Sydney Bristow es una chica aparentemente normal, que compagina sus estudios universitarios con un trabajo a tiempo parcial en Credit Dauphine, un banco que absorbe tiempo del que su prometido y amigos desean. Sin embargo, dista mucho de ser una mujer del montón, ya que su trabajo es una tapadera de su verdadera vida: Sydney es una agente del SD-6, una rama secreta de la CIA. Huérfana de madre y con un padre al que apenas ve, su vida está punto de cambiar ya que pronto se irá a vivir con Danny, su prometido. Con el firme propósito de sincerarse con su prometido toma todas las precauciones para revelarle la verdad: que trabaja para el gobierno. Pero toda precaución es poca y al regreso de una misión en Taiwán, Sydney encuentra a Danny muerto, asesinado por sus propios compañeros del SD-6, cuando estos descubren que Danny conoce la pertenencia de Sydney a la agencia. Confusa y dolida, Sydney irrumpe en las instalaciones del SD-6 donde se enfrenta con su jefe, Arvin Sloane, y tras pasar unas pruebas para determinar su lealtad, Sydney obtiene un permiso de un mes y desaparece. Pero Sloane se impacienta y después de tres meses da un ultimátum a Sydney a través de Dixon, su compañero: o vuelve al trabajo o tendrá que lidiar con las consecuencias. Para su propia sorpresa, en su ayuda acude su padre, Jack Bristow, el cual le confiesa que también es agente del SD-6 (y no un vendedor de piezas de aviones, como le había dicho). Junto a esa revelación otra sale a la luz: el SD-6 no es parte de la CIA sino que es una organización secreta que lucha por sus propios intereses. Sydney lleva siete trabajando para el enemigo contra el que creía estar luchando. Y ahora ese enemigo no parará hasta que la encuentre y la ejecute. Y lo que es peor, su padre es uno de los fundadores de la Alianza de los Doce, que controlan, entre otras cosas, el SD-6. Sydney hace acopio de fuerzas para plantearse su situación una posible salida a esta carrera donde no tiene aliados, solo enemigos por lo que decide finalizar la misión en Taiwán que dejó sin acabar meses atrás, ¿El objetivo? Ganarse de nuevo la confianza de su jefe y compañeros, los cuales no saben para quien están trabajando. No sin muchas dificultades, Sydney lo consigue. Tras verificar que tiene de nuevo un lugar en el SD-6 y que cuenta con el beneplácito de su superior, se encamina hacia el edificio central de la CIA, donde confiesa que es una agente del SD-6 y se pone en manos del servicio de inteligencia. Ellos tienen un plan mejor: Sydney trabajará para la CIA como agente doble en el SD-6, donde seguirá realizando las misiones con normalidad, pero informando pormenorizadamente a sus nuevos jefes. Sydney acepta con un solo fin: destruir a la organización y al hombre que ha roto en mil pedazos su vida, Arvin Sloane. Pero Sydney se encuentra con otra sorpresa: su padre también es un agente doble de la CIA y, aunque no puede perdonarle, deberá aprender a confiar en él para cumplir sus misiones.

Sydney recibe otra dura dosis de realidad por parte de su enlace con la CIA, Michael Vaughn: el entramado del SD-6 es muy extenso y ramificado por lo que su trabajo, en contra de lo que ella pensaba, tiene un objetivo a largo plazo. Pero los problemas no vienen solos; su amigo Will Tippin, le pide explicaciones sobre su misteriosa desaparición así como las extrañas condiciones de la misma. Además, le informa de que está decidido a desenmascarar al asesino de Danny, a lo cual Sydney le ruega que lo deje estar. Pero la curiosidad de Will es más poderosa y descubre que Danny había reservado un billete a Singapur horas antes de su muerte. Esto es una historia que un periodista como Will no puede dejar escapar. En la oficina del SD-6, Sloane encarga a Sydney que intercepte la venta de una ojiva nuclear en Moscú. Su padre la está esperando y ambos se confrontan. Sydney le pregunta si él estaba al tanto del plan para asesinar a Danny. Más tarde, Jack admite que el billete para Singapur lo había comprado él con el propósito de esconder a Danny de los pistoleros del SD-6. La CIA pasa los planes de la contramisión a Sydney a través de Vaughn justo antes de que ella y Dixon, su compañero, salgan hacia Moscú. A pesar de las complicaciones, la misión es un éxito y tanto el SD-6 como la CIA quedan complacidos con Sydney. Siguiendo el rastro, Sydney llega a un cementerio de Virginia donde está enterrada una ojiva nuclear la cual se activa cuando se abre el ataúd. Aterrorizada, Sydney llama a Marshall, el experto en aparatos del SD-6 y éste la guía en el proceso de desactivación. Como consecuencia, el SD-6 descubre la existencia de la bomba y decide vendérsela a Aninni Hassan, un conocido traficante de armas. Sydney decide arreglar el desaguisado ella misma y, como conoce a Hassan, se ofrece a viajar hasta El Cairo para tratar de rescatar la ojiva nuclear. Mientras, en Los Angeles, Michael Vaughn es destinado a otros menesteres porque el director Devlin desea que un oficial más experimentado sea el enlace de Sydney.

Syd tras escapar a duras penas de El Cairo con la ayuda de la CIA, Sydney ha de lidiar con sus estudios, los cuales está descuidando demasiado debido a lo absorbente de su trabajo secreto (lo cual no le sirve de excusa). En la reunión informativa, Sloane hace saber a los agentes que el artefacto que Sydney recuperó en Taiwán no ha podido ser comprendido pero lo que se sabe es que fue diseñado por un hombre llamado Milo Rambaldi en el siglo XV. Debido a este misterio, Rambaldi se convierte en la primera prioridad del SD-6. La siguiente misión del SD-6 encamina los pasos de Sydney y Dixon a Madrid, donde han de recuperar un código cifrado que posee un coleccionista español. Además de robarlo han de evitar toparse con la antítesis de Sydney, Anna Espinosa, una agente del Directorio K, la agencia rusa homónima del SD-6 Al recibir su contramisión por parte de Vaughn, le informa a Sydney de que ha sido relevado como su enlace en la CIA y que a partir de ese momento otra persona se encargará de proporcionarle las misiones. Tras una ardua pelea con Anna, Sydney consigue escapar con la caja, pero al llegar a Los Angeles, Marshall es incapaz de abrirla y tiene miedo a forzarla ante la posibilidad de que exista algún tipo de mecanismo de seguridad. De este modo, sabiendo que el Directorio K tiene la llave, Sloane acuerda un encuentro entre Anna y Sydney en Berlín para proceder a su apertura. En casa, Will sigue dándole vueltas a la muerte de Danny y trata de conseguir los videos de las cámaras de tráfico del barrio de Danny. Sin embargo, las cámaras de un kilómetro a la redonda de la casa de Danny estuvieron inoperantes precisamente esa noche. Francie, por su parte, descubre una caja de cerillas con el nombre de otra mujer entre las pertenencias de su novio, Charlie. Por otro lado, Sydney tiene una reunión bastante desagradable con su nuevo enlace y deja claro que si nó trabaja con Vaughn se acabará su cooperación. Cuando le dicen que es un agente de bajo rango, ella lo tiene claro: que lo asciendan. En Berlín Anna y Sydney (conectada por satélite con la CIA) proceden a abrir la caja pero cuando lo hacen, sus caras muestran sorpresa y horror mientras la caja emite un sonido extraño.

El maletín contenía una sorpresa: un mecanismo de autodestrucción junto con un papel de papiro antiguo en el cual hay un código numérico de unos y ceros, de modo que Anna y Sydney han de hacer todo lo posible por obtener el código antes de su inminente destrucción. Las iniciales reticencias de Sydney a facilitar el código al SD-6 producen un nuevo enfrentamiento entre ella y Vaughn, que ha sido ascendido y de nuevo es su contacto, el cual le advierte seriamente que su trabajo como doble agente la sitúa constantemente en medio de un grave peligro. Cuando el SD-6 revela el código, ahora completo, obtiene una localización geográfica, una pequeña Iglesia de Málaga en España a la cual Sydney tiene que viajar para recuperar algo llamado "Sol Dorado". En su misión se cruza de nuevo con Anna, y deben luchar para obtener el mismo objeto. Tras concluir la misión cuatro personas muy diferentes hacen frente a sus sentimientos. Los de Jack sobre la mentira y el misterio que rodea a la muerte de su esposa, los de Sydney frente a la muerte de un amigo, los de Vaughn hacia la propia Sydney y la sospecha de Francie de que su novio Charly la engaña con otra. Mientras tanto, Will continúa la investigación sobre la muerte de Danny. Tras una nueva sesión informativa, Sydney y Dixon viajan a São Paulo donde Sydney, camuflada en un tubo de ventilación es testigo de como un grupo de cirujanos instalan una bomba en el corazón del Premio nobel de la Paz...

Dixon y Sydney han de emplearse a fondo para evitar la muerte del Nobel de la Paz, incluyendo la conducción temeraria y la cirugía de urgencia en una ambulancia perseguida por la persona que posee el detonador de la bomba instalada en su corazón. Will consigue reunirse con Kate Jones, la mujer con la cual Danny iba a viajar a Hong Kong la noche de su muerte. Kate reconoce que tenía una aventura con Danny y que pensaban pasar un tiempo juntos en Hong Kong. Pero Will la sorprende cuando dice que según sus datos oficiales, ella debería estar muerta desde 1973, por lo que Kate sale corriendo. La nueva misión de Sydney y Dixon les lleva a Berlín donde deben contactar con Jeroen Schiller, un microbiólogo con información importante sobre la guerra biológica, e introducirle discretamente en el territorio de los Estados Unidos. La contramisión de la CIA para Sydney conlleva sustituir a Schiller por Paul Kelvin, con el que guarda gran parecido, para que el SD-6 no obtenga tan valiosa información. Ya en Los Angeles, Kelvin introduce un troyano en el ordenador del SD-6 mientras se hace pasar por Schiller. Pero cuando es interrogado por Sloane, queda claro que no sabe todo lo que se supone que Schiller debería saber, de modo que Sloane comienza a sospechar. Las sospechas se agravan cuando en el informe de la misión observa que Sydney cambió el lugar de encuentro con Dixon. Por si esto fuera poco, el verdadero Schiller se niega a colaborar con la CIA, pensando que son el enemigo y no accede a las peticiones de Sydney de información para Kelvin. Al final Jack consigue obtener la información lo cual salva la piel de Kelvin en el último momento: la planta biológica se encuentra en Alemania. El SD-6 ordena a Dixon y Sydney que vuelen la planta mientras que la CIA da la contraorden a Syd de que recupere los inhaladores para su estudio. Vaughn informa a Sydney de algo desagradable: su padre fue investigado en el pasado por el FBI, lo cual podría significar que se dedique a vender secretos clasificados a otros países. En Badenweiler, Sydney consigue inutilizar el detonador de Dixon para evitar la destrucción de la fábrica. Pero Dixon saca un segundo detonador y lo activa, para la sorpresa de Sydney, y la fábrica, con los detonadores y los agentes de la CIA en su interior, es destruida...

Sydney sufre un shock al ver como la fábrica de Badenweiler es destruida y Dixon ha de tirar de ella para huir de la zona, ya que se encuentra totalmente bloqueada. De vuelta en Los Angeles, Sydney decide investigar por su cuenta la conexión entre el FBI y su padre y sus pesquisas la llevan a conocer a la viuda de un agente del FBI. De su conversación se desprende una sospecha horrible: la muerte de la madre de Sydney podría ser consecuencia de las actividades ilegales de Jack. Y siguen las malas noticias. La CIA, a través del troyano cargado en los servidores del SD-6, estaba obteniendo mucha información sobre el SD-6 pero Marshall descubre la puerta trasera y decide cerrarla, avisando a Sloane, el cual inicia una investigació para desenmascarar al agente traidor. Los amigos de Sydney continúan ambos con sus investigaciones. Francie descubre que Charlie no la estaba engañando sino que en realidad se estaba preparando para debutar como cantante y toda la pandilla va al local a presenciar su debut. Will localiza a la mujer que se hace llamar Kate Jones, cuyo verdadero nombre es Eloise Kurtz, y cuando va a verla, encuentra su apartamento completamente vacío y ningún rastro de la mujer. La nueva misión de Sydney y Dixon tiene una serie de ramificaciones que implican el hecho de que Sydney deba infiltrarse en un manicomio de Rumanía donde Sydney ha de localizar a un paciente que debería indicar la sepultura de Gareth Parkashoff, para obtener su huella digital, necesaria para activar un artefacto anteriormente recuperado. Pero cuando el contacto en el interior del manicomio es asesinado, Sydney se ve atrapada como un paciente y sin posibilidades de escapar...

Doblemente en peligro, Sydney ha de tratar de escapar del manicomio rumano además de evitar a su médico jefe, un agente del Directorio K que busca la misma información que Sydney y no dudará en utilizar todos los medios posibles para hacer que la agente Bristow se la facilite. Así que llegan a un acuerdo: Sydney les facilitará la información que consiga extraer a cambio de un mejor trato. Ellos le dicen que pospondrán su ejecución pero no mucho tiempo. Pero Syd no espera a que se cumpla el plazo y consigue escapar junto a Shepard a un refugio de la CIA donde consigue extraerle información útil, a pesar del lavado de cerebro al que ha sido sometido. Y al final revela una información tan chocante como inesperada: que fue él quien asesinó a Danny, el prometido de Syd. Mientras tanto, Jack y Vaughn tienen un encuentro, y dejan claro lo poco que se gustan el uno al otro, especialmente Jack, muy molesto porque Vaughn haya filtrado documentos clasificados a Sydney, en los que su padre no queda bien parado. En el SD-6, Sloane despista a Marshall diciéndole que el virus encontrado era una prueba de la sección de seguridad y que se olvide del asunto pero acto seguido, se reúne con Christophe (un pez gordo de la Alianza y del SD-6) y le informa de que sospecha la presencia de uno o incluso dos infiltrados en el seno del SD-6. De este modo, la sección de seguridad ha puesto una serie de trampas para cazarlos. Will decide dejar de investigar la muerte de Danny y tras una pelea con la editora del periódico, le avisa que ha encontrado algo gordo y que si él no la escribe, otro lo hará. Mientras, en una cena en casa de Sydney, Charly propone matrimonio a Francie delante de todos.

Jack y Sloane tienen una discusión sobre Eloise Kurtz y al final se descubre que Sloane encargó asesinarla, puesto que no confiaba en ella. Sloane está muy preocupado por la posible existencia de un topo en el seno de la agencia y hace seguir a todos sus agentes, incluyendo a Sydney, que es informada por su padre de este hecho. Además, Jack advierte a Sydney que debería entrenarse para poder pasar un detector de mentiras, algo que muy posiblemente tenga que hacer pronto. Sydney ha de viajar a Italia para que un maestro relojero arregle un reloj construido por Rambaldi que parece no funcionar y que es clave para desenmarañar el enorme rompecabezas del visionario italiano. El relojero arregla el invento mientras mantiene una conversación extraña con Sydney donde deja caer, quizá intencionadamente, que Rambaldi podría estar vivo y salva la vida de Sydney cuando se interpone (parece que conscientemente) entre Sydney y un francotirador: el Directorio K en forma de Anna Espinosa ha seguido a Sydney hasta Italia. La editora de Will rechaza la historia de la muerte de Danny y Eloise Kurtz, tachándola de fantasía y argumentando que son una serie de hechos circunstanciales e inconexos demasiado cogidos con alfileres para soportar lo que Will ha escrito e incluso insinúa que Will miente. Lejos de dejar el caso, Will continúa sus pesquisas y en registro del coche de Eloise halla un pendiente que, más tarde, descubre que se trata de un micrófono muy sofisticado. En el SD-6 descubren que el disco dorado recuperado en Málaga por Sydney encaja en el reloj perfectamente, conformando un rudimentario sistema de GPS que indica unas coordenadas en el monte Aconcagua, en la frontera argentinochilena. Dixon y Sydney han de viajar allí para descubrir que nuevo enigma se haya oculto en los montes. Antes de marchar, Dreyer somete a Sydney a la prueba de imagen funcional tal y como le comentó su padre. En el Aconcagua, Syd encuentra el objeto: un manuscrito de Rambaldi. Cuando vuelve para reunirse con Dixon oye un tiroteo y aparece Anna Espinosa, la cual arrebata el libro a Sydney tras un forcejeo que concluye con Syd cayendo al vacío... En Los Ángeles, Dreyer informa a Sloane de que han encontrado al topo.

Sydney consigue salir de la galería y encuentra a Dixon malherido por lo que decide pedir asistencia inmediata, pero lo hace a la CIA y no al SD-6, cosa que Dixon, en su estado semiconsciente, escucha perfectamente. Para empeorar aún más las cosas Dreyer afirma ante Sloane que Sydney es el topo tras observar la perfección con la que pasó la prueba. Sloane es reacio a creer que Sydney pero finalmente contacta con el SD-4 y ordena la ejecución de Sydney durante su próxima misión en la Toscana. Afortunadamente, la CIA intercepta la orden y Vaughn ordena formar un equipo de extracción para salvar a Sydney de la situación. Jack dedide investigar un poco más y descubre que la orden al SD-4 se realizó de una manera descuidada y que puede ser una trampa de Sloane para intentar sacar la presunta afiliación de Sydney con la CIA. Tras una agria discusión entre Vaughn y Jack, este ordena la no intervención y al no producirse el asesinato (como bien dijo Jack), Sydney sale ilesa, además de alejar toda duda sobre su lealtad. Will descubre que el micrófono está activo y que ha estado registrando todo lo que ha dicho y ha contado durante los últimos días. Después de enseñárselo a Francie y de hacer el tonto con él, recibe una llamada que le indica que "deje de hablar del micrófono". Unos días después, la misma misteriosa voz llama de nuevo a Will y le hace saber que si quiere, le ayudará a desenterrar la trama que está empezando a conocer. Sydney vuelve a arriesgarse cuando en la siguiente misión abre un canal de comunicaciones adicional para hablar con la CIA y éste es detectado por Marshall, que informa a Dreyer y éste a Sloane, que ordena la detención inmediata de Sydney...

Sydney despierta en una sala de torturas y es sujeta a una serie de técnicas para hacer que confiese. Mientras tanto, Jack siembra algunas pistas falsas que implican a Russek y Sydney es liberada, aunque muy confusa y algo asustada ante la frialdad de su padre, que ha culpado y hecho ejecutar a un hombre inocente. La nueva misión de Sydney le lleva a Kenia para intentar confirmar si Hassan está realizando negocios con armas por la zona. Allí Syd descubre que Hassan se ha sometido a cirugía estética y ahora su nueva identidad es Nebseni Saad. Sloane manda a Jack a Cuba para asesinar a Hassan, dado que sospecha que quiere cambiarse de bando, pero la CIA ordena a Jack que extraiga a Hassan de Cuba y lo traiga para custiodarlo y obtener su lista de clientes. La cosa no sale como cabría esperar y Jack es hecho prisionero por Hassan. Will escucha la cinta que encontró y junto a un amigo suyo, consigue obtener una palabra del galimatías grabado en el cassette: SD-6. Su búsqueda le lleva hasta David McNeal, un matemático cumpliendo una condena por malversación de fondos. Will descubre que McNeal se declaró inocente en todo momento y que sólo admitió su culpabilidad tras el suicidio de su esposa. Intrigado, Will le visita en la cárcel, pero McNeil echa a Will, asustado al oír las siglas SD6. Sydney viaja a Cuba para rescatar a su padre. Hassan, para cerciorarse de que Jack ya no es leal al SD6, le pide como prueba que mate al agente del SD6 que han capturado. Naturalmente, habla de Sydney...

Como cabría esperar, Sydney se zafa de la amenaza y entre ella y su padre reducen a Hassan y llegan a un acuerdo: él fingirá su muerte y luego se entregará a la CIA para ser interrogado. De ese modo, el SD-6 cree que Hassan a muerto. Mientras, Vaughn informa a Sydney de que las extrañas anotaciones en los libros de su madre resultan ser caracteres cirílicos, órdenes y nombres de agentes de la CIA que debían de ser asesinados. Sydney se convence de que su padre era (y quizá aún sea) un doble agente del KGB infiltrado en los Estados Unidos aunque informar de tal hecho a sus superiores es algo para lo que no está preparada. Vaughn lo tiene mucho más claro e incluso graba su conversación con Sydney. Ésta se enfada cuando Vaughn le confiesa lo que ha hecho, a pesar de haber sido incapaz de entregar la cinta. Hassan confiesa poseer un silo en Creta donde se encuentra "el paquete", un dispositivo vital para la CIA (y el SD-6), y envían a Sydney para inspeccionarlo. Hassan demanda de la CIA que traigan a su mujer y a su hijo a suelo estadounidense para su propia protección, pero la agencia aún no quiere discutir tales hechos. La misión de Sydney se revela como una trampa y Hassan demanda un acuerdo por escrito sobre su familia para salvar la vida de Sydney. Weiss y Vaughn vuelan para conseguir que el director de la CIA firme el acuerdo. Tras el viaje, Sydney ha reflexionado y decide convocar una reunión de las altas esferas de la CIA para delatar a su padre. Sorprendentemente, su padre acude a la reunión y bajo la conformidad de todos los presentes, se dirige a Sydney para informarle de que si bien sus argumentos son válidos no lo son sus conclusiones. Jack le informa de la verdad, revelando un terrible secreto familiar.

Tras la revelación sobre su madre, Sydney acude al SD6 decidida a poner fin a la vida de intrigas y falsedades que tiene que aguantar día a día. Su padre acude tras ella para impedir tal hecho, que bien podría implicar que la sección de seguridad la "silenciara" para siempre. Pero el destino les tiene reservada una sorpresa; un antiguo agente del SD-6 llamado McKenas Cole irrumpe en las instalaciones y se hace con el control de la agencia. Afortunadamente, Sloane es capaz de iniciar el proceso de bloqueo del SD-6 antes de que Cole se haga con el control total. Ese bloqueo deja a Sydney y a Jack encerrados en el ascensor, por lo que huyen por los pasadizos secretos de la agencia para reagruparse y decidir el curso de sus acciones. Cole afirma trabajar para un nuevo grupo terrorista liderado por una persona conocida simplemente como "El Hombre". Su objetivo es abrir la cámara de seguridad del SD-6 y obtener un valioso objeto allí guardado. Sloane está dispuesto a sacrificarse para que el misterioso objeto no salga de la cámara, consciente, además, de que abrir la cámara bajo un procedimiento de cierre hará que las cargas de C4 instaladas en los bajos del edificio no deje piedra sobre piedra, sepultando al SD-6 y a todos sus integrantes de un plumazo. A través de las cámaras de seguridad, las cuales han pirateado Jack y Sydney, se enteran del plan. Mientras tanto, Will recibe una llamada de su confidente misterioso pero el periodista le informa de que no quiere continuar la historia sobre el misterio de las muertes de Daniel Hetche y Eloise Kurtz. Sin embargo, la voz no parece dispuesto a dejar que la historia sea enterrada y facilita información a Will. Además, aparece en la palestra la hija de David McNeal, que le suplica ayuda para desenterrar a los asesinos de su madre y limpiar el nombre de su padre. Finalmente Will accede a seguir con el caso. Tras la revelación sobre Laura Bristow, la CIA ordena a Vaughn que acuda a hablar con una terapeuta de la agencia y ésta le pregunta cómo concilia el hecho de ser el enlace de Sydney, la hija de la asesina de su propio padre. Vaughn insiste en que se encuentra perfectamente, pero Barnett le presiona, preguntándole si es cierto que le hizo un regalo a Syd por navidades y si considera apropiada la relación que tiene con su enlace. Sydney decide avanzar por los túneles de ventilación hacia el despacho de Marshall para obtener un objeto que les permitirá cambiar las claves de seguridad de la cámara, por si se diera el caso de que Sloane revelara la clave. Sin embargo, tras cambiar las claves, Cole oye a Syd avanzar por los tubos y comienzan a disparar para detener al intruso...

Jack actúa con celeridad y se entrega, salvando a Sydney, y haciendo creer a Cole que él era el intruso y que ese problema queda ya eliminado. Sydney vuelve al "centro de operaciones" improvisado y encuentra una nota de su padre con las localizaciones de los explosivos y las instrucciones para desactivarlos. Jack comprende que es cuestión de tiempo que Cole abra la cámara y no pueden permitir que el SD-6 desaparezca. Dixon consigue alcanzar una agenda electrónica y, en contra de las advertencias de Jack, envía un mensaje de socorro a la CIA (a la que cree que el SD-6 pertenece) para que monten un operativo de rescate y salven al SD-6. El agente de la CIA Haladki piensa que se trata de una trampa por parte de Sloane y rechaza tomar cualquier acción hasta contar con más pruebas. Vaughn obtiene las pruebas pero aun así Haladki rechaza tomar partido. De ese modo, arriesgándose a ser descubierto, se une a Sydney para desactivar los explosivos. En su camino se interpone Toni, una de las integrantes del equipo de Cole, que intenta reducir a los dos agentes. Al final la amordazan pero Toni les informa de que es una espía doble del MI5 británico en una misión encubierta para descubrir a "El Hombre" y que deberían trabajar juntos. Como prueba, dirá a Cole que hay un agente libre y no dos. Ni Syd ni Vaughn se lo creen y la dejan amordazada para proseguir la desactivación de explosivos. Weiss accede al registro de llamadas y descubre el ataque al SD-6, que considera suficientemente probado, y decide montar un equipo de asalto para impedir que los atacantes desconocidos puedan obtener lo que quiera que se encuentre en el interior de la cámara sellada de la agencia. Toni es liberada por uno de sus compañeros y, como dijo, informa de que hay un agente más deambulando por las galerías del SD-6. Cole conecta la megafonía e informa a la "querida persona" que si no se entrega, comenzará a ejecutar a todos los agentes uno por uno, comenzando por Jack. Sydney se entrega y es atada junto a sus compañeros. Afortunadamente, entre sus pertenencias se encuentra un pendiente explosivo cortesía de Marshall, que utiliza contra sus captores, permitiendo una vuelta de las tornas, y zafándose de ellos, no así de Cole que se encuentra en la cámara, a punto de abrirla. Will encuentra la cerradura de la llave que le facilitó la voz misteriosa. Es una taquilla que contiene un sobre con la autopsia de la mujer de McNeil, que sugiere una causa diferente a la apuntada en el juicio. Will le da el sobre a Kelly, pidiéndole que se lo entregue a su padre y advirtiéndola que se esconda, que desaparezca, por su propia seguridad. Sloane indica a Jack que si no desactivan el bloqueo, las cargas explotarán. Dado que Jack no sabe si Vaughn ha desactivado todos, intenta librar a Sloane de sus ataduras metálicas a la silla de tortura. Sloane comprende que tal cosa no es posible y que hay prisa de modo que ordena a Jack que le corte su dedo índice para desactivar el proceso. Jack lo consigue segundos antes de que la cámara sea abierta y Cole se hace con el preciado objeto: una pequeña caja metálica con el símbolo de Rambaldi en su tapa. Sydney intenta detener a Cole pero no lo consigue. Sin embargo, tras salir del edificio, Cole se enfrenta con el equipo de asalto de Weiss y Vaughn. Intenta huir pero en este caso Sydney logra detenerlo en un enfrentamiento cuerpo a cuerpo. Como resultado, la CIA se hace con la cajita mientras que Sloane y la Alianza piensan que Cole y "El Hombre" son poseedores de su contenido: un pequeño frasquito con un líquido en su interior. Vaughn convence a Sydney de que todo esto ha sido posible gracias a ella y que aunque esté tentada de abandonar el SD-6, desde que comenzaron a trabajar juntos han hecho grandes progresos, y todo gracias a su buen hacer. Sydney opta por no dejar la vida de espía y continuar con su labor.

Sloane se encuentra conmocionado por la pérdida de la caja, de modo que comienza a hacer pesquisas respecto al nuevo grupo misterioso y descubre que se va a producir un encuentro entre el Directorio K y ellos. De ese modo, Syd y Dixon viajan a Las Vegas para implantar un dispositivo de escucha en un agente del Directorio K y así poder averiguar el objeto de las conversaciones. En Las Vegas, Sydney ve a Charlie y a Francie entrando en una capilla y acude al rescate de su amiga, avisando a Charlie de que si no le confiesa a Francie su infidelidad, de la cual Sydney se ha enterado días antes, antes de la boda, ella lo hará. Finalmente la pareja no sólo no se casa, sino que Francie pone fin a la relación. McNeil informa a Will de que instaló un troyano en su programa a través del cual podría entrar cuando lo deseara, de modo que el periodista puede obtener una lista de las personas que han usado el programa y así iniciar una serie de pesquisas que le ayuden a continuar su investigación. Sloane envía a Dixon y a Sydney a Moscú, el lugar de encuentro que ambas agencias rivales han acordado para el intercambio. El jefe de la delegación de "El Hombre", un individuo llamado Sr. Sark ofrece comprar al Directorio K sus artefactos Rambaldi y cuando éstos se niegan, matan a su líder, dejando a su acompañante como nuevo jefe. Éste accede a la transacción, justo en el momento en que Sydney, suspendida de una cuerda para observarlo todo, se descuelga peligrosamente, quedando expuesta a las armas de ambos bandos...

A duras penas consigue Sydney zafarse del fuego enemigo y regresar a Los Ángeles, donde informa al SD6 y a la CIA de lo acontecido en Moscú. De vuelta en casa, Francie comparte confidencias con Sydney. Fran considera quitarse el anillo de prometida y llegan al acuerdo de que lo harán juntas, puesto que Syd aún lleva puesto el que le regaló Danny. Las cosas no pintan mucho mejor para Will, ya que su investigación está atrayendo la atención del SD-6 y Sloane comenta a Jack que desea que el periodista sea eliminado. Sydney y Dixon son enviados a Túnez donde han de recuperar el libro que Anna les robó en Aconcagua, antes de que le sea entregado a Sark. El SD-6 recibirá el libro y la CIA las fotografías que Sydney ha de hacerle antes de entregarlo. Will es secuestrado y llevado a un viejo almacén donde le advierten que abandone su investigación sobre el SD-6 o sus amigos y familia serán asesinados. El amenazador no es otro que Jack que intenta alejar a Will del SD-6 para proteger su vida. Asustado y consternado, Will informa a McNeil de que ha de dejar de seguir las pistas. Sydney acude a cenar a casa de Sloane. Todo es un plan urdido por la CIA para aprovechar la relación de Sydney con Emily Sloane y tratar de implantar un micrófono en casa del jefe del SD-6. Sydney es reticente a usar a una mujer en estado terminal a la que realmente considera su amiga para estos fines pero de nuevo comprende que todo esto será bueno a la larga y accede al plan. Pero la CIA quiere más. La página 47 del manuscrito de Rambaldi está en blanco por lo que la CIA quiere obtener la página verdadera para proceder a su estudio. Dado que la página está en casa de Sloane, Sydney ha de recuperarla durante la cena. No sin dificultades lo consigue y la CIA "revela" la página con el líquido que estaba en la misteriosa cajita de la cámara del SD-6. En ella se muestra una cara de una mujer: ¡¡la cara de Sydney!!.

Entra en juego el Departamento de Investigaciones Especiales (DIE), una sección secreta del gobierno encargada de la investigación de cuestiones...poco usuales. Naturalmente, el Manuscrito de Rambaldi les tiene ocupados y fascinados. Su principal pista es Sydney, de modo que la "invitan" a que colabore con ellos para descifrar el texto del libro, al que se refieren como "La Profecía". Tras someterse voluntariamente a gran cantidad de pruebas, finalmente Sydney decide no colaborar más con el DIE y se marcha. El SD-6 acude a la reunión de emergencia de la Alianza de los Doce donde expone que creen haber identificado al Hombre, cuya verdadera identidad es Alexander Khasinau, una persona con conexiones con la mafia rusa. Sloane hace todo lo posible para urdir una trama dentro de la Alianza que incline la balanza de los votos hacia la guerra directa contra el Hombre. Para ello pacta con el jefe del SD-9, Edward Poole, el cual le pide a Sloane que mate a John Briault, viejo amigo personal de Sloane y miembro de la Alianza, a cambio de su voto positivo. Pero, como siempre con esta gente, no todo es lo que parece. Mientras, Sydney y Vaughn han de viajar al Vaticano para obtener una clave para descifrar el código de Rambaldi, una especie de piedra Rosetta que les permita comenzar a traducir el libro. Lo consiguen, naturalmente, pero la traducción arrojada por el libro pone a Sydney en una complicada situación y es detenida por el DIE ¡basados en una profecía de hace siglos!.

Sydney se encuentra bajo la custodia del FBI. Éstos hacen a Sydney relatar sus conexiones con el SD-6, su vida como espía y sus últimos meses como doble agente. El interrogatorio se extiende durante muchas horas (¿días?) y Jack advierte a Vaughn de que si Sydney permanece mucho más tiempo detenida, su condición de agente doble podría ser revelada. Ambos acuerdan rescatarla y desafiar a la Profecía, para sembrar la duda razonable en el DIE de que Sydney no es la mujer de la que habla Rambaldi. Vaughn descubre que Haladki fue agente del FBI pero no sólo no obtiene ayuda por su parte sino que además éste informa del FBI de que puede que Vaughn y Weiss intenten rescatar a Sydney. Ésta escapa lanzándose con el coche a las aguas del Pacífico y respirando el aire de las ruedas. Un pensamiento cruza su cabeza, ¿no podría su madre, espía del KGB entrenada para arriesgadas misiones, haber sobrevivido haciendo lo mismo?.

Tras escapar del FBI y viajar a Italia para probar que la profecía de Rambaldi era errónea, Sydney regresa a Estados Unidos y se entrega. Allí su padre le informa de que la agencia dirige sus pesquisas a la búsqueda de su madre, Laura Bristow, ya que nunca se probó que muriera en el accidente de tráfico y que, de hecho, se cree que sigue viva. Sydney decide centrar sus esfuerzos en encontrar ella misma a su madre y solicita a Sloane un permiso especial, pero éste envía a Sydney a una misión relacionada con Khasinau. Sloane le dice que éste era el superior de su madre en el KGB y que por ello la misión está directamente relacionada con Irina Durevko, el verdadero nombre de Laura Bristow. La misión les lleva a Austria pero su contacto es asesinado y Sydney escapa gracias a Noah Hicks, un antiguo novio que también es agente del SD-6 y que fue asignado a una misión de larga duración fuera de Estados Unidos. Syd y Noah extraen el chip del difunto contacto y Noah, habiendo descubierto su condición de espía, consigue escapar de allí gracias a Dixon y Sydney. Días más tarde, ambos tienen que realizar una misión en Rusia, donde Sydney aprovecha para investigar más sobre su madre y confirmar parte de los datos de los que ya dispone. Allí, la vieja llama entre ambos agentes es puesta a prueba. Después de su misión, Sidney y Noah llegan a la casa de refugio y Noah le confiesa a Sidney que lo atrae. Acto seguido, Sidney se levanta y lo besa y hacen el amor. Mientras, Jack está furioso con Sloane por haberle ocultado el informe que recogía la creencia de que Laura seguía viva y decide ahogar sus penas en alcohol, a pesar de la oferta de Sydney para intentar hablar sobre sus sentimientos. La CIA ordena a Jack que vea a la Dra Barnett, pero este rechaza la orden, aunque más tarde se obliga a sí mismo a acudir a la terapia.

La CIA descubre que el Directorio K ha contratado a un mercenario, conocido como el Hombre de Nieve para asesinar a Kashinau ya que fue su mano derecha, Sark, el que mató al jefe del Directorio K. Noah propone a Sydney que ambos abandonen el SD-6 y huyan juntos gracias al dinero que secretamente ha ido guardando durante años. Aunque tentada, Sydney decide rechazar la oferta porque encontrar a su madre es ahora su prioridad. El chip recuperado por Syd y Noah resulta inservible para localizar a Kashinau pero contiene vídeos de Irina posteriores a su supuesta muerte en los que es interrogada por Kashinau y otro hombre sobre su misión en EEUU. En ellos cuenta como su misión era seducir a Jack y usarle para extraer información vital que luego pasaba al KGB. Cuando Jack ve el video, se ve visiblemente afectado por su contenido. El otro agente que interroga a Irina no es otro que Calder, el agente del FBI que teóricamente perseguía a Irina la noche en que su coche chocó. La CIA y el SD-6 siguen diferentes líneas de investigación para localizar a Kashinau. Sloane es reacio a dejar participar a Noah, en el cual no confía, pero al final Jack le convence. Sydney y Noah viajan a Ciudad del Cabo para mientras que Vaughn viaja a Bogotá. Noah y Sydney obtienen un disco duro con gran dificultad pero cuando vuelven a EEUU descubren que ha sido borrado de un modo automático. Noah propone de nuevo a Syd que huyan juntos pero de nuevo lo rechaza y poco después Syd oye que Noah ha sido transferido de nuevo a otro destino secreto. Marshall consigue recuperar parte del contenido del disco duro y la información en él contenida apunta a Mackay, en Australia. Allí, Sydney y Dixon tratan de adelantarse a Kashinau. La CIA descubre que el Hombre de Nieve también está en Mackay pero Vaughn no es capaz de avisar a Syd, la cual ha de luchar contra él y finalmente, descubre cuál es la verdadera identidad del mercenario, que no es otro que Noah.

Will recibe una llamada de su contacto misterioso que le da una nueva pista: la persona que le secuestró no es otro que Jack Bristow. Will decide enfrentarse a Jack, que niega los hechos aunque más tarde confiesa a Will que de hecho, él le dio el pendiente a Eloise Kurtz, aunque no la mató. A su vez, Jack le dice a Devlin que sospecha de Haladki y que cree que es él, el que está filtrando información. Will remite un sobre con un dossier sobre todo lo que sabe sobre el SD-6 a otra periodista de su diario, instándola a publicar el reportaje si a Will le sucede algo malo. Sydney sugiere a Vaughn que pongan una trampa a Kashinau a través de los inventos de Rambaldi, atrayéndole a un territorio donde puedan capturarle y de ese modo también conocer el paradero de Laura Bristow. Sin embargo, Sloane descubre este plan y sin saber que es una trampa, ordena a Dixon que sabotee el encuentro y obtenga el líquido de Rambaldi, que Sloane cree fue robado por Cole (La Caja, segunda parte). Emily, en la fase terminal de su enfermedad, recibe la visita de Sydney en el hospital y le confiesa que conoce todo lo relativo a su trabajo, a su marido y al SD-6. Sydney se asusta mucho al conocer las consecuencias de que un civil conozca la verdad sobre el SD-6. El Jefe de Seguridad de la Alianza informa a Sloane de que su mujer ha de ser asesinada pero Sloane se niega tajantemente. Sin embargo, un vídeo sobre la muerte de Briault deja a Sloane en muy mala posición y se ve obligado a claudicar.

Sark es capturado en medio del tiroteo entre el grupo de Kashinau (el Hombre), la CIA y el SD-6, pero Vaughn consigue esposar y capturar a Sark, el segundo al mando de Kashinau. Sin embargo, tras desobedecer a Weiss para proteger a Sydney, Sark escapa. Vaughn es gravemente abroncado por sus superiores y por el propio Weiss hasta el punto de preguntarse si sus sentimientos por Sydney han podido alterar su juicio en una situación de máxima concentración. Sark, sin embargo, no ha escapado sino que está bajo la custodia del SD-6. Sloane acude a una reunión de la Alianza, donde realiza todo lo posible por tratar de salvar la vida de su mujer. La Alianza le informa de que han descubierto el juego de Poole y las circunstancias que rodearon la muerte de Briault y que, dado que Emily morirá pronto, dejarán que su muerte sea algo natural. Sin embargo, poco después Sloane es informado de que el cáncer de su esposa está remitiendo. Dixon y Sydney han de viajar a París para tratar de recuperar el frasquito de líquido que Sark va a entregar a Kashinau además de robar algunas páginas del manuscrito de Rambaldi. Mientras, Will solicita una reunión con su informador a través de unas claves dadas por Jack. El encuentro tendrá lugar en París. La reunión es desastrosa y Will es capturado. No obstante, Sydney arriesga su personalidad oculta y libera a Will, el cual la descubre y grita alarmado ante esta sorpresa. Syd reprocha a su padre el involucrar a Will en este peligroso juego pero Jack cuenta Sydney las circunstancias que le llevaron a realizar este arriesgado encuentro. Will es llevado a un refugio de la CIA para su propia protección. A través de una sustancia introducida en la sangre de Sark gracias al vino que bebió con Sloane, un equipo del SD-6 le localiza y cuando se disponen a apresarlo, descubren un laboratorio donde Sark ha sido trasfundido, separándose del trazador que el SD-6 perseguía. Dixon comienza a sospechar que Sydney es una doble agente, tras recordar los acontecimientos de Argentina (Mea Culpa) y unirlos a la lesión que Sydney tiene en el hombro y que él mismo le hizo sin saberlo (La Solución).

El engaño de Jack le sale caro a Will, que es interrogado y torturado por Traje y Gafas a petición de Sark para sacar una información que Will no conoce. Desesperado, Sark llama Sydney y organiza un intercambio de su amigo por los objetos robados. Will es torturado, donde le quitan una muela y luego le inyectan suero de la verdad Se plantea así una carrera contrarreloj (el encuentro es en 24 horas) donde Sydney y Jack han de robar material de la CIA para poder realizar el intercambio. Dixon descubre a Sydney intentando entrar en una instalación de máxima seguridad de la agencia gubernamental y, aunque la deja escapar, confiesa que no sabe si informará de su actitud o no. A su vez, padre e hija han de trabajar a solas ya que Jack está seguro de que el topo de la CIA podría ponerlos en peligro. Sloane se ve en una disyuntiva: si asesina a su mujer, como demanda la Alianza, se convertirá en miembro de pleno derecho de esta nefaria organización. De este modo, Sloane organiza una romántica cena con Emily donde le cuenta toda la verdad sobre el SD-6 y toma una decisión final. La desaparición de Will hace que Abby entregue el sobre con el artículo sobre el SD-6 a Litvack, la editora del periódico, tal y como era deseo de Will. Litvack decide publicar la historia en portada. Jack captura a Haladki y tras interrogarle, éste admite que es el topo y que ha estado trabajando para Kashinau. Jack, furioso por la actitud de Haladki, que ha puesto conscientemente a Sydney en peligro, decide acabar drásticamente con el problema. Con los objetos en la mano y el plan trazado, Sydney y Jack están listos para volar a Taipei, pero se les une un nuevo aliado: Vaughn, que ha descubierto los planes de la pareja y quiere ayudarlos. El encuentro entre Sark y Jack tiene los resultados esperados y Will, visiblemente asustado y herido, es rescatado sin problemas. Syd y Vaughn se dirigen al laboratorio taiwanés para detonarlo y eliminar el artefacto Rambaldi que se está construyendo a partir del prototipo que Sydney tuvo que robar tiempo atrás (La Verdad sea Dicha). En su misión Sidney destruye el artefacto de rambaldi y este estalla lleno de agua.Sidney corre y ve a Vaughn y los dos juntos empiezan a correr mientras que la puerta se está cerrando.Sidney logra pasar la puerta y vaughn no y queda atrapado en un pasillo inundado con agua, mientras que Sydney es apresada al intentar salvar a su amigo. La agente Bristow despierta encadenada a una silla, en el mismo sitio donde fue interrogada hace un año, y frente a ella se encuentra Alexander Kashinau. Sydney habla con él, pero Kashinau le informa de que será ella la que deba responder a las preguntas que su jefe tiene que hacerle. Resulta que él no es el Hombre. El Hombre entra en la habitación y con una voz vagamente familiar se dirige a Sydney: "Llevo casi treinta años esperando este momento..." y Sydney responde: "¡¡¿MAMA?!!..."

Sydney Bristow contempla perpleja al misterioso hombre cuya identidad no es otra que Irina Derevko, la madre de Sydney que fue dada por muerta hace más de veinte años bajo el alias de Laura Bristow. Aún no recuperada de la sorpresa, Syd es disparada en el hombro por su madre. A pesar de ello, consigue escapar y contactar con su padre, el cual consigue extraerla de Taiwán. Junto a padre e hija se encuentra Will, que aún no puede comprender el tipo de vida que llevan las personas a las que cree conocer. Pero Will no tiene tiempo de reflexionar sobre esos temas debido a que se encuentra en peligro mortal; su investigación sobre el SD-6 ha salido a la luz y ahora Sloane no parará hasta asesinarle. Sin embargo, Jack argumenta ante Sloane que matar al periodista disparará las especulaciones y dará más credibilidad a su historia. Sloane concede y deja que Jack se encargue del problema. De este modo, Jack inyecta drogas a Will y le sitúa en un fumadero, asegurando su detención en una redada policial premeditada. Como consecuencia, Will es condenado a realizar trabajos sociales y comparece ante las cámaras para asegurar que la historia del SD-6 fue producto de su imaginación y las drogas. Sloane envía a Sydney a Francia, donde ha de pinchar un teléfono de un cercano colaborador de Khasinau. El micrófono ha sido modificado por Weiss para que la CIA decida lo que deja escuchar o no al SD-6. En Francia, descubre un laboratorio lleno de cuerpos con los que Khasinau está experimentando y entre ellos encuentra a un moribundo Vaughn, al cual consigue salvar y ambos escapan con vida del lugar. El pinchazo del teléfono cumple su fin y la CIA organiza una misión a Barcelona donde va a tener lugar un intercambio de unos documentos conocidos como "La Biblia" cuyo conocimiento por parte de la CIA podría ayudar mucho a poner fin al grupo liderado por Irina. Se produce un cruce de disparos y Weiss es herido gravemente en el cuello. Sydney queda a merced de Khasinau. Cuando este está a punto de matarla, Irina dispara a Khasinau salvando a Sydney, coge la Biblia y huye diciendo a su hija "La verdad lleva tiempo". Días después, Irina entra por su propio pie en el edificio central de la CIA y se entrega voluntariamente...

Irina Derevko es puesta bajo custodia de un cuerpo especial de agentes de la CIA y el FBI comandados por Kendall. Sydney Bristow se encuentra muy dolida por todo lo que su madre ha hecho mientras que Jack Bristow advierte a Kendall de lo peligrosa que puede ser Irina. Michael Vaughn es el encargado de interrogarla y se establece un duro juego psicológico entre ambos. Sin embargo, Irina da una serie de datos al agente para ayudar en la misión que se le ha encomendado a Sydney. La misión, ordenada por Arvin Sloane, es recuperar un disquete en el que Irina guardaba información confidencial destinada a chantajear a varias personas. La Alianza sabe que Khasinau está muerto y cree que Irina se esconde en algún lugar. Sydney no sigue las pautas que su madre dio a Vaughn por temor a que sea una trampa y por ello su contramisión fracasa y la CIA es incapaz de copiar el disco que sí obtiene el SD-6. Al no haber obtenido el disquete, Sydney se ve obligada a reunirse con su madre para obtener la información que en él estaba contenida y ésta le informa de cuál iba a ser su próximo movimiento: chantajear al inventor de una cámara por satélite capaz de atravesar las paredes y cuyo destinatario era el Pentágono. La CIA ordena a Sydney recuperar la cámara antes que el SD-6, cosa que consigue. Sloane mata al inventor cuando éste le informa de que le han robado el aparato. De vuelta en Los Ángeles, Will se ofrece como ayudante a Francie para su restaurante y ésta accede. Mientras, Sydney deja claro a Irina que su relación será meramente profesional y que para ella, su madre está muerta.

Syney continúa luchando contra la realidad y sus sentimientos debido a la cada vez más estrecha relación que tiene con su madre. La CIA quiere extraer toda la información posible de Irina y ésta deja claro que sólo hablará con su hija. Jack tampoco lo está pasando bien y reconoce ante Barnett que tiene miedo de perder a Sydney. Finalmente, Jack visita a Irina en su celda y de nuevo esta se hace con la ventaja de la conversación, sobre todo cuando pregunta a su todavía marido si ha sido totalmente sincero con Sydney respecto a lo que le hizo cuando ella desapareció. Mientras todo eso sucede, Sydney ha de pinchar la cámara de Onda-T (vista en Confía en Mí) para el SD-6 ya que la que robó se trataba sólo de un prototipo y la verdadera, cuyo control caerá sobre el Sr. Sark (ahora jefe del grupo de Irina y Khasinau), va a ser lanzada al espacio. Sark no sólo ha heredado el grupo de Irina sino también sus fines que no son otros que obtener los artefactos Rambaldi. Gracias a la cámara de onda T, Sark (y el SD-6) pueden rastrear el planeta entero en su búsqueda. Por ello, Sydney ha de viajar a una cueva siberiana donde se encuentra una caja de música cuya melodía lleva codificada la ecuación la energía de consumo 0. Sloane confronta sus propios miedos cuando recibe una llamada anónima desde un lugar al que él y Emily tenían planeado viajar antes de que esta falleciera. Por otro lado, Will es sometido a una hipnosis regresiva con la intención de extraer toda la información posible que pueda recordar sobre el cautiverio al que Sark le sometió. No es una experiencia agradable pero Will es capaz de recordar con claridad varios alias de colaboradores. Con la ayuda de Irina, la CIA obtiene los nombres reales de estos alias. Ésta es la segunda colaboración importante de Irina y aprovechando la coyuntura, le dice a Sydney que desea una oportunidad para explicarse. Sydney viaja a Siberia para obtener la caja de música. Con un dispositivo graba la melodía y tras eso arroja un líquido corrosivo que destruye la caja evitando así que pueda caer en manos de Sark o del SD-6. Cuando Dixon y ella se disponen a huir con las manos vacías, son atacados por un comando de Sark. Matan a dos de los ayudantes de SD6. Dixon alerta a Sidney y cuando ella decide salir de la caerna de hielo, Sark le apunta con una pistola. Ella le da la caja y luego le tira un picahielos en el pie. Sidney empieza a correr hacia la salida. Sark dispara en el piso y se abre. Sidney cae en el agua helada. Cuando intenta salir, el piso se cierra sobre ella.

Sloane está preocupado por la extraña llamada de teléfono que recibió hace poco de modo que ordena a Dixon que investigue todo el asunto. Sydney le comunica que Sark huyó con la caja de música aunque no le serviría de nada porque estaba absolutamente destruida. Poco después, Sloane informa de que han recuperado los restos de la caja en un refugio de Sark en el que también estaba un hombre moribundo debido a un suero que el propio Sark le inyectó. El hombre era uno de los lacayos de Irina y se encargó de ocultar la Biblia, el documento que Irina obtuvo en Barcelona (Entra el Enemigo), aunque confeccionó un mapa para llegar a ella. El mapa se encuentra en una biblioteca militar rusa y allí ha de viajar Sydney a recuperarlo. Jack continúa obsesionado con la relación de su hija con Irina y le advierte a Sydney que lo que ella busca es una madre, cosa que Irina no será nunca para ella. Más tarde, Sydney asegura que lo único que quiere de Irina es obtener la suficiente información para destruir al SD-6 y abandonar para siempre el mundo del espionaje. Sin embargo, Irina continúa con su cruzada emocional y le dice a Sydney que le dirá donde encontrar el mapa a cambio de sus pendientes. La investigación de Dixon arroja algunas pruebas preocupantes. El agente se presenta ante Sloane con un recibo del 'bed and breakfast' californiano desde donde se hizo la llamada y la firma de éste no es otra que la de Emily. Estas noticias no impiden que Sloane continúe con sus manipulaciones. El jefe del SD-6 ha infiltrado a una agente en el grupo de rehabilitación al que Will se ve obligado a asistir y ésta le anima a que continúe con sus pesquisas sobre el SD-6. Will rechaza de todo punto tal cosa y se adhiere a su falsa historia de las drogas. Tal decisión le salva la vida, dado que Sloane considera probada la buena voluntad de Will. Sydney se cruza con Sark en Moscú, ambos intentando recuperar el mapa. Sydney es la ganadora pero en su enfrentamiento, Sark le propone a Sydney que se una a él y que ambos lleven los mandos de su grupo. Ella rechaza la oferta y Sark huye dejándola atrapada ante varios guardas rusos. Sydney llama a la CIA y obliga a Vaughn a hablar con su madre para que le ayude a escapar. Irina lo hace, salvando de nuevo a su hija. Irina descifra el mapa que apunta a Madagascar. Antes de que la CIA monte la misión de recuperación, Jack se asegura de llenar el lugar de explosivos sin saber que serán Syd y Vaughn los encargados de recuperar la Biblia. Antes de entrar, Jack advierte al equipo de la existencia de explosivos (naturalmente, conocía su posición) y evita la muerte de los agentes. Irina es transferida bajo fuerte custodia, acusada de facilitar deliberadamente información falsa y poner en peligro a sus agentes. Sydney reconoce ante Jack que él tenía razón y que nunca debió confiar en su madre.

Sydney testifica ante un tribunal de la CIA para confirmar que su padre le salvó la vida frente a la trampa de Irina. Tras el juicio, hija y padre se reconcilian respecto a la cuestión de Irina. Mientras en Viena, el contacto austríaco del SD-6 es asesinado después de informar al SD-6 del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney ha de viajar a Budapest para fotografiar las armas y obtener sus características. Jack es ahora el nuevo superior de Sydney y no Vaughn, y le encarga su contramisión. Jack informa a su hija de que Irina se enfrenta a la pena de muerte. Vaughn sugiere a Sydney la posibilidad de que fuera Jack quien orquestara toda la cuestión de los explosivos, comentario que pone furiosa a Sydney. Sin embargo, Vaughn confirma sus sospechas cuando localiza a Souza, la persona a la que Jack encargó el tema de los explosivos. Sydney descubre con horror que las armas de nueva generación no son otra cosa que niños a los cuales se les programa mediante sofisticadas técnicas y se les entrena como agentes mortales, según Sloane, y que son localizados mediante pruebas de inteligencia por toda Europa. Jack y Sloane discuten sobre el problema de Emily. Sloane está convencido de que la firma de Emily es una falsa dado que él fue el encargado de envenenarla, como le confiesa a Jack. Cuando más tarde Sloane sale de la ducha descubre una copa de vino sobre el lavabo del baño. Un análisis de la copa indica la existencia de un antídoto al veneno que Sloane administró a Emily y que, además, también es capaz de simular la muerte de una persona. El profesor de los niños arma es identificado como un antiguo psicólogo del KGB que ahora reside en Buenos Aires por lo que Sydney ha de viajar a Argentina para interrogarle, a pesar de la reticencia de Jack. Una vez allí, Sydney es atacada por el psicólogo y éste muere en la pelea. Sobre la mesa encuentra unas pruebas de razonamiento espacial que consigue descifrar en pocos segundos. Preocupada por este hecho, Sydney decide someterse a hipnosis regresiva, obteniendo una horrible visión de su pasado...

Sydney y Jack han de viajar como padre e hija de clase alta para infiltrarse en un hospital donde Sark está realizando experimentos con un virus mortal, el mismo con el que el cartógrafo de Irina (Entrega) estaba infectado. Jack le explica a Sydney que nunca la condicionó a ser espía sino que usó el Proyecto Navidad para darle protección en caso de que su entorno se volviera peligroso aunque Sloane se le adelantó y la reclutó para el SD-6. Sydney no se cree nada de lo que le dice su padre y cuando Irina se declara culpable de los cargos que se le imputan, escribe una carta al director de la CIA en la que afirma que su padre ha engañado a la agencia. Su padre se entera de la carta y le advierte a Sydney de que la decisión de Irina está fríamente calculada para apelar a la buena voluntad de Sydney. Devlin hace llamar a Vaughn y éste le explica que las pruebas de inteligencia soviéticas son muy similares a las estadounidenses, quizá porque Irina las pasara al KGB, y que podrían existir agentes latentes entre los niños norteamericanos. Como las pruebas no son concluyentes, Vaughn contrata a Will para que investigue todo el asunto. En el hospital, Sydney extrae sangre a uno de los enfermos el cual en su delirio llama Irina a Sydney. Jack se encara con Sydney y le dice que su madre infectó a sus propios agentes con el suero viral para usarlos como cobayas, ¿qué clase de persona haría tal cosa?. En Los Ángeles, Sloane cree ver a Emily paseando por la calle pero la pierde de vista. Junto a Jack llega a la conclusión de que, o bien Emily está viva o alguien de la Alianza quiere hacerle creer tal cosa. Jack le dice que todo es producto de su propia imaginación por el estrés pero cuando Sloane desentierra el ataúd de su esposa, lo encuentra vacío. Sydney y Vaughn son puestos en cuarentena debido a que el extraño artefacto Rambaldi de Taiwán (Casi Treinta Años) es en realidad el origen del extraño virus. Sydney da negativo a las pruebas aunque los resultados de Vaughn son poco concluyentes. A pesar de todo, poco después se le da permiso para abandonar la cuarentena. Pero quizá ese permiso sea un poco prematuro... Sydney observa por las pantallas el juicio a su madre y, tras la presentación de su carta como prueba, el senador Douglas, juez del caso, decide condenar a Jack a prisión y a Irina a la pena de muerte. Sydney, desesperada, ataca al senador y con argumentos falsos le conmina a deshacer el veredicto. El arriesgado farol funciona.

Vaughn acude desesperado a la única persona que le puede ayudar: Irina. Ésta le dice que le ayudará a cambio de que le confiese sus verdaderos sentimientos respecto a Sydney. Sydney es la encargada de viajar a Estonia para buscar el antídoto, al enterarse de la enfermedad de Vaughn. Por otro lado, Sydney le habla a Will del Proyecto Navidad después de que éste le comente que las pruebas psicotécnicas de 1982 son imposibles de localizar, lo cual hace sospechar que el proyecto siga en pie de algún modo. Cuando Will se hace con un test de 1982 se da cuenta de que faltan ciertos tipos de preguntas, aunque más tarde descubre que las pruebas fechadas en 1982 son en realidad de 1983. Cuando localiza a un secretario del Ministerio de Educación para obtener una prueba de 1982, se da cuenta de que hasta las copias oficiales carecen de las preguntas clave que Will está buscando. Sydney se expone ante sus enemigos cuando hace saltar una alarma conscientemente para obtener el vial de antitoxina necesaria para Vaughn. Es apresada por Sark y éste decide perdonarle la vida si colabora con él para apresar a Sloane. Sydney acepta. Sloane se encuentra en una reunión de la Alianza en Tokyo, tal y como le informa su padre, de modo que Sydney se dirige hacia allá para asesinar a su jefe en el SD-6. Cuando Syd completa su misión Sark facilita el antídoto a Jack. Pero Sloane no está muerto! sino que se encuentra sano y salvo en el SD-6 cuando Sydney regresa y no sólo eso sino que Sark ha sido reclutado por Sloane para colaborar con ellos. Todo ha sido una trampa de Sark para colarse en el SD-6. Sydney, destrozada, acude a la CIA y habla con Vaughn, que acaba de confesar sus verdaderos sentimientos a Irina. Cuando Syd se marcha, Vaughn está a punto de comentarle algo, pero se lo piensa mejor y deja que la agente se marche.

La relación entre Sydney y Sark, ahora que éste es parte del SD-6 es tensa, pero ambos acuerdan que exponer la condición de traidora de Sydney les traería problemas a ambos. Irina, a su vez, asegura a su hija que nunca le dijo a Sark que era una doble agente. La tensión se palpa en el ambiente y los agentes del SD-6 no confían en Sark, a pesar de la aparente excelente relación entre Sloane y el nuevo recluta. Irina solicita que la liberen de su confinamiento para acompañar a Sydney a su nueva misión encargada por el SD-6 pero la CIA rechaza su petición tajantemente. La misión consiste en recuperar una serie de claves de un grupo terrorista. Sloane y Sark acuerdan no revelar el uso de los códigos a Jack, ante el temor de que pueda influir negativamente en la actitud de su hija. La misión es un éxito. Sloane recibe una misteriosa llamada donde se le chantajea: o entrega los números de cuentas del SD-6 o saldrán a la luz pruebas donde se le hace responsable de la muerte de Emily. Will informa a Vaughn de los progresos de su investigación, pero es informado de que abandone la investigación a petición del director de la CIA ya que podría sacar a la luz ciertos elementos secretos sobre los que la CIA no quiere dar muchas explicaciones. Sin embargo, prosigue en privado su investigación y obtiene una lista con los mejores resultados para aquellos tests y se la facilita a Vaughn. En la CIA descubren que los códigos secretos que recuperó Sydney están relacionados con la secuencia de lanzamiento de seis cabezas nucleares y que Sark los ha enviado secretamente a otro grupo terrorista desconocido, cuya localización descubren que está en Cachemira. Sydney decide que su compañera en esta misión debe de ser su propia madre y la CIA autoriza tal plan, pero Jack decide unirse al equipo también para vigilar a Irina, a la cual pone un collar con explosivos que no vacilará en detonar si trata de escapar. La familia de espías unida... Tras un largo periplo hasta llegar a la India, la familia Bristow caen en una emboscada por parte de los terroristas a los que persiguen, pero logran zafarse gracias a la estrecha colaboración entre los tres. Perdidos en medio de la India, deciden ponerse en camino hasta llegar a un refugio de la CIA...

Los Bristow consiguen llegar hasta el pequeño pueblo donde se encuentra el contacto de Jack. Allí pueden hablar con la CIA pero ésta no va a mandar ningún equipo de rescate puesto que eso podría alertar a los pakistaníes. La CIA les encarga recuperar las cabezas nucleares, que están listas para su pronta detonación. Irina tiene un plan para infiltrarse en la base, aunque Jack no confía en ella. No obstante, tras salvarle la vida en una emboscada, Irina demuestra de nuevo que no va a traicionarles. Sloane recibe una misteriosa llamada donde le informan de que si no paga una enorme cantidad, harán saber a la Alianza que su mujer sigue viva. Sloane decide ir a hablar con la Alianza y les sugiere cooperar para poder atrapar así al chantajista. De ese modo, marcan los billetes con un trazador y efectúan la entrega pero a los pocos segundos de separarse del dinero, el trazador deja de ser efectivo: los chantajistas han huido con el dinero. En Pakistán, Irina sugiere una línea de acción que la separaría del grupo. Los tres acceden y cuando Jack y Sydney entran en el laboratorio, las armas han desaparecido e Irina aparece, junto a Cuvee, al jefe de los terroristas, y encarcela a Jack y Syd. Cuvee revela que fue él quien dio la misión a Irina para que se casara con un oficial de la CIA. Cuando sale de la habitación, Irina les dice que está actuando, les da las llaves de sus esposas y se marcha. Kendall les ordena que abandonen el laboratorio debido al inminente ataque indio. Vaughn aparece con un helicóptero segundos antes del ataque aéreo y puede extraerlos a los tres. En los Ángeles, Irina le cuenta a su hija que el disparo que le dio en Taipéi fue debido sólo a que Khasinau estaba escuchando la conversación y que de ello dependía de si seguía confiando en ella o no. Sydney decide creerla. Cuando vuelve a su celda, Irina se encuentra con una agradable sorpresa: una almohada y sábanas, como recompensa por su colaboración en la misión.

Sydney le cuenta Will que Devlin estaría dispuesto a dejarle continuar su investigación si pasara una prueba de evaluación psicológica. Irina intenta explicarle a Syd por qué trabajó con la KGB y que se considera una idiota por haber abandonado a su hija. Sloane amenaza a Sark con la tortura, inquiriendo sobre su lealtad después de la misión fracasada en Cachemira. Sark declara su lealtad a Sloane y sugiere que el escape de información pudiera haber venido de dentro del SD-6. Sloane organiza una misión para Sydney y Sark. Han de recuperar el sistema del satélite Echelon de la Agencia de Seguridad Nacional, que filtra transmisiones e indica amenazas a la seguridad nacional. Sark informa que el grupo de Cuvee está en la posesión de un terminal de acceso al satélite y lo está transportando desde su posición parisina mediante un transporte terrestre armado. Su misión es robar el terminal y devolverlo al SD-6. En la CIA, Vaughn da la contramisión a Syd: le entregan un programa que debe cargar al terminal de modo que cuando el SD-6 lo encienda, éste será borrado. Vaughn dice que el padre de Alice ha muerto y Syd le muestra sus condolencias. Mientras tanto, Jack le dice a Irina que cree que ella y Sark están todavía trabajando juntos y le ofrece un trato: trasladarla a una casa privada bajo estrecha vigilancia a cambio de una explicación de por qué ella se entregó. En París, Sydney y Sark van tras su objetivo, un camión cauteloso, pero esto resulta ser un señuelo de modo que Sydney tiene que perseguir a un hombre que sale de otro vehículo con un maletín que contiene el terminal. Mientras tanto, Sloane presenta a Jack a Ariana Kane, la jefa de contraespionaje de la Alianza que está investigando la reaparición misteriosa de Emily. Más tarde, Kane interroga a Jack, que explica que fue Sloane quien reclutó Syd sin su conocimiento para asegurar su lealtad. Will se somete a las pruebas psicológicas y tras eso va con Syd a un bar donde coinciden con Vaughn y Alice. Se presentan entre ellos, creándose una situación embarazosa. En el SD-6, Sloane dice que el disco duro de la terminal de grado del equipo se ha borrado y que necesitan un software especial para duplicar su programación y que está almacenado en un servidor seguro en Londres, para lo cual envía a Syd. Marshall dice que el servidor puede descubrir cualquier intrusión electrónica por lo que debe de hackearse a mano mediante un algoritmo polimorfo y eso es algo que sólo él puede hacer. Marshall, nervioso, acepta su misión. Vaughn comunica a Sydney su contramisión: Marshall debe ser tomado en detención preventiva dado que él tiene una memoria fotográfica y recordará los archivos de sistema aunque sean suprimidos. Sydney le advierte que el SD-6 es la vida de Marshall y que le resultaría complicado aceptar la verdad. En Londres, Sydney y Marshall llegan al Royal Albert Hall y se sientan detrás de Thatcher Powell, el jefe de seguridad de Cuvee, que es la única persona con el acceso al servidor seguro. Le roban la llave de acceso y entran al servidor. Recuperan el software y devuelven la llave antes de que Powell se despierte. Sin embargo son observados por un hombre misterioso en una silla de ruedas. Cuando vuelven de su misión, Marshall es interceptado como se esperaba, ¡pero no por la CIA! En SD-6, Ariana insiste a Sloane en que Jack es el sospechoso principal dado que no teme a Sloane y porque oculta algo. Cuando Jack visita Irina, ésta le dice que no tiene nada para confesar y que se entregó sólo para compensar sus errores. Y le dice que permitirá a Jack hablar con ella también, además de Sydney. Marshall, aterrorizado, ha sido apresado por Traje y Gafas.

Traje y Gafas exige los códigos del satélite Echelon a Marshall, el cual se ofrece a colaborar cuando es amenazado con horribles torturas. Cuando Marshall no aparece, la CIA descubre que ha sido secuestrado por Cuvee y sus secuaces y Sydney decide ir a rescatarle. Antes del secuestro, Marshall envió los códigos Echelon mediante paquetes cifrados a través de todo el mundo, algunos de los cuales han quedado retenidos en un servidor vietnamita, de modo que Sydney y Dixon han de viajar allí para recuperarlos y poder obtener la información completa. El problema es doble dado que han de destruir la copia de Cuvee para que éste no pueda acceder al satélite. Irina comenta que se puede hacer con facilidad pero necesitará acceso total al Echelon, a lo que Kendall se niega pero cuando comienzan las dificultades informáticas, cambian de opinión e Irina realiza su tarea como prometió, impidiendo al SD-6 hacerse con el Echelon. Sydney y Dixon se las arreglan para liberar a Marshall después de que éste lanzara un aviso al servidor del SD-6, saltando el cortafuegos de Traje y Gafas, dando su localización precisa. Entra Ariana Kane en juego. Kane es una especialista de la Alianza, destinada al SD-6 para tratar de aclarar la "muerte" de Emily y quién puede estar detrás de todo. Kane está convencida de que Jack es el responsable de todo el problema, pero éste habla con Sloane en su casa y le asegura que Kane sólo está intentando inculparle, puesto que él no ha hecho nada. Sin embargo, Sloane informa a Kane de los movimientos de Jack cuándo éste deja su casa. Vaughn ofrece a Will un trabajo como investigador independiente para cubrir cuestiones menores, que él no puede atender, y su tapadera será una revista de viajes. Will acepta, aún sabiendo lo raro que se hará trabajar con él.

Kane ordena la búsqueda de Jack, que ahora es fugitivo de la Alianza. Acorralado en un cine, Sydney le salva y Jack le explica su complicada situación. Sloane le explica mediante un mensaje cifrado todo lo concerniente al dispositivo implantado por la Alianza y que ese era el único motivo por el que le delató a Ariana Kane. Sloane le explica cómo mató a Jacques Breo y que puede que sea alguien relacionado con él el que esté detrás de todo este asunto. Jack está desesperado y solicita ayuda a Irina, la cual sugiere que comience por investigar el entorno de Breo. Para empeorar aún más las cosas, Kane informa a Sloane de que Sydney puede ser una doble agente. Las sospechas de Kane se confirman cuando observa a Sydney hablando con un personas ajena al SD-6 en una misión secreta. Esa persona no es otra que Vaughn, el cual ha pedido a Sydney que cene con él en Francia. Dos agentes de la Alianza entran en el restaurante donde están cenando aunque pueden escapar. En la calle, Vaughn mata a los dos agentes y sugiere a Syd que entregue el material original que ha obtenido en Francia al SD-6 para no levantar más sospechas. Irina y Jack continúan su investigación que les lleva hasta un hotel de Perú, del cual Jack obtiene las cintas de seguridad del hotel y en ellas ve claramente a Kane y a Breo juntos. Sucesivas pistas involucran a Kane en el robo de los bonos de la Alianza. De ese modo, se dirige al SD-6 donde es apresado por los agentes de Kane, pero en el último segundo llega Sloane, que lo libera y pone a Kane bajo custodia. Tras resolver el tema de Kane, Sloane acude a una pequeña tienda de electrónica donde habla con un hombre que ha replicado el dispositivo de la Alianza pero lo ha puesto en un anillo. Sloane toma el anillo y mata al hombre. Poco después, en una remota playa de Filipinas, Sloane llama a la puerta de una pequeña casa y ¡Emily abre la puerta!. "Soy libre, cariño", le dice Sloane y ambos se abrazan, evidenciando el dedo que a Emily le falta en una mano.

La CIA se entera de la desaparición de Sloane e informa de que la Alianza ha enviado un nuevo director provisional al SD-6 llamado Anthony Geiger. La nueva misión de Sydney y Jack es acercarse a Geiger, ahora que Jack ya no es "amigo" del director. Incluso Sark está preocupado por el nuevo director e informa Sydney de que ha estado curioseando en el servidor 47, un servidor secreto de la Alianza. Sydney se da cuenta enseguida de que este servidor puede ser el tendón de Aquiles de la Alianza así que informa a la CIA de la existencia del mismo. Vaughn localiza el servidor en un Boeing 747 que está constantemente volando y que sólo aterriza para repostar y proveer de víveres y "diversiones" al encargado del servidor. La misión de Sydney será infiltrarse como una de las diversiones y una vez allí acceder al servidor y descargar su información. La misión es un éxito y Sydney obtiene los ficheros, destruyendo el avión y escapando mediante un paracaídas. Cuestiones personales. Vaughn le dice a Sydney que no puede seguir viviendo de este modo, que no puede dormir cuando ella está en una misión y que le resulta imposible continuar con la idea de que las personas que los juntaron (el SD-6, la Alianza y Sloane) son las mismas que los matarían si se enteraran de que trabajan codo con codo. Por otro lado, Will le dice a Francie que no va a seguir trabajando de camarero dado que tiene un trabajo de periodista. Francie se alegra mucho por él y acaban besándose. Geiger descubre que Sloane sospechaba que Jack y Sydney eran agentes dobles y aprovecha el hecho de que Jack está en el SD-6 para confirmar los datos del servidor 47 para detenerle. Jack es capaz de avisar a Sydney, la cual se pone muy nerviosa al saber que su padre podría morir a manos de Geiger en las próximas horas. La CIA descarta un ataque al SD-6 hasta que los datos no se confirmen pero Sydney no puede entrar al SD-6 sin ser apresada así que decide confiar en el único agente del SD-6 en el que puede hacerlo: Dixon. Cuando le revela toda la verdad, Dixon se queda perplejo y absolutamente boquiabierto. Sydney le dice que hay que actuar rápidamente y que si es capaz de verificar los datos, él mismo será capaz de ver que todo lo que le cuenta es cierto. Sydney, viendo lo que se avecina, avisa a Will para que se vaya de la ciudad con Francie y ponerse a salvo hasta que todo pase. Dixon contacta con la CIA mediante correo electrónico: ha confirmado la información del servidor 47, la CIA tiene a la Alianza en la palma de su mano. Inmediatamente, Kendall organiza un comando de ataque al SD-6 y desde el centro de operaciones conjuntas coordinan el ataque al resto de los SD repartidos por el mundo gracias a los ficheros de Sloane. Vaughn, Weiss y Sydney estarán en el comando que ataque al SD-6. Su misión será neutralizar dicha célula y rescatar a Jack. Ambas tienen éxito, el SD-6 cae y Sydney salva a su padre, matando a Geiger en el proceso. Segundos después del ataque, y libres ya de ataduras, Sydney y Vaughn se besan. En una habitación, Sark está hablando con el propio Sloane, informándole de todo lo sucedido y de que "la misión ha sido un éxito". Sloane parece complacido y le comunica de que se alegra de que la fase uno del plan esté completada, que ya pueden pasar a la fase dos. Ordena además a Sark que compruebe si su nuevo aliado está en posición. Sark marca el teléfono de su otro aliado. La persona que descuelga es Francie, o alguien que se parece a ella, puesto que su lado yace con un tiro en la frente el cadáver de la verdadera Francie.

En Berlín, dos agentes de la CIA están haciendo planes para cuando finalice su misión. Cuando él se va a la ducha, ella escribe un correo electrónico donde dice que cancelen la misión, pero Lennox, su compañero, le golpea antes de que pueda acabar de redactarlo. Lennox llama a Sloane y éste le dice que ponga en marcha el plan. Poco después, Wallace, la compañera de Lennox aparece atada con C4 en una céntrica calle berlinesa, que más tarde explota, para el horror de la CIA, que trata de evitar la explosión mediante un enlace por satélite con la policía alemana. Kendall explica a sus hombres que la misión de Wallace era infiltrarse en el círculo del Dr Markovic, el cual estaba desarrollando algo llamado Proyecto Hélice. La CIA cree que Lennox está atrapado en el centro de investigación, situado en el Caribe, o quizá muerto. Sydney ha de viajar con Vaughn para rescatar a Lennox y obtener los datos de la investigación. Ambos rescatan a Lennox y lo devuelven a Los Ángeles para interrogarlo. El agente cuenta como fue atrapado en el momento en que iba a pasarle la información a Wallace y queda devastado al saber que su prometida está muerta. Sydney se compadece por él, debido a que ella le pasó algo parecido con Danny, y cuando va a verla, él la besa aunque se arrepiente al momento. Dos agentes federales aparecen en el refugio para detener a Lennox y aunque éste se defiende, Sydney le convence para que se entregue, que no tenga nada que temer. Jack informa de que el Proyecto Hélice consiste en la creación de copias exactas de otras personas a partir de su ADN y que Lennox podría ser el propio Dr. Markovic. La única manera de saber si alguien es verdaderamente quien dice ser es a través de un barrido del fondo de ojo. Para Sydney está claro que el Lennox que tienen es el verdadero, cosa que se confirma, y ambos agentes son enviados a Polonia para recuperar todo el aparataje del Proyecto Hélice. Lennox descubre que él no ha sido el primero en ser copiado sino que hay otra copia por ahí, aunque no puede saber quien es. Vaughn recibe una llamada de una persona que dice ser el verdadero Lennox, afirmando que el tema del barrido ocular es falso y que detengan al Lennox que está junto a Sydney. El Lennox del teléfono afirma dirigirse hacia allí para destruir el laboratorio. Ambos Lennox confluyen en la zona de los laboratorios y se produce un momento de duda. El Lennox verdadero mata al falso y Sydney vuela el complejo. De vuelta en Los Ángeles, Vaughn y Sydney charlan en la cama sobre la misión, datos secretos y comprometedores, sin saber que la otra doble, Francie, les está observando a través de una cámara que ha ocultado en la televisión de la habitación de Sydney.

Sydney informa a Vaughn de que ha terminado sus estudios de prosgrado y de que en ese día se gradúa e incluso está pensando en dejar la CIA. Sin embargo, Kendall le presiona para que no se vaya, informándole de que como civil no podría ver a su madre, aunque Irina le dice que si se queda en la CIA, no permitirá que su hija pueda verla más. En el día de su graduación, Sloane llama a Sydney y le dice que conocía su situación de doble agente, pero no reveló nada porque le resultaba beneficioso para su plan de escapar de la Alianza. Así mismo, le informa de que si intenta involucrarse en sus planes, él misno se encargará de hacerle la vida imposible. Pero Sydney no se deja amedrentar y Kendall le informa de que Sloane ha secuestrado a un matemático cuyas teorías podrían servirle para crear un arma a partir de los artefactos de Rambaldi. Caplan, que así se llama el matemático, no tiene otro remedio que ayudar a Sloane puesto que éste ha secuestrado a su mujer y a su hijo. Lo que Caplan no sabe es que la CIA ha liberado a su familia y se encuentran sanos y salvos. Mientras que Marshall se ajusta perfectamente a su vida como, ahora sí, agente de la CIA, Dixon aún está muy molesto y confuso por haber descubierto la verdad sobre el SD-6. El agente intenta apoyarse en su mujer, revelando cuál ha sido su vida hasta ahora y Diane le dice que si considera unirse a la CIA, como Sydney le ha propuesto, le dejará al no poder soportar la presión. Las investigaciones de Marshall llevan a Sydney y Vaughn a un banco en Zúrich, donde se encuentran con Sloane, que ha alterado su cara con maquillaje y prótesis para que el sistema de reconocimiento visual no le pueda identificar como Sloane, ahora en todas las listas de la Interpol. Aunque consiguen acorralarle, Sloane amenaza con volar el edificio entero si no le dejan salir sano y salvo. La CIA le deja libre, por lo que Sloane le da las llaves del coche a Sydney y le dice que ella será su chófer en la huida.

Sloane consigue escapar saltando del coche en una persecución donde le asisten sus subordinados. Sydney y Kendall discuten sus frustraciones por lo escurridizo que es Sloane. La casualidad hace a Vaughn descubrir un micrófono en el apartamento de Sydney y Marshall lo identifica como suyo propio, ya que él mismo lo fabricó cuando trabajaba en el SD-6. Ahora el pequeño genio tendrá que desmontarlo para tratar de averiguar quién lo implantó allí, hacia donde transmitía y qué conversaciones había grabado. Francie informa a Sark de que han descubierto los micrófonos así que le aconsejan que encuentre rápidamente un chivo expiatorio. Francie asesina al fontanero y dispone una serie de pruebas que le incriminan, dando carpetazo al tema. Sloane intenta obtener un aliado en Afganistán, para conseguir una serie de materiales que sólo él puede entregarle. La CIA descubre esta reunión y parece que sólo Dixon puede encargarse de este tema, debido a alguna misión suya en el pasado de modo que Kendall ordena a Syd que convenza a Dixon para que se una a la CIA, pero de nuevo rechaza la proposición. Will, que estaba investigando a Kabir, el potencial aliado de Sloane, recomienda que contacten con su ex mujer, la cual puede ofrecerles información sensible para llegar a él y usarla para que colabore con la CIA. La casualidad hace que Sark se dirija al mismo lugar, con la intención de asesinar a la ex esposa de Kabir con el arma Rambaldi que acaban de construir. Syd y Kazabi, la ex mujer, huyen del lugar justo cuando Sark hace uso del arma. Aunque no ocurre nada en un principio, de repente las personas ¡¡comienzan a arder espontáneamente!! resultando todas muertas. Kazabi, al ser convencida de que su ex marido está por medio, decide colaborar. Los vídeos de las muertes son suficientes para que Sloane cuente con un nuevo aliado mientras que la CIA tome con preocupación esta nueva arma. De ese modo Sydney viaja con un traje especial que la protege, a la base de Kabir para desmantelar esta nueva arma. Sydney es apresada pero la CIA decide no montar un equipo de rescate, de modo que Vaughn solicita ayuda a Dixon. Éste decide ayudar y consiguen salvar a Sydney, aunque tienen que matar a Kabir. Aparentemente, la pérdida del arma es un revés para Sloane pero éste mira la pieza de artesanía que Kabir le entregó a cambio del arma y la rompe, extrayendo de ella el trozo de página del manuscrito de Rambaldi que le faltaba.

Cuando el grupo de Sloane roba a Karpachev, un traficante de armas ruso, la llave de una cámara acorazada con la intención de robar algunas páginas del manuscrito Rambaldi, Irina, que era una de sus socios, sugiere a la CIA una reunión entre ella y Karpachev para obtener el manuscrito, puesto que éste no está en la cámara acorazada. El plan de Irina tiene una doble finalidad: si Sloane se entera de que ha reaparecido, querrá reunirse con ella y podrán apresarlo, lo cual precipitará la salida de Sydney de la CIA. Este argumento en particular convence a Jack, el cual apoya el plan de Irina, a pesar de las reticencias de Kendall. La promesa de escoltarla él mismo disipa algo las dudas de Kendall. Además, le implantan un localizador para tenerla controlada en todo momento. Mientras tanto, Sydney es reclamada por un investigador de la CIA, que está detrás de Vaughn por algunos contactos que ha tenido con un antiguo agente del KGB. Sydney se niega en redondo, pero más tarde la convencen y descubre algunos documentos en el portafolio de Vaughn que parecen confirmar las tesis de la CIA. Finalmente localiza a Vaughn en un bar donde se enfrenta a él. Vaughn le dice que desde que Irina apareció en el mapa, ha estado siguiendo algunas pistas, tratando de averiguar si era trigo limpio. Al final concluye que no hay nada que diga que Irina tiene dobles intenciones respecto a su entrega a la CIA. Sloane se entera de la aparición de Irina y pide un encuentro con ella por lo que la CIA envía a Irina, Jack y todo el comando delta a Panamá, donde tendrá lugar el encuentro. La noche anterior, Jack e Irina tienen una conversación muy personal (todo el encuentro lo es) y ella le convence para que le retire el dispositivo de seguimiento del hombro y ambos se besan. Al día siguiente se encuentran con Sark, que hace entrar a Irina a la limusina. En ese momento la CIA pierde contacto con Irina debido al uso que Francie hace de información confidencial extraída de Will gracias la hipnosis. Se produce una persecución para recuperar a Irina pero ésta es infructuosa: Irina ha escapado de la CIA. Cuando Irina y Sloane se ve, ella le dice "Gracias por liberarme".

Jack informa a Sydney del escape de su madre y esta acude a la celda de Irina donde encuentra sus pendientes. A pesar del odio que siente hacia esa mujer, como le reconoce a Dixon, decide guardar los pendientes. Para empeorar las cosas, la CIA declara abiertamente que Vaughn se encuentra bajo investigación oficial. Kendall y Jack tienen una agria discusión cuando la CIA asciende a Jack a director del Centro de Operaciones Conjuntas. Su nueva misión es la localización y captura de Irina y Sloane. Para ello, usarán un localizador que Jack inyectó secretamente en Irina y cuya activación tendrá lugar en 12 horas. De nuevo en libertad, Irina y Sloane viajan en un avión privado donde están realizando sus planes. Aunque Sloane trata de sacar a relucir cuestiones personales, Irina le advierte de que no hable de su amor por Sydney delante de ella. El avión se dirige a la Toscana italiana, donde Sloane quiere fijar su residencia junto a Emily. Vaughn ha sido degradado y restringido en sus tareas, aunque sigue formando parte de Operaciones Conjuntas. Le aconseja a Vaughn que pida un traslado puesto que no cree saludable para ella que su misión actual sea perseguir a su madre para apresarla. Sydney le asegura que está más que preparada incluso para dispar a Irina si fuese necesario. En Stuttgart, donde Irina y Sark viajan para acceder a una serie de datos genéricos, se activa el trazador y Sark detecta presencia de la CIA por lo que deciden abandonar el edificio. Sark y Vaughn se enfrentan en un tiroteo y Vaughn es alcanzado, aunque afortunadamente viste un chaleco antibalas. Irina se hace perseguir por Sydney y Vaughn, con la única intención de sacarles del edificio y salvarles de la explosión del mismo. La CIA cree que la obtención de la base genética tiene como objetivo el desarrollo de armas dirigidas específicamente a ciertos sujetos. En la Toscana, Sloane hace llamar a Emily y esta queda boquiabierta al ver a Irina, a la que creía muerta desde hace años. Emily está confusa y muy enfadada con su marido, al que acusa de seguir jugando con la verdad pero Sloane dice que todo lo hace por ella, que con lo que está descubriendo podrá salvarla del cáncer para siempre. Poco después, Emily acude al consulado estadounidense en la Toscana y a través de él contacta con Sydney. Emily ofrece entregar a su marido si a cambio no es condenado a la pena de muerte. La CIA acepta el trato. Lo que Emily no sabe es que Sloane ha ofrecido a Irina la venta de todos sus artefactos Rambaldi y que está dispuesto a abandonar su vida por su mujer. Acuerdan un encuentro en su casa. El asalto a la villa es inminente, toda la CIA, incluyendo Sydney, Vaughn y Dixon, están en posición para atrapar a Sloane. Sin embargo, Emily se arrepiente de lo hecho y en la intimidad, con su marido, se desabrocha la camisa mostrando el micrófono oculto. Sloane decide escapar, ofreciendo a Emily que huya con él, y el matrimonio junto a Irina huyen a través de un conducto subterráneo, aunque Sydney les pisa los talones. Sydney cumple su amenaza y dispara a su madre en el brazo cuando esta escapa a través de una escalera, aunque Irina es capaz de huir de la CIA. Dixon, mientras, apunta con un rifle a Emily y Sloane y cuando tiene a Sloane en el punto de mira dispara, aunque acierta en Emily. Irina tira de Sloane que no quiere separarse de su mujer y ambos huyen en un helicóptero. Tanto la CIA como Sloane están destrozados por el resultado del asalto, especialmente Sydney. De vuelta en su casa, ella y Vaughn están en el dormitorio cuando los pendientes de Irina comienzan a emitir un sonido rítmico que ambos reconocen como morse. El mensaje dice "La verdad lleva tiempo".

Caplan, aún en poder de Sloane, continúa desarrollando modelos matemáticos así como resolviendo las misiones que le encargan. La que lleva el grupo de Sloane es Irina, dado que este no desea continuar con su gesta Rambaldi, sólo descubrir quién ha matado a su mujer. La CIA no tiene ninguna pista para localizar a Caplan y su esposa se enfrenta a Sydney, diciendo que no están haciendo todo lo que deberían. Sydney intenta encontrar varias pistas más y termina descubriendo que Elsa Caplan es en realidad una agente rusa cuya misión fue seducir y casarse con Caplan para extraer información. Elsa asegura que quiere a su marido y que hará todo lo posible por encontrarlo. Además, Elsa les dice que sus jefes han activado una píldora mortal que ella implantó a su marido y que si no es desactivada, en 42 horas morirá. Jack no cree ni una sola palabra, puesto la historia de Caplan y su esposa le recuerda mucho a la suya con Laura/Irina, pero Sydney cree que los sentimientos de Elsa son verdaderos y acuerda secretamente con ella la obtención de un dispositivo que permitiría encontrar a Caplan, siempre que pudiera ser activado por el código secreto que sólo Elsa conoce. Como la CIA la tiene prisionera, Elsa le da el código a Syd y ésta en secreto viaja para obtener el dispositivo. Sloane salva a Irina de un ataque de Caplan y poco después contacta con Francie para hacerle obtener una serie de informaciones importantes para él. Se trata de la obtención de una foto por satélite del ataque a su villa de Toscana, para averiguar quién apretó el gatillo. Francie lo hace a través de Will, el cual no sabe que su teléfono móvil tiene un dispositivo que permite a Francie entrar en los servidores de la CIA. De este modo, Fran obtiene la información pero el registro queda a nombre del ordenador de Will. Sydney y Vaughn se encuentran en Soria, donde Sloane tiene apresado a Caplan. Vaughn va tras Sark, pero éste escapa de nuevo, mientras Sydney extrae la píldora del cuerpo del matemático. De regreso, Jack concede el estado oficial de "desertora" a Elsa, dado que sus accciones le han convencido, y el matrimonio Caplan pueden salir por su propio pie de la CIA. Marshall detecta la obtención de la foto de la Toscana, aunque por ahora no puede determinar desde donde se ha hecho pero sí que la descarga se realizó desde Operaciones Conjuntas. Fuera del trabajo, Syd, Vaughn y el matrimonio Dixon cenan tranquilamente. Diane se disculpa con Sydney por haberla tratado mal tras enterarse de su filiación a la CIA. Finalmente reconoce que lo mejor es que Marcus siga en la CIA por el bien que hacen. A la salida, Diane se separa de ellos y coge otro coche, diciendo que va a buscar a sus hijos, y cuando ha conducido unos metros, el coche explota en una gran bola de fuego, matándola. La encargada ha sido Francie, que desde lejos guarda el detonador a distancia al ver que ha cumplido su misión.

Sydney y Dixon han de viajar a Panamá para localizar a DiRegno, una persona que aparece ligada a una profecía apocalíptica de Rambaldi. Sin embargo, cuando llegan allí, Di Regno ha sido asesinado y su corazón extirpado y robado. La CIA descubre que el nombre de su asesino es Vargas de modo que tratan de capturarle para resolver este nuevo rompecabezas relacionado con Rambaldi y que en este caso plantea la NSA a través de su experta en Rambaldi, la agente Carrie Bowman, que cautiva inmediatamente a Marshall (y la atracción es mutua). Pero Vaughn está preocupado por Dixon, al cual ha visto tomar pastillas desde el funeral de Diane. Como Jack no está dispuesto a creerle, Vaughn llama a la Barnett para que valore a Dixon. Ésta cita a Marcus para una sesión y un test de drogas. Dixon le confiesa a Sydney que está tomando vicodín por su cuenta y ahora tiene miedo. Sydney le asegura que todo saldrá bien y tiene una buena pelea con Vaughn por haber delatado a su amigo. Dixon, por su parte, falsifica los resultados del test de drogas para que salgan negativos y se lo confiesa a Sydney, la cual tapa su mentira. Mientras, Sloane se reúne en el Himalaya con Conrad, un misterioso monje al que conoció hace muchos años y que le inició en su cruzada Rambaldi. Sloane le culpa del rumbo que ha tomado su vida, especialmente su obsesión por el profeta italiano. Conrad le dice a Sloane que todo lo sucedido hasta ahora fue profetizado y le indica que en este momento se encuentra en la posición ideal para comenzar su misión, la misión que Rambaldi tenía para él. Le muestra un papel y Sloane parece maravillado al verlo. La CIA llega hasta un puerto donde se encuentra el corazón de Di Regno pero al llegar no encuentra nada. Dixon se altera mucho y amenaza a uno de los mozos del puerto con hacer explotar una bomba si no le dice lo que sabe. El equipo de la CIA no sabe como reaccionar, creyendo que Dixon es capaz de hacer lo que dice. Cuando se acerca peligrosamente a cero, el mozo confiesa que el corazón está en uno de los barcos, y Dixon, complacido, muestra el temporizador de la bomba, que estaba desconectado, de modo que no hubiese explotado. Muy aliviados, el equipo va al barco a recuperar el órgano, pero cuando abren la caja se encuentran con un raro corazón artificial. Más misterios apocalípticos...

Francie informa a Sark de que Will es sospechoso para la CIA, de modo que Irina ordena a Francie que altere la retina de Will para que piensen que es el segundo doble. De este modo, Fran hipnotiza a Will, haciéndole que reprima una serie de recuerdos clave y quemando parte de sus retinas para que parezca que es un doble. La CIA le detiene y al escanearle, confirman las sospechas. Syd trata de sonsacarle información personal pero Will es incapaz de recordar. No obstante, Syd sigue convencida de que es su amigo Will. Cuando Will no aparece por casa, Francie comienza a preguntar y Sydney entonces le revela toda la verdad para protegerla. Las cosas se ponen peor cuando las huellas de Will aparecen en el control remoto del detonador de la bomba que mató a Diane y Dixon se enfrenta a él, estrangulándole y casi matándolo. Dado que todas las pruebas están en su contra, Will es sentenciado a un traslado forzoso a una prisión de máxima seguridad. Sark ordena a Francie que mate a Will para preservar su identidad secreta. El creador del Proyecto Hélice es localizado pero dice no saber quién es el doble aunque les dice donde pueden encontrar la información que buscan. La furgoneta donde trasladan a Will es atacada pero él consigue escapar. Para Dixon y la CIA, esto es la prueba de que Will es un traidor y de que cuenta con ayuda del exterior. Más tarde, Will llama a Sydney y le dice que no quiere verla y que conocerla destruyó su vida, aunque le da una pista sobre donde pueden encontrar el servidor con la información del segundo doble. De camino a esa localización, donde cuenta con refuerzos enviados por Jack, que ahora está convencido de que Will no es un impostor, Sydney se encuentra con su madre, que ha obtenido la información que buscaba antes de destruir el servidor. No obstante, Irina promete hacerle llegar a su hija la información que busca. Will, que no quiere confiar ni en Syd, llama a Francie para que le venga recoger, y ambos huyen para esconderse.

Irina no mentía y en la CIA reciben la información que prometió a Sydney, el ADN original del doble. Éste pertenece a una tal H.E. Doren. Will descubre a una joven dada por muerta hace años llamada Allison Georgia Doren. Tras seguir otras pistas concluye que la muerte de Doren fue fingida y que se la reclutó como parte del Proyecto Navidad. Irina aparece de repente ante Sydney y aunque esta la ataca, Irina se zafa de ella y la inmoviliza para contarle su plan. El gran invento de Rambaldi se compone de 47 piezas, inventos más pequeños. Ella y Sloane tienen 23 y la CIA posee el resto y que trabajó junto a Sloane para destruir la Alianza y hacerse con los artefactos de la CIA. A cambio de revelarle su plan, Irina le pide a Sydney que dirija una operación en la que roben un almacén donde Sloane tiene sus artefactos Rambaldi. Sydney accede y dirige la misión pero al llegar, ven que el almacén sólo contienen objetos de teletienda y cosas así. Sark se encuentra con Francie y le llama Allison. Entristecido le dice que no pueden volver a darle su aspecto anterior porque el laboratorio ha sido destruido pero que hará todo lo posible para conseguirlo y ambos se besan. Jack es capturado por Sloane, para robarle el corazón de Di Regno. Según Sloane, es la pieza que falta en la máquina Rambaldi, llamada "La Revelación". Sloane parece mucho más calmado y le dice a Jack que no importa lo que haya sucedido entre ellos, y que siempre le considerará un buen amigo. Sydney recibe una llamada de su madre donde le dice que Sloane fue el que intercambió el material, que ella no quiso traicionarla. Aunque no sabe donde están, Sark si lo sabe y aunque no confían en ella, deciden hacerle caso porque no tienen otra pista sobre Sloane ni Jack. La información de Irina es correcta y Sark se rinde con facilidad, revelando la localización de Sloane. La CIA envía un equipo a por él, tratando de buscar a Jack, Irina y Sloane. Jack es hallado por Dixon, Vaughn va tras Sloane y Syd persigue a su madre la cual es acorralada en lo alto de un edificio. Irina le dice a Syd que sólo ella puede parar a Sloane porque Sydney es la mujer del manuscrito. Y diciendo "te quiero", Irina salta al vacío ayudada por un arnés y huye de su hija. En casa, Will encuentra una medicina que toman los dobles (él lo sabe porque ha elaborado parte de la investigación para la CIA) y concluye que la doble es Francie. Pero Allison/Francie descubre los papeles que tiene Will sobre Allison y coge un gran cuchillo. Will deja un mensaje en el móvil de Sydney donde expone su hallazgo aunque Francie le apuñala, lanzando tras eso un grito de horror por haberlo hecho. Sydney regresa a casa sin haber escuchado sus mensajes y saluda a Francie con toda naturalidad. A los pocos segundos escucha el mensaje de Will (que Allison no sabe que envió) y con una actitud realmente fría le ofrece a Francie helado de café. Allison lo acepta con una sonrisa, pero Sydney sabe que a Francie no le gustaba el helado de café, cosa que Allison descubre enseguida, de modo que ambas agentes tienen una espectacular pelea. Finalmente Sydney pega dos tiros a Allison y, exhausta, se derrumba en el suelo... ...para despertarse en Hong Kong con unas ropas completamente distintas y absolutamente desorientada. Sydney observa una cicatriz en su abdomen mientras busca una cabina a través de la cual llama a Kendall y se identifica. Kendall le indica la posición del refugio de la CIA más cercano. Al llegar allí, aún confusa, se sienta y poco después lleva Vaughn, con una cara desencajada y aún más confuso que ella. Vaughn lleva un anillo de matrimonio y apenas es capaz de pronunciar palabra. Con mucha dificultad, Vaughn le informa de que lleva desaparecida dos años...

Continuando donde lo dejaron, Michael Vaughn le explica a Sydney Bristow que han pasado dos años y que la han dado por muerta, cuando uno de los cadáveres de su apartamento dio positivo en las pruebas dentales. Sydney hace un rápido movimiento y atrapa a Vaughn, creyendo que es otro doble y que todo es un plan de Sloane. Tras eso escapa por los callejones pero es el propio Vaughn el que consigue atraparla y sedarla con un dardo tranquilizante. Syd despierta en un hospital militar y es saludada por Dixon, ahora jefe de la Fuerza de Acción Conjunta (FAC), que le confirma todo lo dicho por Vaughn. Dixon le explica que Will está vivo y bien, ahora en el programa de protección de testigos y que su padre fue hecho prisionero por el Consejo de Seguridad Nacional (CSN) por graves delitos y que no se le puede visitar. Weiss les interrumpe y hace salir a Dixon. Un nuevo grupo llamado la Coalición anda detrás de un agente de la CIA y un chip con importante información y casi lo han atrapado. De hecho, la Coalición ya ha asesinado al agente y se ha hecho con el chip, que contiene unos planos de lo que parece un caza de avanzada tecnología. A los pocos días, Weiss y Syd vuelven a la FAC, donde todo el mundo saluda a Syd con efusividad. Syd se reúne con Dixon y con Lindsey, el agregado del CSN, para informarles de que recuerda haber estado presa en París por el nuevo grupo terrorista y solicita ser enviada en una misión a París para obtener más información. A cambio, solicita visitar a su padre. En la cárcel, Sydney descubre que su padre fue acusado de resistencia a la autoridad, debido a la persistente búsqueda de su hija, que no le detuvo ante nada ni ante nadie. Entre sus métodos estaba incluida una alianza con Irina, cosa que no hizo gracia al CSN y le acusaron de colaboración con el enemigo. Sydney le confiesa a Jack que no recuerda nada de los dos años y que se lo ha inventado todo para poder verle. Su padre le dice que continúe investigando su desaparición para hallar las respuestas. En París, Weiss, Syd y su equipo caen en una emboscada enemiga y Dixon les ordena reagruparse y abortar la misión. No obstante, Syd decide recuperar el chip por su cuenta y tras confesar a Weiss sus planes y que no recuerda nada, éste la deja marchar, no sin antes aconsejarla que pida ayuda a Sloane, ahora reconvertido en un luchador por la paz mundial. De ese modo, Sydney se convierte en desertora y Lindsey ejecuta una orden que la añade a la lista de enemigos del estado, cosa que no agrada a Dixon. Syd irrumpe en el despacho de Sloane y se produce la esperada tensión y juegos psicológicos que incluso acaban en violencia pero antes de eso, Sloane le da todos los datos que ella requiere. Parece ser que la máquina de Rambaldi, una vez completa, mostró la palabra "Paz" a Sloane y eso le transformó en una persona completamente diferente. Sydney llama a un antiguo contacto que le pone sobre la pista de la persona que busca y la agente se enfunda en un nuevo alias para perseguirle. No le resulta muy complicado y consigue apresarle enseguida, obteniendo el chip que buscan todas las agencias gubernamentales estadounidenses. De vuelta en casa, Sydney exige a Lindsey que libere a su padre a cambio de no destruir el chip con la información. El agregado del CSN firma los papeles no sin hacer ver con sus gestos que Syd se ha ganado un enemigo. Finalmente, Sydney dirige a Vaughn duras palabras respecto a su nueva vida, alejado de la CIA y casado. La amargura desaparece con rapidez cuando se encuentra con su padre y ambos se abrazan tras dos años. Pero la felicidad no dura mucho cuando Jack le enseña a su hija un vídeo donde esta aparece asesinando a un diplomático ruso...

Weiss y Sydney están en la nueva casa de esta, abriendo cajas y poniéndolo todo en orden. Sydney se lamenta de que Will y Francie, sus mejores amigos, hayan desaparecido del mapa pero Weiss le asegura que no está sola y que sí le quedan amigos. Amigos como él. Weiss le cuenta cómo Vaughn conoció a Lauren, su mujer, y como esta le ayudó de nuevo a ser feliz. Mientras, un par de científicos en la nómina de la CIA son secuestrados por la Coalición. El grupo terrorista pide la liberación de Sark como rescate para que puedan ejecutarlo, según les ha contado Sloane. Lindsey está dispuesto a entregarlo, a pesar de las reservas de Sydney. Dixon le dice a Sydney que hay una terapia especial para agentes en su mismo caso (que parece ser muchos) y ella le dice que quizá acuda, pero aún está aturdida por el paso del tiempo, cuyo agujero de dos años está investigando junto a su padre. En Zúrich, Jack visita a Sloane y este le dice que realmente es una persona cambiada después de que la máquina de Rambaldi, una vez ensamblada, diera una sola respuesta, una palabra: paz. Para ganarse aún más la confianza de Jack, Sloane le ofrece un disco con toda la información que ha reunido sobre la desaparición de Sydney. Jack lo coge y se marcha de la oficina. En el desierto, Sark y Sydney están listos para el intercambio, pero el NSC se interpone, creando confusión, que permite a Sark escapar con la Coalición y dejando a la CIA sin los científicos. De vuelta en Los Angeles, Sydney y Lindsey tienen una fuerte discusión a este respecto. La Coalición habla con Sark y le exigen que les dé una gran suma de dinero del que Sark dispone para financiar sus operaciones y hacerle parte de sus dirigentes. Sark no sabe de qué dinero están hablando así que le explican que es el hijo de un diplomático ruso muy rico y fallecido hace meses, lo cual le convierte en su único heredero. El diplomático es Lazarey, la persona que Sydney asesinó, aunque nadie sabe esta cuestión aún. Sydney comenta a Jack que estos datos son demasiado precisos para ser casuales, así que la Coalición quizá esté detrás del asesinato de Lazarey y de la desaparición de Sydney durante dos años. Ambos estarán atentos a los movimientos de la Coalición y buscarán información sobre Lazarey. De nuevo en misión, Sydney acude a una discoteca para contactar con un traficante de drogas, lo cual les permitirá un acceso al científico secuestrado. Sydney accede a un sótano donde un doctor está torturando al científico y le dispara en defensa propia. Cuando este está muriendo, le susurra que sabía que al final ella le mataría, cumpliendo su palabra. Claramente, este científico sabe algo de Sydney y de su desaparición pero muere al instante y a Syd se le escapa esta importante pista. Entre este fracaso y una infructuosa reunión con su grupo de terapia, Sydney va a ver a Dixon y se derrumba en su despacho, diciendo que todo esto es mucho para ella y que, además, quizá sienta algo aún por Vaughn. Dixon se muestra comprensivo, pero ha de interrumpirla para presentarle a una tercera persona que estaba en la habitación y en la que Sydney no había reparado. La mujer se presenta como Lauren Reed, agregada del NSC. Pero Lauren resulta ser también la esposa de Michael Vaughn.

Sydney comienza su rutina diaria con el matrimonio Vaughn trabajando codo con codo, lo cual le hace aún más complicadas las cosas. Además, la NSC quiere hallar a la asesina de Lazarey puesto que eso les dará más pistas sobre la Coalición. Jack le asegura a Sydney que tratará de dañar el vídeo para que no puedan identificarla, pero Marshall ya está trabajando en él y no lo tendrá fácil. Sydney y Weiss han de viajar a México para interceptar a Sark y un militar ruso para averiguar los planes de la Coalición después de que esta haya hecho caer un satélite de telecomunicaciones sobre Rusia. Sydney es descubierta y tras un tiroteo, Sark escapa, aunque Sydney ha podido obtener una copia de las fotos que estaban intercambiando. Esas fotos, les informa Dixon, servirán para que una fuerza de ataque rusa pueda hacerse con el mando de una base de control de satélites en Moscú, situada secretamente en los sótanos de una compañía científica rusa cuyo presidente es amigo de Sloane. La misión es ir a ver a Sloane para conseguir una invitación a visitar el edificio y una vez allí, infiltrarse y recuperar el sistema de posicionamiento de esos misiles, que es lo que Sark está buscando. Los Vaughn y Sydney serán los encargados de visitar a Sloane. Marshall ya casi tiene limpiada la imagen de la asesina de Lazarey, lo cual preocupa a Jack por lo que este acude a un pirata informático para adquirir un potente virus que destruya el trabajo de Marshall y pueda evitar que la verdad sobre Sydney salga a la luz. Tras un intenso juego psicológico con Sloane, Lauren, Vaugh y Sydney consiguen las invitaciones a una fiesta en el edificio al que necesitaban acceder. Michael y Syd acceden a la zona restringida, pero descubren que Sark va unos pasos por delante de ellos y que ya está obteniendo el objeto que deseaba así que la única opción es volar el sótano para hacerlos escapar sin el objeto, cosa que consiguen y la CIA, por fin, se apunta un tanto contra la Coalición. Además, Jack ha conseguido introducir el virus en el sistema y cuando quedan pocos segundos para que Marshall descifre el vídeo, toda la información se pierde al ser destruida por el sistema informático. Sydney puede descansar tranquila porque su padre ha evitado que se conociera la verdad.

En el vídeo del asesinato de Lazarey, Sydney cree reconocer algo. Parece que el diplomático ruso llama Julia o Jules a su asesina. La espía está considerando contárselo a la CIA, pero Jack la disuade ya que eso haría que Sydney tuviera que exponerse a pruebas médicas invasivas muy peligrosas. Lauren Reed, la nueva agregada del NSC en sustitución de Lindsey, reúne a varios agentes para su nueva misión. El miembro de una banda liderada por Simon Walker está en el hospital después de que un vial de virus Ébola se rompiera y se contagiara. La misión de la CIA es recuperar todas las muestras de Ébola, ya que el grupo de Walker tiene intención de modificarlo para hacerlo áun más peligroso. Para ello, Sydney tendrá que infiltrarse en el grupo. En Sevilla, Sydney es recibida por Walker con un saludo muy personal y es saludada como Julia, lo cual pone en alerta a Sydney, que decide arriesgarse, sabiendo que esta misión puede arrojar respuestas sobre el agujero de dos años. Para aceptar a Sydney en la banda, le hacen robar un collar valiosísimo de un hotel y ella lo consigue sin problemas. Su infiltración en un éxito y Sydney regresa junto a Vaughn y Weiss a Los Ángeles, ambos extrañados por el tema de "Julia". A pesar de la insistencia de Jack para mantener en secreto este tema, al final le termina contando a Dixon y a Vaughn el papel de Sydney-como-Julia en el asesinato de Lazarey pero prohíben a Vaughn que se lo cuente a Lauren, para evitar que esta implique a la NSC en el tema. De vuelta en España (Pamplona), Sydney se reúne con Walker y las cosas se ponen feas cuando este saca una foto tomada el día anterior donde se la ve junto a Vaughn. Éste reacciona con celeridad y habla con Marshall, que introduce una personalidad falsa del agente en los archivos de la Interpol, los mismos que Simon Walker está consultando. ¡Salavada por los pelos!, Walker recupera la confianza en Julia y le permite asistir a la reunión informativa de su grupo, que es interrumpida por Sark, el que ha hecho el encargo al grupo, pero afortunadamente este no ve a Sydney. Lauren mantiene una tensa conversación con Sloane en Suiza que juega con ella a los juegos psicológicos que tanto le gustan. Entre ellos, pone sobre la mesa que su padre, el senador Reed, evitó que Lauren obtuviera las credenciales de agente de campo para protegerla y eso hace que Lauren realmente no esté desempeñando el trabajo que más le gusta. Sloane no le va a poner las cosas fáciles a la mujer de Vaughn. En España, el asalto al laboratorio es un éxito y Walker, Julia y compañía escapan con los componentes biológicos. Pero el apoyo de Sydney tiene un problema: Weiss advierte que Vaughn ha desaparecido. El agente ha sido apresado por uno de los secuaces de Walker y además con sus credenciales de agente de la CIA. Walker quiere eliminarlo allí mismo, pero es la propia Sydney la que le pide que se lo deje a ella. La agente saca un cuchillo y se lo clava a Vaughn, tirándole después por un barranco...

Sydney llama a Los Ángeles para advertir de lo que ha sucedido con Vaughn y aunque trata de recuperar el vial de material biológico, el intercambio ya se ha realizado. No es un buen día para la agente. Mientras, Weiss encuentra a Vaughn gracias al localizador que Sydney le puso y son capaces de llevarle hasta un hospital seguro. El agente está grave, pero se salvará. Cuando Sydney pasa por el hospital para verle, Lauren la está esperando y ambas tienen una enorme discusión, dejando caer la tensión que se había acumulado entre las dos. En la CIA, Dixon les informa de que el virus modificado ha sido usado en una cárcel africana para eliminar a todos salvo a uno de los presos, un peligroso traficante de armas llamado Kazari Bomani. Dado que Sloane dio mucha información de Bomani a la CIA a cambio de su indulto, Lauren propone una nueva reunión con él para tratar de seguir la pista al traficante. En el camino, Lauren le sugiere a Sydney que pida el cambio de destino, ya que es lo que más conviene a todos. Jack trata de obtener información sobre Julia reuniéndose directamente con Simon Walker, pero lo que no sabe el agente es que la mano derecha de Walker está tomando fotos del encuentro, claramente para investigar a Jack. Cuando Lauren y Sydney llegan a México para reunirse con Sloane, este es secuestrado a punta de pistola por Sark y aunque ambas agentes persiguen a la furgoneta de los secuestradores, no pueden hacer nada y escapan con Arvin. Un rato después, Sloane es prisionero de Sark y Bomani, y trata de ganarse de nuevo la confianza de Bomani, proponiéndole un lavado de imagen (igual que hizo con él mismo). Tras el trabajo juntas, parece que la tensión entre Lauren y Sydney se rebaja cuando Lauren se disculpa con Syd y le dice que eso del traslado fue una mala opción. En el hospital, Vaughn sueña que arregla las cosas con Sydney y ambos se besan, pero el sueño se torna en pesadilla cuando ella le apuñala de nuevo. Menos mal que es un sueño al despertarse encuentra a su mujer y ambos se abrazan. Sloane aparece ileso y Dixon ordena a las agentes que se reúnan con él. Arvin no da información sobre cómo consiguió escapar o lo que les costó; en su lugar, les da más detalles de nuevas operaciones de la Coalición para que la CIA se adelante. No sólo eso, sino que afirma que se ha infiltrado en la organización y que quiere ser doble agente para la CIA. La CIA no se fía, pero la NSC sí, así que aceptan. Mientras, Javier (el compinche de Walker) entrega las fotos de Jack a Sark. Papá Bristow ya está reunido con Simon cuando este recibe una llamada. Walker, que no sabe con quién se la juega, trata de provocar a Jack haciendo comentarios sexuales sobre Julia mientras acaban el trato y cuando Jack se marcha, Simon trata de dispararle, pero se encuentra con un tiro de Jack primero. En el suelo, Jack le exige más información sobre Julia a lo que Walker responde con más provocaciones. Fiel a su palabra, Jack mata a Simon y se larga. Sydney y Marshall (¡si!) viajan a Japón con la intención de infiltrarse en las bambalinas de un local de juego, cosa que consiguen, obteniendo acceso al virus informático del que Sloane les habló y cambiando su secuencia, segundos antes de que Sark y Bomani entren para obtenerlo. Misión cumplida. Pero no todo es felicidad. De vuelta en Los Ángeles, Sydney ha de presenciar en el hospital, la felicidad del matrimonio Vaughn. La vida es dura para nuestra agente favorita.

Sloane es el nuevo agente doble de la CIA y de la Coalición y su agente de contacto es Sydney Bristow. En su primer trabajo juntos, Sloane le da algo de información sobre unos documentos confidenciales de la Coalición. La información resulta ser un archivo con los datos de una persona que ha inventado un sistema que puede saltarse todas las protecciones informáticas rusas y, por lo tanto, garantizar el control de los sistemas de defensa. La CIA sabe que el científico se ha sometido a cirugía estética y que se dirige a Milán a recoger su nueva documentación. Syd y Vaughn han de viajar a Italia a detener a este científico. En Alemania, Sark saluda a su compañera de misión, la cual es ¡Allison!, cosa que sorprende a la audiencia y al propio Sark, que la creía muerta. Ella le cuenta cómo tras la pelea con Sydney, se desmayó y fue rescatada por la Coalición, despertándose seis meses después en un hospital de esta organización. Lindsey, en una reunión secreta con Lauren, le da una contramisión secreta: ha de viajar a Moscú para seguir un posible rastro sobre la asesina de Lazarey, cuya pista quedó fría tras la destrucción de la foto. Lauren viaja a Rusia para reunirse con un amigo de Lazarey, que le indica a Lauren que la única pista es una grabación de una conversación telefónica realizada poco antes del asesinato de Lazarey. Sydney está disgustada ante el hecho de que Allison, la asesina de su amiga Francie, sigue viva y no duda al afirmar que la matará si tiene esa oportunidad. Con estas intenciones, Sydney se marcha a una discoteca milanesa donde con la ayuda de un aparato hecho por Marshall, podrán localizar al científico a pesar de su nuevo rostro. Justo cuando ambos agentes encuentran al científico, Allison hace su aparición y trata de asesinarle, pero Sydney se lo impide y el hombre consigue huir por los pasillos del edificio, perseguido por las dos agentes. Allison se adelanta y cuando Syd llega, lo encuentra muerto. Allison aparece por detrás y golpea a Sydney, dejándola inconsciente y huyendo. De vuelta en Los Ángeles, Lauren propone una teoría que acaba siendo cierta: Allison le arrancó un diente al científico, cuyo fin es la emisión de una frecuencia que puede abrir alguna caja de seguridad o candado de alta tecnología. Pero la única manera de saber dónde está esa caja es hablar de nuevo con Sloane. Lauren continúa sus pesquisas y un técnico del NSC le dice que la llamada recuperada de Lazarey tiene la voz de una mujer y que han podido seguir su rastro hasta una oficina en el centro de Londres. Lauren viaja hasta allí para descubrir que la oficina fue alquilada por Julia Thorne, lo cual comunica a Lindsey. Sydney acuerda con Sloane que se reúna con Sark y Allison llevando un micrófono para así poder saber donde está la famosa caja. Si los planes salen mal, la pareja podría matar a Sloane, lo cual no es mal plan, según Sydney. Sark confirma que viajarán a Sofía a por la caja. Además, Sloane obtiene información extra: según Allison, la Coalición le ordenó específicamente que no mataran a Sydney puesto que aún quieren recuperar algo que está en su memoria. Sydney le insiste a Jack a proceder a la intervención de su cabeza para poder recuperar esos datos, pero él sigue siendo reacio por los muy probables peligros de la terapia. Mientras, Dixon ordena a Vaughn y a Sydney que viajen a Sofía para adelantarse a la Coalición. Pero de nuevo van un paso por detrás y cuando llegan ya no hay nada que abrir o recuperar. Además, Allison vuelve a golpear a Sydney y le apunta con una pistola. La agente logra zafarse de su enemiga y tras una dura lucha, donde Allison le confiesa que fue una medicina de Rambaldi la que le salvó la vida, Sydney de nuevo la tirotea. Allison es puesta en una ambulancia aunque minutos después, la ambulancia y la herida desaparecen del control de la CIA.

Sydney sufre pesadillas recurrentes con imágenes inconexas y donde despierta en un quirófano, con una herida sangrante en la parte derecha de su vientre. Los sueños son tan reales, que al final Sydney acude a un psiquiatra para que trate de ayudarla a toda costa pero el doctor le muestra a un paciente catatónico recluido, un sujeto que la NSC considera como un "éxito" de la terapia. Mientras, Sloane vuelve a la CIA y se enfrenta cara a cara con Dixon años después de su último encuentro. Ya en la sala de reuniones les informa de que la CIA debe recuperar un objeto en China. Syd y Sloane hacen el viaje juntos y la misión en un éxito. Al regreso, Sloane le da a Sydney un sobre manuscrito por la propia Syd, diciendo que quizá le pueda dar pistas sobre estos dos años. El sobre contiene una llave y un código numérico. En México, Vaughn y Lauren siguen la pista de Javier Pérez, el colaborador de Simon Walker para identificar a Julia Thorne. Vaughn le ha prometido a Jack que tratará de impedir la conexión con Sydney, pero Jack se encarga de la situación él mismo, eliminando a Pérez. En Los Ángeles, Lauren recibe una visita de Sark, que le entrega unas fotos del asesinato de Lazarey, argumentando que desea ver resuelto el caso ya que el ruso era su padre. Lauren se queda atónita cuando ve que es Sydney la asesina. Sydney recibe una llamada de su padre, que le informa de que el código numérico se corresponde con uno inventado por su madre y al descifrarlo ha obtenido una dirección en Roma. Vaughn acude al garaje de la CIA, donde los artificieros están desactivando la bomba que Sark ha puesto en el coche de Lauren. Esta informa a su marido que Sydney es Julia Thorne y cuando Vaughn confiesa saberlo, ambos tienen una enorme pelea que trasciende lo profesional para adentrarse en lo personal. Vaughn se marcha cuando Lauren le informa de que Lindsey ya está informado y que probablemente Sydney ya estará en la lista de más buscados. Sydney y Vaughn quedan en un pequeño aeropuerto desde donde Sydney escapará a Italia. Escena siguiente: Sydney encuentra el apartamento y Vaughn de nuevo está en el Centro de Operaciones Conjuntas. Lauren informa a Dixon de que ha sido relevado por el NSC de su puesto por haber ocultado la información sobre Julia Thorne. Sydney deambula por el apartamento, tratando de encontrar algo familiar en él. Al tumbarse en la cama, descubre que las vistas de su claraboya da a una iglesia cuya simbología religiosa aparecía en el sueño de Syd. En el baño descubre pastillas recetadas a nombre de Julia Thorne. Poco a poco las cosas empiezan a aclararse pero un comando italiano irrumpe en la casa y reduce a Sydney en el suelo...

La NSC, y por extensión Lauren y Lindsey, se han hecho con el control de la Fuerza de Operaciones Conjuntas. Sydney está detenida en una prisión de máxima seguridad y aunque todos temen por su integridad física, Lauren les asegura que la NSC nunca pondrá a Syd en peligro. En cualquier caso, ni Jack ni Vaughn están dispuestos a esperar a comprobarlo y ambos acuerdan un plan de rescate. Pero a los dos se les une un poderoso aliado: el mismo Sloane. Los tres van a liberar a Sydney haciendo que parezca que la Coalición ha sido quien la ha secuestrado. En la prisión, la NSC está sometiendo a pruebas a Sydney, y no parece que Lindsey tenga intención de salvaguardar la integridad física de la agente. Lauren exige ver a Sydney para escribir su informe, pero Lindsey le dice que no hace falta y que rellene el informe de un modo favorable o se atenga a las consecuencias. Mientras, Sydney lo está pasando mal pero el preso de la celda de al lado consigue animarla un poco con su carácter positivo. En uno de los traslados, Sydney usa un clip que ha conseguido robar para escaparse por los pasillos, pero la seguridad del recinto logra detenerla. Lauren es testigo de todo esto. Jack, Vaughn y Sloane están en camino a un lugar donde tienen los planos de la prisión. Para acceder a ese lugar, cortan su seguridad y se presentan con la intención de arreglarla. Aunque no es tarea fácil, logran escapar con los planos. En la huida, Sloane se interpone entre Jack y una de las balas, salvándole del tiro. A pesar de este contratiempo, Jack extrae la bala con la precisión de un cirujano, y continúan sus planes de rescate. Lauren ha escrito el informe al estilo de Lindsey, dejando claro que puede amoldarse a sus condiciones, lo cual complace a Lindsey al ver que su subordinada utiliza sus mismas poco ortodoxas tácticas. Todo resulta ser una pose, ya que Lauren regresa a Los Ángeles para informarle a Vaughn de todo lo que está pasando y de que Sydney no lo está pasando bien. En la prisión, Lindsey amenaza con matar al compañero de Sydney si esta no descifra el código de Irina. Sydney no quiere hacerlo pero al ver que Lindsey va en serio, les dice que se trata de una longitud y una latitud. Al hacerlo, se revela la trampa: el compañero de celda no es tal sino que es un señuelo para que Sydney confesara. Y ahora que la agente ha dado los códigos que querían, pueden someterla a cirugía cerebral sin temer las consecuencias. Afortunadamente, con la ayuda de Lauren, logran infiltrarse en la prisión antes de que Syd sea intervenida y los cinco (Jack, Vaughn, Lauren, Sloane y Syd) escapan sanos y salvos en un helicóptero.

Juntos en el refugio, Jack, Sloane, Vaughn, Lauren y Sydney elaboran un plan para culpar a la Coalición del rescate de Sydney. Mientras, con los datos obtenidos, Jack y Sydney viajan al desierto para desenterrar una caja, cuyo contenido es una mano con el símbolo de Rambaldi y en estado de descomposición. Los Bristow deciden enviar la mano a Marshall para que pueda identificar a su dueño. Lauren será una pieza clave en el plan del falso rescate, ya que habrá que fingir que ella misma ha sido secuestrada, torturada y posteriormente liberada. Lindsley no se termina de creer del todo la farsa, pero Lauren consigue más tiempo para el grupo. El tiempo lo invierten en visitar al doctor Brezzel, un excéntrico neurólogo que puede ayudar a Sydney a recuperar su memoria perdida a través de cócteles de drogas, una terapia muy peligrosa para la agente, pero parece que es el método menos agresivo para su cerebro. Ninguno de los tres confía en Brezzel tras ver su comportamiento, pero saben que no hay alternativa. Sydney consigue entrar en el sueño y hacerse consciente dentro de él, reconstruyendo con partes de su memoria y de su imaginación pasajes que parecen ser más alegóricos que reales, incluyendo una pelea a muerte con Lauren. También ve a Lazarey y es ella, pero en la fiesta de su séptimo cumpleaños, quien le corta la mano. Además, en su estado onírico se repiten dos palabras: St. Aidan. Marshall no consigue indentificar al dueño de la mano pero dice que su mutilación fue hace cuatro meses. Tras el sueño, Jack está convencido de que se trata de Lazarey y de que su muerte, la que vieron en el vídeo, fue sólo un montaje. Eso significaría que Sydney es inocente de demostrarse que Lazarey estaba vivo al menos hasta hace cuatro meses. Marshall comprueba el ADN y constata que, efectivamente, la mano pertenecía a Lazarey. Lindsey se reúne con Sloane y le propone un intercambio de información sobre Rambaldi a cambio de que elimine a Sydney cuando se produzca el canje del objeto de Rambaldi que sustrajeron de las instalaciones de la NSC. Pobre Lindsey, jugando con Sloane:) Sydney, de nuevo inducida por las drogas, está soñando de nuevo, esta vez con la intención de entrar en la habitación 47, cuyo intento anterior fue frustrado. Tras pasar por una serie de visiones extrañas con gente familiar en su vida, finalmente vuelve a la zona de la habitación y pelea de nuevo con Lauren, que se acaba transformando en la propia Sydney. La Sydney oscura cae en la pelea frente a nuestra Syd y finalmente abre la puerta 47...

Sydney abre la puerta 47 y en ella aparece ¡Will Tippin! comiendo cereales St. Aidan. Sin tiempo para nada más, Sydney despierta violentamente: Brezzel ha tenido que sacarla del sueño puesto que su pulso se había parado. El grupo decide poner fin a los experimentos y Sydney comienza a pensar cómo puede ponerse en contacto con Will, aunque este está en el programa de protección de testigos. Will está ahora en Wisconsin, con el nombre de Jonah, y trabaja en la construcción. Al principio no cree a Sydney, piensa que es un doble, pero esta le demuestra que es su vieja amiga y ambos se abrazan emocionados por el inesperado reencuentro. La alegría no dura demasiado. Por un lado, Lindsey amenaza a Sloane para asegurarse que mate a Syd mientras que Sark se desplaza hasta el laboratorio de Brezzel, al que tortura para averiguar datos sobre Sydney. Will y Syd se ponen al día. Will explica cómo huyó del apartamento en llamas la noche en que Sydney desapareció. Además, reconoce el nombre de St. Aidan: es el contacto a través del cual se comunicaba con la CIA. Ambos acuerdan llamarle de nuevo para seguir la investigación. La noche del encuentro, St. Aidan aparece: es Lazarey. Sydney juega la carta de Julia Thorne y Will hace que Lazarey les hable de Graz, un lugar donde, teóricamente, han de recuperar algo. Antes de descubrir de qué se trata, Sark interrumpe la reunión y captura a Lazarey, aunque Syd y Will escapan ilesos. En diferentes sitios, otras historias se desarrollan: Vaughn y Jack son hechos prisioneros por Lindsey, que no se cree que hayan estado buscando a Sydney por su lado, mientras que Sloane contrata un tirador para matar a un "empleado del gobierno". Sark, por su parte, interroga a Lazarey, que resulta ser su padre, revelando su verdadero nombre: Julian Lazarey. El ruso le da más información a su hijo: hay un objeto muy importante en Graz. Sark y Allison deciden viajar allí y recuperarlo por su cuenta. Sydney y Will, tras una noche juntos, viajan a Graz y se registran en un hotel que Julia Thorne utilizaba como base de operaciones, cosa que descubren cuando entran en su base de datos. Allí, ven que Julia tenía una caja de seguridad a su nombre, así que ambos amigos tratan de abrirla...sólo para descubrir que Sark se les ha adelantado y les ha robado, por unos segundos, una pequeña cajita que contenía la cámara. Will y Sydney se separan: ella va tras Sark y él, tras Allison. Ambos les dan caza. Sydney se conforma con una paliza y obtener la caja, pero Will se venga mortalmente de Allison por lo que le hizo a Francie y a él mismo. Con la caja, por fin se produce el intercambio. Todas las fuerzas están en su posición, incluyendo el tirador contratado por Sloane, que cumple su función; pero no es Sydney su objetivo, sino el propio Lindsey, que cae abatido al primer disparo. Muerto Lindsey, Jack, Vaughn y Dixon (también apresado por el director del NSC) son liberados y sus puestos les son devueltos. Marshall informa que la caja contiene tejido humano, tejidos del propio Rambaldi de los que se podría extraer fácilmente el ADN del genio italiano.

Vuelve a escena el Departamento de Investigaciones Especiales (Preguntas y Respuestas) y consigue hacerse con el cubo de Rambaldi pasando por encima de la CIA. Sydney está frustrada de que tras tanto esfuerzo por hallar esta pieza clave en su lucha personal por recuperar sus recuerdos, ahora se le escape con facilidad y le pregunta a Marshall si sabe algo. Marshall le dice que no pero que le hubiera gustado poner un trazador al cubo..."bueno, en realidad lo he hecho", responde a continuación. Así que Syd y Jack se ponen a trabajar en un plan para acceder a la información. En casa, Syd escucha ruidos y coge un arma para hallar su origen pero alguien le dispara un dardo que le deja inconsciente. Tiempo después se despierta en un avión en pleno vuelo para descubrir que su compañero de cabina es...¡Kendall! (Preguntas y Respuestas et al.). Este le confiesa que pertenece al DIE y que alguien les ha robado el cubo. No sólo eso, sino que él guarda el secreto que Sydney ansía. Kendall sabe lo que le ha pasado en estos dos años a Sydney. Atentos. Rebobinamos dos años. Tras la pelea a muerte con Allison (La Revelación), Sydney despertó atada en una camilla junto a un hombre (Oleg Mavejik) que le explica cómo falseron su muerte y la de Francie y que ahora es su prisionera. De hecho, para hacer las cosas más sádicas, Sydney se encuentra en una furgoneta situada estratégicamente junto al lugar donde su padre y amigos están arrojando sus cenizas al mar, despidiéndose para siempre de ella. Maveijik le explica que ahora tendrá que olvidarse de Sydney Bristow, ya que ha muerto, y que ahora se convenza que su nombre es Julia Thorne (Una Relación Perdida et al.). Cuanto antes se haga a esta idea, más fácil le será su "nueva vida". La Coalición (Los Dos et al.), pues, comienza un programa de lavado de cerebro con Sydney al que ésta se resiste con todas sus fuerzas. Pasan las semanas y el programa, consistente en electroshocks, juegos psicológicos, condicionantes y drogas, no tiene éxito puesto que Syd se aferra a su verdadera vida, con la esperanza de que un día pudiera recuperarla. Tras unos meses, el condicionamiento parece funcionar así que Sydney, ahora Julia, es presentada ante algunos altos cargos de la Coalición y asesina a sangre fría a un hombre para probar que su conversión ha tenido éxito. Pero, como Kendall le explica, en realidad no llegó a tener éxito debido a unas directrices que Jack incorporó al Proyecto Navidad que usó con Syd, sino que Sydney finalmente dedudjo que su única posibilidad de escapar de todo aquello era hacer ver que ahora era Julia, ganando más libertad y ampliando sus posibilidades de contactar con el mundo exterior. Y eso hizo: contacto con Kendall en cuanto tuvo la mínima oportunidad. Lo primero que quiere Sydney es contactar con Jack y Vaughn pero Kendall se lo prohíbe debido a la misión actual de Jack y ante el hecho de que Sydney podría poner en peligro su plan si contacta con alguien más de la CIA. La cosa se complica más cuando Sydney observa a Vaughn en la distancia y ve que ha rehecho su vida junto a Lauren (Sucesión et al.). Convencida, llama a Kendall para proponerle trabajar de nuevo como doble agente: Sydney Bristow para Kendall y Julia Thorne para la Coalición. Kendall continúa añadiendo piezas al rompecabezas, confesando que siempre trabajo para el DIE, nunca para el FBI, y que tanto ellos como la Coalición creen que Sydney es la mujer de la profecía de la página 47 (La Profecía). La Coalición envía a Julia y Simon Walker para recuperar el cubo de Rambaldi, que se encuentra en poder de Lazarey. Sydney habla con Lazarey y ambos acuerdan fingir su muerte (Los Dos et al.) a cambio de que Lazarey trabaje con la CIA. Ambos viajan hasta África, donde descubren que se encuentra el cubo, y tratan de extraerlo pero en el proceso, Lazarey pierde la mano (Consciencia), que Sydney ha de cortar para salvarle la vida. Con el cubo y Lazarey en poder del gobierno, Sydney debía entregar el material a Kendall pero en vez de eso, Sydney envió un vídeo de sí misma. Un mensaje para Kendall. En él le dice que el cubo (que contiene ADN del mismísimo Rambaldi) le parece algo realmente importante como para dejarlos en manos de cualquier gobierno o grupo terrorista, así que va a ocultarlo ella misma y, tras eso, borrar los recuerdos de los pasados dos años, para evitar que nadie pueda extraerlos a la fuerza. Dos días después de la obtención del vídeo, Sydney apareció en Hong Kong (La Revelación). La revelación no acaba ahí, sino que Kendall informa Sydney de que la Coalición tiene el ADN de Rambaldi y van a precipitar el regreso de Rambaldi a través de su ADN. Pero para tal cosa necesitan una madre, denominada "la elegida", ¿y qué mejor madre que la mujer de la Profecía?. Efectivamente, la cicatriz de Sydney corresponde a una extracción quirúrgica de sus óvulos. Y más revelaciones: Dixon sabía todo lo relacionado con Syd debido a que se encontraba con Kendall cuando recibió su primera llamada. También ha tenido que evitar revelar la verdad a su amiga. El destino los ha hecho empatar a uno. Aún con muchas preguntas en su cabeza, Sydney decide impedir la fertilización de sus óvulos, si es que aún hay tiempo, de modo que gracias al trazador de Marshall, se dirige junto a un equipo de la CIA a la destrucción del laboratorio, cosa que logra sin problemas. Del laboratorio también rescatan a Lazarey, que sigue vivo. Sark, por otro lado, hace unas llamadas para evitar que Lazarey consiga recuperarse. En la ambulancia, Lazarey le pregunta a Sydney que qué sabe sobre "el pasajero". Sydney no sabe nada y no parece que vaya a obtener la respuesta pronto puesto que al sacar a Lazarey de la ambulancia, un francotirador dispara sobre el ruso, matándole. El tirador no es otro que Lauren.

La CIA ordena a Sydney y a Vaughn que viajen a Corea para rescatar a un miembro de la Coalición que quiere desertar y traerle a Estados Unidos para que facilite información a la CIA. Lauren, presente en la reunión, inmediatamente informa a sus superiores y estos le ordenan que facilite los datos de la misión para poderla interceptar. Lauren se los da y les advierte de que no fallen, puesto que ello podría ponerla a ella en un grave compromiso. Con los datos, la Coalición consigue hacer caer el avión de Sydney y Vaughn, pero estos logran salir con vida. En la CIA descubren el ataque del avión y Jack propone una misión de rescate, pero Dixon se niega oficialmente, pero extraoficialmente se pone a disposición de Jack para montar una misión de rescate. Y Jack contacta de nuevo con Irina a través de sus canales habituales. A pesar de la implicación de Lauren, ésta parece genuinamente entristecida por la muerte de Vaughn. Sydney y Vaughn vuelan los restos del avión para librarse de un destacamento del ejército coreano y así ganar tiempo para alcanzar su punto de encuentro en un coche que han conseguido robar. Una vez allí, aparece Sark haciéndose pasar por la CIA para asesinar al agente arrepentido de la Coalición. Vaughn y Syd consiguen evitarlo, pero Sark llama la atención del ejército coreano y éste detiene a Vaugh, Syd y al agente. La ayuda de Irina llega en forma de Katya, su hermana, una persona mucho más dura, calculadora y fría que Irina. Katya y Jack mueven hilos para conseguir un contacto en Corea del Norte y poder extraer así a Syd y Vaughn o, al menos, sus cuerpos. A cambio, Katya exige a Jack que asesine a Arvin Sloane. Mientras, los tres agente están apresados en una cárcel norcoreana donde están siendo sometidos a interrogatorios y torturas. Finalmente, cuando el agente de la Coalición confiesa que Syd y Vaughn son la CIA, deciden fusilarlos. En la celda, Vaughn confiesa a Syd que aún la quiere y ella le responde diciendo "siempre nos encontraremos". Pero en el momento en que van a fusilarlos, uno de sus verdugos gira el arma y asesina a todo el pelotón de fusilamiento, liberando a los tres agentes, que pueden regresar a casa sanos y salvos. Cuando Jack entra en la oficina de Sloane con la intención de asesinarle, Katya avisa a Arvin de las intenciones de Jack, ganando su confianza, y acto seguido llama a Jack para indicarle que sus planes han cambiado y que ya no necesita matar a Sloane. Jack, perplejo, sale de las oficinas de Sloane y pide explicaciones a Katya, preguntando por qué su ex mujer y ella le han utilizado de este modo. Katya no contesta a sus cuestiones, diciéndole simplemente que los planes de Irina le serán revelados algún día de un modo claro y manifiesto.

La CIA descubre una casa donde la Coalición guarda una agenda de contactos y agentes así que diseñan un plan para entrar a robarla. El problema es que el sistema de seguridad es extremadamente sofisticado y solamente su creadora, Toni Cummings, tiene la información suficiente para saltárselo, de modo que la CIA manda a Sydney y a Vaughn para hablar con Cummings. En lo personal, la cosa va de psiquiatras. Mientras Sydney habla con Barnett sobre sus sentimientos, Jack aconseja a Sloane que acuda a un psiquiatra. Vaughn, en vez de ir al médico, habla con su amigo Weiss y le pregunta si se pueden amar a dos personas a la vez. Eric es tajante: no, no se puede. Mientras, Sark le propone a Lauren una maniobra que les puede colocar varios escalones más arriba dentro de la jerarquía de la Coalición; se trata de asesinar a seis de los jefes más destacados para robarles cierta tecnología y chantajear a la Coalición con destruirla si no les ascienden. Lauren está de acuerdo con Sark. Jack le aconseja a Sydney que pida a Dixon un cambio de compañero para formar equipo con Weiss, al menos hasta que las cosas se calmen. Algo reticente, Sydney habla con Dixon que hace el cambio de compañero, emparejándola con Weiss. El plan de Sark y Lauren sale a la perfección y consiguen aniquilar a todos los que están en su lista. Lauren parece disfrutar mucho con esta nueva misión, lo cual complace y asusta a la vez a Sark. Weiss y Sydney se reúnen con Cummings haciéndose pasar por unos magnates de los diamantes en África. Como la tapadera no convence a Toni, al final se ven obligados a mostrar su placa de la CIA y se llevan a la experta con la excusa de usarla como consultora. Junto a Marshall, elaboran un plan para acceder a la casa. En su despacho, Sloane parece distante y desesperado. Descubrimos que está preparando algo parecido a una droga con aspecto de kriptonita verde. Una vez elaborado el líquido, lo introduce en una jeringuilla y se lo inyecta, sin que produzca ningún efecto aparente. Horas después, Sloane llama a Jack y le dice que si consultará con un médico. La doctora encargada de Sloane será Judy Barnett. Sloane intenta jugar con ella como hace con todos, pero Barnett le corta enseguida y le dice que quizá no ha sido buena idea todo esto. La doctora insiste, diciendo que aún estará dos días más en la ciudad, por si cambia de idea. Jack, Vaughn y Sydney vuelven a la mansión; Sydney y Vaughn se infiltrarán en la casa mientras que Jack les dará apoyo táctico en el lugar y Marshall remotamente desde Los Angeles. O eso es en teoría, ya que Carrie informa a su novio de que ha roto agua y el niño viene de camino. Así que mientras presta apoyo a los agentes, Marshall ha de atender a su novia no sin antes afirmar que no será padre hasta que se case con ella. Menos mal que Weiss, recién ordenado pastor de la Iglesia de los Mamíferos por Internet, les puede casar a tiempo para que Carrie se suba en la ambulancia y un minuto después, tras que la misión de Syd y Vaughn haya salido bien, es Marshall quien sale corriendo al hospital. Antes de volver a EEUU, Barnett hace un nuevo intento con Sloane, que ahora parece más receptivo y acepta ser tratado por la psiquiátrica, no sin antes afirmar que posee un secreto que afecta directamente a los Bristow pero que por ahora no confesará. En Rusia, Sark se reúne con McKeenas Cole, liberado recientemente y ahora miembro de la Coalición en una alta posición. En todo momento, Cole estuvo al tanto de los planes de Sark y Lauren porque esta le mantuvo siempre informado. A pesar de esta alta traición, ni el jefe de la Coalción ni Cole están enfadados ya que como han asesinado a los seis jefes, la agenda recién robada por la CIA es totalmente inservible. Al final obtienen lo que quieren: Lauren y Sark son nombrados responsables de la celda norteamericana de la Coalición. Pero no todo va bien para Lauren. Antes de dejarles marchar, Cole le aconseja que controle a su marido y su cercanía con Sydney tras el reciente incidente de Corea. El comentario envenenado de Cole surte efecto y a Lauren le falta tiempo para advertir seriamente a Sydney que se aleje de Vaughn.

Dixon informa a los agentes que desde Langley están muy preocupados porque la Coalición se les adelanta con demasiada frecuencia y sospechan que pueda existir un topo en la Fuerza de Operaciones Conjuntas así que asigna a Jack que abra una investigación interna para descubrirlo. Sydney y Vaughn viajan a Canadá donde tienen que extraer información relativa a la Coalición de un servidor. Sin embargo, Sark y Lauren se les adelantan y no sólo impiden que Marshall recupere la información sino que además introducen un virus en los sistemas de la CIA. Syd y Vaughn huyen del edificio persiguiendo a los intrusos de la Coalición que, aunque ellos no lo saben, son Sark y Lauren. A pesar de pisarles los talones en una persecución de coches en el garaje, finalmente logran escapar y cuando están a salvo, ambos agentes se besan apasionadamente celebrando su victoria. La misión de la CIA es un desastre y ni siquiera Marshall cree que podrá extraer la parte de la información que le ha llegado. En Zúrich, la doctora Barnett acepta una invitación de Sloane a cenar en un restaurante, con la excusa de tener allí una sesión pero ni el uno ni el otro parecen demasiado profesionales en su trato a pesar de una falsa reticencia por parte de Barnett. Ella le pregunta por su obsesión con Rambaldi y Sloane le cuenta la historia de la máquina que ponía "Paz" pero a la doctora le cuesta creer que Sloane no encontrara nada más y él se siente ofendido por lo que sugiere Barnett. Además, Sloane le dice que no revelará su secreto y se crea tanta tensión que la psiquiatra se levanta ofendida y se marcha. Las cosas no están tan mal. Marshall ha logrado obtener la localización de la bomba en un barco atracado en Lisboa y Dixon envía a Vaughn y a Sydney a recuperarla pero, naturalmente, la otra pareja de espías formada por Lauren y Sark ya están por allí y reciben a los agentes de la CIA con disparos, aunque logran ponerse a salvo. En Zúrich, Sloane sigue a Barnett y se disculpa con ella en el vestidor del restaurante. El agente le confiesa su secreto: desde hace más de veinte años vive con el remordimiento de haber traicionado a su amigo Jack Bristow al tener una aventura con Irina. Barnett le pregunta si es él el padre de Sydney a lo que Sloane no responde. En el barco, Sydney encuentra la bomba y Vaughn encuentra a uno de los agentes rivales: se trata de Lauren pero como va con la cabeza cubierta, no la reconoce. Cuando le dice que se quite la capucha, Sark le grita desde abajo, apuntando a Sydney a la cabeza, que tire el arma ya que "si quiere a su compañera, lo hará". Vaughn lo hace y es golpeado por Lauren, que huye. Syd y Vaughn logran coger a Sark que en vez de escapar, activa la bomba y se la lanza a los dos. Gracias Marshall, sin embargo, Vaughn puede desactivar el artefacto explosivo.

Daniel Ryan, un terrorista irlandés, hace explotar una avanzada bomba en un edificio como prueba para la Coalición, con la que ha contactado para venderles estos explosivos. La idea es reunirse con Ryan haciéndose pasar por la Coalición e interferir con la venta. Para hacer creíble la tapadera, la CIA, haciéndose pasar por la Coalición, salva a Ryan de una detención por parte de Weiss y así ganar su confianza. Sedado, se llevan a Ryan a una habitación de hotel que ellos mismos han construido con las indicaciones de Lisenker. Ryan sospecha de todo este montaje a pesar de los esfuerzos de la CIA para hacerlo convincente por lo que Lisenker tiene que entrar en escena y ayudar a que Ryan se trague toda la tapadera. El truco parece funcionar, pero el terrorista exige tratar directamente con el corresponsable de la célula estadounidense de la Coalición, Sark. Lisenker dice que Ryan nunca se ha reunido con Sark, o eso cree, por lo que la CIA envía a Vaughn haciéndose pasar por Sark. El trato es que Sark viaje en un avión donde le darán los datos sobre la bomba. Como el socio sí conoce a Sark, la CIA tiene que engañar a Sark para que suba al mismo avión y robar el disquete tras el intercambio. Lo consiguen, pero en el avión no aparece ningún socio. Syd vuelve a la habitación y le dice a Ryan que llame a su contacto inmediatamente pero Ryan se niega, de modo que Syd llama a Sloane, en la cama con Barnett, y este le dice que Ryan es un mercenario que se vende a cualquiera, aunque desde que su hermano murió hace dos años, ahora sólo lo hace por interés político. Resulta que su hermano fue al que Sydney tuvo que asesinar como Julia Thorne para la Coalición, de modo que si destruyera el avión con Sark, obtendrá su venganza y mucha más publicidad que con su anterior bomba. De este modo, Vaughn y Sark han de unir esfuerzos para desactivar la bomba, encontrada entre unos cables del avión. La CIA revela su tapadera, con la idea de que si Ryan trata de hacer daño a la Coalición, puede que le convenzan para ayudarles. A cambio de desactivar la bomba y entregar los planos, puede que lleguen a un acuerdo justo con el terrorista. Pero él no accede y Sydney trata de convencerle de nuevo, cometiendo el error de darle su alias, Julia Thorne, que Ryan reconoce como la asesina de su hermano. Ahora quiere venganza, sabiendo que en el avión viaja un ser querido para Syd/Julia y, engañando a la CIA, activa la bomba a distancia y también la otra bomba que está en el despacho de Marshall, lo cual hace que Jack tenga que intervenir y convencerle con métodos poco ortodoxos a que la desactive. Naturalmente, papá espía lo consigue. Al final del día no sólo han conseguido salvar la vida sino que la CIA tiene a Sark de nuevo en su cuestodia.

Sark es extraditado desde Francia y en EEUU, Sydney aguarda su llegada. Dixon le informa de que la información está muy contenida para evitar filtraciones y detectar a quien las haga si estas se producen. Además, el senador Reed, padre de Lauren y encargado en el senado de la Fuerza de Operaciones Conjuntas, será el interrogador de Sark. Pero todo se viene abajo cuando Dixon recibe una llamada fatal: Sark ha escapado del avión, asesinado a los guardias y secuestrado a sus hijos. Si los quiere ver de nuevo con vida, la CIA ha de liberar a cinco agentes del Consorcio. George Reed no quiere negociar con terroristas pero Jack sugiere que se abran las negociaciones para ganar un poco de tiempo. Aunque la tensión entre los agentes y el político es palpable, al final acuerdan seguir el plan de Jack de lo cual Sark es perfectamente informado por Lauren. Mientras Sloane y Barnett deciden terminar su corta relación, Marshall ha localizado un refugio donde probablemente se encuentren los hijos de Dixon y ha interceptado parte de una conversación de Sark. La CIA monta un operativo de rescate con Dixon a la cabeza y confirman la posición de los hijos de Dixon, aunque resulta ser una trampa mortal de la que afortunadamente todos escapan con vida. La investigación del topo en la CIA lleva hasta las oficinas de Sloane en Suiza, pero es todo una trampa de Lauren, aunque Jack y Marshall no lo saben, así que Sloane es arrestado. Uno de los hijos de Dixon es liberado pero la demanda de Sark aumenta a diez prisioneros y advierte que no habrá una segunda oportunidad. Es demasiado para el director, que decide dejar el mando temporalmente. En realidad Dixon tiene que robar un invento de Rambaldi de las instalaciones de Nevada si quiere volver a ver a su hijo con vida y se lo confiesa a Sydney, que promete ayudarle. Ambos lo consiguen (¿había alguna duda?) y obtienen lo demandado: una extraña caja en uno de cuyos lados está escrito "Irina". Reed es informado de que falta la caja y observa que Dixon es uno de los que ha visitado las instalaciones secretas así que ordena que busquen al agente, pero Lauren habla con Vaughn y le dice que han de ayudar a Dixon. Gracias a esa ayuda, el intercambio del objeto por la hija de Dixon tiene lugar con éxito. Pero la sorpresa llega cuando Jack escucha una frase familiar salir de la boca de Lauren. De repente, todo encaja y Jack ya sabe quién ha estado saboteando sus misiones...

En México, Vaughn y Sydney son informados de que Bomani ha hallado la llave que abre la caja del episodio anterior y que tiene un verdadero interés en hacerse con lo que contiene. Las cámaras que grabaron el momento también captaron que el camión que llevaba Bomani pertenecía a Onmifam, la empresa de Sloane. Sloane, que está en prisión aguardando su ejecución, le cuenta a la CIA que los camiones fueron parte de su tapadera como doble agente de la Coalición y que puede facilitar el modo de localizarlos para probar su buena voluntad. Las dudas de Vaughn sobre su matrimonio se hacen cada vez más patentes y así se lo hace saber a su amigo Weiss y, más tarde, a su propia esposa con la que habla de separación. Lauren informa a Sark de la conversación y a este se le ocurre un plan algo descabellado: si el senador Reed muriera, Vaughn volvería a su lado a consolarla y eso les uniría de nuevo. Lauren no quiere ni oír hablar de la idea. Pero los pasos de Lauren ya no son tan secretos como antes ya que Jack está llevando a cabo su propia investigación sobre la señora Vaughn. Cuando reúne un número respetable de pruebas, se las entrega a George Reed, que no las cree en absoluto. Al regreso de una misión en Rusia, Vaughn le cuenta a Syd el tema de su separación y Sydney prefiere contener sus emociones y ser, por ahora, amiga de su ex amante. Lauren descubre que Jack ha estado siguiendo sus andanzas y Sark le sugiere de nuevo que asesine a su padre y le culpe de todo, argumentando que hizo que pareciese Lauren la espía. Mientras, Reed llama a Jack y le dice que quiere hablar con él. El objeto traído por Vaughn y Sydney de Rusia no muestra un mapa reconocible así que de nuevo recurren a Sloane, que confirma el hecho de que se trata de un mapa marino y no de una tierra en superficie. Con el satélite localizan el lugar en la costa de Japón y envían a Syd y a Vaughn a recuperar el objeto rambaldino. Lauren visita a su padre con la intención de asesinarle y el senador Reed, en un visible estado de sorpresa y shock, comprende que Jack tenía razón. Pero Lauren no es capaz de pulsar el gatillo aunque una inesperada aliada le hace el trabajo sucio. Cuando Jack llega, ya es tarde y encuentra a la desconsolada viuda Olivia Reed, que informa a Jack de que su marido, acorralado por las pruebas que apuntaban a él como traidor, les contó todo sobre el Consorcio y se suicidó. La misión en Japón no tiene éxito y al regreso, los lazos de Sydney y Vaughn se afianzan aunque todo se disuelve de nuevo cuando al regresar, Vaughn encuentra a su desconsolada mujer y decide volver con ella, como Sark predijo. Pero Dixon obtiene su venganza: aunque el senador Reed ha sido identificado como el traidor y eso elimina las sospechas sobre Dixon, se descubre que Sloane dio alguna información secreta a Reed que violaba los términos del acuerdo gubernamental y, por ello, su ejecución seguirá su curso...

Bomani y Sark abren la caja para descubrir que en su interior, Sloane había guardado el corazón de DiRegno. Según Sloane, el corazón es el motor de Il Dire (La Revelación), una máquina que al ponerse en marcha es capaz de escribir un mensaje del propio Rambaldi y así lo hacen Bomani y Sark. Dixon le pregunta a Sloane sobre el Pasajero y Sloane le dice que hablará sólo con Jack del tema, a pesar de que no quieran perdonarle la vida. El Consorcio también busca al Pasajero a través de las bases de datos médicas de todo el mundo y su gusano buscador ha llamado la atención de la CIA. Su modo de actuación hace pensar a Marshall que se puede tratar de un ingenio creado por un pirata llamado Cifra y envía a Sydney y a Vaughn a Berlín para localizarle, pero Lauren se adelanta y mata a Cifra, que tiene tiempo de entregar algo a Vaughn antes de morir. Jack habla con Sloane y confirma los cargos que el gobierno le imputa pero informa a Jack de que todo era parte de su trabajo en la Unión, un secreto grupo gubernamental al mando de George Reed que, a cambio de la obtención de información sobre Rambaldi, perdonaría la vida a Sloane. Jack le dice que si la Unión existe, por qué no hace que lo liberen a lo que Sloane no sabe responder, pero recuerda a Jack las deudas que tiene con él y le pide que demuestre la existencia de ese grupo. Sydney informa a Vaughn de sus sospechas: que creyó ver a Lauren en la discoteca de Berlín y que piensa que es una doble agente trabajando para el Consorcio. Vaughn no quiere creer una palabra pero antes de que finalice la discusión, Lauren aparece en el refugio berlinés donde están ambos agentes y se abraza a su marido, que creía que su esposa estaba en Inglaterra, arrojando las cenizas del senador al mar. La visita de Lauren no es casual: usando un anillo especial, logra corromper los datos que Cifra le dio a Vaughn en el pequeño disco duro, pero Marshall les informa de que en realidad no necesitan el código del gusano, ya que este no destruye información a propósito sino que la recopila, así que sólo tienen que extraerla del programa. Como Vaughn no escuchó a Sydney cuando le advirtió, esta vez es Jack el que va a hablar con el agente y ambos tienen un intenso enfrentamiento, a pesar de la insual apertura de Jack hacia Vaughn. Finalmente este le dice que ni Lauren es Irina ni él es Jack y que se meta en sus asuntos. Marshall ha obtenido la información que deseaba: el gusano contiene el ADN de una mujer pero no saben para qué podría necesitarlo, así que deciden identificar a la misteriosa mujer y localizarla para saber más de ella. Lauren también obtiene los datos del ADN y los descarga para entregárselos al Consorcio. La CIA, y el Consorcio a través de Lauren, localizan a la mujer en Milán, donde está siendo tratada por un doctor, pero Lauren llega primero, asesina al doctor y obtiene la información que busca. A pesar de ello, Bomani trata de eliminarla pero Sark acude al rescarte de Lauren y es Bomani el que acaba muerto. Jack obtiene la información que desea sobre la Unión, cuyo programa clave se llama Proyecto Centígrado. Cuando acude a Dixon para informarle, este le dice que las notas de la doctora Barnett sobre Sloane revelan que este tuvo una aventura con Irina durante el matrimonio con Jack. Lleno de rabia, informa a Sloane de que no ha encontrado información sobre la Unión. Las sorpresas no acabam. Vaughn registra las pertenencias de Lauren y halla entre ellas el material que usó para viajar a Berlín y matar a Cifra...

Cuando Jack pregunta a Irina qué es el Pasajero, esta desaparece misteriosamente sin mediar palabra. Jack intenta establecer una nueva comunicación con ella, pero no le resulta posible. Sark trata de obtener la misma información, esta vez de Conrad, con la ayuda de Olivia Reed. Al final ambos toman a Conrad y van a buscar ellos mismos al Pasajero. Vaughn, Jack y Sydney se reúnen en secreto y aquel les informa de lo que ha hallado sobre Lauren. Jack le dice a Vaughn que ha de actuar como si no lo supiera para que puedan obtener información sobre el Consorcio. Pero Vaughn no tiene mucho tiempo para reconciliar sus sentimientos porque la CIA le encarga junto a Sydney que intercepte en el desierto un convoy del Consorcio donde viaja Conrad y sus secuestradores. Desafortunadamente, Sark mata a Conrad cuando este está escapando pero antes de morir, tiene tiempo de decirle a Sydney que no se trata del Pasajero sino de la Pasajera: la hermana de Syd. Aún alucinada por la noticia, Sydney se lo cuenta a su padre y este le informa de que, dado que su madre tuvo una aventura con Sloane, es posible que su hermana sea la hija de ambos. Sydney va a visitar a Sloane a la cárcel y este le dice que se enteró de la existencia de su hija hace dos años (Cuentatrás) y que por eso construyó la Revelación, para obtener su ADN y localizarla a través de su organización médica mundial. Ahora el Consorcio va detrás de ella y Sloane pide a Syd que le ayude a ponerla a salvo. Mientras, la CIA descubre que el Consorcio va detrás de un documento llamado la Restauración que habla de la Pasajera así que Jack elabora un plan para obtenerlo y, a la vez, tenderle una trampa a Lauren que permita desenmascararla. Vaughn y Sydney siguen a Lauren que se reúne con su madre la cual dice a su hija que la Restauración está a salvo en su casa. Con la ayuda de Barnett, la CIA hace que Vaughn viaje con Lauren a casa de su madre para que allí, pueda robar la Restauración. Allí, Vaughn consigue hacer una copia del documento extrayéndolo de la caja fuerte de Olivia aunque casi es sorprendido por Lauren en el proceso. A través del documento descubren que la posición de la Pasajera será revelada por otro artefacto de Rambaldi llamado el Reloj de Arena y que sólo puede ser usado por el padre de la Pasajera, pero Sloane está apenas a unas horas de su ejecución. Jack va a visitar a Sloane y ambos tienen una tensa conversación junto a un vino que trae Jack sobre las deudas del pasado, Irina y sus hijas. Jack advierte a Sloane que lo que este hizo a su hija no es nada comparado con lo que le hará él a la suya. Chinchín. Mientras la ejecución de Sloane tiene lugar, Sydney está en misión secreta para recuperar el Reloj de Arena. Lo consigue y Sloane muere con Dixon, Jack y Lauren de testigos. ¿Sloane muerto? Claro que no. En el depósito de cadáveres, alguien saca el cuerpo de Sloane y le inyecta algo que le devuelve a la vida. Es Jack, el cual puso un misterioso componente en el vino anterior que, combinado con lo inyectado, falsificó la muerte de Sloane primero y permitió regresarle a la vida después. Ahora ambos pueden buscar a la Pasajera...

Jack le cuenta a Sydney que no entregó los papeles de la Unión al agente del Departamento de Justicia porque este era parte de la Unión así que improvisó la muerte y resurrección de Sloane. Este, por su parte, cuenta a Jack que según los manuscritos de Rambaldi, la Pasajera está considerada como un "conducto directo" a Rambaldi. Lo único que tiene que hacer es inyectarse con el líquido verde que Sloane probó en sí mismo y la Pasajera daría un mensaje procedente del mismo Rambaldi. Tras eso, toma el Reloj de Arena y obtienen la posición de la Pasajera. Mientras, Lauren ya sabe que Vaughn sabe que es una espía así que se pone en guardia frente a su marido. Este recibe una llamada de Brill en la que le dice que tiene información sobre su padre y que tiene que verle, así que Vaughn sale de Operaciones Conjuntas para reunirse con él y Lauren le sigue, pero Weiss sigue a Lauren a su vez. Brill le dice a Vaughn que su padre también era un seguidor de Rambaldi y que parte de su cometido secreto era liberar a la Pasajera de la KGB y llevarla con los seguidores de Rambaldi. Ahora Vaughn ha de continuar el trabajo de su padre o este habría muerto en vano. Tras una conversación, ambos acuerdan qué hacer pero cuando se separan, dos hombres enmascarados asaltan a Vaughn y se lo llevan. Mientras, Jack, Syd y Sloane necesitan contactar con cinco miembros de la Unión para acceder a un artefacto Rambaldi así que les tienden una trampa para que se reúnan y, gracias a la pericia de Sloane, obtienen el mapa de retina que necesitan. Mientras, Vaughn está siendo torturado por Sark, que quiere saber dónde se encuentra la Pasajera, información que aparentemente le dio Brill, pero por ahora Vaughn está aguantando el dolor sin soltar prenda, a pesar de la presencia de Lauren en el interrogatorio. La CIA, mientras, monta un operativo de búsqueda y rescate de Vaughn. Las pesquisas del trío de agentes les lleva a una prisión chechena donde la Pasajera se encuentra recluida. Los tres van a por ella. Jack advierte a Sydney que, a pesar de ser su hermana, no conocen nada a la Pasajera y que no deje que sus sentimientos la traicionen como sucedió con su madre. Los esfuerzos de Lauren y Sark para obtener la información les lleva a crear un montaje para que Vaughn crea estar hablando con la CIA y, así, obtener la información de la Pasajera. Vaughn logra darse cuenta y escapa pero de nuevo es apresado por su esposa, que le golpea y deja inconsciente. Como Sark obtiene la información por otros cauces, ambos deciden dejar a Vaughn seminconsciente y unido a una bolsa con una toxina que le vaya matando poco a poco. Afortunadamente, la CIA le rescata a tiempo. Syd se infiltra en la prisión y logra crear una situación de emergencia para salvar a la Pasajera, que se encuentra medio comatosa y atada a una cama. A pesar de lo dura que parecía con anterioridad, Sydney se ve superada por la situación y le dice que ella es su hermana y que va a rescatarla. En la huida, son alcanzadas por unos guardias pero la Pasajera reacciona, ya que su estado comatoso era sólo un engaño y, juntas, ambas hermanas consiguen escapar. La prisionera le dice a Sydney que es una agente secreta argentina y que por eso estaba fingiendo su estado. Además, le dice que su nombre es Nadia. En un refugio, Jack vuelve a advertir a su hija de que no cometa el mismo error que cometió con su madre, aunque Sydney no puede evitar que tiene una hermana. Nadia le dice a Sloane que sabe quien es pero este le asegura que ahora es un hombre nuevo desde que se enteró de su existencia. De repente, una explosión inunda la habitación y Sloane y Nadia desaparecen, dejando a Jack y Sydney apenas tiempo para esconderse de Sark y Lauren, que entran en el refugio. Parece que los días de traidor de Sloane aún no han llegado a su fin. Sloane huye con Nadia y, en un nuevo refugio, le inyecta el líquido verde, para horror de la paciente. Mientras, en el hospital, Sydney visita a Vaughn y le cuenta que la Pasajera es en realidad su hermana. Vaughn le cuenta a Sydney el destino de su padre y le advierte de una nueva profecía de Rambaldi: "La Pasajera y la Elegida lucharán pero ninguna sobrevivirá"...

En el refugio, Nadia está en un estado de trance a través del cuál escribe con los extraños símbolos de Rambaldi en papeles, que unidos, conforman el símbolo de Rambaldi. Cuando se repone del trance, trata de librarse de su sufrimiento y en el proceso rompe todos los frascos de líquido verde, aunque Sloane logra reducirla e inyectarle un sedante. Sin embargo, ahora tiene que obtener más líquido. Mientras, en Los Ángeles, Dixon presenta la información que han conseguido reunir de Nadia, que vivió hasta hace seis años en un orfanato y que fue reclutada por la inteligencia argentina, que la envió a Chechenia en su primera misión. Poco después, la CIA ha detectado al contrabandista que va a venderle el líquido verde a Sark (en lugar de a Sloane) y saben que es un modo de localizar a Nadia, así que los de la CIA pretenden poner un trazador en el líquido para poder llegar hasta el refugio de Sloane. Ambos viajan a Rusia y se infiltran en un antiguo laboratorio ruso donde son interceptados por Katya Derevko, que les ayuda a escapar. Katya les cuenta que cuando Irina regresó de EEUU a Rusia fue apresada bajo los cargos de espía y dio a luz a Nadia en la cárcel, donde le robaron a su hija para someterla a experimentos, incluyendo la escritura de Rambaldi que no pudo finalizar porque el padre de Vaughn la liberó a tiempo. Tras eso, Katya se unió a la KGB para ayudar a Irina a encontrar a Nadia. Mientras Sloane descubre que el vendedor de líquido verde no aparece sino que son Sark y Lauren los que le entregan el líquido a cambio de beneficiarse de sus resultados, en Los Ángeles Marshall informa a sus jefes que el líquido contiene una serie de sustancias que hace que Nadia mueva el brazo inconscientemente y escriba los papeles. Viendo de nuevo el vídeo de Nadia niña sujeta a experimentos descubren que el doctor responsable era el mismo Traje y Gafas. Como este ha tenido contactos recientes con Sloane, Syd y Jack han de localizar a Jong Lee (su verdadero nombre) en Cuba mientras que Jack ha de ir a la casa de Katya a buscar pistas sobre su conexión con todo este asunto. Pero Jack tiene más cosas en la cabeza. Antes de salir de Operaciones Conjuntas, le da a Vaughn una llave de su depósito y le sugiere que "acabe" con la situación actual de su esposa, lo cual le ayudará a concentrarse en sus tareas y continuar con su vida. Aunque Vaughn rechaza la ayuda, Jack le dice que se quede con la llave y se marcha a ver a Katya, con la cual tiene una interesante conversación sobre el pasado de Jack con Irina y algunas otras cuestiones personales. Traje y Gafas no supone mucha ayuda pero Jack si consigue tirar un poco del hilo lo que le lleva hasta Toni Cummings, aún en custodia de la CIA. Al parecer, Sloane encargó a Cummings un sistema de seguridad y esta le dice a Jack que si la liberan, podrá llevarles hasta él. Junto a Marshall, descubren que Sloane está en Kyoto. Mientras la CIA está en camino, se produce un tiroteo entre los hombres de Sloane y Sark y Lauren, por lo que al llegar Toni y compañía, la situación es bastante confusa. Todos entran a salvar a Nadia pero Vaughn y Cummings persiguen a Lauren aunque logra escapar, lo mismo que Sloane. Junto a Nadia, Sydney y Vaughn son evacuados en helicóptero y aunque Sydney jura proteger a su hermana, esta le dice que Sloane, en realidad, no quería hacerle daño. Marshall anuncia que aunque Nadia no completó los documentos, probablemente haya sufiente texto para obtener la información que contiene: el paradero de Rambaldi (según el doctor Lee). Dixon quiere saber por qué Sloane se escapó y Sydney responde que no se pudo hacer otra cosa aunque sabe que fue culpa de Vaughn y así se lo hace saber en privado. Vaughn sabe que Syd tiene razón así que decide acabar con el asunto como le sugirió Jack y visita el almacén que el agente le cedió. Y Jack decide visitar a su cuñada para no pasar por todo esto a solas...

Es un día normal y Sydney atraviesa los controles de seguridad para accederá a la Fuerza de Operaciones Conjuntas, depositando en las papeleras algo que parecen teléfonos móviles. Se dirige directamente al despacho de Marshall y comienza a descargar una serie de datos. Enseguida descubrimos que es Lauren con una máscara increíblemente bien hecha y al ser descubierta por Marshall, Lauren/Sydney le dispara y huye de la Fuerza, momento que aprovecha Sark para activar los explosivos de las papeleras. Aunque Lauren logra huir, Sark es detenido y su interrogatorio será llevado a cabo por Vaughn. Tras obtener la información que desea, la localización de Lauren, Vaughn va tras ella con el claro objetivo de matarla (a pesar de que Sydney trata de disuadirle) antes de que la CIA la aprese, sabiendo que ha sido ella la que ha atacado Operaciones Conjuntas. Sydney trata de seguir los pasos de Vaughn pero no puede acceder a la transcripción del interrogatorio porque Jack ha clasificado la información y no está dispuesto a impedir que Vaughn asesine a Lauren. Pero parece que esta no morirá esta noche; Vaughn ha reflexionado y, por Syd, no matará a Lauren. Por Syd y por algún misterioso aliado de Lauren, que apuñala a Vaughn por la espalda. Más tarde, viendo a Vaughn en el hospital, Sydney le dice a su padre que Lauren merece morir. Mientras, Sloane habla con Nadia y le habla de la Esfera de la Vida, un lugar lleno de cosas de Rambaldi pero su hija le dice que no le seguirá, aunque Sloane le informa de donde se encontrará por si cambia de idea. En la prisión, Lauren es encarcelada junto a Sark que le dice dónde se encuentra la ecuación de Rambaldi y su clave de acceso pero, sorpresa, Lauren no era tal sino Sydney disfrazada como ella. Accediendo al servidor, descubren que la información son unas coordenadas correspondientes a una zona de Palermo. Jack le advierta a Sydney que allí habrá muchos agentes del Consorcio y que le deje a él ir en su lugar pero Syd, extrañada, dice que no importa y que ya se encargará ella del asunto. El lugar concreto es una excavación al aire libre. En el hospital, Vaughn y Weiss trazan un plan para que aquel pueda escapar del hospital ya que están convencidos de que Sydney se dirige a una trampa porque fue Katya quien le apuñaló. El plan funciona y Vaughn escapa. En la excavación de Palermo ya es de noche, por lo que Sydney aprovecha para infiltrarse pero se encuentra con Katya, que le dice que al ser una operación del Consorcio, quiere infiltrarse también por si está relacionada con Rambaldi. Sydney le da una pistola a Katya y esta aprieta el gatillo contra su sobrina pero Syd había vaciado el cargador y es ella la que dispara un tranquilizante contra su tía. Justo en ese momento, Lauren llega a la excavación. Nadia cambia de idea y se reúne con Sloane, informándole de que alteró a propósito las ecuaciones de Rambaldi para que el Consorcio no hallara nada, así que le propone que ambos busquen los artefactos. En la excavación, Sydney y Lauren pelean y cuando la segunda se ve acorralada empieza a gritarle a Syd que si le mata, nunca sabrá nada de la verdad que ella sí conoce como que la CIA conocía su paradero durante los dos años que estuvo desaparecida o por qué no ha visto a su madre o si el hecho de que su hermana y ella sean agentes es una casualidad o algo más... Lauren le dice que existen pruebas sobre lo que dice en una cámara de seguridad pero entonces aparece Vaughn y mata a Lauren, aunque esta tiene tiempo de darle a Sydney los datos de la cámara. Tiempo después, Sydney viaja hasta la ciudad donde se encuentra la cámara de seguridad y allí halla lo que parecen papeles gubernamentales clasificados como alto secreto. En ellos se describe un proyecto denominado S.A.B. 47, iniciado el día del nacimiento de Sydney y siendo la propia Syd la cobaya del proyecto. La sorpresa llega cuando descubre que el responsable del S.A.B. 47 es Jack Bristow. Sydney sigue leyendo algo que parece terrible y descorazonador pero es interrumpida por el propio Jack que le dice: "nunca deberías haberlo visto"...

Han pasado varios meses desde el episodio anterior y todos se están ajustando a ciertas nuevas circunstancias en su vida. Michael Vaughn ha tenido que pasar por una severa comisión psiquiátrica tras asesinar a su esposa y, más tarde, reducir su casa a cenizas. Está considerando dejar la CIA, otra vez. La propia Nadia ha abandonado la vida de espía y vive en Argentina. Inundados por burocracia y bajo el constante escrutinio público, la CIA, al mando de la directora Hayden Chase, decide poner en marcha una rama secreta que haga el trabajo a su manera, un nuevo SD-6, esta vez del lado de los buenos. Para ello, hace que Vaughn, Jack, Dixon y Sydney abandonden oficialmente la agencia para que puedan integrarse en esta nueva rama. La sorpresa llega cuando descubren que su nuevo jefe será el mismísimo Arvin Sloane, que ha creado la nueva rama, llamada Solo Personal Autorizado (APO), gracias a un nuevo acuerdo con el gobierno. Sydney no está precisamente emocionada por este nuevo revés, pero sabe que la única manera de atar corto a Sloane es trabajar junto a él, y de eso trata su nueva misión: vigilar a Sloane y, si es necesario, neutralizarle.

Pero el mayor problema de Sydney es hacer frente a los sentimientos de rencor que guarda a su padre. En los papeles que encontró en Wittemberg, se detallaba mucha información sobre su madre, Irina Derevko, y al final del informe se adjuntaba una petición formal de Jack Bristow para eliminarla dado el peligro que suponía para la seguridad. El permiso fue aprobado y el propio Jack fue el encargado de asesinar a la madre de Sydney. Problemas personales al margen, la SPA tiene que intervenir en una nueva organización terrorista que planea un inminente ataque importante. Para ello, cuentan con una nueva incorporación a la SPA: Marshall, bastante aburrido e intimidado ahora que está casi solo junto a Weiss en la CIA. En la búsqueda de los líderes de esa nueva organización terrorista, Sydney se cruza con Kazu Tamazaki, un peligroso oriental que se considera a sí mismo un samurai moderno y que estaba relacionado con el antiguo amor de Nadia. Cuando este captura a Sydney y amenaza con matarla debido a un contrato que ha de cumplir, Nadia entra de nuevo en el juego del espionaje para salvar a su hermana. Momentos antes de morir, Tamazaki confiesa a Sydney el nombre de la persona que le contrató para matarla: Irina Derevko. Confusa, Sydney habla con Jack y este le cuenta que eliminó a Irina para poder librar a Syd de este peligro. Pero no todo es lo que parece cuando Sloane, ya a solas con Jack, le pregunta si "le ha contado toda la verdad". Con APO ya en marcha, Sloane anuncia una nueva incorporación oficial al grupo: Nadia, que ha reconsiderado su opinión y regresa al mundo de la inteligencia.

Se realiza una fiesta en casa de Sydney para festejar el cumpleaños de Weiss, al parecer Nadia y él se llevan muy bien... a Vaughn le preocupa que Nadia rompa el corazón de su amigo pero Sydney no le toma demasiado en serio. Entra en escena Jack para pedirle a Sydney que no revele la verdad a su hermana sobre la muerte de su madre, Sydney es tajante al contestarle que prefiere que se entere por ella a que lo haga por alguien más. En APO Sloane asigna una nueva misión, deben recuperar un ordenador robado a la NSA por Martin Bishop por encargo de un nuevo grupo terrorista, mientras tanto Jack se ofrece para realizar la evaluación psicológica de Nadia, lo cual a Sydney no termina de gustarle. Sydney finge se una damisela en apuros para lograr la confianza de Bishop y hacer que este la invite a entrar a su casa, una vez dentro consigue entrar en el servidor y obtener la ubicación del ordenador, pero no logra escapar de la casa antes de que la CIA intente recuperar el ordenador, Weiss es capturado y la fachada de Sydney descubierta, Vaughn y Dixon entran al rescarte solo para descubrir que Bishop les ha burlado secuestrando también a Sydney. Sydney con ayuda de Weiss logra safarse y luego persigue a Bishop hiriéndole pero quedando a merced de este. al final es Nadia quien salva a Sydney revelándole que fue Bishop quien asesino a su madre, más tarde Sydney reclama a Jack esta mentira, Jack le dice que es por el bien de todos.

La agente doble Sydney Bristow, junto con su enlace con la Central de Inteligencia, el también agente Michael Vaughn se verá implicada en un nuevo y complicado caso: la búsqueda de una peligrosa arma biológica. Los dos agentes irán encubiertos para recuperar una nueva arma. Mientras tanto, Sydney se mostrará preocupada porque Vaughn aún no ha dejado atrás su relación con Lauren y Nadia interrogará a Jack para descubrir la verdad sobre su madre.

Sydney y Vaughn se harán pasar por un matrimonio con la intención de encontrar un arma que puede traer de vuelta las Edades Oscuras. Sin embargo, el barrio en el que están infiltrados, una extraña recreación de un pueblo americano, no es tan encantador como parece.

Tras intoxicarse con un alucinógeno, Sydney comienza a actuar de forma extraña. Vaughn y Jack deben darse prisa para encontrar un antídoto antes de que Sydney ponga su vida, y la de otros cercanos a ella, en peligro.

Mientras Sydney y Nadia hablan sobre la forma en la que Nadia ha aceptado la paternidad de Sloane, Sloane se preocupa por el bienestar de Nadia cuando ella y Sydney se infiltran como dos ricas e irresponsables jóvenes herederas para encontrar un mortal producto químico.

Sloane le da a Jack total autoridad sobre los otros miembros, incluyendo a Anna Espinosa, una vieja enemiga de Sydney. Sin embargo, Anna cambia las cosas en la organización cuando captura a Nadia y fuerza a Sydney a cumplir sus órdenes. Sydney le cuenta a Nadia la profecía de Rambaldi, la cual profetiza que dos hermanas lucharán y tan solo una sobrevivirá. Mientras, Vaughn visita a Sark y trata de engañarle para que le ayude a capturar a Anna. Finalmente, una de las hermanas es herida de muerte por Anna.

Mientras Nadia está en coma, Sark entra en la organización para ayudarles a infiltrarse en el Frente Revolucionario de Cadmus y recuperar la bomba, pero a cambio pide ver el cuerpo de Lauren y que Vaughn abra el ataúd para él. Nadia sería la única persona con la inteligencia necesaria para interceptar la bomba, así que Jack es forzado para despertar prematuramente a Nadia del coma, poniendo en peligro su vida, lo que no le hace gracia a Sloane cuando se entera.

Dixon convence a Sydney para que le ayude a probar que Sloane está utilizando la organización para robar el índice Blackwell. Sydney entra en la casa de Sloane para copiar la clave secreta de su teléfono privado y poder pinchar sus llamadas. Cuando Nadia la descubre, se enfada con su hermana. Mientras tanto, Vaughn descubre algo desagradable sobre su padre cuando va a visitar a su tío en coma

Sydney deberá proteger la vida de un ciudadano que, sin darse cuenta, ha puesto en peligro. Mientras tanto, Jack planea una visita a un viejo amigo y Vaughn descubre más secretos sobre su padre.

Nadia pone en peligro tanto su propia vida como la de Sydney y Weiss tras desvelar su pasado a un peligroso criminal. Mientras tanto, Vaughn encuentra a una persona que está relacionada de alguna manera con su padre y Nadia e intentará averiguar todo lo posible sobre su pasado.

Tras fracasar en una misión, Sydney es atacada y puesta en un grave peligro y su única salvación será Marshall, el único capaz de liberarla. Mientras, Dixon es expuesto a un mortal patógeno liberado dentro de la organización.

Sydney y Vaughn ponen en peligro sus vidas tratando de encontrar la verdad sobre el padre de Vaughn, mientras que Jack y Sloane intentan conspirar contra la vida de ambos.

Katya Derevko se envenena para poder salir temporalmente de su celda y así contactar con Sydney. Una vez que Nadia le dice esto a su hermana, Sydney visita a su tía para decirle que se aleje de Nadia. Sin embargo, Katya descoloca a Sydney contándole cosas sobre su madre. Mientras, Vaughn se convierte en un malvado agente con intención de involucrándose con las personas que saben algo sobre su padre. Al final, él y Sydney descubren que el hombre detrás de estos dos planes secretos no es otro que Sloane. Sin embargo, las cosas no son exactamente como parecen.

La situación se complica en el S-D6 debido a los resultados de la investigación de Sydney y Vaughn sobre Sloane y su relación con el padre de este. Tras interrogar a Sloane, ambos concluyen que alguien le está presionando desde fuera, por lo que la organización decide poner una trampa para cazarlo pero fracasan y Sloane decide retirarse temporalmente. Sin embargo, Sydney le convence para que se mantenga en el caso ya que es la única persona que es capaz de anticipar el próximo movimiento de Arvin Clone. Pero Nadia teme que este tema haga que su padre reviva su pasada obsesión, Rambaldi.

La directora del orfanato donde Nadia estuvo, Sophia (Sonia Braga), ha recibido una brutal paliza. Ella contacta con Nadia y le dice que quiere verla. Sophia le cuenta a Sloane lo sucedido porque alguien está siguiendo a Nadia, de manera que él y Jack deciden contarles la verdad a sus hijas. Elena Derevko, la tercera y más cruel de las hermanas Derevko, ha estado siguiendo a Sydney y Nadia desde hace una década. Mientras, el doctor de Jack le aconseja que le cuente a Sydney su enfermedad.

Sydney se da cuenta de que su padre intenta ocultarle su enfermedad terminal, por lo que se ve obligada a recrear el tiempo en el que Jack trabajaba en la CIA e incluso hacerse pasar por su madre para ayudar a su padre. Además, la actriz brasileña Sonia Braga realiza un cameo.

El impostor que quiere hacerse pasar por Sloane cae en las redes de la organización. Para sacarle información sobre el asunto Rambaldi, el verdadero Sloane debe revivir una penosa situación para que el impostor se revele.

Sophia, la directora del orfanato de Nadia, es seguida por la organización tras conocerse su terrible verdad que pone en peligro la vida de un agente. Mientras, la fidelidad de Sloane queda en entredicho ahora que ha dejado de sentir la obsesión por Rambaldi. Jack se reúne con la cruel Derevko y con Vaughn que le efectúan una extraña pregunta

Elena Derevko se convierte en un problema para la organización cuando descubren que está viva y sigue tras Sydney. La protagonista debe encontrarla y para ello cuenta con la ayuda de Nadia y Jack. La única solución es descubrir a su hermana Irina para que les diga como pueden detenerla, pero para ello deben descubrir donde está.

Rambaldi está a punto de poner el mundo en peligro y Jack, Sydney, Irina, Vaughn y Nadia son los encargados por parte de la agencia de salvarlo, pero Elena se da cuenta de la llegada de este equipo y hará todo lo posible para detenerlos y que Rambaldi se salga con la suya.

La temporada comienza en la misma escena donde nos dejó la cuarta temporada, Sydney Bristow y Michael Vaughn en el coche camino de sus vacaciones. Tras el accidente, Syd queda inconsciente, cuando se recupera, ha llegado ya la ambulancia y la policía. Se llevan a Vaughn, ella se queda en el coche y ve como un 'policía' va a ponerle una inyección a éste. Syd huye por un campo de maíz mientras la persiguen. Cuando esta a salvo mira hacia el coche y ve como un helicóptero se lleva a Vaughn. Syd vuelve a Los Angeles y Vaughn está desaparecido; un nuevo personaje que parece tener autoridad sobre APO está investigando la fiabilidad de Vaughn, el cual es sospechoso de traicionar a la CIA. Vaughn contacta con Syd y le dice que se lo explicará todo en persona. Cuando llega al punto de encuentro, Syd exige a Vaughn que le de respuestas, y éste empieza por decirle su verdadero nombre, Andre Michau, y que su padre tuvo que cambiar de identidad a toda su familia cuando Vaughn era un bebé, debido a su situación política. Syd se fía, así que se ven con un antiguo contacto del padre de Vaughn, que les promete darles más información si roban un objeto para él. Durante la misión, son descubiertos pero logran escapar apresuradamente, momento en el que llaman a Syd del hospital para darle los resultados de su chequeo posterior al accidente, y le dicen que está embarazada. Cuando se lo dice a Vaughn, a éste al principio parece desagradarle pero de camino al encuentro con el contacto del padre de Vaugnh empiezan a hacer planes, ilusionados, para cuando llegue el bebé. Al llegar a la cita, el supuesto supervisor de la CIA que investiga a Vaughn, es en realidad uno de los malos, pues le ha tendido una emboscada, y tirotea al contacto de Vauhng y él mismo... Tras una larga operación, Vaughn está en situación crítica, pero consciente; Syd y el hablan sobre nombres para el bebé, pero Vaugnh se encuentra cansado, se duerme... Finalmente muere y es enterrado sentidamente, pero parece que no será la última vez que veamos a Andre Michau...

Sydney Bristow se asocia con Renée Rienne (una fugitiva buscada por la CIA) para descubrir al asesino de Michael Vaughn y evitar que ataque de nuevo. Mientras, Jack Bristow recluta a un nuevo agente, Thomas Grace, quien más tarde tendrá algunas dificultades con Sidney, y Weiss deberá decidir si acepta o no un ascenso que le separará de sus compañeros, trasladándole a trabajar a Washington.

Una mujer penetra en unas instalaciones militares en Turquía para robar un dial de algo llamado sustancia 33, un agente biológico desarrollado por los rusos tras la Guerra Fría. En APO, Marshall sugiere que el robo ha sido perpetrado por la organización de Deen, la Cabaña. Jack envía a Sydney, Tom y Marshall a Praga tras un hacker que puede trabajar para Deen, pero al llegar allí descubren que este hacker, Rachel Gibbson, es una agente reclutada por la Cabaña pero que cree trabajar para la CIA, lo que lleva a Sydney a recordar sus viejos tiempos en la SD-6

Mientras Sloane espera la resolución de su sentencia por traición, un misterioso asociado de Gordon Dean le requiere para un favor a cambio de influir en la conducta del jurado.

Sydney y Tom viajan a Marseilles (Francia) cuando descubren que Renée ha robado el crio-contenedor que aloja el cuerpo congelado de su supuesto padre muerto.

Sydney y el equipo de APO consiguen infiltrarse en una fiesta formal de la embajada china en La India para localizar a un traficante de armas.

Sloane decide traicionar a Dean cuando descubre que la condicional de Nadia no prosperará.

Un incidente relacionado con una bomba de microonda lleva a APO a enviar a Rachel a Sao Paolo para investigar esta arma. Pero otra persona llamada 'Bob' ya ha ido tras esa información.

Cuando Kelly Peyton roba a la CIA software relacionado con Michael Vaughn, Sydney es secuestrada por los agentes de Profeta Cinco para hipnotizarla y hacer a su mente regresar a sus tiempos felices con Vaughn.

Tras escapar de Peyton y sus secuaces y descubrir que está en un buque de carga, Sydney se mete a la sala de comunicaciones para enviar un mensaje a APO y permitir que la CIA siga sus pasos.

Tras nueve meses de embarazo y dejar la maternidad, Sydney se sorprende de que su madre, Irina Derevko, manifieste ser una víctima perseguida por Profeta Cinco para recibir información relacionada con 'El horizonte'.

Un mes después, con Sydney de baja por maternidad, se ve forzada a volver al campo de trabajo con la vuelta de su vieja enemiga Anna Espinosa.

Mientras Sydney y el resto de APO intentan descubrir más sobre Profeta Cinco y sus planes, Sloane recibe de parte de Profeta Cinco un bote de suero con la cura para Nadia.

Un chip informático es encontrado en el cuerpo muerto de Renée, llevando a Sydney a contactar con Vaughn.

Sydney debe mantener el secreto y trabajar con Sark para localizar la pista de Ramaldi, perdida en una cárcel italiana, antes de que Sloan, Peyton y el resto de Profeta Cinco lo hagan primero.

Sloane hostiga a Rachel y Marshall para forzarlos a ayudarle a encontrar la pista de Rambaldi donde él la ha perdido.

En medio de las consecuencias de la destrucción de APO, Sydney, Jack y Vaugh deben encontrar una forma de detener a Irina Derevko y Arvin Sloane, empeñados en llevar a cabo el Armagedon final de Rambaldi.