Las tropas del general sublevado Gonzalo Queipo de Llano se hacen con la ciudad de Sevilla en una violenta batalla que se desarrolla en la Plaza Nueva el 18 de julio de 1936. Al mismo tiempo, el general Varela consigue someter a la ciudad de Cádiz, cuyas autoridades republicanas muestran su derrota enseñando un pañuelo blanco desde una de las ventanas del Gobierno civil, el 19 de julio. En Córdoba, el encargado de materializar el golpe es el coronel Ciriaco Cascajo, quien el mismo día 18 consigue derrocar a las autoridades republicanas de la ciudad.

La ciudad de Jaén permanece fiel a la República debido a la indecisión de los militares al cargo. En Granada, el general Campíns, que se mantiene fiel a la República, es traicionado y el golpe militar triunfa. Desde Huelva se organiza una columna formada por mineros que tratan de llegar a Sevilla para plantar cara a las tropas del general Queipo de Llano pero una traición hace que la gran mayoría de estos mineros muera ametrallado en la Pañoleta antes de entrar en Sevilla. En la ciudad de Almería el golpe se retrasa unos días, con la consiguiente derrota de los sublevados.

A partir de agosto de 1936 ya no se habla de golpe, España entera está en guerra. Miles de personas mueren fusiladas, entre ellos Blas Infante y Federico García Lorca. El desbloqueo del Estrecho de Gibraltar permite la entrada indiscriminada de regulares en la peníncula, su violencia se hace patente en los pueblos por los que pasan. Las muertes se suceden y el frente se estabiliza entre las provincias de Córdoba y Jaén. Nada está decidido aunque la supremacía del ejército sublevado parece evidente.

En febrero de 1937 se produce la toma de Málaga. Miles de malaguéños, mujeres, niños, ancianos, población civil en general, huyen de la ciudad por la carretera hacia Almería, allí son bombardeados por mar y aire y ametrallados desde la sierra. Almería también sufre bombardeos continuados por parte del ejército nacional, que realiza sobre la ciudad diversos ensayos con armamento alemán. En Andújar, un grupo de Guardias civiles se hacinan en el santuario de la Virgen de la Cabeza, donde son asedidos durante meses por milicias republicanas. El frente se mantiene entre la zona de Los Pedroches y Lopera.

A mediados del año 38, la supremacía nacional es algo más que patente en el frente de Andalucía. Los republicanos siguen resistiendo en la zona oriental de Andalucía. Fuera del frente, en la madrugada del 5 al 6 de marzo del 39, Segismundo Casado da un Golpe de Estado al legítimo Gobierno de la República. Casado que siempre ha luchado en el bando republicano pone así punto y final a este Gobierno. El 29 de marzo de 1939, la huida es lo único que queda. La Guerra ha terminado.

Con el fin de la guerra, Andalucía vivió una dura etapa de represión. Las cárceles y los campos de concentración albergaban a miles de hombres y mujeres que habían hecho la guerra en el lado de la República. Los fusilamientos continuaron. El hambre, las cartillas de racionamiento, la miseria y la censura en todos los ámbitos era una forma de vida para las personas que sobrevivieron al conflicto. Aparecen los maquis o guerrilleros en las sierras y España sufre un crudo aislamiento por parte de las democracias occidentales. El exilio se convierte en la única vía de escape. Por delante quedan 40 años de dictadura franquista.