

Караи, Чаплин и Шреддер улетают на своём корабле, но на него садятся и черепахи с учителем Сплинтером. Шреддер решает сам их убить в своём новом экзоскелете. Бишоп направляет свои ракеты на корабль Ороку Саки. Бакстер Стокман взламывает защиту коробля Шреддера и ракеты наносят по нему удар. Шреддер сражается со всеми противниками. Леонардо сражается с Караи.

После финальной битвы со Шреддером, черепашки идут на поправку, но они всё ещё сильно ранены. У кого то сломаны ноги, у кого то руки, а у кого и плечи. Но кто-то вообще поджарен. Но тем не менее у черепашек появился редкий момент отдохнуть. А не тут то было. К Кейси приезжает некий Кузен Сид, который связался с пурпурными драконами. И который пообещал им наследство дома Джонсов. Черепашки за исключением Рафа, даже раненные расправляются с драконами. Но в итоге оказывается что наследства не было.

Черепашки идут на поправку, они уже могут ходить, и бегать. Они встречают девушку то ли из другой реальности, то ли с другой планеты. Но она тут не одна, и черепашкам придётся сразится с силами стихий.

В городе объявляются какие то то ли ангелы, то ли архангелы, один из них хороший, а другой плохой, можно сказать демон. Между их народами идёт война, и он просит у черепашек помощь. Черепашки идут примерять новые костюмы.

Эйприл начинает чувствовать что-то странное. Какие то видения преследуют её повсюду, и люди-рыбы. Которые живут в озере рядом с домом.

Пурпурные драконы находят мутанта, который был моряком, и отправляют его в «свободное плавание», черепашки гонятся за ним, он постепенно вспоминает прошлую жизнь. В итоге Лео говорит отпустить его.

Тот самый гамбит Бишопа не погиб. Он потерял память, но частично воспоминания проскальзывают в голове в виде видений. Он стал управлять крысами, и можно сказать стал Крысиным королём. Черепашки решили прогуляться и поиграть в прятки, в местностях где обитает крысиный король. Последний ловит Майки и натравливает на него крыс, но черепашка спасается. Братья решают разобраться во всём, и в итоге уходят. А король так и остаётся там, говоря что он ещё долго будет снится им в кошмарах, и что он-Монстр.

За Майки приходит тот кого он победил в битве Нексуса, и просит реванша. Но в прошлый раз Майки победил его случайно. А в этот раз случайность вряд ли произойдёт. Тем временем родственники противника пытаются украсть сына Даймио тем самым надавив на него в личных целях.

В Нью-Йорке Хэллоуин. Это единственный день в году, когда черепашки могут спокойно ходить по улицам днём, и не боятся что их раскроют ведь можно сказать что это костюмы. Но в этот раз в городе стали появляться не просто дети в костюмах, а настоящие монстры.

Сначала на тренировке дом черепах затапливает, убивая котика Майки Кланка. Потом Бишоп со всем миром начинает на них охоту, Кейси с Эйприл погибают. Все враги черепах, от пурпурных драконов и до Шреддера дерутся с ними. Шреддер жестоко всех избивает, но потом выясняется что герои не вышли из транса. Они берут ситуацию в руки, и понимают что это проделки ниндзя стихий которых они побеждают на ментально-астральном уровне. Черепашки и сенсей вышли из транса, и поняли что с этим нужно быть поаккуратнее.

У Бишопа в лаборатории есть пришельцы пойманные аж в 40ых годах. И сейчас Бишоп их разбудил и использует в личных целях. А черепашки должны его остановить.

Хан проворачивает очередную операцию. Кейси с панцирными друзьями решает схватить его. Лео становится злее. Кейси устраивает с Ханом битву на грузовике, и решает отомстить за магазин отца.

Никто продолжает борьбу с преступностью.

К черепашкам приходит в гости Усаги со своим другом носорогом. Который спокойно выходит на улицы Нью-Йорка и сражается со злодеем.

На тренировке Лео сильно разозлился, и когда мастер Сплинтер сказал что в нём слишком много гнева, и ему нужно многому научится, Лео сказал что он уже всему научился, и Лео ранил сенсея. Сплинтер сказал что Лео прав, и что ему пора учится у другого учителя, кем является Старейший. Он учил мастера Йоши. И Лео отправился в длинный путь, в ходе которого он столкнётся с великанами, противным толстым и вонючим стариком, и в итоге Лео поймёт что он не смирился с тем что тогда во время последней битвы со Шреддером он не смог помочь братьям и сенсею, он ничего не мог сделать, но теперь он смирился с этим.

Прошло время, Лео всё ещё не вернулся. На дом черепашек нападает…Шреддер! На самом деле, это Караи, которая одела доспехи отца, и отомстила тем, кто разрушил все его планы. Она разбивает шар Сплинтера который ему подарили утромы, и ранит сенсея. Донни уезжает со Сплинтером на подлодке. Но воины Караи подбивают и взрывают их! Раф уезжает на броневездеходе черепах, но его подрывают воины Караи. А Майки уезжает на буре, с котёнком Кланком. Но воины Караи подрывают его бур, и окончательно разрушают дом черепашек. Караи уничтожила почти всех, остался Леонардо.

Леонардо возвращается домой и находит, что логово лежит в руинах, а его семья пропала без вести. Его поиск ответов и его семья в конечном итоге привели его к осознанию того, что Караи больше не является союзником.

После вторжения, организованного агентом Бишопом, генетический материал реплицированных пришельцев соединяется с обитателями канализации и окружающих водных путей, вызывая вспышку мутантов. Опасаясь распространения эпидемии, Бишоп посылает Бакстера Стокмана сдержать угрозу. Тем временем черепахи ищут предметы для обустройства своего нового логова, но теперь должны столкнуться с угрозой нападения мутантов, во время которого один из них задел Дона.

Эйприл находит одну вещь, и вспоминает о дяде Огги который бесследно пропал. Эйприл с Доном так же бесследно пропадают.

Лео рассказывает братьям историю о Мастере Йоши.

У Саванти Ромеро скипетр времени, и он решает отомстить черепашкам.

Рене помогает черепашкам. Битва с Саванти началась.

Черепахи продолжают бороться с, казалось бы, непреодолимой вспышкой мутантов, но они оставляют Донателло под присмотром Эйприл и Кейси, когда он становится очень больным. Однако болезнь Донателло — это не просто простуда; он находится на заключительной стадии вторичной мутации, которая превращает его в дикого зверя, для захвата которого другие черепахи и Кожеголовый должны работать вместе. Тем временем Бишоп поднимает мозг Стокмана со дна Ист-Ривер и воскрешает Стокмана в теле полумонстра-полукиборга.

Когда становится очевидно, что вторичная мутация Донателло вызывает дегенерацию его тела, черепахи и Кожеголовый соглашаются, что они должны пойти прямо в штаб-квартиру агента Бишопа, чтобы потребовать лекарство. Этот сценарий оказывается случайным, так как Бишоп предлагает помочь черепахам, если они извлекут древнюю технологию у Футов.

Черепахи соглашаются на предложение Бишопа в обмен на лекарство от вторичной мутации Донателло. Они участвуют в проникновении в штаб-квартиру Футов и извлечении сердца Тэнгу. Однако у Бишопа нет лекарства для Донателло, и возвращение сердца Тэнгу оказывается основой для плана, который даже Бишоп не понимает.

Черепашки гуляют по крышам зданий, чтобы Донателло смог ускорить восстановление после излечения от вторичной мутации. Неожиданно они понимают что за ними следят. На них напали какие то деревянные роботы-ниндзя. Братья дают сильный отпор, но ниндзя их вырубают. Сплинтер чувствует что-то неладное и встречается со старейшим. Черепашки очнулись в какой-то клетке. Выйдя из неё они нашли свои оружия, и взяли их. Они встретили группу людей которые тоже не понимают что происходит. Все они идут в какую то комнату. Там целых 5 Шреддеров. Оказывается что это легендарный Трибунал Ниндзя и что они хорошие ребята. Они просят черепах о помощи.

Черепашки тренируются с Трибуналом Ниндзя, чтобы предотвратить воскрешение Шреддера. Но Сплинтер и Старейший выражают серьезные сомнения в доверии Трибуналу, оставляя черепах в замешательстве. Если они все согласны с целью, то почему сомневаются? Чтобы объяснить черепахам опасность, Сплинтер и Старейший раскрывают Тайную историю Трибунала … в том числе и истинное происхождение Шреддера!

Оригинальный мистический Шреддер полностью воскрешен зловещими Фут-мистиками, чья первая повестка дня — уничтожить Караи, поддельного Шреддера, лично. И, в то время как черепахи являются врагами обоих Шреддеров, они понимают, что если оригинальный Шреддер победит, его цель создания мира, полного хаоса и разрушения будет на один шаг ближе к тому, чтобы стать реальностью.

В их попытке спасти Караи от Фут-мистиков и Истинного Шреддера черепахи оказываются в яростной битве, наполненной магией и боевыми искусствами, где они используют все, чему их научил Трибунал Ниндзя. Но хватит ли этого для побега с тяжелораненой Караи и собственной жизнью?

Уставшие после первой битвы с новым Шреддером, черепахи сомневаются, что смогут победить его. Чтобы поднять им настроение, Сплинтер и Старейший рассказывают историю о гораздо более молодых днях черепах. История показывает, что, хотя черепахи были маленькими, они преодолели невозможные шансы победить темного и мистического фантома, стремящегося вернуть к жизни Истинного Шреддера, хотя они могут и не помнить этого.

Тэнгу-Шреддер начинает строить новую династию в Нью-Йорке, превращая весь остров в адский кошмар. Черепахи объединяются с Караи в смелом плане направить собственную жизненную энергию Шреддера против него из мистических «замковых камней» вокруг Манхэттена, но будет ли этого достаточно?

Демонический Шреддер превратил Нью-Йорк в кошмарную версию феодальной Японии, а остальной современный мир — следующий на очереди! Но у черепах есть план, и если потребуется объединиться с некоторыми из их бывших врагов, чтобы довести борьбу до Шреддера, так тому и быть… потому что, если они потерпят неудачу, вся жизнь, которую они знали, перестанет существовать.

С помощью своих ближайших союзников и самых опасных врагов, черепахи пробились через демоническую версию Нью-Йорка, чтобы противостоять Шреддеру раз и навсегда! Теперь черепахи должны выложить все, что у них есть, и у них нет выбора, кроме как сосредоточить свою энергию и стать их собственными мистическими аватарами… Драконами. Этой ночью Черепашки-Ниндзя встретят свою судьбу: жизнь или смерть!

Черепашки отправляются на гонку будущего, где встречают мальчишку-гонщика.

Бишоп зовёт черепашек на очень опасную миссию по спасению планеты, грядёт инопланетная война и черепашки должны ему помочь. Он рассказывает им что в прошлом черепашки говорили ему что они уже прошли эту войну и победили в ней, после чего Бишоп начал вести так называемый «военный журнал», куда он записывал все значительные события. Теперь черепашки должны помочь ему сохранить Землю.

Когда Окно Времени наконец отремонтировано, черепахи входят в него, чтобы отправиться домой. Вместо того, чтобы вернуться в логово, они оказываются с Вайрел, которая сбежала изнутри Серлинга. Вайрел берет под свой контроль временной портал, отправляя черепах в разные точки истории, надеясь, что они будут устранены. Тем не менее, Майк обманывает её, чтобы взять их в не слишком отдаленное будущее, где Тэнгу-Шреддер, Шреддер-Утром и неизвестный третий Шреддер сражаются за контроль с конкурирующими кланами Фут.

Черепахи воссоединяются с Кейси Джонсом и Эйприл О’Нил, которые сообщают им, что они пропали без вести в течение целого года. Все пытаются приспособиться к эпохе низких технологий, в то время как Донателло начинает строительство устройства для входа в киберпространство, чтобы получить биты данных мастера Сплинтера. Кейси посещал школу боевых искусств, возглавляемую Кханом, преданным оперативником клана Фут, который вербует и промывает мозги своим ученикам, чтобы восстановить Фут. Несмотря на вмешательство черепах, надежды Кхана возобновляются, когда Кибер-Шреддер вступает с ним в контакт из киберпространства.

Черепахи путешествуют в киберпространство, чтобы спасти как можно больше битов данных мастера Сплинтера, используя новые кибернетические доспехи и оружие, разработанное Донателло. Однако на их пути есть серьезное препятствие: Кибер-Шреддер. И он не намерен позволить своим самым ненавистным врагам вернуться домой, в реальный мир. Примечание: Караи появляется в воспоминаниях вместе со своим приемным отцом, Утромом-Шреддером

Кейси и Рафаэль отправляются в Чайнатаун, чтобы найти обручальное кольцо для Эйприл. Однако, поскольку Хан ищет магическое кольцо, которое может вызывать монстров, в качестве меры предосторожности против Кибер-Шреддера, владелец магазина дает его Кейси. Кольцо заставляет зло расти в Эйприл, пока она не превращается в монстра; Хан сильно избит, заставляя его сдаваться. Сумев снять кольцо с Эйприл, Кейси удается спасти её. Владелец магазина дает ей настоящее обручальное кольцо, и они с Кейси обручены.

В то время как Донателло фокусируется на сборе битов данных Сплинтера, его братья оказываются втянутыми в войну между Футами и Пурпурными драконами; Бакстер Стокман взломал финансирование Футов для Пурпурных драконов. Кибер-Шреддер захватывает роботизированное тело Стокмана. Стокман покидает тело, научившись никогда не устраиваться в нём слишком удобно. Тело Стокмана оказывается грозным под контролем Кибер-Шреддера, принимая все атаки, которые они бросают на него. Стокман связывается с Донателло, информируя его о ситуации; Донни временно отказывается от извлечения битов данных Сплинтера и отвлекает Кибер-Шреддера, позволяя Бакстеру загружать брандмауэр, чтобы удержать Шреддера в ловушке в киберпространстве.

Кибер-Шреддер выпускает вирус, который стирает воспоминания черепах, перепрограммируя их так, чтобы они работали на Футов. Четыре черепахи выполняют приказ мастера Кхана, в то время как Эйприл, Кейси и Серлинг пытаются восстановить воспоминания четырёх героев. Удастся ли им это?

Кибер-Шреддер создает прототип киберпортала, чтобы сбежать из киберпространства. Он посылает животных, которые мутируют и атакуют Нью-Йорк, заставляя черепах устранить беспорядок и остановить Кибер-Шреддера от становления реальным ещё раз. Когда кажется, что Кибер-Шреддер усовершенствовал портал, Донателло взламывает его, заставляя Шреддера расти и искажать момент, когда он материализуется в реальном мире. В конце концов, Кибер-Шреддер изгнан обратно в киберпространство.

Кибер-Шреддер взламывает компьютерную инфраструктуру Нью-Йорка, беря под контроль все электронные устройства в городе и эффективно завоевывая его. Тем временем черепахи обнаруживают, что Хан и Пурпурные драконы подверглись нападению. Как только они поняли, что Фут стоит за всем этим, черепахи сражаются по всему Нью-Йорку, чтобы восстановить компьютерную инфраструктуру. Они борются с Кибер-Шреддером и преуспевают в том, чтобы убить его, заставляя Футов бежать. Однако, оказавшись в одиночестве, тело Шреддера выступает из шипа, пронзая провод и выпуская в него электрический ток.

Черепахам удается собрать все данные мастера Сплинтера и реконструировать его в реальности. Неведомо для них, Кибер-Шреддер поместил вирус в биты данных, в результате чего в ухе Сплинтера появился маячок, позволяющий ему отслеживать черепах на ферму Эйприл. Там и Эйприл, и Кейси счастливы, что Мастер Сплинтер вернулся, сделав их день свадьбы завтра ещё лучшим днем, пока Шреддер и Фут не решат испортить вечеринку. После обнаружения, что цифровое ядро Вайрел все ещё существует в нём, Кибер-Шреддера убивают декомпилятором, заставив Кхана и Фут бежать. Свадьба возобновляется с гостями из разных измерений, миров и времен. Крысиный Король, агент Бишоп, Коди Джонс, Даймио и Великий Ниндзя, и Ренет все смотрят издалека или с помощью технологических или магических средств.