Тележурналистка Эйприл О'Нил вела репортаж о преступности в Нью-Йорке и случайно наткнулась на бандитов-панков, которые хотели убить её. Она очутилась в канализации, где её спасли от бандитов 4 странных существа. Позже она узнала, что это черепахи-мутанты, которые обучились искусству ниндзюцу. Это были Микеланджело, Донателло, Рафаэль и Леонардо. Историю черепашек рассказал их отец-наставник — мутант-крыса Сплинтер.

Эпизод, где появляется Ороку Саки, главный враг Сплинтера. Он дал себе прозвище Шреддер, оказалось, что это он вылил в канализацию мутаген, из-за чего черепашки стали большими. Он предпринял точно также превратить двух панков в животных-мутантов — бородавочника Бибопа и носорога Рокстеди. А затем он похитил Сплинтера, дабы заманить черепашек к себе в ловушку. Черепашки познакомятся со своим главным врагом...

Когда черепашки освободили Сплинтера и скрылись в канализации, Сплинтер думал, что наконец-то сможет отдохнуть. Но не тут-то было! Шреддер нанял себе в помощники сумасшедшего учёного Бакстера Стокмана, который создал роботов-маусеров, способных уничтожать крыс...

Шреддер решил послушаться своего друга Кренга из Измерения Икс. Он решается открыть портал в Измерение Икс и выпустить каменных воинов Кренга. Но вместе с ними попадают на Землю Нейтрины-подростки...

Шреддер выпустил каменных воинов, Кренг обрёл себе новое могучее тело, в то время черепашки с нейтринами попытались найти Технодром, поставив цель отправить пришельцев обратно в Измерение Икс и превратив Сплинтера вновь в человека.

Черепашки-ниндзя отправили каменных солдат и Нейтринов в Измерение Икс, а вместе с ними Кренга и Шреддера. Но Шреддер предпринял попытку вернуться на Землю и отомстить черепашкам. Но теперь им руководит Кренг...

В Центральном Парке Нью-Йорка терпит крушение инопланетный космический корабль. Случайно рядом оказались черепашки и узнали, что на Земле остались три осколка волшебного камня, который назвали «Глаз Сарната». Шреддер, заполучив один из осколков, пытался уменьшить черепашек...

Продолжение серии Невероятное превращение черепашек в лилипутов. Используя первый осколок "Глаза Сарната" Шреддер превращает безобидную амебу в жуткое растение-мутанта. Черепашкам снова приходится спасать человечество.

Продолжение серии Нападение растений. Теперь в руках у Шреддера уже 2 фрагмента инопланетного кристалла. Подсоединив новый обломок к компьютеру, злодей обращает против них всю электронику в городе...

История с глазом Сарната дошла до кульминации. После нескольких месяцев упорных поисков, Шреддеру удается-таки собрать все осколки "Глаза Сарната". Теперь злодей способен усилием мысли превращать любой предмет во что угодно. Это значит, что он уничтожит Черепашек-ниндзя. Черепашкам придётся лезть из кожи вон, чтобы остановить Шреддера и забрать Глаз Сарната.

Шреддер узнал, что черепашки страстно любят пиццу. Он положил в пиццу яйца жутких монстров из Измерения Икс. Вот только пиццы попадали не к черепашкам, а к обычным людям...

Эйприл получила от Шреддера редкий цветок Одукку, аромат которого способен вызвать глубокую кому и даже смерть. Пока Черепашки пытаются найти противоядие смертоносному растению, Бакстер Стокман попадает в Измерение Икс, где, в результате несчастного случая, превращается в муху-мутанта.

Шреддер который раз повторяет попытку с мутагеном! Теперь для уничтожения черепашек он создал четырёх огромных лягушек-панков. Но встретившись с черепашками, они изменили свой образ жизни!

Донателло осчастливил Сплинтера: с помощью остатков мутагена он делает Сплинтера человеком! Однако с человеческой внешностью Хомато Йоши (Сплинтеру) не долго жить! Ведь Шреддер всё ещё в деле!

Проникнув в компьютерную сеть полицейского управления Нью-Йорка, Шреддер подчиняет себе роботов-полицейских нового поколения. Чтобы остановить их, Черепашки вынуждены объединиться с "РЕКСом-1" - единственным роботом, не подвергшимся козням Шреддера.

Из Измерения Икс возвращаются Нейтрины, которые остановили Кренга, — Даск, Зак и Калла. Теперь они пытаются спасти черепашек.

Экранизация комикса Боба Кейна: после несчастного случая Эйприл мутировала в женщину-кошку. Шреддер решает воспользоваться этим против Сплинтера, зная, чего боятся крысы...

Устав от бесконечных провалов Шреддера, Кренг решает вернуться на Землю, и не один, а с Технодромом и прочими злыми воинами. Черепашкам придётся сделать всё, чтобы вернуть Технодром в Измерение Икс!

Черепахи узнают как сильно ослаб Сплинтер, он пострадал во время битвы с Шреддером.

Черепахи смотря тв-шоу узнают, что телеведущий изображает своих героев, как угрозу для общества. Черепахи воздерживаются публично очистить своё имя, чтобы победить Крэнга и его новое роботизированное оружие.

Ирма случайно становится гигантской, и её естественно неуклюжий характер делает её опасной для города. Черепахи и Эйприл О'Нил скрывают её и ищут лечение.

Гангстеры cметают весь антиквариат в городе. И когда они украли большую часть наших героев, Донателло и Эйприл выясняют причину. Может во всем виноват Шреддер?

Черепахи взлетают, когда Шредер изобретает устройство изменяющее гравитацию. Вскоре она распространяется на поверхности и влияет на весь Нью-Йорк.

Шреддер и Сплинтер меняются телами, когда устройство случайно активируется во время битвы между черепахами и их врагами. Шреддер планирует обмануть черепах и покончить с ними. Черепашки и Сплинтер пытаются заманить Шреддера, чтобы Сплинтер вернул своё тело.

В середине летней жары, кто-то разрушает все кондиционеры и захватывает все фреоны города. В то же время, Вернон и Берн ищут черепах, но находят что-то еще.

Мальчик по имени Зак изо всех сил старается помочь черепахам, но с некоторыми не так оптимальными результатами. В конце концов, он показал себя очень полезным для команды черепах.

Загадочный человек обитает в канализации, имеет возможность держать крыс под своим контролем. Может ли Сплинтер сопротивляться его силе, или он уничтожит черепах под воздействием крысиного короля?

Живой динозавр блуждает по городу и исчезает внезапно, черепахи следуют за ним, следы ведут в большое отверстие, где они обнаруживают шокирующие откровение: Земля, где бродят динозавры. Между тем Шреддер, Бибоп и Рокстеди здесь же пытаются собрать кристалл, необходимый для зарядки Технодрома Крэнгом. Черепахи обнаруживают, что кристалл это жизненная сила для всех динозавров, они должны получить его обратно, прежде чем все они будут уничтожены.

Император Алистер из Малакурии прибывает в США с образцом Малакуриан 19, Крэнг понимает что это способ подачи питания на Технодром, который имеет постоянные нарушения энергоснабжения. Чтобы отпраздновать отношения между Малакурией и США, император принимает бал-маскарад в Нью-Йорке, но его дочь Мэллори пробирается за ночь в город. Эйприл принимают за принцессу Мэллори, на маскараде также появляется Шреддер, Бибоп и Рокстеди, которые планирует похитить принцессу Мэллори, чтобы получить Малакуриан 19.

Робот воин, известный как мобильный бронированный компьютеризированный боец, перемешается от 400 лет из будущего в 20-е века в Нью-Йорк. Он дружит с черепахами, но Шреддер и Крэнг ищут его, чтобы переманить на свою сторону, при помощи перепрограммирования.

Шреддер получает во владение древний меч ниндзя, который создан из металла космического происхождения, что позволяет проходить сквозь измерения.

Крэнг и Шреддер придумали план, чтобы избавиться от черепах из канализации, город затоплен водой из океана.

Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро выиграет, Леонардо сомневаясь в своём руководстве, принимает решение уйти на некоторое время. Между тем, Крэнг и Шреддер забирают солнечную энергию от солнца для двойной цели питания Технодрома и для создания на Земле ледникового периода. Без Леонардо, три других черепахи попытаются сорвать Шреддеру планы, принимая решения по очереди как лидеры, но каждый понимает, что они должны преодолеть свои собственные недостатки, такие как: Рафаэль не может принять решение, Микеланджело становится все более серьезным, а Донателло необходимо все анализировать даже самые очевидные факты.

Шишка на голове Леонардо, заставляет его думать, что он находится в семнадцатом веке во Франции, а его товарищи мушкетеры.

Шреддер перепрограммирует новый суперкомпьютер для сбора городского мусора, чтобы собрать черепах. Но когда Шреддер не устанавливает определение черепах ниндзя, суперкомпьютер собирает черепах всех видов! Черепахи из города любой формы и размера не являются безопасными для Шреддера.

Шреддер считает, что он Микеланджело после компьютерного сбоя.

Инопланетяне похитили Донателло и Рокстеди.

Визит на землю пришельца с фотокамерой приводит к хаосу. Шреддер и Эйприл попадают во внутрь камеры иностранца, потому что она делает больше, чем просто снимки.

Шреддер и Крэнг изобретают любовный напиток, который заставляет Леонардо, Рафаэля и Микеланджело влюбится в Ирму, а Рокстеди в Эйприл. Донателло создает антидот.

Бакстер Стокман возвращается, чтобы отомстить черепашкам и Шреддеру. В это время наши герои пытаются остановить план Шреддера, выкачать воду из подземного резервуара.

Нетерпеливый паренек вызывает переполох в городе, в то время как Шреддер и Крэнг берут под контроль все машины в городе. Может быть, этот новый "герой" может помочь черепашкам.

При аварии поездов, смешиваются два компонента из разных поездов и получается мутаген, из лужи с мутагеном пьют два быка. В результате получается мутагеновый монстр.

Корпорация «Чернила осьминога» похищают работников других корпораций. Кейси Джонс помогает черепахам раскрыть, кто стоит за новой волной корпоративной преступности.