Рокуро Окадзима, клерк из крупной японской корпорации, получает задание — доставить важный диск. Однако его путь внезапно обрывается: Рокуро захватывают наёмники, работающие на борту судна «Чёрная лагуна» — темнокожий капитан Датч и вспыльчивая девушка Реви. Ситуация осложняется, когда по следу диска выходит профессиональный наёмник по прозвищу Капитан, и теперь всей команде приходится бороться не только за добычу, но и за свою жизнь.

Наёмник Капитан из подразделения E.O. преследует команду «Чёрной лагуны» на штурмовом вертолёте и загоняет судно в устье реки. Пока обстановка накаляется, Рок придумывает рискованный план спасения, чтобы вырваться из ловушки. Тем временем Кагэяма, представитель корпорации, к которой принадлежал Рокуро, отправляется в прибрежные воды якобы для контроля за действиями отряда E.O., но на деле его истинные цели гораздо глубже и опаснее.

Господин Чин приходит в ярость, узнав, что Датч теперь работает на Балалайку — влиятельную и безжалостную главу русской мафии. В гневе он посылает своего человека по имени Луак и отряд пиратов, чтобы расправиться с командой «Чёрной лагуны». Но что скажет сама Балалайка, когда услышит о нападении на своих новых союзников?

Коллекционер нацистских артефактов нанимает команду «Чёрной лагуны» для поиска картины, затонувшей вместе с немецкой подлодкой времён Второй мировой войны. Пока Реви и Рокуро исследуют останки судна под водой, на «Чёрную лагуну» внезапно нападает неизвестный противник.

Команда «Чёрной лагуны» вынуждена отступить и наблюдать издали, как неонацисты добираются до затонувшей немецкой подлодки. Тем временем Реви и Рокуро продолжают исследование субмарины и находят ту самую картину. Но когда Реви решает обыскать остальное судно в поисках добычи, неонацисты спускают к подлодке свой аппарат, чтобы забрать находку.

Когда картина оказывается в руках неонацистов, команда «Чёрной лагуны» решает — пора отомстить. Под покровом ночи Датч и Реви проникают на борт вражеского судна, чтобы вернуть украденное и заодно устроить кровавую разборку. Реви с головой отдаётся бойне, не щадя никого на пути, а тем временем Датч раскрывает истинные мотивы их загадочного заказчика.

Почувствовав напряжение между Рокуро и Реви, Датч решает дать им возможность разобраться — и посылает Рока в город по делам, связанным с доставками. Однако в напарницы ему назначают Реви, и вскоре становится ясно: вопрос не в том, справятся ли они с поручением, а смогут ли не прикончить друг друга по дороге.

Новым «грузом» для «Чёрной лагуны» становится нечто неожиданное — мальчик по имени Гарсия, которого нужно переправить через территорию, контролируемую двумя враждующими мафиозными группировками. В разговоре с Рокуро Гарсия признаётся, что принадлежит к южноамериканскому семейству Лавлейс, оказавшемуся в беде из-за одной из мафий. Чтобы прояснить ситуацию, Датч просит Балалайку выяснить, насколько правдива история мальчика. А тем временем в Роанапур прибывает горничная — с оружием, решимостью и вполне определённой целью: найти мафию, похитившую её господина.

Команда «Чёрной лагуны» прибывает в район «Жёлтый флаг», но вскоре понимает: Роберта, казавшаяся обычной горничной, на самом деле — смертоносный боец. Пока она бесцеремонно расправляется с людьми картеля Абрего, Датч приказывает группе отступить. Однако Гарсия, потрясённый поступками своей служанки, хочет пойти вместе с командой, что автоматически превращает «Чёрную лагуну» в её следующую цель.

Роберта продолжает погоню, сидя на крыше автомобиля «Чёрной лагуны» и пытаясь вернуть похищенного Гарсию. После того как машина врезается в стену грузового склада, Реви приходит в себя и вступает в дуэль с Робертой — каждая с двумя пистолетами в руках. Перестрелка прерывается появлением Балалайки с её армией. Она рассказывает о последних событиях, которые резко меняют ход боя, и раскрывает истинную личность Роберты!

«Чёрная лагуна» берётся перевезти важные документы господина Чина, которые он пытается скрыть от террористов. Однако террористам быстро удаётся выйти на след команды, а вскоре они захватывают одного из членов экипажа!

Рока допрашивает Масахиро Такэнака, бывший член японской Красной армии, пытаясь понять его убеждения. Рок остаётся молчаливым, несмотря на попытки Такэнаки использовать японскую дипломатию. Тем временем Реви, Шэньхуа и Лайгарх отправляются на спасательную операцию, пробираясь на базу — пока Реви не решает прорваться штурмом. Реви и Шэньхуа сражаются с солдатами и вырываются в демилитаризованную зону, в то время как Ибрах продолжает сомневаться в лояльности Такэнаки к миссии.

Некий преступник по прозвищу Каратель ворвался в Роанапур и начал истреблять местных бандитов, в том числе головорезов из Отеля «Москва». Балалайка созывает совещание с другими главарями города, чтобы спланировать ответный удар, и назначает внушительное вознаграждение за поимку Карателя. Тем временем очередной мафиозный клуб подвергается нападению — и вскрывается поразительная правда: за всем стоит двое садистских близнецов. Балалайка решает подключить к операции настоящих профессионалов-клинчеров. А «Чёрная лагуна» тем временем обсуждает, какую роль может сыграть в охоте за наградой, и неожиданно находит себе союзника.

После длительных расследований Отель «Москва» наконец выясняет личность убийц своих людей и устраивает для них ловушку. Тем временем Реви и Эда строят собственные планы, которые могут помешать операциям Отеля «Москва».

Балалайка лично замышляет расправу над близнецами, несмотря на то, что один из них получил помощь от команды «Чёрная лагуна»!

Джейн — фальшивомонетчица, скрывающаяся от флоридской мафии. Она планирует найти убежище в «Церкви Насилия», но это место оказывается совсем иным, чем она себе представляла.

Джейн по-прежнему находится в бегах, но Эда решает прийти ей на помощь и нанимает команду «Чёрной лагуны» для охраны фальшивомонетчицы.

Компания «Чёрная лагуна» использует все свои приёмы, чтобы избавиться от охотников за головами, стремящихся поживиться на Джейн. Тем временем Эда вынуждена раскрыть свой тайный замысел, который может изменить расстановку сил.

Рокуро вынужден столкнуться со своим прошлым, когда старые тени возвращаются, чтобы потребовать расплату. Тем временем Отель «Москва» пытается расширить своё влияние на японский преступный мир и налаживает связи с местными группировками.

Рокуро Окадзима вынужден выступать переводчиком для Балалайки, пока она пытается закрепиться в японском преступном мире.

По всей Японии разгорается волна насилия, когда Юкио и Балалайка вступают в борьбу за контроль над преступным миром страны.

Юкио Вашимине захвачена в заложники Чакой, который надеется получить контроль над группировкой. Тем временем Гиндзи, Реви и Рок объединяются, чтобы спасти её.

Отель «Москва» по-прежнему пытается свергнуть руководство группировки Васиминэ. Тем временем Юкио принимает преступную жизнь и узнаёт множество подробностей о деятельности Балалайки.

Рокуро продолжает подталкивать Балалайку к тому, чтобы окончательно уничтожить группировку Васиминэ. Он верит, что тогда Юкио сможет вернуться к нормальной жизни. Тем временем Реви и Гин сталкиваются лицом к лицу в последнем поединке.