Zack y Cody, gemelos del Hotel Tipton de Boston, suben a bordo del S.S. Tipton para pasar el instituto en el mar. London y Mr. Moseby se unen a ellos también, y Bailey y Woody son presentados al elenco.

La pandilla se dirige a la Isla de los Loros, donde London escapó después de ser forzada a compartir camarote con Bailey. Aunque están encarcelados por estar conectados a la organización de Tipton, ¿podrán London, el Sr. Moseby, Cody, Zack, Woody y Bailey escapar antes de que salga del puerto?

Después de que Zack se gasta todo su dinero y el de Cody en fiestas, los dos se ven obligados a buscar trabajo. Cuando Cody descubre un próximo concurso de yoyó, decide apuntarse para tener la oportunidad de ganar el premio de 1,000 dólares. Mientras tanto, Bailey está harta de que London ocupe todo el espacio en su camarote, así que inventa una historia para asustar a London.

Mientras que Cody ayuda a London y Bailey a decidir quién tiene la mascota más inteligente, Zack está en terreno peligroso por robar un valioso regalo de una chica a la que adora. El problema, sin embargo, es que no fue él quien lo cogió.

Después de ver a un bailarín con una tobillera distinta, London y Bailey reclutan a Zack, Cody y Woody para ayudarles a descubrir la verdad: que su maestra, la Sra. Tutweiller, era la bailarina.

Cuando Cody se ve obligado a repetir el mismo día una y otra vez, como en 'El Día de la Marmota', aprovecha la oportunidad para ganarse el afecto de Bailey, sin importar cuántas veces tenga que intentarlo.

El primo de Arwin, Milos, trabaja en el próximo destino del barco, un elegante museo griego. Cuando accidentalmente entrega un collar real en lugar de una réplica, Zack, Cody y Bailey deben ayudar a reemplazar el verdadero antes de que el dueño del museo lo descubra.

Mientras que Cody y Bailey intentan demostrar la existencia de Galápagos Gurdy, una criatura marina legendaria, Woody, Zack y London crean una criatura vegetal masiva utilizando el batido energético de London.

Chelsea, Barbara y Bob de suben a bordo del S.S. Tipton. Cody está preocupado por tener que dejar a Barbara, pero está aún más preocupado cuando descubre que ella está saliendo con Bob. Mientras tanto, London tiene que convencer a Chelsea de que es la estudiante más mimada del barco.

Después de un extraño accidente, Zack y Cody intentan compensar a Kirby ayudándolo a pasar su examen de equivalencia de la escuela secundaria. London intenta avergonzar a Bailey en público, hasta que descubre cuánto duele.

Cody roba las respuestas del test de amor de Bailey para tratar de impresionarla, solo para descubrir que no todas eran ciertas. Mientras tanto, Zack y Woody intentan juntar al Sr. Moseby y a la Sra. Tutweiller para que no sean tan estrictos.

Cuando Cody y Zack visitan a un viejo Swami en la India, descubren que él es solo un empresario por dinero. Mientras tanto, Padma ha regresado y necesita a London para fingir que en realidad es su compañera de cuarto.

Cuando Maddie entra en el S.S. Tipton para unas cortas vacaciones, Zack hace todo lo que puede para ganarse su corazón después de que ella acepte a un príncipe. Sin embargo, Zack realmente tiene que ayudarla, una vez que descubre que el príncipe no es todo lo que ella esperaba.

El barco atraca en Roma y Cody arrastra a Zack a un famoso restaurante. Pero cuando el personal dimite, Cody y Zack ocupan su lugar. London se enamora de un chico llamado Luca, hasta que descubre que él es un estafador. Luego, el Sr. Moseby y Bailey deben ayudarla a recuperar un fajo de dinero en efectivo que le dio al chico.

London y Bailey van al espectáculo de un hipnotizador y, de repente, London comienza a actuar como Bailey, para disgusto de Bailey. Mientras tanto, el Decano de Harvard está a bordo, y Cody quiere hacer todo lo posible para impresionarlo, hasta que su hija quiere salir con Zack, quien es reconocido por el Decano como el payaso residente.

Cuando a los padres de Zack y Cody se les ofrecen contratos a tiempo completo a bordo del S.S. Tipton, deben diseñar un plan para evitar que sus padres los acosen todos los días. London intenta todo lo posible para encontrar el regalo de cumpleaños perfecto para el Sr. Moseby.

Mientras que Zack se hace cargo de la parte del crucero de la categoría senior y tiene que lidiar con un anciano particularmente gruñón, London pone a prueba a Cody y Woody para ver quién la acompañará a la estación espacial de Tipton.

Una chica, Marissa, es encontrada en el mar y traída a bordo del S.S. Tipton. Zack y Woody están convencidos de que es una sirena, pero cuando Zack descubre que en realidad es una nadadora profesional, él se hace muy amigo de ella. Mientras tanto, Cody es despedido después de que predica la conservación del medio ambiente como el chico de la toalla del barco.

Cuando Bailey empieza a echar de menos su casa, Cody ayuda a animarla organizando el Kettle Corn Mulch Festival a bordo del S.S. Tipton. Pero cuando el exnovio de Bailey, Moose, aparece, las cosas van mal.

Después de que Kirby hiere al Sr. Moseby, Connie toma su lugar y organiza la próxima celebración del capitán. Pero después de que se rompe el regalo del capitán, London corre contra el reloj para arreglarlo a tiempo.

En su camino hacia una actuación en Hawai, Hannah Montana embarca en el S.S. Tipton. Cody, desesperado por impresionar a Bailey, intenta usar su conexión personal con Hannah para conseguir entradas. Mientras tanto, Alex, Justin y Max Russo están a bordo y hacen algunas bromas sin darse cuenta, aunque accidentalmente hacen que Zack sea el culpable.

Cuando una mujer que parece ser una asesina roba un microchip secreto que contiene información confidencial, un posible espía intenta usar a Zack y Cody para recuperarlo. Pero cuando Cody se lo dice a Bailey, ella se pregunta si puede confiar en él.

Después de un espectáculo de magia, Londres se lleva al mago, y Zack intenta salir con Cody y Bailey, lo que interfiere con su relación. Desesperados, logran que Woody se lleve a Zack para un próximo concurso de música.

Después de que el mal comportamiento de Zack se salga de control, se le asigna ser vigilante de pasillos. Pero él lleva las cosas un poco demasiado lejos, y las cosas comienzan a irse de las manos. Esto no ayuda a Cody y Bailey, que están tratando de encontrar más tiempo para verse; pero con Zack al acecho y Bailey consiguiendo un trabajo, comienzan a separarse.

Bailey se pone celosa cuando Cody llama la atención de otras chicas después de que se convierte en profesor sustituto de labores del hogar. Mientras tanto, London intenta vender los "cuadros" de Zack, que son cosas que tenía en la boca cuando estornudó.

Después de que Bailey y Cody intenten que London sea inteligente para una apuesta, London se vuelve inteligente con un perfume. Mientras tanto, la broma de Zack para Woody sale mal cuando accidentalmente empuja a una luchadora.

London visita a su abuela en Tailandia. Mientras tanto, Zack le pide a Cody que vaya a una cita doble con él.

Cuando Zack entrega uno de los viejos trabajos de Cody como propio, la Sra. Tutweiller cree que le tienen miedo a los plátanos. Mientras tanto, London sufre de abstinencia cuando le quitan sus teléfonos móviles en clase.

Después de que comienza un nuevo semestre, Zack, Cody, Woody, Bailey y London están a bordo de un bote salvavidas cuando se aleja del S.S. Tipton, y flota a la deriva en el mar. Cody y Bailey discuten sobre quién es mejor en todo, y London se vuelve loca, pensando que está en un lujoso hotel, y Bailey la ayuda a cumplir sus alucinaciones. De vuelta en el barco, el Sr. Moseby y la Sra. Tutweiller se dan cuenta de que los estudiantes están desaparecidos e intentan encontrarlos, también se quedan aislados.

Después de que comienza un nuevo semestre, Zack, Cody, Woody, Bailey y London están a bordo de un bote salvavidas cuando se aleja del S.S. Tipton, y flota a la deriva en el mar. Cody y Bailey discuten sobre quién es mejor en todo, y London se vuelve loca, pensando que está en un lujoso hotel, y Bailey la ayuda a cumplir sus alucinaciones. De vuelta en el barco, el Sr. Moseby y la Sra. Tutweiller se dan cuenta de que los estudiantes están desaparecidos e intentan encontrarlos, también se quedan aislados.

Zack se sorprende al saber que tiene un nuevo compañero de camarote que solía ser un famoso rapero hasta que llegó a la pubertad y su voz se hizo más grave.

Jordin Sparks viene a bordo del S.S. Tipton y Zack, Cody y Marcus intentan escribirle una canción. Mientras tanto, como uno de los concursos de "¡Bien por Mí!"de London, una de sus fanáticas pasa un par de días con ella en el barco, pero la admiradora de London está un poco loca.

Zack y Cody reciben un cheque de 200$ de sus padres por su cumpleaños número 16, pero tienen una discusión sobre cómo gastarlo. Durante la discusión, los dos desean ser hijos únicos y una vez que el barco se adentra en el Triángulo de las Bermudas, su deseo se hace realidad.

Zack, Marcus y Woody crean un falso concurso de belleza para que puedan conocer chicas. Cuando el Sr. Moseby se entera de sus planes, los castiga obligándolos a llevarlos a cabo. Mientras tanto, Bailey entra en el concurso para intentar vencer a London y contrata a Cody como su entrenador, pero se enfada con él cuando se vuelve demasiado controlador.

Zack y Cody hablan con el alcalde Ragnar cuando el barco atraca en Suecia, y se sorprenden al enterarse de que sus antepasados eran canallas y no héroes como pensaron originalmente los gemelos. Mientras tanto, Moseby recibe ayuda de Marcus para encontrar el tornillo que falta para su mesita de noche, pero accidentalmente se quedan atrapados en una tienda de muebles.

Esteban sube a bordo del barco para casarse, sin embargo, su madre no aprueba a su futura mujer.

Cody crea una red de mentiras para cubrir el hecho de que no hizo los deberes y se le sale de las manos. El Sr. Moseby y Zack son esposados juntos cuando su pelea empeora.

Después de que Moseby prohíbe a la pandilla jugar al fútbol, se interesan en el fútbol de fantasía.

Cody trata de averiguar quién robó un libro valioso.

Mientras busca en un sitio arqueológico en América del Sur, Zack despierta el espíritu de una antigua princesa.

Cuando el padre de Londres le da un millón de dólares para encontrar un invento en el mercado, ella le pide a sus amigos que inventen un invento único y les ofrece el dinero en efectivo como premio. Al principio, todos tienen sus propias ideas, pero luego combinan sus recursos, causando estragos en la nave con su robot multifuncional.

La pandilla tiene sueños de ser personajes en tres cuentos de hadas diferentes; Hansel y Gretel, Blancanieves, y Jack y las Habichuelas Mágicas.

Una asignación de clase requiere que los estudiantes simulen el matrimonio para aprender los desafíos que enfrentan las parejas casadas en la vida cotidiana. Cody se casa con Bailey, Zack se casa con London y Woody se casa con Addison. Sin embargo, cuando la "Ruleta de la vida" le da a Cody una lesión, él y Bailey comienzan a pelear.

Zack y Marcus organizan una competencia de modelos en la cubierta, y Jessica y Janice se presentan para participar, lo que hace que Cody crea que Bailey está celosa de las hermosas gemelas. Woody, por otro lado, tiene que vestirse como un modelo para evitar que la agente de las modelos descubra la "competencia".

Cody quiere comprar pendientes para Bailey, pero Zack insiste en que negocie con el vendedor por un mejor precio. Mientras tanto, London, Bailey, Marcus y Woody descubren una lámpara mágica que contiene un genio dispuesto a conceder deseos, lo que hace que discutan sobre qué deseos deberían otorgarse.

Cody y Bailey se encierran en la sala de máquinas, junto con Zack y Woody, y apagan los motores de la nave cuando descubren que un grupo de ballenas en peligro de extinción se encuentra en su camino. ¿Pueden aguantar el tiempo suficiente cuando Kirby y el Sr. Moseby intentan arreglar las cosas?

Mientras producen un programa de noticias para la clase de la Sra. Tutweiller, cada uno de los chicos encuentra su propio conjunto de problemas. Zack y Bailey se enfrentan como copresentadores, Cody hace un descubrimiento sorprendente vinculado a London durante su informe de investigación, Kirby recuerda los buenos días, mientras que London está teniendo problemas con la pantalla verde.

La pandilla avanza en el tiempo cientos de años hasta la Nave espacial Tipton, donde deben volver a poner a la nave en rumbo después de que el descendiente de Zack la puso en un curso acelerado para Planet Bikini.

Con una gaviota cazando a Cody, intenta que Zack y Marcus lo ayuden a atraparla. Mientras tanto, London toma asesoramiento después de que ella apuesta a Bailey para que pueda pasar una semana sin insultar a nadie.

El barco atraca en París, y Bailey disfruta de la compañía de un guapo joven pintor prodigio. Cuando Cody ve esto, inmediatamente se pone celoso, pero quiere preguntarle a Bailey qué está haciendo. Pero cuando ella encuentra a London en sus brazos durante una cita de ensayo, los dos discuten y se separan. Mientras tanto, Zack y Woody están siendo perseguidos por ladrones de arte, y la identidad de Marcus es robada por un niño llamado Dante.

El barco atraca en París, y Bailey disfruta de la compañía de un guapo joven pintor prodigio. Cuando Cody ve esto, inmediatamente se pone celoso, pero quiere preguntarle a Bailey qué está haciendo. Pero cuando ella encuentra a London en sus brazos durante una cita de ensayo, los dos discuten y se separan. Mientras tanto, Zack y Woody están siendo perseguidos por ladrones de arte, y la identidad de Marcus es robada por un niño llamado Dante.

Después de romper con Bailey, Cody busca la paz al unirse a un grupo de monjes. Bailey, sin embargo, busca la ayuda de la Sra. Tutweiller, conocida por su número de relaciones fallidas.

Cody y Bailey luchan para ver quién se queda con su rata mascota compartida, Buck, y Kirby es elegido para decidir quién se lo lleva. Mientras tanto, Woody cree que ha ganado superpoderes especiales después de haber sido mordido por Buck.

Después de mentirse el uno al otro acerca de tener citas, Cody y Bailey se apresuran a encontrar citas antes de un próximo baile. El Sr. Moseby y la Sra. Tutweiller se enfrentan a sus pasados desagradables cuando sus personalidades se enfrentan en el baile.

Zack, generalmente solo se fija en chicas por su apariencia, hasta que aparece Maya, una nueva camarera en el bar de zumos, e intenta lo que Cody hizo, exactamente, para hacer que Maya se enamore de él. Mientras tanto, Marcus se ve obligado a tratar con Dante, el joven cantante que se hizo pasar por él, que quiere hacerse la vida por sí mismo.

Zack, London, Woody y Maya están atrapados en el submarino de zapatos de Londres con suficiente aire durante treinta minutos. Mientras tanto, Marcus ayuda a Cody a prepararse para jugar al ajedrez contra un hermoso campeón junior ruso.

El Aqua Lounge se inunda, y el Sr. Moseby trata de encontrar al culpable, mientras que todos asumen que son los responsables. La pandilla también se despide de Marcus, quien abandona la nave para producir un musical de Broadway de su exitosa canción.

Arwin sube a bordo del SS Tipton para mejorar la nave agregando un robot. Sin embargo, los problemas comienzan a ocurrir cuando comienza a tener sentimientos por Cody. Mientras tanto, London y Woody consiguen la ayuda de Zack para pasar una clase de gimnasia.

Sean Kingston sube a bordo del S.S. Tipton y Zack quieren que cante en el cumpleaños de Maya. Sean está enamorado de London, así que Zack tiene que convencer a Sean de que en realidad está cantando para London, no para Maya. Zack también tiene que mantener al Sr. Moseby alejado de su espalda, y le dice que también es su fiesta. Cody va a un romántico tour por una fábrica de chocolates con Bailey, porque cogió las entradas antes de que hubieran roto.

Cuando Zack le promete a Maya estar presente en una convención de poemas, también es invitado a jugar en una importante competencia de un videojuego con Cody y Woody. ¿Cómo decidirá dónde tiene que estar? Mientras tanto, London y Bailey trabajan en una guardería a bordo, y a los niños les gusta más London, lo que pone los nervios de Bailey.

Zack y Cody visitan a su madre, que está en Japón haciendo un nuevo anuncio; pero los tres pronto son esclavizados después de que Zack le cuesta a la compañía una cantidad sustancial de dinero. De vuelta en el barco, Woody accidentalmente se involucra en la lucha de sumo y London se esconde del Sr. Moseby para que no tenga que ir al dentista.

El fantasma de un barco hundido persigue a Zack, y él lleva a Cody y Woody para recuperar la brújula del fantasma, que se había perdido entre los restos. De vuelta en el barco, el Sr. Moseby tiene miedo de tocar el piano frente a una multitud, a pesar de su nivel de habilidad, y Bailey y London quieren ayudarlo a hacerlo.

Es el Día del Estudiante, cuando todos los alumnos se saltan clases. Zack, London y Woody van a un club elegante, pero Cody y Bailey se presentan (para consternación de la Sra. Tutweiller), queriendo mantener sus registros de asistencia.

Cody le enseña el barco a la hermana de Woody. Mientras tanto, London contrata a un doble para hacer sus tareas, pero ella se enamora de Zack.

Cuando Arturo Vitali se retira y visita a S. S. Tipton, London y Bailey intentan ayudarlo a encontrar a su musa nuevamente. Zack, Cody y Woody quedan atrapados en un centro de investigación antártico con poca comida, agua o calor.

El espejo mágico de London la lleva a un pasado, presente y futuro navideño, y se da cuenta de algo que puede cambiarla para siempre.

Toda la clase envía obras a la Sra. Tutweiller. Cuando elige la de Cody para que sea promulgada por la clase, Bailey descubre que es solo una burla de su ruptura y se niega a participar.

London y Bailey viajan por carretera a Kettlecorn para celebrar el cumpleaños número 90 de la abuela de Bailey después de que el dirigible de London se estrella. De vuelta en la nave, Zack, Cody y Woody juegan al baloncesto contra el Sr. Moseby y su hermano, hasta que descubren que de hecho se está refiriendo a la estrella de la NBA Dwight Howard. Cody se da cuenta de que quiere volver con Bailey, y la llama, solo para oír que ella está en peligro.

Cody llega a Kettlecorn junto con Bailey y London, justo a tiempo para que llegue también su exnovio Moose. A medida que se acerca un tornado, la familia Pickett y sus invitados se refugian en el refugio de tornados, obligando a Cody y Bailey a resolver sus problemas, para evitar que Cody pierda a Bailey por su exnovio.

Después de que pasa el tornado, los Pickett encuentran su casa destruida. El padre de London llega y la pandilla asume que está allí para ayudar, hasta que anuncia que compró el terreno para una fábrica de bolsas de plástico. Después de que Zack, Woody y el Sr. Moseby llegan, Cody trama un plan ideado para salvar la granja de los Pickett.

Maya convence a la pandilla para que juegue Verdad o Reto, y las cosas se ponen frenéticas. Mientras tanto, London y Woody accidentalmente soltaron serpientes en el barco.

Cuando el Sr. Moseby cancela el baile de graduación, la clase se ve obligada a mantener su propio baile secreto. Como parejas, Cody y Bailey, Zack y Maya, y Woody y Addison van juntas al baile.

El Sr. Moseby anuncia que el padre de London, el Sr. Tipton está vendiendo el barco y que será desmantelado dentro de una semana.