Se ha producido una serie de incidentes en varios países del mundo donde las instalaciones de almacenamiento de uranio son atacadas por un misterioso robot llamado Turtle King. El Dr. Nambu de la Organización Científica Internacional, cree que este incidente es obra de la malvada organización Gálactor, que planea conquistar el mundo. Nambu, ha formado al equipo científico ninja, compuesto por cinco jóvenes: Ken, Joe, Jun, Jinpei y Ryu; cuyo objetivo es buscar la base del enemigo, ensamblando sus mechas en una suerte de nave, formando así, la God Phoenix.

Un cohete tripulado transporta el Earth Compact, un dispositivo que busca y registra desde el espacio recursos ocultos bajo tierra. Sin embargo, el cohete desaparece de su lugar de aterrizaje justo cuando regresa a la Tierra. El crimen es llevado a cabo por Gálactor, que pretende apoderarse de todo el uranio de la Tierra como fuente de energía para dominar el mundo. El Equipo Científico Ninja, enviado bajo las órdenes del Doctor Nambu, es atacado por un misterioso portaaviones que aparece de repente mientras investigan en el fondo del océano con la God Phoenix.

Cuando Ken visita un aeródromo para investigar un misterioso accidente de avión, conoce a un niño llamado Makoto y a su tío. Makoto, que es el hijo del capitán del avión siniestrado, cree que su padre volverá y sigue esperando en el aeropuerto todos los días. Mientras explora el lugar del accidente para investigar más a fondo, Ken es atacado por un gigante volador con aspecto de momia. Los informes del doctor Nambu apuntan a que la Momia Gigante utiliza Platonium X, una poderosa fuente de energía.

Gálactor usa la bestia de hierro Mechadegon para robar en secreto recursos subterráneos de todo el mundo. Ken visita el Instituto de Investigación de seísmos después de la desaparición de recursos subterráneos tras un terremoto. Sin embargo, mientras habla con el director del instituto, se produce un fuerte temblor y el director es engullido por una fisura en el suelo. Ken visita su tumba y lamenta no haber podido salvarlo. De repente, la hija del director, Naomi, ataca a Ken, pensando que es agente de Gálactor.

En un área llamada "el cementerio de los mares", donde se reúnen los barcos hundidos, un barco es atacado por un acorazado fantasma operado por Gálactor. Posteriormente, una base marina es atacada y el equipo científico ninja persigue al submarino enemigo descubriendo una gran flota de acorazados fantasmas en el cementerio de los mares. Se enfrentan a un gran número de ovnis que surgen de los acorazados, pero debido a la gran cantidad de enemigos, finalmente se quedan sin misiles Bird. En ese momento, aparecen tres aviones de combate rojos que destruyen al enemigo uno tras otro.

Los lingotes de oro almacenados en una caja fuerte del Banco Internacional son robados por los robots Micros de Gálactor. Ken, Jun y Jinpei exploran una isla desierta donde creen que se encuentra la base enemiga, pero son capturados por soldados de Gálactor que se esconden en ella. Sin embargo, el equipo científico ninja lleva a cabo una operación para descubrir la base. Entonces, Gálactor descubre la God Phoenix esperando en el fondo del océano.

Ken despega como piloto de pruebas en un nuevo avión no contaminante, pero es derribado por un biplano pilotado por un monstruo enmascarado llamado Katsenberg. El equipo científico ninja deduce que su verdadera identidad es Berg Katse, el líder de Gálactor, y lo persigue con la God Phoenix. Sin embargo, los misiles Bird no surten ningún efecto sobre el biplano equipado con potentes látigos. El avión y los látigos están fabricados con un súper metal llamado Whisker.

El Doctor Nambu ha construido una base submarina para contrarrestar a Gálactor. Sin embargo, Berg Katse se entera de ello, y manda a una Bestia de Hierro para encontrar la ubicación y evitar que se complete. Mientras tanto, Jinpei, a quien los niños de la ciudad le dicen que es el miembro menos popular del equipo ninja, decide esforzarse al máximo para ser el mejor, por lo que parte sin decírselo a Ken y sus amigos. Intenta derrotar a la Bestia de Hierro por sí mismo, pero es capturado y la nueva base es descubierta.

Gálactor envía a la bestia de hierro Escorpión a la superficie de la luna y ataca lanzando innumerables rocas hacia la Tierra. El doctor Nambu descubre que todos los meteoritos caídos en diversos lugares son rocas lunares, y el equipo científico ninja vuela a la luna en la God Phoenix. Sin embargo, Gálactor descubre a Gatchaman e inmediatamente envía a la bestia de hierro a la Tierra. El equipo ninja intenta detenerlo, pero fracasan, y la bestia convierte la ciudad en un mar de fuego.

Una noche, un enjambre de hormigas ataca repentinamente al Instituto de Investigación de Energía Atómica, provocando un gran corte de energía en la ciudad. El equipo científico ninja destruye una presa con misiles Bird arrastrando al enjambre de hormigas con el agua, y descubre que en realidad son hormigas robots de Gálactor. El Doctor Nambu repara una hormiga recuperada, y el equipo ninja la sigue e intenta localizar la base. Después de mucho caminar, al final del desierto, encuentran un hormiguero con forma de dos torres.

El avión de combate gigante de Tritán, el Blue Hawk, se dirige al país de Ameris. El equipo científico ninja tiene la misión de escoltarlo, pero no saben que la tripulación del Blue Hawk ya había sido reemplazada por agentes de Gálactor. Al enterarse de ello, el doctor Nambu solicita que las fuerzas especiales Red Impulse entren en acción, y tres aviones de combate rojos atacan al Blue Hawk. Sin embargo, Ken, que desconoce la situación, cree que Red Impulse es el enemigo y lo persigue con la Unidad G-1.

Ibukurón, la nueva bestia de hierro de Gálactor, se come todas las remolachas y cañas de azúcar, y el mundo entero sufre su escasez. Se supone que el propósito es provocar el caos y confundir a los ciudadanos, pero Ryu, al que le encantan los dulces, se pone muy furioso. El equipo científico ninja enviado bajo las órdenes del doctor Nambu descubre a la bestia de hierro, y Ken, Joe y Ryu se infiltran en su interior. Sin embargo, Gálactor se da cuenta de ello y activa una trampa tras otra, acorralando a Ken y sus amigos.

Un lago artificial del desierto desaparece repentinamente y se traslada a otro lugar. El equipo científico ninja sale a investigar y por la noche, escuchan una antigua leyenda de boca de un anciano de una aldea cercana. Se dice, que hubo una vez una gran civilización que prosperó gracias a la bendición de quemar la arena roja, pero un día la arena comenzó a moverse siendo destruida. Esa noche, el anciano es secuestrado por Gálactor, cuyo objetivo es la arena roja. Ésta, estaba escondida en el collar que el anciano lleva en su cuello y que va a parar a manos de Gatchaman.

Un barco de pasajeros de propulsión nuclear es atacado en mitad de su viaje por la bestia de hierro de Gálactor, Ice Kander, y desaparece. Se cuenta, que los barcos de propulsión nuclear, como los portaaviones y los submarinos, también están desapareciendo uno tras otro. El equipo científico ninja sospecha sobre un iceberg gigante que se mueve en el mar que fue fotografiado por un avión de reconocimiento, y vuelan hacia el Polo Norte en la dirección a la que se dirige el iceberg. Allí, Ken y Jun descubren una base de Gálactor cubierta de hielo, se infiltran en ella y descubren un barco de pasajeros nuclear desaparecido.

Un equipo de investigación es atacado y aniquilado en Ghost City, una ciudad destruida por la contaminación hace 10 años. Con el fin de investigar una ciudad llena de gases tóxicos, el equipo científico ninja cubre el armazón de la God Phoenix con una capa protectora. Así pues, descubren que la ciudad es una base de Gálactor, y es destruida en un ataque de las fuerzas de las Naciones Unidas. Sin embargo, en el fondo del océano contaminado, Gálactor está gestando unos monstruos llamados Medusas Lens, que albergan un poder aterrador.

Gálactor se hace con el control de una fábrica domotizada de la organización científica internacional y crea con ella a la bestia de hierro Mechanika. Este mecha lucha contra el equipo científico ninja, pero se libra de su persecución y desaparece. Para derrotar a Mechanika, a la que los misiles Bird no le hacen nada, deben encontrar la base enemiga y obtener el microfilm que contiene los planos. Mientras tanto, Jinpei, descubre que la base de Gálactor está escondida en un túnel, y se cuela él solo en la boca del lobo.

Jinpei encuentra un escarabajo en la calle y se lo lleva a casa. Sin embargo, esa noche, el escarabajo rinoceronte se vuelve gigante y se convierte en la Bestia de Hierro Kabutron, que rapta a Jinpei y otros tres niños mientras dormían y comienza a arrasar la ciudad. En realidad, Kabutron fue creado bajo las órdenes del líder X, quien conoce bien los instintos violentos de los niños humanos. Esta bestia de hierro lleva a cabo actividades destructivas utilizando las ondas cerebrales de los niños. Además, dado que Jinpei está secuestrado, el equipo científico ninja no puede combinar al completo la God Phoenix.

El equipo científico ninja investiga en el océano después de recibir información de que una ballena gigante ha destruido un complejo petrolero. Así, descubren un submarino ballena gigante de Gálactor que dispersa a un grupo de ballenas reales y escapa. Ken y sus amigos echan una mano a regañadientes a Jinpei, quien intenta salvar a una cría de ballena superviviente de una manada de orcas. Sin embargo, en ese mismo momento, varios lugares fueron atacados, y reciben una severa reprimenda del doctor Nambu. Siguiendo los movimientos del ballenato al que le habían puesto un transmisor, el doctor sospecha que hay una base enemiga en una zona infestada de glaciares, y vuelve a dar la orden de partir.

El Reino Luman, famoso por sus carreras de coches y sus juegos de azar, se ha asociado con Gálactor para convertirse en su fuente de financiación. El príncipe Looker, que está preocupado por la situación actual, aprovecha una carrera que se celebrará en el Reino para contactar con el equipo científico ninja, e intentar darles la información sobre la ubicación de la sede central de Gálactor. Sin embargo, el plan de Looker es descubierto y el microfilm que contiene la información cae en manos del enemigo. El equipo ninja y Looker logran recuperar la película, pero Katse los atrae a una base secreta.

Joe intenta salvar a un cachorro mientras la bestia de hierro Topo arrasa la ciudad. Sin embargo, una esquirla de metralla de una explosión lo golpea en la cabeza y cae en coma. Además, el fragmento roza una parte crucial de su cerebro y no puede extraerse mediante cirugía. La única forma de salvarlo es usando una centrifugadora para retirarlo, aunque también fracasa. Mientras tanto, la Bestia de Hierro ataca la ciudad nuevamente, y el equipo científico ninja parte con la preocupación de Joe en sus mentes...

El caballo que gana el Gran Premio de Carreras de Caballos es un cyborg fabricado por el doctor Henjinman, compañero de estudios en la juventud del doctor Nambu. Gálactor secuestra al doctor Henjinman e intenta obligarlo a crear cyborgs para su organización. Sin embargo, el doctor amenaza con que ha descubierto la verdadera identidad del Líder X, el misterioso gobernante de Gálactor, y exige que lo nombren vicepresidente. Mientras tanto, el equipo científico ninja, que busca al doctor, se encuentra con una manada de caballos cyborg destruyendo una presa.

Gálactor atraca la mina de uranio submarina más grande del mundo en un ataque de la bestia de hierro King Dragon. El doctor Nambu rechaza la solicitud de enviar al equipo científico ninja, ya que ni siquiera los tres Mammoth Tigers del poderoso portaaviones volador de la Organización Científica pueden competir contra él. Sin embargo, Ken desobedece las órdenes del doctor y parte con sus amigos, dispuesto a morir, pero la God Phoenix es derribada por el ataque de King Dragon que escupe una bocanada de llamas mucho más caliente que el Ave de Fuego.

La bestia de hierro Mechaball, que cuenta con una fuerza abrumadora, hace estragos y destruye ciudades una tras otra. Incapaz de encontrar su punto débil, el doctor Nambu prohíbe al equipo ninja partir, y Ken está de acuerdo. Los demás miembros del equipo no están de acuerdo con las órdenes del doctor y parten por su cuenta, pero Ken, haciendo gala de su liderazgo, les hace retroceder la God Phoenix. A pesar de ello, Ken está preocupado por no poder hacer frente al enemigo, aunque finalmente se le ocurre un plan.

Se produce un incidente en el que los científicos que trabajan en la sede de la Organización Científica Internacional son asesinados uno tras otro. Mientras investiga, Ken se encuentra con las fuerzas especiales de Gálactor, el Escuadrón Blackbird, los cuales le rodean, pero logra defenderse. Esa noche, un gigante de neón se dirige a asesinar al doctor Nambu, y Ken se enfrenta a Berg Katse, descubriendo que el gigante de neón es controlado por una flauta.

El Instituto de Investigación de Volcanes de la Organización Científica Internacional es destruido por la Bestia de Hierro Magma. El equipo científico ninja sale a investigar y descubre las huellas de un gigante cerca del instituto de investigación destruido. Las huellas los lleva al cráter de un volcán, pero la God Phoenix no puede soportar la temperatura de la lava y se ven obligados a abandonar la persecución. De pronto, un gigante de magma emerge de la lava y los ataca. Joe recuerda que el rostro del gigante se parece a una estatua tallada en el muelle de un parque natural; se trata de la cara de Cristo.

Debido a que Ryu se queda dormido durante una misión, no puede combinarse con la God Phoenix, y un barco es destruido por una bestia de hierro. Asumiendo la responsabilidad, Ryu abandona el equipo científico ninja, devuelve su brazalete Birdstyle, y regresa a su pueblo natal, un pueblo de pescadores. Sin embargo, ocurre un incidente en el pueblo donde los peces son contaminados por un misterioso veneno. El equipo ninja y el doctor Nambu van a la aldea para investigar, pero Ryu, queriendo resolver el caso por su cuenta, se libera de las ataduras de Ken y se dirige al fondo del océano.

Una mujer que ha traicionado a Gálactor hace un trato con la Organización Científica Internacional, ofreciendo información sobre la sede central de Gálactor a cambio de dinero. Con el objetivo de obtener dicha información, Joe decide participar en un rally de resistencia por África junto a la mujer, Lucy. Mientras los animales mechas de Gálactor les atacan uno tras otro, Joe conduce el coche de carreras a través de la dura naturaleza con Lucy, que muestra un deseo casi obsesivo de ganar.

Usando un ente invisible, Gálactor secuestra niños uno tras otro a la vista del público. Katse ha creado un monstruo amorfo, Alphagilar, a partir de las ondas cerebrales de los niños que secuestra, y se infiltra en el edificio de la Organización Científica Internacional para obtener el contenido de los documentos secretos del Proyecto Manto. Inmediatamente después, comienza un ataque a las instalaciones del Plan Manto por parte de tanques invisibles, pero el equipo científico ninja no puede tocar al enemigo.

Jinpei y Ryu visitan el orfanato Blancanieves donde Jinpei se crió. Allí, se llevan a los niños a ver un combate de kickboxing. La lucha termina con la victoria del misterioso boxeador enmascarado Gálack X. Sin embargo, dos de los niños se asoman por la ventana de la sala de espera y se enteran de que Gálack X había usados armas. Los niños son descubiertos y secuestrados en un coche. Jinpei los persigue y llega a un edificio que hay detrás del orfanato, pero resulta ser la base de Gálactor.

La bestia de hierro Kamisoral arrasa el mundo, convirtiendo importantes instalaciones, una tras otra, en un mar de fuego. El equipo científico ninja se encuentra con un enemigo que parece una niebla blanca, pero la God Phoenix está indefensa y se retira del ataque. Mientras Katse, confiado de su victoria, da el aviso de su próximo ataque, el doctor Nambu analiza las imágenes del enemigo y descubre su identidad y debilidades. Se le ocurre una estrategia para conquistar a la Bestia de Hierro que utiliza el plan de lluvia artificial de la Organización Científica Internacional.

Mientras Joe lleva en coche al doctor Nambu, son atacados por el escuadrón femenino de Gálactor, Devil Star. Ken y sus amigos intentan ofrecer la máxima protección al doctor a partir de ahora, pero Joe los confronta, insistiendo en que deberían pasar a la ofensiva. Joe, que conduce solo su coche por un circuito para aliviar sus preocupaciones, salva a una mujer que sale despedida en un accidente. Mientras tanto, se produce una marea roja en el laboratorio submarino, y el doctor Nambu y Ken se dirigen a investigar el asunto en un tren transcontinental.

Se recibe un aviso de ataque de Berg Katse en Longpark City, y la bestia de hierro Gezora ataca a un crucero que estaba de guardia. El equipo científico ninja corre tras la bestia de hierro, pero la pierde de vista y el enemigo desaparece. El equipo científico ninja, con el fin de salvaguardar sus identidades, se quita los brazaletes Birdstyle e intenta conocer los movimientos del enemigo mezclándose con la población. Mientras exploran la ciudad, Jun y Jinpei salvan a una mujer que está siendo atacada por unos delincuentes y son invitados a su mansión como muestra de agradecimiento.

Finalmente, la Bestia de Hierro Gezora comienza su ataque a Longpark City, pero el doctor Nambu ordena al equipo científico ninja, al que le falta Jun y Jinpei, que se mantengan al margen. Sin embargo, Ken y sus amigos luchan contra Katse, quien apunta con su arma a los ciudadanos en un intento de eliminar al equipo ninja que se esconde en la ciudad. Aunque, como resultado de esto, Katse sospecha cada vez más que los rehenes Jun y Jinpei son miembros del equipo ninja. Entonces a Ken se le ocurre una estrategia para engañar a Katse.

Los seres humanos son confundidos al ser expuestos a los rayos de luz emitidos por una aurora que aparece repentinamente en el cielo, provocando grandes accidentes en diversos lugares. Es un ataque de la bestia de hierro Thundersaurus que convierte las ondas cerebrales de los humanos en las de animales, y alcanza a Ryu, transformando sus ondas en las de un gato. Es más, Gálactor también ataca al doctor Nambu con este rayo. El doctor, cuyas ondas cerebrales son ahora las de un mono, intenta activar el interruptor de autodestrucción en la Base del Arrecife de Coral Medialuna.

El reino de Doria, un pequeño país en el desierto, se encuentra en medio de una guerra civil entre el rey, que quiere monopolizar los intereses petroleros, y el príncipe Alí, que se opone a él y se gana el apoyo del pueblo. Para resolver el problema, el príncipe solicita la ayuda del equipo científico ninja. Éstos se infiltran en el reino y entran en contacto con guerrillas antigubernamentales lideradas por el príncipe. Sin embargo, cuando el príncipe está decidido a matar a su padre, el rey, Ken intenta persuadirlo, pensando que se encuentran en un malentendido, y le pregunta si se puede resolver hablando.

Dos niños y su padre presencian cómo una bestia de hierro ataca un barco de investigación científica mientras pescan de noche en alta mar. El equipo científico ninja rescata a la familia perdida a la deriva en el mar, pero nadie cree lo que cuentan debido a que siempre se inventan historias. El equipo ninja sospecha del faro por su comportamiento sospechoso y, mientras buscan en la zona, encuentran a los hermanos siendo atacados por un gato montés cyborg. Gatchaman trata de ayudarlos y obtener información, pero en lugar de indicarles el camino al faro, los chicos le piden unirse al equipo ninja.

El doctor Miwa, un investigador de energía solar de fama mundial, ha sido secuestrado por Gálactor. Justo antes de ser capturado, el doctor deja escapar a su perro Taro e informa al doctor Nambu del peligro. El equipo científico ninja se dirige al lago de las montañas nevadas donde desapareció el doctor y utilizan a Taro como guía para infiltrarse en la base enemiga. Sin embargo, el equipo ninja es capturado por Katse. Finalmente, la bestia de hierro Renzilla, equipada con la tecnología del doctor Miwa está a punto de completarse.

Se ha construido una ciudad libre de contaminación que incorpora diversas tecnologías de vanguardia. El doctor Nambu está invitado a la ceremonia de apertura y el equipo científico ninja lo acompaña. Allí, presencian un desfile de modelos de dinosaurios hechos por un arqueólogo. Sin embargo, esa noche, alguien hace estragos y destruye la ciudad. Ken, quien escucha que los dinosaurios son los culpables, irrumpe en el lugar donde éstos son expuestos, pero es atacado por una planta mecánica y cae en la red de alcantarillados de la ciudad. Además, en ese momento pierde el brazalete Birdstyle.

Unas esporas blancas que Gálactor esparce por todo el mundo se convierten en plantas gigantes que se mueven. Estas, comienzan a atacar sólo a mujeres en los días de lluvia, e incluso atacan a Jun, que estaba sola en su bar. Gracias al testimonio de Jun, quien luchó contra ellas, el doctor Nambu deduce que se trata de unas plantas milenarias carnívoras llamadas Jigokiller, que sólo se alimentan de mujeres. Sin que Nambu lo sepa, Jun intenta luchar contra las Jigokiller vistiendo una piel transparente desarrollada por el doctor capaz de soportar cualquier presión, pero en el ataque, Jun es engullida por una de las plantas.

Para acabar con la proliferación de las Jigokillers, el equipo científico ninja quema todas las plantas a pesar de que Jun se encuentra en el interior de una. Sin embargo, las flores se vuelven a reproducir, y el hecho de haber dejado morir a Jun hace que el grupo se desmorone. Ken está harto de su deber como miembro del equipo ninja y se niega a responder a la llamada del doctor Nambu. Pero el capitán de Red Impulse aparece y levanta los puños para enseñarle a Ken qué hacer como líder. Al mismo tiempo, el doctor Nambu descubre que la clave para destruir a las Jigokillers puede estar en el cromosoma Y de los hombres.

Katse secuestra a los The Demon 5, una banda de rock muy popular entre los jóvenes, para que toquen la música asesina compuesta por el Líder X. Reproducen la canción grabada con su bestia voladora, el mecha Sonic, y destruyen la ciudad con su música aterradora. Mientras tanto, Jun, que es una gran fan de The Demon 5, percibe un sonido inusual; es un mensaje de SOS de The Demon 5 que les informa en secreto de la ubicación de la base secreta de Gálactor.

Mientras está de vacaciones, Ryu hace autostop, y sube a un coche que en realidad es un camión de prisioneros que se dirige a la prisión de Jinjin, donde están recluidos todos los asesinos. Además, los conductores del auto son agentes de Gálactor, quienes planean apoderarse de la prisión y reclutar a los prisioneros. Ryu se ve atrapado en la cárcel y decide hacerse pasar por un aliado para investigar el cuartel general del enemigo. Mientras tanto, el equipo científico ninja también se entera del incidente y utiliza esta información para comenzar una operación e investigar la sede.

El largo conflicto entre Bien y Ameria ha llegado a su fin. Romina y Julia, locamente enamorados, se casan como símbolo de paz de sus respectivos países y deciden irse de luna de miel. Sin embargo, Gálactor, que quiere apoderarse de los recursos subterráneos de ambos países aprovechando el caos de la guerra, planea utilizar a la pareja de enamorados para iniciar un nuevo conflicto. El equipo científico ninja es advertido y comienza a escoltarlos, pero los novios son secuestrados por el enemigo que se había colado en el avión donde viajaban.

Después de que el Líder X reprenda a Berg Katse por sus fracasos constantes, anuncia un ataque para intentar atraer al equipo científico ninja, pero el doctor Nambu sabe que no pueden vencer con la God Phoenix y prohíbe al equipo que vaya a la lucha. Sin estar de acuerdo, Ken y sus amigos ignoran las órdenes del doctor y parten, pero son golpeados por la poderosa onda expansiva de Archeo.

Gálactor ha descubierto una mina secreta de la Organización Científica Internacional, que operaba en secreto en la isla de las focas, una isla aislada del norte envuelta en una niebla perpetua. Gálactor se entera de que están extrayendo Caenine, un mineral que contiene una gran energía, y comienza a atacar la isla para saquearla. El equipo científico ninja se dirige a la isla para rescatar a los trabajadores atrapados y, en medio del ataque del enemigo, idean un plan usando las focas que viven en la isla para ayudarlos a escapar.

Un hombre traiciona a Gálactor y escapa con un maletín que contiene secretos importantes sobre la organización criminal. Al llegar al aeródromo, el hombre apunta con un arma a Ken y lo obliga a pilotar un avión. Mientras viajan, Ken aprovecha una oportunidad y contraataca, pero los disparos dañan el avión. Justo antes de que el hombre escape con un paracaídas, le dice a Ken que tiene la intención de entregar el maletín a la Organización Científica Internacional, y Gatchaman va en su búsqueda después de realizar un aterrizaje de emergencia. Sin embargo, los agentes de Gálactor encuentran al desertor.

La Organización Científica Internacional ha desarrollado un súper ordenador cuyo procesamiento y velocidad de cálculo son miles de veces superior a los de un ordenador normal. Temiendo que pueda ser completado, Gálactor planea atacar al Director Anderson, quien se dirige al laboratorio con el dispositivo central para completarlo. El equipo científico ninja usa la God Phoenix para proteger el avión del director, pero Katse, disfrazado de azafata, se infiltra en el avión y lo secuestra.

Las fábricas energéticas de la Organización Científica Internacional son destruidas una tras otra por Shutterkiller. El equipo científico ninja se enfrenta a un enemigo con la aterradora habilidad de fotografiar y destruir edificios desde el aire. Sin embargo, no pueden atacar, y la God Phoenix resulta dañada y aterriza antes del ataque del enemigo. Cuando Jinpei sigue a la bestia de hierro mientras se retira a su base, descubre que allí se ha construido una fábrica de energía utilizando información robada de la Organización Científica Internacional.

El equipo científico ninja llega a la sede de la Organización Científica Internacional para escoltar al doctor Nambu. Jinpei descubre un coche de Gálactor en el aparcamiento, se esconde en el maletero y se infiltra con éxito en la base enemiga, pero es descubierto y capturado. Mientras tanto, Katse amenaza con que si no le entregan los datos del mineral de uranio, hará explotar una bomba en la sede de Organización Científica Internacional. El equipo ninja se dirige al lugar de entrega con los datos, pero la bestia de hierro Mechadokuga los espera allí para eliminarlos.

En el lugar donde se planea construir una presa en el continente de Inderia aparece un fósil en movimiento de un dinosaurio trachodon que interfiere con la construcción. El equipo científico ninja se dirige a investigar, pero un delincuente armado con una pistola se cuela en el hotel donde se encuentran ocultando su verdadera identidad. Ryu y Jinpei, que compartían habitación, luchan contra él, mientras que alguien mata al hombre con un cuchillo en la espalda. Una empleada del hotel, cree que Ryu y Jinpei son los asesinos y los huyen. Al final de su huida, llegan a un templo donde aparece un tracodón.

El Dr. Nambu le da vacaciones al equipo científico ninja, y van a la República de Huntwall, que se dice que es el país más pacífico del mundo. Allí, Ken ayuda a escapar a un hombre con un traje blanco que estaba siendo atacado por un gran número de malhechores. Sin embargo, los hombres son la policía secreta de este país y el hombre que huyó es agente de Gálactor. Cuando Ken comienza a explorar la ciudad, un avión de combate de Gálactor lo ataca. El hombre del traje blanco lo salva, y su verdadera identidad es la del capitán de Red Impulse.

Cuando Ken se entera de que su amigo de la infancia Sabu, a quien no veía desde hace tiempo, vio a su padre en el país de Huntwall, no puede evitar dirigirse allí con Sabu. Mientras tanto, Gálactor lanza el "Plan V2", cuyo objetivo es destruir el cinturón de Van Allen que rodea la Tierra mediante la explosión de misiles. El equipo científico ninja, carente de fuerza e incapaz de disparar misiles Bird, es atacado por Ia bestia de hierro Cataroller.

El Plan V2 de Gálactor provoca que un desastre natural sin precedentes azote la Tierra. Katse aconseja a todos los países del mundo que se rindan si quieren recuperar el cinturón de Van Allen. Mientras tanto, Ken y el capitán de Red Impulse, que se han infiltrado en la fábrica secreta de Gálactor, acorralan a Katse, pero no pueden escapar. A medida que se acerca el fin de la Tierra, el equipo científico ninja le dice a Ken que el capitán de Red Impulse es su padre...

Los laboratorios de investigación de uranio de varios países son atacados uno tras otro y se celebra una reunión en la Organización Científica Internacional para abordar el problema. Ken se da cuenta de que uno de los representantes ha sido reemplazado por un agente de Gálactor y captura al espía que había escapado entrando en la sala de conferencias. Ken, cuyo odio por Gálactor se hizo más fuerte después de la muerte de su padre, tortura al espía para que revele la ubicación de su sede central. Sin embargo, los otros miembros del equipo ninja, están disgustados ante el comportamiento de Ken.

Gálactor libera contaminantes recientemente desarrollados al océano. Katse amenaza con propagar la contaminación aún más si el Dr. Nambu y el equipo científico ninja no se rinden en 24 horas. El equipo ninja finge cumplir con la petición de Katse y se dirige al área marítima designada, atacando a un submarino que aparece allí. Sin embargo, resulta ser la trampa de Katse, y el equipo ninja termina derramando los contaminantes con los que iba cargado el submarino no tripulado al que atacaron.

Jun, que viaja sobre su moto por un suburbio desierto, es asaltada por el escuadrón de motociclistas Blackbird de Gálactor. El capitán de los Blackbird no es otro que Koji Yabane, un amigo de la infancia de Jun. Koji huye de Jun y ataca una base aérea con sus camaradas, pero la imagen de Jun aparece en su mente y abandona la misión. Mientras tanto, el equipo científico ninja intenta ir tras Koji, pero Jun se niega y se marcha sola.

Mike Miller, un viejo francotirador, sale de una prisión en el extremo norte después de 35 años. Gálactor lo contrata para eliminar al equipo científico ninja. Mientras tanto, a medida que las bases de satélites que pasaban sobre la Antártida son destruidas una tras otra, el equipo ninja deduce que hay una base de Gálactor en la Antártida, o que allí se ha tendido algún tipo de trampa. Mientras se dirigen a investigar, un tanque especial pilotado por Miller y el comandante de Gálactor los estaba esperando.

La bestia de hierro Mecha-Butta ataca al laboratorio de investigación de la Organización Científica Internacional y roba un láser cortante que está en desarrollo y que puede atravesar todo gracias a su elevada temperatura. El equipo científico ninja inspecciona el lugar donde desapareció la bestia de hierro, y son atacados por innumerables robots de estatuas de Buda en una cueva. Frustrado por la muerte de su padre, Ken entra solo a la base y cae inconsciente tras ser golpeado por una corriente eléctrica. Mientras tanto, Mecha-Butta, equipado con el láser de corte, parte hacia la fábrica minera de uranio de la Organización Científica Internacional.

Unos pescadores avistan un calamar y una raya gigantes volando por el cielo en las aguas cercanas a la isla Ogake, que es una buena zona de pesca. Ken y Jun van a investigarlo, dejando que Joe y los demás se burlen de semejante historia. La verdadera identidad del calamar fantasma que apareció allí, era una bestia de hierro que se suponía había sido destruida por el equipo ninja hace tiempo. Ken se disfraza de soldado de Gálactor infiltrándose en una base secreta de la isla, y descubre una fábrica de bestias de hierro de Gálactor.

Durante una prueba de armas de la bestia de hierro Sky Squealer, el avión de observación de Gálactor acaba estrellándose. Ken, que estaba inspeccionando el lugar del accidente, encuentra a un joven inconsciente, pero cuando despierta, el muchacho había perdido la memoria. Finalmente, Gálactor comienza a destruir la ciudad con Sky Squealer. El equipo científico ninja es completamente derrotado por el poderoso ataque, mientras que el joven intenta recuperar sus recuerdos.

Ken, que vuela solo en su G-1 sobre el país de Huntwall, se topa con un avión de combate de Red Impulse. Su padre, Kentaro Washio, el capitán de Red Impulse, que se supone que estaba muerto, se encuentra a bordo. Ken es guiado a una base secreta y le entrega al Dr. Nambu información recopilada en secreto sobre Gálactor. Mientras tanto, los otros miembros que buscan a Ken, son emboscados por una bestia de hierro, y sin Gatchaman, no pueden disparar los misiles Bird, siendo capturados.

El Dr. Nambu crea cinco robots de sustitución que son idénticos a los miembros del equipo científico ninja. Está a punto de celebrarse una gran ceremonia para honrar los logros del equipo ninja y allí mismo, quieren que Gálactor secuestre a los robots señuelos para descubrir la ubicación de la sede central. Sin embargo, Ken, se rehúsa al plan, y sin que nadie se dé cuenta reemplaza a su robot, presentándose en la ceremonia, aunque la bestia de hierro Blizzarder aparece de pronto, y lo congela con su rayo helado secuestrándolo junto a los demás robots.

Durante un partido de béisbol nocturno, todos los jugadores desaparecen tras un corte de luz momentáneo. Todo ocurre frente a los ojos del equipo científico ninja, que se encuentra en la grada disfrutado del partido. Además, también desaparece Jinpei, que se encontraba en el terreno de juego como recogepelotas. El equipo ninja comienza a investigar el estadio a altas horas de la madrugada, pero de repente el suelo se agrieta llevándose consigo a Ken y a Jun.

El país de Flambelle derroca al dictador general Somley y entran por fin en paz. Sin embargo, el general, que estaba aliado con Gálactor regresa y amenaza con matar a todos los ciudadanos a menos que se rindan. Tras recibir una solicitud de ayuda, el equipo científico ninja se infiltra en la ciudad, donde se celebra el Festival Conmemorativo de la Paz, y comienzan la investigación. Mientras tanto, Jinpei conoce a una pandilla de cinco chicos traviesos de un barrio marginal. Jinpei se compadece de ellos, pues la policía se lleva los regalos de navidad de los niños, pero...

Han robado los cerebros de los científicos más inteligentes de la historia almacenados en todo el mundo, y el instituto de investigación que posee el cerebro del Dr. Yamashina, una autoridad en la producción de robots, es atacado por un monstruo gigante. El equipo científico ninja persigue al criminal y se encuentra con un monstruo controlado por Gálactor. Tras un análisis de sus células, el Dr. Nambu descubre que el monstruo es un humilde extraterrestre llamado Bem. Sospechando que Gálactor va tras el robot X1 del Dr. Yamashina, que se exhibirá en una exposición científica, el equipo ninja se dirige allí para detenerlo.

La reina Flake del Reino de Monarins ha proporcionado siempre una gran cantidad de fondos a la Organización Científica Internacional y se dice que es fanática del equipo científico ninja. Gálactor planea asesinarla y la alarmada reina solicita la protección de Gatchaman. Prediciendo que Gálactor aparecería en el desfile de moda que se celebrará en el palacio el Día de la Fundación Nacional, el equipo ninja se infiltra en la ciudad y comienza una investigación en secreto. Mientras tanto, Ken y Joe descubren un grupo sospechoso que intenta colarse en el palacio en medio de la noche, pero usan una poderosa bomba circular y escapan.

Un mecha medusa destruye importantes instalaciones del Proyecto Manto de la Organización Científica Internacional una tras otra. El equipo ninja parte a la batalla, pero son derrotados por el enemigo y la God Phoenix es completamente destruida. Ken y sus amigos se ven completamente impotentes frente a las armas cada vez más poderosas de Gálactor. Entonces el Dr. Nambu repara la God Phoenix así como los mechas individuales del equipo dotándolos de nuevas armas.

Una misteriosa explosión nuclear golpea repentinamente una pequeña ciudad en una isla del sur. La radiactividad altamente concentrada forma un muro que rodea la isla, impidiendo que cualquiera pueda entrar. Así pues, el equipo científico ninja logra infiltrarse en la isla utilizando la Técnica Ninja Ave de Fuego. A pesar de no haber gente allí, los edificios seguían intactos, pero de pronto, las paredes de los edificios se derrumban frente al equipo ninja y las partículas que caen se fusionan en una gigantesca bestia de hierro.

Gálactor ha invadido el desierto Reino de Shosken, y los soldados del país que estaban investigando su paradero son aniquilados. El equipo científico ninja también comienza su investigación, pero una anciana que vende maíz en la ciudad confunde a Jinpei con Jinbei, su hijo fallecido. Jinpei, que nunca sintió la calidez de una madre, se queda con ella, y los dos viven juntos como madre e hijo mientras están en la ciudad. Esa noche, Jinpei, que sospecha del antiguo cementerio de las afueras de la ciudad, se escapa de la casa de la mujer, pero...

Ha habido una serie de asesinatos en los que las personas se convierten en momias después de vaciar de líquido sus cuerpos. Mientras patrulla, Joe salva a una chica que está siendo atacada por un grupo de misteriosos maniquíes robot. Sin embargo, Ken está en desacuerdo, ya que prioriza la importancia de haberle contactado primero. Joe sale corriendo de la base y visita el hospital donde está ingresada la chica, pero allí, una enfermera es atacada por un misterioso objeto luminoso y se convierte en un cuerpo momificado. Inmediatamente después, Joe ve a la chica salir de la habitación del hospital y la persigue.

Jinpei escucha el rumor de que ha aparecido el hombre de las nieves en el Himalaya, por lo que sale solo a buscarlo. El área al pie de la montaña está llena de turistas que habían escuchado rumores similares, pero esa noche, un yeti gigante ataca las tiendas de campaña donde se alojaban los curiosos. A la mañana siguiente, cuando Jinpei se despierta en la nieve, los soldados de Gálactor aparecen ante él. Jinpei, los engaña haciéndoles creer que admira a Gálactor, y termina siendo contratado como trabajador doméstico en la base.

Un viejo entomólogo llamado Toda se encuentra con un brote anormal de langostas en la selva más grande del mundo, pero nadie le cree. Entonces, Jinpei se dirige a la selva con Toda para descubrir la verdad, pero el avión es atacado por un enjambre de langostas y se estrella. Las langostas controladas por Gálactor están a punto de atacarlos, y acaban perdidos en la selva sin ningún tipo de comunicación.

El equipo científico ninja derrota a una bestia de hierro después de una feroz batalla, pero Berg Katse escapa justo antes de que el mecha explote. Bajo las órdenes del Dr. Nambu, el equipo ninja persigue a Katse para capturarlo. Sin embargo, la selva donde Katse se ha escondido, está llena de varias trampas que se cierran sobre Gatchaman y los demás. Por si fuera poco, las fuerzas especiales de Gálactor atacan a Jinpei, que tiene acorralado a Katse con su G-4, y el pequeño es capturado.

La bestia de hierro Mammothoon, que se hundió en el fondo de un glaciar, es devuelta a la vida a causa de un misil Super Bird, y se dirige a atacar el Instituto de Investigación Solar invadiendo el parque de atracciones que está lleno de niños. Jun y Jinpei, que acaban de llegar al parque e intentan proteger a los niños, pero de pronto, a Jun se le cae uno de sus zapatos. El zapato queda enredado en el pelaje de la pierna de la bestia de hierro que se retira a la base de Gálactor, donde es descubierto y analizado, revelando consigo el secreto de la transformación de los Birdstyles.

Una formación de cazas de Gálactor ataca una de las instalaciones de la Organización Científica Internacional. Los aviones enemigos regresan a la bestia de hierro Jumbo Shakora que aparece en el mar para abastecerlos de energía, pero el padre de Ryu es testigo de ello y su barco pesquero es atacado. Mientras patrulla, el equipo científico ninja se encuentra con una bestia de hierro que se dispone a atacar a su próximo objetivo. Sin embargo, cuando Seiji le cuenta a su hermano Ryu que su padre está perdido, se marcha y el equipo ninja no puede combinarse con la God Phoenix, siendo las instalaciones destruidas.

Gracias a los resultados de los análisis del zapato de Jun, Gálactor ha completado a Megazainer, un arma que puede revertir la transformación de los Birdstyles. Megazainer ataca a Joe mientras se transforma, pero logra escapar a pesar de que su transformación ha sido suprimida. Los otros cuatro miembros son enviados a una ciudad destruida por Gálactor sin esperar la llegada de Joe. Sin embargo, Katse los estaba esperando allí con una de sus trampas.

El presidente del país Dokuaru es amenazado de muerte tras negarse a ayudar económicamente a Gálactor. El equipo científico ninja, que se dirige a protegerlo, se infiltra en secreto en el país, evitando el aeropuerto. Sin embargo, cuando el presidente lo recibe en la residencia oficial, Ken descubre que es un farsante. El presidente ya había sido asesinado y el escuadrón Blackbird había ocupado la mansión y los estaba esperando. El equipo ninja lucha contra los Blackbird, pero son acorralados en una habitación que eyecta gas venenoso.

Se ha perdido contacto con los científicos de un laboratorio de la Organización Científica Internacional situado a 10.000 metros bajo el fondo marino en la Fosa de las Marianas. Para investigar, Ken y Joe abordan un pequeño submarino llamado Marine Saturn y se sumergen en las profundidades del mar. Sin embargo, un submarino desconocido los supera a gran velocidad y se dirige hacia el instituto de investigación muy por delante de ellos. Mientras tanto, los desagradables recuerdos de la infancia de Joe se abaten sobre él, y comienza a sentirse mal cada vez que ve destellos de luz...

Han robado datos importantes sobre el equipo científico ninja de la sala de ordenadores subterránea de la sede de la Organización Científica Internacional. El culpable es el Dr. Borombo, una figura importante de la Organización Científica como el Dr. Nambu. Ken, disfrazado de agente de Gálactor, contacta con el doctor para conocer los motivos del robo. Pronto, se entera de que la hija de Borombo ha sido capturada. En ese momento, Katse se pone en contacto con él y el doctor parte a cerrar el trato.

En el país de Assham, más de un centenar de personas han enloquecido repentinamente. Gálactor introduce pavos reales mecánicos entre pavos reales normales que deambulan libremente por la ciudad y disparan a la gente un rayo de luz. El equipo científico ninja parte a investigar, pero esa noche, un mecánico ataca a Ken y Jinpei en la ciudad desierta. Ken, víctima de los rayos de luz, consigue liberar a Jinpei, pero es atacado por una bestia de hierro y cae inconsciente, siendo raptado por Gálactor.

Existe una pequeña isla llamada BC en el Mar del Sur gobernada por Gálactor. Joe, vivió en esta isla cuando era niño siendo hijo de agentes de Gálactor, y hoy, se decide a visitar las tumbas de sus padres. Sin embargo, los agentes de Gálactor de la isla le atacan, pues Katse sospecha que es el hijo del traidor Giuseppe Asakura que también se presumía muerto. Joe es salvado por su antiguo amigo de la infancia Alan, que ahora es sacerdote en la única iglesia de la isla.

Con el fin de encontrar la base del equipo científico ninja, Gálactor, gracias al Dr. Misuno, desarrolla un pequeño dispositivo que captura las ondas de radio emitidas cuando se transforman. Además, recrean a las bestias de hierro del pasado con las que arrasan todo el mundo. El equipo científico ninja se dirige a la God Phoenix, pero el Dr. Nambu sospecha que las acciones de Gálactor son una trampa y les ordena regresar. Sin embargo, Gálactor finalmente descubre la base de Coral Medialuna.

La fábrica de almacenamiento de Energía Manto en el desierto de Sarasa es atacada por una bestia de hierro y un potente taladro cae en una grieta del suelo. Si éste entrara en contacto con la capa de magma, podría producirse un gran terremoto que destruiría las ciudades colindantes. El equipo científico ninja, junto con el Dr. Karig, una autoridad en geología, abordan un barco de exploración subterránea y viajan bajo tierra para detener el taladro que sigue cayendo hacia el núcleo del planeta. Sin embargo, la bestia de hierro de Gálactor los aguarda ahí.

El Dr. Damon, era un compañero de estudios del Dr. Nambu que luchó por un puesto en la Organización Científica Internacional sin éxito. Desde entonces, se desconoce su paradero. Resulta que se ha convertido en agente de Gálactor y crea la bestia de hierro Smog Fiber. El Dr. Damon, ataca al avión que transporta las partículas de Smog, y llama al Dr. Nambu para contarle la información. El equipo científico ninja desobedece las órdenes del doctor y lo persigue, pero el objetivo del Dr. Damon y Katse, no es si no, fotografiar los rostros reales de Ken y los demás miembros del equipo.

Gálactor descubre que el equipo científico ninja reside en Utoland y envía a la agencia secreta de inteligencia GCIA. Al percatarse de ello, el Dr. Nambu, Ken y los demás tratan de evitar que los enemigos se infiltren, pero fallan y logran escapar. Mientras tanto, Jinpei conoce a Dave, un hombre que busca empleo, y lo lleva a trabajar al bar de Jun. Sin embargo, en realidad es un espía de Gálactor, que busca el paradero del equipo ninja.

Gálactor ha comprado el sugare de todo el mundo, un edulcorante artificial que sustituye al azúcar. El Dr. Nambu descubre que el sugare será enviado a la sede de Gálactor y, basándose en la información de que cuando la nieve de la montaña Big Yellow se derrite, se convierte en agua dulce, envía al equipo científico ninja a investigarlo. Allí, el equipo descubre que un avión de transporte de Gálactor se había estrellado. Para encontrar el punto de partida del avión de transporte, Jinpei y Ryu se separan de Ken y los demás, se disfrazan de los príncipes del país de origen del sugare y se infiltran en la ciudad.

Mientras patrulla en su G-4, Jinpei, pasa sobre un antiguo castillo en el bosque y avista a una niña. Jinpei se entera por las noticias de que ella es María, la hija de un millonario de fama mundial y que ha sido secuestrada, por lo que se infiltra en el viejo castillo y logra rescatarla. Sin embargo, los secuestradores son agentes de Gálactor y sospechan de que Jinpei es miembro del equipo científico ninja. El pequeño recibe una carta de María invitándolo al parque de atracciones, y éste, se dirige allí lleno de alegría, pero le aguarda una trampa de Gálactor.

Un hombre mudo que cometió tiroteos indiscriminados en la ciudad fue condenado a cadena perpetua. Entre sus pertenencias hay una foto de la infancia de la capitana de Gálactor y registros de su vida escolar. El equipo científico ninja sospecha que la capitana de Gálactor es en realidad Berg Katse debido a la rúbrica de este en la foto. Ken y Jun se dirigen a la escuela donde estudió la capitana para investigar el caso, y se enteran de que ella cambiaba de colegio cada dos años.

Jinpei sugiere remodelar el arrecife de coral Medialuna y crear una base falsa para atraer a Gálactor. Ryu se ríe de él porque piensa como un crío, pero al Dr. Nambu le parece que la idea de Jinpei podría funcionar y elabora un plan para cubrir a los mechas de Gálactor con una pintura especial y así descubrir la ubicación de la base. A pesar de haber subestimado a Jinpei, Ryu, a regañadientes, recibe órdenes de vigilar la base falsa de Coral Medialuna. Finalmente, un cuerpo de tanques mechas liderado por Katse encuentra la base falsa.

El Dr. Finger, que aspira a convertirse en el nuevo líder de Gálactor, reemplaza a Berg Katse y controla a la bestia de hierro Matangar, que él mismo ha creado, desafiando al equipo científico ninja. Matangar, que ha tomado posición en un volcán extinto que se eleva en el centro de la isla Micron, declara que destruirá las ciudades de la isla cada 12 horas a menos que el equipo ninja sacrifique sus vidas. Ken, incapaz de dar con la clave para destruir a Matangar, ordena la retirada, pero Joe y los demás se rebelan contra él.

Un crucero de lujo que transporta a muchos ingenieros de la Organización Científica Internacional es hundido por un torpedo guiado de Gálactor. El equipo científico ninja parte a investigar y se encuentra con una horda de tanques con forma de cangrejo. A pesar de vencer al enemigo, regresan a la base de Coral Medialuna sin darse cuenta de que un submarino enemigo estaba adherido al casco de la God Phoenix. Así pues, la base de Coral Medialuna está lista para ser invadida y en su interior se instala un sistema de guía de misiles.

Un enjambre de torpedos guiados se dirige presto a destruir la base de Coral Medialuna. El Doctor Nambu abandona la base e insta a todo el personal que escape. Ordena a Ken y Jun que ayuden al personal a salir de allí mientras que él quema documentos importantes. Sin embargo, la base empieza a ceder y su pierna queda atrapada impidiéndole moverse. Mientras tanto, Joe y los demás que estaban buscando el barco torpedero en la God Phoenix, sienten algo extraño y regresan a la base, pero...

Después de perder la Base de Coral Medialuna, el equipo científico ninja angustiado, se refugia en la villa del Dr. Nambu. Con solo un misil Super Bird restante, Ken y sus amigos luchan por saber cómo salir adelante. Mientras tanto, Berg Katse, a quien el líder X le pide que mostrara pruebas de que había matado al equipo ninja, ataca una ciudad turística. Después de recibir el informe, el equipo ninja intenta salir, pero el Dr. Nambu se lo prohíbe y cierra la puerta, encarcelando a Ken y sus amigos.

Ryu regresa a su ciudad natal en tren después de que su padre enfermara. En camino para despedirlo, Joe atropella a un niño con su coche, por lo que tiene que llevarlo al hospital. Mientras tanto, Berg Katse, que estaba probando la bestia de hierro Angler, ataca una planta de energía para recargarlo. Como resultado, hay un corte de luz en toda la ciudad y el tren que transporta a Ryu se detiene. La cirugía del niño que Joe atropelló también debe cancelarse.

Un extraño asesinato ocurre al pie del monte Júpiter, donde se dice que antaño vivieron los antiguos ninjas. El Dr. Nambu sospecha que alguien está tratando de mantener a la gente alejada de la montaña, por lo que envía a Jun, quien conoce bien el Monte Júpiter, a investigar por su cuenta. Mientras tanto, Jinpei, de quien Ryu se burla por no saber la fecha de su cumpleaños, se dirige al Monte Júpiter para descubrir la verdad. De hecho, fue en el Monte Júpiter donde Jinpei, huérfano, conoció a Jun cuando era muy niño.

Algo explota debido a un rayo en Mammoth Canyon. De los restos de un mecha, se deduce que allí se encuentra la sede de Gálactor. Para investigar el estrecho desfiladero, el equipo científico ninja planea subir los rápidos en una canoa. Sin embargo, de camino al río, el coche del equipo ninja que transporta la canoa es atacado por un jeep conducido por un hombre misterioso que los empuja hacia el fonde del valle. El equipo ninja logra escapar del peligro y llega a un pueblo cercano, donde escuchan sobre la leyenda famosa en el valle del dios de la muerte, Búfalo.

Un cohete tripulado llamado Leona 3 ha sido lanzado al espacio transportando a dos jóvenes para resolver el misterio de la nebulosa galáctica. El Dr. Nambu, presente en el lanzamiento, es secuestrado por Katse. El equipo científico ninja comienza su búsqueda, pero al mismo tiempo ocurre un accidente en el Leona 3, que se encuentra fuera de la atmósfera. Si el cohete continúa así, se estrellará contra la Tierra y causará graves daños. El único que puede detenerlo es el Dr. Nambu, y el equipo ninja se apresura a encontrarlo...

Una bestia de hierro ha aparecido y el equipo ninja va a su encuentro. Sin embargo, de camino al lugar, Joe casi atropella a una anciana, por lo que decide llevarla a casa. Debido a la ausencia de Joe, el misil Super Bird no puede ser disparado, y la God Phoenix tiene dificultades para deshacerse de la bestia de hierro Grape Bomber, que gira alrededor de bombas infestadas de veneno. Después de que Joe desobedezca las órdenes, el Dr. Nambu le ordena que realice la siguiente operación solo. Sin embargo, un misterioso dolor comienza a atosigar el cuerpo de Joe.

El equipo científico ninja persigue a Katse y descubre una importante base de Gálactor. Intentan atacar con un misil Super Bird, pero debido a la enfermedad de Joe, fallan en su cometido. El equipo ninja sale de la God Phoenix e invade la base medio destruida, pero quedan atrapados en una trampa tendida por el líder X. Joe intenta escapar usando la técnica ninja Tornado Fighter, pero una vez más es abatido por un mareo inexplicable haciendo que la técnica falle.

Ken tiene la misión de enterrar un microfilm que contiene unos datos cruciales en el fondo del océano del Polo Norte. Él y el Dr. Maxim, el inventor de ese microfilm, se dirigen al Polo Norte en un avión, pero a causa de la mano de Gálactor, realizan un aterrizaje de emergencia y caen en una grieta en mitad de un campo de hielo. Después de perder el conocimiento, Ken y el doctor se despiertan en una ciudad subterránea que nunca antes habían visto. Se encuentran 20 años en el futuro, y todos los compañeros de Ken han muerto a excepción de Jinpei. El mundo ya ha sido gobernado por Gálactor.

Ken presiente que algo raro le pasa a Joe y trata de preguntarle pero terminan peleando. Mientras tanto, ocurre un incidente en el que interceptan la información ultrasecreta enviada a la sede de la Organización Científica Internacional. Ken impide que Joe participe en la misión y decide investigar con Jun. A regañadientes, Joe le entrega a Ken su arma.

Innumerables bestias de hierro aparecen y se enfrentan a las fuerzas de las Naciones Unidas, pero el equipo científico ninja no recibe la orden de partir a la batalla. Ken decide ir solo, pero no puede contactar con Joe y, según el director Anderson, el Dr. Nambu también está desaparecido. De hecho, en ese momento, Joe está visitando a un médico ilegal a escondidas. Mientras tanto, el Dr. Nambu, que había cortado todo contacto con el mundo exterior tratando de descubrir la verdadera identidad de Katse, es secuestrado por Gálactor.

Después de que Gálactor muestre su verdadera identidad, Joe es atacado antes de que pueda transformarse y es apresado dentro de una bestia de hierro donde Katse lo obliga a revelar las identidades de los otros miembros. A pesar de estar herido, logra escapar, pero pierde el conocimiento debido a sus dolores de cabeza. En el hospital, Joe se despierta, y escucha al doctor hablando por teléfono con el Dr. Nambu, y se entera de que le quedan pocos días de vida por culpa de la esquirla que impactó en su cabeza tiempo atrás.

Joe entra solo en la sede central de Gálactor, pero termina siendo capturado nuevamente. Mientras que el equipo científico ninja busca a Joe, el plan final de Gálactor, "La Operación Agujero Negro", avanza constantemente. Terremotos masivos azotan todo el mundo a causa de bombas lanzadas al interior de la Tierra. Confiando en la señal emitida por el brazalete de Joe, el equipo ninja parte hacia Cross Karakorum, que hace frontera con el Himalaya, donde se encuentra la sede central de Gálactor.

Ken, Jun, Jinpei y Ryu, buscan la entrada a la sede de Gálactor y se reúnen con un moribundo Joe. Sin embargo, para detener la Operación Agujero Negro, toman la difícil decisión de dejarlo agonizando allí. Ken finalmente acorrala a Berg Katse y lo obliga a detener la operación. Pero entonces aparece el líder X. La cuenta atrás para la extinción de la Tierra se acerca poco a poco. ¿Cuál será el destino de la Tierra y del equipo científico ninja?